Drapeau orange, risque de vague

Le drapeau vert pour les vacances annoncé il y a un mois vire à l’orange. La vitesse de propagation du variant delta s’est montrée encore plus forte qu’estimée. Ce n’est pas plaisant de se dédire et la prudence doit revenir en avant. À l’image des dangers de la baignade, ne pas sous-estimer l’aspect sournois des vagues. Que disent les modélisateurs pour CovidTracker ?

Les gaussiennes devront attendre… par Daniel Le Breton

Décidément le virus nous surprendra toujours. Au Royaume-Uni le nombre de cas est violemment reparti à la hausse comme si l’épidémie s’étendait soudain géographiquement (je n’ai pas vérifié). Voici la courbe des dérivées (en rouge le RU, en bleu la France) :

France et UK, variation journalière lissée des cas répertoriés au 18/07/2021

On peut y voir trois points d’inflexion (en rouge) : un premier peu marqué, puis un second qu’on pouvait penser définitif (c’est lui qui donnait 39 000 cas au pic le 21 juillet). Erreur, un troisième est en préparation qui va envoyer le nombre de cas journaliers vers les 60 000 à la fin du mois. Ça va pousser le nombre d’hospitalisés probablement au-delà de 7000 dont plus de 1000 en soins intensifs.

Le cas des décès demande encore du temps pour y voir clair, les valeurs quotidiennes sont faibles actuellement (une grosse trentaine en moyenne mobile) mais comme on n’a pas franchi le pic des cas répertoriés et qu’en général il faut encore attendre au moins deux semaines pour voir le pic des décès, il va falloir patienter. Ça pourrait remonter vers 80 par jour avec 5 000 décès pour toute la vague de delta. C’est mieux que les 60 000 victimes de l’alpha, si ça peut consoler. La rentrée scolaire/universitaire devrait relancer le nombre de cas répertoriés à la hausse car on sera dans une phase de décroissance (en principe) avant octobre.

En France la vague delta démarre et il reste encore impossible de se faire une idée précise sur son amplitude en termes de cas, idem pour sa durée. L’estimation fin juillet donne 25 000 cas par jour en moyenne mobile. La flèche bleue (graphique ci-dessus) correspond au changement de rythme des derniers jours, avec au moins +130% par semaine au lieu de +60%. On se rapproche de l’allure de la courbe du Royaume-Uni. Là aussi la rentrée scolaire et universitaire aura un impact dès octobre sans qu’on sache à quel niveau se trouvera la vague actuelle au moment du rebond. Ça rend compliqué voire impossible toute évaluation de la future situation hospitalière à ce stade mais deux facteurs sont défavorables par rapport à la situation du Royaume-Uni :

La proximité de la vague actuelle avec la rentrée qui va concentrer les évènements de contamination, donc potentiellement peser plus sur l’hôpital.

Une vaccination plus faible des adultes (80% de la population) en France surtout chez les seniors. Les chiffres observés au moment du démarrage des vagues de delta sont défavorables sachant que les populations totales sont comparables (1D = une dose, 2D = deux doses):

  • 77% 1D et 53% 2D au RU (début juin)
  • 64% 1D et 47% 2D en France (début juillet)
Pourcentage de la population adulte vaccinée, à une dose ou à deux doses, comparaison F France, UK Royaume-Uni

En gros les pays sont décalés dans le temps à la fois sur la vague de delta et sur le taux de vaccination. Donc le risque court surtout chez les seniors français non vaccinés qui représentent environ 3% de la population selon l’Institut Pasteur, soit 2 millions de personnes. Ça représente donc un gros réservoir mais en général, ces personnes sortent nettement moins que les jeunes. À cela s’ajoutent les personnes de tous âges avec des risques élevés. Question : ça fait combien d’hospitalisés, de réanimés et de victimes ? Nos propres chiffres hospitaliers sont un peu trompeurs, car on dispose d’un réservoir de sorties (des ex alpha) qui va masquer l’arrivée des delta qui se dessine en ce moment même. La méthode des gaussiennes ne permet pas de projection tant qu’il n’y a pas de point d’inflexion donc on reste sur notre faim. Pendant ce temps là, le Reff monte toujours (2,05 le 15 juillet pour l’estimation J+/-3) : on fera sans doute plus fort qu’avec la vague d’alpha (40 000 cas par jour au pic).

Il va falloir songer à investir dans une boule de cristal.

Daniel Le Breton

La petite bête qui monte… par JCD

Inlassablement et sans surprise, le variant delta continue sa progression par rapport au variant anglais. Environ 75% des cas le 14 juillet, bientôt 90% le 23 juillet. Le réglage du modèle n’a pas bougé avec une capacité de « sur-contagion » du delta de x1,63 comparé à la souche anglaise.

image

Évolution de la “part de marché” du variant delta en France, juin à juillet 2021

Ceci va nous mener à une phase de stabilisation du delta et peut-être du taux R. R suivrait en effet la même tendance de forte hausse ces dernières semaines, avant de redescendre, « grignoté » par le vaccin, espérons-le :

Simulation de l’évolution de R, application aux nouveaux cas détectés, aux nouvelles entrées à l’hôpital et en réanimation, projection sur l’été 2021

Je rappelle les hypothèses principales derrière cette simulation et celle qui suit plus bas :

  • Un été / début d’automne iso 2020 dans les comportements. (Reffectif moyen = 1,3 sur l’été 2020 et 1,25 en septembre/octobre avec la souche historique)
  • Un plateau vaccinal à 70% de la population fin août, efficace à 90% à « dose 2 + 15 jours »
  • Une immunité naturelle d’une quinzaine de %.
  • Un variant delta qui génère autant d’hospitalisations que le variant UK.

Croissance des cas

Le taux R des cas devrait culminer à 2,3 vers le 24 juillet. Peut-être un peu plus bas (un peu au dessus de 2) car cette valeur du pic estimée à tendance à diminuer légèrement tous les jours, depuis une dizaine de jours. Cette diminution peut être liée à différents aléas mais aussi à une efficacité du vaccin plus tôt (L’Institut Pasteur prend d’ailleurs le délai 1ère dose + 15 jours pour ce qui est du risque d’infection).

Dans le meilleur des cas, on a constaté dans d’autres pays que ce taux R arrivait à un plafond à 75% de delta, ce qui donnerait le 14 juillet pour nous, mais nous n’aurons les chiffres que dans 3 ou 4 jours. Ce serait une bonne nouvelle mais ça n’est pas ce que dit le modèle, avec les réglages actuels à « 2ème dose + 15j ».

Le Rmax atteint par les autres pays occidentaux avec le variant Delta, à titre de comparaison, est de :

  • Portugal : 1,4
  • USA : 1,5
  • UK : 1,6
  • Espagne : 1,8
  • Israël 2,3
  • Pays Bas : 2,8
  • L’Italie et l’Allemagne n’ont pas encore atteint ce point.

La France fera donc plutôt partie de la queue de peloton, essentiellement à cause d’un taux de vaccination plus bas que les autres.

Conséquence d’un scénario à Rmax=2,3 atteint le 24 juillet : 31 000 cas seraient détectés au 31 juillet (en baisse par rapport à la dernière évaluation de 40 000 cas). L’Institut Pasteur n’estime « que » 20 000 dans son scénario pessimiste. Lorsque R aura atteint son maximum, cela permettra de recalibrer le modèle et d’évaluer au mieux à quelle vitesse le taux R redescend.

En l’état, si un taux R se maintenait au-dessus de 2, nous pourrions rapidement arriver à plus de 100 000 cas, dès la mi-août. Et R ne redescendrait pas en dessous de 1 avant début septembre… À confirmer une fois le Rmax connu. Ce qui veut dire qu’un raisonnement du type « ça se passe bien en Angleterre donc ça va bien se passer pour la France » est pour le moment une erreur (trop prématuré) : une semaine d’écart entre deux pays concernant le taux de vaccination ou l’immunité naturelle ou encore la progression du delta multiplie ou divise par 2 les indicateurs : les phénomènes exponentiels comme la propagation du virus défient notre entendement humain.

À noter : le fait d’avoir une explosion des cas n’est pas en soi un signal aussi critique que lors des dernières vagues car d’une part la vaccination fait son œuvre comme on va le voir ci-dessous (un peu comme pour la grippe) et beaucoup de cas sont désormais concentrés sur les jeunes. Toutefois, les populations à risque non vaccinées vont être bien plus exposées au virus que lors de toutes les vagues précédentes, ce qui leur fait courir un danger encore plus fort.

Croissance des hospitalisations et des réanimations

Les réanimations voient leur taux de croissance augmenter aussi mais plus lentement que les cas. Rmax(réanimation) est très stable depuis plus d’une semaine à 1,6, ce qui nous conduirait à 3 000 lits au pic mi-septembre (en baisse par rapport à l’évaluation d’il y a 15 jours, à plus de 5 000 lits, en partie à cause d’un léger ajustement du modèle sur le taux de vaccination des personnes ayant déjà une immunité naturelle, y compris sans le savoir).

Évaluation du 1er au 17 juillet du nombre de lits nécessaires en réanimation. Le plateau bas serait atteint d’ici un jour ou deux, comme attendu, mais avec un niveau assez haut autour de 850 lits. C’est une autre grosse différence avec les Anglais, descendus à 120 lits, mais ils ne comptent que les lits avec respiration artificielle.

À ce stade, il est toujours beaucoup trop tôt pour avoir des certitudes sur ce qu’il va se passer dans deux mois. Une crainte que l’on puisse avoir serait que le delta ait surtout contaminé aujourd’hui la tranche d’âge 20-30 ans qui va peu en réanimation. Dans quelques semaines, toutes les tranches d’âges seront concernées ce qui va stabiliser le modèle. Le delta sera aussi stabilisé, Rmax connu et le taux de vaccination pour septembre aussi. La prévision deviendra donc beaucoup plus précise. Les décès obéissent à la même logique. Pour l’instant, il n’y a pas de rebond visible des décès.

L’hospitalisation pose une nouvelle question : la courbe R des hospitalisations était calquée sur celle des réanimations il y a 10 jours encore. Depuis peu elle s’en détache. Les hospitalisations progressent en effet plus vite que les réanimations. Ceci est difficile à interpréter (d’autant que l’Angleterre ne communique pas les chiffres sur les entrées en réanimations donc on ne peut pas comparer avec ce pays) :

  • Suppression des cas les plus graves (réanimation) par la vaccination mais le passage à l’hôpital reste parfois de mise ?
  • Variant delta plus hospitalisant ? (on avait déjà vu ce phénomène avec le variant anglais qui envoyait 1,64x plus les gens à l’hôpital).
  • Artefact de quelques jours lié à la contamination progressive des différentes tranches d’âges ?

Conclusion de JCD

Les cas vont flamber (l’Angleterre est en train d’atteindre son pic de 60 000 de début janvier et le virus progresse encore de 30% toutes les semaines). Nous sommes moins bons que nos voisins (car moins vaccinés / moins immunisés). Si vous avez des amis / de la famille à risques non vaccinés, c’est le moment ou jamais de les inciter à se faire vacciner car la probabilité d’attraper le virus va être élevée dès mi-août.

Il n’y a pas de signe de saturation des réanimations mais la situation de « forte tension » peut changer très vite.

La courbe des hospitalisations est à surveiller de près, pour comprendre ce qu’il se passe.

