Un pic en moins à gérer

A-t-on déjà autant parlé de pics ? Pics de bouchons, de chaleurs, du Tour de France, du covid-19… Il y en a un nouveau dernière nous, c’est le pic de la septième vague. Pour ce mois d’août je laisse la main à JCD et Daniel pour les informations et analyses récentes. Moi aussi je suis en mode descente.

Philippe Brouard

Retour au calme… avant la suite, par JCD

Finalement, la vague BA5 aura été assez similaire à la vague BA2, en un peu moins haut.

Pic atteint le 10 juillet à 130 000 cas, pic en réanimation le 19 juillet à 1 300 lits et pic à l’hôpital dans la foulée, à 21 000 lits.

On remarquera que ces seuils (hôpital et réanimation) ont à nouveau été atteints autour du 25 juillet à l’occasion d’une petite remontée, ce qui laisse à penser qu’on a eu un petit effet 14 juillet sur les chiffres (avec omicron, il y a une dizaine de jours entre la contamination et l’hospitalisation).

Le modèle ‘optimiste’ utilisé dans l’article précédent était donc le plus pertinent (par opposition au modèle ‘pessimiste’ qui essaye de prendre en compte le vieillissement de la protection vaccinale). Le rôle de protection du vaccin contre l’infection est devenu quasiment anecdotique, au vu de l’ancienneté moyenne de la 3ème dose (8 mois environ) dans la population : protection proche de 0% avec un rappel Pfizer, désormais, et à peine meilleure avec du Moderna, nous dit la Haute Autorité de Santé UK.

On peut aussi faire ce même constat à partir de vaximpact, avec le croisement des courbes noire et orange fin février : les non-vaccinés ont contracté le virus en grande majorité et semblent désormais mieux protégés contre l’infection que les vaccinés (encore épargnés en partie mais avec des défenses qui s’amenuisent tous les mois). À date, 50% des Français ont été contaminés, d’après les chiffres officiels (qui ne voient quasiment pas passer les asymptomatiques, il faut le rappeler).

La suite de l’histoire est désormais ‘classique’ : baisse des cas et des lits au mois d’août, en attendant le prochain variant.

Simulation du nombre de cas déclarés (moyenne lissée 7 jours)
Simulation du nombre de lits en réanimation

La simulation montre un atterrissage du Reffectif autour de 0,70 qui est la valeur qu’on constate généralement dans les périodes calmes. Ceci nous donnerait 10 000 cas quotidien à fin août et des réanimations qui se vident progressivement, la barre des 500 lits étant atteignable la première quinzaine de septembre, un seuil bas pas atteint depuis 2 ans.

Un point d’attention, néanmoins : la courbe en S de remplacement de BA2 par BA4/5 :

Cette courbe, extraite de l’application smartphone AntiCovid montre 2 choses :

  • Difficultés à passer la barre des 90% en France. Cf point suivant.
  • En particulier parce que l’IdF plafonne à 75% de BA4/5

Est-ce à dire que la suite est déjà là, invisible ? Nous aurons, dans tous les cas, de quoi aborder l’automne (et Centaure ?) dans de bonnes conditions. C’est déjà ça.

JCD

À quand la prochaine, par Daniel Le Breton

Ayant une analyse de la situation semblable à celle de JCD, l’épisode BA5 va se terminer fin août, je vais me limiter à une brève perspective. Faisons l’hypothèse que nous restons dans un régime « omicron », la source de son évolution est l’Afrique du Sud donc on table sur le fait que ça va démarrer là bas. Sachant que statistiquement les épisodes épidémiques ont lieu tous les 5 ou 6 mois dans ce pays, le prochain devrait avoir lieu vers mi octobre / mi novembre (pic). Comme on a environ un à deux mois de retard sur l’Afrique du sud, ça nous emmène vers un épisode avec un pic en novembre au plus tôt alors qu’on s’attendrait à quelque chose se produisant vers septembre – octobre (la rentrée). Si on fait l’hypothèse que ça dure 3 à 4 mois on devrait alors voir un démarrage début octobre au plus tôt, voire début décembre au plus tard, donc ça correspond au dernier trimestre 2022.

