La vie rêvée d’avant

Omicron, trois petits tours et puis s’en vont ? par JCD

Les variants et sous-variants sont désormais plus rapides à émerger que les articles du blog. Difficile de suivre la cadence ! En trois ou quatre mois, nous aurons en effet vu naitre et disparaître 2 vagues : Delta, puis Omicron.

Et dans la famille Omicron, le BA1.1 a supplanté dès janvier le BA1, créant ainsi une vague dans la vague, un peu plus haute et longue que ce qui avait été prévu. Le taux R0 du BA1 se situe aux environs de 10.

Quelques enseignements (rassurants ou inquiétants) à tirer de cette vague et de son accélération en particulier : le séquençage n’arrive pas à suivre. Quasiment pas de données publiques en France (comme dans beaucoup de pays, malheureusement, d’ailleurs), sur la montée en puissance de BA2 par exemple. Le séquençage permet notamment de calculer l’avantage de transmissibilité d’un variant donné versus le variant suivant. L’illustration de cette course étant la fameuse courbe en S de remplacement d’un variant par un autre.

  • Ceci est un vrai handicap pour anticiper au plus tôt (et donc au mieux) ‘le coup d’après’.

Les méthodes de lutte actuelles les plus efficaces (vaccination et confinement pour prendre les plus emblématiques) pour contenir une nouvelle vague ne peuvent plus, désormais, être utilisées en curatif mais seulement en préventif. En effet, omicron est passé en 1 mois de 0 à 500 000 cas par jour. Or le délai d’efficacité d’un confinement est d’environ 3 semaines. De même, en 1 mois, on vaccine 20% de la population (Nième dose) ce qui n’est pas suffisant pour freiner significativement et rapidement le virus.

  • Il est fortement souhaitable que les prochaines souches, si elles restent encore sur des Reffectif très élevés, soient de moins en moins meurtrières car les mesures les plus efficaces deviennent trop longues à mettre en place si on ne peut pas les anticiper.

Les recontaminations par un nouveau variant ainsi que les contaminations de gens vaccinés sont en forte augmentation (x3 ou x4 pour les vaccinés par exemple) ce qui illustre la baisse d’efficacité des vaccins dans le temps.

  • Au gré des vagues, nous allons, pour l’instant, d’immunité collective précaire en immunité collective précaire. Jusqu’à ce qu’un variant finisse par rester suffisamment stable ?

Une note plus positive, enfin : la virulence de omicron BA1 est plus faible (environ -70% pour ce qui est des entrées en réanimations) ce qui a créé un réel décalage entre le nombre de cas (près de 400 000 en moyenne hebdo au pic de fin janvier) et l’impact sur l’hôpital (sous tension mais pas débordé). Un scénario qui se rapproche de la fameuse grippe, donc.

  • Peut-être les prémices d’un état endémique, prédit par certains, pour cette maladie ?

Où en est-on aujourd’hui ?

Le nombre de cas descend aussi vite qu’il est monté. Les 100 000 cas en moyenne mobile ont été franchis à la baisse Jeudi dernier et le Reffectif est descendu sous 0,6. Du jamais vu depuis Juin 2021, voire depuis le confinement de Novembre 2020. Cette semaine verra donc la barrière des 50 000 cas tomber. (Rappelons-nous : 50 000 cas, début décembre, nous paraissait être un plafond infranchissable !).

On gardera quand même un œil sur BA2 voire BA3, avec le peu d’informations disponibles, pour confirmer qu’il n’y aura pas de soubresaut dans les courbes dans les prochains jours (BA2 semble plus rapide et un peu plus virulent donc méfiance).

Moyenne mobile 7 jours du nombre de cas comptabilisés.

Et pendant ce temps-là, l’hôpital se vide.

De 3 000 lits aujourd’hui les réanimations devraient descendre en dessous de 1 500 lits mi-mars pour « l’anniversaire » du 1er confinement puis arriver ensuite, (enfin !) à descendre en-dessous des 1 000 lits (chiffre plus atteint depuis l’été 2020. Attention à BA2 néanmoins).

Idem pour la barrière des 1 000 entrées/jour à l’hôpital qui devrait être atteinte d’ici fin février (vs 3 000/j au pic il y a quelques jours).

Simulation du nombre de lits occupés en réanimation

A noter aussi que la simulation des lits en réanimation (calée sur les chiffres réels d’entrée en réa) est plus pessimiste que la réalité. Ceci met en évidence une baisse d’environ 10% de la durée moyenne du séjour en réanimation avec omicron, moins virulent que delta.

Alors, à quoi s’attendre ensuite ?

Un nouveau variant, fort probablement, puisque depuis deux ans nous étrennons une nouvelle lettre grecque tous les 6 mois ! …Ou bien encore omicron ?

En janvier, la presse britannique bruissait en effet d’informations indiquant une possible reprise d’omicron cet été (sans saturation de l’hôpital). Il fallait donc en avoir le cœur net.

Les données glanées ici et là permettent de voir que l’efficacité vaccinale (2 doses) contre l’infection baisse avec le temps. Cette baisse se fait de manière exponentielle :

En bleu, diminution de l’efficacité vaccinale 2 doses contre le variant delta au cours du temps (ex : 30% de perte d’efficacité au bout de 100 jours). En pointillés orange : une modélisation (étonnamment parfaite !) par une simple exponentielle

Toutes choses égales par ailleurs (autant dire que ceci est une hypothèse très hasardeuse !), j’ai donc appliqué à omicron ce même « vieillissement » de l’effet vaccinal sur la troisième dose (sachant qu’omicron part de 75% d’efficacité vaccinale juste après la troisième dose, donc on est déjà plus bas que pour le delta au départ).

Le résultat est sur la courbe verte un peu plus haut dans cet article : reprise d’omicron autour de juin. L’immunité collective patiemment acquise va petit à petit disparaître pour laisser remonter omicron (si pas de nouveau variant d’ici là).

Bien évidemment, le calendrier et l’amplitude du mouvement sont très indécis 4 ou 5 mois à l’avance car il y a beaucoup de facteurs d’influence positive ou négative (arrivée du printemps puis de l’été, relaxation des mesures/évolutions de la politique sanitaire…). Mais la tendance est là. Difficile d’y échapper.

Ceci pose donc à nouveau la question de la stratégie sanitaire d’ici là : peut-on ‘tout ouvrir’ rapidement sans crainte. C’est par exemple la stratégie danoise, anglaise voire espagnole.

Faut-il y aller plus doucement ? C’est le choix de la France pour le moment. Avec toujours en ligne de mire un élément important : plus une vague démarre de ‘bas’ (cas, hospitalisations…), plus elle est gérable car elle permet de mieux anticiper (‘Buying time’ comme disent les Anglo-saxons).

L’évanescence de l’effet vaccinal (protection contre l’infection et contre les formes graves aussi) peut ainsi devenir critique si un redémarrage a lieu cet été, d’autant plus que la 3ème dose des ainés/des plus fragiles date de fin 2021. Inévitablement, le sujet de la 4ème dose va donc resurgir. Tout comme le sujet des vaccins adaptés à omicron. Comme on l’a vu plus haut, le temps de réaction ne laissera pas beaucoup de marge de manœuvre, même si un redémarrage omicron sera a priori toujours plus simple à gérer (car remontée observable via lente remontée du Reffectif) qu’un nouveau variant.

Restons vigilants après la relaxation des mesures qui ne manquera pas d’arriver !

L’envie d’une dernière descente, par Philippe Brouard

J’ai réouvert les calculs sur la période du printemps 2020 : tout a commencé un 18 février avec 12 cas officiels. On ne s’attendait pas à ça ! Je dis qu’il y a comme l’envie d’une dernière descente parce que la fatigue est partout. Fatigue des calculs, fatigue des courbes, fatigue des mesures contraignantes, fatigue des mauvaises nouvelles, … et je ne parle pas de la fatigue des soignants. Pour maintenant, c’est une bonne nouvelle ! Il n’y a pas de doute concernant la belle accalmie sur le front sanitaire. Un gros coup de frein sur la transmission du virus est survenu, c’est raisonnable de penser que ça va continuer. On enclenche le frein moteur et on redescend de la montagne.

Selon le simulateur, Reffectif est estimé vers 0,5 et c’est exceptionnellement bas. Pour les calculs à venir, je garde cette valeur, avec les trois scénarios habituel, stable, remontée ou même encore à la baisse. En cas de remontée, l’estimation pour rejoindre 1 serait vers le 1er mars.

Evolution du cumul de cas positifs au SARS-CoV-2 en France, données Santé publique France et simulateur CT avec trois hypothèses d’évolution dans les jours à venir.

En conséquence, à autres réglages constants, le calcul de prolongation des courbes hospitalières permet d’apprécier la baisse de charge.

Occupation des services hospitaliers pour covid-19 France, données Santé publique France et simulateur CT.

Concernant les décès, le nombre quotidien a été fort ces dernières semaines en raison du pic de charge hospitalière. L’accalmie se profile aussi de ce côté, ça va certainement baisser dans les jours à venir.

Cumul des décès hospitaliers liés à la Covid 19 en France, données SPF et simulateur CT

Une remarque sur les ehpad et EMS : la vague omicron a impacté ces établissements de façon un peu plus forte que prévu (selon la précédente projection, on se situe sur la trajectoire haute alors que toutes les autres courbes sont sur la trajectoire basse). Vu du côté du simulateur CT il semblerait que ça soit lié à la plus grande transmissibilité du variant omicron, car l’évolution plus forte du nombre de cas positifs détectés se retrouve presque mécaniquement dans l’évolution du nombre des décès.

Cumul des décès dans les EHPAD et EMS liés à la covid-19 France, données Santé publique France et simulateur CT.

Pour finir, regardons l’évolution de l’indicateur sur la durée moyenne de séjour hospitalier (avant retour à domicile) et celui de la létalité hospitalière.

Durée moyenne de séjour hospitalier et létalité hospitalière, comme estimé en conséquence des calculs du simulateur CT

On constate que la létalité a baissé avec l’arrivée du variant omicron, mais pas de façon spectaculaire, se situant vers 11 %. La covid-19 reste une maladie qui n’est pas anodine lorsqu’elle se transforme en cas sévère. La durée moyenne de séjour est comparable à celle lors du pic de la vague hivernale en novembre 2020. Cette durée devrait commencer à remonter avec le déclenchement de la fin de vague… qui sera la dernière, allez on y croit !

Le début de la fin, par Daniel Le Breton

Tout semblait bien se dérouler au début de l’hiver: une vague supposée courte, très haute et un pic attendu début janvier. Patatras, une deuxième lui a succédé, et probablement une troisième. La simulation globale donne ceci :

Contaminations journalières (données SPF)

Les critères sanitaires utilisés pour la gestion de l’épidémie concernant l’hôpital avant tout, en voici l’évolution en y superposant les données pour les personnes hospitalisées spécifiquement pour covid (pour information) :

Hospitalisations

NB : je n’utilise que quatre gaussiennes à la fois, ce qui explique que ça ne colle pas tout à fait au début de certains graphiques (en bas à gauche). Dans mon décompte, la dernière vague porte le numéro 7 : Wuhan, puis le « vison français » selon l’IHU de Marseille, l’hivernale scélérate, la vague alpha, la delta estivale, puis la vague delta automnale et enfin celle des trois omicron.

