Belote, rebelote…

Et pour le 10 de der il va falloir attendre… Car on est plutôt en pleine partie de poker.

Le delta a bien atteint son pic pendant la période des fêtes mais c’était pour mieux céder sa place à omicron, à la vélocité inégalée, avec un R0 qui tourne autour de 10.

De quoi affoler les compteurs et aussi les simulations de CovidTracker.

Renvoyés à nos chères études par Daniel Le Breton

Dur dur de faire des projections avec une vague pareille, en particulier pour les cas répertoriés.
Devant la difficulté j’ai dû utiliser un subterfuge qui par chance est possible dans le cas de la France (nettement moins pour le Danemark et le Royaume Uni).
Nous bénéficions si j’ose dire d’une forme hebdomadaire répétitive des données qui permet de guider la méthode des gaussiennes. Dans l’illustration suivante, on donne le ratio hebdomadaire (par exemple le ratio du nombre de cas entre un mardi et le mardi précédent) depuis mi décembre pour le cas de la France (en bleu) et celui de Paris (en gris). Hélas, les données sur Paris viennent d’être suspendues comme pour les autres départements, pour cause « d’anomalies », mais à voir la courbe établie il y a plusieurs jours, je comprends pourquoi.

Variations hebdomadaires utilisées pour la projection des cas répertoriés

J’ai recalé les données dans le temps pour qu’elles se superposent et aux variations exotiques près, on observe une tendance similaire. On la retrouve également sur la vague estivale de delta. Ce critère est une sorte de Reff que j’ai ajouté en pointillés noirs. Il y a une montée et une descente qu’on pourrait qualifier de linéaire si on n’est pas trop regardant. En fixant une cible, on peut ainsi développer une estimation de la moyenne mobile des cas répertoriés que l’on retrouve dans le graphique suivant en rouge :

Simulation des cas répertoriés par les gaussiennes

A partir de là il devient facile de caler une gaussienne sur les données de la moyenne mobile hebdomadaire et leur projection. Sur le papier le point d’inflexion se trouve le 31 décembre et le pic le 6 janvier. A ce jour les observations suivent assez bien les projections (+/- 10%) et se prend à espérer la fin du calvaire. Le pic journalier absolu est de l’ordre de 330 000 cas le mercredi 5 janvier (la cible est à 332 800), et le chiffre réel du même jour est de 332 252 cas répertoriés, merci la chance.

A titre de comparaison voici ce que ça donne par superposition vis-à-vis de l’illustration parue dans les Echos (NB : données fournies par l’Institut Pasteur qu’on ne trouve pas dans leur publication récente sur l’impact d’omicron). L’enveloppe des gaussiennes y est représentée en pointillés noirs. Les courbes sont superposées ce qui masque une partie des légendes.

Comparaison avec des scénarios Pasteur (source Les Echos)

Ce qui frappe le plus c’est la différence d’estimation de la durée de la vague, mais on sait par avance que la redescente projetée avec la gaussienne est en général plus courte que la réalité. Il est en effet possible que celle-ci ne se termine que vers fin février à moins que la dose de rappel ne la contraigne fortement comme ça l’a été pour le delta. Une fois de plus, il nous faudra attendre pour voir.

On n’a pas besoin de cette approche pour la situation hospitalière. La principale difficulté provient du décalage entre cas et hospitalisations (12 à 15 jours) ce qui rend le placement des gaussiennes un peu aléatoire avec autant d’anticipation. Pour l’instant on aperçoit des pics peu après mi janvier (le 17), et plus le temps passe plus les estimations diminuent en volume. Aujourd’hui on peut dire qu’on flirterait avec 25 000 personnes hospitalisées (la moitié pour delta) dont 4 000 (dont 2 800 pour delta) en soins intensifs au pic, donc peu après mi janvier.

Les pics (moyens) des entrées ont eu lieu le 2 janvier avec respectivement 2 000 et 300 entrées par jour. Les pics instantanés sont synchrones et 50% plus élevés (3 000 et 450 entrées respectivement).

Enfin coté décès la vague omicron s’annonce modeste avec une létalité estimée faible (0,8 pour mille), 6 fois plus faible que dans le cas du delta. Cette même vague devrait se tarir fin janvier, donc il faut rester prudent vis-à-vis de ce désormais ancien variant qui reste mortel si l’on n’est pas protégé.

Ca passe ou ça casse par JCD

Commençons par un petit calcul sur la base des hypothèses omicron suivantes (piochées ici principalement : https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.12.14.21267615v1, table 2 ):

  • Efficacité vaccinale contre l’infection :
    • Delta : 1 dose = 36% , 2 doses = 73% (ancienneté moyenne des 2 doses = plus de 4 mois), 3 doses = 92,6%.
    • Omicron : 1 dose = 34%, 2 doses = 34% (ancienneté moyenne des 2 doses = plus de 4 mois), 3 doses = 75,5%.
  • Efficacité vaccinale contre la transmission équivalente entre omicron et delta (hypothèse Pasteur = 50%)
  • Potentiel de réinfection des cas déjà infectés auparavant (par alpha, delta…) estimée à 3x plus que le delta par les Sud-Africains soit environ 14%.
  • On prendra aussi une réduction de 70% des entrées en réanimation par rapport au delta.

Sur ces bases, le delta qui a vraisemblablement atteint un pic de cas le 18 décembre, a donc rencontré une barrière immunitaire a environ 83% d’efficacité : 3% liés aux ‘1 dose’, 40% aux ‘2 doses’, 14% aux ‘3 doses’ et 26% liés aux contaminations antérieures.

Soit un R0 hivernal, sous condition de mesures sanitaires (masques, passe sanitaire etc…) de 1/(1-83%) = 5,9. (Dans les faits, le R0 ‘hors mesures sanitaires’ est plutôt estimé autour de 7 pour le delta)

Sur les mêmes bases, l’immunité contre omicron est à ce jour à 70% d’efficacité : 2% liés aux ‘1 dose’, 14% aux ‘2 doses’, 25% aux ‘3 doses’ et 29% liés aux contaminations antérieures).
(NB : en trois semaines de temps, la 3ème dose a progressé, les contaminations aussi).

Mais quel seuil doit-on atteindre pour faire barrière à omicron ?

La courbe en S qui permet de voir à quelle vitesse un variant en remplace un autre apporte (en principe) cette réponse :

Courbe en S de remplacement de delta par omicron

… en principe car Santé Publique France a changé la façon de mesurer la part de marché de omicron vs delta ce qui donne des données erratiques à partir de Noël…

[EDIT du 8/12 : Les bons chiffres de ‘part de marché de omicron vs delta’ viennent finalement d’être publiés par SPF. Ils sont significativement différents de ceux publiés précédemment. La courbe en S calculée ci-dessus est donc fausse… Les projections qui suivent (jusqu’à la courbe de réanimations) deviennent donc caduques et doivent être recalculées. Désolé 🙁
La courbe des réanimations est beaucoup moins impactée par les nouveaux chiffres donc on peut en retenir l’ordre de grandeur même si elle devra elle aussi être recalculée. Bref, le mieux est de passer directement à l’article de Philippe BROUARD !
JCD]

Néanmoins, si on se réfère à la partie de courbe précédant Noël, l’avantage calculé de omicron sur delta est de x 1,5 ce qui nous donne un R0 ‘hivernal sous mesure sanitaires’ autour de 5,9*1,5 = 8,9 pour omicron et donc une barrière immunitaire à 1-1/8,9 = 89%.

Passer de 70% d’immunité à 89%, au rythme vaccinal actuel, nous prendrait encore 2 semaines, avec un pic de cas la 4ème semaine de janvier (pic de cas qui contribue d’ailleurs largement à l’immunité).

Ca, c’est pour la théorie, basée sur les hypothèses énoncées plus haut. Cela nous donnerait près de 700 000 cas au pic…

Le scénario Pasteur du pire est à plus de 800 000 cas donc proche de ce que j’obtiens ici. Les scénarios plus ‘optimistes’ de Pasteur se basent sur 30% d’enfants vaccinés rapidement (on est à 1 ou 2%) et 800 000 3ème doses par jour (nous sommes à 300 000 par jour).

Le scénario du pire (surcharge à x2 ou x3 des réanimations) est donc possible de ce point de vue-là mais l’incertitude sur la courbe en S ainsi que sur les hypothèses de base est ENORME et donc peu fiable/crédible à ce stade.

En pratique, une autre façon de voir les choses, si on modélise la progression des entrées en réanimations (toujours en partant de la courbe passée et en l’infléchissant au rythme de la progression de l’immunité) et non plus en partant de celle des cas, on arrive à ce graphique :

Projection sur les réanimations

Beaucoup mieux disant, le seuil à 4 400 lits au 31 janvier reste quand même très élevé mais sans doute gérable (si pas d’épidémie de grippe ou autre en même temps).

Une accalmie de 15% au 8 janvier (ce qui était arrivé l’an dernier), une remontée rapide des 3ème dose (d’où le raccourcissement des délais de vaccination, d’où aussi le battage médiatique autour du passe vaccinal) permettrait dans ce cas de franchir l’obstacle sans problème. Idem si la durée d’hospitalisation était plus courte.
Attention néanmoins à l’impact sur les personnes âgées qui arrive plutôt en milieu/fin de vague et n’est pas encore sensible aujourd’hui dans la courbe de réanimation.

Sur la vague delta, l’arrivée des contaminations des cohortes âgées avait aussi réduit rapidement le taux Reffectif et avancé de 10 jours le pic de cas théorique. C’est fort probablement ce qui est en train de se passer. Quelques jours de différence sur le pic, vu la vitesse de propagation de omicron, ce sont des centaines de milliers de cas en moins au pic ce qui milite quand même fortement ‘contre le scénario du pire’.

Donc très grosse incertitude de mon côté selon que l’on modélise à partir des cas/de la courbe en S (dont les données sont bugguées/incomplètes, rappelons-le) ou bien des réanimations. Mais le deuxième scénario semble beaucoup plus probable à ce stade.

Ca ne fait pas beaucoup avancer le schmilblick, comme dirait l’autre…
Humblement, il faut reconnaitre que le modèle a atteint sa limite avec Omicron, qui est trop rapide !

Quoi qu’il en soit, l’objectif premier reste toujours de ne pas saturer l’hôpital et les seules armes court terme sont les mêmes que pour le delta : la 3ème dose et les mesures.

Ca ne doit pas être simple de faire partie du conseil sanitaire en ce moment…

Heureusement le variant omicron s’avèrerait moins dangereux, par Philippe Brouard

Quelle ascension vertigineuse des nouveaux cas ! Je dois dire que ça a été plutôt difficile de réajuster le modèle de calcul, j’ai quand même réussi à obtenir des graphiques présentables, voici en détail. Pour le taux de reproduction R, il s’est envolé au dessus de 2 et a tendance à rechuter maintenant vers 1. La volatilité de cet indicateur est telle que j’ai pris des hypothèses assez divergentes pour les options d’évolution à la hausse ou à la baisse dans les prochains jours.

Réglage de Reffectif pour le simulateur CT avec 3 hypothèses d’évolution dans les jours à venir.

De plus en plus d’études confirment que le variant omicron engendrerait moins de cas graves, nécessitant donc moins d’hospitalisations. C’est ce qui sauve la vie de l’hôpital, sinon la catastrophe serait déjà là. J’ai donc reporté cette information dans une hypothèse de réglage où le nombre de nouveaux cas conduit à toujours moins de nouvelles hospitalisations, estimations vers 1,2 % sur la période en cours.

Taux de transformation des nouveaux cas positifs au SARS-CoV-2 en nouvelles hospitalisations en France, estimation selon le simulateur CT.

En conséquence, à autres réglages constants, le calcul de prolongation des courbes hospitalières permet d’essayer d’estimer le pic de charge à l’hôpital. Nous serions confrontés vers mi-janvier à des charges similaires aux grosses vagues précédentes.

Occupation des services hospitaliers pour covid-19 France, données Santé publique France et simulateur CT.

Cumul des décès hospitaliers liés à la covid-19 France, données Santé publique France et simulateur CT.

Il y a de bonnes chances d’espérer que l’hôpital pourra tenir le coup comme les fois précédentes, bon courage aux soignants. Collectivement, nous pouvons les aider à passer le cap.

Philippe Brouard

  1. Pierre dit :

    Encore une fois un grand merci aux 3 auteurs.

    Localement se passe ce que j’avais craint et écrit la semaine dernière :
    – apparition de omicron avec les fêtes de Noel
    – nette progression suite au Réveillon
    – explosion du nombre de cas avec la rentrée scolaire

    J’espère sincèrement que le reste de la France va se comporter comme Paris et comme annoncé par DLB depuis 10 jours et pas comme ici.

    Bon courage aux soignants dans les hôpitaux.

  2. Lithium dit :

    Félicitations pour cette article.
    Pas évident de faire « parler » les chiffres avec les aléas des jours fériés et le chassé-croisé Delta/Omicron

    Déjà posté dans l’article précédent :

    Chiffres sur les variants en ligne (20h06) :
    https://www.data.gouv.fr/fr/datasets/donnees-de-laboratoires-pour-le-depistage-indicateurs-sur-les-mutations/

    et mon commentaire sur la pertinence actuelle du suivi des cas positifs :

    Je me pose une question sur la pertinence des tests positifs pour décrire l’évolution de la pandémie.
    On sait déjà que le nombre de tests positifs ne représentent pas fidèlement les cas réels mais au moins ça donnait une tendance.
    Là j’ai l’impression qu’on atteint les limites de nos capacités de test.
    Je connais pas mal de gens qui n’arrivent plus à se faire tester bien qu’étant cas contacts. Ils vont devoir patienter 4 ou 5 jours. A défaut beaucoup aussi se tournent vers les auto-tests, qui ne sont pas comptabilisés.
    Cela risque de fausser les comparaisons (et les projections) et décaler temporellement les tests positifs, créant ainsi un « plateau » artificiel qui ne représentera pas l’évolution des cas réels mais juste un plafond logistique.

    • Pierre dit :

      Depuis quelques jours je me pose aussi des questions sur le dépistage. Et sur le « pognon de dingue » que ça nous coûte (argent qui ne sera donc pas disponible pour l’hôpital).

      – On touche aux limites des possibilités de tests vu le nombre de cas et cas-contacts actuellement.

      – Le « tester » n’est utile que dans une politique de « isoler-tracer » associé au test initial. Donc un objectif « zéro Covid » en circulation.
      Mais ça n’a jamais été le cas en France.
      Et c’est de moins en moins le cas : depuis quelques jours en ne s’isole plus (enfants retournent en classe, les parents si vaccinés au travail) si le test initial (souvent fait en période d’incubation de la maladie) est négatif.

      – Comme annoncé par le ministre allemand, bientôt tout le monde sera vacciné ou guéri (ou mort) du Covid.
      Donc sauf nouveau variant plus méchant, peu de risque de débordement de l’hôpital. Donc aucun intérêt de connaitre le nombre de cas. Comme pour la grippe ou la gastro, si je suis malade je m’isole, sans besoin de test.

    • Frédéric dit :

      @Lithium

      Sur la pertinence des tests pour la pandémie, voici un article de Février 2021 qui va dans votre sens.
      Il répond également à votre critique assez virulente (faux, faux et faux ) d’un de mes posts sur le précédent article :

      https://www.pierre-sonigo.com/reflexions/elements-immunologie-antivirale-pour-comprendre-la-vaccination-anti-covid-19

    • Phand dit :

      Si le résultat de l’auto test est positif, j’espère que la personne se déclare et fait une pcr de confirmation.

  3. Elines dit :

    Bonsoir,

    Lectrice régulière, habituellement j’apprécie votre blog pour sa clarté et sa rigueur, mais à la lecture de votre dernier article, je suis absolument consternée : quel manque de rigueur ! Où est passé votre sérieux : sauf erreur de ma part, on n’utilise pas de jetons de poker ni de dés quand on joue à la belote !

    : D

    Merci pour votre travail, vous fournissez un outil précieux à de nombreuses personnes 🙂

    • JCD dit :

      Et pas un jeu de 54 cartes non plus 🙂

      En passant, merci @Lithium pour le lien. Visiblement les % de omicron étaient sous évalués d’un ordre 2 jusqu’à la correction des chiffres officiels publiés ce soir en même temps que l’article.
      De quoi rendre inutilisable la courbe en S et refaire tous les calculs ou presque pour moi ))))-:
      Je ferai sans doute un ‘EDIT’ à l’occasion mais cela confirme que la projection du pire n’est pas pertinente -> se fier à Daniel qui terrasse omicron haut la main !

    • Serge dit :

      A Elines :
      Et surtout que le jeu de cartes exhibé n’est pas un jeu de belote (c’est probablement un jeu de poker).

  4. Whynot dit :

    Merci aux 3 auteurs pour ce nouvel article, et bravo : il est bon de voir que les « épidémiologistes de comptoir » (clin d’oeil au pêcheur) têtes de gondole de ce blog arrivent, malgré un contexte particulièrement défavorable (vague qui démarre au pic d’une autre avec un variant dont les caractéristiques n’ont rien à voir avec celles de son cousin + données erratiques + comportements « spéciaux » des fêtes) arrivent à dégager ne serait-ce qu’un tout petit peu l’horizon. OK, les incertitudes sont de fait très élevées mais au moins, sauf catastrophe, on peut espérer que si ça va être tendu voire très tendu, le point de rupture ne devrait pas être franchi…

    Je rejoins les avis déjà formulés concernant le testing et le suivi des cas, il semblerait qu’effectivement le système ait atteint ses limites. Le taux de positivité reste tout de même un indicateur, et gageons que la décrue sera aussi rapide que la crue et qu’on retombera assez vite sur des valeurs « normales » (si toutefois 100k cas par jour était normal…).

    Courage à nos soignants pour les prochaines semaines, espérons que ce soit le dernier gros coup de collier pour eux ! A nous de les aider du mieux que nous pouvons par un comportement individuel et collectif idoine 🙂

    • Thomas dit :

      Bonjour,

      Le taux de positivité perd de sa pertinence aussi avec l’avènement des auto-tests. Si l’auto-test est négatif, pourquoi aller faire un test antigénique/PCR ? On « perd » de ce fait une partie des négatifs pour calculer le taux de positivité.

      • Whynot dit :

        @Thomas

        C’est vrai, mais comme il y a de nombreux faux négatifs dans les auto-tests, particulièrement chez les asymptomatiques, on perd aussi une partie des positifs. Est-ce que ça compense sans doute pas, mais je ne suis pas certain que ça fausse grandement le taux de positivité à l’échelle nationale.

  5. PhD dit :

    Bonjour à tous,

    Voici un article de VIDAL actus du 05 janvier écrit par par Stéphane KORSIA-MEFFRE qui fait le point sur les recherches en cours pour la mise au point de nouveaux vaccins intitulé : VERS UN VACCIN UNIVERSEL CONTRE LES CORONAVIRUS ?
    Des raisons d’espérer à moyen terme des progrès dans la lutte contre les infections à Coronavirus.

    https://www.vidal.fr/actualites/28477-vers-un-vaccin-universel-contre-les-coronavirus.html

    • Lithium dit :

      @ PhD

      Merci pour l’article du Vidal.

      J’ignorais que les 4 grandes familles de coronavirus étaient appelées Alpha, Beta, Gamma, Delta.
      Du coup ce n’est pas très malin d’avoir choisi l’alphabet grec pour désigner aussi les variants de sars-cov-2 (qui fait parti des AlphaCoronavirus).

      Sur les vaccins « universels » capable d’être efficaces sur une très large gamme de virus, je reste dubitatif, les mutations sur Spike font déjà nettement baisser l’efficacité des vaccins actuels contre l’unique sars-cov-2.
      ça fait plus de 20 ans que je vois régulièrement passer des articles sur un prochain vaccin miracle contre le « rhume ». Ce qui ne veut pas dire que la recherche ne progresse pas mais attention aux effets d’annonce.
      Des communiqué sont régulièrement faites par des startups à la recherche d’investisseurs crédules…
      ça me semble très incertain (mais en théorie pas impossible) de trouver un jour une partie de Spike stable et commune à tous les coronavirus mais également suffisamment spécifique pour développer un vaccin efficace.

      Trouver un vaccin efficace contre tous les variants de sars-cov-2 suffirait déjà à me réjouir.