Et si ça venait d’Inde cette fois-ci à cause du variant BA2.75 repéré sur place ? La situation locale ne plaide pas en sa faveur car l’épisode actuel est particulièrement faible (Afrique du Sud en vert, Inde en magenta) :

Source Ourworldindata : Moyenne mobile hebdomadaire, cas par million d’habitants

L’an dernier c’est bien le delta venu d’Inde qui nous a valu un pic peu avant mi août suivi d’une reprise hivernale avec un pic début décembre, donc ça fait 4 mois de décalage (un peu plus court que dans le cas de l’Afrique du Sud). Il a alors été balayé par omicron. Alors aurons-nous une reprise de BA5 ? Un cousin du style BA6 ? Toujours est-il que le reste de l’été et le début de l’automne devraient être calmes, sauf si un variant Théodule venu d’un autre pays pointe le bout de son nez bien sûr. Question iconoclaste : et si omicron se mettait un peu en veilleuse faute de variant hyperactif ? On aurait bien mérité ça me semble-t-il.

Daniel Le Breton

(Photo à la une par GK Sens-Yonne)

  1. Yacine dit :

    Bonjour ,

    cela fait déjà 1 ans que je suis cette épidémie via votre site et je tiens à écrire ce commentaire pour en vous remercier.

    Depuis mars 2020 ,nous somme sans cesse mené du bout du nez par les médias au sujet de la gravité de cette épidémie et ce site m’a permis de pouvoir faire mes propres analyses et conclusions sur la situation.

    Merci du fond du cœur pour votre travail et votre implication en ces temps difficiles.

    Cordialement, Yacine.

    • Michel dit :

      Bonjour.
      Je rejoins Yacine pour ce commentaires qui fait écho en moi. Je suis vraiment reconnaissant pour vos analyses et projections. Les choses semblent claires quand on lit vos articles et quand on regardent vos courbes.
      Merci à tous !

  2. jsp dit :

    Vidéo sur le traitement possible du covid long
    https://www.youtube.com/watch?v=VfoyiO1CODE&ab_channel=TatianaVent%C3%B4se
    Les patients covid long en France sont négligés.

  3. Bab dit :

    Bonjour
    la 1ere courbe montre, il me semble, peu ou prou un cycle (debut, pic, fin) de 3 mois pour chaque variant (decembre janvier février pour O1, mars avril mai pour ba2, juin juillet aout pour ba5).
    pourrions imaginer un nouveau cycle debut, pic, fin pour respectivement septembre, octobre, novembre ?
    qu en est il par exemple au Portugal qui sauf erreur nous précèdé avec ba5 ?
    dans tous les cas, l avenir est par nature un domaine bien imprévisible… 🙂

  4. Bab dit :

    « a précèdé »

    cette prévision cyclique permettrait par exemple de pouvoir planifier des vacances plus tranquilles, des restaurants apaisés, des économies de mouchoirs,…
    😁
    évidemment si tous le monde se planquait les 2 premiers mois du cycle, forcément ça foutrait en l air la prévision du cycle…
    🤔🙂
    ah la la c est pas facile tout ça
    😉

  5. Daniel Le Breton dit :

    J’ai un gros doute sur la courbe en S présentée par JCD (je l’en ai informé), je viens de regarder sur Geodes et la part Omicron est de 100% partout en France là ou elle est disponible.

    @ Bab
    On peut tracer toutes les courbes qu’on veut et jouer à se rassurer ou se faire peur, mais il faut de bonnes informations pour le faire. Ressortir son pifomètre n’est probablement pas une bonne option hélas. Pour l’instant la vigie ne signale rien à l’horizon. Pour les vacanciers regardez la carte des incidences, votre département de résidence a peut-être des chiffres encore un peu hauts pour claquer une bise à tout ce qui marche.

