Difficile à l’enfermer

Ça fait maintenant un peu plus de trois ans que l’humanité bataille contre le SARS-CoV-2. En France, la covid-19 provoque encore une centaine de décès par jour avec la vague actuelle. Ces trois ans de lutte nous ont appris à se prémunir contre l’infection au coronavirus, mais ça reste fragile. Pour ma part, j’avais réussi à esquivé cet ennemi invisible jusqu’à présent, je faisais attention au masque, au gel, à la distanciation sociale, à la vaccination et ses rappels. J’ai quand même eu la covid-19 la semaine dernière, pas trop forte, mais tout de même. Je ne sais pas d’où est arrivée l’attaque mais je sais que j’ai contaminé une personne de mon entourage. Sournois et insaisissable, saleté de virus.

On y est… par JCD

Comme attendu, omicron BQ1.1 a produit un maximum de cas la deuxième semaine de décembre. Ce pic là est donc derrière nous, bonne nouvelle. Son intensité était néanmoins 2 fois plus haute que prévue, fort probablement à cause de deux facteurs principaux que sont :

  1. Les grèves sur les remontées de données fin novembre/début décembre (sous-estimation des cas)
  2. Le froid qui s’est bien installé, à partir de fin novembre aussi

À l’inverse, le pic BA5 précédent (mi-octobre) avait été dans la fourchette basse des prévisions car la météo du début d’automne a été très clémente.

Étonnamment, pas d’effet coupe du monde (jusqu’au ½ finales, en tout cas) visible à ce stade. Le froid a peut-être contraint chacun à regarder la télé chez soi en plus petit comité. On regardera néanmoins les chiffres les jours qui viennent pour vérifier que les 2 derniers matchs n’ont pas été plus contaminants…

(À titre de comparaison, pour les 14 juillet ou les ponts du 15 août, on observe une augmentation ponctuelle du taux de reproduction Reffectif d’environ 20%).

Pour la suite des évènements, nous avons une difficulté qui est que les Noëls précédents ont tous été marqués par l’arrivée d’une nouvelle souche : alpha fin 2020 et omicron fin 2021. Il est donc difficile d’évaluer le comportement ‘normal’ du virus pendant les fêtes, en l’absence d’un nouveau variant.

Sans cet aléa ‘nouvelle souche’, voilà ce que donne la courbe des cas :

Simulation du nombre de cas déclarés quotidiennement (moyenne lissée 7 jours)

La baisse étant assez rapide et prononcée, il est peu probable, de mon point de vue, que les fêtes aient un effet significatif sur ces courbes. La descente sera sans doute un peu plus molle que prévue à cause des rassemblements familiaux mais guère plus.

On atteindra à la baisse les 20 000 cas début janvier au mieux (chiffre qui n’a plus été atteint depuis un an et l’arrivée d’omicron).

Et pour les réanimations :

Simulation du nombre de lits en réanimation

Le pic d’entrées en réanimation est en train d’être franchi au moment où ces lignes sont publiées. Ce qui nous donne un pic de lits pour Noël. La coïncidence n’est pas très heureuse mais on peut y voir le signe positif de la décrue qui suivra. À noter, l’intensité de cette vague dépasse d’ores et déjà les deux dernières, avec autour de 1500 lits à la clef.

Une bonne nouvelle au passage : la vaccination repart à la hausse, ce qui est bien utile pour les populations fragiles car la protection contre les formes graves baisse avec le temps de manière non négligeable. Et on croise les doigts pour que le prochain variant arrive le plus tard possible !

JCD

La vague se casse mais attention ressac, par Philippe Brouard

La tendance se confirme avec la baisse du nombre de contaminations depuis quelques jours. Les hospitalisations vont continuer à monter un peu, ce qui nous amènera vers un pic à 26 000 patients à Noël. Voyons ça en détail avec les derniers calculs du simulateur CT, Reffectif étant estimé à 0,8 dans la période en cours.

Réglage de Reffectif France pour le simulateur CT, puis 3 hypothèses d’évolution en décembre et janvier
Occupation des services hospitaliers pour covid-19 France, données Santé publique France et simulateur CT, décembre et janvier

La situation resterait en dessous de 2000 patients en soins intensifs, toujours du fait du variant actuel moins agressif, c’est une bonne chose.