      • Whynot dit :

        @Lithium

        Ca ne change pas grand-chose à vos propos mais si j’en crois l’article sars-cov-2 est un bêtacoronavirus et non un alphacoronavirus 😉

        • Lithium dit :

          @ Whynot
          Effectivement sars-cov-2 est un BetaCoronavirus, mea maxima culpa.

          La page du Vidal semble inaccessible mais wikipedia est toujours là.
          https://fr.wikipedia.org/wiki/Betacoronavirus

          Cela confirme qu’utiliser l’alphabet grec aussi pour les variants entraine des confusions 😉

          Je vais de ce pas recopier 100 fois :
          « Sars-cov-2 fait partie du genre BetaCoronavirus, sous-famille des Orthocoronavirinae, famille des Coronaviridae, ordre des Nidovirales, et possède des variants désignés Alpha, Beta, Gamma, Delta, … »

          Mon aversion pour la taxonomie est la principale raison de ma bifurcation universitaire de la biologie vers la biochimie puis la chimie organique !

          • Whynot dit :

            @Lithium

            Chouette, un copain organicien 🙂 A la différence que je n’ai pas glissé vers ça, j’ai foncé droit dessus avec conviction !
            Ceci étant dit, la nomenclature IUPAC c’est pas de la tarte non plus 😉 Mais on s’éloigne du débat, là…

  6. Whynot dit :

    @PhD

    Merci pour ce lien, très intéressant cette piste. Par contre, les « nanoparticules ARNm chimériques » ça va exciter les anti-ARNm, on croirait avoir affaire à une inquiétante créature mythologique 😀
    Il faudra sans doute trouver une dénomination plus glamour si ces travaux aboutissent !

    • Piotr dit :

      Bonjour à tous,

      Merci pour ce nouvel article ! Pour rebondir sur les commentaires faits ici, on peut s’interroger sur la stratégie actuelle de tests, qui perd une bonne partie de sa pertinence avec les nouvelles règles. À court ou moyen terme, on peut imaginer qu’on se base sur les symptômes pour fixer l’isolement, et qu’on laisse les gens faire des auto-tests en subventionnant un peu. Quant au suivi de l’épidémie, il « suffirait » de tester aléatoirement une petite fraction de la population. Soit en faisant un test vraiment aléatoire (ça n’est pas très contraignant, on peut toujours donner une petite gratification en échange), soit en testant dans une population particulière comme celle des soignants, et en sachant qu’il y aura un biais mais que ce biais ne variera pas trop dans le temps.

      J’en viens à une question que je me pose depuis le début de l’épidémie. Y a-t-il de bons modèles pour calculer le véritable nombre d’infectés à partir du nombre de positifs ? Supposons pour simplifier (c’est faux mais pas trop non plus) que le nombre d’infectés ne dépend que du nombre de positifs, et supposons que les tests sont fiables à 100% (même remarque). Si on teste 100% de la population, on trouve 100% des infectés. Comment trouver une fonction qui à x% de la population testée associe le pourcentage approximatif des infectés trouvés ? Mon sentiment est que depuis fin 2020, on teste suffisamment pour avoir 50% des infectés (à la louche), mais que les 50% restants sont très difficiles à aller chercher. Ça tient au fait qu’on fixe des règles rationnelles pour que les gens aillent se faire tester, et qu’on s’est donné une capacité pour satisfaire ce besoin. On voit bien que ce problème dépend de l’intensité de circulation du virus : on se fait souvent dépasser en période de pic. L’indicateur dont on dispose alors est le taux de positivité : peut-on l’exploiter pour répondre à cette question ?

      • Lithium dit :

        @ Piotr

        Pour les tests : le ministre de l’éducation national vient de leur trouver une nouvelle utilité. Il semble que se faire tester éloigne le virus des enfants pendant 7 jours.
        Nul doute que Blanquer devrait obtenir le prochain prix Nobel pour cette brillante découverte.

        https://www.ouest-france.fr/sante/virus/coronavirus/covid-19-ce-qui-change-avec-l-assouplissement-du-protocole-sanitaire-dans-les-ecoles-8fccbe74-6f81-11ec-8178-27380463a9a2

        Plus sérieusement (mais c’est difficile avec ce gouvernement) modifier un protocole établi il y a 4 jours démontre la vision à long terme de nos dirigeants.
        Débordés par le nombre de cas (pourtant prévisible depuis plusieurs semaines) et ses effets (isolements des cas contacts bloquant toutes les activités), ils « ajustent » au pifomètre.

        Concernant votre question très intéressante sur l’évaluation de l’ensemble des personnes positives à partir des résultats des tests.
        Pour moi ça ne peut être que très approximatif pour une raison principale (et plein d’autres secondaires liées à la précision des tests mais vous l’avez évoqué) : la population testée n’est pas représentative de la population globale.

        Population testée : cas contacts et/ou symptomatiques + non vaccinés voulant avoir une vie sociale (à cause du pass sanitaire) + quelques cas obligatoires pour les vaccinés et non-vaccinés (voyages dans certains pays, opérations chirurgicales, …) + tests de sécurité/confort par exemple aux moments des fêtes pour se rassurer.

        Il ne s’agit donc nullement d’un échantillon représentatif de la composition de la population globale.
        On a donc un biais majeur rédhibitoire pour une étude statistique.
        A mon sens vouloir généraliser la population testée à la population globale est une gageure mathématique.

        Cela équivaut à aller faire un sondage politique lors d’une manifestation pour une revendication quelconque : ça ne serait très probablement pas du tout représentatif de la population globale (sauf si toute la population est dans la rue mais là ça s’appelle une révolution et encore…).

        La population testée a aussi variée au cours du temps : plus de tests de confort/sécurité pendant les fêtes, tests des non vaccinés apparus massivement avec le pass sanitaire, tests des vaccinés probablement en baisse car beaucoup ne se sentent plus trop concernés, nombre de tests disponibles variable selon les périodes, efficacité des tests variables selon les variants,… Donc comparer les résultats des tests d’une période à une autre est déjà un exercice périlleux.

        Une étude sérologique sur un échantillonnage représentatif me semble statistiquement beaucoup plus fiable pour estimer la population ayant été en contact avec le virus, même si elle n’est pas parfaite non plus (fiabilité des tests, niveau et durée de détection, …).

        En France il y a le suivi EPICOV qui a fait de telles campagnes de mesures, notamment pour déterminer les habitudes de vie entrainant le plus de sur-risque.
        https://www.epicov.fr/

      • Daniel Le Breton dit :

        On peut Piotr, on peut 🙂

      • NicoM dit :

        @Piotr

        Je m’associe à votre remerciement des auteurs.

        Je suis pour, depuis le départ, les tests aléatoires en procédant par sondage dans différents points du territoire pour connaître 2 choses : 1 le véritable niveau de circulation du virus (x% de la population contaminée à un instant t) et 2 connaître quel % de la population présente des anticorps covid (combien ont été infectés préalablement et combien de temps durent les anticorps contaminations et/ou vaccination).

        Les Anglais suivent cela https://www.ons.gov.uk/peoplepopulationandcommunity/healthandsocialcare/conditionsanddiseases/articles/coronaviruscovid19latestinsights/antibodies je ne comprends pas que l’on ne fasse pas pareil, et ce depuis la 1ere vague !

        En revanche, verser une « petite gratification » ne permet pas que l’échantillon soit prélevé au hasard car il introduit un biais lié au revenu. Cela peut vous paraitre anodin mais je vous promets que cela est susceptible de fausser tout les résultats !

        Non, le vrai hasard consiste à prendre des gens au hasard dans les rues ou par téléphone, sachant que 99% des gens ont le téléphone les sondeurs considèrent qu’il n’y a plus de biais à utiliser le téléphone.

        Pour info, la méthode des quotas vise à se rapprocher du hasard mais n’est pas le hasard. Mais le hasard est bien plus complexe et coûteux à mettre en place. Mais statistiquement, le vrai hasard est le meilleur !

        • Piotr dit :

          @ Nico M

          Attention, je crois qu’il s’agit de séroprévalence dans la référence que vous donnez. C’est bien aussi, et force est de constater qu’on est encore, sur ce point, moins bons que les Anglais. Tester les anticorps ne permet pas en revanche de reconstituer l’épidémie (il n’y a pas la date de production d’anticorps…).

          « Gratification » est un mot volontairement vague : proposer que ça se fasse sur les horaires de travail, avec déplacement minimal, donner un pain au chocolat ou un café, etc. Bien sûr, le but est d’éviter un biais et il ne s’agit surtout pas de faire un appel à volontaires…

          • NicoM dit :

            @Piotr,

            Oui oui, je sais concernant la séroprévalence, c’était le point 2 des 2 intérêts que j’ai cité le point 1 étant celui que vous citiez.

            Sinon j’ai réagi selon mon backround « d’études de marchés » qui m’intéressait lorsque j’étais étudiant.

          • Piotr dit :

            @ Nico M

            Ok, c’est en effet un point important de connaître la séroprévalence ! Ça l’était encore plus tant qu’on n’avait pas de vaccin, mais même aujourd’hui c’est une information importante. Malheureusement, on sait qu’elle ne renseigne pas sur l’ensemble de la réponse immunitaire, en particulier sur l’action des lymphocytes T.

        • Phand dit :

          Ces données de seroprevalence existent et les résultats de la dernière vague (fin. Octobre 2021) sont détaillées dans le point épidémiologique de décembre 2021.
          Avant la vaccination, ces données permettaient d’avoir une évaluation robuste du taux des personnes infectées avec ou sans symptômes.

      • Daniel Le Breton dit :

        On peut exploiter, répondre à la question est moins facile, si jamais c’est faisable. Les chiffres publiés vont jusqu’au 2 janvier et le pic du taux de positivité est juste à coté, le 3 ou le 4. On a donc une simulation disponible par gaussienne du taux de positivité, et on remarque qu’il arrive plus tôt que le nombre de cas répertoriés (le 6 en principe). Mais le chat se mord la queue car le taux de positivité doit être calculé sur les cas eux-mêmes. Ca revient à chercher les asymptomatiques, et cette donnée existe peut-être dans les labos si jamais ils demandent aux testés s’ils ont des symptômes ou pas, ce que j’ignore totalement.

        • Piotr dit :

          @ Daniel

          C’est là que la séroprévalence pourrait servir. Sinon, je pense qu’il y a une méthode qui pourrait donner des résultats : considérer que pendant toute l’année 2020, le taux de mortalité était fixe, disons à 6/1000. C’est une hypothèse fausse mais pas trop. Tracer la courbe des cas détectés (moyenne hebdomadaire) et la courbe des « vrais cas » (pareil) en considérant que le décès arrive en moyenne 15 jours après la détection, avec une fréquence 6/1000. En déduire une fonction univoque : cas détectés -> cas réels, quitte à lisser un peu. Trouver une corrélation avec le taux de positivité.

      • Admepo dit :

        @ tou.te.s
        Bonjour et merci pour la publication des articles de ce blog et les commentaires qui agitent un peu plus les neurones que la télévision (que je n’ai plus) et que la radio (que je n’écoute plus guère).

        @ Piotr
        Je réponds brièvement au commentaire du 7 janvier 2022 à 12 h 02 min sur l’estimation du nombre d’infectés en population générale à partir des résultats de test positifs dans un échantillon de la même population. L’idée n’est pas de faire une démonstration chiffres à l’appui mais d’esquisser les principes et de nommer les mots-clés qui permettrons à chacun d’élaborer la suite de la réponse.

        Dans l’hypothèse irréaliste (mais c’est le rôle de cette hypothèse) que le test soit fiable à 100% et que l’on teste instantanément 100% de la population que l’on veut connaître, le nombre de positif est effectivement égal au nombre d’infectés. C’est une situation idéale inatteignable en l’état. Je réponds ci-dessous sur les 2 aspects : (i) pas 100% de la population et (ii) test pas fiable à 100%.

        (i) Pas 100% de la population. Dans la réalité, personne n’a les ressources (humains, financiers, temps…) pour tester 100% d’aussi grandes populations, c’est pourquoi on peut utiliser une approche de statistique inférentielle pour essayer de déterminer le pourcentage de positifs dans cette population, à partir d’un échantillon de taille limitée et dans lequel le pourcentage de positifs est connu (résultat du test), étant bien entendu que l’échantillon soit à tout le moins peu biaisé et même mieux complètement aléatoire (une gageure ; d’ailleurs Piotr, si l’on teste en échange d’une petite gratification, il faudra démontrer que cela n’introduit pas un biais systématique dans l’échantillonnage qui n’est alors plus forcément aléatoire). A partir du pourcentage ou de la proportion de positif connu dans l’échantillon, on peut construire un intervalle de confiance (donc associé à un risque de se tromper) dont la forme la plus simple est p ± z √(p(1-p)/n) (formule de Wald, qui a ses défauts ; il en existe d’autres comme de Wilson, avec ou sans correction de continuité de Yates) ou p est la proportion de positifs dans l’échantillon, 1-p celle des négatifs, z seuil critique (pris dans une table statistique de la loi normale centré-réduite, dépend du risque avec lequel on veut construire l’intervalle ; ~1,960 pour un risque à 5% donc 95% de confiance ; z et donc l’intervalle sont d’autant plus grand que le risque est petit et la confiance est grande) et n la taille de l’échantillon (étant au dénominateur, plus la taille de l’échantillon est grande, plus l’intervalle de confiance est étroit et on réduit l’incertitude sur la population).

        Par exemple avec la formule de Wald : à 15,88% de positifs parmi les test effectués, disons 1 millions par jour, cela donne un intervalle de confiance à 95% de [15.81% ; 15,95%] en population générale (ou bien 15.88 ± 0.7%), soit rapporté au 67.4 millions de français [10 654 837 ; 10 751 403] personnes (ou bien 10 703 120 ± 48 283 personnes). Et près de 50 000 personnes dont un certain nombre en contaminera ou pas d’autres et/ou ira ou pas à l’hôpital, ce n’est pas une paille…

        J’en profite au passage pour implorer tout producteur d’analyses (covid ou autre) pour toujours associer à des estimateurs ponctuels de tendance centrale (ex : moyenne, médiane…) des estimateurs au moins de la dispersion (ex : écart-type, étendue) et au mieux de l’incertitude (intervalles de confiances).

        (ii) Test pas fiable à 100%. Dans la réalité, le résultat d’un test peut être soit positif, soit négatif. Et le statut réel de la personne qui se fait tester peut lui aussi être soit positif, soit négatif. Ce qui fait que l’on se retrouve dans 4 grandes situations : (a) vrai positif = personne positive et test positif, (b) faux positif = personne négative mais test positif, (c) faux négatif = personne positive mais test négatif et (d) vrai négatif = personne négative et test négatif. Un test le plus fiable possible doit maximiser a et d (voir sensibilité et spécificité : https://fr.wikipedia.org/wiki/Sensibilit%C3%A9_et_sp%C3%A9cificit%C3%A9). Le risque associé à b et c n’est pas identique : mesures d’isolement et thérapeutiques alors que ce n’est pas nécessaire pour b, versus perte de chance et chaîne de contamination possible pour c. Là où ça se complique, c’est quand à l’interprétation d’un test pour un individu donné, c’est à dire la valeur prédictive (positive ou négative) qui dépend de la prévalence de la maladie dans la population. On quitte alors la statistique fréquentiste pour rentrer en statistique bayésienne. En effet, la valeur prédictive du test dépend de la prévalence de la maladie dans la population (ou sous-population) : un test positif (ou négatif) ne donne pas le même risque (ou chance) d’être malade (ou sain) selon que l’on est en population générale, ou en sous-population de personnes développant des symptômes, ou en sous-population des cas-contacts…

        Et alors quand on ne peut connaître 100% de la population et que le test n’est pas fiable à 100%… eh bien ça va demander de se creuser les méninges pour répondre à la question initiale de Piotr. Pour reprendre les termes d’un commentaire plus ancien (je ne sais pas qui créditer) : la science navigue aux frontières du connu et de l’inconnu, et nous devons humblement reconnaître que plus on tente de savoir, moins on connaît.

        Voilà pour ma première contribution à ce blog, réponse à chaud et forcément incomplète à une vaste question. A poursuivre.

        • Piotr dit :

          @ Admepo

          Bienvenu sur ce forum et merci pour ces précisions ! La situation dans laquelle nous nous trouvons est hybride : une partie des tests se font « sachant qu’on est cas contact », et l’autre « sachant qu’on va participer à un événement social », pour schématiser. Je dirais qu’il y a une grande différence dans le traitement statistique de ces deux groupes, le second s’approchant d’un test en population générale (avec un petit biais lié à l’existence d’une vie sociale).

          Concernant la fiabilité des tests, c’est en effet un enjeu surtout lorsqu’il y a des mesures d’isolement à la clé.

          Mon idée, c’est que l’incertitude sur les tests ou sur d’autres aspects ne devrait pas empêcher d’obtenir des ordres de grandeur. J’ai indiqué plus haut une méthode basée sur l’étude de l’année 2020 et l’hypothèse « taux de mortalité stable autour de 6/1000 », hypothèse qui là encore devrait suffire à donner des ordres de grandeur.

        • Lithium dit :

          @Admepo

          « J’en profite au passage pour implorer tout producteur d’analyses (covid ou autre) pour toujours associer à des estimateurs ponctuels de tendance centrale (ex : moyenne, médiane…) des estimateurs au moins de la dispersion (ex : écart-type, étendue) et au mieux de l’incertitude (intervalles de confiances). »

          Merci merci merci, je me sens moins seul !

          @ modérateurs

          j’ai répondu à Piotr sur la généralisation des résultats des tests positifs à l’ensemble de la population mais mon post n’apparaît pas. Bocage ou bug ?
          En résumé : population testée non représentative de la population générale donc pour moi c’est un biais rédhibitoire quasi impossible à corriger.
          Mieux vaut utiliser des tests sérologiques sur un échantillonnage aléatoire (ou supposé tel) de la population.
          voir par exemple :
          https://www.epicov.fr/

          • MALLARD dit :

            Le passage à des formes de Weibull au lieu de gaussiennes donne accès à des formes non symétriques et des aplatissements du maximum. Cela apporterait un + aux analyses me semble t’il, les tracés des cumuls en loglog et log deviennent plus lisibles mais je ne vois pas cela dans les analyses de la covid. Je ne suis pas dans ce domaine donc je pose la question.

        • Whynot dit :

          @Admepo

          Je crois bien que c’était de moi, cette phrase, mais je dois rendre à César ce qui lui appartient, cette « maxime » je la tiens de Guillaume Lecointre, scientifique et journaliste à ses heures, défenseur de la science « première ». Qu’il définit comme « entendue comme démarche rationnelle de la découverte du monde réel ». Elle est issue d’un article de Charlie Hebdo de 2005, époque où j’étais jeune adulte rebelle en formation scientifique et donc lecteur assidu de tous ses articles 😉

          Sinon, merci pour cette contribution qui donne du grain à moudre à tous les modélistes/mathématiciens/interpréteurs actifs de ce blog.

  7. Piotr dit :

    Nouvelles du Danemark : le nombre de cas quotidien (en moyenne hebdomadaire) est stabilisé autour de 18 000, en légère baisse depuis hier. Cela fait désormais 6 jours qu’on a franchi la barre des 17 000. Il sera plus facile de déterminer rétrospectivement la date exacte du pic, qu’on peine à voir probablement à cause de remontées chaotiques. Il devrait avoir eu lieu un peu avant le nouvel an si on tient compte du décalage de 3 jours. Les indicateurs d’hospitalisation sont plutôt stables, il semble que le pic ait suivi de peu celui des cas. À confirmer…

    • Whynot dit :

      @Piotr

      Peut-être aussi que ce « plateau » observable est dû aux mêmes raisons que le « plateau » anticipé chez nous en raison du plafond logistique des tests tel qu’évoqué plus haut ?
      Comme les incidences ramenées à la population sont similaires, on peut imaginer que chez eux aussi, ça sature pour les tests et que certains cas de contamination à J sont du coup détectés à J+1, J+2 ou J+3 ?

    • Daniel Le Breton dit :

      @ Piotr

      Je ne vois pas encore le chiffre du jour sur le site du gvt danois, mais le pic est imminent, le point d’inflexion est largement dépassé.