JCD

Du côté du simulateur CT… par Philippe Brouard

C’est difficile à y croire, pour ajuster les calculs du simulateur sur les valeurs des indicateurs en cours, le nombre Reffectif a dû être remonté très sensiblement. Le virage épidémique semble radical avec le variant delta ! Afin d’être suffisamment précis, et pour illustrer sur quoi s’appuient les calculs, je propose cette fois-ci tous les graphiques. Premièrement, celui qui montre le redressement du nombre de nouveaux cas détectés :

Nombre cumulés de cas positifs au SARS-CoV-2 en France, simulateur CT et données Santé publique France, actualisation au 19/07/2021.

Pour enclencher ce virage, Reffectif est estimé devant pointer vers 2,2 ce qui est du jamais vu chez-nous depuis le début de l’épidémie.

Réglage de Reffectif pour le simulateur CT avec 3 hypothèses, stable, hausse, baisse, actualisation au 19/07/2021

Cette valeur de R a un effet très exponentiel, ce qui veut dire qu’en considérant les autres réglages constants, la conséquence est inquiétante : la propagation très rapide du variant delta pourrait faire des dégâts rapidement.

Simulateur CT et données Santé publique France concernant les entrées et les sorties de l’hôpital pour retour à domicile, suite à covid-19, actualsiation au 19/07/2021

Le graphique des entrées et sorties de l’hôpital montre que la situation pourrait être mal engagée dès la mi-août et concrètement au niveau de l’occupation des services le tableau montre une nouvelle saturation possible :

Simulateur CT et données Santé publique France pour l’occupation des services hospitaliers, gestion de la convid-19, actualisation au 19/07/2021

On retrouve sur ce graphique des lits occupés la conséquence potentiellement brutale du nombre de reproduction R se situant vers la valeur 2. Pour finir, la conséquence possible sur le cumul des décès hospitaliers :

Simulateur CT et données Santé publique France concernant le cumul des décès hospitaliers liés à la covid-19, actualisation au 19/07/2021

Quelques choses pour ne pas tirer de conclusions trop vites

La transmission rapide du variant delta se fait actuellement sur les tranches d’âges des jeunes, l’impact sur l’hôpital pourrait être moindre car c’est une population qui est moins à risque. Mais c’est aussi une population qui est peu vaccinée, et cet effet viendrait contrecarrer la première remarque.

Le nombre R étant déjà très haut, avec l’hypothèse d’une baisse prochaine et rapide, il ne retomberait vers 1 que dans deux semaines environ. Ce n’est qu’à ce moment là que l’épidémie commencerait à ralentir de nouveau, mais c’est loin. Il se joue en ce moment à la fois la dynamique exponentielle du R élevé et l’inertie de toute la mécanique épidémiologique.

Oui, il faut continuer l’effort de vaccination des populations jeunes et moins jeunes et espérer que ce variant delta n’emmènera pas trop de monde à l’hôpital. Sur ce dernier point, un petit coup d’œil sur la situation tunisienne indiquerait que même avec une population majoritairement jeune la saturation hospitalière est possible.

On n’a pas de boule de cristal

Reprenant la remarque de Daniel en début d’article, malgré tout on aimerait bien une boule de cristal, mais… en attendant, surveillons les indicateurs et restons prudents.

Philippe Brouard

  1. marion dit :

    remarque: en tunisie ce n’est pas la population jeune que l’on retrouve à l’hopital, ce sont des personnes agées et fortes, les mêmes qu’ici et la couverture vaccinale est quasi néante alors s’il ne faut pas , et j’en doute comparer avec le RU, il ne faut surtout pas comparer avec la tunisie. Pour finir ce qui compte beaucoup, c’est le shéma vaccinal complet et là nous ne sommes pas tant que cela éloigné du RU et nous serons peut être au dessus d’eux dans 3 semaines.

  2. PA Riv dit :

    Merci pour ces données et analyses
    Est-ce que le rebond au RU ne pourrait pas être en partie dû aux demi-finales et finale de l’Euro ?

  3. Kiki dit :

    Ce rebond des infections paraît ne pas être suivi d’hospitalisations aussi nombreuses que pour le précédent variant. Espérons que ce virus en devenant plus contagieux devienne aussi moins mauvais et qu’il permette via les jeunes le plus souvent asymptomatiques et donc peu contagieux d’atteindre cette immunité collective tant espérée. Quelles données objectives sont à disposition hors la boule de cristal comme vous le dites si bien, le taux de positivité me paraissant un peu pipé avec Delta pour évaluer la suite …

    • Daniel Le Breton dit :

      Bonjour Kiki
      Pour le RU le troisième point d’inflexion est en cours de franchissement et les projections restent relativement stables :
      • 69300 cas par jour au pic (7 août)
      • 7000 hospitalisés au pic (11 août) avec un maximum de 1100 personnes par jour début août
      • 890 en lits ventilés au pic (11 août)
      Le taux de personnes en ventilation par rapport aux hospitalisés augmente (13% contre 11% pour l’alpha et 8% pour le précédent). Mais le taux d’hospitalisés par jour par rapport au cas répertoriés par jour (pic à pic) diminue fortement (1,6% contre 7% dans le cas du variant alpha). C’est l’effet de la vaccination. Reste à voir si la fin des restrictions va se ressentir dans les chiffres dans les semaines à venir.
      La vaccination s’essouffle au RU mais ils vont finir avec presque 70% de la population totale courant août. A titre de comparaison c’est 60% en Israël. Nous on peut espérer 60% d’ici début septembre.

  4. john david dit :

    on a des pays qui ont progresse tres vite les pays bas etait a 500 % et prresque aussitot la progression a ralenti tres fortement le portugal ralentit aussi , le portugal est quasi autant vaccine que nous on a l impression qu une fois le R a depasse 2 ca descend vite pour aller a une vague normale moins exponentielle

  5. jean-dominique dit :

    Il me semble que la France, en tout cas les régions sud et ouest, suit un peu la trajectoire de la Catalogne. En Catalogne, la vague a progressé très rapidement pour culminer entre 1600 et 2000 cas/100 000 sur une semaine chez les 20-30 ans, avant de commencer à régresser assez rapidement dans cette classe d’âge, en tout cas à Barcelone. Cette brutalité type “épidémie de gastro”, tant en montée que dans une moindre mesure en descente, avait déjà été observée en Inde. Différence tout de même entre France et Espagne : les personnes âgées sont davantage vaccinées en Espagne qu’en France.

    • Kiki dit :

      Intéressant, rassurant et cohérent avec ce que je pense, jeunes plus infectés mais sur cette classe d’âge la nature fait bien les choses, ça passe sans trop de problème….et comme vous le dites les classes d’âge plus fragiles sont protégées par le vaccin. Alors qui les sont les pythies qui conseillent notre gouvernement? Les mêmes qui annoncent en se trompant des catastrophes à répétition depuis le début de cette pandémie? N’est il pas temps de vous réveiller les autres avant que touts nos libertés aient disparu?

  6. JCD dit :

    Bonjour,

    @Marion, un graphique vaut mieux qu’on long discours :

    https://www.dropbox.com/s/a7gfzwju7aiqqmk/UK%20vs%20FR%202021-07-20.png?dl=0

    Si on aligne les courbes des cas UK et FR sur la valeur plancher, soit 2 000 cas (le 9 Mai pour les anglais, fin Juin chez nous) on voit que la progression du virus en France est autour de 6 ou 7x plus intense qu’en Angleterre. J’ai extrapolé jusqu’au 31 Juillet aussi.
    Si l’Angleterre s’en sort sans reconfiner (et ils devraient y arriver avec un pic des cas mi-Aout), on ne peut en aucun cas conclure qu’il en sera de même pour la France. Beaucoup trop tôt.
    Même avec seulement 2% des cas hospitalisés en moyenne (contre 10% avant le vaccin), ça va être très très chaud pour nous. La vague est d’une intensité comparable à celle de Mars 2020.
    Il faut en effet attendre le pic Rmax pour voir à quelle vitesse R redescend ensuite. L’immunité naturelle (chiffre mal connu à cause des asymptomatiques) va aussi jouer un grand rôle aussi dans cette phase.

    • marion dit :

      en utilisant 2000 vous faussez la comparaison car la date du 2 mai est une mauvaise date pour comparer. Le vrai début est fin mai et 4 semaines plus tard pour nous

  7. Daniel Le Breton dit :

    Il est vrai que les vagues brutales (comme en France à l’automne 2020) s’essoufflent rapidement, a contrario des vagues longues (hiver 2021 en France avant l’arrivée de l’alpha) qui sont largement plus sournoises et font nettement plus de victimes. On peut s’attendre à un (premier) point d’inflexion sous peu car le niveau de Reff atteint (2) recoupe celui qu’on pouvait estimer au démarrage de la vague delta (2), on est proches des 100% de cas en variant delta. Ca va donc replonger mais si on regarde la carte et le taux d’incidence, l’extension géographique de l’épidémie de delta va nous valoir des rebonds et d’autres points d’inflexion sous peu. Au RU ils en sont à 400, et nous on en est à 5 fois moins.
    La valeur maximale du Reff peut surprendre, dans le cas de la toute première vague j’ai dans mes dossiers un maxi à 12 en début de vague. Plus ça monte haut et plus ça plonge vite, mais ça peut toujours le faire sans repasser la barre du 1 rapidement. C’est le cas du delta en Israël, le Rmaxi a atteint 4,6 et on en est à 1,5 en simili plateau, tout ça avec des chiffres bas qui nous feraient rêver : qu’est-ce que vous diriez d’un pic à 15 000 cas par jour en France?

    • Pierre dit :

      Encore merci pour ce beau travail.

      Plus que la hauteur du pic, c’est la répartition qui importe.
      Comme dans l’article “vert en vue” grâce à la vaccination.
      Si ça reste au vert chez les plus de 50 ans, tout ira bien.

      Si on regarde la “couleur” dans la répartition selon l’âge, en ne s’intéressant qu’au plus de 20 ans (en dessous on peut de toute façon considérer qu’ils ne concernent pas les hospitalisations/décès etc) :
      semaine25 : tout au vert
      semaine26: tout au vert
      semaine 27: jaune chez les 20-29 ans
      semaine 28: jaune chez les 30-39 ans et orange chez les 20-29 ans
      semaine 29: jaune chez les 40-49 ans, orange chez les 30-39 ans et rouge chez les 20-29 ans

      Il faudra surveiller si la montée dans les âges se poursuit cette semaine, ou si la vaccination, débutée chez les plus âgés, suffit à protéger l’hôpital.

  8. Meunier dit :

    J’apprécie toujours autant votre site et votre travail.
    J’ai une question relative au nombre de “malades” déclaré par le ministre de la santé et repris en choeur par les médias : 18000 à la date du 19 ou du 20 juillet (jour de débat à l’AN).
    Je ne vois pas à quoi correspond ce nombre, quelqu’un peut m’éclairer ?
    Merci

  9. nahon dit :

    Il ne me semble pas avoir vu mentionné dans la comparaison que vous faites entre France et Royaume-Uni que les vaccins utilisés ne sont pas les mêmes. Il serait intéressant de voir quelle part de la population en France a reçu le Pfizer et l’Astra, sachant qu’ils ne protègent pas autant l’un que l’autre, si je m’en réfère à vos chiffres. Donc, certes, la population française est globalement moins vaccinée qu’Outre-Manche mais peut-être avec un vaccin qui protège mieux. Encore d’autres calculs en perspective 😉

  10. JCD dit :

    @Marion, le creux de la vague UK est bien au 3 Mai avec 1851 cas très précisément (moyenne lissée sur 7 jours). J’étais parti sur 2000 cas (au 9 Mai) mais ça ne change pas grand chose.
    Pour la France, le minimum est au 27 Juin avec 1816 cas. Donc nous avons 1 mois et 3 semaines de décalage avec les anglais pour ce qui est de la reprise de l’épidémie.
    Je ne vois pas bien pourquoi vous parlez de fin Mai, du coup ?