La hauteur des pics renseigne sur la sévérité des variants et ce serait donc BA2 si c’est bien lui dont il s’agit, car j’arrive parfois à substituer deux courbes log normales en lieu et place de trois courbes normales (les gaussiennes), le plus sévère ramené à la hauteur du pic des contaminations correspondantes. On observe le même phénomène pour les présences en soins intensifs et pour les décès, BA2 serait le plus létal des trois et la progression entre les  variants correspond à une dégradation de la situation (virus de plus en plus létal, d’un facteur 3 entre les extrêmes). Comme quoi il faut se méfier des tendances générales, la létalité augmente vers la fin et il pourrait bien y avoir plusieurs causes.

Personnes en soins intensifs
Décès

A coté le variant delta serait en moyenne 3 fois moins contaminant, mais enverrait presque 8 fois plus en soins intensifs (3,5 fois plus à l’hôpital) et serait un peu plus de 4 fois plus létal qu’omicron.

Sur le papier l’épisode épidémique se termine vers le 20 mars, ce sera moins net que cela dans la réalité car les courbes vont s’étaler sur la fin (c’est la limite de la représentativité des gaussiennes). Alors disons fin mars voire début avril pour la disparition quasi complète de l’épisode épidémique en faisant une cote mal taillée et en mettant un cierge pour qu’aucun nouveau variant ne s’annonce quelque part dans le monde. Faudra-t-il donc attendre tout ce temps pour en finir avec les mesures sanitaires d’exception ? C’est là que l’intérêt politique rejoint celui de la médecine radicale : on pourra toujours trouver un critère qui permette d’attendre le plus longtemps possible. Je vous laisse deviser sur l’usage systématique du mot « lever » et non « supprimer » par les représentants du pouvoir en place en parlant des mesures d’exception.

Trois critères principaux sont évoqués aujourd’hui avant de lâcher les fauves :

  • 1000 à 2000 personnes en soins intensifs,
  • un taux d’incidence bas ce qui veut dire 50 quand on écoute les médecins piliers des plateaux de télévision (le fameux 5000 contaminations par jour).
  • plus aucune déprogrammation nulle part en France. Voilà un joli critère pour lequel on ne dispose d’aucune information vérifiable, sans oublier le fait qu’en hiver on a toujours des déprogrammations. C’est un critère parfait pour conserver la maîtrise des horloges et pour nous prendre pour des billes.

En fait les chiffres devraient être bas dès le début du mois de mars. La barre des 1 000 personnes en réanimation, qui représente le point bas entre deux vagues hivernales (c’est la moitié moins en été), aurait lieu début mars (le 4 selon les simulations). C’est le critère retenu pour enlever le masque en intérieur. Pour mi mars, on peut donc cocher la case sans trop se risquer de se méprendre. 

En ce qui concerne le taux d’incidence de 50, taux qu’on a pu observer en octobre dernier, on notera d’abord qu’il représente moins de 2% de la valeur du pic. Ca donne une idée de la sévérité du critère qui n’avait jamais été employé jusqu’ici. A la sortie du confinement de l’automne 2020, on était à 100 de taux d’incidence. Avec les simulations actuelles on rencontrerait cette valeur de 50 début mars (3 ou 4), que ce soit avec les données SPF ou celles de Geodes. Donc même en tablant sur une descente ralentie vers la fin, on peut supposer l’avoir atteinte avant fin mars, période annoncée de son obtention par ses promoteurs. On va bien voir si l’ironie de l’histoire va prendre le dessus, malgré des critères plus que sévères on les obtiendra peut-être avant fin mars. Sauf le dernier concernant les déprogrammations qui est malléable à souhait et on peut le dire, parfaitement inique. On peut attendre la Saint Glinglin pour avoir un critère prenant en compte le poids psychique (donc médical également) des restrictions, mais c’est secondaire, ça ne fait pas de morts visibles à court terme.

Parmi les pays européens la France apparait timorée pour s’autoriser un relâchement qui pourrait nuire à la campagne électorale qui s’annonce si la situation se mettait à dériver du mauvais coté de la plaque, sait-on jamais. On nous connait bien plus hardis pour dépenser l’argent qu’on n’a pas.

Prêts pour la prochaine ? On va bien voir ce qui se passe d’abord dans l’hémisphère sud qui va entrer en saison froide, ça va être intéressant. Ce sera l’occasion de vérifier l’efficacité des vaccins adaptés à omicron.

Daniel Le Breton

  1. Ldx dit :

    Merci à vous trois pour vos analyses.
    On croise les doigts avec vous pour une sortie espérée de cette crise qui n’a que trop duré.

  2. Framboise31 dit :

    Mille mercis!
    J’ose espérer que tout ce travail d’analyse, de synthèse, de rédaction, servira de modèle aux jeunes journalistes, et donnera quelques complexes aux plus anciens…

  3. Joe dit :

    Merci et bravo pour cette mise à jour complète.

    Avez-vous comparé vos courbes et simulations avec ce qui se passe au Royaume Uni, Danemark, ou autre pays?

    Je m’attendais à une appréciation sur l’efficacité du pass vaccinal. Sa mise en place a-t-elle eu un impact?

    Enfin, serait-il possible de comparer tant l’occupation des lits en hôpital que les décès avec une année de forte grippe? Cela a fait l’objet d’échanges dans les précédents blogs, le suivi de ce point, avec la rigueur que vous démontrez, permettrait d’avoir des éléments factuels à fournir à ceux qui minimisent l’impact du virus.

    Merci

  4. fabien63 dit :

    toujours super interessant

  5. Daniel Le Breton dit :

    Bonjour Joe

    Pour ma part j’ai quelques courbes, le plus souvent uniquement les contaminations. On peut faire un point rapide:
    • L’Autriche est sur un plateau descendant et ne va pas tarder à basculer
    • L’Allemagne suit l’Autriche avec un peu de retard, mais c’est la même configuration
    • Le Danemark vient de dépasser un pic double (deux bosses) et les chiffres de contamination descendent maintenant. Ils sont désormais en retard par rapport à la France. Est-ce lié au fait qu’ils ont relâché les restrictions très tôt, ça reste une hypothèse plausible mais difficile à vérifier.
    • Les Pays Bas sont en milieu de descente
    • L’Italie en est presque aux trois quarts de la descente comme la France

    Dans le cas du Royaume Uni je regarde également les données hospitalières disponibles. Les contaminations sont aux trois quarts de la descente, et ils ont actuellement moitié moins d’hospitalisés que la France après avoir eu un pic de contaminations deux fois plus petit. Ils devraient retrouver leur point bas de personnes en lits ventilés début mars (c’était alors au printemps 2021). Coté décès ils rencontrent une stabilisation en milieu de descente (à 150 décès par jour), peut-être est-ce l’effet déjà évoqué des bouts de chaîne de transmission, il faudrait vérifier la moyenne d’âge des personnes concernées.

    Je laisse à JCD le soin de commenter le point de l’efficacité du passe, mais si vous suivez les débats de la Commission d’enquête sénatoriale, il n’existe aucune justification scientifique chiffrée disponible (dixit Pasteur).

    Pour la comparaison avec la grippe il n’existe pas de données aussi précises qui soient facilement accessibles, en tout cas je n’en n’ai pas trouvé. Il est probable que Pasteur fera cette comparaison a posteriori, enfin je l’espère. Dans le contexte actuel (forte vaccination), la vague des omicrons a fait un score de décès digne de celui d’une grippe.

    • Gabillard Gilbert dit :

      Bonjour,

      concernant la Grande Bretagne que je suis attentivement, je constate qu’ils ont relaché les contraintes plus tôt
      et semblent avoir eu un nombre significativement moindre de cas. ce qui contraste avec le désastre de leur première vague. Aussi je m’interroge. Est ce que la durée de la protection vaccinale ne dépendrait pas des vaccins ? Contrairement à nous Astra Zeneca a été massivement employé, chez nous mis à la poubelle pour des raisons plus médiatiques que médicales. Faut-il en voir une cause ? Je le pense mais manque de données por cela.
      Cordialement

      Gilbert

      • Whynot dit :

        @Gilbert
        Astra Zeneca a surtout été mis à la poubelle chez nous en raison du tollé que les rares mais plus fréquents effets indésirables vs les vaccins ARNm ont déclenché chez les jeunes surtout. Il y a donc un peu de médical à la base, et ensuite effectivement ça a été médiatique.
        Et aussi, le fait que les « commandes groupées » de l’UE étaient principalement tournées dès le début vers les premiers agrémentés en UE, c’est-à-dire les vaccins ARNm.
        Il me semble (à vérifier) que la baisse d’efficacité est similaire pour le vaccin Astra, voire même en défaveur de celui-ci.
        En tout cas, la levée des restrictions plus précoce est aussi liée au fait que leur dernière vague était avant la nôtre, beaucoup moins haute, en partant de moins haut.
        Je parle sous le contrôle de DLB qui suit bien plus précisément la situation UK ^^

      • Daniel Le Breton dit :

        @ Gilbert

        On ne peut que spéculer en parlant des vaccins, le cas britannique est atypique avec 4 vagues successives de delta sur la période été / automne avant de voir les omicrons. Ont-ils acquis une plus grande immunité, c’est possible. Ils ont été les précurseurs du rappel et ils ont utilisé l’ARNm pour cela me semble-t-il

  6. Jean-Loup dit :

    Toujours aussi intéressant, même si le parti pris idéologique de la 2de partie est particulièrement insistant.

    Un peu dommage de verser dans le «On peut attendre la Saint Glinglin […]» ; «Sauf le dernier [critère] concernant les déprogrammations qui est malléable à souhait […]».

  7. Fred dit :

    Merci à vous trois pour ce nouveau chapitre.

  8. Whynot dit :

    Bonjour à tous,

    Merci encore à vous 3 pour votre engagement, et merci DLB pour les compléments ci-dessus en réponse à Joe.
    Comme Jean-Loup, je déplore (gentiment hein, ce n’est pas une accusation) que l’analyse finale se teinte un peu d’éléments un poil plus subjectifs que le restant du contenu 😉
    Torts partagés : la faute au virus qui nous enquiquine depuis trop longtemps et qui pousse à l’expression du « y’en a marre », la faute à notre gouvernement et sa communication toujours défaillante, la faute à nous zot’ intervenants sur le blog d’avoir de plus en plus paré les commentaires de « politique » au fil des semaines.

    Concernant l’efficacité du pass vaccinal, il me semble évident que c’est très difficilement démontrable ou réfutable scientifiquement, voire même impossible puisqu’il ne s’agit pas d’un objet scientifique…

    Les prochaines semaines vont être intéressantes à suivre, tant sur le plan purement sanitaire (altération de la couverture vaccinale, apparition ou pas de nouveau variant, rebond ou pas d’omicron, beaux jours qui arrivent chez nous mais qui repartent de l’hémisphère sud) que sur le plan de la gestion politique de sortie de crise, pour le moment frileuse et prudente certes, mais qui me paraît teintée d’une volonté de maîtrise calendaire… Après les voisins pour faire « au mieux », avant l’échéance printanière pour mieux convaincre de la réussite de la stratégie… Le timing est serré, tout va s’accélérer très rapidement !