La période des fêtes de fin d’année est le traditionnel moment de rencontres dans les familles, chez les amis. Restons vigilants comme les années passées où l’impact de ce brassage avait été limité. Bonnes fêtes à toutes et tous

Philippe Brouard

PS: pas de gaussiennes pour cette fois-ci, on salue Daniel et on se dit à une prochaine

  1. Bab dit :

    Bonsoir,
    Toujours bien intéressant ces analyses et ce nouvel article. 👌
    Cependant où sont les gaussiennes ? 😉
    A suivre 👣

    • Philippe Brouard dit :

      Bonjour @Bab, les gaussiennes ont toujours la côte, c’est bien, mais Daniel n’était pas disponible pour contribuer à l’article en cours.

  2. Thomas dit :

    Merci pour votre suivi sans faille !
    Bonnes fêtes de fin d’année

    • Philippe Brouard dit :

      Bonjour @Thomas, merci. Je profite du message pour dire qu’il y a un problème technique avec les commentaires : ils semblent rester bloqués dans les méandres des serveurs. On regarde ça de plus près…

  3. Philippe Brouard dit :

    Bonjour

    Message de modération, désolé @Fred qui a posté un message aujourd’hui, certes sympathique, mais qui n’a rien à voir avec covidtracker, donc j’ai désactivé le message. Et oui, bonnes fêtes.

  4. Zoizic dit :

    Bonsoir, merci pour toutes ses infos réguliéres. Bon rétablissement à Mr Brouard
    J’aimerai savoir d’où vient le nouveau BQ1.1 sous variant de Omicron.? Qu »en est- il de l’efficacité du vaccin bivalent BA4/5 par rapport à BQ1.1
    Bonnes fêtes de fin d’années à tous
    Cordialement
    Zoizic

  5. Bab dit :

    🤶 Bonjour,

    25 décembre, jour de Noël, mais ce n est pas la fête pour tous hélas, notamment en Chine où Omicron semble assez lethal, au sein d une population naive. Et cela paraît n être que le début 🙁
    Apparemment la propagande étatique tente de minimiser le décompte macabre.
    Décompte qui rappel un peu le débat inutilement vain, échangé sur ce présent blog, sur la cause des décès…

    https://abcnews.go.com/International/wireStory/packed-icus-crowded-crematoriums-covid-roils-chinese-towns-95780492

    Joyeux Noël à tous quand même 🎅
    A suivre 👣

  6. Paille dit :

    Bonjour,
    eh oui, déjà 3 ans … merci à vous d’être toujours fidèle au poste et de continuer à nous informer sur les sacs et ressacs ! 🙂
    Philippe, j’espère que vous vous êtes entièrement remis de l’attaque surprise.
    Pour ma part, j’ai aussi rempilé pour une 3ème fois, mais contrairement aux 2 premières, je n’ai pas réussi à remonter la chaîne de contamination donc le qualificatif « sournois et insaisissable » convient bien au mélange actuel 🙂
    Agréable fin d’année à toutes et tous

  7. ffrancis dit :

    Chinois et Indiens parlent beaucoup du BF7. Que sait-on de ce variant?

  8. Philippe Brouard dit :

    Bonjour @ffrancis, l’article du Midi Libre aujourd’hui semble bien répondre aux premières questions sur le BF7 : https://www.midilibre.fr/2022/12/26/covid-ce-que-lon-sait-de-bf7-le-nouveau-sous-variant-domicron-present-en-france-et-qui-fait-des-ravages-en-chine-10889744.php

  9. JCD dit :

    Bonjour,

    Concernant BF7, il courbe l’échine devant BQ1.1 : https://cov-spectrum.org/explore/France/AllSamples/Past6M/variants?nextcladePangoLineage=bf.7*&

    Donc a priori ce variant n’est pas à craindre chez nous.
    Pour qu’il remonte, il faudrait que BF.7 soit capable de réinfecter plus facilement ceux qui viennent d’attraper BQ1.1
    Ou encore, que l’immunité des premières vagues omicron disparaissant (quand ?), BF.7 soit plus contagieux que BQ.1 face aux populations redevenues « naïves ».
    Pas impossible (la Chine aura la réponse à cette question, quelque part), mais peu probable en l’état.
    En tout cas pas à court/moyen terme.

    Sinon, les pics de lits en réanimation et hospitaliers ont été atteints le week end dernier.
    La décrue peut donc s’amorcer… jusqu’au prochain variant. (Le Reffectif est à 0,7 ce qui est très favorable. Tant mieux).

    Par ailleurs, pas d’effet coupe du monde visible. Tout juste un « hoquet » sur le Reffectif le jour de la finale qui est resté stable une journée au lieu de baisser (un peu comme si on avait perdu un jour ou deux sur le planning de la redescente de l’épidémie).