    Néanmoins, si on aligne la France avec le 31 Mai, voilà ce que ça donne :

    https://www.dropbox.com/s/ibkysrny17cuhmc/UK%20vs%20FR%202021-07-20%20fin%20Mai.png?dl=0

    La courbe France rejoint vite la courbe UK et c’est le même constat : l’accélération est beaucoup plus forte en France.

    C’est pour cela qu’on ne peut pas comparer les 2 pays en termes de résultats. L’Angleterre va faire un pic autour de 60 000 cas mi-Aout (voire plus si l’effet foot et la réouverture du 19 Juillet plombent ces chiffres) mais la France va les rattraper dès la première semaine d’Aout et les cas FR vont continuer à s’envoler. (@Nahon, ces projections prolongent les courbes actuelles donc tiennent compte implicitement du niveau d’efficacité des vaccins)
    Le R0 France est à 2,35 aujourd’hui (et 18 000 nouveaux cas déclarés hier, pour répondre @Meunier), toujours en hausse, et on repasse la barre des 40 000 prévisionnels au 31/7…

    Les hospitalisations ayant été divisées par 5 au UK, avec un variant delta stabilisé et une population désormais ‘au contact’ du variant sur toute les classes d’âge, on peut estimer que la ‘zone rouge’, en France, n’est plus de 50 000 cas mais de 50 000 * 5 = 250 000 cas quotidiens. Ce qui laisse encore une marge de manoeuvre mais pas tant que ça si le taux R reste très supérieur à 1.

    La seule vraie certitude pour moi, est qu’on va exploser le record de cas de toutes les autres vagues, y compris la première vague (estimée à 100 000 cas/jour, de mémoire), avec toutes les conséquences que ça implique pour les seniors non-vaccinés.

    • marion dit :

      vous avez trop de certitudes et vous participez à la mécanique de la peur, je ne viens pas sur votre site parce qu’il est formidable mais surtout pour essayer de comprendre pourquoi notre pays cherche coute que coute à se vouloir être différent des autres. Au final, il se passera peut être que qu’il s’est passé pour les autres vagues, une montée importante des cas et des projections “alarmantes” et sans savoir pourquoi, un arret et une décrue, au royaume uni , vous extrapolez une hausse jusqu’à la mi aout, pourtant la courbe se stabilise, en afrique du sur, forte remontée et baisse rapide, vous voyez , on constate à peu près toujours la même chose car les épidémies fonctionnent toujours de la même façon en ne montant pas “éternellement”. Pour finir, les cas vont monter assez haut mais la vraie raison sera peut être la conséquence du pass sanitaire qui oblige à se faire tester mais cela ne voudra pas dire qu’il y a plus de cas en comparaison aux vagues précédentes et aux autres pays, ces personnes sauront simplement qu’elles sont positives
      Cordialement

      • JCD dit :

        Des certitudes ? : les 3 articles de cet ‘épisode’ du blog indiquent qu’à ce stade les modèles sont incertains et ne savent pas dire si ça va bien se passer ou si nous allons prendre un mur en Septembre.

        La peur ? : Quand les courbes augmentent, la situation est anxiogène. Quand elles redescendent, elles sont rassuristes. En ce moment, elles montent.

        Notre pays veut être différent des autres ? : Oui et non. Il est comme les autres mais à son rythme, avec ses paramètres de vaccination, d’immunité naturelle, de pyramide des âges de la population etc…

        La courbe UK se stabilise ? : https://coronavirus.data.gov.uk/details/cases , à la rubrique “Recent 7-day case rates by specimen date”. Là, je ne vous suis plus…

        Les courbes montent puis vont redescendre ? : Tout a fait. Ceci est vrai quel que soit le scénario. La question est jusqu’où vont elles monter. C’est la question à laquelle nous essayons de répondre. Cf courbe verte des réanimations par exemple.

        Une décrue sans savoir pourquoi ? : On sait toujours pourquoi : confinement pour les fois passées (la décrue hospitalière est alors connue quasiment au jour près = date de confinement + 21 jours) ou bien immunité (naturelle et/ou vaccinale), espérons le, pour cette 4ème vague. Et peut-être demain d’autres thérapies.

        Les cas vont monter à cause du passe sanitaire ? : Peut-être. Mais je crains que le virus n’ait pas attendu le pass sanitaire pour faire monter et descendre les courbes, en France ou ailleurs.

        Un dernier point de rappel : le Delta est 1,6 x 1,6 x 1,64 = 4,2 fois plus hospitalisant que la souche initiale de Mars 2020. C’est ce qui génère toutes ces incertitudes aujourd’hui.

  11. Henri Gibaud dit :

    Bonjour depuis la fin d’avril.
    Le lundi 17 mai vers 17h, le Dr M***** B******* ayant ouï la brève présentation de ma démarche et expériences, accepta une conversation téléphonique d’environ 18 minutes.
    A cette époque, j’avais identifié une somptueuse opportunité logistique issue du passage
    d’environ 30 millions de 18-ans+ dans des lieux désignés BDV pour devoir civique et pouvant se doubler de devoir “covidiphobe”. Le 02 mai, au vu de l’émergence des ATAG (auto-tests anti-géniques), un rapprochement s’était opéré en ma “cyber-bio-computer-box” : profiter des défilés électoraux pour cristalliser une sorte de SONDAGE INSTANTANE pour estimation de la PREVALENCE de fond. De la sorte, et le Dr B******* approuva parfaitement le principe, on pouvait par METROLOGIE (avec une intrusion plus robuste dans le Réel) confronter les diverses MODELISATIONS pour INCIDENCE subodorée, modélisations si fragilement° fondées … Ma proposition visait de dépenser 5 millions d’auto-tests relevés par des pompiers près des BDV et sur un échantillonnage facilitant l’application des lois de la statistique inductive sondagière par classes pertinentes …
    ° fragilement car le Dr B******* partageait évidemment le regret que le dit taux d’incidence officiel PATAUGE de façon éhontément biaisée sur une base mouvante fallacieuse, la variation du taux de dépistage étant tue honteusement … science pitoyable !

    Le 17 mai, le Dr M***** B******* objecta toutefois que très probablement le taux de POSITIVITE chez les ASYMPTOS (ce qui était la cible de fond de mon idée) allait très vite s’effondrer à des niveaux extrêmement faibles. J’avais lu au début de mai que les ATAG scolaires en telle région épargnée valait de l’ordre de 0,4 %, puis je vis que cette démarche sur les 12-18 disparaissait discrètement vers le 25 mai : alors je cessai de soutenir mon idée initiale. A part le réputé épidémio, j’eus aussi la satisfaction d’être félicité par un ancien de l’ENSP signature connue par moi dans ERS (ENVIRONNEMENT RISQUES SANTE), et du côté des politiques une amie historienne des maths élue d’une belle ville à maire très “communiquant” (de l’autre bord politique) avait fait aussi signaler cette proposition. N’obtenir que 3000 positifs sur une dépense de 5 000 000 d’ATAG eût été politiquement insurmontable même si scientifiquement impeccable.

    Puis à l’émergence des tests rapides SEROLOGIQUES en début-juin, avec ma pharmacienne préférée on a discuté d’une version opportuniste renouvelée pour le 20 ou bien le 27 du 2e tour : faire OFFRIR un test sérolo gratis aux 18-30 ans au vu de leur carte électorale tamponnée … scientifiquement je n’ai pas été contesté, mais “juridiquement” : la mentalité néo-médiévale (que Rabelais, Voltaire, Tocqueville, entre mille autres dénoncèrent) qui empêche d’agir à cause de sophismes et autres apories de pensée, … voilà le résultat : le Peuple a anticipé en votant aux 2/3 avec des “semelles de vent”.
    Hélas !

    Alors ce jour, après vous avoir résumé ces efforts pas incompatibles avec les vôtres, j’en appelle à votre connaissance j’espère des choix méthodologiques de SPF à propos d’un sujet tout à fait “chaud-bouillant”.
    Voilà : il y a quelques petits jours j’ai entendu un élu originellement de gauche, et de terrain, et même surtout : de LITTORAL (chaud devant !) relativiser la rampe officielle SPF de l’incidence attribuée à son département par cette objection :
    (en substance) “actuellement notre département a une présence démographique supérieure de plus de 50 % à la base de calcul issue de la statistique INSEE datée du 1er janvier 2021, le numérateur des cas incidents sur une semaine mobile doit donc être posé sur un dénominateur bien plus élevé”.
    Capito ?
    Personnellement, je ne serais vraiment pas surpris que les BIAISEURS d’habitude se soient une fois de plus “auto-autorisés” à bourrer nos ouïes et autres branchies avec leurs pathétiques petites esbroufes de pratiquants-de-casino (à l’instar d’un ancien ministre récent …).
    Alors si j’ai été assez clair et que vous soyez aussi scientifique que je crois estimer, SVP et publiquement ici :
    SPF délivre-t-elle ses TAUX INCIDENCIELS LITTORAUX/ESTIVAUX sans ce détestable biais qui consisterait à employer comme par “CONTREBANDE MENTALE” un dénominateur physiquement valable à longueur d’année mais PAS EN AFFLUENCE d’estive ???

    • marion dit :

      la vraie question est ; “les “malades” testés sur leur lieu de vacances sont ils comptabilisés 1 fois ou bien 2 fois (lieu de résidence estivale + principale)) “? Pour répondre à votre question, une chaine de TV “réalité” (bfm pour la nommer) s’est empréssée de dire que “testé à biarritz , positif à paris”

  12. Kiki dit :

    Comme Marion je crois que des gens ont trop de certitudes (pas de boule de cristal comme le dit l’auteur de l’article) et que le vrai problème, j’insiste, c’est que le gouvernement assimile abusivement dans son discours (Castex) les testés positifs (avec les réserves qu’on peut apporter sur la qualité des tests PCR et la fluctuation du nombre de tests) à des malades. Ce qui est important c’est le vrai malade qui encombre l’hopital. Je rappelle pour ceux qui l’auraient oublié qu’on a envoyé les soignants au Front avec des PCR positifs mais asymptomatiques. Un jeune asymptomatique devient naturellement un nouveau vacciné, avec une immunité meilleure qu’avec le vaccin, et sa grand mère est maintenant vaccinée. Où est le problème? A moins que le vaccin qu’on nous vante tant soit inefficace???Mais il y a de l’espoir, quand les tests seront payants et que les positifs seront enfermés pendant 10 jours, la maladie devrait se calmer, plus personne ne se fera tester! C’est peut être cela la stratégie!