      • Piotr dit :

        @ Daniel

        La partie danophone du site est actualisée plus rapidement…

        @ Whynot

        C’est très probable qu’on soit largué par le virus en période de pic, mais au point que ça puisse occasionner un plateau apparent, je trouve cela surprenant. Ou alors la surcharge de tout le dispositif retarde la remontée des données et prolonge artificiellement le pic avec des positifs décalés ? C’est très possible, et on peut vérifier cette hypothèse facilement en France ou au Royaume-Uni (distinction entre date de prélèvement et date de remontée).

  8. Daniel Le Breton dit :

    Ainsi donc le Pr. Fontanet nous indique un pic la semaine prochaine et le Pr. Fisher un pic dans 10 jours. On va bien voir, mais pour l’estimation par les gaussiennes il faudra attendre le lundi 10 janvier au soir pour la confirmation. Si c’est bien le 6 (j’y compte bien), alors la moyenne prendra en compte le 9 janvier et nous devrions voir le début de la baisse le 10 janvier, sur la moyenne correspondant au 7 janvier. Des journalistes y sont allés d’un 450 000 à 500 000 cas au pic, tremblez carcasses !

    En attendant je suis en train d’appliquer la même méthode (coefficient hebdomadaire) aux personnes hospitalisées et en soins intensifs. On a encore la chance de pouvoir le faire grâce à une évolution lisible sur les données du coefficient en question (et ça marche pour Paris également). La période du pic ne change pas (17/01 pour les hospitalisations et 2 à 3 jours plus tard pour les soins intensifs). Le nombre d’hospitalisations est revu à la baisse (22 500) tandis que le nombre de personnes en soins intensifs reste aux alentours de 4 000. Dans ce dernier cas on va probablement entendre parler de plateau à l’occasion.

    Le placement des vagues delta et omicron, qui vont finir leur carrière ensemble, indique que c’est le delta qui va rester majoritaire à l’hôpital jusqu’au bout.

    Il me semble qu’il faille envoyer d’urgence une équipe de soutien psychologique (et psychiatrique) à Matignon et à Ségur tant la psychose les accable. Ne voilà t-il pas que le premier Ministre focalise sur la quatrième dose alors que la vitesse de la vaccination de rappel s’est effondrée pendant les fêtes avant de reprendre (300 000 par jour actuellement) sans encore bien savoir de combien le vaccin actuel protège d’omicron.

    • Whynot dit :

      @DLB

      Ce ne sont que des résultats préliminaires à prendre avec beaucoup de prudence, mais une étude britannique (https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1043807/technical-briefing-33.pdf) suggère une protection de l’ordre de 70% avec 3 doses d’ARNm
      Une autre étude d’analyse de données en AfSud (https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.12.14.21267615v1) arrive à peu près au même chiffre.
      Attention toutefois, les cohortes ne sont pas très grandes, et de ce que dit l’étude britannique, la protection s’étiole rapidement (moins de 50% de protection contre les formes symptomatiques 10 semaines après le rappel)

    • Piotr dit :

      @ Daniel

      Ils sont dans leur rôle, le but de Fischer étant clairement de maximiser le recours à la troisième dose. En tout cas, on pourra retenir : pic de contaminations autour du 17, donc des cas positifs autour du 20 (en étant sympa avec Monsieur Fischer), donc pic constaté en moyenne hebdomadaire autour du 23…

      Fontanet est plus raisonnable comme toujours même si je suis un peu déçu qu’il s’associe souvent à des prévisions pas très heureuses. J’imagine qu’il se justifie cela de la manière suivante : « mon but est de minimiser les décès, hospitalisations, etc, je produis des prévisions alarmistes et si on m’écoute elles ne seront pas entièrement réalisées ». C’est une réflexion comparable à ce qu’on a vu apparaître depuis quelques années sur le climat. Au croisement de la science et de la communication : on pourrait dire que ça relève de la théorie des jeux.

      Dans les semaines à venir, ils vont souffrir pour que leur stratégie du tout vaccinal ne sombre pas dans le ridicule. Et comme leurs méthodes sont assez brutales, le contrecoup risque de l’être aussi.

    • Marion dit :

      @dlb ce jour le retour des épidémiologiste enfermistes ,Casto,crepet qui sous entende que delta est encore là et pourrait reprendre la main ✋

      • Daniel Le Breton dit :

        @ Marion

        Je pense que le delta restera majoritaire à l’hôpital ce qui peut créer cette impression de reprise en main. Lorsque je compare différentes sources gouvernementales (graphes, fichiers), je n’ai pas de résultats bien cohérents pour l’évaluation du nombre de contaminés delta. Je crains donc que selon ce qu’on regarde, on en déduise des choses différentes, sans compter le biais cognitif usuel. Mais je ne crois pas que delta survive à omicron sur le plan de la compétitivité de l’infection, ce dernier est trop rapide.

  9. Whynot dit :

    @DLB

    Je ne sais pas pourquoi mais ma réponse n’a pas été publiée, je retente ma chance…

    Je disais donc : les résultats ne sont que préliminaires et donc à prendre avec beaucoup de prudence, mais une étude britannique suggère une protection de l’ordre de 70 % avec 3 doses d’ARNm, mais qui s’étiole au fil des semaines (moins de 50% de protection des formes symptomatiques 10 semaines après le rappel).
    Une analyse de données SudAf donne à peu près le même chiffre.

  10. Lithium dit :

    Mes estimations, basées sur l’évolution de R eff ne me font pas entrevoir une baisse durable du nombre de cas d’ici le 10 janvier, au mieux une stabilisation relative.
    J’espère me tromper mais l’effet rentrée scolaire semble plutôt avoir relancé les contaminations.
    Espérons que ça ne soit qu’un feu de paille, ce qui est probable.

    Concernant les hospitalisations et les cas graves, c’est le scénario optimiste qui semble se profiler. Tant mieux car ça sera déjà bien tendu dans les services hospitaliers.

    A partir de mi-février je suis résolument optimiste, sauf apparition d’un variant aux propriétés extraordinaires :
    – les vagues de Delta et Omicron seront passées. Omcron devrait continué à circuler à bas bruit sans faire trop de dégâts, propageant/entretenant une immunité pour la population,
    – l’arrivée du traitement de Pfizer (1ère livraison prévue mi février), s’il confirme son efficacité de 88% sur les cas graves devrait largement désengorger les hôpitaux,
    – l’arrivée de vaccins de 2ème génération (mars ou avril ?) pour une 4ème dose devrait aussi améliorer notre arsenal, et même avoir un effet sur la transmission (et relancer les débats sur la vaccination et les pass…)
    – enfin les beaux jours arriveront !

  11. NicoM dit :

    @Daniel Le Breton

    « Le pic journalier absolu est de l’ordre de 330 000 cas le mercredi 5 janvier (la cible est à 332 800), et le chiffre réel du même jour est de 332 252 cas répertoriés, merci la chance. »

    Si je comprends bien selon votre modèle le pic de cas est à 332 800 et la réalité est de 332 252 soit seulement 548 cas d’écarts ?

    Ce n’est pas de la chance c’est du talent, bravo !

    Allez, cap de nous annoncer en avant première les chiffres de vendredi, samedi et dimanche ? (lundi n’étant pas calculable à cause du dimanche).

    Promis on ne vous en voudra pas si ça diffère. Mais on vous vénérera s’ils correspondent ! Et surtout ça nous permettra de voir si les chiffres sont rassurants ou inquiétants, dans la cible ou pas !

    Au fait, le fait que vous tombiez parfaitement accrédite l’idée qu’il n’y a pas de réel problème de remontée des données non ? Si soudain les labos ne pouvaient plus tenir la cadence il y aurait eu un décrochage relativement brutal par rapport aux modèles, non ?

    • Bernard dit :

      Le fait de tomber juste pose néanmoins question car ça fait des semaines qu’on nous dit que les chiffres officiels remontés des tests sont faux, gonflés, etc. Pasteur excessif ou plus proche du nombre réel de positifs incluant les non testés ?

      Chez moi, Delta ne baisse absolument pas en nombre, seulement en pourcentage, et encore 4% pour les précédents variants.
      🤔🤔

      • NicoM dit :

        @bernard

        « qu’on nous dit que les chiffres officiels remontés des tests sont faux, gonflés, etc. » Qui dit cela ? Pas moi en tous cas. On ne pourra jamais connaître 100% des contaminés, et l’on n’a jamais eu d’approche statistique du nombre de contaminés en procédant par sondage.

        Les premiers mois de l’épidémie je pensais que ça rendait tous nos chiffres faux, mais j’ai révisé mon jugement car je constate que la hausse/baisse du taux d’incidence se traduit toujours par une hausse/baisse des indicateurs hospitaliers qui eux sont bien plus factuels.

        Bref, notre façon de faire n’est pas parfaite, mais elle marche quand même et elle n’a pas vraiment évolué donc ce n’est as plus vrai/faux aujourd’hui par rapport à hier.

        Peut-être Pasteur a les bons chiffres, mais dans ce cas ça voudrait dire que le covid est bien moins dangereux qu’estimé (s’il y a 3 fois plus de cas dans la réalité que les cas remontés, ça signifie que le virus est 3 fois moins virulent…). Donc ça revient, en quelque sorte, au même… Une épidémie de tests positifs n’est pas une épidémie…

    • Daniel Le Breton dit :

      @ NicoM

      Non, c’est du bol, donc j’ai marqué le coup pour le fun, mais je sais que mon calage est légèrement pessimiste maintenant, et selon les jours je peux être au dessus et plus souvent au dessous de 10%. Si Lithium n’a pas trop raison à propos de la rentrée scolaire ça ne va pas beaucoup bouger jusqu’à dimanche et lundi on tombera sous les 50 000. Si Lithium a raison je vais le voir sur les chiffres et les tendances.

      Il est plus important d’aller regarder l’hôpital maintenant, les cas répertoriés ça devient du cirque politique.

      • NicoM dit :

        @DLB

        Donnez toujours, c’est intéressant, on sait bien que ça ne pourra pas coller à 100% !

        Concernant la remarque de lithium, désolé que ça tombe sur lui, mais ça me gonfle un peu ces histoires de « fêtes », « vacances » « rentrée » etc. qui expliqueraient les hausses ou les baisses épidémiques…

        Déjà, pour les inquiets, tout est motif d’inquiétude : les vacances boostent l’épidémie, le retour au travail aussi. Faudrait savoir…

        Ça fait presque 2 ans que nous sommes touchés par ce virus, cela fait 2 ans qu’il est impossible de trouver la moindre corrélation entre évènements sociaux et courbes épidémiques. Les vagues montent descendent selon de magnifiques gaussiennes (ça vous parle, non ?) et bien malin celui qui peut me démontrer qu’un évènement social particulier peut l’expliquer.

        Et si quelqu’un me dit le contraire, je lui mets des courbes épidémiques de pays au hasard et je lui demande de m’en déduire les périodes de vacances, de fêtes, etc. au vu de ces courbes.

        Franchement, celui qui trouve, je le propose au prix Nobel d’épistémologie (à créer).

        • Whynot dit :

          @NicoM

          Loin de moi l’idée de polémiquer, mais je suis moi aussi un peu convaincu que « l’effet rentrée » ou « l’effet vacances » existe. Je ne dis pas que ça relance complètement une vague qui s’éteignait ou encore que ça influerait de façon spectaculaire sur l’allure globale d’une vague, mais je ne peux que faire des constats qui vont en ce sens.

          Vous dites « les vacances boostent l’épidémie, le retour au travail aussi. Faudrait savoir… »
          Ca ne paraît pas incompatible !! Pendant les vacances, il y a un brassage social et géographique. Donc, il y a plus de « contacts à risque » : soirées entre potes, en famille, etc… Puis, au retour des vacances, c’est la rentrée, et si les contacts sont moins « à risque » parce que au boulot ou à l’école, on porte le masque, on mange quand même dans les cantines ou en petits groupes dans des salles petites.
          Donc globalement, des porteurs (souvent sains j’imagine) diffusent potentiellement à un cercle élargi le virus, et les nouveaux contaminés peuvent au retour des vacances de nouveau diffuser dans un « nouveau cercle ». Ce que je veux dire, c’est que l’alternance vacances/rentrée cause une multiplication des contacts sociaux pour une même personne, et donc une augmentation du risque de contamination.

          C’est une tendance « de terrain » dans mon champ professionnel : je suis enseignant (dans 2 établissements de plus de 1000 élèves), or je constate que les élèves d’une même classe ont peu tendance à se contaminer : certains sont positifs et isolés de part leurs autres interactions bien sûr, mais les « clusters classe » sont très rares. En revanche, au retour des vacances j’ai plus d’absents, et au retour des vacances il peut y avoir une petite « cascade » : par exemple, depuis lundi, le nombre de mes élèves en classe diminue tous les jours. Certains sont revenus des vacances avec le virus, ils n’ont été testés positifs qu’après la rentrée. Ils ont eu le temps de contaminer des camarades, qui à leur tour sont cas contacts, et pour certains le test revient positif…

          Ca n’a rien de rigoureux, ce n’est que de l’observation et de la « logique » (on peut ne pas avoir la même), mais voilà, j’ai le sentiment que sur la semaine qui suit le départ en vacances et celle qui suit la rentrée, il y a un petit « boost » des cas. Peut-être aussi un élément d’explication au « plateau » constaté au Danemark par @Piotr ? Ca, plus le « plateau logistique » du testing, plus les rattrapages de remontées des données, ça pourrait contribuer à faire une bonne part de l’explication, non ?

        • Daniel Le Breton dit :

          @ NicoM

          Bon, si ça peut vous faire plaisir, voilà des chiffres. Ce sont les cibles qui permettent de caler la gaussienne et ce sont des valeurs journalières. La gaussienne elle-même représente des valeurs moyennes (J+/-3). C’est brut de fonderie et quand je les examine, je trouve que c’est une fois dans le zig, une fois dans le zag et je retrouve cette caractéristique fluctuante lorsque j’applique la méthode sur les paramètres hospitaliers.

          Dimanche 2/01 : cible 59272 ; donnée SPF du jour 58432
          Lundi 03/01 : cible 59551 ; donnée SPF du jour 67451
          Mardi 04/01 : cible 320 056 ; donnée SPF du jour 271 086
          Mercredi 05/01 : cible 332 800 ; donnée SPF du jour 332 252
          Jeudi 06/01 : cible 292 665 ; donnée SPF du jour 261 481
          Vendredi 07/01 : cible 287 928 ; donnée SPF du jour 328 214
          Samedi 08/01: cible 257 259
          Dimanche 09/01: cible 215 000 (intuitive car la référence réelle est un jour férié, la St Sylvestre)
          Lundi 10/01: cible 41685

          Je pourrai tenir compte de ce phénomène ondulatoire mais ce n’est pas utile pour placer la gaussienne, ça le serait pour challenger les valeurs quotidiennes, chose dont l’intérêt est discutable.

          Ce weekend je vais sortir la même chose pour les présences à l’hôpital ainsi que pour les entrées si jamais ça marche.

        • Lithium dit :

          @ NicoM

          Ne soyez pas désolé, ce n’était qu’une suggestion, nullement une observation étayée, et j’espère sincèrement que la rentrée scolaire ne va pas relancer l’épidémie.

          Mon raisonnement (simpliste et non démontré) : les vacances de fin d’année ne favorisent pas forcément l’augmentation du nombre de cas mais la dispersion, géographique et à travers les tranches d’age donc parlons plutôt d’homogénéisation au sein de la population.

          Ensuite les humains reprennent leurs activités : écoles, collèges, lycées, bureaux, transports en commun et le virus voyage et se répand de même.

          Le virus est incapable de se déplacer par lui-même, a priori il n’est pas capable d’acheter un billet d’avion ou de train. Sa propagation ne s’explique que par nos habitudes de vie. Il me semble donc raisonnable de penser que nos variations de comportement puissent influencer l’évolution de l’épidémie. Par contre dans quelles proportions ?

          Après on peut penser que c’est une coïncidence que les départements les plus toucher fin décembre, après Paris, étaient la Savoie et la Haute-Savoie…

  12. Chabrier dit :

    @PhD

    Je n’arrive pas à connaitre la réalité de ces données publiées aussi sur le site du Vidal concernant les AC facilitant et les réinfections chez les vaccinés.

    https://www.vidal.fr/actualites/26105-vaccins-contre-la-covid-19-doit-on-s-inquieter-du-risque-de-maladie-aggravee-chez-les-personnes-vaccinees.html

    Quelqu’un a t’il creusé la question?

  13. Piotr dit :

    Nouvelles du Royaume-Uni : le pic des cas semble se confirmer au 2 janvier (183 000), avec déjà deux jours de baisse consécutifs depuis. Un quasi-pic avait été atteint dès le 1er janvier.

    Rien à signaler sur les hospitalisations, l’inflexion date environ du 27 décembre et on a les données moyennées jusqu’au 31. C’est toujours plat concernant le nombre de personnes en soins intensifs avec ventilation.

  14. smurf dit :

    Merci beaucoup pour ce blog, pour les articles et la plupart des commentaires qui apportent au débat le plus souvent sans polémiques inutiles.

    Je me pose un certain nombre de questions sur la « compétition » delta – omicron.
    Déjà, je mets « compétition » entre guillemets car je me demande depuis le début ce qui fait qu’un variant en remplace un autre quasi complètement : alpha par rapport aux variants initiaux, delta par rapport à alpha et donc, peut-être bientôt omicron par rapport à delta.

    Je comprends bien qu’un variant plus contagieux va devenir majoritaire mais pourquoi est-ce que cela semble faire disparaître les autre variants ?
    On peut imaginer qu’entre 2 variants dont un est peu contagieux (disons R0 = 2 et un très contagieux R0 = 6), les mesures barrières (prises pour s’opposer aux 2 varaints) et la vaccination éventuellement vont faire passer le Reff du premier en dessous de 1 alors que le Reff du second va rester au dessus de 1.

    Mais, si les 2 variants sont très contagieux (disons delta et omicron au hasard), certes omicron va devenir majoritaire mais qu’est-ce qui empêche l’épidémie de delta de continuer ? (on va peut-être le voir dans les prochaines semaines/mois)

  15. Daniel Le Breton dit :

    @ Piotr

    Pic au Danemark le 3 janvier
    Pic en UK le 2 janvier

    Je parle des cas répertoriés bien sûr

  16. jsp dit :

    On nous parle de « nouveaux cas » (cas positifs aux tests) , or une partie des tests sont faits à répétition sur les mêmes personnes
    A-t-on idée de l’ordre de grandeur des patients qui sont comptés ainsi en doublons ou en triplettes sur une semaine (puisque certains sont testés tous les 2 jours) ?
    Ce n’est pas identique, si on a 100 personnes , d’avoir deux personnes différentes positives, ou une même personne positive deux fois.
    N’y a-t-il pas ainsi surestimation de l’incidence et par conséquent de la prévalence apparente des « cas » ?

  17. smurf dit :

    Concernant la coexistence delta – omicron, une autre question que je me pose et qui me semble intéressante pour avoir une idée de la suite du match :

    Peut-on être infecté omicron après une infection récente par delta ? (disons 3-4 semaines après)
    Et par omicron après une infection plus ancienne par delta (3 – 4 mois par exemple) ?
    Et inversement, peut-on être infecté par delta après une infection récente par omicron ?
    Et par delta après une infection ancienne par omicron ? (là, ce doit être très rare pour l’instant vu la « jeunesse » d’omicron)
    On devrait commencer à pouvoir avoir ce type de données (à condition de cribler/séquencer suffisamment ce qui n’est peut-être pas le cas en France).

    Est-ce que quelqu’un sait si de telles données existe quelque part ?

  18. ffrancis dit :

    En dehors du côté racoleur de cet article:
    https://www.msn.com/fr-fr/actualite/france/covid-19-face-%C3%A0-omicron-le-variant-delta-fait-de-la-r%C3%A9sistance-et-ce-n-est-pas-une-bonne-nouvelle/ar-AASxCiK
    Que faut il en penser?
    Est ce que la compétition entre delta et omicron ne risque pas de nous compliquer la vie et pas seulement pour les prévisions?
    Ou est ce juste un effet suite au chamboulement des méthodes de criblage?