    • smurf dit :

      Bonjour.

      Il me semble que la courbe de JCD (extraite de TousAntiCovid) représente la part de BA4-BA5, pas la part de tout omicron.
      L’hypothèse qui est faite est que le pourcentage restant est du omicron BA1 – BA2.

      JCD s’étonne alors que BA4 et BA5 ne remplacent pas complètement BA1 et BA2 et que le pourcentage stagne.

      TousAntiCovid explique comment est calculé ce pourcentage (89,5 % en France, 7&,7 % en Ile de France) :
       » cet indicateur reflète le pourcentage de mutations L452R (évocateur du variant Delta jusqu’au mois d’avril 2022 puis des sous-lignages Omicron BA4 ou BA5) parmi les tests criblés les recherchant avec un résultat intérprétable »

      En gros, en France, on séquence très peu complètement mais on fait du criblage.
      On sait qu’il n’y a plus de Delta (car on séquence quand même un peu).

      Donc, on dit : s’il y a L452R, c’est du BA4 – BA5, sinon c’est du BA1 – BA2.

      JCD s’étonne que la part de BA1-BA2 ne baisse plus et une hypothèse serait qu’un nouveau variant (ou sous-variant) soit apparu et ne soit pas porteur de L452R. Il est alors classé « abusivement » dans BA1-BA2

      • JCD dit :

        @Smurf,

        Oui, tout à fait. C’est bien ça !
        Mais ce qui me frappe le plus, c’est le chiffre pour IDF qui est très bas.
        Sans doute, effectivement, un pb avec les données (surtout si Géodes dit encore autre chose…)

        • smurf dit :

          @ JCD
          Je ne suis pas très familier de Géodes mais je n’ai pas trouvé de répartition entre les sous-variants d’omicron seulement un 100% d’Omicron.

          Selon ce site https://covariants.org/per-country (données issues de GISAID), on serait plutôt, en France, à 97% de BA4 (22A) + BA5 (22B) entre le 18 juillet et le 1er août.
          Pas de données régionales donc pas d’infos pour l’Ile de France.

          Je pense que ce site recense les cas pour lesquels il y a un séquencement complet (pas juste un criblage)
          Donc, c’est assez fiable me semble-t-il avec la limite qu’on ne séquence pas beaucoup donc il n’y a pas tant de cas que ça pris en compte (notamment en France : moins de 500 cas entre le 18 juillet et le 1er août).

  6. Yves N dit :

    Bonjour,

    Merci pour vos travaux.

    @JCD
    Ce post afin d’aider à avoir les informations les plus exactes possibles:
    La phrase « 50% des Français ont été contaminés » m’a interpellé.

    Les chiffres que je voie sont:
    Nombre de contamination en France = 33 788 848
    Population française au 1ᵉʳ janvier 2022 = 67 813 396 habitants
    On a bien un rapport de 50% , mais la population qui a été contaminée plusieurs fois devient importante.
    Je n’ai pas trouvé de chiffres, mais d’après des statistiques personnelles, il y en aurait maintenant un pourcentage significatif et plus de la moitié de la population n’aurait pas encore été contaminée.

    Qui aurait des informations à ce sujet ?

    • ffrancis dit :

      En fait, la vraie question sur ce point est quel est le pourcentage de la population passé sous les radars (non testés). Je ne sais pas pour la France mais il me semble avoir vu une étude au UK sur le sujet

    • Phand dit :

      Cf mon post du 28 juilllet à 15h59.
      Fin mars 2022, 99,4% des donneurs de sang britanniques de plus de 17 ans avaient rencontrés le virus et ou le vaccin.
      En France, fin octobre 2021 (dernières données disponibles à ma connaissance) 80% de la population française (enfants compris) avait rencontré le virus et ou le vaccin.
      Donc comme en Angleterre, après les vagues omicron la population naïve doit être extrêmement faible.