  13. Daniel Le Breton dit :

    Faisons un retour en arrière. Début Octobre 2020 nous étions aux environs de 18 000 cas par jour et environ 7 000 personnes hospitalisées. La tendance (dérivée en maths) des hospitalisations était une hausse d’un peu moins de 200 cas par jour. En ce moment il s’agit d’une « stagnation » à moins 25 cas par jour, donc on ne se trouve pas dans une situation conduisant à une vague d’hospitalisation comme à l’automne dernier. La disparition de la vague alpha y est pour quelque chose, mais comme ailleurs on observe un découplage entre cas et hôpital et c’est le même phénomène en réanimation.
    Ca ne nous garantit pas qu’une fois les tranches d’âge supérieures atteintes, on ne va pas avoir de vague hospitalière, mais on n’a pas de données qui permettent d’anticiper cela ni d’évaluer la hauteur de la vague. Il n’y a que les modèles pour cela, et jusqu’à présent ils se sont montrés pessimistes, si ça peut nous consoler.
    On a l’impression de se retrouver début 2020 devant un phénomène qui n’étant pas contrôlé conduit le gouvernement à user voire abuser de la stratégie du trouillomètre. On devrait faire moins bien que les britanniques puisqu’on n’a pas réussi à vacciner tous les plus à risques ou presque (y a-t-il des données récentes à ce sujet ?), à contrario de nos voisins européens. Les chiffres britanniques on commence à les cerner et la projection de 890 personnes en « ventilated beds » reste plausible. Par ailleurs la projection des cas quotidiens est aujourd’hui potentiellement révisable à la baisse, la vague au Royaume Uni pouvant s’avérer plus courte qu’anticipé (la dérivée est en train de chuter brutalement).
    Retour de bâton de l’histoire, le monde sanitaire reprend le pouvoir. Ça va faire pschitt ou ça va faire boum ?

  14. V. Besse dit :

    Bonjour,
    je ne suis ni médecin, ni statisticien, ni particulièrement pro ou anti-vax, bref j’essaie de me faire mon idée des choses en fonction des infos que je récupère à droite à gauche, sachant que le big-pharma doit très certainement lobbyer(?) à fond et que vu les discordances qu’on a pû entendre entre “scientifiques” de haut degré je n’en écoute plus aucun. Comme je l’ai dit je n’ai pas les connaissances nécessaires pour comprendre complètement et me faire mon idée des projections et modèles ici présentés. Au risque donc de dire quelque(s) énormité(s):
    – on a une explosion de cas positifs avec le variant delta représentant ~75% des cas. Quelle est l’évolution hors delta? En gros est-ce que tout “irait bien” sans delta ou est-ce qu’on observe aussi une reprise sur les autres variants?
    – on a une reprise des hospitalisations. Quel est le ratio vaccinés/non-vaccinés sur ces nouvelles admissions? Et quelle est la part de marché du delta la-dedans?Il me semble que c’est plus important que le ratio vaccinés/non-vaccinés pour seulement les nouveaux cas qu’on nous serine ces temps-ci…
    – _TRES_ grossièrement on a une stabilité des cas en réa et des décès (avec des projections moins alarmistes que pour les autres vagues mais ce ne sont que des projections). Pareil, est-ce qu’on a des chiffres plus détaillés sur cette population?
    – quel serait l’impact des projections les plus pessimistes de cas d’hospitalisation sur la santé de l’hôpital lui-même? Est-ce qu’on aurait le même rouge que pour les autres vagues, un rouge plus flamboyant ou quelque chose qui tirerait plus sur l’orangé?

    Je mets de plus en plus en doute le bien fondé des décisions politiques concernant la gestion du COVID. Comme je l’ai précisé au début je n’écoute absolument pas les sirènes complotistes qui me désolent sans doute autant que la plupart des personnes ici. Je remarque simplement un changement de communication et de façon de faire qui me paraît bien soudain et mal étayé. Jusqu’à il y a peu on nous communiquait le nombre de nouveaux cas et la situation hospitalière, on ne nous communique plus que les nouveaux cas en insistant sur le pourcentage de non-vaccinés or il me semble que les mesures de confinement et de couvre-feu et autres restrictions visaient essentiellement à limiter l’impact sur l’hôpital. Pourquoi ne nous parle-t-on plus de l’hôpital?…mystère…
    Si le delta se révèle beaucoup plus contagieux mais bien moins dangereux, est-ce qu’il ne vaut pas mieux favoriser l’exposition de tout le monde pour favoriser une immunité naturelle plutôt que rester dans la logique de vaccination à tout prix et de brimades contre ceux qui ne sont pas vaccinés? (vous les voyez mes gros sabots? 🙂 )
    La grippe fait quelques milliers de morts/an, c’est bien évidemment malheureux mais on fait avec, le vaccin n’est pas obligatoire, et les campagnes annuelles de communication/sensibilisation valent…ce qu’elles valent…

    C’est (peut-être) un peu long, il y a (peut-être) de belles conn***es dans ce que j’ai dit mais je ne demande pas mieux que d’être éclairé.

    • marion dit :

      je pense comme vous en ajoutant que je me suis fais vacciné pour participer à la digue qui évitera une saturation hospitalière et je trouve insupportable que l’on puisse continuer à faire croire qu’en ayant 65% des adultes primo vaccinés, notre parcours serait similaires aux vagues précédentes ou à ce qui se passe au royaume uni (on est pas si loin que cela des anglais à l’heure ou j’ écris, ils en sont à 46 millions de premières doses et 36 millions en shéma complet et à peu près à notre niveau actuel quand ils ont attaqué cette vague)

    • Philippe Brouard dit :

      Bonjour V.Besse, vos questions sont pertinentes et c’est peut-être le cœur du problème. Là aussi on va dire “on ne sait pas”… Des historiens de la médecine pourrait nous renseigner. N’y a-t-il pas eu des épidémies graves qui ont été éradiquées uniquement grâce ou avec la vaccination ? Voir : https://fr.wikipedia.org/wiki/%C3%89radication_de_la_poliomy%C3%A9lite

      Et sur le fait de contrer à grand renfort de science médicale la progression d’une maladie, est-ce qu’on pourrait faire un parallèle avec le phénomène croissant de résistance aux antibiotiques https://fr.wikipedia.org/wiki/R%C3%A9sistance_aux_antibiotiques ?

      En attendant d’avoir des réponses, les professionnels de la médecine font certainement au mieux selon les moyens à disposition pour sauver des vies déjà maintenant.

  15. Paul Emique dit :

    Merci pour certains commentaires plus intéressants que les articles. Ca me turlupine également beaucoup qu’on ne s’intéresse plus du tout à la tension des hôpitaux (depuis mars 2020 on aurait pu en construire un petit paquet vu les montagnes de pognon dépensées).

    J’ai du mal à croire qu’un humain qui s’exprime publiquement puisse choisir un titre de paragraphe comme : “Quelques choses pour ne pas tirer de conclusions trop vites”. Ca sent l’IA, et surtout le A d’ailleurs.

    Parmi d’autres perles, la phrase “Cette valeur de R a un effet très exponentiel, ce qui veut dire qu’en considérant les autres réglages constants, la conséquence est inquiétante : la propagation très rapide du variant delta pourrait faire des dégâts rapidement.” me parait illustrer parfaitement le propos alarmiste, peu concret, et en aucun cas scientifique.
    Que serait un effet peu exponentiel ? Un logarithme 🙂
    “…, ce qui veut dire que la conséquence est inquiétante” : merci pour l’explication très claire.
    Idem pour la fin de la phrase. Attention le danger pourrait être très dangereux et faire beaucoup de dégâts.

    • Frédéric dit :

      Permettez-moi de défendre ce sous-titre: l’auteur n’ a justement, me semble-t-il, pas voulu être alarmiste alors que les chiffres précédents pouvaient être compris dans un sens très négatif. Il regroupe les éléments “anti-thétiques” ensemble et leur donne un sous-titre clair.

      On ne peut pas en vouloir à quelqu’un d’être nuancé, même mathématiquement, par les temps qui courent.

      Comme souligné par plusieurs, les liens PCR positif – maladie et le lien maladie – saturation hospitalière ont disparu du langage de nos dirigeants, cela affaiblit la pertinence et l’autorité du discours.

      Et une citation de … O Véran : “Le vaccin n’empêche pas de transmettre le virus aux tiers. L’impact de la vaccination sur la propagation du virus n’est pas encore connu”. (Source : https://www.europe1.fr/sante/un-octogenaire-demande-au-conseil-detat-a-etre-deconfine-apres-avoir-ete-vaccine-4034911 )

      Non, décidément, on ne peut pas en vouloir à quelqu’un d’être nuancé….

      • jean dominique dit :

        J’entends les arguments du professeur Velot mais le Covid n’est pas la première maladie virale qui fait l’objet d’un vaccin et ce virus ne mute pas plus qu’un autre et même moins que d’autres (ex celui de la grippe) alors où est le problème? J’ai plutôt l’impression qu’on perd un peu d’un côté et on gagne beaucoup plus de l’autre. D’autant que le vainqueur actuel de la “bataille des variants”, le variant delta, est très sensible aux vaccins existants, alors que le variant sud africain, qui y échappait davantage, semble avoir disparu du paysage. Actuellement, le virus joue la contagiosité et plus encore la rapidité de la contagion (voir à ce sujet l’article de Gozlan dans Le Monde), plus que la gravité de l’infection ou l’échappement aux vaccins.

      • Philippe Brouard dit :

        Bonjour Frédéric, merci pour cette explication sur mon propos, exactement l’objectif était de nuancer la projection pessimiste. On ne sait pas dans quel sens vont évoluer les ratios entrées hôpital / nouveaux tests positifs.

    • Philippe Brouard dit :

      Bonjour Paul Emique. Ce n’est que très rarement que j’interviens dans les commentaires pour indiquer des remarques qui me déplaisent, et ici même votre message me désespère quelque part. Je souhaite quand même répondre sur quelques points.

      Premièrement, très factuellement, à moins d’être aussi forts que les Chinois, ce n’est pas possible de construire un paquet d’hôpitaux en un an et ça j’imagine que vous le savez déjà (je ne parle même pas du personnel qui est nécessaire pour faire fonctionner un hôpital).

      Deuxièmement je précise ce que ça veut dire “très exponentiel” : quand un processus double de volume toutes les semaines (R = 2), ça fait une suite de valeurs qui ressemble à 2, 4, 8, 16, 32, 64, 128, 256, 512, 1024, 2048… au bout de 10 semaines la valeur initiale a été multiplié par 1000. Quand un processus est peu exponentiel, il grossit par exemple de 1.1 toutes semaines (R = 1.1), ce qui donne 2, 2.2, 2.42, 2.66, 2.92, 3.22, 3.54, 3.89, 4.28, 4.71, 5.18… au bout de 10 semaines la valeur initiale a été multiplié par 2.6, ce qui est environ 400 fois moins que dans le cas précédent. Donc entre R = 2 et R = 1.1 il n’y a que 0.9 points d’écart, mais sur le long terme les conséquences sont très différentes. Tant qu’il n’est pas démontré que le variant delta “serait moins dangereux” que les précédents, il vaut mieux regarder de près pour éviter une explosion du nombre de cas.

      J’espère avoir été plus clair en ajoutant ces précisions.
      cordialement

    • Pierre dit :

      J’aime bien quand des gens traitent d’autres de crétins (cf IA sans I).

      Surtout quand juste avant ils nous donnent la solution miracle à cette pandémie : construire quelques hôpitaux.

      Intervention d’un médecin parisien hier sur France Info : “on doit fermer des lits car 500 postes d’infirmière ne sont pas pourvus dans notre structure hospitalière”.
      Il faut environ 4 ans pour former une infirmière autonome et efficace pour s’occuper de cas grave de Covid.
      Pourquoi on n’y a pas pensé en 2017?