  9. Daniel Le Breton dit :

    Je reconnais volontiers ne pas faire dans le politiquement correct, et je déplore l’absence de réaction des média quand ce genre d’argument à la limite de l’honnêteté intellectuelle leur est présenté. Donc effectivement, je me suis un peu défoulé sur le sujet. On ne peut pas non plus définitivement écarter le politique pour se cantonner dans les chiffres, car cela impacte notre vie quotidienne. Tant qu’on n’a pas vu de dégâts occasionnés par les confinements chez ses proches, on ne se sent pas nécessairement concerné.

    A part cela je surveille également de près le cas de Paris, où les entrées à l’hôpital et en soins intensifs s’approchent de zéro. J’espère qu’on verra ce chiffre dans le courant de la semaine prochaine et comme Paris a une douzaine de jours d’avance sur la France, on peut croiser les doigts pour espérer le voir aussi au plan national avant fin mars.

    • Whynot dit :

      @DLB
      Je ne vous jette pas la pierre, en soi vous avez totalement raison, mais on s’éloigne du sujet du blog 😉

      • Daniel Le Breton dit :

        @ Whynot

        Oui et non, on ne fait pas d’analyse des données pour le simple plaisir de valider une approche mathématique particulière, mais aussi pour voir ce qui se trame dans le futur proche. C’est de notre façon de vivre qu’il s’agit, alors à un moment ou à un autre, on franchit les limites de l’exercice d’analyse, et qu’on le veuille ou non, le passe (je lutte à ma manière contre l’anglicisme « pass ») crée un précédent dont on va avoir du mal à sortir. Je termine mon a parte hors sujet en rappelant que les futurs gestionnaires du système de santé dépendront surtout de qui gagnera les législatives, et pas seulement de la présidentielle, sans oublier la bureaucratie en place qui tient les tranchées. Clap final, retour à la pandémie.

        • NicoM dit :

          @DLB

          Je plussoie à vos propos. Vous avez totalement raison, vous relevez que des critères non objectifs de sortie de crise sont définis et que du coup le gouvernement fera ce qu’il veut en prétextant une légitimité issue de critères pseudo-objectifs (objectifs en apparence, subjectifs en réalité).

          Ce n’est pas de l’idéologie mais un fait qui devrait tous nous alerter. Et ce gouvernement est coutumier du fait dans cette crise.

          • Whynot dit :

            @NicoM
            Ah, vous êtes de retour ?
            Et donc on relance le débat stérile qui ne fera qu’opposer des opinions et des « vous verrez bien » et des « vous vous direz un jour que je l’avais bien dit » ? 😉
            Qui vous dit que les arguments sont plus objectifs ailleurs, hein ? Les modèles allemands, britanniques et espagnols ardents défenseurs des libertés, connaissez-vous les critères mis en oeuvre, et sont-ils vraiment plus objectifs que ceux retenus chez nous ?
            L’obligation vaccinale (potentiellement ciblée à l’avenir) qui conditionne l’entrée à certains lieux, par exemple, c’est mieux que notre passe d’un point de vue objectivité ?
            Notre gouvernement est-il le seul au monde à s’appuyer sur des critères qui par définition ne peuvent pas être objectifs puisqu’ils ne peuvent pas être étudiés et définis de façons rationnelle ? Si tel était le cas je m’inquiéterais un peu, de même que si le passe était une exception franco-française.
            Encore une fois, c’est un point de vue idéologique anti-gouvernement en place qui vous anime ! Je ne dis pas que vos préoccupations ne sont pas légitimes, je dis qu’elles sont fondées sur des raisons qui ne sont pas celles que vous réclamez…

            Avez-vous songé un instant que si tout ceci était purement et simplement abandonné, dans le cas où l’avenir nous réserverait quelques surprises, on devrait repasser par la case « soumis au processus démocratique » qui ferait perdre un temps précieux alors même que (2 des 3 auteurs le soulignent), face à un variant aussi rapide il faut justement être le plus réactif possible ? Un outil en place, avec toutes les limites et tous les biais qu’il comporte, n’est-il pas un moindre mal par rapport à un outil qu’on prendrait sagement le temps de définir le plus objectivement possible, quitte à provoquer une nouvelle saturation des hôpitaux ?

            • Guillaume dit :

              La validité du certificat de rétablissement pour un passé, diminuée a 4 mois par Veran il y a 15j, ne repose sur rien de scientifique, nous sommes d’ailleurs strictement le seul pays européen à avoir retenu 4 mois.
              A partir de là, soit Veran fait des recherches secrètes dans sa baignoire, et ne les publie pas, soit il y a une autre raison:
              Instrumentalisation de la politique sanitaire à fins politiques/ électoralistes? Ou simple corruption/préparation de pantouflage a pfizer pour lui ou ses proches?
              Je suis preneur d’une autre explication, mais précise que les excuses de l’ignorance ou de la simple stupidité ‘bienveillante’ ont déjà été trop utilisées en 2020 et 2021.
              De même plusieurs articles du New England ces dernières semaines montrent que la protection vaccinale contre les hospitalisations, après 2 doses, ne diminue pas significativement jusqu’à au moins 6 mois chez les <65ans.
              Quand on découvre un mensonge, il est normal de se poser la question du pourquoi?

  10. Joe dit :

    Merci Daniel pour votre réponse détaillée. @Jean-Loup et Whynot, comment expliquez-vous que les allemands qui sont en »plateau descendant » aient déjà annoncé une levée des restrictions pour le 20 mars alors qu’en France qui est au 2/3 de la descente annoncée, on ne dit rien. Pardon, il y a l’ouverture des discothèques vu l’efficacité de la 3ème dose ou d’une vaccination compète sur Omicron après un certain temps, c’est raisonnable, quant aux enfants ils sont habitués à porter le masque, autant continuer, non?
    Comme je ne comprends pas vraiment je souscris aux propos de Daniel, mais après votre éclairage je changerai probablement d’avis.
    Merci

    • Jean-Loup dit :

      17.02.2022: Les restrictions au sujet du coronavirus au 20 mars
      Berlin (dpa) – L’État fédéral allemand et les Länder se sont mis d’accord sur le retrait des mesures au sujet du coronavirus en trois étapes au cours des quatre prochaines semaines, jusqu’au début du printemps, le 20 mars. À partir de cette date, « toutes les mesures de protection plus approfondies seront supprimées si la situation dans les hôpitaux le permet ». Seule une « protection de base » avec l’obligation de porter un masque à l’intérieur ainsi que dans les bus et les trains devrait subsister.

      20.02.2022: Selon un sondage une personne sur deux veut continuer à porter un masque
      Berlin (dpa) – Plus d’un citoyen allemand sur deux veut continuer à porter un masque même après l’expiration de l’obligation de porter un masque. C’est ce qu’a révélé un sondage représentatif réalisé par l’institut de sondage Insa pour le journal « Bild am Sonntag ». 52 pour cent des personnes interrogées ont indiqué qu’elles continueraient à porter le masque même sans obligation – dont 79 pour cent dans les transports en commun, 76 pour cent dans le commerce de détail, 66 pour cent dans les transports à longue distance, 51 pour cent dans les services corporels, 39 pour cent dans les institutions culturelles, 23 pour cent dans la gastronomie et 22 pour cent au travail. En revanche, 41 pour cent des personnes interrogées souhaitent renoncer au masque dès que l’obligation sera levée dans le cadre de l’assouplissement des mesures concernant le coronavirus. Une majorité est en outre favorable au maintien de l’obligation de porter un masque au-delà du 20 mars, notamment dans les bus, les trains et le commerce de détail.
      https://www.deutschland.de/fr/news/coronavirus-en-allemagne-nouvelles

    • Whynot dit :

      @Joe
      Je l’ai expliqué : le calendrier électoral, tout simplement. On peut ne pas être d’accords, mais il y a cette différence majeure avec nos voisins qui explique beaucoup de choses. Sans les justifier ni les légitimer on est tous d’accords, mais ça explique…

    • Ga dit :

      @Joe
      Vous demandez encore une fois que l’on vous « explique » des divergences de politique sanitaire selon les pays… les contributeurs ici n’étant je pense pas forcément dans les confidences des décideurs allemands ni français, je ne vois pas quelle réponse « scientifique » vous attendez. Ah mais c’était juste pour relancer l’air de rien le débat politique, peut être…

      • Guillaume dit :

        Effectivement, les décisions françaises se prennent sous couvert du secret défense, on ne sait pas quels arguments sont pris en compte, et l’on en est réduit à faire des hypothèses sur les motivations derrière les décisions que l’on nous impose.
        En gardant à l’esprit que la nécessité du secret n’est pas évidente face à un virus, sauf si l’intérêt de la population n’est pas l’objectif principal.
        Vu l’absence totale de justification scientifique pour certaines mesures (certificat de retabli4mois contre 6 partout ailleurs en UE par ex.), l’instrumentalisation du sanitaire a des fins politiques et électoralistes est probable, une part de corruption également.

  11. Micat dit :

    Aux auteurs et commentateurs de ce blog.
    Depuis que je vous ai rencontré, je suis un peu plus rassuré : il semble encore possible de trouver une information de qualité et d’en débattre sans se battre. J’espère que, faute de nouveau variant méchant, ce blog va perdre de son intérêt… mais je redoute en même temps de perdre ce lien avec vous. Il est donc plus que temps de vous remercier !
    Vous avez su mettre de la réflexion dans la polémique, et juste un poil de polémique dans la réflexion. Je me permets enfin de défendre le droit de Daniel – mais aussi l’intérêt et l’agrément pour le lecteur – de mettre un peu d’émotion maitrisée dans la rédaction de ses derniers articles.

    Merci à tous et à chacun !

    • Philippe Brouard dit :

      Bonjour @Micat et aux commentateurs

      Merci pour vos messages de soutien et merci pour la suite du débat à la suite des articles. Lancer un nouvel article permet de rebattre les cartes. Ça fait du bien.

      • Whynot dit :

        @Philippe
        Les rédacteurs rédigent, les commentateurs commentent et les débatteurs rebattent 😉
        Merci pour votre merci mais il est évident que si nous passons du temps à lire et écrire, c’est vous 3 qui donnez le tempo de la dynamique et qui permettez ces riches échanges, merci de nouveau pour ça !

        PS : on est toujours sur le même Reff de l’évolution du nombre de commentaires, ou on a passé le pic ?? 😀

  12. JoeyT dit :

    Magnifique travail comme d’habitude. Merci à nos modélisateurs maison!
    Contrairement à @Jean-Loup, j’ai particulièrement apprécié les remarques de DLB en fin d’article.