  19. smurf dit :

    @ ffrancis

    ce n’est qu’une hypothèse mais je me dis que la relative stabilité du delta (en valeur absolue) pourrait, pour le coup, être due à l’augmentation vertigineuse du nombre de tests effectués (due aux nombres de tests pour aller voir la famille pendant les fêtes et surtout à la vague d’omicron qui engendre de nombreux cas contact).
    Bref, on pourrait penser que delta diminue en réalité mais qu’on le détecte plus.

    Ce n’est pas le cas pour omicron qui lui augmente tellement vite en nombre de cas que cette augmentation n’est qu’en faible partie due à l’augmentation du nombre de tests, la preuve par l’augmentation du taux de positivité.

    Ce qui serait bien, ce serait d’avoir une sorte de taux de positivité pour delta et un pour omicron d’ailleurs 🙂
    Je dirais même que toutes les données devraient être séparées entre les 2 variants tellement leur comportement semble différent. Mais, pour avoir des statistiques, il faut cribler ou séquencer suffisamment

    • Ga dit :

      …or, devant l’afflux de tests le gouvernement n’impose plus aux laboratoires de rechercher le type de variant que pour 25% des tests positifs, pour conserver une estimation.(information de la DGS hier soir).

  20. smurf dit :

    Une interview intéressante de Mircea Sofonea et Samuel Alizon sur ce sujet. Elle date du 12 décembre (2021) donc, à l’échelle du développement d’omicron, la préhistoire… Mais elle me paraît néanmoins très intéressante.

    https://theconversation.com/de-delta-a-omicron-pourquoi-un-variant-chasse-lautre-173532

    • ffrancis dit :

      C’est donc bien ce qui m’inquiète, nous avons bien un pseudo plateau de delta qui va continuer à encombrer les réas et en conséquence beaucoup de décès et un pic d’omicron qui inondera les hôpitaux dans un contexte déjà tendu.
      Sans parler des effets sur l’ensemble de la société.
      En espérant que ce ne soit que le nombre de cas ne soit que le résultat d’un nombre de tests plus importants.

  21. ldx dit :

    D’abord un grand merci pour ces échanges fructueux, enrichissants et surtout apaisés, loin des polémiques que l’on peut voir ailleurs.

    Je voulais rebondir sur une remarque de Daniel Le Breton qui ne semble guère croire aux effets sociaux qui seraient à la source des différentes vagues. Pourtant si l’on observe les belles heat-maps (par exemple https://raw.githubusercontent.com/CovidTrackerFr/covidtracker-data/master/images/charts/france/heatmaps_regs/heatmap_taux_Occitanie.jpeg) de G. Rozier, il me semble assez frappant de constater que la vague de cet été, correspond assez bien à la Coupe d’Europe de foot qui a commencé vers la mi-juin et qui a réunit les jeunes dans les bars et derrière les écrans, avec pour conséquence une belle montée du taux d’incidence dans cette tranche d’âge qui s’est éparpillée par la suite aux autres strates via les vacances. On remarquera aussi que lorsque les touristes (nombreux cet été) nous ont quitté, l’Occitanie est redevenue un « havre de paix », avant de s’emballer à nouveau à partir des vacances de la Toussaint…
    Pure coïncidence ? Je n’y crois pas.

    Il y a une deuxième chose dont on n’entend guère parler en France, c’est la proportion énorme d’effets secondaires des vaccins chez les femmes : en moyenne 70% de déclarations, mais aussi des cas graves, sont déclarés par des femmes selon les chiffres que l’on trouve pour l’Europe sur https://www.adrreports.eu/fr/search_subst.html# (Onglet C où les vaccins sont classés sous Covid-19). Depuis le début de la campagne, la base relève 1.327.876 déclarations dont 936.010 pour les femmes (selon derniers chiffres publiés le 29/12/2021).
    Pourquoi ce silence ?

    • Lithium dit :

      Loin de moi l’idée d’être misogyne, bien au contraire mais les études d’effets secondaires révèlent toute une disproportion d’effets homme/femme, pour tous les vaccins ou les médicaments.

      1ère hypothèse : les médicaments sont plus testés chez les hommes. Je ne sais pas pourquoi mais historiquement c’est ainsi. Lorsque le médicament est diffusé à la population générale, il apparait donc des effets chez les femmes qui étaient passés inaperçus lors des tests préliminaires.

      2ème hypothèse : les femmes sont plus fragiles. Non je plaisante, en réalité les femmes ont plutôt tendance à avoir un système immunitaire plus performant, donc plus réactif donc plus de réactions auto-immunes.

      3ème hypothèse : les hommes ne signalent pas ou moins les effets secondaires. Un homme ça ne n’a pas mal, ça ne pleure pas, c’est un bonhomme, un dur, bref un homme c’est un peu fier et un peu bête (je le sais : j’en suis un !)

      un peu de lecture :
      https://www.futura-sciences.com/sante/actualites/vaccin-anti-covid-vaccin-anti-covid-femmes-connaissent-quatre-fois-plus-effets-indesirables-hommes-86187/

      • NicoM dit :

        4eme hypothèse (sans avoir lu le lien donc peut être fausse)

        Beaucoup d’effets secondaires concernent les troubles menstruels et donc uniquement les femmes. Tout simplement…

      • Marine dit :

        @lithium
        Les médicaments sont traditionnellement testés chez les hommes plutôt que chez les femmes justement à cause du cycle menstruel qui « complique les choses », les taux d’hormones fluctuant beaucoup avec le temps…

    • Daniel Le Breton dit :

      @ Idx

      Il ne semble pas avoir parlé de la source des vagues, j’ai seulement évoqué la remarque (justifiée) de Lithium sur la rentrée scolaire. Si des analyses fines comme celle des heat maps montrent une dynamique, ce n’est pas le cas du suivi des cas répertoriés ni même des hospitalisations. Même si je scrute à la loupe les conséquences des vacances de la Toussaint 2021, je ne vois rien, en général c’est dilué dans la masse. Il y a peut-être un signe dans la dérivée des entrées à l’hôpital vers mi novembre, mais ça reste une suspicion.

      Si je regarde le critère qui me sert depuis quelques jours pour positionner des vagues dans les cas difficiles, peut-être vais-je voir mon estimation pessimiste du départ se transformer en estimation optimiste, ce qui sera un signe, mais je ne suis pas sur de voir quelque chose compte tenu des fluctuations observées pour l’instant.

    • NicoM dit :

      @ldx

      Ce n’est pas Daniel Le Breton qui disait cela, c’est moi.

      Votre raisonnement consiste à dire : « la vague est montée je vais en chercher la raison »,. Mais à ce jeu ne finit on pas par toujours trouver quelque chose ?

      Pour Whynot et lithium votre raisonnement est intellectuellement sensé, logique, mais est-ce vérifié dans la réalité ?

      Et à tous les 3, à chaque exemple ne peut-on pas trouver un contre exemple qui infirme la thèse ?

      Le sens de mes propos est qu’il faut aller plus loin que la simple évidence rabachée par les communicants. Même si ça parait logique, on ne peut l’affirmer que si on l’a étudié sérieusement. Or il me semble que personne n’a conduit d’étude sérieuse sur ce point. Mais si vous avez des références, je suis preneur !

    • PhD dit :

      @Idx

      Je suppose que vous faites allusions aux effets secondaires gynécologiques très nombreux signalés.

      Vous trouverez un article récent de Vidal sur le sujet :

      https://www.vidal.fr/actualites/28433-vaccins-arn-m-et-troubles-menstruels-les-donnees-de-pharmacovigilance-francaises.html

      Les relations de causes à effets entre les déclarations d’effets secondaires et la vaccination sont très difficiles à mettre en évidence compte tenu de la très grande fréquence des symptômes déclarés en dehors de toute vaccination. La pharmacovigilance est très attentive à ce sujet.

  22. Pro-pro dit :

    Avez-vous lu le Post de Sylvie sur les ADE ?
    ->> https://covidtracker.fr/belote-rebelote/#comment-5787
    Avec la vaccination, ça à l’air « moins pire » mais ce n’est pas la joie non plus.

    Ma théorie ( j’attends l’avis d’un immunologue), c’est que la vaccination booste essentiellement dans un tout premier temps la production des anticorps neutralisant et que par la suite système immunitaire produit (comme dans le cas d’une infection ) les anticorps facilitants plutôt dans une seconde phase.

    En tout cas cela pourrait expliquer que les « 2 doses » sont un peu dans les choux avec omicron alors qu’avec 3 doses récentes ca fonctionne bien car redonnant l’avantage en nombre aux neutralisants même si globalement moins efficaces sur Omicron car adaptés à la souche originelle.

    On retombe un peu sur ce que je disais dans le précédent Blog, en vaccinant tout le temps avec le même vaccin on surentraine notre système immunitaire la production d’un seul type de neutralisant de moins en moins efficace face aux nouveaux variants alors que le système immunitaire a besoin d’apprendre à produire de nouveaux neutralisants et que pour cela il a besoin d’être face à des protéines spike nouvelles( via nouveau vaccins ou infections par variants soft).
    Un virus neutralisé par des anticorps n’offre plus de protéine spike pour se faire les dents avec de nouveaux anticorps et attends de se faire bouffer par les macrophages.

    Le Virus lui s’adapte et sélectionne en priorité les variants les plus adaptés aux anticorps facilitants issus des précédentes infections ou vaccinations

    Le gouvernement parle déjà de 4ème dose, réduit le temps à 3 mois entre les doses et va raccourcir la durée du pass à 4 mois à partir du 15 février comme s’il savait déjà que les neutralisants doivent être stimulés en permanences.
    C’est la fuite en avant (la 3ème dose a déjà du mal a passer parmi les fidèles vaccinés 2 doses, je n’ose imaginer quel accueil sera réservé à la 4ème).

    Avec coco19, aurions-nous créé le 4ème cavalier de l’Apocalypse ?

    Comme dans beaucoup de domaines, c’est la diversité qui fonctionne le mieux. Il va devenir urgent de mettre au point un nouveau vaccin d’ici, l’hiver prochain sinon, on est pas à l’abris d’une mauvaise surprise à la fin de l’année 2022.

  23. Yverneau dit :

    Bonjour
    Pouvez vous m’expliquer comment avec un virus aussi contagieux, le R sur votre site est toujours aux environs de 1 ou 1,2 ?
    Merci pour votre travail

    • Daniel Le Breton dit :

      Celle là elle est pour Philippe Brouard, j’espère qu’il nous lit.

      • Philippe Brouard dit :

        Bonjour @Yverneau et @Daniel

        Oui, je lis les commentaires, avec un peu de délai 😉 . En ce qui concerne le R, l’affichage actualisé sur le site (page d’accueil, En un coup d’oeil) correspond à une valeur moyenne sur les jours passés. Il est donc distancé par la situation le jour même, surtout lorsque des gros chiffres de contamination sont annoncés dans les médias. Dans l’article ici même, je propose un graphique où on voit que R est monté au dessus de 2 pour obtenir la situation récente. Cette valeur devrait être visible dans les prochains jours sur la page d’accueil de covidtracker.

        À savoir aussi, lorsque des gros chiffres de contamination sont en cours, il n’y a pas besoin de R particulièrement fort pour continuer à faire des gros chiffres. Par exemple, si actuellement il y a 300 000 nouveaux cas en moyenne, on peut continuer à 300 000 cas avec R = 1.

  24. Daniel Le Breton dit :

    Encore un petit bug dans les données officielles. C’est un débat à la télé qui a attiré mon attention sur le chiffre, la personne indiquant « plus de 400 000 cas ». On annonce en effet 421 000 cas le 3/01 sur la plateforme Geodes. Pour nous cela correspond au chiffre annoncés le 4/01 (celui de la veille donc du 3/01). Le chiffre SPF en question est de 272 000 cas. Il y a comme un problème, Houston.

    Le chiffre Geodes qui correspond au fameux 332 000 est de 308 000 chez Geodes. A un poney près, c’est OK.

    • Hugo dit :

      @Daniel Le Breton

      J’ai vu cette donnée hier (vers midi je crois), et, depuis, je cherche régulièrement ici une intervention de votre part à ce propos.
      420 mille, on est largement au-dessus de la cible. Est-ce un rattrapage dû à des prélèvements différés du dimanche au lundi, un sur-testing massif de la rentrée au surlendemain du nouvel an, des incohérences dans les données tout simplement ?
      J’imagine qu’il va falloir attendre encore quelques jours pour y voir plus clair, mais cela remet-il en cause l’ordre de grandeur du pic, et j’imagine la date de celui-ci, que vous aviez estimé ici-même ?

      Avec tous mes remerciements pour l’implication qui est la votre, celle de vos camarades qui produisent les articles, et celle des différents contributeurs qui s’efforcent d’évoquer des choses compliquées dans un langage accessible à des néophytes, comme moi, formés en sciences humaines.

      Par ailleurs, j’en profite pour vous souhaiter à tous la meilleure année possible (inc’h covid ça sera moins merdique).

      • Daniel Le Breton dit :

        @ Hugo

        Cette donnée est clairement un « outlier » en termes statistiques, autrement dit une incohérence notoire. Mon petit doigt me dit que le bon chiffre est probablement 241 000 cas. Là ça sonne nettement mieux. On se perdra en conjectures pour savoir si cette étourderie provient du champagne pris avec la galette. Ce qui me frappe c’est l’absence d’esprit critique des gens qui pondent les données. Je mets cela sur le compte de la baisse généralisée du niveau moyen de l’éducation en France. L’esprit critique est la source du bon sens. Là on prend un chiffre et c’est comme si dieu avait parlé. Il n’y a jamais de remise en cause, sauf quand quelqu’un finit par s’en apercevoir. C’est ce qui nous vaut le gel des données départementales (limitées au 24 décembre, excusez du peu) et la remise à plat de l’estimation de la part de l’omicron. A ce sujet je confirme que les données restent incohérentes même si elles viennent des sources officielles. Je veux bien croire que la vague delta, qui va dominer la situation hospitalière jusqu’au bout, est asymétrique et se traîne un peu, mais il faut prendre en compte une difficulté mathématique dès qu’on utilise un ratio (comme un pourcentage de delta ou d’omicron). Une petite incertitude a de grandes conséquences sur l’évaluation du nombre des cas. Ca devrait inciter à la prudence, mais il faut croire que cette difficulté est largement ignorée puisque d’aucuns nous parlent d’une reprise du delta que les champions du séquençage (les danois et les britanniques) n’ont pas vu passer. Oui mais voilà, il y a l’exception française ma bonne dame. Je me souviens qu’au lycée, ce ne sont pas les forts en maths qui ont fait médecine.

        Tout cela s’accompagne de mesures sanitaires, pour l’école entre autres, parfaitement dignes de la bureaucratie de l’Absurdistan. Tout le monde avait compris que c’était inapplicable depuis le début, mais c’est ignorer l’entêtement des énarques à qui on n’a jamais appris ni la modestie ni le repentir (je vide mon sac). On change mais pour quoi faire ? Je suis en phase avec l’analyse globale de M. Blachier. L’emmerdeur c’est le delta, et l’omicron est le fil conducteur du passe vaccinal qui ne sert pas à grand chose. Fichons la paix aux gosses et concentrons-nous sur les personnes à risques dans leur ensemble (dont certains enfants). Lorsque ce dernier sortira, la charge des hôpitaux sera à son pic et commencera à décliner. Il ne faut pas me parler de la quatrième dose (j’en ai trois), il n’y a rien de scientifique la derrière, c’est encore un entêtement d’énarque sourd à la contradiction et en posture de panique à bord, et j’attendrai que le delta disparaisse courant février, passe vaccinal ou pas. J’y penserai en mettant mon bulletin de vote dans l’urne le moment venu, mais je digresse, ça c’est personnel.

  25. Piotr dit :

    Bonjour à tous,

    Les nouvelles du Danemark : le nombre de cas quotidiens (en moyenne hebdomadaire) redescend à environ 17 500. Cela fait 7 jours qu’on se trouve autour de cette moyenne. Le pic est désormais à peu près certain, mais il est plus difficile de déterminer son jour exact. Comme Daniel, je pencherais pour l’hypothèse d’un pic précoce (toute fin décembre, apparaissant autour du 2 janvier par le décalage lié au calcul par moyenne).

    Le nombre d’hospitalisés est stable, autour de 750. Il est monté à presque 800 en début de semaine. Le nombre de patients en soins intensifs baisse un peu, celui des patients sous respirateurs augmente un peu.

    L’information intéressante dans le cas danois, c’est que les hôpitaux ont cessé de se remplir peu après le pic des cas.

  26. ldx dit :

    @Lithium et NicoM

    Merci de vos remarques et du lien.

    Cependant, dès le départ de la campagne de vaccination, donc bien avant que les femmes dans les tranches d’âge concernées par les troubles menstruelles aient été massivement vaccinées, le même ratio était déjà là et même un peu amplifié (75%). Ce qui me laisse penser que les hypothèses 1 et 2 de Lithium doivent être valables.
    Pour la 3e hypothèse, le surnombre féminin d’hospitalisations et autres séquelles plus ou moins graves montrent que ça n’est pas une question de « les hommes sont moins douillets que les femmes » : ils semblent moins impactés, ce qui néanmoins devient moins vrai avec les cas de myocardie, maintenant que la population jeune est plus vaccinée.

    Tout ça pour dire que c’est un fait qui passe complètement à la trappe, quels que soient les médias et même dans les débats. Alors que cela peut expliquer en partie la résistance de la tranche d’âge 30-40 ans qui est un peu inquiète des conséquences et que rien n’est fait pour les rassurer, surtout pas la perspective d’une 3e ou, qui plus est, d’une 4e dose…

    @Daniel Le Breton
    Oui bien sûr, mes suppositions ne sont pas des certitudes, car nous sommes dans l’analyse multifactorielles.
    Depuis le tout début de la pandémie, je fais des relevés de chiffres et j’essaye de trouver des corrélations. Mais j’avoue que le phénomène de cet été m’a sauté aux yeux assez vite, surtout si on prend la peine de regarder les données par département, en faisant une comparaison avec la proportion de population jeune.

    • Daniel Le Breton dit :

      @ Idx

      Je viens de jeter un coup d’œil aux cas du Danemark (je ne trouve pas le bon tableau en danois, Piotr, merci d’avance) et du Royaume Uni. On a pu observer une forte relance aux environs de Noël, donc on pourrait se dire que c’est un effet lié. En fait les rebonds datent des 21/22 décembre. Si je décompte deux à trois jours d’incubation d’omicron, me voilà revenu vers le 18, date de début des congés je suppose (samedi). Ca tient la route. Oui mais voilà, comme en 2020, les français ont fait très attention, et on n’a pas observé un tel rebond.

  27. Bertrand dit :

    Eh bien, après avoir lu ça, je comprends mieux. Arrogance et condescendance sont effectivement largement répandues. Hervé V. doit se marrer.🤣

    Santé au 🤴 Blachier.

    • Lithium dit :

      @ Bertrand

      Je ne sais pas quelle lecture vous inspire ce commentaire sur l’arrogance et la condescendance mais il me semble au contraire qu’ici la majorité des gens parlent plutôt au conditionnel en évoquant des hypothèses et en citant des sources, ce qui dénote une certaine retenue et une non de l’arrogance dans ce qui n’est que la recherche d’une meilleure compréhension de l’évolution de cette pandémie.

      Bonne partie de pêche avec Hervé et la bise à Blachier.

      • Bertrand dit :

        @Lithium
        « Je me souviens qu’au lycée, ce ne sont pas les forts en maths qui ont fait médecine. »
        Quelques remarques désobligeantes à l’encontre de G. Rozier sur les fils précédents.

        etc, etc.

        Je ne remets pas en cause la qualité des analyses, bien au contraire, mais cette façon, depuis un gros mois, de présenter tout ce qui ne colle pas à la « prévision » des Gaussiennes d’être le produit d’un abruti.

        • Daniel Le Breton dit :

          Un peu too much Bertrand, non? Le désaccord avec les prévisions officielles se remarque dans les chiffres publiés jour après jour, ce qui interroge en soi: l’information est disponible mais on ne s’en préoccupe pas apparemment. On verra bien si les gaussiennes se plantent, ce qui n’est pas exclu comme on dit souvent en ce moment. Mais voilà, pour l’instant elles tiennent la corde dans le dernier virage. Reste à voir ce qui va se passer dans la ligne droite. Les paris sont ouverts.