    • Ed. dit :

      Juste une petite remarque concernant le fait de construire des hôpitaux…

      En construire, oui, on aurait certainement pu. Mais en revanche, construire un bâtiment, ça a rarement soigné des gens ; or, le système de soin français (et pas que son versant hospitalier: le monde libéral aussi) est globalement en grande tension démographique ; et au final, on aurait eu de beaux bâtiments tout neuf mais aucun soignant à l’intérieur, ce qui, vous en conviendrez, n’améliorerait guère la situation (bien que pour beaucoup d’hôpitaux, des locaux neufs et adaptés ne seraient pas du luxe, là on se rejoint!)

      D’autre part, les hôpitaux c’est bien gentil, mais jusque là ils n’ont jamais été débordés comme ce qu’on a pu voir en inde, et malgré cela on a observé pendant des mois un plateau à 300 morts/j environ, pour un total de 80 000 morts environ (soit 0.12% de la population française tout de même, histoire de remettre en perspective les choses: oui, un peu plus d’une personne sur mille en France est décédée pendant la deuxième vague parce que nous avions un “épidémiologiste” – d’après des ministres pas du tout lèches-bottes – à l’élysée). L’hôpital limite la mortalité, qui serait pire sans lui, mais ne l’empêche pas.

  16. Audois dit :

    Les statisticiens auteurs de ce site, et nos responsables politiques se voilent la face sur des faits maintenant avérés :
    – le virus SARS-CoV-2 mute très rapidement du fait de la pression sélective liée (au moins en partie) aux vaccinations,
    – les nouveaux variants sont très contagieux mais semble-t-il n’induisent pas de maladies fortement létales ,
    – les vaccins de la première génération, et ceux en préparation pour la “3e injection de rappel” en décembre sont à peu près inefficaces pour protéger les personnes fragiles (grand age, comorbidité) des futures formes graves de la maladie liées à ces nouveaux variants (qui sont en fait de nouvelles mutations).

    Dans un autre fil de discussion, certains ont tourné en dérision les craintes de Christian Vélot, expliquant qu’il n’était qu’un Cassandre, ayant en outre de mauvaises fréquentations (comprenez : ayant fréquenté un site web “suspect”)

    Malheureusement les recherches continuent dans le monde entier, et des résultats récents tendent à lui donner raison.
    En particulier, la revue Science publie au 1er juillet une recherche portant sur le variant CAL.20C, détecté d’abord en Californie mais présent maintenant dans de nombreux pays. L’OMS l’a déjà mis sous surveillance. L’étude montre deux choses importantes : CAL.20C est le premier d’une longue série de mutations apparaissant sous la pression sélective (5 déjà déposés sur GISAID), l’étude analysant précisément comment s’enchainent ces mutations, et deuxièmement, il faudra pour se protéger imaginer d’autres approches que la vaccination telle que pratiquée actuellement car elle sera probablement très vite “contournée” par de nouvelles mutations.

    Ceux d’entre vous ayant une bonne culture en biologie génétique lirons avec intérêt :
    “SARS-CoV-2 immune evasion by the B.1.427/B.1.429 variant of concern”
    https://science.sciencemag.org/content/early/2021/06/30/science.abi7994

    • JCD dit :

      Bonsoir,

      Vous mettez en avant le fait que la sélection naturelle opère sur les virus et qu’elle est exacerbée par les vaccins. Ceci n’est pas vraiment un fait nouveau. Comme l’explique Jean-Dominique plus haut, la sélection naturelle opère par ailleurs sur le virus même en l’absence de vaccin.
      Toute comme elle opère via les antibiotiques sur la sélection des bactéries, via les désherbants sur les mauvaises herbes, ou bien via les météorites sur les dinosaures.

      Par essence, la sélection naturelle est une règle de base de la survie sur la terre. Les êtres vivants s’adaptent. Les plus adaptatifs survivent.
      De ce point de vue là, C Vélot n’a pas vraiment inventé la roue.

      Son point (intéressant, censé, cohérent mais pas ‘factualisé’/quantifié) porte plutôt sur les mélanges ARNs entre ARN vaccinal et ARN viral (et donc sur le fait de ne pas utiliser les vaccins à ARN en pleine flambée d’épidémie pour éviter ces mélanges).

      Vous citez l’article de Science sur l’évasion immunitaire (relativement incompréhensible, effectivement !), mais je n’ai pas vu de passage accréditant la thèse de C Vélot (ni celle d’une accélération de l’évasion immunitaire à cause du vaccin).
      Pouvez-vous indiquer le passage précis qui évoque la recombination des ARNs ?

    • Pierre dit :

      Certains lecteurs de ce site, et certains de nos responsables politiques se voilent la face sur des faits maintenant avérés :
      – les mutations du virus SARS-CoV-2 ne sont pas dues aux vaccinations,
      – la baisse de létalité de la Covid n’est pas liée aux nouveaux variants (mais lié à l’amélioration de prise en charge des malades ainsi que la protection via la vaccination)
      – les vaccins actuels sont très efficaces pour protéger les personnes fragiles (grand age, comorbidité) des formes graves de la maladie liées à ces nouveaux variants

      Pour illustrer mon propos, vous pouvez lire le lien donné par Audois : il précise que les mutations en Californie sont apparues en avril2020, soit 6 mois avant la vaccination.

  17. Henri Gibaud dit :

    A “marion” sur sa brève réponse de 7h26 ce matin.
    Merci, et en effet aujourd’hui j’ai lu sur le papier d’un grand quotidien que SPF attribue les nouveaux cas entrants aux départements de résidences habituelles : ce qui correspond plus probablement au vrai lieu de contamination si le séjour côtier de l’estivant remonte à moins de quelques petits jours.
    MAIS cette option comptable ne rend pas bien compte de la dangerosité EN TEMPS REEL qui découle de l’effectif porteur et le plus souvent contaminant sur le territoire d’estive : car contrairement à mon hypothèse (postée ici à environ minuit et demi) alors cela minore la gravité en prenant plutôt un NUMERATEUR TROP PETIT.

    Je trouve que SPF pourrait proposer DEUX cartographies issues de 2 méthodes d’estimation différentes : cela aurait le mérite de montrer au large public que la démo-géo-statistique est une technique éprouvante surtout pour des phénomènes à grandes vitesses chronologiques et aussi comme ici liés à des substrats (humains) fortement géo-mobiles.

    Et puis à Kiki (9h59) : d’accord sur toute analyse qui pointe que les ASYMPTOS PORTEURS sont à une sorte de point aveugle de la rétine épidémio-bavarde officielle … d’où mon idée du 02 mai de sonder massivement par ATAG pour faire de la métrologie de PREVALENCE A DATE. Les 20 et 27 juin on était au plus creux alors hypo-pertinence … actuellement et sur les prochaines semaines un tel “chalutage” serait hyper-pertinent : mais quelles OPPORTUNITE LOGISTIQUE ET ACCEPTABILITE / estivants perturbés ???

    • Philippe Brouard dit :

      Bonjour Henri Gibaud. Je retrouve avec un sourire votre prose originale et copieuse ! Les mouvements de population au moment des vacances complique sérieusement la donne. Le traçage qui devait se remettre en service “à moins de 5000 nouveaux cas par jour” est déjà H.S. Pour le littoral, ça ne me semble pas surprenant d’avoir une concentration des nouveaux cas dans ces zones géographiques. Les valeurs des incidences départementales sont peut-être biaisées, mais la tendance n’est probablement pas erronée.

  18. Fabrice KURZ dit :

    Bonjour, est ce que la montée tres rapide des taux d’incidence dans les départements touristiques n’est pas biaisée par la méthode de calcul ? La population réelle en période de vacances est très éloignée de la population habituelle. Donc si le taux d’incidence local prend en compte les habitants et pas les vacanciers c’est normal que les taux arrivent à 400 aussi vite. Cette interrogation est évidement fausse sur le plan national vu qu’il y a peu de touristes étrangers.
    Ne serait il pas intéressant de calculer des taux d’incidence ajustés ? (certes trouver un nombre fiable de touristes à un instant t parait compliqué…). Merci encore pour ce site.

  19. Kiki dit :

    Merci à ce site, en effet cela commence à devenir intéressant avec des échanges argumentés et des vérités qui commencent à émerger peu à peu. Le problème maintenant est l’accès à de bonnes bases de données afin que nos statisticiens puissent travailler hors de toute idéologie.

    • V.Besse dit :

      J’ai cliqué sur “Répondre”, je ne sais pas comment ça va être présenté par rapport à un commentaire de base…

      “Le problème maintenant est l’accès à de bonnes bases de données afin que nos statisticiens puissent travailler hors de toute idéologie.” Ou tout du moins la part d’interprétation personnelle, d’envie (bien humaine) d’orienter les choses seront réduites et on pourra avoir un discours scientifique plus équilibré, un consensus plus facile. Il ne restera plus qu’à discuter des décisions qui seront prises derrière :-)…

  20. Piotr dit :

    Bonsoir à tous,

    Merci pour ce blog de qualité, et encore plus pour le site ! Est-ce que je suis le seul à m’interroger sur une tendance encore très discrète et qui pourrait certes être un mirage ? La courbe des cas (moyennés sur 7 jours) aux Pays-Bas et au Royaume-Uni semble avoir atteint un pic en milieu de semaine. En Espagne, on observe des dents de scie. Au Portugal, en Belgique et en Allemagne, une hausse timide – à la limite de la stagnation.

    Se pourrait-il que l’avancée de delta en Europe, où les niveaux d’immunité sont élevés, soit aussi rapide que brève ? Autrement dit, que le virus se soit propagé très vite dans les populations les moins immunisées avant de stagner ? L’autorisation ou l’interdiction d’événements supercontaminateurs (foot, boîtes de nuit) fait-elle la différence ?

    • marion dit :

      effectivemment, ce variant semble entrainer une hausse trés rapide mais courte, l’inde a vu celle ci durer 6 semaines “, l’AFSUD et les pays europeens occidentaux (je ne compte pas encore la france) de même que la russie c’est moins de 6 semaines et cela semble descendre rapidement.

  21. Thomas C dit :

    Bonjour,

    Nombre de cas total officiel depuis le début 6M
    Nombre de cas réel proche de 12M en comptant les asymptomatique et test pcr non fait

    Vaccination aujourd’hui 2 doses environs 31M

    Ce qui fait 43 M d’adultes de plus de 18 ans quasi immunisés?

    Donc les nouveaux cas ne vont pas entraîner de hausse significative de personnes Réa?

    Il y’a plusieurs pays avec de l’avance sur nous ( niveaux delta) et qui nous montre que les nouveaux cas sont décorélés avec les personnes en Réa.

    A quoi joue le gouvernement sur le fait d’essayer de nous foutre la trouille?

    Juste pour que l’on se vaccine???

    doublons le salaire du personnel hospitalier au lieu de dépenser des millions sur des tests PCR sera plus utile …et on aura plus de problème de saturation des lits.

    Je ne suis pas antivax ni complotiste mais honnêtement je comprends pourquoi les gens se posent des questions.

    J’entends souvent des responsables politiques qui indiquent que les jeunes peuvent aller en réa. c’est aussi possible d’être touché par la foudre.