  10. jjtitan dit :

    Bonjour

    Les questions qui vont se poser maintenant

    La prochaine vague (je suis persuadé qu’il y en aura une) sera t elle un variant descendant de l’actuel ou de celui de Chine.

    Dans le premier cas on peut espérer que ce sera moins méchant grâce aux nouvelles vaccinations avec un vaccin mieux adapté.

    Dans le second cas j’ai l’impression que c’est l’inconnu. Et c’est plutôt inquiétant. Que sait-on vraiment sur ce nouveau variant chinois et l’efficacité de nos vaccins ?

  11. xI dit :

    Bonjour,

    et oui, merci pour vos analyses !

    cependant, vous écrivez que le virus « provoque une centaine de décès », or, le 20/12 nous avons déploré 101 céès AVEC covid, et non pas A CAUSE du covid….
    Par analogie avec les hospitalisations, dont Le Monde différencie les cas AVEC et POUR (merci à eux), il y aurait un rapport de 1 pour 2 : nous pourrions donc estimer que le covid n’a provoqué, le 20/12, qu’une cinquantaine de décès.

    Cela n’excuse rien, mais il me semble que les analyses seraient plus justes si l’on faisait la différence des POUR et AVEC.

    Bonne continuation et Bonne Année à tous, xI

    • Philippe Brouard dit :

      Bonjour @Xi (Jinping ?)

      Pour les calculs sur le simulateur CT, je m’appuie sur les données ouvertes https://www.data.gouv.fr/fr/datasets/synthese-des-indicateurs-de-suivi-de-lepidemie-covid-19/ , la description des données précise que pour ‘dchosp’ c’est égal à Décès à l’hôpital, Données relatives au décès pour cause de COVID-19. Depuis cette source, il n’y a pas accès au détail ‘pour’ ou ‘avec’. Pour compléter, les calculs étant déjà bien compliqués, je ne pense pas pouvoir prendre en compte cette différentiation. Enfin, comme c’est la période des vœux, espérons qu’il n’y aura plus à faire tous ces calculs d’ici quelques mois.

    • ffrancis dit :

      Je me demande toujours comment l’on peut différencier les décès avec covid et pour covid. Dans certains cas, cela est simple mais l’est ce vraiment toujours?
      Autant, la différentiation est simple pour les hospitalisations, je ne suis pas sur que le fait de combiner plusieurs pathologies ne joue aucun rôle.
      A noter qu’à ce jour, environ, les proportions varient entre 50et 65% de pour covid d’après Géodes

  12. COLLETER dit :

    Les courbes de vaximpact ne sont pas mises à jour depuis le 19 juin 2022, pourquoi ? Elles sont pourtant très intéressantes par classe d’age, statut vaccinal, etc …

  13. Bab dit :

    Marche tjs pas ?

  14. Phand dit :

    le problème technique est il résolu ou bien les participants sont ils devenus moins réactifs.

  15. Framboise31 dit :

    Bonsoir,
    je vous souhaite à vous tous, qui contribuez à faire vivre ce blog, une belle année 2023, avec évidemment beaucoup d’échanges intelligents, tolérants, et tant attendus, notamment par moi 😉
    D’ailleurs où sont-ils passés? Serveur toujours bloqué?
    Je verrai bien si celui-ci paraît…

  16. MAGNIN dit :

    Bonne année à tous et un grand merci pour votre travail.
    Ma « carte de vœux » Evolution du taux d’incidence en 2022 ici: http://covid.cortot.fr/

  17. Cromorne dit :

    Meilleurs vœux pour cette nouvelle année!

    Lorsque des observateurs et commentateurs de notre vie publique regardent les dernières années passées, le constat « tous les pays a été impacté durement par cette épidémie ».

    Je regardais le nombre de morts cumulés par pays, et même s’il y en a eu beaucoup partout, on note tout de même des différences. Il y a t’il des bilans à ce sujet ? Des conclusions tirées ?

  18. RilaX dit :

    Bonjour,
    Pour les commentaires, lorsque je suis sur smartphone (navigateur chrome à jour), ils restent bloqués à celui du 22 décembre 2022 à 11 h 06 min ; que je rafraichisse la page, que je supprime les cookies ou que je passe par la navigation privée ne change rien.
    En revanche, sur PC, j’accède aux commentaires plus récent en actualisant la page de manière forcée (maj + actualiser), mais pas avec un rafraichissement simple, ni en mode navigation privée.
    Je ne comprends pas comment on en arrive à ce bug, mais si ça peut aider la technique à réparer…

    • JCD dit :

      @Philippe,
      Mêmes symptômes que RilaX : blocage sur le commentaire du 22/12/2022 à 11h06 (peut-être essayer de forcer une mise à jour de ce ‘vieux’ commentaire sur WordPress ?). Même blocage en navigation privée.
      Et MAJ + ACTUALISER sur le navigateur permet de faire réapparaitre les commentaire plus récents.