          • marion dit :

            sur 800 ou 1500, celui qui rentre en tête dans la dernière ligne droite à de fortes chances de l’emporter, c’est ce que j’ai appris et vécu aussi avec mes victoires et mes défaites. T’es devant t’es relaché, t’es derrière tu te crispes.

    • Daniel Le Breton dit :

      J’assume (comme d’autres) mon coup de gueule Bertrand. Si vous croisez Hervé V. dites lui que je suis aussi pêcheur à la mouche et au fait du fonctionnement et du design des cannes. Modestie à part cela fait 40 ans que je discute du sujet (moins ces derniers temps il est vrai) avec l’une des plus célèbres marques de cannes américaines (située dans le Colorado, comme ça il devinera de qui il s’agit). Et là ce sont les lois de Newton qui parlent.

      Décidément je digresse aujourd’hui.

  28. Pro-pro dit :

    Omicron a débarqué en Inde toute fin décembre dans une population vaccinée( 2 doses) à un peu moins de 65 %

    https://covid19tracker.in/
    https://www.worldometers.info/coronavirus/country/india/

    Affaire à suivre

  29. Lithium dit :

    @ Daniel Le Breton

    Pour revenir à vos gaussiennes, désormais célèbres 😉

    Je m’interroge sur plusieurs choses :

    1) leurs formes parfaites alors que lors des précédentes vagues, les courbes ont été asymétriques, avec des montées plus rapides que les descentes.
    Sur l’origine de ce phénomène je n’ai pas d’idée précise (la dispersion générationnelle et géographique ?) mais ne faudrait-il pas corriger les projections actuelles pour reproduire ce phénomène ?

    2) Actuellement nous ne sommes pas face à un seul variant mais cette fois face à 2, qui plus est avec l’arrivée d’Omicron au pic de Delta, situation inédite.
    Vous cumulez 2 gaussiennes parfaites pour retrouver l’évolution du nombre de cas. Cela semble très bien fonctionner sur le décollage d’Omicron et je suppose que vous ajustez vos paramètres pour cela.
    S ces 2 gaussiennes (celle de Delta et celle d’Omicron) parfaites représentent la réalité cela voudrait dire que les 2 variants évoluent indépendamment, sans aucune interaction or les 2 variants sont en compétition et Omicron est voué à supplanter Delta.
    Dans les apparitions précédentes d’un nouveau variant, on observe la courbe en S bien représentée par JCD.
    Cette courbe en S, dans laquelle Omicron supplante Delta tendrait à écraser et raccourcir la descente du pic de cas de Delta et un peu freiner la montée du pic de cas Omicron, qui n’a pas le champ libre.

    En gros il faudrait modifier les gaussiennes en intégrant la courbe en S de JCD pour tenir compte de la concurrence Delta/Omicron (mathématiquement : bon courage !)

    Il serait surprenant, mais pas impossible, que l’arrivée d’Omicron efface l’aspect trainant attendu du pic de Delta s’il avait été seul, lui donnant ainsi un aspect de gaussienne quasi parfaite.
    Par contre le pic d’Omicron aura certainement un aspect trainant donc une gaussienne asymétrique (désolé pour les mathématiciens puristes d’utiliser le terme de gaussienne pour ce qui n’en est plus une).

    J’espère que mes hypothèses évoquées sont intelligibles, ça serait plus simple avec quelques graphiques mais c’est impossible dans les commentaires.

    • Daniel Le Breton dit :

      @ Lithium

      Point 1)
      L’hypothèse géographique me parle, une épidémie ne démarre pas en même temps en tout point du territoire et j’y inclus la densité de population. Cas typique : la vague delta en UK, on pouvait suivre l’évolution sur une carte du Royaume Uni et voir les grands foyers se disperser au fur et à mesure.
      J’ai déjà fait une simulation avec des lois Log normales et c’est mieux en général, mais je suis surtout à la recherche des pics. Je pense pouvoir faire l’effort d’appliquer les Log normales (asymétriques) aux cas répertoriés français le moment venu même si c’est un peu long.

      Point 2)
      Oui la situation est idéalisée comme vous le décrivez, deux gaussiennes indépendantes sans phénomène d’interaction. Ca n’empêche pas de tracer la courbe en S (comme JCD) et de se comparer à une mesure, si tant est qu’on puisse en avoir une en laquelle on ait confiance, cela représente une proportion donc c’est sujet à incertitude. En fait je regarde si ça fait du sens et comment la part d’omicron se compare à celle évaluée par les séquençages, c’est moins sujet à incertitude que pour le delta, une fois passé la barre des 50%. Si j’utilise des Log normales je vais voir un effet sur la courbe en S, c’est sûr. Ca aidera à se faire une opinion sur les asymétries respectives.
      Ce qui tend à effacer l’asymétrie pour delta, c’est la troisième dose. C’est bien la première fois que j’ai dû rectifier des gaussiennes (pour les paramètres hospitaliers) pour accélérer leur descente et mieux suivre les observations. Il n’est pas impossible que la vague delta soit plus symétrique que la vague omicron de ce fait. En général, il faut attendre le milieu de la descente pour voir l’asymétrie se manifester.
      Même avec une description plus peaufinée (chiadée pour les ex prépa) améliore la comparaison avec la réalité, il n’en demeure pas moins que ce qui se dessine c’est une domination de delta à l’hôpital, surtout vers la fin. Il aura probablement disparu des contaminations avant omicron mais sera le dernier à sortir de l’hôpital. Ca reste à prouver avec les vraies observations.

      • Lithium dit :

        @ DLB

        Merci pour votre réponse.
        En effet le taux de vaccination et plus généralement l’immunité, en incluant celle conférée par contamination, est aussi un paramètre non constant et difficile à modéliser, d’une part augmentation de l’immunité grâce à la vaccination et les infections, d’une autre part érosion de l’efficacité de cette immunité dans le temps.

        L’épidémiologie, vu qu’elle traite de l’humain et donc de trop de variables difficilement mesurables et modélisables, est forcément imparfaite. Les connaissances mathématiques y sont primordiales mais les critiques constructives des médecins me semblent plus indéniable pour affiner les hypothèses, lorsqu’elles sont formulées avec courtoisies.
        Espérons que mathématiciens et médecins se réconcilient, par exemple autour d’une partie de pèche à la mouche 😉

        • Phand dit :

          L.épidémiologie est avant tout une question de méthodologie pour justement prendre en compte les biais très nombreux à prendre en compte dans les études observation elles.
          Les épidémiologistes proviennent de différentes formations dont des médecins et ils travaillent avec des statisticiens.

  30. Frédéric dit :

    @ DLB
    « Je me souviens qu’au lycée, ce ne sont pas les forts en maths qui ont fait médecine »

    On doit être de la même génération, ceux qui partaient faire médecine après le bac étaient ceux qu’on n’acceptait pas en Math Sup (sauf exceptions). Les médecins forts de leur x années d’études n’apprennent pas plus l’humilité que les énarques. Y a qu’à voir la combinaison actuelle…..

    Et pourtant les médecins que j’apprécie le plus actuellement sont les vieux !

    Les chercheurs sont nettement moins affirmatifs et ne sont pas vexés par la critique, eux.

    • Daniel Le Breton dit :

      J’apprécie tout particulièrement mon cardiologue Frédéric, un puits de science.

      Coté chercheurs mon expérience me dit que les américains (chacun son tour) sont particulièrement vexés si vous pointez le doigt sur leurs erreurs (caractéristique qui révèle l’humanité). Je ne sais pas si c’est le cas des français 🙂

      • Piotr dit :

        Je pense (et c’est enfoncer une porte ouverte) qu’il y a de gros problèmes avec la formation des médecins en France. Trop d’homogénéité sociale, et effectivement un problème avec l’apprentissage des maths. Quand on voit ce que les derniers ministres de la santé ont pu balancer comme erreurs de raisonnement ou de calcul, ça fait peur. Et on ne peut pas tout mettre sur le compte de la raison d’État ou du calcul politique.

        Cela n’empêche pas qu’il y ait, comme partout, des gens très biens et des gens très forts, voire les deux en même temps (ça va assez bien ensemble). Mon sentiment est que les rares outsiders sont souvent dégoûtés par le groupe dans les facs de médecine et développent des stratégies d’évitement. Par exemple, ils deviennent médecins remplaçants, ou alors ils partent travailler à l’hôpital par esprit de dévouement.

        Il y a un autre problème qui est latent dans nos conversations, c’est la statut de l’épidémiologie et en particulier de la modélisation. J’ai l’impression que c’est une branche jeune de la médecine et qu’elle a un problème de légitimité. Outre les problèmes épistémologiques (est-ce que la vérité est une gaussienne, ce que je vois au microscope ou le patient qui arrive dans mon cabinet ? ), on peut comprendre que les virologues voient d’un mauvais oeil les productions de leur collègues épidémiologistes, avec des critères de vérité qui sont quand même très singuliers.

        Pour tout compliquer, il faut noter que certains jeunes épidémiologistes sont des matheux qui étaient plus ou moins en échec et on fait une carrière fulgurante car ils ont eu la chance ou le flair de se réorienter à temps. Ce serait beaucoup plus vertueux de donner des situations correctes aux meilleurs mathématiciens (qui en plus ne sont pas très exigeants) et de leur proposer de travailler à mi-temps sur des thématiques plus appliquées. Stratégie qui a fait ses preuves au 20ème siècle…

        • Daniel Le Breton dit :

          C’est moins un problème de médecine que de calcul. Le super modèle c’est génial à condition d’avoir été validé sur le terrain, et c’est là que se trouve la très grande difficulté. Je n’ai trouvé aucun exemple récent dans la littérature et pour cause, il y a un problème d’hypothèse fondamentale (et non démontrée même si elle est de bon sens) à remettre en question. C’est pour cela qu’on voit systématiquement des balayages du paramètre concerné (Ro). Il est plus facile de s’appuyer sur des observations pour les projeter un petit peu vers le futur. Et dans ce cas le cerveau compte autant que ce qu’on nomme à mauvais escient l’intelligence artificielle.

    • Fred dit :

      Depuis la pandémie j’ai appris que pour discréditer un médecin il suffisait d’en mettre un autre d’un avis contraire en face.
      Des notoriété déjà écornées ont pris une belle calotte depuis 2 ans, on est jamais mieux servi que par soi-même.

  31. Daniel Le Breton dit :

    @ Lithium

    Ca y est, j’ai une version asymétrique et ca colle aux épisodes précédents (alpha et delta estival) de manière remarquable. La ou je vais passer du temps, c’est pour régler en même temps delta hivernal et omicron. Je me sers de la courbe officielle du % omicron pour me guider mais disons que j’ai 2×2 paramètres difficiles à régler. J’ai commencé à tourner autour du pot, il va falloir que j’y aille avec méthode pour que tout s’aligne. Patience et longueur de temps…

  32. Piotr dit :

    Baisse du nombre de cas (quotidiens, en moyenne hebdomadaire) confirmée pour la troisième journée de suite au Royaume-Uni. Le pic au 2 janvier est très probable désormais. Le pic des hospitalisations devrait suivre assez vite. La courbe des hospitalisés sous ventilation ne bouge toujours pas.

    Reste à attendre le pic des cas en France. C’est une question de jours…

  33. Daniel Le Breton dit :

    Désolé d’accaparer les commentaires ce soir, mais au Royaume Uni les cas répertoriés sont dans la descente, les réa sont en « plateau », mais les décès explosent et ça ne ressemble pas à du rattrapage. Une explication?

  34. Piotr dit :

    Au fait, le pic des cas sur par la population est proche au Danemark et au Royaume-Uni. Je ne pense pas qu’on s’en éloignera beaucoup en France.

    • Piotr dit :

      Les morts quotidiens comptés par date de décès ont augmenté entre noël et le jour de l’an (de 110 à 140) : ça n’est pas si éloigné de ce qu’on constate en France ces jours-ci, et ramené aux variations qu’ils ont connues depuis l’été dernier, on reste dans la norme. Il y a peut-être des explications subtiles. La NHS a l’air d’être sur la corde raide depuis quelques mois.

    • Daniel Le Breton dit :

      Ca s’annonce à 183 000 pour le cas du RU, et on en est à 50 000 de mieux pour l’instant, soit 27% de plus quand même.

  35. Lithium dit :

    @ DLB

    Félicitation pour votre persévérance et courage dans votre quête de la courbe la plus proche possible de la réalité.
    Défi ultime : y intégrer l’effet de l’immunité (sur la propagation et sur les hospitalisations), en l’estimant à partir des diverses sources (nombre de vaccinations 1, 2 ou 3 doses, et les personnes contaminées guéries) et en introduisant une « usure temporelle » de cette immunité.
    Malheureusement beaucoup de ces données et paramètres me semblent insuffisamment connus. A voir si une version sommaire de cette « immunité théorique » peut améliorer la précision des prédictions.

    • marion dit :

      tout à fait, il serait interessant de connaitre le chiffre de non vaccinés contaminés à un moment ou un autre afin de connaitre le nombre exact de non immunisés. Seul la CNAM peut et doit connaitre ce chiffre car chacun est connu, par son numéro de S.S en tant que vaccinés et/ou cas positif, c’est du recoupement de données

    • Daniel Le Breton dit :

      @ Lithium

      Attention à un détail important. je n’utilise pas un modèle en tant que tel mais une simulation qui se doit de ressembler le plus possible aux observations pour se permettre une projection à 2 ou 3 semaines. Il ne s’agit pas d’une prédiction et je ne peux en aucun cas intégrer une contrainte comme le profil d’immunité. Si l’allure des observations change je dois réadapter la courbe de simulation. Ajouter la simulation du taux de pénétration d’omicron est une contrainte qui va être difficile à respecter du fait de la nécessité d’adapter deux types d’observations en même temps, « à la main ».

      Comme discuté auparavant à propos de la rentrée scolaire, les cibles deviennent optimistes ce qui montre un certain changement peut-être dû à ladite rentrée. La gaussienne est à 241 000 maxi en moyenne le 6/01 et on est à 232 000 pour le 5/01. Les chances pour que le pic se décale un peu ne sont pas nulles, on verra lundi soir où en sont les chiffres.

  36. David dit :

    Bonjour,

    Première visite ici… Si quelqu’un a traité le sujet désolé de la pollution.

    TITRE: Pourquoi les modèles mathématiques utilisés en épidémiologiques sont qualifiés de « foireux » ou de « pas plus fiables que l’astrologie »

    En effet, la quasi totalité des modèles mathématiques utilisés en épidémiologie sont basés sur un modèle dit « SIR » (S: S = Sains, I = Infectés et R = Retirés (guéris, morts)) développé en 1927. Ce modèle consiste en un système de trois équations différentielles non-linéaires qui modélisent les flux de Sains -> Infectés -> Retirés. A l’époque les auteurs ont simplifié le système pour avoir une solution analytique pour obtenir la grandeur I (infectés) car à cette époque ils ne disposaient pas d’ordinateurs. D. Madore et F-X. MArtin (cf. réf.) disent que ce « caillou dans la chaussure » du modèle SIR persiste dans la quasi-totalité des modèles mathématiques actuels.

    La solution analytique proposée par les auteurs de 1927 était une approximation qu’ils qualifiaient eux-même de cas particulier. D. Madore et F-X. MArtin propose un modèle SIR dit « corrigé ». Sans entrer dans les détails, il « corrige » le fait que les infectés « doivent » restés un temps noté D (délai de guérison) dans le réservoir des infectés (I). Ce qui veut dire que si l’on regarde les variations des compartiments à un instant t, ceux qui passent du compartiment S (Sains) à I (infectés) sont ceux qui deviennent symptomatiques à l’instant t mais que ceux qui sortent de I vers R correspondent à une population entrée dans les infectés à t-D. En d’autres termes, en début d’épidémie, les infectés se « stockent » sans pouvoir « sortir » et donc « accélèrent » la contamination mais que « symétriquement » en fin d’épidémie ils « sortent tous en même temps ». Cette correction fait que la « montée » du nombre d’infectés est plus rapide mais que sa « descente », quasi symétrique, est aussi rapide et que le « pic » des contaminés est plus « haut » que le modèle SIR.

    Le modèle SIR corrigé par D. Madore et F-X. Martin donne une courbe des infectés dont l’allure se rapproche de celle d’une courbe de Gauss mais qui n’en n’est pas une car il n’y a pas de solution analytique au système d’équations. En conclusion, la simulation par une courbe de Gauss de l’allure de la courbe des infectés (I) est séduisante mais non descriptive d’un réel modèle d’où la difficulté de « coller » aux données. Le modèle SIR « corrigé » n’est qu’un modèle simple (simpliste?), la réalité est bien plus compliquée mais il décrit assez fidèlement l’allure des courbes des infectés observés.

    Références:
    David Madore:
    http://www.madore.org/~david/weblog/d.2021-03-20.2683.heterogeneous-sir.html#d.2021-03-20.2683

    François-Xavier Martin (trois articles):
    https://www.lajauneetlarouge.com/covid-19-une-modelisation-simple-utilisant-excel-accessible-aux-non-mathematiciens-et-pleine-denseignements/
    https://www.lajauneetlarouge.com/deuxieme-vague-covid-19-perspectives-2020-2021_modele_sir/
    https://www.lajauneetlarouge.com/covid-19-en-2021quelles-mesures-privilegier-pour-eviter-detre-submerges-en-mars-avril-par-larrivee-dune-3eme-vague-due-au-variant-anglais/

    • JCD dit :

      @David, j’ai lu avec très grand intérêt vos liens (notamment le premier). Merci.
      Mes Maths de prépas étant rouillées, je n’ai pas pu rentrer à 100% dans les démonstrations mais j’en comprends les grands principes.
      Pour ma part, je calcule le coeff de reproduction R(t) par la méthode de Wallinga exposée ici : https://cloudapps.france-bioinformatique.fr/covid19-rt2/ (à partir du nombre de cas, d’entrées en réanimation, entrées à l’hôpital… peu importe).
      Puis je projète le nombre de cas via la méthode de Euler-Lotka du pauvre à savoir excel (modèle discret, donc) et une loi Gamma sur la somme des cas N.
      En gros : N(t+1) = Somme sur i [N(t-i) * R(t-i) * Loi Gamma (i-t)].
      Je n’utilise donc plus vraiment le modèle SEIR (digression : relier les sorties de I aux entrées dS(t-D)/dt est une bonne idée si on utilise ce modèle. J’avais essayé en 2020 et faire cela permettait même d’avoir une bonne vue sur les différences des pics d’un jour sur l’autre si l’intervalle sériel est bien réglé).
      J’avais ajusté les paramètres de la loi gamma au début 2021 via excel pour faire coller le calcul de R via Wallinga à la projection des cas via loi Gamma (je trouve a peu près les mêmes coefficients que dans le lien cité plus haut 6,5 et 0,62).
      Ca colle donc plutôt avec le scénario de votre démonstration avec variance = 1 ce qui m’ouvre des perspectives intéressantes sur le règlage du modèle que je n’avais pas vues. (En gros, je fais évoluer R au grè des phénomènes prévisibles, à savoir la vaccination et le gain en immunité naturelle. Schématiquement, R(t+1) = R(t) * (1-V(t+1))/(1-V(t))) où V est l’immunité acquise. Mais pour l’instant, je modélise en m’inspirant des équations classique avec variance = 0.
      Quand j’aurai un peu de temps, je testerai avec une variance =1, ou plutôt intermédiaire entre 0 et 1 car la vaccination (donc variance 0) joue un rôle prépondérant.

      Question : avez vous aussi avancé sur le modèle où l’infectiosité serait aussi sujette à une distribution hétérogène (car c’est le cas avec la vaccination, les contacts sociaux etc…) ? C’est un terme que je néglige dans mes projections sur R(t) car il m’a semblé d’un ordre négligeable quand j’ai essayé de l’évaluer, au moins dans les phases épidémiques ‘pré-immunité collective’. (Sauf peut-être éventuellement au pic où on peut se servir de dI/dt = 0 pour établir la relation simple entre I et S).

