Un pic en moins à gérer

A-t-on déjà autant parlé de pics ? Pics de bouchons, de chaleurs, du Tour de France, du covid-19… Il y en a un nouveau dernière nous, c’est le pic de la septième vague. Pour ce mois d’août je laisse la main à JCD et Daniel pour les informations et analyses récentes. Moi aussi je suis en mode descente.

Philippe Brouard

Retour au calme… avant la suite, par JCD

Finalement, la vague BA5 aura été assez similaire à la vague BA2, en un peu moins haut.

Pic atteint le 10 juillet à 130 000 cas, pic en réanimation le 19 juillet à 1 300 lits et pic à l’hôpital dans la foulée, à 21 000 lits.

On remarquera que ces seuils (hôpital et réanimation) ont à nouveau été atteints autour du 25 juillet à l’occasion d’une petite remontée, ce qui laisse à penser qu’on a eu un petit effet 14 juillet sur les chiffres (avec omicron, il y a une dizaine de jours entre la contamination et l’hospitalisation).

Le modèle ‘optimiste’ utilisé dans l’article précédent était donc le plus pertinent (par opposition au modèle ‘pessimiste’ qui essaye de prendre en compte le vieillissement de la protection vaccinale). Le rôle de protection du vaccin contre l’infection est devenu quasiment anecdotique, au vu de l’ancienneté moyenne de la 3ème dose (8 mois environ) dans la population : protection proche de 0% avec un rappel Pfizer, désormais, et à peine meilleure avec du Moderna, nous dit la Haute Autorité de Santé UK.

On peut aussi faire ce même constat à partir de vaximpact, avec le croisement des courbes noire et orange fin février : les non-vaccinés ont contracté le virus en grande majorité et semblent désormais mieux protégés contre l’infection que les vaccinés (encore épargnés en partie mais avec des défenses qui s’amenuisent tous les mois). À date, 50% des Français ont été contaminés, d’après les chiffres officiels (qui ne voient quasiment pas passer les asymptomatiques, il faut le rappeler).

La suite de l’histoire est désormais ‘classique’ : baisse des cas et des lits au mois d’août, en attendant le prochain variant.

Simulation du nombre de cas déclarés (moyenne lissée 7 jours)
Simulation du nombre de lits en réanimation

La simulation montre un atterrissage du Reffectif autour de 0,70 qui est la valeur qu’on constate généralement dans les périodes calmes. Ceci nous donnerait 10 000 cas quotidien à fin août et des réanimations qui se vident progressivement, la barre des 500 lits étant atteignable la première quinzaine de septembre, un seuil bas pas atteint depuis 2 ans.

Un point d’attention, néanmoins : la courbe en S de remplacement de BA2 par BA4/5 :

Cette courbe, extraite de l’application smartphone AntiCovid montre 2 choses :

  • Difficultés à passer la barre des 90% en France. Cf point suivant.
  • En particulier parce que l’IdF plafonne à 75% de BA4/5

Est-ce à dire que la suite est déjà là, invisible ? Nous aurons, dans tous les cas, de quoi aborder l’automne (et Centaure ?) dans de bonnes conditions. C’est déjà ça.

JCD

À quand la prochaine, par Daniel Le Breton

Ayant une analyse de la situation semblable à celle de JCD, l’épisode BA5 va se terminer fin août, je vais me limiter à une brève perspective. Faisons l’hypothèse que nous restons dans un régime « omicron », la source de son évolution est l’Afrique du Sud donc on table sur le fait que ça va démarrer là bas. Sachant que statistiquement les épisodes épidémiques ont lieu tous les 5 ou 6 mois dans ce pays, le prochain devrait avoir lieu vers mi octobre / mi novembre (pic). Comme on a environ un à deux mois de retard sur l’Afrique du sud, ça nous emmène vers un épisode avec un pic en novembre au plus tôt alors qu’on s’attendrait à quelque chose se produisant vers septembre – octobre (la rentrée). Si on fait l’hypothèse que ça dure 3 à 4 mois on devrait alors voir un démarrage début octobre au plus tôt, voire début décembre au plus tard, donc ça correspond au dernier trimestre 2022.

Et si ça venait d’Inde cette fois-ci à cause du variant BA2.75 repéré sur place ? La situation locale ne plaide pas en sa faveur car l’épisode actuel est particulièrement faible (Afrique du Sud en vert, Inde en magenta) :

Source Ourworldindata : Moyenne mobile hebdomadaire, cas par million d’habitants

L’an dernier c’est bien le delta venu d’Inde qui nous a valu un pic peu avant mi août suivi d’une reprise hivernale avec un pic début décembre, donc ça fait 4 mois de décalage (un peu plus court que dans le cas de l’Afrique du Sud). Il a alors été balayé par omicron. Alors aurons-nous une reprise de BA5 ? Un cousin du style BA6 ? Toujours est-il que le reste de l’été et le début de l’automne devraient être calmes, sauf si un variant Théodule venu d’un autre pays pointe le bout de son nez bien sûr. Question iconoclaste : et si omicron se mettait un peu en veilleuse faute de variant hyperactif ? On aurait bien mérité ça me semble-t-il.

Daniel Le Breton

(Photo à la une par GK Sens-Yonne)

  1. Yacine dit :

    Bonjour ,

    cela fait déjà 1 ans que je suis cette épidémie via votre site et je tiens à écrire ce commentaire pour en vous remercier.

    Depuis mars 2020 ,nous somme sans cesse mené du bout du nez par les médias au sujet de la gravité de cette épidémie et ce site m’a permis de pouvoir faire mes propres analyses et conclusions sur la situation.