    @Joe , sur l’efficacité du pass vaccinal : il n’y a pas d’étude sur ce sujet, mais en raisonnant avec un peu de bon sens, et en regardant ce qui se passe autour de nous, voilà ce que l’on pourrait conclure: les gens concernés par le pass sont des personnes qui n’étaient pas très motivés au départ, des gens qui n’ont pas de doses (très rares, et qui n’ont pas changé d’avis) et des gens qui ont eu 2 doses tardivement. Ce sont donc essentiellement des personnes assez jeunes (en tout cas pas trop âgées 😋) que l’on force. Parmi ceux-là, certains ont décidé de choisir d’attraper Omicron, plutôt que de recevoir une 3eme dose qui en plus ne les protégerait que très partiellement. Ces gens ont vu leurs certains de leurs proches (amis/collègues/famille) contaminés malgré les 3 doses. Ils ont vu aussi que certains de leurs amis obtenaient leur pass en attrapant Omicron, qui pour des gens avec ce profil (pas vieux, en forme, sans comorbidites) ressemble à un petit rhume. Je pense donc que non seulement le pass, en obligeant des gens qui n’auraient pas fait de formes graves à se vacciner, mais surtout en poussant toute une partie à se contaminer exprès, a contribué à l’augmentation des cas et/ou à la baisse moins rapide que prévue de la vague Omicron. Bref, le pass ne cible absolument pas les plus de 80 ans non vaccinés qui s’en contrefichent et a poussé beaucoup de gens à faire exprès d’attraper Omicron.

  13. Pierre dit :

    @Joe et Jean-Loup

    Au sujet de l’Allemagne il faut noter que les différents Länder pourront continuer à appliquer des restrictions au-delà du 20 mars – l’expérience depuis 2020 a montré que les Länder sont parfois plus « durs » que le consensus fédéral. Par aiileurs il est fortement question d’introduire une obligation vaccinale sur le modèle autrichien. Différents groupes parlementaires mettent en avant diverses modalités (au-delà de 18 ans ? 50 ans ? par étapes ? selon les professions ?) mais il me semble, vu l’arithmétique parlementaires, que cette obligation sera d’une manière ou l’autre mise en place au printemps. On ne peut donc pas vraiment parler de fin complète des restrictions.

  14. Damien L dit :

    Merci pour votre super météo du covid. J’adore votre blog. Merci pour tout.

    Il y a peut-être une petite coquille. Dans le graphique « perte d’efficacité vaccinale avec le temps (% vs temps) », sur l’axe des ordonnées il n’est pas affiché des pourcents. Il s’agit plutôt de la probabilité d’être affecté par le covid si exposition ou le taux d’inefficacité du vaccins. Il faudrait peut-être multiplié les valeurs de l’axe des ordonnées par 100 pour avoir des pourcents. Au passage, nommer l’axe des ordonnées pourrait aussi augmenter la lisibilité.

  15. picoteras dit :

    Bonjour et un très, très grand merci aux auteurs de ce blog, ainsi qu’à toutes celles et tous ceux qui contribuent à le prolonger dans les commentaires !

    @DLB : je suis en admiration devant vos simulations gaussiennes, tellement elles s’avèrent être en phase avec ce que l’on détecte péniblement sur le terrain (comparé à UK et Danemark, nous sommes vraiment à la traîne question séquençage en France).

    Ainsi, votre quatrième courbe (en violet), que vous attribuez hypothétiquement au variant BA.2, a extrêmement hautement probablement une base réelle : « BA.2 est depuis le 14 février majoritaire dans les eaux usées en IDF ». [https://nitter.net/DrPleple/status/1495372567871463428#m]

    C’est ce qu’a twitté Sébastien Wurtzer (virologue, membre du projet/réseau Obépine) le 20 février 2022, en précisant, en réponse à une question, que : « Ces données sont produites dans le cadre d’un WP du projet Emeraude. Les données issues de ce programme ne sont pas diffusées à ce jour. » (même lien).

    BA.2 est bien parmi nous et il est à souhaiter de tout cœur que les améliorations en cours le concerne aussi.

    PS : parce que je le pouvais et que j’avais vu des vidéos en provenance de Chine, d’Iran et enfin d’Italie, après m’être préparé pendant 3 semaines je me suis confiné le 10 mars 2020, 48 heures avant l’annonce présidentielle et une semaine avant l’entrée en vigueur du premier confinement en France.

    • Daniel Le Breton dit :

      @ picoteras

      Merci pour l’information. Le facteur chance y est peut-être pour quelque chose mais au moins l’analyse peut faire sens. Selon l’évolution générale, BA2 pique du nez lui aussi, sinon cela se verrait dans les données.

  16. Whynot dit :

    @JoeyT
    C’est votre analyse, votre conclusion, permettez aux autres de ne pas forcément la partager…

    « une 3eme dose qui en plus ne les protégerait que très partiellement » -> 75 % c’est « très partiel » ? OK ça marche, on n’a pas la même notion de partiel alors

    « en attrapant Omicron, qui pour des gens avec ce profil (pas vieux, en forme, sans comorbidites) ressemble à un petit rhume » -> un petit rhume qui déclenche 39° de fièvre et qui vous couche pendant 3 jours, vous prive de l’odorat et vous promet quelques séquelles moyen-long terme désormais assez largement documentées, hein… Oui oui, même chez des « jeunes en forme et sans comorbidités », j’ai plusieurs exemples autour de moi et j’imagine qu’il y en a plein d’autres. Mais sans doute ne le disent-ils pas, puisque ce sont des forts qui n’ont rien à craindre de rien… C’est quelque part assez valorisant, non, de pouvoir dire « j’ai choppé omicron et j’te jure, c’est qu’un petit rhume » ? Ca prouve à la fois qu’on est fort, et que le gouvernement a tort, ainsi que tous les « covidoflippés » qui tournent en boucle depuis 2 ans, ces empêcheurs de tourner en rond !

    « en obligeant des gens qui n’auraient pas fait de formes graves à se vacciner » -> ah oui, il y a donc un moyen d’être certain de savoir à l’avance si en contractant le virus on déclenchera une forme grave ou pas ? Si certains ont envie de jouer avec le feu ça les regarde, personnellement j’appelle un comportement stupide (pour être poli). Ne pas se faire vacciner juste par esprit de contradiction ou par peur des effets secondaires du vaccin et aller en toute conscience choper une saloperie qui peut vous amener à l’hosto voire à la morgue (OK, la probabilité est très faible pour eux, cela ne signifie pas non plus qu’elle est nulle), pardon mais je trouve ça désolant…

    Que le passe ait manqué sa cible la plus importante (les 80+), c’est une certitude, mais il ne faudrait pas non plus le réduire à ça. On ne saura probablement jamais exactement combien de vies la vaccination a sauvées, il ne faudrait pas l’oublier en réduisant le vaccin au passe puis le passe à un emmerdement des jeunes « forts » qui n’ont peur de rien, et donc en bout de chaîne réduire le vaccin à un emmerdement volontaire des jeunes…

    Il ne faudrait pas oublier non plus que ceux-là même, en attrapant volontairement omicron, constituent un maillon de chaîne de contamination. Et au bout de cette chaîne, il peut y avoir un fragile dont la vie peut être fauchée à cause d’un déraisonnable militant anti-gouvernement… Surtout maintenant, avec cette contagiosité poussée à l’extrême qui ne peut donner absolument aucun contrôle du style « non mais j’te jure, j’ai fait super gaffe de contaminer personne, je suis pas con non plus »

     » les plus de 80 ans non vaccinés qui s’en contrefichent » -> parce que vous croyez que c’est uniquement par désintérêt ??? Moi je crois plutôt que c’est par manque d’information, par isolement, en raison d’une pathologie qui les prive d’une partie de leur capacité cognitive, à cause d’un entourage lui-même non vacciné qui refuse en bloc sans demander l’avis au concerné, la liste est longue. Sans doute que certains « s’en contrefichent », ça m’étonnerait fortement que ça explique les 5 ou 20 % manquants…

    Je veux bien admettre que le gouvernement actuel peut donner l’impression de faire passer des vessies pour des lanternes, mais ce genre d’argumentation, ça me hérisse le poil tant c’est inepte d’un point de vue scientifique, douteux d’un point de vue moral et affligeant d’un point de vue de la responsabilité collective…

    • Whynot dit :

      Oups, lire « les 15 ou 20 % manquants » sur l’avant-dernier paragraphe !

      • JoeyT dit :

        @whynot
        Svp arrêtez avec vos 75%. Mais 75% de quoi? D’éviter de faire une forme grave qu’ils n’auraient pas faite? De risques en moins d’attraper le virus? Mais vous plaisantez? Je vous rappelle que pendant 7 jours après la 3eme dose, ça ne compte pas (alors que beaucoup de gens attrapent le virus pile dans ce laps de temps) et que ces pourcentages s’effondrent après 10 semaines.
        Encore une fois vous ne comprenez que tous les gens ne sont pas logés à la même enseigne avec ce virus et que le facteur le plus déterminant est l’âge.
        Les gens jeunes en forme et sans comorbidites que vous connaissez et qui ont passé 3 jours avec 39 de fièvre et qui ont perdu l’odorat et qui auront probablement des séquelles à moyen long terme, ils étaient vaccinés 3 doses? 2 doses? Pas vaccinés ?
        Quand je dis que les plus de 80 ans s’en contrefichent, je parle du passe vaccinal bien sûr, pas de la vaccination.
        Et dire que c’est stupide de faire exprès d’être malade, oui ça l’est. Et d’empêcher des gens de travailler même lorsqu’il ne sont pas malades pour les obliger à faire un vaccin qui ne les empêchera pas d’attraper un virus ou de le transmettre, c’est intelligent peut-être ?
        Et que vous le vouliez ou non, que vous trouviez cela stupide, douteux, affligeant ou ce que vous voulez, beaucoup de gens l’ont fait (d’attraper Omicron volontairement, ou au moins de je pas se protéger quand quelqu’un de son foyer est positif), et ça a dû forcément jouer sur la dynamique de l’épidémie, avec des cas en plus et des transmissions en plus. Et c’est bien le passe qui a provoqué ces comportements.

        • Whynot dit :

          @JoeyT
          Pffff, je suis fatigué, vraiment… Les 75 % ça vient de toutes les études qui ont été faites sur le booster vs omicron, je n’invente rien, c’est même un paramètre décrit par JCD dans l’article. Donc désolé, je n’arrêterais pas avec ça, puisque c’est une donnée scientifique avérée que le booster protège au moins à 75 % de développer une forme grave après infection, chez les jeunes comme chez les moins jeunes.
          Quant au délai de 7 jours, on le connaît, donc 7 jours après le booster et ben on fait attention, tout simplement.

          « D’éviter de faire une forme grave qu’ils n’auraient pas faite? » -> encore une fois, comment pouvez-vous être certains de ne pas développer une forme grave a priori de l’infection ? Si vous me le démontrez, je vous suivrai dans votre raisonnement et même j’engagerai la recherche à pousser l’investigation car effectivement si on peut en être certain ça lèvera tous nos problèmes actuels…

          « Les gens jeunes en forme et sans comorbidites que vous connaissez et qui ont passé 3 jours avec 39 de fièvre et qui ont perdu l’odorat et qui auront probablement des séquelles à moyen long terme, ils étaient vaccinés 3 doses? 2 doses? Pas vaccinés ? » -> Des 2 doses qui ont refusé de faire la 3e, ainsi que des non vaccinés et qui ont volontairement attrapé le virus pour faire les petits malins et valider leur passe. Pour info, l’un d’eux est aujourd’hui dans un état pitoyable des suites du virus, incapable de monter 10 marches sans s’essouffler, 1 mois après rétablissement. Autre info, un autre a déclenché moins de symptômes, il a fait une fête de famille juste avant -> résultat 5 cas positifs, 4 asymptomatiques mais une mamie (boostée 3 doses) aujourd’hui à l’hôpital avec un pronostic assez faible de survie d’après les dernières nouvelles. Croyez-moi que l’adage « qui fait le malin tombe dans le ravin », il le rumine aujourd’hui….