    • Daniel Le Breton dit :

      @ David

      Merci pour tous ces articles intéressants qui vont m’aider à mieux analyser ce que je pressentais depuis le début de mes investigations sur le sujet, à la lecture des articles historiques du fondement des modèles épidémiologiques modernes. Il m’arrive de faire de la modélisation en matière de mécanique et là on ne joue pas avec des hypothèses mais avec des lois fondamentales, une chance si je puis dire. Stipuler que le Ro devait être une constante me paraissait hasardeux et infondé. Je ne connais pas de simulation de vague contre un jeu d’observations. On pourrait le faire pour la vague delta estivale puisqu’on a beaucoup d’informations à son sujet et qu’elle a le bonheur de ne pas interférer avec un autre variant, comme en ce moment. Dans le domaine de la mécanique on s’appuie aussi sur des observations qu’on épluche avec des moyens modernes (des logiciels trackers) pour les comparer à la théorie des modèles, qui ne peuvent pas contenir tous les aléas de la réalité, comme un vent variable par exemple.
      Je vous cite :
      « En conclusion, la simulation par une courbe de Gauss de l’allure de la courbe des infectés (I) est séduisante mais non descriptive d’un réel modèle d’où la difficulté de « coller » aux données. »

      C’est exact, et il ne peut pas en être autrement car elle n’est pas le fruit d’un modèle « mécanistique ». En d’autres termes il n’y a aucune prise en compte de la phénoménologie qui se trouve derrière. Ca simule la réalité, rien de plus et il faut de temps en temps réajuster les courbes pour que ça colle un peu mieux aux observations, et pour cela on se sert de la dérivée et parfois de l’intégrale de la courbe des observations. Dernièrement j’ai rajouté un autre critère (le coefficients de reproduction hebdomadaire) quand il devient très difficile de trouver le bon ajustement, mais ça ne fonctionne pas à tous les coups, il faut que les données utilisées présentent une tendance régulière.

      Pour faire simple c’est « quick, dirty and cheap » et c’est une approche d’ingénieur (old school) qui ne s’embarrasse pas de modèles du type boite noire pour analyser les choses. Ca me parait être complémentaire de l’approche de la modélisation pure et dure. J’ai fait plusieurs comparaisons avec les publications de Pasteur et de l’Inserm et il n’y a pas photo en matière de rapidité d’analyse. En se calant sur l’historique des données on trouve des projections disons raisonnables mais qu’il convient d’ajuster de temps en temps ce qui est faisable très rapidement. Donc ça devrait aider à la décision quand il y a urgence.

      Est-il si difficile que cela de coller aux données ? Pour pratiquer la chose, ça reste assez facile dans la grande majorité des cas. J’utilise la loi normale car l’ajustement est rapide. J’ai des versions en log normale qui collent mieux aux données, c’est indubitable, mais qui sont plus délicates à manier.

      J’avais l’habitude de suivre l’évolution de la grippe (données Sentinelles) pour mon compte personnel (prudence sanitaire). En 2020 j’ai remarqué que pour une fois, la courbe des données avait une vraie tête de gaussienne. Je l’ai donc utilisée pour analyser les premières données de l’épidémie et avec deux semaines d’avance, je ne me suis pas trompé de beaucoup sur le pic de la vague (4 jours). Après j’ai pu voir que c’était plutôt une loi log normale qui décrivait cette première vague, des blogueurs me l’avait fait remarquer. Donc aujourd’hui je repasse en log normale une fois le pic approché de près et seulement pour quelques critères qui sont le plus affectés par l’asymétrie et les plus critiques. Car en effet, tout y passe : les cas répertoriés, les entrées et les séjours à l’hôpital, les décès, le taux d’incidence, de positivité, etc. Apparemment, en matière épidémiologique, on peut tout analyser rapidement avec des courbes statistiques.

      PS : j’attends voir un modèle de type SIR recoller précisément à une vague passée (comme la vague delta estivale de 2021 par exemple), je crains que la difficulté de coller aux données ne soit universelle (c’est aussi vrai en mécanique).

  37. PhD dit :

    Bonjour à tous

    Question pour les matheux :

    « TousAntiCovid » vient de publier ses chiffres de cas selon les différents statuts vaccinaux en date du 26 décembre.
    Si on les compare à ceux de la semaine précédente où la proportion de variants Omicron était moins importante, on trouve des résultats très différents en terme de risques, notamment le rapport non vaccinés/vaccinés en réanimation (40,20 le 26 décembre contre 17,47 le 19), et les tests positifs (6,77 le 26 décembre, contre 11,04 le 19).

    Ces variations à une semaine d’écart en plein essor du variant Omicron qui vont dans 2 sens différents dans un contexte de forte augmentation du nombre de tests pratiqués avec des variations en valeur absolue assez faibles sont-elles significatives ?

    Peut on en tirer des conclusions sur l’effet de la dose de rappel sur la transmission et sur la prévention des formes graves du variant Omicron ?

  38. marion dit :

    curieux ce qui se passe en guadeloupe, 100 ¨% d’omicron (variants qui ne provoque que peu de formes graves), les chiffres monteraient en réa rapidement (je les trouve pas depuis le 3 janvier avec 3 patients en réa et on serait à 23) avec en prime un passage du couvre feu de 22 à 20 h. La guadeloupe a une population devant être fortement immunisée depuis cet été, je pourrais presque penser que c’est une forme de punition de refuser la vaccination. En métropole dans ces conditions, on devrait être tous enfermés depuis 8 semaines

    • ffrancis dit :

      Je ne sais pas vraiment ce qui se passe en Guadeloupe mais je n’aimerais pas être à la place du préfet.
      Les cas de réanimation augmentent, 7 hier et 9 ce soir pour covid mais déjà 28 lits occupés en réa toutes causes hier sur 27 théoriques.
      La vague est arrivée un peu plus tard que pour nous mais il va être difficile d’appeler la métropole en renfort cette fois ci.
      Le taux de vaccination étant plus faible, le risque d’un pourcentage plus important de personnes hospitalisées est à prendre en compte.
      Les personnels sont épuisés et un nombre non négligeable refuse toujours la vaccination.
      Laisser aller, c’est prendre le risque de se faire déborder, imposer un couvre feu, c’est passer pour un père fouettard à la solde du gouvernement et la limite entre les 2 est infime.
      Quelque soit la décision, il se fera taper sur les doigts

  39. Daniel Le Breton dit :

    Constats à propos de la simulation pour Paris :
    • Pic de cas en toute fin d’année (30 ou 31 déc), mais les données ne sont plus disponibles, y compris pour les parts relatives des variants.
    • Pics des hospitalisations les 10/11 janvier soit une douzaine de jours plus tard.
    • 1260 hospitalisés au pic.
    • 215 en soins intensifs au pic (environ 75% des lits).

    Constats à propos de la simulation pour la situation nationale :
    • L’introduction de l’asymétrie a été faite en choisissant un compromis assurant en priorité les observations et leurs variations, tout en collant le plus possible à la progression d’omicron telle que donnée par les sites gouvernementaux. Cette priorité se justifie par la précision respective des données (un ratio est plus affecté par les incertitudes de mesure). A ce jour le retour sous les 10 000 cas s’annonce pour fin janvier / début février (en espérant qu’on ne casse pas le thermomètre d’ici là).
    • La date du pic peut varier de quelques jours du fait de l’asymétrie. Plus la vague delta tarde à descendre plus le pic recule. C’est probablement la cause principale du positionnement du pic, plus que la rentrée scolaire. Si on cherche à coller à la courbe des pourcentages d’omicron alors on perd en précision sur les observations et le pic se décale de plusieurs jours.
    • Pour les courbes hospitalières on note un léger décollement dans le cas des entrées en soins intensifs ce qui oblige à corriger la simulation dont l’allure se rapproche maintenant de celle des entrées à l’hôpital. Le maximum du pic journalier devrait se produire en début de semaine prochaine avec un chiffre de l’ordre de 500 personnes (3 000 pour les entrées à l’hôpital).
    • Les pics des chiffres (moyenne hebdomadaire) se trouvent toujours respectivement dans la zone des 23 000 personnes dont 4 000 en soins intensifs, juste après mi janvier. La simulation par une courbe en loi log normale va être utilisée pour les soins intensifs de manière à essayer de mieux appréhender le déroulement de la présence des variants à l’hôpital. Selon les dernières informations on va bientôt bénéficier d’estimations de la présence respective des variants à l’hôpital ce qui aidera à se faire une idée du déroulement des évènements.

    • Lithium dit :

      @ DLB

      Merci pour ces précisions.
      Si tout cela se confirme, ça reste relativement rassurant.
      Les hôpitaux vont être soumis à une très forte pression mais pas submergés.

      D’après mes petits calculs (simple moyenne des cas centrée sur 7 jours) R eff ne diminue plus mais au contraire remonte depuis le 04 janvier en France, entre 1.3 et 1.4
      Le R eff anglais serait inférieur à 1 depuis le 06 janvier.

  40. Bertrand dit :

    @marion

    Refus de vaccination aux Guadeloupéens !??? C’est quoi cette histoire ?
    https://www.guadeloupe.ars.sante.fr/covid-19-l-campagne-de-vaccination

    Au 5 janvier
    Delta 45.1 %
    Omicron 54,5 %

  41. NicoM dit :

    Bonjour à tous,

    Cela faisait plusieurs mois que j’étais circonspect quand aux données concernant les cas sur covidtracker. Parfois un record était battu mais ça donnait bizarrement une courbe qui s’aplatissait et ça suscitait mon étonnement. Mais je n’ai jamais creusé davantage.

    La la présentation a changé et cela met en lumière la bizarrerie.

    Selon covidtracker, il y a donc 11 208 197 cas positifs au 08/01/2022 et 223 207 cas en moyenne ces 7 derniers jours.
    Selon mes données, j’ai 11 815 121 cas positifs au 08/01 et 231 885 cas en moyenne 7 jours.

    Des chiffres provenant à chaque fois de Santé Publique France !

    Quels sont les bons chiffres ? Comment expliquer l’écart ? Quels sont vos chiffres à vous ?

  42. marion dit :

    ca y est j’ai le chiffre pour la guadeloupe, aucun impact hospitalier, sur 29 patients en réa, 3 le sont pour covid. On frole la décision autoritaire, non d’ailleurs, on est en plein dedans

  43. JCD dit :

    @NicoM, les chiffres sont bloqués au 5 Janvier sur CovidTracker (comme sur l’ancien tableau de bord SPF d’ailleurs) d’où l’écart. Sans doute un problème technique.

    • NicoM dit :

      @JCD

      Ça me paraît bizarre, d’une part il est bien indiqué « Dernière donnée : 08 / 01 / 2022 • Source : Santé publique France » et d’autre part je n’avais pas ces données là le 5 janvier non plus !

    • Daniel Le Breton dit :

      @ JCD

      J’ai du mal à croire qu’on puisse disposer de résultats nationaux tous les soirs sans connaitre les résultats départementaux qui permettent d’élaborer ces chiffres. On se retrouve deux ans en arrière quand ces mêmes résultats départementaux ont cessé de paraître en avril. Je fais confiance aux fonctionnaires de SPF mais pas aux conseillers politiques qui organisent la rétention d’information à toutes fins utiles. Je n’appellerai pas ça un problème technique. La seule façon de prouver le contraire est de publier tous les chiffres, c’est un dû aux citoyens qui payent des impôts pour cela.

      • Jean-Loup dit :

        SPF a toujours précisé que l’indicateur fiable est celui de la date de prélèvement J -3.

        Noir sur blanc dans #tousanticovid depuis des mois…

        Vous avez téléchargé le csv ou non ? Les cas rapportés y sont jusqu’au 8.

        • JCD dit :

          @NicoM, je regarde sur l’onglet COVID Explorer, cas positifs, et la dernière remontée est au 5/1
          @Daniel, comme d’autres sites ont l’info (ex : https://www.worldometers.info/coronavirus/country/france ) ou bien le csv mentionné par Jean-Loup, ça plaide plutôt pour le retour du stagiaire que pour de la rétention d’infos !

        • NicoM dit :

          @Jean-Loup

          Ça y est je viens de télécharger le fichier et je vous confirme n’avoir AUCUN écart entre mes chiffres et ceux, officiels, de ce tableau.

          On est bien à 12 111 218 cas au 09/01, 10 921 757 le 5 etc. dans mes données perso comme dans les données SPF.

          D’où vient donc le
           » 11 517 085 Cas positifs (total)
          Nombre total de cas positifs depuis le printemps 2020.
          Dernière donnée : 09 / 01 / 2022 • Source : Santé publique France »

          Indiqué sur https://covidtracker.fr/france/ ????

          Et je n’utilise pas « tousanticovid » et ne l’utiliserai que sous la contrainte. Mon pass dit sanitaire est sur mon tel sous forme de PDF. C’est déjà bien trop.

          • Jean-Loup dit :

            @NicoM

            Juste pour info (vous êtes libre), #tousanticovid ne trace pas. Les données Bluetooth de proximité avec un autre smartphone sont stockées sur le votre 14 jrs, effaçables à tout moment, et transférables au serveur uniquement lorsque vous vous déclarez positif.

            En allant dans « Paramètres », sont effaçables : certificats (test, vaccination) ; attestations ; cahier de rappel des lieux disposant d’un QR code à flasher ; données du serveur, vous désinscrire totalement.

            Objectivement, plus de 40 M d’installations complètes pour 1.7 M de notifications « cas contact » en 1.5 an. Autant dire que « personne » ne clique sur Activer avant ses sorties… L’utilisation principale est la consultation des chiffres (comme ici), et la réception d’infos.
            ——————–
            Concernant Covidtracker, le J-3 était juste encore hier en faisant la somme de la colonne « pos » (P) du CSV. Ça ne colle effectivement plus avec les 281150 du 06\06 ajoutés hier soir.

            Il y a tout autant des bizarreries sur Géodes où le cumul de toutes les tranches d’âge est systématiquement inférieur à la sélection « tous les âges ».

      • Fred dit :

        Je ne crois moi pas non plus au hasard.
        La période aussi longue sans remontée ce n’est pas un bug.

      • Gene dit :

        On est bien d’accord. Comme publier le nombre d’effets secondaires du vaccin et les hospitalisés suite à pb de vaccination. Mon frère à occupé les services soins intensifs d’un hopital apres un infarctus suite à la 3eme dose..
        Et qq chose que l’on ne peut pas comptabiliser c’est les personnes totalement asymptomatiques.

  44. Joe dit :

    Bonjour et meilleurs aux animarteurs et contributeurs de cet excellent blog. Merci à eux qui s’efforcent de donner des perspectives rationnelles.

    Je reviens sur une interrogation, pourquoi après 2 ans de pandémie, aucun traitement autre que la Doliprane n’est prescrit aux symptomatiques positifs et pourquoi ne prescrit on pas le suivi du taux d’oxygène?

    J’ai 2 personnes de ma famille ayant contracté le virus en ce début d’année, pas de traitement spécifique. A croire que leurs médecins croisent les doigts ou suivent les consignes du ministère en se basant sur les statistiques d’hospitalisation.

    Merci

    • Jul dit :

      Personnellement mon médecin ma fait acheter un oximetre pour suivre ma saturation et étant donné mes symptômes (suite à une infection au Delta) m’a prescrit un traitement..

      • PhD dit :

        Bonjour Joe et Jul

        S’agissait-il de formes graves ou existait-il des facteurs de comorbidité ?

        De quel traitements spécifiques parlez-vous ?

        Quel traitement votre médecin vous a-t-il prescrit ?

  45. Guillaume dit :

    @Jul
    L’oximetre est en effet une excellente idée et je ne comprend pas pourquoi on en parle pas plus, car il permet à peu de frais d’anticiper les symptômes d’une chute de la saturation en O2

    • Eric87 dit :

      Mon beaupère a eu la Covid en février dernier. Je lui avais prété un oxymétre que j’avais. Quand la saturation affichait 90-91% , Les services d’urgences lui ont dit que s’il ne souffrait pas de géne respiratoire, c’est que l’appareil ne devait pas fonctionner ), il a fallu qu’elle atteigne 3 jours plus tard, un taux de 72% et qu’il étouffe vraiment pour qu’ils se déplacent. Je reste persuadé que pris plus sérieusement à temps mon beau père aurait évité quelques semaines d’hospitalisation dont plus de 2 semaines en réanimation.
      Bon en même temps, il habite dans un désert médical (si on a pas de médecin traitant, on peut faire 50kms pour en trouver un), ce qui explique peut-être ces défaillances.

      • Guillaume dit :

        @Eric87
        Cette histoire est révoltante … je ne comprend pas comment un pays comme la France peut en arriver là …
        Bon faut que je me calme 🙂

      • Ga dit :

        Il est préconisé un oxymètre pour les personnes à risque de forme grave (a fortiori s’ils ne sont pas vaccinés) pour une auto mesure, ou si les personnes sont dans l’incapacité de la faire de façon fiable, un passage infirmier pour cette surveillance notamment entre J6 et J12 ( période d’aggravation). En pratique : les déserts médicaux et paramédicaux, les libéraux débordés, bref un manque de coordination des soins pour les personnes fragiles.
        Le système de santé français est à l’agonie, et, comme pour le réchauffement climatique, malgré les sonnettes d’alarme tirées depuis des décennies, on le constate trop tard. (Et on ne bouge pas le petit doigt. Enfin si, la dernière phalange, pour dire qu’on a fait quelque chose)
        Donc oui l’oxymètre, bien sûr. Et si vous ne trouvez pas de médecin généraliste pour vous le prescrire c’est en vente libre. Sur le net également. Et oui, c’est un bon investissement.

  46. Cromorne dit :

    Savez-vous s’il est possible d’être infecté par les deux virus Delta et Omicron, non pas à quelques mois d’écart, mais en même temps?

    • marion dit :

      en fait à chypre , ce n’est pas une infection aux deux variants mais ce serait une combinaison des 2. Le ministre de la santé chypriote avait l’air ravi que son pays soit au centre d’une telle découverte. Ces politiques sont définitivement cons car si c’est un recombinant associant l’ hypercontagiosité et la virulence, ce serait une nouvelle de m….Bon il faut espérer que la contagiosité du seul omicron soit supérieur à ce « deltacron »

  47. Daniel Le Breton dit :

    Mauvaise blague d’omicron, c’est comme si on redémarrait pour un nouveau sommet. La tendance baissière s’est fortement inversée. Les simulations des cas répertoriés prennent l’eau car ce genre de phénomène n’est pas prévisible ni vraiment simulable.

    Maintenant on peut phosphorer sur la cause: la rentrée? Omicron qui conquiert un nouveau territoire contre delta?
    Ca ne va pas passer inaperçu à l’hôpital hélas, un rebond est à prévoir dans une douzaine de jours.

    • Phand dit :

      Au regard du nombre de tests et l’allongement du rendu du résultat, les nombres de cas par date de remontée contiennent des résultats appartenant à 2 ou 3 jours. Et les nombres par date de prélèvement seront donc différents mais plus représentatif de l’évolution de la circulation du virus.

    • marion dit :

      peut être « comme si on redémarrait » mais est ce totalement sur ou bien liée aux plus de 9 millions de tests de la semaine dernière, mon impression reste quand même que le gvt cherche à ce que ce chiffre de contaminés reste le plus haut possible (nouveaux centres de prélévements à venir). Au vu des chiffres anglais et danois, je serais surpris que l’impact hospitalier soit trés important.
      On verra bien

    • jean-dominique dit :

      Sur le nombre de cas quotidien et surtout le taux de positivité, la tendance me paraît pourtant régulière, pointant toujours vers un pic ou plutôt un plateau aux alentours du 15 ou du 17 janvier. La forme de « cloche » est déjà bien visible sur la positivité. Aujourd’hui nous avons le biais du 1er janvier qui réduit la visibilité, plus la disparition des données départementales. Je serais curieux de savoir si le 75 monte encore, je n’en suis pas certain au vu des données de l’IDF.

    • Piotr dit :

      Bonsoir Daniel,

      Si vous utilisez les cas par date de prélèvement (disponibles sur la page d’accueil de covidtracker), le pic semble être imminent. Comme l’écrivent d’autres contributeurs, la machine de tests est probablement très saturée et les résultats mettent du temps à remonter.