    Merci du fond du cœur pour votre travail et votre implication en ces temps difficiles.

    Cordialement, Yacine.

    • Michel dit :

      Bonjour.
      Je rejoins Yacine pour ce commentaires qui fait écho en moi. Je suis vraiment reconnaissant pour vos analyses et projections. Les choses semblent claires quand on lit vos articles et quand on regardent vos courbes.
      Merci à tous !

  2. jsp dit :

    Vidéo sur le traitement possible du covid long
    https://www.youtube.com/watch?v=VfoyiO1CODE&ab_channel=TatianaVent%C3%B4se
    Les patients covid long en France sont négligés.

    • Sergey dit :

      50 min pour partager les traitements. C’est bien long même si c’est pour un covid … long.
      (et donc, je n’ai pas regardé)

  3. Bab dit :

    Bonjour
    la 1ere courbe montre, il me semble, peu ou prou un cycle (debut, pic, fin) de 3 mois pour chaque variant (decembre janvier février pour O1, mars avril mai pour ba2, juin juillet aout pour ba5).
    pourrions imaginer un nouveau cycle debut, pic, fin pour respectivement septembre, octobre, novembre ?
    qu en est il par exemple au Portugal qui sauf erreur nous précèdé avec ba5 ?
    dans tous les cas, l avenir est par nature un domaine bien imprévisible… 🙂

  4. Bab dit :

    « a précèdé »

    cette prévision cyclique permettrait par exemple de pouvoir planifier des vacances plus tranquilles, des restaurants apaisés, des économies de mouchoirs,…
    😁
    évidemment si tous le monde se planquait les 2 premiers mois du cycle, forcément ça foutrait en l air la prévision du cycle…
    🤔🙂
    ah la la c est pas facile tout ça
    😉

  5. Daniel Le Breton dit :

    J’ai un gros doute sur la courbe en S présentée par JCD (je l’en ai informé), je viens de regarder sur Geodes et la part Omicron est de 100% partout en France là ou elle est disponible.

    @ Bab
    On peut tracer toutes les courbes qu’on veut et jouer à se rassurer ou se faire peur, mais il faut de bonnes informations pour le faire. Ressortir son pifomètre n’est probablement pas une bonne option hélas. Pour l’instant la vigie ne signale rien à l’horizon. Pour les vacanciers regardez la carte des incidences, votre département de résidence a peut-être des chiffres encore un peu hauts pour claquer une bise à tout ce qui marche.

    • smurf dit :

      Bonjour.

      Il me semble que la courbe de JCD (extraite de TousAntiCovid) représente la part de BA4-BA5, pas la part de tout omicron.
      L’hypothèse qui est faite est que le pourcentage restant est du omicron BA1 – BA2.

      JCD s’étonne alors que BA4 et BA5 ne remplacent pas complètement BA1 et BA2 et que le pourcentage stagne.

      TousAntiCovid explique comment est calculé ce pourcentage (89,5 % en France, 7&,7 % en Ile de France) :
       » cet indicateur reflète le pourcentage de mutations L452R (évocateur du variant Delta jusqu’au mois d’avril 2022 puis des sous-lignages Omicron BA4 ou BA5) parmi les tests criblés les recherchant avec un résultat intérprétable »

      En gros, en France, on séquence très peu complètement mais on fait du criblage.
      On sait qu’il n’y a plus de Delta (car on séquence quand même un peu).

      Donc, on dit : s’il y a L452R, c’est du BA4 – BA5, sinon c’est du BA1 – BA2.

      JCD s’étonne que la part de BA1-BA2 ne baisse plus et une hypothèse serait qu’un nouveau variant (ou sous-variant) soit apparu et ne soit pas porteur de L452R. Il est alors classé « abusivement » dans BA1-BA2

      • JCD dit :

        @Smurf,

        Oui, tout à fait. C’est bien ça !
        Mais ce qui me frappe le plus, c’est le chiffre pour IDF qui est très bas.
        Sans doute, effectivement, un pb avec les données (surtout si Géodes dit encore autre chose…)

        • smurf dit :

          @ JCD
          Je ne suis pas très familier de Géodes mais je n’ai pas trouvé de répartition entre les sous-variants d’omicron seulement un 100% d’Omicron.

          Selon ce site https://covariants.org/per-country (données issues de GISAID), on serait plutôt, en France, à 97% de BA4 (22A) + BA5 (22B) entre le 18 juillet et le 1er août.
          Pas de données régionales donc pas d’infos pour l’Ile de France.

          Je pense que ce site recense les cas pour lesquels il y a un séquencement complet (pas juste un criblage)
          Donc, c’est assez fiable me semble-t-il avec la limite qu’on ne séquence pas beaucoup donc il n’y a pas tant de cas que ça pris en compte (notamment en France : moins de 500 cas entre le 18 juillet et le 1er août).

  6. Yves N dit :

    Bonjour,

    Merci pour vos travaux.

    @JCD
    Ce post afin d’aider à avoir les informations les plus exactes possibles:
    La phrase « 50% des Français ont été contaminés » m’a interpellé.

    Les chiffres que je voie sont:
    Nombre de contamination en France = 33 788 848
    Population française au 1ᵉʳ janvier 2022 = 67 813 396 habitants
    On a bien un rapport de 50% , mais la population qui a été contaminée plusieurs fois devient importante.
    Je n’ai pas trouvé de chiffres, mais d’après des statistiques personnelles, il y en aurait maintenant un pourcentage significatif et plus de la moitié de la population n’aurait pas encore été contaminée.

    Qui aurait des informations à ce sujet ?