          « Et d’empêcher des gens de travailler même lorsqu’il ne sont pas malades pour les obliger à faire un vaccin qui ne les empêchera pas d’attraper un virus ou de le transmettre, c’est intelligent peut-être ? » -> euh, ça concerne quel pourcentage de la population, ça ? Le passe empêche les loisirs, principalement, pas de travailler ce me semble, en tout cas pour une écrasante majorité.

          « Et que vous le vouliez ou non, que vous trouviez cela stupide, douteux, affligeant ou ce que vous voulez, beaucoup de gens l’ont fait » -> le fait que beaucoup l’aient fait dédramatise l’ineptie de la chose et la justifie ? OK, donc finalement c’était pas si grave de dénoncer les Juifs planqués par son voisin puisque « beaucoup l’ont fait » ? Oui oui, allez-y, vous et d’autres : faire référence à cette période sombre de notre Histoire ne se fait pas, c’est pas comparable; bla bla tout ça. Ben si, désolé, pour moi c’est tout à fait comparable dans la démarche intellectuelle.

          Ce n’est pas le passe qui a provoqué ces comportements, c’est le rejet du gouvernement qui l’a initié. C’est ça qui m’énerve aujourd’hui : ce sont de fausses raisons qui poussent à des comportements qu’on justifie par de « bonnes raisons ». Et oui, c’est certain, ça a a participé à la dynamique épidémique. A vous lire, j’ai l’impression qu’au mieux ce n’est pas grave, au pire c’est une bonne chose car ça montre bien que ce variant n’est qu’un petit rhume qu’il ne faut pas craindre.

          • Whynot dit :

            Complément à @JoeyT
            En fait je sous-estime largement avec le 75 %, un peu de lecture pour vous :
            https://www.beckershospitalreview.com/public-health/covid-19-vaccine-booster-effectiveness-against-omicron-12-cdc-findings.html
            « Au cours des périodes delta et omicron, la réception d’une troisième dose de vaccin a été très efficace (94 % et 82 %, respectivement) pour prévenir les visites aux urgences et aux soins d’urgence COVID-19 et prévenir les hospitalisations (94 % et 90 %). »

            J’ai pris le premier lien fiable fourni par moteur de recherche, il y en a des dizaines d’autres. Voilà voilà

            • JCD dit :

              Le 75% (extrait du Vidal) fait référence à l’efficacité vaccinale contre l’infection symptomatique c’est à dire à la capacité à ne pas être infecté de façon symptomatique.
              Si 100 non vaccinés attrapent le virus, alors, comparativement, seulement 25 personnes l’attraperont dans une cohorte équivalente de vaccinés 3 doses récentes.
              (Ce qui aura pour effet collatéral de freiner la contagion)

              L’efficacité contre les formes graves est effectivement encore meilleure.

    • Fred dit :

      Les contaminés volontaires (certes il y en a, tant que ça…?) attrapant Omicron par militantisme anti gouvernemental, c’est pas un peu too much… C’est quoi, un nouveau groupe témoin ?
      Je trouve ça bien plus connotés et tendancieux que les remarques de DLB à propos de la destination réel du passe vaccinal.
      Pour le plus de 80 et malgré tous les motifs invoqués force est de constater pour le coup que nombre de pays font mieux, il doit bien y avoir quelques autres motifs.

      • Whynot dit :

        @Fred
        C’est mon opinion, je l’ai présenté en tant que tel et non en tant que vérité, vous avez le droit de penser que c’est un épiphénomène, pour ma part je trouve qu’il est suffisamment présent pour avoir une incidence et que les dégâts collatéraux ne soient pas que de l’ordre de l’anecdote. D’autant plus que ce n’est pas moi qui met ça sur le tapis, c’est JoeyT. Il se trouve qu’autour de moi je le constate également, que ça a été évoqué par d’autres intervenants ici donc bon, ce n’est sans doute pas si anecdotique que ça. Je suis très loin d’affirmer que TOUS les non-vaccinés sont des idiots irresponsables qui cherchent à tout prix à se faire contaminer, hein ? En tout cas, il est certain que ceux qui cherchent la contamination volontaire sont soit non-vaccinés, soit vaccinés 2 doses mais refusant la 3e.

        Les motifs qui ont freiné les 80+ de la vaccination chez nous, j’en ai évoqué certains dans un précédent commentaire à JoeyT. Il y en a sans doute d’autres, mais je ne suis pas certain que le passe vaccinal y soit pour grand-chose…

  17. Whynot dit :

    @NicoM
    Je vous ai répondu là-haut, votre retour en catimini n’a pas échappé à ma vigilance 😉

    • NicoM dit :

      @whynot

      Je vois, je suis grillé. Je voulais juste apporter mon soutien à DLB qui n’énonce qu’un fait selon moi, même si on sort du champ médical et épidémiologique pur et dur, ce qui n’est pas pour nous déplaire à vous et moi, n’est ce pas ?

      Ceci dit, je ne vais pas répondre à tout vos propos, je vais essayer de ne pas trop m’étendre désormais, pour le bien des lecteurs et pour mon temps passé ici…

      Vous critiquez mon parti pris soit disant anti-gouvernemental, bon alors je vais l’avouer, je ferai court : j’étais un très grand supporter de Macron pendant 4 ans, mais il a totalement perdu mon soutien le 12 juillet 2021. Voilà, c’est dit, désolé pour cette digression.

      Désolé mais on peut prendre des critères tout à fait objectifs de prise et de levée des mesures : nombre de patients hospitalisés, nombre de patients réanimés, nombre de décès quotidien, etc.

      Rappelons que l’objectif de levée du 1er confinement (ou 2eme confinement j’ai un doute) était de passer sous les 3000 patients en réanimation. Désormais Véran parle de 1000 à 2000 (du simple au double, quelle précision…). Mais 1000 patients en réanimation, c’est extrêmement bas, surtout en comptant les « avec » covid extrêmement nombreux désormais avec omicron.

      Bref, encore une fois, on va se retrouver à lever les mesures bien trop tard, juste avant que la vague suivante ne reparte, et on dira encore que c’est à cause de la levée des mesures…

      Au fait, quand vous dites « en bout de chaîne réduire le vaccin à un emmerdement volontaire des jeunes… » C’est justement à cause du passe vaccinal que ce lien est établi, sans passe se vacciner serait un acte de prévention médical, avec passe ça devient un acte politico-social…

      Dur de ne pas trop s’étendre, pfff…

      • Whynot dit :

        @NicoM

        « ce qui n’est pas pour nous déplaire à vous et moi, n’est ce pas ? » -> ben si, vous avez raté quelques épisodes en jouant à Jean-Claude Dusse, je n’ai plus envie de développer de la politique ici mais plutôt de parler de Sciences et autres choses avérées qui ne sont pas de l’ordre de l’opinion mais des faits.

        « j’étais un très grand supporter de Macron pendant 4 ans, mais il a totalement perdu mon soutien le 12 juillet 2021 » -> tiens c’est marrant, ça ne m’étonne pas. Et tiens, c’est marrant, moi c’est presque tout l’inverse. Bon, faudra pas qu’il compte sur mon soutien le 10 avril par contre, pour le reste de son oeuvre…

        « Désolé mais on peut prendre des critères tout à fait objectifs de prise et de levée des mesures » -> et ben, parmi tout ce que vous citez, certains sont des critères retenus, si je ne m’abuse ? Plusieurs critères, un qui ne convient pas, et vous concluez qu’ils s’appuient sur des critères non-objectifs ?

        « 1000 patients en réanimation, c’est extrêmement bas, surtout en comptant les « avec » covid » -> DLB distingue sur ses courbes les avec des pour, je ne doute pas une seule seconde que nos décideurs peuvent le faire. Vous allez me dire « ils vont faire ce qui les arrange de toutes façons ». Certes, comme tous les politiques du monde entier en ce moment, en fait, non ?

        « C’est justement à cause du passe vaccinal que ce lien est établi, sans passe se vacciner serait un acte de prévention médical, avec passe ça devient un acte politico-social… » -> je l’ai dit aussi à JoeyT, ce n’est pas le pase qui établit ce lien, c’est le rejet du passe. C’est cette inversion cause/conséquence pour justifier d’un comportement débile qui m’agace au plus haut point en ce moment. Que les gens aillent dans la rue manifester leur mécontentement contre le passe, OK pas de souci, qu’ils mettent sciemment en danger des proches (cf ma réponse à JoeyT également), là ça me pose problème.

        Bref, re-bienvenue parmi nous quand même, j’espère que vous avez bien profité de vos vacances 🙂

        • NicoM dit :

          @whynot

          Allez, je réponds juste à un truc qui m’a amusé : « Plusieurs critères, un qui ne convient pas, et vous concluez qu’ils s’appuient sur des critères non-objectifs ? ».

          Imaginons : « Nous léverons les mesures quand il y aura moins de 6000 patients hospitalisés, moins de 2000 en réanimation, moins de 100 décès/jours, moins de 10 000 cas/jour, et quand des extraterrestres débarqueront sur terre ». Ben quoi, l’immense majorité de nos critères sont parfaitement objectifs, ce qui atteste de notre plus grand sérieux, n’est-ce pas ?

          • Whynot dit :

            @NicoM
            Vous marquez un point, mais on n’en est quand même pas à un tel niveau de fantaisie, heureusement 😀

            • NicoM dit :

              @whynot

              Un qui n’est pas du tout fantaisiste, c’est Vladimir… Je pense que très très vite plus personne ne parlera du covid car nous aurons bien plus grave à gérer : la guerre…

              Macron commence ses conseils de défense et de sécurité et pour une fois, c’est justifié, malheureusement…

              • Whynot dit :

                @NicoM
                Certes… Il est vrai que cela fait relativiser nos « problèmes de riche » de mesures liberticides qui consistent à priver quelques-uns d’aller en boîte de nuit ou jouer à la baballe dans leur club pendant encore quelques semaines 🙁

              • NicoM dit :

                @whynot,

                J’espère que c’est de l’humour, parce que si vous êtes sérieux, je constate à regret que vous n’avez pas compris que derrière ces exemples futiles se cachent des problématiques bien plus fondamentales…

  18. NicoM dit :

    Merci encore aux 3 modélisateurs pour leur travail !

    JCD, je vois que vous faites repartir la courbe des cas à partir de début mai, après un mois d’avril ou la courbe est quasi plate à quasiment zéro.