    • JCD dit :

      Bonjour @Υves,

      Oui, effectivement, il faut prendre en compte les réinfections.
      J’ai retrouvé ceci dans les commentaires de l’article précédent :
      « Par contre, contrairement à ce qu’on entend partout à la télé/radio sur les réinfections, il y a très peu de réinfections symptomatiques : 5,4% des contaminations dit SPF »
      Il ne reste plus qu’à retrouver la publication Santé Publique France en question (je ne l’ai pas sous la main – désolé) car à ma connaissance il n’y a pas de chiffres publiés régulièrement en open data.

  7. Descastes Pierre dit :

    Merci infiniment pour tous vos travaux.
    Il n’y a plus de doute, les vaccins autorisés dans l’UE sont uniquement efficaces contre les formes graves ( avec quand même 40.000 morts par an) et e protègent pas contre les reinfections.
    Personne de paerle du vaccin cubain, moins de 50 cas par jour en moyenne depuis 4 mois et 4 morts pour cette même durée alors que les USA c’est 100.000 cas en moyenne et 300 morts par jour. Cuba a 11 millions d’habitants et un vaccin classique. Mais chut, cette efficacité ne merite pas d’être publiée dans l’UE. Pourquoi ? Seules Nature à Londres en a parlé ainsi que l’Université de Chicago

    • Pierre dit :

      @Descastes: je pourrais dire

      « Personne de paerle du vaccin utilisé en Islande, moins de 0.2 morts par jour depuis le début de l’épidémie (179/900) alors que Cuba c’est presque 10 morts par jour (8500/900). L’Islande a 0.36 millions d’habitants et un vaccin à ARN. »

      Pour revenir à la comparaison USA – Cuba :
      – 330 vs 11 millions d’habitants
      – quasi continent vs île
      – 165 vs 1 million de touristes/an
      – 40% vs 25% de taux d’obésité
      – 67% vs 88% de taux de vaccination (et même 94% de première dose à Cuba)

      Il n’y a donc clairement pas que le vaccin qui diffère entre les 2 pays.
      Mais je suis d’accord sur le fait qu’il est utile de regarder l’efficacité des différents vaccins existants au cours du temps, notamment pour savoir quand faire un rappel, chez qui, avec quel type de vaccin.

  8. smurf dit :

    Si on regarde la part d’omicron BA4-BA5 sur TousAntiCovid en Ile de France, elle augmente fortement depuis 5-6 jours (à 82,4 % maintenant). Il y a une cassure nette par rapport au « plafonnement » noté par JCD.
    Cela ressemble à un rattrapage suite à des données mal remontées.

    Nous verrons la suite mais cela ne plaide pas en faveur d’un sous-variant caché.

  9. Dioxaz dit :

    Je vois que le Reffectif est à nouveau en train de remonter (à un rythme de 0,01 point par jour). Remontée passagère ou bien remontée soutenue à prévoir ? Car pour l’instant il n’y a pas de nouveau variant installé (BA5 toujours en écrasante majorité).

    • Philippe Brouard dit :

      Bonjour Dioxaz

      Dans le cas courant l’évolution de Reffectif (toujours en dessous de 1) permet de dire que la baisse de l’épidémie ralentit, mais elle baisse toujours, tant mieux.

  10. Fred dit :

    Probablement une immunité qui baisse au fil du temps, ouvrant la porte à des ré infections ?
    Ça va devenir un grand classique…
    Je vous lis toujours avec intérêt, bonne journée à tous !

  11. Bab dit :

    Bonsoir
    BA5, un destin peut-être à l image de DELTA en 2021…
    Cycle de 3 mois à venir ? L avenir le dira…

  12. RilaX dit :

    Bonjour,
    Une étude sur les réinfections (en anglais), mené en Islande, qui nous donne un peu de données :
    https://jamanetwork.com/journals/jamanetworkopen/article-abstract/2794886

    Je recommande deepl comme traducteur ;
    Bonne lecture

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