    • ffrancis dit :

      En fait, la vraie question sur ce point est quel est le pourcentage de la population passé sous les radars (non testés). Je ne sais pas pour la France mais il me semble avoir vu une étude au UK sur le sujet

    • Phand dit :

      Cf mon post du 28 juilllet à 15h59.
      Fin mars 2022, 99,4% des donneurs de sang britanniques de plus de 17 ans avaient rencontrés le virus et ou le vaccin.
      En France, fin octobre 2021 (dernières données disponibles à ma connaissance) 80% de la population française (enfants compris) avait rencontré le virus et ou le vaccin.
      Donc comme en Angleterre, après les vagues omicron la population naïve doit être extrêmement faible.

    • JCD dit :

      Bonjour @Υves,

      Oui, effectivement, il faut prendre en compte les réinfections.
      J’ai retrouvé ceci dans les commentaires de l’article précédent :
      « Par contre, contrairement à ce qu’on entend partout à la télé/radio sur les réinfections, il y a très peu de réinfections symptomatiques : 5,4% des contaminations dit SPF »
      Il ne reste plus qu’à retrouver la publication Santé Publique France en question (je ne l’ai pas sous la main – désolé) car à ma connaissance il n’y a pas de chiffres publiés régulièrement en open data.

  7. Descastes Pierre dit :

    Merci infiniment pour tous vos travaux.
    Il n’y a plus de doute, les vaccins autorisés dans l’UE sont uniquement efficaces contre les formes graves ( avec quand même 40.000 morts par an) et e protègent pas contre les reinfections.
    Personne de paerle du vaccin cubain, moins de 50 cas par jour en moyenne depuis 4 mois et 4 morts pour cette même durée alors que les USA c’est 100.000 cas en moyenne et 300 morts par jour. Cuba a 11 millions d’habitants et un vaccin classique. Mais chut, cette efficacité ne merite pas d’être publiée dans l’UE. Pourquoi ? Seules Nature à Londres en a parlé ainsi que l’Université de Chicago

    • Pierre dit :

      @Descastes: je pourrais dire

      « Personne de paerle du vaccin utilisé en Islande, moins de 0.2 morts par jour depuis le début de l’épidémie (179/900) alors que Cuba c’est presque 10 morts par jour (8500/900). L’Islande a 0.36 millions d’habitants et un vaccin à ARN. »

      Pour revenir à la comparaison USA – Cuba :
      – 330 vs 11 millions d’habitants
      – quasi continent vs île
      – 165 vs 1 million de touristes/an
      – 40% vs 25% de taux d’obésité
      – 67% vs 88% de taux de vaccination (et même 94% de première dose à Cuba)

      Il n’y a donc clairement pas que le vaccin qui diffère entre les 2 pays.
      Mais je suis d’accord sur le fait qu’il est utile de regarder l’efficacité des différents vaccins existants au cours du temps, notamment pour savoir quand faire un rappel, chez qui, avec quel type de vaccin.

  8. smurf dit :

    Si on regarde la part d’omicron BA4-BA5 sur TousAntiCovid en Ile de France, elle augmente fortement depuis 5-6 jours (à 82,4 % maintenant). Il y a une cassure nette par rapport au « plafonnement » noté par JCD.
    Cela ressemble à un rattrapage suite à des données mal remontées.

    Nous verrons la suite mais cela ne plaide pas en faveur d’un sous-variant caché.

  9. Dioxaz dit :

    Je vois que le Reffectif est à nouveau en train de remonter (à un rythme de 0,01 point par jour). Remontée passagère ou bien remontée soutenue à prévoir ? Car pour l’instant il n’y a pas de nouveau variant installé (BA5 toujours en écrasante majorité).

    • Philippe Brouard dit :

      Bonjour Dioxaz

      Dans le cas courant l’évolution de Reffectif (toujours en dessous de 1) permet de dire que la baisse de l’épidémie ralentit, mais elle baisse toujours, tant mieux.

  10. Fred dit :

    Probablement une immunité qui baisse au fil du temps, ouvrant la porte à des ré infections ?
    Ça va devenir un grand classique…
    Je vous lis toujours avec intérêt, bonne journée à tous !

  11. Bab dit :

    Bonsoir
    BA5, un destin peut-être à l image de DELTA en 2021…
    Cycle de 3 mois à venir ? L avenir le dira…

  12. RilaX dit :

    Bonjour,
    Une étude sur les réinfections (en anglais), mené en Islande, qui nous donne un peu de données :
    https://jamanetwork.com/journals/jamanetworkopen/article-abstract/2794886

    Je recommande deepl comme traducteur ;
    Bonne lecture

    • NicoM dit :

      Bonjour à tous, enfin ceux qui restent, pas un seul commentaire depuis 1 semaine, ça sent la fin des haricots… D’ailleurs, chers auteurs, ça donne quoi la fréquentation du site ? Commencez vous à envisager la fin de vos articles ?

      @Rilax

      Ce qui m’a le plus marqué dans l’étude que vous avez mis en lien c’est ce passage :

      « The probability of reinfection increased with time from the initial infection (odds ratio of 18 months vs 3 months, 1.56; 95% CI, 1.18-2.08) (Figure) and was higher among persons who had received 2 or more doses compared with 1 dose or less of vaccine (odds ratio, 1.42; 95% CI, 1.13-1.78). »

      Mine de rien, cela confirme les observations étonnantes de vaximpact ici qui montre le même phénomène (0 ou 1 dose moins infectés que 2 ou 3 doses)…

      Mon humble avis profane est que ces vaccins ont été formidables pour limiter les formes graves et donc ont sauvés des vies, mais qu’il ne faut pas leur prêter davantage de vertus…

      • Phand dit :

        @nicoM & Rilax

        La situation actuelle est que la population des sujets non vaccinés ou non infectés doit être maintenant inférieure à moins de 1% de la population totale (cf données anglaises).
        Donc les données comparent des vaccinés avec des infectés non ou pas vaccinés. Ils sont donc tous immunisés.