    Ce redémarrage m’intrigue. Il me semble qu’une fois qu’une vague est enclenchée vous pouvez faire tourner vos modèles exponentiels, mais à partir d’une courbe plate, comment est-ce possible ? Pourquoi un redémarrage début mai plutôt que début juin, par exemple ?

    Est-ce par expérience des vagues passées ? Une simple illustration de quand ça pourrait éventuellement repartir et à quelle vitesse ? Des calculs issus de votre modèle ? Une conséquence possible des levées des restrictions ?

    • JCD dit :

      @NicoM,
      Les explications sont dans l’article : perte d’efficacité des vaccins avec le temps (c’est à dire perte de l’immunité contre le risque d’infection).

      Une courbe plate (correspondant à R=1) est simplement l’exponentielle… de 0 !
      Dès que R bouge à la hausse ou la baisse, le régime exponentiel reprend de plus bel.
      Mais rappelez-vous qu’une exponentielle, ça à l’air d’être plat au début (alors que c’est purement un effet de perspective / d’échelle de la courbe tracée).

      Le redémarrage plutôt en Mai, Juin ou Septembre dépend d’un paquet d’aléas (la météo, la levée des mesures etc…).
      La courbe que j’ai tracée ne fait varier qu’un seul paramètre qui est cette perte d’efficacité vaccinale dans le temps (donc pas d’aléa).
      En effet, hors aléas, et ils sont nombreux, on peut considérer que R varie en fonction de l’immunité de la population.

      En résumé, l’immunité vaccinale nous protège des infections (ce qui casse la chaine de transmission du virus). Quand cette efficacité vaccinale baisse, les infections de gens vaccinés augmentent et les contaminations en cascade aussi.

      • Daniel Le Breton dit :

        Bonjour à tous

        On a un contre exemple avec delta. La couverture vaccinale n’a fait qu’augmenter entre l’été et l’automne dernier et ça n’a pas empêché delta de repartir, il a fallu la dose de rappel pour le contenir.

        • Whynot dit :

          @DLB
          Je me suis posé une question hier : on a pris l’habitude, vraisemblablement à juste titre, d’attribuer une vague à un variant. Pour les dernières, 3 vagues à 3 sous-variants. Pourquoi delta aurait-il fait exception en se démarquant avec 2 vagues distinctes ? Ne pourrait-il pas s’agir de deux sous-variants différents ? Cela contribuerait à expliquer ce contre-exemple tout de même assez surprenant, non ?

          • Daniel Le Breton dit :

            @ Whynot

            Bonne question en effet. Mais je crains qu’on ne trouve pas la réponse.
            On ne peut pas vraiment s’appuyer sur l’UK avec 4 vagues de delta enchevêtrées. Il faudra que je me replonge dans les rapports à moins que quelqu’un les ai déjà épluché.
            Il n’y a pas eu de vague estivale de delta au Danemark si j’en crois mes courbes, donc pas d’aide de ce coté là non plus.
            No comment sur le séquençage français.

        • NicoM dit :

          @JCD, @DLB

          Merci pour vos explications JCD.

          Par contre, désolé, mais ces histoires d’immunités vaccinales ou naturelles qui feraient repartir ou baisser les vagues me semblent bien trop simplistes pour être explicatifs. C’est très beau mathématiquement parlant, mais appliqué à la vraie vie, je suis sceptique… Idem pour les paramètres sociaux.

          Comme vous le dites JCD il y a une multitude d’autres aléas et je suis sûr qu’il existe d’autres paramètres que nous ignorons mais qui ont pourtant une influence importante, voire décisive, sur le nombre de cas.

          • Whynot dit :

            @NicoM
            Je vous rejoins sur le côté « simpliste » mais JCD lui-même le dit dans l’article que tous les aléas auront une influence sur tout ça. Positive pour certains, négative pour d’autres (en terme de décalage temporel). Mais l’idée même d’un redémarrage autour de la date avancée ne me semble pas totalement fantaisiste : plus loin, moins loin dans le temps nous verrons bien mais de mon côté (juste au « doigt mouillé ») j’imagine le même phénomène à peu près autour de cette date. Ce n’est que de la pure logique observative, rien de mathématique ni de scientifique dans ce pronostic, bien sûr. Avec quel variant et donc quelle dynamique et quelle « pente » pour la remontée, c’est une autre histoire, mais se baser sur la projection de la baisse de couverture vaccinale et la dynamique omicron est sans doute ce qu’on peut proposer de plus pertinent au jour d’aujourd’hui.

          • JCD dit :

            @NicoM
            Il y a évidemment beaucoup de paramètres. Sinon ce blog n’existerait pas et les courbes Pasteur marcheraient à tous les coups. Il est certain qu’on ne sait pas tout.
            Néanmoins, les choses n’opèrent pas de manière magique. Il y a 100 ans de recherche derrière nous. On sait, par exemple depuis longtemps que la contagion dépend du nombre de contacts entre contaminants et contaminables. Quelqu’un qui est immunisé est beaucoup moins contaminable (le fameux 75% pour omicron).
            C’est simple, mais pas simpliste. Ca fonctionne comme la grippe, la gastro, la peste etc…

            Sur ces 2 dernières années, on peut observer que la rythmique des vagues fonctionne comme ceci :
            – La baisse des courbes est liée soit à l’arrivée de l’été (en partie pour alpha), soit à une mesure très forte (confinement Wuhan 1 et 2) soit à une d’immunité précaire (en partie alpha, delta 1 et 2, omicron 1).
            – La remontée des courbes est liée soit à l’hiver (wuhan 2, delta 2), soit à un nouveau variant (wuhan 1, alpha, delta 1, omicron 1).

            La logique mathématique (mais surtout biologique), veut que l’immunité s’effaçant (à quelle vitesse, là est la question), le virus reprenne ses droits. Nous allons donc potentiellement inaugurer ce cas de figure ‘omicron vague 2’ cet été.

        • JCD dit :

          Concernant la reprise de delta en décembre, on a 2 phénomènes principaux je pense :
          – Le ‘vieillissement’ de la 2eme dose (qui datait massivement de Juillet et fin Aout).
          – L’arrivée du froid. De mémoire, Pasteur estimait à +20% la croissance du Reffectif simplement à cause du froid (ou plutôt des gens qui se remettent à vivre en intérieur).
          Ce +20% revient à contrecarrer quasiment un mois de vaccination ‘plein pot’ à 500 000 / jour…

  19. JoeyT dit :

    @whynot
    Je ne peux pas lutter, vous êtes trop fort. Vous arrivez à défendre l’indéfendable, à savoir le passe vaccinal, et la vaccination multi doses même pour les enfants. Vous ne voyez que des jeunes faire des formes graves avec Omicron alors que je vois exactement l’inverse. C’est à dire des vaccinés 3 doses qui font des formes au moins aussi prononcées que les autres. Et ce que des amis qui travaillent à l’hôpital me confirment. Les critères principaux sur Omicron sont l’âge et les pathologies associées. Vaccinés ou non. Je n’ai jamais remis en cause l’efficacité des vaccins sur les formes graves. Je me suis même fait reprendre parce que j’avais dit que la majorité des réas concernaient les non vaccinés, ce qui est vrai en proportion, mais faux dans les lits occupés actuellement. Et ne me refaite pas le coup du paradoxe de Simpson, j’ai bien compris. Mais non, j’insiste, dire que la 3eme dose de vaccin empêche l’infection et la contamination sur omicron est faux. Et des décisions politiques qui bouleversent la vie de gens notamment en leur faisant perdre leur emploi (même si d’après vous c’est tellement rare que c’est négligeable , les intéressés apprécieront) , ou en obligeant les gens à se contrôler les uns les autres, à préférer que des gens positifs travaillent (oui mais vous comprenez, ils sont vaccinés) plutôt que des gens négatifs, bref tout ça pour un vaccin qui malheureusement est très peu efficace sur la transmission et la contagion, sont inadmissibles pour moi. Mais pas pour vous. Tant pis.
    Nous ne tomberons pas d’accord, et vraiment je vous admire car vous débattez admirablement bien.
    Je suppose qu’à chaque épidémie de grippe, dorénavant, vous vous réjouirez que l’on force toute la population à se vacciner, à se masquer pour que le maximum de personnes évitent les formes sévères de la grippe. Quand aux effets psychologiques, les principes d’égalité, la discrimination etc. On s’en carre. Le tout est que le moins de personnes possible fassent des formes sévères. Ça s’appelle du tout-sanitaire. Sur cela nous ne tomberons jamais d’accord.

    • Whynot dit :

      @JoeyT
      Non non, je ne défends pas le passe vaccinal, je suis plutôt contre je vous le rappelle ! Je veux juste qu’on cesse de l’attaquer pour de mauvaises raisons, et surtout qu’il serve de bonne excuse à des comportements stupides et contre-productifs.
      Quand je parle de vaccin chez les jeunes, ce n’est pas chez les moins de 16 ans, c’est plus pour les 20-39 (quoi, on n’est plus jeune à 39 ans ? Si, hein ? 😉 ). Je m’interroge sur la pertinence pour les moins de 12 ans, surtout dans le contexte actuel de décrue épidémique.

      « Mais non, j’insiste, dire que la 3eme dose de vaccin empêche l’infection et la contamination sur omicron est faux » -> ne dites pas cela, ce n’est pas vrai ! Ce n’est pas une barrière imperméable, mais (cf le complément de JCD au-dessus), ça évite quand même 75 % des transmissions/contaminations, ce qui n’est pas négligeable, surtout si les « cibles » évitées sont des fragiles, même vaccinés. Donc si si, le vaccin est aussi très efficace sur la transmission. Pas assez malheureusement pour que tous l’admettent vraiment, et sur une période trop courte, mais quand même.

      Quant à ceux qui perdent leur emploi, je ne dis pas que c’est négligeable. Je dis simplement que si un emploi perdu PAR CHOIX (certes forcé par un outil pas très reluisant d’un point de vue législatif, mais ça reste un choix de ne pas se faire vacciner) sauve une autre vie, la balance est favorable. Et même, allons-y, pour 10 emplois de perdus. Un emploi perdu, quand on est jeune ça peut certes être dur pendant une certaine période, ça peut prendre un peu de temps mais ce n’est pas pérenne, on peut en retrouver un. En revanche, on ne peut pas retrouver une vie perdue… On peut ne pas avoir mon point de vue, je l’accepte. Quant aux « gens positifs », ils ne travaillent pas : ils sont sensés s’isoler, hein. Ce n’est que lorsqu’on est vacciné et cas contact avec test négatif qu’on continue à bosser !

      Non, je ne me réjouirais pas qu’on force tout le monde à se faire vacciner, j’ai toujours clamé ici qu’une obligation ciblée (ie les fragiles) me semble plus pertinente, d’autant plus avec un virus moins létal que alpha ou delta par exemple. Cela inclut donc la grippe, omicron et allez savoir quelle autre saloperie qui nous tombera sur le nez dans les années à venir. Par contre, quel que soit le virus, il est évident que si je suis symptomatique de grippe ou omicron, même d’un petit rhume, je porterai à l’avenir le masque pour protéger ceux qui m’entourent. Et je m’étonnerai de ceux qui ne feront pas de même. Là encore, j’accepte qu’on ne partage pas mon point de vue, même si j’ai du mal à comprendre.