  48. Joe dit :

    Merci Jul et Éric 87 pour avoir réagi à ma question.
    Je poursuis sur le même thème, pour les contamines au Danemark ou en UK ou en Allemagne ou dans un autre pays, serait-possible d’avoir la comparaison des traitements préconisés par l’autorité de santé nationale ou les médecins sur le traitement et prescriptions après détection du Covid?

    Merci

  49. jsp dit :

    Concernant Deltacron à Chypre , cela pourrait être une coinfection ou une contamination des échantillons
    https://cyprus-mail.com/2022/01/09/coronavirus-cyprus-deltacron-could-just-be-contamination-imperial-college-virologist-says/

  50. Whynot dit :

    @Daniel Le Breton

    Il semblerait bien que les réponses, en tout cas ses différents éléments, soient inclus dans votre réponse. Ca me gonfle un peu en ce moment, selon certains « commenteurs » ici, on jurerait que la source d’explication est unique et que chaque nouvelle hypothèse réfute les précédentes… Le décalage des observations réelles par rapport à la simulation me semble être vraiment pluri-factorielle, et il me semble totalement aberrant dans l’état actuel des connaissances de ne serait-ce qu’essayer de pondérer l’un ou l’autre des facteurs en disant qu’il est la principale explication. La rétention de données, en tout cas je n’y crois pas une seule seconde. Pourquoi ? Non pas parce que j’ai une confiance aveugle en nos dirigeants et leurs conseillers, mais parce qu’il n’y a rien de scientifique là-dedans…

    Pour reprendre mon propos principal, voici une liste (non exhaustive) de ce qui pourrait selon contribuer à expliquer l’écart aux observations (l’ordre n’est pas lié à une éventuelle prévalence) :
    – testing massif depuis le début des vacances, et qui se prolonge -> effet : plus de cas en absolu, saturation « logistique » (et donc remontées chaotiques), troubles sur le taux de positivité
    – effet « fêtes de fin d’année » : beaucoup de tests, beaucoup de fêtes « sereines » en raison de résultats négatifs mais en rappelant que les tests antigéniques (auto ou en pharmacie) sont peu fiables pour les asymptomatiques, on peut facilement imaginer un contaminé asymptomatique qui refile le virus dans son cercle festif, amorçant de nouvelles chaînes de contamination une fois que le nouveau contaminé retrouve son cercle de diffusion habituel (sachant qu’il ne se teste plus, pour mamie ça va bien mais pour ses collègues de bureau faut pas déconner non plus)
    – « effet rentrée » : j’ai déjà exposé mon point de vue là-dessus. On peut ne pas être d’accord sur l’incidence de cet effet mais je reste persuadé que cela conduit au moins à une homogénéisation intergénérationnelle et géographique, ouvrant la porte à de nouvelles chaînes une fois la rentrée passée
    – hétérogénéité à l’échelle du pays de l’avancée de la compétition delta/omicron : certains territoires étaient au moment de Noel encore sur delta majoritaires, si la tendance s’inverse aujourd’hui ça provoque une forte remontée alors que ça commence tout juste à amorcer une baisse là où omicron est majoritaire depuis plus longtemps
    – vraisemblablement bien d’autres choses encore… liées à la vaccination, au comportement individuel, au ras-le-bol, à la défiance de plus en plus marquée d’une part de la population vis-à-vis d’omicron (c’est « juste un rhume » alors bon, je vais pas m’emmerder à continuer à porter le masque, déjà qu’avant je ne le portais pas vraiment….)

    Voilà pour ma dose de phosphorescence ^^

    • NicoM dit :

      @whynot

      Pour votre dernier argument je dirais plutôt « c’est juste un rhume, donc si je me teste et que je suis positif ça me fait une semaine de télétravail et en plus ça me prolonge mon pass sans faire la 3eme dose en espérant qu’un nouveau gouvernement soit moins vaccinobsédé ». Perso voilà ce que je pense. D’autres dans ce cas ?

      Au fait, à propos du masque j’ai pensé à vous en entendant ça sur France Inter : au Danemark, ils INTERDISENT aux profs de porter le masque en cours car ils considèrent que c’est nuisible aux apprentissages. Comme quoi, « vérité en deçà des Pyrénnées, erreur au delà »…

      • Whynot dit :

        @NicoM

        Peut-être que ce que vous dites viens pondérer mon dernier argument. Pondérer seulement, car je n’imagine pas que tous ceux qui voient en omicron la sortie de crise imminente et le sauveur de l’humanité soient tous aussi « filous » que ce que vous suggérez. Quoi qu’il en soit si ce phénomène existe et qu’il n’est pas qu’anecdotique, ça vient contribuer à l’argument 1 ^^

        Pour votre dernière phrase, je suis partagé sur cette consigne : c’est une évidence que le masque nuit aux apprentissages, je ne peux que le constater. En particulier pour les « petits » à l’école primaire, et dans les premières années de collège. En lycée c’est différent : ce n’est pas tant le prof qui porte le masque qui nuit aux apprentissages, mais le fait que les élèves le portent. Face à 35 ados, auxquels nous n’avons pas le temps matériel de nous intéresser individuellement, la posture du prof consiste notamment à détecter d’une façon ou d’une autre la proportion de « largués », et ça, bien sûr, ça passe par un balayage du regard de l’ensemble de la cohorte pour détecter les mimiques traduisant « j’ai rien compris ». Avec le masque, c’est devenu impossible…
        Il serait je trouve aberrant et contre-productif de dire que pour compenser, il faut que les élèves tombent le masque. Que le prof ne le porte pas, à la limite pourquoi pas dans un contexte très bien ventilé et une distance suffisante avec les apprenants (ce qui ne correspond pas à la réalité), mais à titre personnel je me sentirais mal de ne pas porter le masque alors que mes élèves le portent ! Comme depuis le début de la pandémie, on oppose des façons de faire mais ce sont bien de choix dont on parle, et comparer ces choix, on l’a vu, n’a pas trop de sens : bien malin celui qui peut dire que les choix faits par telle ou telle nation sont les meilleurs et un exemple à suivre !

        • fabien dit :

          @ NicoM

          je partage l’argument « c’est juste un rhume, donc si je me teste et que je suis positif ça me fait une semaine de télétravail et en plus ça me prolonge mon pass sans faire la 3eme dose en espérant qu’un nouveau gouvernement soit moins vaccinobsédé ». On s’est fait testé plusieurs fois, ces 3 dernières semaines suite à rhume, mal de gorge, température… en espérant être positifs.–> je pense que l’on n’est pas les seuls dans ce cas.

          Par contre, des vaccinés avec 3éme dose, malade (vomissent, rhume…) dans notre entourage, ne veulent pas se faire tester. Ils sont vaccinés, ils sont malades mais pas trop, et cela les fait chier de faire 2 heures de queue pour se faire tester et ne voit pas l’intérêt du test, puisque de tout façon, ils ont le pass valide, ont eu leur 3éme dose, et que même s’ils sont un peu malade que ce soit covid ou rhume/gastro : ils se soignent tous seuls (doliprane, smecta…) et n’ont pas envie d’être contraint (isolement, et refaire 1 ou 2 tests ) si le test se révèle positif.

          Voilà 2 exemples de comportement, qui expliquent peut-être les bais et écart observés. (les comportements vis à vis des tests ne sont pas homogène dans la population).

          De plus pour avoir était acs contact plusieurs fois, j’ai l’impression que le tracing des cas contacts a bien diminué depuis avril-mai 2021. En avril-mai 2021, reçu plusieurs appel téléphonique de l’assurance maladie et ARS, avec rappels des consignes. En Décembre 2021 : aucun appel reçu officiel. Juste était prévenu par la personne qui aurait pu me contaminé, et qui m’a dit avoir donné mon nom à l’assurance maladie comme cas contact. donc officiellement je pouvais me considérer comme non cas contact, puisque je n’ai pas été officiellement contacté.
          Je suppose qu’avec le trop grand nombre de cas contacts , ils ne sont pas suffisamment nombreux pour faire correctement le suivi.recensement des cas contacts ?

          • Whynot dit :

            @fabien

            Il semble évident que oui, plus les contaminations sont en grand nombre, plus la multiplication des cas contacts est importante, et le suivi difficile pour un nombre qui reste globalement constant de personnes qui doivent le réaliser.

            Le début de votre réponse, désolé mais ça me choque : on peut tout à fait s’émouvoir de la stratégie qui consiste à diaboliser les non-vaccinés en rejetant l’entière responsabilité de l’épidémie sur eux. Mais de la même manière, je suis également très réticent à rejeter l’entière responsabilité de l’épidémie sur les vaccinés…
            Beaucoup ici condamnent la condescendance de notre gouvernement vis-à-vis des non-vaccinés, arguant que ce ne sont pas les irresponsables que l’on nous vend. J’ai tendance bien sûr à donner raison à ceux-là.

            Mais par votre réponse, vous jouez le même jeu : vous faites preuve de condescendance envers les vaccinés, suggérant qu’ils sont tous irresponsables de se sentir à tort comme des surhommes et des surfemmes que le virus ne peut plus atteindre. Je suis convaincu que les irresponsables existent effectivement dans les deux « camps », mais de là à généraliser à toute la cohorte je trouve ça dommage, contre-productif et complètement jouant le jeu consistant à cliver la population selon son statut sanitaire…

            • NicoM dit :

              @whynot,

              Vos réponses semblent montrer que vous attribuez des considérations morales à des comportements humains légitimes après 2 ans de pandémie.

              Ce que dit Fabien n’a pas à être jugé moralement, il a juste raison sur le constat, j’avais pensé aux « pré-3eme dose », il a rajouté les « post-3eme dose » auxquels je n’avais pas pensé. Il n’a pas dit si c’était bien ou mal, il a juste dressé un constat.

              C’est un argument de plus contre les pass, parmi les 375 arguments contre que l’on peut trouver : les gens établissent leur stratégie de santé en fonction de ce big brother de poche et non pas en fonction de leur santé.

              Quand à l’exemple Danois concernant le masque, je n’ai pas dit si c’était bien ou mal, j’ai juste dit que ce qu’on nous présente comme une évidence ici n’est pas si évident en fait. Il n’y a pas de bon ou de mauvais choix, c’est juste la vision des choses qui change, sur quoi on met l’accent. Covid avant tout ou bien n’y a-t-il pas d’autres paramètres à prendre en compte dans une société ?

              Je vais vous donner une image : c’est comme en politique, on ne peut pas dire « tel candidat à raison, tel candidat à tort », c’est juste que selon votre vision des choses, de la société, vous allez vous sentir plus proche d’un candidat plutôt que d’un autre. La gestion covid, c’est pareil. C’est tellement large que ça sort du strict domaine médical, ça devient un sujet de société, et à partir de là selon votre vision de ce qu’il faut faire n’est pas la même que celle d’un autre, qui n’est pas plus ou moins vrai ou fausse, mais différente de la vôtre.

              La mienne est que les Danois ont parfaitement raison et ne sont pas tombé dans cette société de la peur ou le covid devient la seule boussole décisionnelle du pays. Personnellement, je n’ai pas plus peur d’attraper le covid que la grippe ou la gastro, c’est à dire que je n’ai pas peur du tout. De toute façon, je l’attraperai forcément un jour, alors à quoi bon stresser ? C’est ma vision, que je ne vous demande pas de partager, mais par pitié pas de jugement moral non plus.

              • Whynot dit :

                @NicoM

                Je ne vois vraiment pas où vous voyez de jugement moral dans ce que j’écris… Car là n’était pas l’intention ! Je condamne tout aussi bien ceux qui disent « c’est la faute aux vaccinés » que ceux qui disent « c’est la faute aux non-vaccinés ». Pour les mêmes raisons, d’ordre moral certes. En effet, je ne comprends même pas l’utilité de l’une ou l’autre des assertions, comme si trouver un bouc émissaire permettait de trouver la réponse à tous nos questionnements, ou une sortie à cette crise.

                De plus, je ne crois pas avoir eu la prétention de dire, maintenant ou plus tôt, ce que je juge « qu’il faut faire ». C’est un jugement donc par essence, biaisé et pas partagé. Comme je m’intéresse plutôt au factuel, j’essaie au maximum de laisser de côté mon opinion, en particulier dans ce genre de débat.

                Quant à votre exemple danois, il ne me semble avoir pas non plus avoir dit si l’une ou l’autre des visions était meilleure. Vous vous plaisez à montrer qu’il y a différentes stratégies, différentes opinions, or je m’attarde sur l’analyse objective de chacune de ces deux situations. Je ne crois pas avoir pris position non plus, et si vous l’avez perçu ainsi mettons cela sur le compte d’une mauvaise formulation de ma part ?

                Par ailleurs, et pour vous taquiner un peu, ne faites-vous pas vous-mêmes un jugement moral des propos que je tiens à travers cette réponse ?

                Je tiens de nouveau à affirmer haut et fort ici que ce qui me tient à coeur et qui me pousse encore à écrire, c’est un débat apaisé, objectif et constructif sur la situation qui nous concerne tous. Parfois ce débat nous amène à nous contredire les uns les autres, et à argumenter, c’est bien normal. Or bien souvent, lorsqu’on argumente, on va aller chercher ce qui paraît être un biais ou une erreur dans le raisonnement de l’autre. Ce n’est pas du jugement moral, c’est du débat !

                Je vais en profiter pour donner un nouvel argument appuyant mon hypothèse sur les « comportements individuels » formulée plus haut : l’an passé à la même époque, les épidémies de grippe et gastro étaient très marginales. Cette année, elles sont une vraie réalité. Si j’en conclus que cela signifierait peut-être qu’une part non négligeable de la population s’est totalement relâchée sur les gestes barrière, vous pouvez y voir un jugement moral. Or, ce n’est pas l’intention : j’essaie juste de corréler deux données plutôt factuelles.

            • fabien dit :

              @ whynot: désolé je me suis mal exprimé. Je ne voulais stigmatiser personne, ni suggérer que certains sont irresponsables par rapport à d’autres. Je fais juste part de comportements dont j’ai connaissance.

              • NicoM dit :

                @fabien,

                Non, vous vous êtes bien exprimé, c’est whynot qui a bondi ! Mais ne vous inquiétez pas, c’est quelqu’un de très intelligent, que j’apprécie beaucoup ici. Il va sans doute vous relire et mieux comprendre ce que vous vouliez dire.

              • Whynot dit :

                @fabien

                « Très intelligent » je ne sais pas, mais j’essaie en tout cas d’être le plus objectif possible… Et effectivement, en vous relisant ainsi qu’en voyant votre complément, je fais mon mea culpa : j’ai surinterprété votre propos.

                Ceci est le fruit d’une exaspération de voir que les débats n’en sont plus, tout n’est que confrontation aujourd’hui : pour ou contre le vaccin, pour ou contre le pass, pour ou contre le masque, pour ou contre les jauges, pour ou contre les tests massifs, et ça me gonfle, parce que ce n’est plus du tout constructif puisque la vérité se trouve à un point milieu entre l’une ou l’autre des positions tranchées.

                Mes excuses donc pour ma surréaction, l’expression de cette exaspération est tombée sur vous mais il ne s’agissait aucunement d’un jugement moral ^^

              • NicoM dit :

                @whynot

                Je vais répondre à plusieurs de vos posts en un, en synthétisant parce qu’on ne va pas trop saturer le fil…

                Si si vous l’êtes (intelligent), nous ne sommes souvent pas sur le même point de vue de départ, mais nous réussissons à nous entendre, c’est pour moi une preuve d’intelligence. Je vous respecte beaucoup pour cela.

                Concernant l’énervement, nous en sommes tous victimes, moi le premier, je passe sans doute trop de temps ici, je pense que les conséquences psychologiques de cette crise on les trouve ici… La situation n’est facile pour personne, et quand en plus on a un Président qui participe au clivage de la population dans un but électoral, c’est indigne, c’est du populisme, c’est du trumpisme que ce Président dénonçait auparavant… Bref, il est très dur de rester pondéré, mais c’est ce qu’arrivent à faire 99% des gens ici, en dehors d’un pêcheur 😉 c’est génial !

                Concernant le retour des autres virus, hypothèse N°2 (ce qui ne signifie pas que la vôtre est fausse, hein !) : à force de ne pas côtoyer ces virus à cause des gestes barrières, une plus faible charge virale suffit à nous infecter, ce qui fait que l’on a juste repoussé le problème. J’avoue croire assez à cette théorie que j’aimerais confronter à des études précises… Il me semble que si on passait 3 jours au sein d’un peuple Amazonien, on serait malades comme des chiens alors qu’eux se porteraient comme des charmes…

        • marion dit :

          dans cette phase de l’épidémie, je pense que nous sommes acteurs mais aussi objets.
          Acteurs car nos comportements sont evidemment les principaux facteurs de la vague épidémique et objets car , nous sommes les « cas » sur lesquels s’appuie le gvt pour mettre en place le pass vaccinal ainsi que l’exemple de réussite de leurs orientations censées lutter contre cette vague.
          Le principe de la vague est que de toute façon , elle va baisser et on peut faire dire ce que l’on veut à la forme de celle çi.
          Souvenons nous, qu’en Mars 2020 , le masque et un peu plus tard les tests étaient l’angle d’attaque des oppositions et au moment où cette vague atteint son pic et pourrait décroitre rapidement avec un impact relativement « faible » sur l’hopital, le gvt nous propose des tests comme nul part ailleurs et bientot des masques -FFP2.
          La boucle est bouclée et à moins de 3 mois d’une élection c’est l’auto- consécration assurée.

  51. Kiceki dit :

    C’est quand même très étrange qu’on utilise pas la procédure de détection dans les eaux usées : https://www.reseau-obepine.fr/

    Les données publiées ne sont pas vraiment open-data (elles sont corrigées par prise en compte des écarts avec les tests individuels de la réion…) et sont trop anciennes.

    Par contre, leur exploitation et leur publication en direct permettrait clairement une meilleur mesure globale de la progression de l’épidémie dans la population, comme avec des sondages.

    Quelqu’un saurait pourquoi cet outil est délaissé ?

  52. Fred dit :

    un lien pour avoir quelques données, le R et l’incidence semblent davantage à jour…?
    https://www.cascoronavirus.fr/

    @Whynot
    Ne pas croire à une ou des rétentions d’information au motif de la présence de scientifiques me paraît illusoire.
    A l’évidence, ce n’est pas eux qui tiennent les rênes de l’infos.

    Ce que je lis de mon plancher (ce n’est rien un grief, juste un constat) c’est que depuis 3 semaines, un mois, on va enfin savoir d’ici la fin de semaine au pire début de l’autre.
    Ce matin on est toujours dans le brouiilard, pire, il se pourrait que ça reparte, la présence de scientifique n’y changeant rien.

  53. Whynot dit :

    @Fred

    Vous déformez mes propos : je ne parlais pas de « présence de scientifiques », ni même d’infos, je disais juste que « ce n’est pas un constat basé sur la Science » de dire qu’il y a rétention d’infos par le gouvernement.
    C’est une opinion, je l’ai formulée en tant que telle. Chacun est en droit de penser différemment mais pour ma part je refuse de croire qu’il y ait un réel intérêt pour eux à masquer la réalité : ce serait prendre le risque d’un gros retour de bâton un peu plus tard, et vu l’échéance électorale ça me paraît improbable. Et je préfère croire qu’il y a des raisons scientifiques expliquant l’écart aux observations. D’autant plus que c’est chaotique aussi chez nos voisins danois et britanniques, nous ne sommes donc pas une exception mais bien sur un constat qui s’étend à d’autres nations.

    Sinon oui, on est toujours dans le brouillard : nous ici, le gouvernement, les modélisateurs de ce blog, bref, tout le monde. D’où la nécessité d’analyser scientifiquement et objectivement la nature de ce brouillard ! En essayant de comprendre « pourquoi le brouillard », on peut envisager ensuite de le lever ne serait-ce qu’un peu, passer par une phase de brume et retrouver les belles éclaircies ensuite.

    • marion dit :

      on est dans le parce que l’on a 200 ou 300 000 cas quotidiens et que l’on continue à craindre , on se demande bien quoi mais on continue a tester à ne plus savoir pourquoi. Les sud africains nous avaient pourtant bien dit que les britanniques avançaient des chiffres fous et que les réactions étaient inappropriées, mais nous ne voulons toujours pas l’entendre. Pourtant les études confirment la réalité de ce variant mais nous sommes incapable de sortir de notre vision des chiffres records. Israel a probablement décider que ce variant était là et que le brouillard n’avait pas lieu d’être en faisant avec

      • NicoM dit :

        @marion, je suis bien d’accord.