        • NicoM dit :

          @phand

          L’étude portant sur les REinfections, on est même certain que 100% de la population étudiée a été préalablement infectée 🙂

          • Phand dit :

            @NicoM
            Et justement les reinfections se font chez les vaccinés comme chez les infectés non vaccinés.
            En Islande avec une fréquence un peu plus grande chez les vaccinés versus les 0 ou 1 dose.
            Le point de la DRees du 22 juillet explique bien la difficulté de prendre en compte les Non vaccinés depuis le premier trimestre 2022 car leur effectif réel est beaucoup trop faible.

            • NicoM dit :

              @Phand

              Je ne comprends pas trop ou vous voulez en venir… Des effectifs trop faibles pour être pertinents, c’est ça ? Ce n’est pas l’argument que notent les auteurs qui écrivent (propos traduits) : « De manière surprenante, 2 doses ou plus de vaccin ont été associées à une probabilité légèrement plus élevée de réinfection par rapport à 1 dose ou moins. Ce résultat doit être interprété avec prudence en raison des limites de notre étude, notamment l’impossibilité d’ajuster les relations complexes entre l’infection antérieure, l’éligibilité au vaccin et les conditions sous-jacentes. »

              Ps : on parie combien que si les données montraient une moins grande probabilité de réinfection chez les vaccinés, les auteurs n’auraient pas pris ces précautions méthodologiques mais auraient conclu que « les vaccins restent efficaces pour limiter les réinfections » ?

              • Phand dit :

                @NicoM

                Je veux simplement dire que depuis le premier trimestre 2022, on fait uniquement des comparaisons entre des vaccinés d’un côté et des infectés non vaccinés.
                Pour le paragraphe que vous citez, je suis pleinement d’accord avec les auteurs.
                Et c’est justement ce que la drees a essayé de faire dans sa note du 22 juillet et prenant en compte le statut vaccinal de façons plus fine et avec un effectif bcp plus grand.

                Les auteurs auraient sans doute eu les mêmes réservent en cas de résultats inverses.

              • NicoM dit :

                @Phand

                L’étude étudie les réinfections parmi une population, en regardant s’il existe des différences selon l’âge, le sexe, le statut vaccinal etc. Ils se trouve qu’ils en ont trouvé une concernant le statut vaccinal, et le résultat se trouve être contre-intuitif sur ce paramètre.

                Et comme le résultat est contre-intuitif, ils relèvent cette surprise et cherchent à la nuancer. Peut-être à raison ceci-dit.

                Mais si le résultat avait été celui attendu (les vaccins protègent davantage des réinfections) je suis absolument certain qu’ils n’auraient pas soulevé ces réserves.

                De toute cette épidémie, il m’est apparu, entre autres révélations, que le monde académique/scientifique est lui aussi soumis à une part de subjectivité qui ne devrait pourtant pas avoir sa place en science pure et dure. Mais les scientifiques sont aussi des humains…

  13. Daniel Le Breton dit :

    Les entrées à l’hôpital remontent un peu depuis mi août, c’est peut-être l’effet de l’obsolescence de la protection vaccinale dans le temps.

    Le Reff a repassé sporadiquement la valeur de 1 le 19 août de son coté (moyenne mobile hebdomadaire), peut-être le hasard des chiffres avec des rattrapages mais la tendance est globalement à la hausse. Du coté des observations elles-mêmes, on ne voit pas encore de franchissement de la valeur zéro pour la dérivée qui reste légèrement négative et on constate une tendance plutôt asymptotique des cas avec une valeur moyenne aux alentours de 18 000 par jour.

  14. Bab dit :

    Bonsoir

    A priori un covid plus meurtrier cet été pour les très âgés qui l attrapent, en comparaison avec 2021… Dixit les British

    https://www.theguardian.com/world/2022/aug/23/twice-as-many-people-died-with-covid-in-uk-this-summer-compared-with-2021

    Pour la France, à la vue des chiffres covidtracker, la mortalité ne semble plus baisser, voire augmenter… Pas glop pas glop. Savoir si l aspect tranche d age recoupe avec l article du guardian?

  15. Philippe Brouard dit :

    Bonjour

    en réponse à NicoM au 23 août, le conseil scientifique s’est arrêté alors oui ça pourrait être notre tour si on n’a plus rien à dire 😉 .

    En scrutant le dashboard World, les quelques pays significatifs où on voit une nouvelle vague sont : Japon, Corée du sud, Taïwan, Hong-Kong et aussi en Chine. Donc étrangement ça ne reviendrait pas par l’hémisphère sud (actuellement en hiver). À surveiller

    • Daniel Le Breton dit :

      Les variants dominants au Japon et en Corée du Sud sont BA4 et BA5, BA2.75 ne représente que quelques pour cents. En Inde ou le (petit) pic est passé, BA2.75 est à 40%; BA4 et BA5 faisant le reste. Donc pour l’instant on ne s’attend pas à une explosion due au « centaure » (BA2.75) qui peine à déplacer les deux autres, c’est ça la bonne nouvelle avec l’absence d’un nouveau variant en provenance d’Afrique australe.