      Je ne m’en carre absolument pas des principes d’égalité et la discrimination, c’est pour ça que je rejette le passe vaccinal, mais que j’acceptais mieux le passe sanitaire qui offrait une alternative. Je rejette le tout-sanitaire et l’hygiénisme poussé à l’extrême si cela devient un principe de société, mais sur de courtes périodes qui l’exigent ça ne me dérange pas plus que ça, à condition que la bride soit lâchée quand la situation ne l’exige plus.

      Je ne suis pas d’accord sur le fait que je débats admirablement bien. Si tel était le cas, je vous aurais vraiment convaincu d’être d’accord avec mes points de vue 😉

    • Le_Chat dit :

      @JoeyT
      Je me sens moins seul lorsque je vous lis. Je vous suis reconnaissant d’exprimer votre opinion avec constance et respect.

  20. JEAN-MARIE FAUQUE dit :

    Lecteur assidu de COVIDTRACKER depuis quasiment le début de la pandémie, je tiens à vous féliciter pour la qualité et la pertinence de vos analyses mathématiques (mise en évidence des variants omicron notamment, prévisions des évolutions de la situation…..) et de vos commentaires avec des données souvent parcellaires car en partie « retenues » volontairement ou non par les Autorités Sanitaires.

    Je souhaite vous poser une question:
    Résidant dans les Landes, région à faible densité de population avec de grands espaces vierges (forêts, plages…) ou cultivés, une population fortement vaccinée (~ 85 %) peu touché par les vagues précédentes mais qui présente actuellement un des taux d’incidence des plus élevés de France (1570).
    En comparaison, la Seine St Denis, région très urbanisée à forte densité de population faiblement vacciné (~ 70 %) très touchée par les vagues précédentes a actuellement un taux d’incidence de 400..
    Alors, simple artéfact, évolution décalée de la pandémie ou sans tomber dans les thèses complotistes faut-il y voir une influence « néfaste » de la vaccination sur la propagation de la Covid?
    L’analyse est sans doute différente les hospitalisations et les formes graves.

    Encore une fois félicitations pour le travail accompli.

    • Whynot dit :

      @Jean-Marie
      Certains vous répondront sans doute de façon plus détaillée et chiffrée que moi, mais j’y vois spontanément 3 facteurs :
      – un décalage temporel : dans le 93 c’est en baisse depuis un moment, et, il faudrait vérifier, le taux d’incidence max a sans doute « explosé » le vôtre. Omicron a commencé par la région parisienne puis a touché les autres, en dernier lieu les plus isolées et moins denses qui se retrouvent donc en « queue de vague »
      – on teste sans doute proportionnellement beaucoup plus chez vous que dans le 93. Quand on cherche, on trouve. Sans doute que pas mal de cas du 93 sont passés à l’as parce que beaucoup de jeunes n’étaient pas inquiétés par le « petit rhume » qu’ils avaient, et donc pas testés, et donc pas de cas contacts, et donc pas de nouveaux tests, et donc etc etc …
      – une pyramide des âges différente qui rendrait votre région plus sensible à des cas symptomatiques, et donc à des tests, et donc à du taux de positivité élevé.
      Ce ne sont que des hypothèses, bien sûr ^^

      • Daniel Le Breton dit :

        Le taux d’incidence est monté à 4400 en Seine Saint Denis et à 4100 dans les Landes. On observe donc principalement le décalage temporel du passage de la vague.

    • NicoM dit :

      @Jean Marie Fauque et tout ceux qui vous ont répondu.

      Cela faisait quelque temps que j’étais surpris par le fait que tout l’ouest du pays (j’élargis vos propos) semblait beaucoup plus touché par cette vague omicron que l’est du pays, pourtant davantage touchée habituellement par les autres vagues. Et que aussi, ces régions de l’ouest sont bien plus vaccinée que les régions de l’est.

      Je me suis donc livré à de petits calculs à l’aide le l’outil « covidexplorer » pour comparer les 4 régions à l’ouest du pays vs les 4 régions de l’est du pays, tous les chiffres sont par 100 000 habitants pour effacer les différences du nombre de population.

      Voici ce que ça donne :

      Nombre de cas moyen à l’ouest au pic de chaque région (j’ai pris à chaque fois le nombre le plus haut quel que soit la date du pic pour effacer les décalages temporels, régions Normandie, Bretagne, Pays de Loire, Nouvelle Aquitaine) : 3803,9/100000
      Taux de vaccination moyen pour ces 4 régions : 82,9%

      ps : le taux de vaccination correspond au % de personnes ayant réalisé au moins 1 injection, j’aurai préféré la 3eme dose mais je ne l’ai pas sur covidexplorer.

      Nombre de cas moyen à l’est au pic de chaque région (Grand Est, Bourgogne Franche Comté, Auvergne Rhône Alpes, Provence Alpes Côte d’Azur) : 3863,3/100000
      Taux de vaccination moyen pour ces 4 régions : 77,5%

      Écart du taux d’incidence : 1,56% en faveur de l’est, légèrement plus touché donc que l’ouest contrairement à mon intuition.
      Écart du taux de vaccination : 5,4 points en faveur de l’ouest.

      La ou ça devient interessant, c’est que j’ai calculé l’écart théorique qui aurait du survenir grâce à ce taux supérieur de vaccination en faveur de l’ouest.

      Hypothèses : taux d’efficacité du vaccin contre les contaminations (données communiquées par JCD ci dessus : 75%)
      Nombre de personnes en contact avec le virus : 10% (on arrive ainsi peu ou prou aux taux d’incidences constatés).

      Dans l’ouest ça donne : 2072 contaminés vaccinés (1/10 de 75% de 82,9% de la population vaccinée), 1712 contaminés non vaccinés (10% de la population nonvax) soit 3784 cas / 100 000.

      Dans l’est ça donne : 2245 contaminés vaccinés (1/10 de 75% de 77,5% la population vaccinée), 1939 contaminés non vaccinés (10% de la population nonvax) soit 4184 cas / 100 000.

      Écart théorique : 10,58%, soit environ 10 fois plus que le 1,56% constaté.

      J’ai dans l’idée de regarder les corrélations également avec Départements/territoires d’outre mer et métropole, ou encore selon les différents pays du monde. Mais ça prends beaucoup de temps…

      Existe-t-il une corrélation entre taux de vaccination et taux d’incidence ?

      Il me semble que ça devrait être évident avec une efficacité contre les contaminations de 75%. Ce premier calcul démontre que l’on ne peut pas établir de corrélation dans ce cas. Mais d’autres paramètres interviennent, il faudra donc faire d’autres calculs.

      • NicoM dit :

        Erratum :

        Lire « Dans l’est ça donne : 1939 contaminés vaccinés (1/10 de 75% de 77,5% la population vaccinée), 2245 contaminés non vaccinés (10% de la population nonvax) soit 4184 cas / 100 000. »

        J’ai inversé vax et no vax mais le calcul reste correct (total OK et bon sur mon tableur, c’est juste une erreur dans la saisie du texte ici).

      • Jean-Loup dit :

        @NicoM
        « régions Normandie, Bretagne, Pays de Loire, Nouvelle Aquitaine »

        3e dose (couverture tous âges)___() taux d’incidence tous âges 18-02-2022 2031
        61.9%__Nouvelle-Aquitaine (163.4)
        61.9%__Pays-de-la-Loire (100.5)
        62.8%__Normandie (98.6)
        64.5%__Bretagne (120.3)

        Par tranche
        NA_______PL______N_______B
        0.1%____0.1%____0.1%____0.1%____10-11
        14.2%___15.2%___16.3%___15.0%___12-17
        64.8%___70.6%___72.9%___73.1%___18-24
        62.0%___65.7%___67.1%___69.3%___25-29
        61.2%___64.2%___66.1%___67.1%___30-39
        70.7%___74.2%___74.8%___75.2%___40-49
        80.6%___83.2%___82.9%___83.7%___50-59
        83.2%___85.7%___85.2%___87.1%___60-64
        85.1%___87.5%___86.0%___88.0%___65-69
        93.5%___96.3%___93.8%___97.0%___70-74
        91.8%___94.6%___92.1%___95.8%___75-79
        76.1%___78.1%___75.7%___79.2%____80+

        [Géodes]

        Données démographiques INSEE
        NA_______PL______N_______B
        16.0%___18.7%___17.8%___17.3%____0-14
        15.9%___17.0%___16.9%___16.4%___15-29
        17.4%___18.4%___17.7%___17.6%___30-44
        20.3%___19.5%___19.9%___20.1%___45-59
        19.0%___16.8%___17.8%___18.1%___60-74
        11.4%____9.7%____9.9%___10.5%____75+

        • NicoM dit :

          Merci Jean-Loup, il faudrait aussi la couverture des régions de l’est.

          Ceci dit, grâce au lien « météo covid » fourni par K ci-dessous, on a la confirmation que les 3eme doses sont plus fréquentes dans les départements bien vaccinés au départ que dans les départements moins vaccinés.

          Donc la logique du calcul doit rester vraie, même si effectivement il serait préférable d’avoir les données les plus pertinentes.

        • Jean-Loup dit :

          @NicoM

          3e dose (couverture tous âges)___() taux d’incidence tous âges 18-02-2022
          58.4%__Grand-Est (136.3)
          58.5%__Bourgogne-Franche-Comté (111.0)
          55.6%__Auvergne-Rhône-Alpes (92.8)
          53.2%__Provence-Alpes-Côte-d’Azur (105.6)

          Par tranche
          GE______BFC____ARA_____PACA
          0.1%____0.1%____0.1%____0.2%____10-11
          15.4%___13.4%___12.2%___9.9%____12-17
          61.8%___64.8%___58.6%___50.5%___18-24
          58.4%___56.9%___55.9%___48.0%___25-29
          59.2%___56.5%___55.7%___48.9%___30-39
          68.3%___66.8%___65.3%___60.4%___40-49
          77.4%___76.7%___76.1%___72.5%___50-59
          80.7%___79.7%___80.1%___76.9%___60-64
          82.6%___81.5%___81.0%___78.0%___65-69
          92.1%___89.1%___88.9%___84.8%___70-74
          86.2%___89.4%___89.7%___84.2%___75-79
          74.1%___74.6%___74.6%___70.9%____80+

          [Géodes]

          Données démographiques INSEE
          GE______BFC____ARA_____PACA
          17.1%___16.9%___18.2%___16.7%____0-14
          17.5%___16.2%___17.6%___16.1%___15-29
          18.3%___17.3%___18.8%___17.9%___30-44
          20.6%___20.1%___19.8%___20.1%___45-59
          17.1%___18.6%___16.2%___18.0%___60-74
          9.3%____10.9%____9.4%___11.1%____75+

          Décès Covid-19 hospitaliers par hab. depuis 2020
          90.5 : 100 000______Nouvelle-Aquitaine
          91.3 : 100 000______Pays-de-la-Loire
          130.2 : 100 000______Normandie
          66.9 : 100 000______Bretagne
          215.8 : 100 000______Grand-Est
          210.6 : 100 000______Bourgogne-Franche-Comté
          178.6 : 100 000______Auvergne-Rhône-Alpes
          222.4 : 100 000______Provence-Alpes-Côte-d’Azur

          • NicoM dit :

            @Jean-Loup

            Merci pour vos infos je vais rentrer les stats 3eme dose dans mon tableur et refaire les calculs.