    • Pierre dit :

      Les 3 premières vagues cumulées, c’est environ 20% de la population contaminée.

      Il reste environ 20% des personnes âgées non vaccinées.
      Donc largement un “réservoir” suffisant pour faire déborder l’hôpital encore une fois.

      Grâce à Martine Aubry, on n’a pas formé assez des médecins (sans parler des IDE, aides soignantes … manquants à l’hôpital) à la fin des années ’90 pour compenser le départ à la retraite du babyboom. Et en plus elle a inventé les 35h.
      Mais même en doublant le salaire pour qu’il restent travailler 70h au lieu de 35h, ça pourrait déborder.

      Je reprécise : ça peut. Pas ça va déborder. Mais c’est mathématiquement possible et nettement plus probable que de mourir de la chute d’une météorite. Donc c’est normal de se poser des questions comme on fait ici dans ce blog.
      Ca va dépendre de la vitesse de la vague (respect des gestes barrière dont port masque dans lieux clos) et de sa hauteur (donc indirectement du nombre de gens vaccinés).

      • Kiki dit :

        Le pourcentage de personnes contaminées, je ne suis pas sûre qu’on le sache, je connais beaucoup de personnes ayant été contaminées dans mon entourage, mais très peu malades qui n’ont pas été testées systématiquement, d’autant qu’avec les nouvelles mesures les gens vont hésiter à se faire enregistrer. L’isolement de 10jours en résidence surveillée type pénitentiaire est une mesure complètement contreproductrice car 1- à part quelques imbéciles je ne vois pas quelqu’un de sensé ne pas s’isoler 2-en revanche, toute personne sensée et un peu éprise de liberté hésitera à se déclarer.

    • marion dit :

      je pense même que c’est plus que 12 millions de personnes touchées. Concernant le jeu du gouvernement et des élus de proximité ( car il participent également à ce mauvais jeu), il y a une petite donnée que l’on zappe trop rapidement et qui a été sous entendu, ce sont les cas dit “contact” dans les zones touristiques car beaucoup sont des travailleurs saisonniers et si un cas contact doit s’isoler entre 7 et 10 jours et que tu les multiplies dans un resto et bien ta boite , elle ferme. Cela ne semble rien mais les politiques ont le trouillomètre à zéro si cela devait se confirmer dans les prochains jours car tu fais quoi des touristes si tout ferme faute de combattants dans les 15 jours

  22. Anna dit :

    Bonjour,
    tout d’abord : merci pour ce travail, d’une qualité exceptionnelle !
    Cependant, il existe un élément qui me manque systématiquement dans toutes les analyses que j’arrive à trouver : c’est l’âge des patients hospitalisés ou bien ceux en “réa”. Y voit-on des différences notables entre les vagues précédentes et celle qui nous vient en ce moment ? Les patients qui entrent à l’hôpital en juillet 2021 sont-ils plus jeunes que ceux qui s’y trouvaient en début 2021, ou en 2020 ?
    Ces éléments, certainement connus, devraient être précieux pour estimer l’efficacité des vaccinations … et, peut-être aussi, pour une réflexion quant au ciblage de celles-ci .
    Cordialement
    Anna

    • Kiki dit :

      il est intéressant de voir que les testés positifs sont essentiellement dans la ćlasse des jeunes adultes, ce sont en effet eux qui font les tests puisque 1-ils en ont besoin pour leurs sorties loisirs et 2- la plupart des plus vieux ne se testent pas car il sont vaccines ou ne sortent pas! On ne peut donc pas en déduire honnêtement que ce vaccin toucherait plus les jeunes! D’où L’intérêt d’avoir l’évolution Des tests positifs par classe d’âge, ce serait possible pour vous? Par ailleurs quand on voit la carte des départements à plus fort% de positifs,on ne peut s’empêcher De penser que l’on calcule ce % vis à vis de la population locale et non pas vis à vis de la population estivale de ces départements très touristiques . Avez vous des réponses là dessus?

    • Thomas c dit :

      Bonjour Anna,
      D’après ce que je lis ce sont toujours les mêmes types de personnes qui se retrouvent en réa.
      Toujours les personnes d’un certain âge avec commorbidité.
      Le ciblage de la vaccination est toujours le même : les vieux.
      Ainsi que toute la population depuis plus d’1 mois pour casser les chaînes de transmissions
      Vu ce qui se passe autant rendre le vaccin obligatoire dès 6 ans et pour tout le monde.

      Perso j’ai commencé à me faire vacciner non pas pour moi mais pour protéger les autres.

      Et surtout de manière égoïste grâce au pass sanitaire pour être tranquille

      Je suis génétiquement supérieur :).
      Ma compagne l’a eu et je ne l’ai pas choppé sans geste barrière

  23. Denis dit :

    Merci pour vos échanges. Une question de néophyte aux modelisateurs. Une épidémie c’est un peu comme une chaîne de Ponzi. Quand il n’y a plus de pigeons à plumer cela s’arrête… Comment prend on en compte le fait que plus il y a eu de contamination sur une zone donnée plus le virus a du mal à atteindre ceux qui n’ont pas été contaminés parce qu’ils sont vaccinés, se protègent ou ils n’ont pas de contact … Le R est forcément décroissant à un moment donné ?

    • Philippe Brouard dit :

      Bonjour Denis, oui c’est exact, c’est le fonctionnement naturel de l’épidémie. Les modèles mathématiques de type SEIR comportent ce mécanisme, ce qui fait qu’à un moment l’épidémie s’arrête toute seule (voir plus en détail : https://fr.wikipedia.org/wiki/Mod%C3%A8les_compartimentaux_en_%C3%A9pid%C3%A9miologie). Dans le simulateur CT que je propose ici, l’algorithme est inspiré de SEIR mais ne prends pas en compte un échantillon arrêté de personnes “S” (c’est à dire Susceptibles). Donc, à la place de voir le R baisser tout seul, je fais des ajustements réguliers pour suivre la valeur de R telle que déduite des tests positifs réels. C’est moins “mathématique” mais ça colle plus facilement à la réalité.

      Une des problématique en cours serait de bien connaître effectivement le réservoir de personnes “S” qui reste dans notre pays, ce qui permettrait de mieux anticiper le comportement de la 4ème vague.

  24. Piotr dit :

    En réponse à Anna, dans la page “Dashboard – France”, il y a les chiffres d’hospitalisation par classe d’âge. Les échelles varient selon les âges, ce qui fait que la première impression peut être trompeuse. Comme le dit Thomas, il n’y a pas de changement radical dans le profil des hospitalisés. Mais on observe que les hospitalisations remontent chez les jeunes, et pas encore chez les moins jeunes (plus nombreux).

    En réponse à Denis, le R décroît en effet dans les modèles épidémiologiques de base, pour la raison décrite. Le temps correspondant à R=1 est celui de l’immunité collective, et le nombre de personnes contaminées lorsque l’épidémie s’arrête est le taux d’attaque final (R tend vers 0). La réalité est plus complexe pour de nombreuses raisons. Par exemple, quelques facteurs pouvant empêcher la décroissance du R : mutation vers une forme plus virulente, perte d’immunité dans la durée, relâchement des restrictions sanitaires. Il y a aussi un problème d’hétérogénéité des contaminations qui fait que le modèle (déterministe) ne colle pas tout à fait à la réalité. Ceci est lié à l’écart-type du R (le fait qu’il varie plus ou moins suivant les situations, et la façon dont il varie).

  25. Piotr dit :

    Sur le nombre de contaminations au covid en France depuis le début de l’épidémie, ça n’est pas forcément difficile d’avoir une bonne estimation. Le nombre de morts est à peu près fiable (disons 110 000, avec une marge d’erreur pas très grande), et le taux de mortalité moyen sur l’épidémie doit être autour de 5/1000 (là encore, c’est quelque chose qu’on peut estimer assez précisément ; les premières bonnes estimations datent de février 2020 et du Diamond Princess, ce taux a d’abord baissé très lentement grâce à l’amélioration des soins, puis fortement grâce à la vaccination). On aurait donc eu environ 22 millions de contaminations en France.

    Dans un monde idéal, les 25 millions de Français qui ne sont pas du tout vaccinés correspondraient à peu près aux 22 millions de contaminations. Dans un monde raisonnable, on peut penser qu’il y a une assez bonne corrélation entre “ne pas se faire vacciner” et “avoir eu le covid”. Au pire, on peut penser que les deux événements ne sont pas corrélés : 8 millions des non-vaccinés auraient une forme d’immunité naturelle.

    • Pierre dit :

      Il est recommandé de se faire vacciner quelques mois après avoir eu le Covid (car chute des anticorps donc de la protection), donc pas mal de gens à risque ayant eu le Covid lors des premières vagues se sont quand-même fait vacciner.

      Depuis quelques jours on constate un autre phénomène : les personnes ayant eu le Covid obtiennent leur Pass Sanitaire avec une seule injection. Donc ils se précipitent pour être tranquilles en août (validité du pass dès J+8 de la première et seule dose du vaccin).

      Donc il y a un chevauchement certain entre les vaccinés et les immunisés.
      Par contre je ne sais pas si ces personnes avec “maladie+une dose” sont comptabilisées dans les “une dose” ou les “deux doses” puisqu’ils n’ont pas besoin de rappel.

      • Piotr dit :

        Bonsoir Pierre,

        Oui, les “maladie + une dose” sont comptés comme “deux doses”. L’expression employée est “schéma vaccinal complet”. On trouve aussi des vaccinés “trois doses” pour des raisons de faiblesse immunitaire.

        Certains facteurs pourraient au contraire encourager les immunisés à ne pas se faire vacciner : confiance dans l’immunité naturelle, et surtout le délai de deux (ou trois) mois après la fin des symptômes imposé en principe par les autorités de santé.

  26. JCD dit :

    Bonjour,

    Si la baisse UK se confirme (bien évidemment, les données UK sont KO ce week end…) c’est une excellente nouvelle car cela veut clairement dire que l’immunité collective (vaccinale + naturelle) est atteinte et que c’est en partie grâce aux asymptomatiques. (En cherchant sur le web on voit en effet que les asymptomatiques semblent avoir une très bonne immunité même si elle dure un peu moins longtemps).
    Il n’est en effet pas possible d’expliquer une baisse aussi soudaine et rapide par la vaccination uniquement. De mon côté, j’avais un pic autour de 60 000 cas, trois semaines plus tard, au 13 Aout, en ignorant complètement les asymptomatiques, ce qui est visiblement une erreur.

    Dans la même logique de calcul que celle de @Thomas et @Piotr :
    – Monde réel : les anglais ont atteint un pic (nombre de cas) le 19/7 avec 34 millions de vaccinés “2ème dose + 14 jours” + 5,5 millions de cas symptomatiques déclarés = 39,5 Millions d’immunisés visibles.

    – Le modèle (je précise : très simplifié pour l’Angleterre, par rapport à la France, mais avec une logique très proche) me donnait entre le 19/7 et le 13/8 : 1,8 M cas déclarés supplémentaires et 4,1 M de vaccinés en plus soit 5,9 millions d’immunisés en plus.

    On peut donc faire l’hypothèse que ces 5,9 millions du modèle sont en fait ‘déjà là’ au 19/7 dans la réalité sous forme d’asymptomatiques. Comme ‘on sait’ par sérologie qu’on détecte 1 cas sur 2 environ, les 5,5 millions de cas déclarés au UK seraient cohérents avec un chiffre de 5,9 millions d’asymptomatiques.