      En France ça se calme à nouveau à l’hôpital bien que la mortalité soit plus forte qu’anticipée (aux environs de 60 cas par jour en moyenne hebdomadaire contre 40 pour BA2). Le nombre de cas journaliers est asymptotique, ça prend une tête de plateau et qui dit plateau dit croisement de vagues. Ce plateau représente 15% de la valeur du dernier pic alors qu’en Afrique du Sud le nombre de cas est descendu à moins de 5% du pic. Comme il n’y a rien à signaler d’autre est-ce qu’on voit les prémices de BA2.75 qui est aujourd’hui en très faible pourcentage ou bien une reprise de BA5? Je parierai plutôt sur la seconde hypothèse. Question subsidiaire que va donner la rentrée scolaire qui va à nouveau brasser de la population et augmenter le nombre de contaminations? Une fois de plus il va falloir attendre que la situation se décante et surveiller tout ça de près.

  16. Bab dit :

    Bonsoir

    « qui dit plateau, dit croisement de vagues »…

    début d une vague cycle de 3 mois ?

    en regardant dans le retroviseur, ça donne hausse en septembre, pic en octobre et baisse en novembre.
    c est peu ou prou le cycle existant depuis le début de cette pénible histoire.

    une modelisation de type regression linéaire devrait logiquement confirmer cette prevision au doigt mouillé (mais les performances passées ne garantissent pas les performances futures 😉)

    pour ceux qui possèdent les données du passé (nos 3 modelisateurs ?) et qui maitrisent les regressions lineaires (nos 3 modelisateurs🙂) ca serait, il me semble, intéressant à modéliser.

    il y a 25 ans le modèle de regression linéaire existait en natif dans excel, est ce encore le cas dans les versions actuels ? je ne sais pas.
    à l epoque ca faisait des courbes predictives assez bruitées mais c était du predictif assez remarquable sur du court terme… apres c est basé sur le passé donc forcément c est un faux futur…
    mais pour la petite histoire c est utilisé avec un certain succès dans la finance et notamment des boursicoteurs.
    en plus on peut tordre facilement les données d entrée pour produire son futur préféré, mais ça c est une autre histoire 😁

    • Daniel Le Breton dit :

      @ Bab

      Cette technique a déjà été évoquée dans le blog il y a un bon moment, et si ma mémoire est bonne elle a été utilisée par un des analystes de Covidtracker sans succès. Le problème de la projection à partir d’une série est l’incertitude de la prédiction qui est très large par rapport à une technique comme les gaussiennes qui cherche une solution en forme de courbe en cloche ce qui limite la zone d’incertitude. Pour l’instant il suffit de suivre l’évolution de la dérivée des données et pour les cas journaliers cette dérivée est proche du zéro. Tant qu’elle ne sort pas de cette zone vers le haut ou vers le bas on n’est sûr de rien et le plateau actuel est peut-être le résidu de vagues de quelques sous variants non identifiés de BA4 ou BA5 qui vont finir par s’éteindre. BA2.75 est encore trop peu présent pour provoquer un redécollage, mais c’est le seul qui pourrait créer un rebond pour l’instant car il n’y a rien à signaler en Afrique du Sud. Plutôt qu’un scénario de forte reprise automnale style BA2.75 qui reste possible bien sûr, je m’attends plus à un scénario hivernal avec un variant d’Afrique australe. Mais la probabilité que je me trompe est grande :). Pour reprendre une formule politique bien connue, « je n’exclue pas » une mise en veilleuse plus longue qu’attendue si rien ne sort d’Afrique.

  17. Bab dit :

    Bonsoir Daniel
    La regression linéaire (RL) nécessite une profondeur historique consequente. Ce qui aujourd’hui commence, il me semble, à être le cas. La RG n est qu une simulation basée sur la reproduction du passé. 🤔
    C est juste un outil « mathématique » et qui part du postulat que le futur ressemble au passé. 🙄
    De façon empirique et visuel sur l aspect des courbes , il y a, il me semble, dépuis le debut de cette histoire, un cycle d environ 3 mois pour chaque vague. Comme nous sommes en France en fin de vagues, si le passé se reproduit, alors une nouvelle vague devrait commencer debut septembre pour se terminer fin novembre. La RG pourrait peut-être dessiner cette ondulation. Ce serait juste pour voir. 🙂
    De mémoire avec l excel d il y a 25 ans, il suffisait d avoir la suite des données (par exemple le taux d incidence) sur une période passée pour simuler la suite futur du taux d incidence (avec de plus en plus de bruit au fur et a mesure que le futur s éloigne du présent).
    Mais bon moi c est juste une suggestion de simulation simple.☔
    Non pratiquant ès RG depuis 25 ans, je suis dans la categorie spectateur conseilleur à partir du fauteuil 😉
    Voilà voilà 😁

  18. Philippe Brouard dit :

    Bonjour Bab et Daniel

    L’essai d’utilisation de modèle avec autorégression a été présenté ici https://covidtracker.fr/epivar/ et il me semble que ce n’est plus actualisé. Ça concernait une courte période de projection.

  19. Bab dit :

    Bonsoir Philippe,

    Bon ben cela a été exploré. J étais étonné du contraire. Tester la prédiction via la RG c’est juste une suggestion pour le fun 🙂 et pour voir si ça marche 😉.

    La RG est un modèle prédictif très utilisé et n est effectivement que basé sur le passé.

    Pour le modèle epivar, je serai intéressé de savoir si les données d entrée sont les suites des données enregistrées depuis le début du covid ?
    Car ces suites commencent à être conséquentes et à priori bien documentés, donc une base solide.