            Par contre, mettre le mortalité depuis 2020, donc en grande partie avant les vaccins et avec l’est bien plus touché que l’ouest, si c’est pour démontrer l’efficacité des vaccins, ce n’est pas le bon moyen.

            • Jean-Loup dit :

              @NicoM

              La mortalité globale ?

              j’ai pris ce biais car, après ces quelques recherches, j’ai effectivement trouvé une corrélation intéressante dans ces chiffres, mais pas encore eu le temps de regarder à plus large échelle, et pas non plus celui de compiler les données sur l’intégralité des deux derniers mois pour chaque région.

              Ce taux d’incidence majoré à l’Ouest a-t-il été une constante hivernale ou une situation transitoire lors de cette fin de vague ? Qu’en conclure avec les données basiques à notre disposition ?

              D’aucuns diraient que le vaccin facilite le travail d’Omicron, mais je suis plus dans l’idée que la très forte contamination de l’Est par les précédents variants est possiblement une variable non négligeable grâce à l’immunisation des muqueuses. Je plaçais donc cette excédent de mortalité dans le coût d’une potentielle immunité plus importante.

              Possible aussi que les populations plus vaccinées et très épargnées auparavant aient un comportement plus relâché.

              Les chiffres officiels des tests positifs sont ceux-ci au 6 février (20 ans et plus) dans #tousanticovid :
              1981 : 100 000___Non vaccinés
              1316 : 100 000___Vaccinés de moins de 6 mois
              1059 : 100 000___Vaccinés de plus de 6 mois sans rappel
              _782 : 100 000___Vaccinés de plus de 6 mois avec rappel

              Là encore, c’est intriguant. Le fait qu’un double dose récent ait toutes les chances d’être un moins de 50 ans poussé par le passe vaccinal a-t-il un effet sur ces stats ? (nbre de tests beaucoup plus élevé chez les jeunes, contacts sociaux, etc.)

              • NicoM dit :

                @Jean-Loup

                Alors avec vos données « 3eme dose » ça donne :

                – un écart encore plus grand de taux de vaccination : l’ouest est plus « 3eme dosé » que l’est de 11,25% (au lieu de 6,88% pour les primo-vaccinés).
                – Par contre, contre intuitivement, un écart plus faible du taux de « cas théorique » de 9% (contre 10,58% avec mes calculs initiaux) mais cet écart théorique est toujours très largement supérieur à l’écart constaté de 1,56%. J’explique ce 9% vs 10,58% par le plus grand nombre de « non 3eme dosés » qui représente la majorité des contaminations.

                Donc conclusion : on ne peut toujours pas établir de corrélation entre le taux de vaccination de rappel et le taux d’incidence (ce qui ne veut pas dire qu’elle n’existe pas, mais en tous cas ce n’est pas visible mathématiquement parlant dans ce calcul).

                Pour vous répondre, oui, la mortalité globale, en prenant depuis 2020, les régions de l’est ont bien plus été touchées que l’ouest et donc on ne peut pas conclure avec ces données que la plus grande mortalité de l’est est due à la moindre vaccination que l’ouest.

                « Ce taux d’incidence majoré à l’Ouest a-t-il été une constante hivernale ou une situation transitoire lors de cette fin de vague ? Qu’en conclure avec les données basiques à notre disposition ?  » c’est ce que je croyais au départ mais les données prouvent que non, c’est donc juste un décalage temporel : est au début, ouest à la fin…

                « D’aucuns diraient que le vaccin facilite le travail d’Omicron, mais je suis plus dans l’idée que la très forte contamination de l’Est par les précédents variants est possiblement une variable non négligeable grâce à l’immunisation des muqueuses. Je plaçais donc cette excédent de mortalité dans le coût d’une potentielle immunité plus importante. »

                C’est possible.

                « Possible aussi que les populations plus vaccinées et très épargnées auparavant aient un comportement plus relâché. »

                Perso, j’ai toujours été sceptique envers ce type d’explication « sociale », mais peut-être que vous avez raison. J’aurai plutôt tendance à imaginer les gens plus vaccinés comme plus craintifs du virus et donc plus vigilants, mais ce ne sont que des hypothèses.

  21. smurf dit :

    @ JEAN-MARIE FAUQUE

    Le pic principal de la vague est le 8 janvier en Seine Saint-Denis et à Paris et plutôt le 30 janvier dans les Landes. Il y a quand même 22 jours de décalage temporel.
    Comme déjà dit par Whynot et DLB, cela explique le « paradoxe ».

    Patience donc…

    Attendez 22 jours, moins j’espère pour les Landais 🙂

    On peut voir d’ailleurs sur les 2 courbes que le nombre de cas max a été approximativement divisé par 2 par rapport au pic 15 jours après le pic (à vue d’oeil en regardant la courbe grise et rouge de la répartition delta omicron)

    • JEAN-MARIE FAUQUE dit :

      Merci à tous pour vos réponses.
      En fait, comme vous l’avez compris, ma question était à travers l’exemple des Landes et de la Seine St Denis, y-a-t ‘il une corrélation entre le taux d’incidence et le taux de vaccination pour une population donnée dans le cas d’omicron.
      Il me semble à la lecture de vos réponses que la corrélation ne soit pas simple à établir….

      • Whynot dit :

        @Jean-Marie
        Si vous parlez d’une corrélation « positive » (plus de vaccin = plus de cas), très clairement je ne vois pas comment cela pourrait être possible… On va nous ressortir l’histoire des anticorps facilitants mais il a été clairement montré (les liens avaient fournis ici, par Lithium de mémoire) que cela existait, mais que c’était extrêmement rare (1 pour 1 million peut-être ?), en tout cas suffisamment marginal pour ne pas pouvoir être corrélé à une évolution de taux d’incidence même départemental.
        Si quelqu’un a une autre hypothèse scientifique ou médicale à proposer je suis prêt à l’entendre mais il va falloir être très persuasif et documenté 😉

        S’il y a corrélation, la logique voudrait qu’elle soit négative (plus de vaccin = moins de cas) puisque, encore une fois, c’est une raquette à trous mais il y a encore pas mal de cordage : l’efficacité contre la transmission, n’en déplaise à certains, est avérée. Même si elle n’est plus que de 50 %, ou même de 25 %, ça reste significatif sur le nombre de contaminations évitées.

        • NicoM dit :

          @whynot

          Je me suis fait ch… à étudier cela, ça m’a pris 2 heures, alors svp lisez ce que j’ai écris 😉 vous aurez un début de réponse…

          • Whynot dit :

            @NicoM
            J’ai lu, mais ce ne sont que corrélations, pas des preuves scientifiques 😉
            Je ne rejette pas en bloc ce que vous concluez, mais étant les très nombreux facteurs en jeu, de simples corrélations ne suffisent pas je crois.
            Quand on dit « 75 % » c’est statistique, mais ça veut dire que pour une personne donnée, à chaque nouveau contact ce 75 % est en jeu. Et donc forcément, à force de contacts, le virus passe par le trou dans la raquette.
            Corréler niveau de vaccination avec taux d’incidence me paraît à peu près impossible en fait.

            En revanche, si quelqu’un a une hypothèse physiologique/médicale expliquant qu’un fort taux de vaccination entraîne inévitablement une hausse du taux d’incidence sans que les biais sociaux ou environnementaux ne modifient ce constat, je changerai mon fusil dépaule 😉

            • NicoM dit :

              @whynot

              « Corréler niveau de vaccination avec taux d’incidence me paraît à peu près impossible en fait. » S’il est impossible d’établir une corrélation, en prenant par exemple des pays très vaccinés vs des pays peu vaccinés, et en éliminant bien tous les biais potentiels (taux de dépistage par exemple) je suis désolé mais ce sera la preuve que les vaccins ne protègent pas des contaminations en situation réelle.

              Seul le résultat compte…

              « En revanche, si quelqu’un a une hypothèse physiologique/médicale expliquant qu’un fort taux de vaccination entraîne inévitablement une hausse du taux d’incidence sans que les biais sociaux ou environnementaux ne modifient ce constat, je changerai mon fusil d’épaule »

              Ce n’est pas ce que je dis, je ne dis pas que plus on est vaccinés plus on a des risques d’être contaminés, en revanche, si jamais on trouve une telle corrélation, là il faudra rechercher l’explication physiologique/ médicale !

              • Daniel Le Breton dit :

                @ NicoM

                En fait vous entreprenez la tâche difficile qui consiste à essayer de corréler deux indicateurs d’un événement sujet à de nombreux aléas. En principe, la méthode consiste à recenser les paramètres qui peuvent apparaître comme influents et lister des observations en parallèle avec les valeurs de ces paramètres (il en faut une bonne dose pour aider au calcul). Ensuite il faut demander à un logiciel ad hoc de faire une analyse en composantes principales. Ce dernier va donc examiner l’influence partielle de chaque paramètre et les ranger du plus représentatif au moins représentatif en leur attribuant une probabilité. Ensuite vous pourrez (peut-être) définir un jeu de paramètres principaux, ceux qui ont une signification statistique, et tenter une régression multilinéaire pour voir ce que ça donne et là encore il faudra examiner ce que raconte le logiciel qui va réattribuer une signification statistique à tous les coefficients de corrélation avec un intervalle d’erreur. Si on n’a pas identifié suffisamment de paramètres importants (si tant est qu’ils existent) on peut se retrouver avec un résultat décevant comme des incertitudes élevées pour les coefficients de la régression. Dit autrement, la longueur du bateau n’est pas toujours bien corrélée à l’âge du capitaine.

                Et ce n’est pas parce que le coefficient de corrélation de la régression mathématique est élevé que la corrélation est bonne au plan statistique (l’inverse est vrai). Il y a d’autres indicateurs statistiques à examiner avant d’arriver à la conclusion.

              • Whynot dit :

                @NicoM
                Si vos résultats de corrélation vont à l’encontre de ce qui disent toutes les études observationnelles scientifiques révisées par les pairs (ie les nombreux liens fournis dans les précédents articles à ce sujet d’où sortent les fameux 75 %), je suis désolé mais ça ne suffira pas à me convaincre ^^

              • NicoM dit :

                @DLB, @whynot

                Je ne parlais pas de mon pauvre petit calcul, j’ai bien conscience qu’on ne peut pas en 2 heures de temps aboutir à un résultat irréfutable qui surpasse toutes les études faites par les plus grands épidémiologiste de la terre !

                Je parlais de vraies études corrélatives faites par des pros !

                Je pense en effet que face à des phénomènes tellement complexes qu’il est impossible de modéliser tous les paramètres, regardez le résultat a posteriori est une démarche intéressante.

                Si au final on s’aperçoit qu’aucune corrélation n’existe entre le taux de vaccination et la circulation virale on pourra se poser des questions non ? Et si ça se trouve il y a bien une correlation, je ne préjuge pas du résultat.