    • Philippe Brouard dit :

      Bonjour @RilaX, merci, je transmets à l’administrateur pour déboguer !

      • RilaX dit :

        Bonjour Philippe,

        ça a été efficace, j’ai de nouveau accès aux commentaires depuis mon smartphone.
        Donc merci a l’admin pour son travail !

  19. Alexandre Bescherelle dit :

    …difficile DE l’enfermer.

  20. Deléon Bertrand dit :

    Les données brutes sont intéressantes. Par contre, les interprétations à deux balles…

  21. JCD dit :

    Bonjour,

    Une petite mise à jour en passant :
    – On va descendre en dessous des 10 000 cas quotidiens cette semaine : du jamais vu pour omicron.
    – Le Reffectif est au plus bas : autour de 0,55 depuis une semaine aussi (ce qui veut dire que les contaminations sont quasiment divisées par deux d’une semaine sur l’autre). Du jamais vu non plus (sauf peut-être lors des premiers confinements).

    Les nouvelles sont donc bonnes même si il faut bien avoir en tête qu’on reste sur 100 décès par jour et autant d’entrées en réanimation (ces chiffres vont aussi baisser rapidement, bien sur).

    Pas de nouveau variant en vue non plus, même si on voit quelques souches progresser ( https://cov-spectrum.org/explore/France/AllSamples/Past6M/variants?nextcladePangoLineage=bq.1*& )

    • NicoM dit :

      Bonjour

      Les commentaires remarchent enfin. Cool merci !

      J’avais donné RDV à Daniel Le Breton suite à son commentaire
      https://covidtracker.fr/cest-reparti-pour-les-montagnes-russes/#comment-14101

      Nous sommes donc le 15 janvier, 3 semaines après Noël et 2 semaines après le nouvel an, nous savons désormais que le brassage des populations dû aux fêtes n’a PAS relancé l’épidémie.

      Ce truc auquel tout le monde croit et qui n’a jamais été démontré…

      Les courbes épidémiques forment de belles sinusoïdes, si les événements sociaux intervenaient massivemement ce ne serait pas le cas… (il y aurait des cassures dans les courbes).

      Et quand au sujet des « pour » et « avec » j’ai entendu une interview sur France Inter du Chef du service réanimation de l’hôpital nord de Marseille qui expliquait que les patients covid en réanimation étaient désormais très
      majoritairement admis pour d’autres raisons que le covid. Il a donné l’exemple d’un traumatisé crânien testé positif.

  22. Richard dit :

    Bonjour,
    est-il normal de ne pas avoir de commentaires à ce jour ???
    Merci et bonne année à tous et surtout une bonne santé.

  23. Bab dit :

    Bonsoir
    Chouette, ce soir les commentaires sont réapparus 🙂
    Meilleurs vœux à tous🍾 🎉
    On croise les doigts pour 2023…🤞
    A suivre 👣

  24. JCD dit :

    Bonjour,
    Le nombre de commentaires est proportionnel à l’activité du virus. Et là, c’est très très calme. Tant mieux !
    – Reffectif hebdomadaire proche de 0,5. Ce qui veut dire Reffectif du omicron BQ1 à 0,7 car celui ci se ‘reproduit’ en 3,5 jours (0,7 x 0,7 = 0,5)
    – 5 000 cas quotidiens d’ici un jour ou deux. Les 1 000 cas/jour sont en vue pour la première semaine de février (du jamais vu depuis que les tests existent).
    – Pas de nouveau variant en vue. Le XBB ne croit pas (pour l’instant ?), le BF7 chinois décroit.
    Peut-être une petite poussée de BA.2.75 qui était dominant en août en Inde et progresse bien en Angleterre (avec un R0 hebdomadaire x1,2 par rapport au BQ1 actuel);

    En passant, on voit que l’épidémie en Chine n’a eu aucun impact chez nous car BF7 est moins contagieux que notre BQ1 actuel. Le nombre de voyageurs venant de Chine est par ailleurs relativement faible à l’échelle de la France. (Autrement dit : rétrospectivement, la fermeture des frontières n’a sans doute pas grand intérêt pour lutter contre la propagation de la maladie, en tout cas dans les phases de descente des courbes)

  25. Cromorne dit :

    Je relis mon commentaire du 9 janvier, et je m’effraie moi même de pouvoir poster avec autant de fautes d’écriture.
    Je souhaite être pardonné, et surtout à l’avenir pouvoir mieux me contrôler.