    (Parenthèse @Piotr : à rapprocher de votre 8 Millions pour la France. Comme les asymptomatiques s’ignorent, je pense qu’ils sont aléatoirement vaccinés donc il faut bien prendre un prorata. J’ai pris un taux de vaccination à 70% en cible dans mon modèle FR, à rapprocher de votre environ 67% obtenu pour calculer les 8,2 millions).

    Première conclusion : on peut estimer (à confirmer ces prochains jours) que le pic UK a été atteint avec 39,5 + 5,9 = 45,4 = 68% de la population immunisée.

    L’Inde, évaluée par sérologie en Juin/Juillet, après le pic de Mai, est à 68% aussi (la similitude exacte est une coïncidence mais pas complètement).

    Que dit le modèle ‘de base’ ? (@Denis)
    Le modèle dit que le nombre de nouveaux cas (‘Pigeons plumés ce jour’) est proportionnel au nombre de gens sains (= ‘le réservoir de pigeons à plumer’) multiplié par le nombre de personnes contagieuses (= “le nb d’escrocs en liberté”). Le taux R = le ratio des nouveaux cas d’une semaine sur l’autre (‘A t on plumé plus de pigeon cette semaine que la semaine dernière ?’) vaut 1 si l’épidémie est stable.

    Donc arrive effectivement le moment où les cas commencent à décroitre, faute ‘de pigeons’. A ce moment là on a Reffectif = R0 x (1 – v%) qui vaut 1 avec v% = le taux d’immunisés par vaccination ou naturellement.

    Ce qui nous donne au pic : v% = 1 – 1 / R0.

    R0, pour le variant Delta, en Juillet 2021 vaut environ 1,3 x 1,6 x 1,6 = 3,33 car 1,3 était le taux R moyen en Juillet 2020 et le delta est 1,6 fois plus contaminant que le variant anglais lui même 1,6 fois plus contaminant que la souche historique de Juillet 2020.

    Donc v% = 1 – 3,33 = 70%, à rapprocher du 68% du UK.

    Dans les faits, il y a beaucoup d’autres paramètres qui se contre-balancent semble t il : le vaccin ne marche pas à 100% (surtout l’Astra Z) pour les symptomatiques, mais il marche aussi en partie des la première dose. Le R0 de l’été est peut-être inférieur à 1,3. Les asymptomatiques sont probablement sous évalués surtout chez les jeunes (seuil de détection, qui est testé) etc…

    Bref : nous sommes peut-être face à une bonne nouvelle. Ne restera plus qu’à voir quand la France atteint ces 45,4 millions d’immunisés (par vaccin / COVID symptomatique / COVID asymptomatique) puisque les 2 pays ont la même taille. A nos calculettes !

  27. Piotr dit :

    Bonsoir JCD,

    Assez d’accord dans l’ensemble avec votre analyse. Les asymptomatiques sont pris en compte dans le calcul du taux de mortalité (ou létalité). On essaie alors de se placer dans des situations où on teste tout le monde (Diamond princess, Islande, pour prendre les deux premiers cas historiques), puis on fait de la normalisation statistique si nécessaire.

    Concernant le calcul du Ro, le résultat est sensé en effet. Pour l’instant, on a surtout vu Delta en action dans des conditions estivales. Il est possible qu’elles le favorisent plus que les autres souches. Pour cette raison et d’autres, je garde un petit doute avec le raisonnement : Delta est x% plus contagieux qu’Alpha qui est x% plus contagieux que la souche primitive donc le Ro de Delta vaut tant. Il n’est pas certain que cela se transpose en conditions hivernales. Chaque variant arrive à s’imposer dans un environnement précis, et il ne faut pas en déduire trop vite des propriétés “absolues”.

    La France n’est pas forcément loin de l’immunisation espérée. Il faut juste savoir comment pondérer les 7 millions de première dose. À 60% d’immunité, on se rapproche du seuil annoncé.

    La baisse rapide au RU depuis maintenant trois jours n’est pas isolée : les Pays-Bas, et dans une moindre mesure le Portugal, la Belgique, l’Espagne et l’Allemagne envoient des signaux encourageants.

    • JCD dit :

      Bonjour Piotr,

      Concernant la sur-contagiosité du Delta au court du temps par rapport aux autres souches, c’est effectivement une inconnue.
      Dans un article précédent ( https://covidtracker.fr/allumer-le-feu-un-peu/ ) on a vu que la sur-contagiosité du variant UK semblait se réduire au fil du temps versus la souche historique sans avoir d’explication (la recontamination d’un malade rétabli par une 2ème souche différente aurait pu être une explication mais cela reste un phénomène marginal d’après l’autorité de santé anglaise donc ça n’est pas ça).

      Le Delta suit parfaitement la courbe en S (cf tout en haut) et ne décroche pas versus la souche anglaise. On ne pourra donc pas mesurer l’éventuel ‘petit coup de mou’ du variant Delta en fin de course car il est presque à 100% et a quasiment éclipsé le variant UK lui même terrassé par l’immunité globale.

      Le phénomène de remplacement est tellement rapide à chaque fois (3 ou 4 mois) qu’il est, je pense, très difficile de voir les effets de saisonnalité.
      Si on couple à ça le changement des comportements humains, suivant qu’il fait chaud/froid beau/pluvieux, c’est mission impossible.

      On pourrait aussi être dans un schéma où toutes les souches sont affaiblies ou renforcées de la même façon par le temps/la température. La courbe en S serait préservée mais l’immunité collective atteinte plus rapidement ou lentement.

      Compliqué. Peut-être que la biologie sait mesurer cela mais pas les modèles, donc tant que ‘ça tourne’ on laisse comme ça ! (un modèle n’étant pas, d’ailleurs, forcément voué à représenter la réalité).
      Le risque est plutôt, me semble t il, qu’on découvre un nouveau variant encore plus costaud pour prendre la place du delta cet hiver.

  28. Daniel Le Breton dit :

    Les chiffres UK sont confirmés, ça plonge (31 800 hier). Si on fait une évaluation à la louche on devrait avoir tout début août en France environ 40 millions d’équivalents vaccinés (1D partiellement + 2D) et disons 7 millions d’asymptomatiques immunisés, donc on atteindrait la barre des 70% de 68 millions d’habitants (47,6), entre d’autres termes une « immunité collective » déterminée par l’expérience (UK et autres) au cours de la première quinzaine d’août.

    A titre d’information, les gaussiennes donnent pour l’instant des estimations suivantes (avant un passage de point d’inflexion supposé se situer ce weekend) : 43 millions de cas le 5 août (moyenne mobile) et très approximativement 2 000 personnes en soins intensifs début septembre. C’est on ne peut plus incertain car la France est loin du taux d’incidence maxi atteint par les britanniques (500). Les anglais étaient à notre niveau (155) fin juin et ont atteint leur pic 3 semaines plus tard. Ça devrait nous arriver un peu avant mi août. Les britanniques ont eut 48000 cas au pic (moyenne mobile) et se dirigent toujours vers moins de 1000 « ventilation beds ». On fera peut-être un peu plus, il nous faut encore une bonne semaine de données pour y voir clair.

    Pendant ce temps là les gaulois réfractaires s’écharpent sur le pass sanitaire qui va peut-être arriver après la bagarre épidémique.

  29. Olivier dit :

    Je trouve vos articles très intéressants.

    J’ai juste une remarque de vocabulaire : le point d’inflexion est un changement de concavité (Cf https://fr.wikipedia.org/wiki/Point_d%27inflexion). Dans les exemples que vous donnez, il faudrait parler de sommet.

    Ce sont des termes techniques en mathématiques et en terme de lecture ça complique la compréhension.

    En tous cas, ma remarque ne modifie en rien l’intérêt que j’ai porté à votre article très intéressant.
    Merci

    • Daniel Le Breton dit :

      Bonsoir

      Exact Olivier. les points d’inflexion concernent les courbes en cloche des cas répertoriés, mais pour repérer les changements de pente il faut utiliser la dérivée (voir la première illustration de l’article) et chercher les sommets (maxima). Je saute de l’un à l’autre d’où une possible confusion.

      On se trouve actuellement dans la situation équivalente au point “2” du cas du Royaume Uni avec un (petit) point d’inflexion pour la courbe en cloche. Prochaine étape le point “3” car on n’a pas fini de voir les cas augmenter (diffusion géographique du virus).

  30. JCD dit :

    Bonjour,

    Pareil que Daniel !
    Le fait de rajouter les asymptomatiques dans le modèle, dans les mêmes proportions qu’au UK, nous donne :

    – Un pic pour le taux R le 16 Juillet -> Ce pic est bien arrivé le 15 Juillet avec Rmax = 2,8 -> inflexion des nouveaux cas (= montée plus douce) une semaine après c’est à dire le week-end dernier. C’est un premier signe que les asymptomatiques sont aussi au centre du jeu ! Sans les asymptomatiques, ce pic Rmax aurait du arriver le 24 Juillet.

    (Parenthèse : ce pic à 2,8 est un peu boosté par la nuit du 14 Juillet, visiblement, puisque R est autour de 2,5 la veille et le lendemain. Pour faire écho à un autre article du blog qui s’interrogeait sur les grands évènements en plein air on peut dire qu’on a sans doute ‘gagné’ 0,3 point de R à l’occasion du 14 Juillet, soit plus de 10% pour un grand évènement national. Pas négligeable…).

    – Un pic mi-Aout pour les cas, aux alentours de 50 000 cas déclarés, comme pour le UK. (R redescendant à 1 dans deux semaines) donc bien moins que les 100 000 cas que j’évoquais précédemment. On est à 30 000 au 31/7.

    – Pas vraiment d’évolution sur les lits de réanimation (légère baisse aux alentours de 2 500) toute fin Août (donc plus tôt que ce qui était attendu). Ceci implique qu’il nous reste encore une semaine ou deux pour mettre le paquet sur la vaccination (et l’agitation autour du passe sanitaire).
    Nous rentrons aussi dans la période où toutes les classes d’âges commencent à être touchées par la 4ème vague ce qui ‘agite’ le modèle, il faut donc laisser une semaine au modèle pour se stabiliser et confirmer (ou pas) que la réanimation sera très tendue (à 50%) mais pas saturée.

    Fin Septembre, nous aurions donc la situation suivante, en gros, pour la population française (adultes + enfants) : 70% vaccinés, 10% ayant eu un COVID symptomatique détecté, 10% un COVID asymptomatique, 10% n’ayant pas attrapé le COVID.
    Une étude anglaise récente indiquait que 90% des adultes étaient immunisés (vaccin ou COVID) ce qui est cohérent.

    Tout cela est à confirmer ces prochaines jours car mi Aout / fin Aout restent encore trop loin pour avoir une visibilité fiable (une quinzaine de jours à l’avance au mieux).

  31. Kiki dit :

    Donc si je comprends bien fin septembre
    -le pass ne se justifie plus, mais il aura servi à forcer la main aux plus jeunes
    -ou le vaccin est alors carrément rendu obligatoire pour mettre tout le monde « à égalité »?
    Quelle est pour vous la suite logique, si tant est qu’il y ait une logique chez nos politiques?

  32. Daniel Le Breton dit :

    Je ne sais pas quelle sera la situation fin septembre mais d’ici là le psychodrame hospitalo-politique va continuer. Depuis deux ou trois jours la vague ralentit, les chances pour que ça dure sont limitées, celles pour que ça reparte sont un peu plus fortes (extension de l’épidémie sur le territoire).