    Petit bémol pour la suite sur le nombre de cas quotidien, peut être prendre les données a partir du moment où le testing était abondamment disponible.
    D ailleurs le testing ces dernier mois, de mon point de vue, ne doit plus être très très fiable.
    Je pense que pleins de cas symptomatique ne sont plus testés, car à quoi bon se tester si les symptomes, désormais très bien décrits dans les médias, sont modérés et sans conséquences. Si on est bon citoyen, on s isole en attendant que les symptomes disparaissent car à ma connaissance il n’y a toujours pas de traitement pour les cas peu symptomatiques. En revanche il me semble que si on est bien malade, ben on va voir le médecin (ou le samu) en essayant de faire gaffe à ne pas contaminer toute la salle d attente 🙄

    Pour les autres suites, mortalité par exemple, depuis mars 2020 (le début de l épidémie en France), ces données devraient être très fiable et donc une bonne base pour la modélisation predictive.

    Ceci étant, si par chance l épidémie disparaît maintenant, bien évidemment le modèle est mis en défaut.

    Mais pourquoi cela s arreterait il subitement ?

    En 2020, le variant Delta a donné deux vagues et n a été éteint que par le plus contagieux Omicron.
    Omicron pourrait hélas avoir un destin similaire. 🙁
    Bah ça les mois à venir le diront….
    On croise les doigts… 🤞

  20. Fred dit :

    Et si maintenant avec tant de personnes contaminées (parfois plusieurs fois) et immunisées (certes variable en efficacité et temps)) cette sale bête devenait enfin un coronavirus banal comme tous ses prédécesseurs ?
    On serait bien là dans le « passé prédictif » évoqué ci dessus…?

    J’espère bien que ça va rester ouvert, la rareté des interventions n’empêche pas que ça perdure, et puis, c’est plus facile à lire ET à rattraper en retour de vacances !

    Un grand bonjour à tous !

  21. Fred dit :

    Tiens curieux, j’étais venu poster un petit commentaire il y a 3 – 4 jours et rien ?
    J’ai bien vu que sur le coup il ne s’affichait pas en pensant qu’il passait à « l’inspection »…
    Venant ce matin aux nouveautés, je vois que c’est le même dernier message derrière lequel j’ai posté.
    Je tombe sur ce lien ce matin qui fait en parti écho au post de DLB le 25 aout.
    https://www.20minutes.fr/sante/3345599-20220902-covid-19-nouveaux-variants-pourraient-emerger-hiver-apres-agence-europeenne-medicaments

  22. Philippe Brouard dit :

    Bonjour Fred

    Votre message n’a pas eu besoin de modération, je ne vois rien de bloqué de ce côté là. Oui, le site reste ouvert, comme on entend de-ci de-là qu’une huitième vague pointerait à l’automne, les tableaux de bord permettent de regarder rapidement si ça remonte. Pour le moment c’est toujours en baisse en France. Au Japon le pic est passé. En Russie ça remonte, En Chine ça reste contenu, en Afrique du sud rien à signaler, en Inde c’est redescendu. Tout ça est plutôt bon signe, à surveiller côté russe ?

  23. Daniel Le Breton dit :

    Ce qu’il faut noter c’est que c’est toujours BA5 qui est la source des épisodes épidémiques et pas BA2.75.
    En Inde BA2.75 prend le dessus (75%) alors que l’épisode est en décroissance. Comprenne qui pourra.

    J’ai calé une Gaussienne sur les observations relevées en France et on aurait un épisode depuis fin juillet avec un pic fin août avec ce qui est probablement un variant de BA5. Reste à surveiller l’effet rentrée des classes car pour l’instant on reste sur une décroissance lente des observations.

    Toujours rien à signaler en Afrique du Sud

  24. RilaX dit :

    Est-ce que quelqu’un pourrait fouetter le stagiaire pour qu’il mette à jour vaximpact ?
    Le blog est plus souvent mis à jour que ce graphe…

  25. Meunier dit :

    Bonjour à tous

    J’aimerais savoir sur quelles informations, sources, modèles, évolution du virus hors de France (etc) se fonde l’immunologue Brigittea Autran, nommée à la tête du nouveau conseil scientifique, pour estimer qu’il « est quasi certain qu’il y aura une vague [de Covid-19] à l’automne » ?

    Comptant sur vos lumières

    BM

  26. Meunier dit :

    Pour compléter mon commentaire précédent :
    il faut des liens pour montrer que je n’ai pas « inventé » l’information. Ce ne sont pas des sources scientifiques, mais des « news », mais on peut supposer que Brigitte Autran, immunologue, ne parle pas en l’air
    https://www.francetvinfo.fr › Santé › Maladie › Covid-19, 17 août 2022

    https://www.leparisien.fr › Societe ›, 17 août 2022

    https://www.lefigaro.fr « Science et environnement », 17 août 2022

    • Philippe Brouard dit :

      Bonjour Meunier

      J’ai enregistré quelques favoris web pour récupérer des infos sur la modélisation covid-19, le point d’actualité récent étant : https://modcov19.math.cnrs.fr/lettre/2022-09-01-modcov19/

      On y retrouve qu’un séminaire se tient aujourd’hui à Nancy avec le Gretsi, une session sera consacrée à la modélisation et la surveillance des épidémies http://gretsi.fr/colloque2022/programme/

      Du côté de l’Institut Pasteur, l’outil de projection à court terme des besoins hospitaliers n’est pas à jour : https://modelisation-covid19.pasteur.fr/realtime-analysis/hospital/

      Du côté de l’équipe ETE du labo MIVEGEC de Montpellier, c’est non actualisé depuis quelques mois : https://cloudapps.france-bioinformatique.fr/covidici/

      Je ne connais pas d’autres sources d’infos qui montreraient une projection de la situation pour cet automne.