    Sinon, avec le recul des trois années, il y a t’il des conclusions à tirer de cette expérience? Outre le nombre total de décès, on constate dans les courbes des nombres de décès des évolutions différées.

  26. Ramsès dit :

    Eh ben alors, c’est fini, CovidTracker ? On ne traque plus rien ?

  27. Claude Chaunier dit :

    @Philippe pour résumer les explications compliquées mises en lien, il semble qu’on dise communément
    [Elle est] difficile à enfermer.
    [C’est] difficile de l’enfermer.
    mais pas
    *[Elle est] difficile à l’enfermer.
    *[C’est] difficile à l’enfermer.

  28. Dioxaz dit :

    D’après https://www.gouvernement.fr/info-coronavirus/carte-et-donnees, l’incidence est descendue à 63 et le nombre de cas quotidiens à 5 688 au 14 janvier. Le R serait 0,47 (!!!) pour le même jour. J’ignore s’il y a une disparité entre les chiffres du gouvernement et ceux de Covidtracker mais j’espère au moins que Guillaume se porte bien. Nous n’avons en effet plus de données actualisées depuis celles du 11 janvier. Pour moi, il est essentiel que Covidtracker puisse continuer sa mission.

  29. Pascal dit :

    Bonjour,
    Le site ne met plus à jour les données, et aucune information n’explique pourquoi… Que se passe-t-il ?
    Cdt,
    Pascal

    • Philippe Brouard dit :

      Bonjour @Pascal et @Ramsès

      Oui, il y a un problème de rafraichissement des données sur les tableaux de bord. Ces outils sont une partie du site différente du blog et dans ce domaine l’administrateur est Guillaume Rozier. Je me charge de faire remonter l’information.

  30. Daniel Le Breton dit :

    Bonjour et meilleurs vœux à tous.
    La dernière vague est quasi morte et le phénomène qui m’a surpris est l’absence d’impact de la période de congés de Noël. La population aurait-elle atteint une immunité notoire ?
    Quelqu’un a déjà mentionné une telle possibilité (absence d’impact des congés), mais je ne sais plus qui.

    • NicoM dit :

      Bonjour Daniel,

      C’est moi me semble-t-il qui vous ai pris au mot et donné RDV dans « 15 jours après les fêtes » quand vous disiez que les fêtes allaient sans doute relancer l’épidémie.

      On constate donc que les fêtes n’ont pas relancé l’épidémie.

      Vous le savez, je m’insurge quelque peu contre cette croyance que tel ou tel évènement social peut relancer l’épidémie et son pendant – que son interdiction va limiter l’épidémie.

      Ça parait certes logique. C’est « évident » et « tout le monde le pense ». Mais à ma connaissance cela n’a jamais été formellement démontré. Et la science est justement là pour valider ou invalider les « évidences ».

      Le fait que nous ayons ne serait-ce qu’un contre exemple, doit nous interroger sur la véracité de la croyance. Si les fêtes de fin d’années relancent nécessairement l’épidémie, alors nous assisterions chaque année à une relance de l’épidémie dans la 1ere quinzaine de janvier.

  31. smurf dit :

    Bonjour à tous et bonne année puisque les commentaires ont l’air de remarcher.

    Les données ont l’air d’avoir été mises à jour depuis les 2 messages de Dioxaz et Pascal puisque le site annonce des données du 20 janvier et pas du 11 janvier. Peut-être sont-elles mises à jour moins régulièrement.

    Concernant le taux de reproduction R de Covidtracker, il me semble avoir lu il y a longtemps sur le site (où ?) la manière dont il était calculé. Je ne sais pas s’il est toujours calculé de la même manière mais en tout cas, cela différait sensiblement de la méthode officielle. Il me semble qu’à l’époque cela faisait intervenir les hospitalisations, peut-être parce qu’à l’époque il y avait peu de tests et que les données d’hospitalisations étaient plus fiables.

    Bref, ce n’était pas un vrai taux de reproduction qui est de toute façon inconnu mais ne peut qu’être estimé. Et on estimait à l’époque sur Covidtracker que c’était plus proche de la réalité. Est-il toujours calculé de la même façon ?

    En tout cas, le résultat est que R de Covidtracker est souvent en retard sur le R donné par les autorités (et ce à la hausse comme à la baisse).

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