    Août va être un mois intéressant avec une vague en baisse avant la fin du mois et en conséquence le démarrage des discussions sur la fin de l’usage du pass. Le principe du trouillomètre ne s’applique pas qu’aux citoyens, mais aussi aux Ministres qui savent que la justice pourrait leur causer bien du souci. Si on admet que l’immunité collective, quel que soit sont niveau réel, est atteinte avant la fin de l’été alors septembre devrait être plus calme malgré la rentrée scolaire et universitaire. C’est ce qui conduit à pousser les jeunes à se faire vacciner.

    Attendons le verdict du Conseil Constitutionnel dont la jurisprudence pourrait retoquer un ou deux articles de la loi. Ça remettrait un peu d’ambiance. Il est difficile de statuer sur la future charge hospitalière aujourd’hui, j’espère pour la crédibilité des autorités compétentes qu’on n’est pas en train de crier au loup un peu trop fort. Vous connaissez la fin de l’histoire si ça recommence un jour.

  33. phil dit :

    Bonjour a tous .il est certain qu’actuellement que tout patient qui rentre en réanimation n’est pas vacciné ! cherchez l’erreur ?l’épidémie repart fortement avec le delta .( pour info suivez le site covid traqueur sur leur site .)le virus flambe dans plus de 90% des départements français .personnellement nous avons 3 filles qui travaillent en milieu hospitalier et qui sont toutes vaccinées pour surtout protéger les autres .maintenant si vous écoutez les journalistes les politiques et toutes les conneries sur les réseaux sociaux c’est sur que ça doit influencer .et j’oubliais le covid long peu de gens en parlent .certains ne peuvent plus travailler depuis plusieurs mois .en conclusion je penses qu’il
    faut écouter les patrons de CHU ou CHR qui indiquent eux les patients qui rentrent en réanimation .maintenant chacun fait ce qu’il veut .bonne journée a tous .

  34. Kiki dit :

    Peut on avoir officiellement le statut vacciné ou non des hospitalisés , des réas et des morts ? Cela ne paraît pas compliqué…cela permettrait de convaincre les réticents à la vaccination.

    • Philippe Brouard dit :

      Bonjour Linsensée, merci pour ce lien et cette lecture complémentaire.

      Oh, Pierre et le loup, magnifique! J’ai souvenir d’un 33 tours écouté dans mon enfance, la musique était belle, mais je ne me rappelle plus l’histoire.

  35. phil dit :

    sur le site covidtracker qui je le rappelle est indépendant .le taux de reproduction est énorme a 2.12 . tu a tout les départements ou le taux d’incidence est affiché .93 départements dépassent le seuil d’alerte qui est a 50 pour 100000 habitants . actuellement en martinique le taux arrive a 1000: 20 fois supérieur a la norme . (c’est la que les gens sont le plus réticents a la vaccination .

  36. Ouaille dit :

    Il y aurait déjà un bon indicateur de suivi précoce de la “flambée épidémique” ce sont les données du réseau Obepine mais, a priori, il n’y a plus de data depuis mi-juin, ce réseau a t’il cessé ses mesures ou ne sont elles plus accessibles ?

  37. K dit :

    @Ouaille, sur le site du réseau Obépine, c’est dispo : https://www.reseau-obepine.fr/carte-des-tendances/
    Ils parlent de la semaine 28, soit la semaine du 12 au 18 Juillet

    • Ouaille dit :

      Oui merci je suis en train de consulter le site du réseau, il y a bien globalement une remontée des concentrations dans les régions où les cas progressent mais ça semble moins fort que lors des vagues précédentes, étant rappelé qu’il s’agit d’un indicateur avancé sans que je connaisse le délai moyen entre mesure Obépine et test positif.

      • JCD dit :

        Bonjour,
        Concernant Obépine, vous avez toute la donnée mise à jour ici :
        https://www.data.gouv.fr/fr/datasets/surveillance-du-sars-cov-2-dans-les-eaux-usees-1/#_

        Le problème avec Obépine, c’est que la données est livrée ‘brute de fonderie’ et n’est pas retraitée, donc à part quelques tendances, c’est dur d’en tirer quelque chose. Un exemple qui provient du lien ci-dessus : quand il pleut, mécaniquement, cela ‘dilue’ le virus dans les eaux usées et les concentrations de virus baissent artificiellement… Je ne sais pas trop si leurs nouveaux indicateurs ‘nationaux’ tiennent compte de ces biais.

  38. K dit :

    De mon côté, j’ai une question pour laquelle je n’ai pas trouvé foule d’études, mais peut-être que vous avez déjà cherché de votre côté : La vaccination permet a priori de réduire la contagiosité, c’est à dire que lorsqu’on est vacciné, même si on chope du virus, on a moins de chance de le transmettre. Mais on parle de quoi, de 10% de réduction, 50%, 90% ? Et c’est une étude sur une cohorte de 30 personnes ou plusieurs études sur plusieurs milliers de personnes ?

    • Ouaille dit :

      @K à ma connaissance il n’y a que la modélisation Pasteur qui a fait polémique et quelques études observationnelles (notamment celle d’un établissement qu’on a pas le droit de citer), j’ai aussi entendu parler d’une étude anglaise portant sur des foyers comprenant des personnes vaccinées et des personnes non vaccinées.
      Par contre quand je lis des articles de presse c’est du grand n’importe quoi on mélange portage du virus, transmission de vacciné à non vacciné et risque de réinfection d’un vacciné.
      Et ce que l’on ne trouve pas non plus dans la littérature c’est le charge virale minimale susceptible de provoquer une contamination (encore que contamination signifie test positif mais ne préjuge pas de la transmissibilité d’autant que le RT-PCR est maintenant décrié dans sa fiabilité au-delà des 25 cycles d’amplification), on déduit sans doute logiquement que plus la charge virale est réduite plus faible est le risque de transmission mais on ne connaît a priori pas le Co (taux de charge virale socle pour être contaminant). Et il faut aussi corréler tout ça avec les mesures barrières appliquées ou non, les variants plus ou moins transmissibles et la saisonnalité (à tout le moins la température et/ou le taux d’humidité) favorisant l’aérosolisation des excrétions.

      • Ouaille dit :

        Cela confirme les données de Vercingétorix qui arrive au même niveau de culture cellulaire à partir d’excrétions de vaccinés et de non-vaccinés.

    • Ouaille dit :

      @K voici la réponse de l’éminent docteur FAUCI : https://twitter.com/i/status/1420386203015208968

  39. Thomas C dit :

    Je voudrais revenir sur ce qu’il se passe au royaume uni.
    Encore une fois les “sachants” ce sont encore une fois plantés
    Eux qui prévoyaient un 100 000 cas jour au royaume uni au lieu d’être optimiste tire en conclusion que c’est grâce à la fin de l’euro et des vacances d’été au 15 juillet qui explique cette formidable baisse.
    ils soulignent aussi que moins de test sont effectués. Il me semble que le royaume uni font beaucoup plus de test pcr qu’en France.
    De plus En regardant les données ce n’est pas vrai

    Bref gros coup de gueule à croire qu’ils sont déçus. Et surtout qu’ils n’arrivent pas à expliquer cette baisse qui selon eux est trop rapide.

  40. Thomas C dit :

    J’oubliais O Veran qui annonce que les nouveaux cas sont décorrelés des entrés en réa et en hospitalisation.
    Conclusion que l’on a depuis 3 semaines avec le royaume uni
    De plus étant donné que les nouveaux cas concerne principalement les jeunes.
    Il est faux de dire que c’est grâce à la vaccination.
    Bref du bullshit comme toujours

  41. Florian dit :

    Bonjour et merci pour l’information distillée sur ce site, loin du brouhaha partisan politico-médiatique.

    Guillaume ROZIER indiquait dans l’un de ses tweets du jour : “Malheureusement @SantePubliqueFr ne publie pas les admissions à l’hôpital par tranche d’âge. Il est donc impossible de faire cette étude de façon plus détaillée afin d’écarter ce biais. (3/n)”

    Les données suivantes ne sont-elles pas exploitables pour catégoriser les hospitalisations par tranche d’âge ? : https://www.data.gouv.fr/fr/datasets/r/08c18e08-6780-452d-9b8c-ae244ad529b3

    Par ailleurs, je m’interrogeais sur un autre biais de l’analyse. En effet, il me semble qu’on ne dénombre que les décès hospitaliers. Si tel est le cas, a t’on une idée du nombre de décès échappant à ces chiffres hospitaliers (par exemple à domicile) ? Les chiffres des cliniques sont ils intégrés dans les données hospitalières ?

  42. Resphoina dit :

    Bonjour à tous. Je suis avec passion vos débats et vos analyses depuis de longs mois. C’est bien l’un des rares refuges où les analyses restent nuancées. J’ai toujours du mal à comprendre le manque d’équilibre d’une grande majorité des décisions qui nous sont imposées depuis le début de cette crise, à se demander si ces décisionnaires vivent dans la réalité. Ce mélange systématique de la politique et du sanitaire est totalement infructueux. Nous allons nous en sortir, oui ! En boitant, en boitant et en boitant… Cette crise laissera un constat : s’y prendre avec deux mois de retard, c’était la chute assurée dont il est peu probable de se relever. A nier l’épidémie terrible que traversait la Chine qui interdisait son Nouvel An à la mi-janvier, pendant que la Corée du Sud et le Japon suivaient le pas en mettant en places des protocoles sérieux contre les coronavirus, sans tomber dans la panique.
    Comment était-il possible de regarder un pays d’1,4 milliard d’hab interdire la plus grande transhumance humaine du monde et rester 2 mois sans réagir ? 2021, rebelote avec l’Inde… Je suivais les courbes avec mon piètre niveau d’analyse, mais j’ai toujours été convaincu qu’un tel virus respiratoire, s’il frappe un pays très peuplé comme l’Inde, pouvant difficilement mettre en place comme la Chine de vrais quarantaines, allait nous poser quelques soucis… Surtout, me semble-t-il, que les indiens sont loin d’être de mauvais scientifiques. Apparemment, les grandes pontes de certains pays occidentaux ne doivent pas avoir voyagé en Inde pour commettre à nouveau les mêmes erreurs et à ignorer cette forte résurgence épidémique qu’ils ont vécu.
    En fait, je me demande bien qui a été vraiment équilibré dans cette crise ? En tout cas, d’un point de vue médiatique : des professeurs, aux politiques, je n’en vois vraiment pas beaucoup. Peut-être aurait-il fallu calmer un peu son égo, collaborer correctement avec les spécialistes en Asie et suivre quelques uns de leurs conseils au lieu de nier systématiquement tout en bloc, chacune de leur étude ou idée (ex : le backward tracing des japonais ne servaient à rien, leur “super spreader” n’existent pas. Pas de Covid dans les eaux usées comme les taïwanais le disaient. La charge virale beaucoup moins importante chez les enfants chinois. La problématique des discothèques en Corée, clé d’une sortie de crise…). La collaboration mondiale a été triste, c’est désolant.

    Mais bon, heureusement qu’il y a encore des sites comme Covidtracker où l’hystérie est contenue, où la réflexion est de la partie. Merci pour vos interventions et continuez ainsi ! En attendant, profitons de l’été… un peu indien avec ce temps pourri quand même ! 😀

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