      • Philippe Brouard dit :

        Des fichiers PDF en résumé permettent d’avoir un aperçu des présentations au Gretsi 2022. Une des conférences évoquera l’estimation du taux de reproduction R : http://gretsi.fr/data/colloque/pdf/2022_abry770.pdf . C’est ardu. En conclusion dans le PDF, je cite :  » L’estimation linéaire par morceaux promue ici permet donc naturellement une prévision de tendance à très court terme, en plus de l’analyse rétrospective de l’impact des mesures sanitaires sur l’évolution de la pandémie. »

        Bien malin celui ou celle qui sait déjà ce qui se passera cet automne.

        • Meunier dit :

          Merci pour votre réponse détaillée…je ne suis pas sûr d’avoir envie de lire dans le détail les modèles, surtout si non actualisés !
          Comme économiste je sais que ce qu’on trouve à la fin d’une modélisation, dépend beaucoup des hypothèses de départ, de la formulation des processus et des valeurs – réelle ou siimulées – des variables. Et tout le monde connaît l’adage « garbage in, garbage out »

          Je partage votre conclusion « bien malin/maline celui ou celle ….

  27. Daniel Le Breton dit :

    Le redémarrage reste mou pour l’instant, c’est probablement un effet de la rentrée. Faute de données récentes sur le séquençage je parie toujours sur la famille BA5.

  28. Sébastien MEDARD dit :

    Bonjour,

    J’ai dû rater un gros épisode, en effet, il n’y a plus de données régionales d’incidence par classe d’âge sur le site. Pour quelles raisons ?

    Merci.

    Sébastien.

    • Philippe Brouard dit :

      Bonjour Sébastien, effectivement je vois le même problème. Pour être exact cette anomalie a été remontée dans le gestionnaire de code source covidtracker https://github.com/rozierguillaume/covid-19/issues/47 le 13 juillet, pas de réponse à ce jour. Que ce soit pour Daniel, JCD ou moi, nous n’avons pas d’autre contact avec la communauté des développeurs des outils du dashboard. Les données semblent présentes du côté data.gouv.fr avec Santé publique France. Donc espérons que l’anomalie pourra être corrigée.

  29. Sébastien MEDARD dit :

    Merci pour ce retour très factuel, et merci à la communauté pour son engagement.

  30. Fred dit :

    Bonjour à tous

    Fin de premier semestre un rapport du Sénat relatait des effets secondaires des vaccins (principalement pfizer) contre la covid, ci dessous :

    https://www2.assemblee-nationale.fr/content/download/473079/4608021/version/1/file/rapport_EI+vaccins+covid+sec_VF.pdf

    Depuis l’un d’entre vous a t’il vu passer des infos supplémentaires ?
    ou savez vous si cette commission doit de nouveau se réunir ?
    Des infos émanant CRPV ?

    D’avance merci.

  31. Bab dit :

    Bonjour

    Redemarrage hélas confirmé…

    https://www.ouest-france.fr/sante/virus/coronavirus/carte-covid-19-41-850-nouveaux-cas-recenses-ce-mardi-le-point-par-departement-50ffe63e-337c-11ed-8dd8-fdb9fa809eb1

    Ma boule de cristal en forme de rétroviseur pifometré prévoit un pic vers fin octobre. 🙄
    A voir si le futur ressemblera au passé…
    Le cristal ne donne pas la hauteur du pic 😕

  32. Philippe Brouard dit :

    Bonjour

    Relayé hier par la presse, un communiqué du patron de l’OMS est optimiste pour la suite de l’épidémie : « Nous n’y sommes pas encore, mais la fin est à portée de main ». Voir plus en détail : https://www.france24.com/fr/info-en-continu/20220914-la-fin-de-la-pand%C3%A9mie-de-covid-est-en-vue-pour-le-patron-de-l-oms

  33. Bab dit :

    Bonsoir aux animateurs
    Pour quand votre prochain article ?
    Très intéressé de découvrir vos nouvelles analyses, courbes, gaussiennes et simulations.
    Y a de nouveau du grain à moudre 🙄
    A vous lire

  34. Daniel Le Breton dit :

    Je reste optimiste avec les chiffres actuels, on doit être proche du premier point d’inflexion qui se situerait ce weekend ou un peu plus tard. Dans ces conditions le pic de la vague décelée actuellement serait de l’ordre de 40 000 cas par jour en moyenne à la fin du mois (nous en sommes à 25 000). On ne peut pas confirmer une huitième vague avec les données actuelles, on verra ce qu’il en est lundi soir après la publication des chiffres du weekend. Pendant ce temps là, l’encéphalogramme reste plat en Afrique du Sud.

  35. Philippe Brouard dit :

    Bonjour

    @Bab, @Daniel. De mon côté il faut que je mette le préchauffage sur le calculateur, je vais regarder si ça donne quelque chose.

  36. jsp dit :

    Présentation de décès covid chez les enfants : quand ça tourne mal, c’est souvent dès les premiers jours
    https://mainichi.jp/english/articles/20220916/p2a/00m/0na/033000c#cxrecs_s

  37. js dit :

    stratégie zéro covid en Chine et espérance de vie
    https://qz.com/china-life-expectancy-exceeds-us-1849483265
    Ces chiffres sortent peu avant la réunion du Parti.

  38. jsp dit :

    Un petit nouveau, aux Etats-Unis et au Royaume-Uni :
    https://www.leprogres.fr/sante/2022/09/19/ce-qu-il-faut-savoir-sur-ba-4-6-ce-nouveau-sous-variant-d-omicron
    Les foules rassemblées au Royaume-Uni vont-elles favoriser BA.4.6 ?

    • Philippe dit :

      Des chercheurs chinois ont surtout mis en avant une énorme pub pour justifier la politique du zéro covid car dans un mois, le parti communiste est censé continuer à faire confiance en xi donc belle etude pour ne pas lui chercher trop de bêtes dans la tête

  39. Bab dit :

    Bonsoir

    Article Ouest-france

    https://www.ouest-france.fr/sante/virus/coronavirus/la-8e-vague-de-covid-provoque-peu-de-remous-68c6818e-38e9-11ed-bf0e-79042fcc07f9

    Il y a helas une accoutumance à la mortalité covid, qui touche principalement les vieux et les faibles… 🙁
    En attendant le R a sacrément augmenté🙄
    La boule de cristal me donne un pic 2e quinzaine d octobre, un peu en avance sur la vision cristalline pifometrée précédente 🤔
    A voir si ça se réalise. Hope not…

    • Daniel Le Breton dit :

      Ma projection reste inchangée, le rebond de BA5 devrait voir son pic en début de semaine prochaine et ça devrait se situer le mardi du coté de 60 000 cas. Je croise les doigts pour qu’il n’y ait pas d’autre rebond à la suite.

      Maintenant ça ne nous dit rien de l’arrivée éventuelle de BA4.6 et autres nouveaux variants pour semer la zone à l’hôpital cet automne.

  40. NicoM dit :

    Bonjour à tous !

    Je ne viens plus trop ici ces derniers temps, mais je viens passer un petit coucou sur mon ex blog préféré ! (Maintenant je suis « la voie de l’épée ». Maintenant que j’ai mon DEUG d’épidémiologie, je suis en train de passer à un cursus de stratégie militaire 😉 )

    Je regarde les courbes de « croissance des cas » ici et je vois que le « début de la 8eme vague » dont se sont délectés toute la presse il y a quelques jours en arrière semble faire un gros pshittttt…

    Bizarre, aucun masque, aucun geste barrière, aucune distanciation et le virus ne décolle pas ? Mais comment est-ce possible ? Moi qui croyais que toutes ces mesures étaient absolument indispensables pour nous protéger, j’en perds mon latin.

    Bon enfin, rassurons nous, une grosse vague va forcément revenir, on va pouvoir s’inquiéter à nouveau.

    Sinon j’ai en tête depuis quelques temps de vous parler d’une autre épidémie : la variole du singe. Vous avez remarqué, plus personne n’en parle. C’est normal, l’épidémie est en net déclin, elle a atteint son pic fin juin/début juillet dixit Santé Publique France.

    Donc voici un virus qui n’a contaminé à ce jour « que » 3943 personnes, avec 50 000 personnes qui se sont vaccinées, et a atteint son pic alors que « seulement » 1200 personnes (à la grosse louche) avaient été contaminés.

    Alors je sais, vous allez me dire « c’est pas comparable » et patati et patata, mais qu’un virus puisse décliner après avoir contaminé « seulement » 1200 personnes dans un pays de 67 millions d’habitants, si vous me trouvez un quelconque début d’immunité collective qui expliquerait ce déclin, chapeau…

    Ce que je veux dire par là, c’est qu’on essaye de trouver des explications aux croissances/décroissances/pics/reprises alors que de nombreux paramètres doivent nous échapper totalement.

    Je ne dis pas ça comme critique de vos modèles, qui sont excellents, mais davantage dans le sens que nous devons tous rester modestes dans les explications de phénomènes extrêmement complexes qui nous échappent en grande partie.

    • Pierre dit :

      Explication principale probable = « immunité collective »
      Aidé probablement par quelques « gestes barrière » (un peu moins de contacts) et d’isolement des cas et cas contacts.

      Ne pas oublier qu’il n’y a pas 67 millions de personnes homosexuelles ayant des partenaires multiples en France.

      • Pierre dit :

        PS :

        ce vendredi matin à 7h45 sur FranceInfo, interview de Brigitte Autran présidente du Covars (ex-conseil scientifique) :
        concernant variole du singe, elle parle aussi de vaccination + isolement.

        Et concernant la Covid, aucune inquiétude exprimée, sous réserve d’un nouveau variant plus dangereux.

  41. smurf dit :

    L’oeuf ou la poule…

    Est-ce qu’on a plus de tests positifs parce que l’on teste plus ?
    Est-ce qu’on teste plus parce qu’il y a plus de cas réels (donc de gens avec des symptômes) ?
    Et, quand il y a plus de cas positifs, il y a aussi plus de cas contact qui se font potentiellement tester…

    On peut aussi surveiller le taux de positivité qui, il me semble, a immanquablement monté à chaque vague pour ensuite se stabiliser et redescendre (avant le nombre de cas) ?
    Actuellement, après, une montée, il se stabilise.

    A noter que, pour moi, cette montée du taux de positivité concomitante avec une vague n’est pas une évidence même si je la constate à chaque fois.
    Bien sûr, lors d’une vague, le nombre de cas réels (toujours inconnu) augmente et la proportion de personnes positives augmente dans la population. Mais, lors d’une vague, les gens se testent plus, des gens malades mais aussi des gens cas contact mais aussi potentiellement des gens sans vrais risque mais qui sont juste inquiets par la vague et qui pourraient faire baisser le taux de positivité.

    Il me semble qu’actuellement, les gens se font quand même beaucoup moins tester car ils en ont marre, le virus fait beaucoup moins peur et les cas où le test est obligatoires sont quasi inexistants… Donc les vagues sont très sous-estimées (ce qui n’est pas forcément un mal d’ailleurs).

    Personnellement, on enchaîne les « rhumes » dans la famille depuis la rentrée sans test donc possible qu’il y ait un omicron BAx.x qui soit passé inaperçu… Mais se tester à chaque petit rhume, est-ce que cela ne veut pas dire se tester pour un rhume jusqu’à la fin des temps ? Donc bof…

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