        Perso j’ai 2 à 3 rhumes par an comme beaucoup je pense, j’imagine que le Reff et le nombre de cas des virus responsables des rhinites doivent être stratosphériques si on les suivaient autant que ceux du covid !

        Il va bien falloir revenir un jour à la base, comme on le fait pour toute maladie : on a des symptômes, on va voir son médecin qui détermine s’il y a un besoin de faire un test de dépistage pour affiner le diagnostic et traiter optimalement. Point.

        Donc tests remboursés uniquement pour ceux qui présentent une ordonnance et pour voyager car nombre de pays vont continuer à s’affoler… Fini le « contact tracing » et toutes ces co…

  54. NicoM dit :

    Je me permets de vous renvoyer vers un fil de discussion qui s’éloigne rapidement mais qui me semble important pour ce site « covidtracker ».

    https://covidtracker.fr/belote-rebelote/#comment-5996

    Je pense qu’il y a un problème dans la comptabilisation des cas sur ce site, suis-je dans l’erreur ou bien aboutissez-vous aux mêmes conclusions que moi ?

    Covid tracker indique que nous sommes à 11 517 085 cas depuis le début, je ne trouve nulle part une telle donnée (même à J-3, ou au 05/01…) ! Help !

  55. Lithium dit :

    Inutile de trop se focaliser sur les données.

    ça a déjà été évoqué dans les commentaires de précédents articles : il y a 2 sortes de données « officielles » sur les cas positifs, le nombre de vaccinations, de décès, d’hospitalisations, … :
    – les données quotidiennes, pour les gens pressés et surtout pour avoir une vision quasi temps réel,
    – les données corrigées, qui modifient a posterio les données quotidiennes avec les redescentes tardives, les erreurs éventuelles,…
    Il est donc « normal » d’avoir des données disparates lorsque l’on replonge dans les archives.
    La plupart des sites utilisent les données quotidiennes. Seulement certains actualisent avec les données corrigées.

    Je suppose que si les erreurs n’étaient pas corrigées, certains crieraient au scandale, trucage des données, au complot, … et si les erreurs sont corrigées, certains crient au scandale, trucage des données, au complot, …

    Les données sont fournies par des humains. L’erreur est humaine. S’il paraît normal d’avoir des données au plus vite, il paraît aussi logique de corriger les erreurs/oublis.
    Errare humanum est, perseverare diabolicum.

    Personnellement j’utilise les données quotidiennes (quand j’ai le temps) sinon les données un peu moins fraiches, que j’utilise aussi pour lisser les corrections importantes (par exemple lors d’un changement de méthode de redescente des infos, c’est arrivé 2 ou 3 fois et ça provoque un décalage).
    Je n’ai pas remarqué de différences notables entre les 2 sources susceptibles d’entrainer une appréciation radicalement différente de la situation sanitaire car sauf cas particulier.
    On peut considérer les erreurs comme constantes ou proportionnelles donc sans influence sur l’analyse de l’évolution des chiffres.

    Remarque : le site dashboard.covid19.data.gouv.fr est bloqué sur le 05/01/2022.
    La source, certainement utilisée par d’autres, doit connaitre un soucis…

    • NicoM dit :

      @Lithium

      Merci pour votre réponse.

      Ou trouve-t-on ces données corrigées, je me suis basé sur le tableau des données Santé Publique France que m’avait indiqué Jean Loup ?

      Après, je suis bien d’accord avec votre affirmation « Je n’ai pas remarqué de différences notables entre les 2 sources susceptibles d’entrainer une appréciation radicalement différente de la situation sanitaire car sauf cas particulier.
      On peut considérer les erreurs comme constantes ou proportionnelles donc sans influence sur l’analyse de l’évolution des chiffres. »

      Mon propos était davantage d’aider notre site préféré « covidtracker » si jamais une erreur était présente.

      • Daniel Le Breton dit :

        @ NicoM

        On trouve les données SPF ici par exemple :
        https://www.cascoronavirus.fr/stats/france
        Ca peut remplacer le Dashbord bloqué au 5/01, sauf pour les décès que je capte le soir à la télé (système D).

        La revisite à J-3 est sur la plateforme Geodes. Mais ce dernier fichier est aussi révisé jour après jour donc si vous faites attention, même les données à J-3 bougent au fur et à mesure.
        https://geodes.santepubliquefrance.fr/#c=indicator&f=0&i=sp_pos_quot.p&s=2022-01-06&t=a01&view=map1

        Les données sont téléchargeables sur Geodes, pas sur Cascoronavirus (je n’ai pas trouvé, ni sur le site SPF). C’est le site que j’utilisais pour Paris jusqu’à ce que ça coïnce. Si quelqu’un a repéré l’accès aux données brutes des cas répertoriés de SPF, merci d’avance pour le tuyau.

        J’ai comparé deux jeux de valeur (SPF, Geodes) sur un mois, l’écart est de moins de 2% sur les moyennes mobiles, pas de quoi se prendre le choux (en enlevant le point à 422 000, pour lequel on n’a pas droit à un seul commentaire quant à sa particularité.

  56. Tom dit :

    Bonjour à tous,
    En lisant les commentaires précédents.
    Je me demande si vous avez des enfants en bas âge c’est à dire moins de 8 ans….
    Désolé de vous le dire mais je comprends totalement les gens qui ne se font pas tester tous les 4 matins parce qu’ils ont le nez qui coule..
    Je comprends même pas pourquoi on test un gamin de 2 ans ce qui a pour conséquence d’isoler les enfants ainsi qu’un des 2 parents à la maison. Si on a pas de bol on peut se retrouver la moitié de l’année isolé avec ses enfants…
    En plus les tests coûtent un pognon dingue.. effectivement je suis convaincu que les gens aimeraient bien chopper omicron pour leurs éviter une 3 eme dose..
    L’orientation des tests en cas de vrai symptôme et / ou personne âgée ou à risque me paraîtrait la bonne solution.
    On a l’impression qu’on fait la course au plus grand nombre de cas par jour ça n’a pas de sens….

    • Whynot dit :

      @Tom et du coup ça rebondit aussi sur les propos de @NicoM (https://covidtracker.fr/belote-rebelote/#comment-6000)

      Vos arguments me semblent tomber sous le sens, et je rejoins totalement votre conclusion : je penche plus en faveur d’une meilleure orientation des tests que pour un abandon total du contact tracing évoqué par NicoM. Il faudra en arriver là un jour (bientôt peut-être ?) mais étant donné la fulgurance de la vague actuelle et la charge quoi qu’on en dise sur l’hôpital (peu de formes graves en proportion mais du coup quand même un certain nombre en absolu) cela me semble un peu précipité. OK pour le constat de « le testing à l’heure actuelle ne veut plus dire grand-chose et amène plus de contraintes que de réponses ». Et donc deux options : soit on arrête complètement de tester et on perd de vue la dynamique épidémique, nous plongeant encore plus dans le brouillard, soit on revoit complètement la stratégie de dépistage pour lui redonner un vrai sens pour le suivi pour « là où ça compte » : les anciens, les fragiles et….. les non-vaccinés, puisque ce sont bien sur ces 3 cohortes que l’on rencontre la majorité des formes graves.

      • phand dit :

        d’où l’intérêt de développer un réseau national de type obépine qui permettrait de suivre la dynamique d’une épidémie virale sans avoir besoin de la détection très large des cas comme aujourd’hui. Et à un coût moindre.

    • marion dit :

      faut vraiment écouter ce que dit veran afin de mieux cerner la politique de tests en ce moment. Mots pour mots « on nous reprochait de ne pas assez tester et là de trop tester » on a compris, c’est une séance de rattrapage et ne jamais perdre de vue que les français quand ils votent reste sur les derniers faits

  57. marion dit :

    Veran parle de la réussite du télétravail et que c’est probablement cela qui a permis de faire baisser delta et il parle franchement de la baisse au RU que nous devrions connaitre probablement rapidement. C’est bon , on peut voter Veran, pardon, Macron en Avril car ils sont « formidableuh ». C’est Stromae qui va être content de sa reprise.

    • Daniel Le Breton dit :

      Je ne peux pas m’empêcher de penser à cette citation célèbre de Georges Clémenceau
      Quand les évènements nous dépassent, feignons d’en être l’instigateur.

      • NicoM dit :

        Cette citation s’applique en continu depuis le 17 mars 2020, non ?

      • Fred dit :

        Et par la même maintenons une « ambiance » justifiant le pass vaccinal.
        C’est leur principal objectif !
        Comme le dit marion ci-dessous des guitounes en extérieur pour rattrapage et encore davantage de tests et de chiffres affolants.

  58. marion dit :

    veran annonce l’ouverture de « camping » devant les pharmacies, on pourra avoir 2 voire plus de tentes. C’est « décat » qui va être content

  59. Daniel Le Breton dit :

    Après Noël, voilà les effets du réveillon au Danemark. On verra si c’est la même chose au RU ce soir. Donc le pic s’échappe à nouveau.
    En France je parierais bien sur le protocole sanitaire à l’école pour gonfler les chiffres, mais bon, on ne va pas refaire le pays de la bureaucratie agissante en un jour.

    • Guillaume dit :

      Je ne suis pas sûr de vous suivre ici …
      Les nombres ont quand même tendance à baisser au Danemark non ?

      • Whynot dit :

        @Guillaume

        Je ne suis pas totalement au taquet sur les chiffres danois, mais une baisse « jour J » ou même depuis quelques jours n’est pas incompatible avec ce que dit Daniel : la détermination du pic est estimée à l’aide des modèles, mais sa confirmation en peut se faire qu’a posteriori (7 jours ou 10 jours suivant les méthodes utilisées et si j’ai bien compris 🙂 ). C’est donc avec le même délai retard que l’on connaît la date exacte (moins erronée, selon le point de vue…) du pic des contaminations.

      • Daniel Le Breton dit :

        La moyenne mobile monte et la dérivée s’est renversée de négative à positive. En cas de vrai pic, la dérivée persiste en mode négatif pendant plusieurs jours.

        • NicoM dit :

          @Daniel Le Breton,

          La moyenne mobile 7 jour s’est envolée hier mais c’est à cause du 1er janvier, qui ont faussé les stats d’hier, alors que les 7 jours précédents n’étaient pas faussés car le 25 décembre était aussi ferié.

          Mais je n’imagine pas une seconde que vous ignoriez ces écueils étant donné que vous l’aviez vous même anticipé.

          Donc en dehors de ces écarts causés par les jours feriés, il y a quand même un problème faisant craindre que le pic ne soit pas encore atteint ?

  60. Jean-Loup dit :

    Pour ma part, je reste convaincu que l’on mésestime le décalage territorial concernant Omicron. En regardant le taux de pénétration, il y a presque trois semaines entre Paris, quelques très grandes villes, et le reste du territoire qui était avec Delta≃65% il y une dizaine de jours.

    • Whynot dit :

      @Jean-Loup

      Je suis tout à fait de cet avis : ce n’est sans doute pas la seule explication, mais il semblerait qu’elle ait du corps.
      Souvenez-vous, il a fallu près de 9 mois incluant des vacances d’été pour une répartition homogène du virus sur le territoire : la 1ère vague n’a pas du tout eu la même incidence selon les territoires. Virus nouveau sur population naïve sans aucune mesure barrière et variant extrêmement véloce sur population « sage » et disposant de mesures barrières ne mèneraient-ils pas le même combat ?

      • NicoM dit :

        @whynot

        Sauf qu’il y a eu le confinement et que à mon avis, le plus gros intérêt qu’a eu le 1er confinement a été de circonscrire l’épidémie à 2 régions principalement. En été le virus ne circulait quasiment plus malgré la peur inutile qu’ils ont distillé à ce moment là.

        Peut-être que le plus efficace aurait été de quasi interdire les déplacements interdépartementaux sans confiner les gens chez eux d’ailleurs, mais le critique est facile après coup je vous l’accorde.

        La il me semble que la politique de globalement laisser faire entraine justement une diffusion territoriale plus homogène que lors des 3 premières vagues. A confirmer par des calculs…

        • Whynot dit :

          @NicoM

          Sur la fin d’été 2020, le virus circulait à nouveau plus activement, et comme de par hasard les territoires les moins affectés lors de la première vague, qui ont du coup été les plus visités pour aller « respirer l’air pur » (en hausse/baisse relative : quasi personne en Corse et côté d’Azur mais du monde en Aubrac qui a explosé son record d’affluence touristique, dans les Vosges et en Occitanie), sont aussi ceux où la vague de septembre a démarré le plus tôt. Je parle au doigt mouillé, il n’y a guère d’intérêt à regarder ça dans le détail pour vérifier, mais ça ne doit pas être complètement délirant non plus.

          A l’époque j’étais convaincu qu’il fallait pour enrayer l’épidémie faire ce que vous dites (interdire les déplacements interdépartementaux), mais d’une part ça ne me paraissait pas très « juste » envers les habitants de grandes métropoles qui légitimement voulaient prendre un peu de distance et d’autre part parce que je n’étais pas convaincu de l’effet sur le long terme… Avec le recul, je me dis que ça n’aurait pas changé grand-chose au final : cela n’aurait fait que retarder l’inévitable, à savoir l’homogénéisation sur l’ensemble du territoire. La Nature a horreur du vide, tout tend à se répartir également dès lors qu’un déséquilibre existe (cf diffusion de la matière, de la chaleur, …) !

          Donc oui oui, la diffusion sera homogène avec omicron à terme, mais on je pense qu’étant tellement rapide, il peut exister un bel écart en peu de temps entre les « territoires où il est très actif » et « ceux où il commence à être actif »

    • Jean-Loup dit :

      Si l’on prend le temps de fouiller, il y a un grand nombre de données utiles et à jours.(09\01)
      https://www.data.gouv.fr/fr/pages/donnees-coronavirus/

  61. Guillaume dit :

    Chiffres anglais du jour 142000 nouveaux cas, ça me parait toujours être sur une pente descendante, mais c’est au jugé 🙂

    • NicoM dit :

      @Guillaume,

      La descente continue bien, je vous confirme. Et les nouvelles hospitalisations ont peut-être aussi atteint leur pic, à confirmer par contre.

      https://coronavirus.data.gov.uk/

      • Daniel Le Breton dit :

        Coté UK ça va encore, pas d’alerte à l’horizon pour les cas répertoriés mais ça reste encore possible demain, voire après demain. Ils sont proches du pic des entrées à l’hôpital, elles-mêmes 5 fois supérieures à celles enregistrées avec le delta. Je trouve les données sur les décès toujours inquiétantes, qu’est-ce que c’est que cette crise soudaine de mortalité sortie de nulle part?

        • Whynot dit :

          @Daniel Le Breton

          La couverture vaccinale « 3e dose » est-elle réellement à un niveau élevé chez les fragiles et seniors UK ?
          Par ailleurs je me rappelle avoir lu sur une des études vers lesquelles je vous avais renvoyé il y a peu concernant l’efficacité des vaccins sur omicron que l’efficacité était meilleure pour les « tout ARNm » que pour 2 doses Astra + 3e dose ARNm.
          Peut-être 2 facteurs explicatifs de votre question ?

  62. Lithium dit :

    @ NicoM

    Pour les données corrigées ce sont les mêmes fichiers. Je les trouvais sur data.gouv.
    Chaque fichier CSV à une date et quand on regarde quelques journées en arrière on se rend compte que certaines données sont modifiées.
    Je n’ai pas vérifié récemment, ça a peut être changé.

    @ tous

    D’accord avec la plupart des commentaires. Il ne faut pas donner plus d’importance que ça on décompte des cas positifs.
    C’était valable dès le début (quasiment aucun test) comme maintenant alors qu’on teste énormément mais jamais la totalité de la population (donc échantillonnage non représentatif de la population globale).

    Par exemple les changements de protocole dans les écoles élémentaires tous les 4 jours (si quelqu’un pouvait suspendre le compte tweeter de Blanquer…) génèrent énormément de tests chez les enfants, non vaccinés mais très très peu concernés par des cas graves.
    Résultat : on trouve forcément des cas positifs asymptomatiques chez les enfants mais qui n’évolueront pas en forme grave. Mathématiquement ça diminue le ratio « nb cas graves / nb de cas positifs ».
    Si on ne va pas regarder en détail les chiffres par tranches d’âge on se retrouve encore une fois avec un paradoxe de Simpson sur les bras.

    Le paramètre le plus important à suivre, ce sont les malades (= personnes symptomatiques) et principalement les cas préoccupants, donc le nombre d’entrées à l’hôpital.
    C’est maintenant le principal paramètre que je suis. C’est celui qui me paraît le plus pertinent actuellement.

    Le suivi des cas positifs c’est intéressant pour la tendance de l’épidémie mais il ne faut pas trop accorder d’importance à la valeur brute.

    Quoiqu’on en pense, vu la rapidité d’Omicron et la politique de « laisser faire » de notre gouvernement le « tester-isoler-tracer » ne veut plus rien dire.
    On teste. Mais pourquoi ?
    On n’isole plus, sauf les non-vaccinés, mais sans contrôles c’est juste du volontariat donc je doute de l’efficacité.
    On ne peut plus vraiment tracer non plus vu le nombre astronomique de cas, il faudrait une armée (en même temps Macron a dit qu’on était en guerre…).

    Donc augmenter encore le nombre de tests : à quoi bon ?
    On sait déjà que le virus circule très très activement, avoir 300 000 ou 400 000 cas positifs changera quoi ? Les décisions politiques sont déjà prises.

    • NicoM dit :

      @lithium

      Concernant le fichier dont Jean Loup m’a transmis le lien, même sur les dates anciennes ça correspond parfaitement, à 4/5 exceptions près, sans doute dues à mon fait. Le mystère reste entier… Mais pas trop grave je vous l’accorde.

      Pour le reste, je plussoie totalement, l’intérêt quand même est de suivre la hausse ou la baisse épidémique, il est évident que si l’omicron était aussi dangereux que ses prédécesseurs, vu le nombre de cas il faudrait mettre des patients sur les toits et les parkings des hôpitaux là…

      Je pense que l’on est obligé de persister dans cette méthode pour le moment tant que nous sommes en pleine vague, parce que changer le thermomètre en pleine épidémie n’est pas très malin, comme on n’a pu le faire ne changeant la méthodologie de séquençage de l’omicron en pleine explosion de celui-ci, mais dès que la vague sera calmée (d’ici 1 mois et demi, pas 6 mois !) il faudra revenir il me semble à la base : tests sur prescription médicale uniquement.

      Cela permettrait il me semble de suivre l’épidémie tout aussi bien, mais avec un nouveau thermomètre, comme si on passait des degrés Celsius aux degrés Fahrenheit… Et pour moins cher pour la sécu !

    • Whynot dit :

      @Lithium

      Globalement d’accord avec tout ce que vous dites. Une petite remarque toutefois : si le testing actuel n’a plus de sens (notamment en raison du changement de protocole dans les écoles tous les 4 jours, et de la trop grande contagiosité de ce variant), et rend de fait caduque la stratégie « tester-isoler-tracer », il me semble quand même que garder un testing performant (autrement dit, représentatif et ciblé là où ça compte le plus) est important : ce sont tout de même bien les évolutions journalières du nombre de cas qui indiquent les « cibles » suivies par les modélisateurs du blog. Or, si les paramètres hospitaliers sont (je suis complètement d’accord avec vous là-dessus) désormais ce qui compte le plus, l’anticipation des pics hospitaliers/réa/décès est tout de même favorisée avec la modélisation des cas.
      Et puis surtout, ça peut permettre de repérer un nouveau larron qui prend de plus en plus de place : le remplacement de delta par omicron et la fulgurance associée à ce remplacement avait bien été anticipées à l’aide des gaussiennes et assimilé(e)s.

      Ceci reste toutefois valable seulement si les conditions de testing restent durables ! C’était le cas pendant de nombreux mois, ça a changé récemment et ça participe sans doute aux « dérapages » qu’on essaie d’expliquer entre modèles et observations. Si ce qui amène au testing est redéfini toutes les 2 semaines, ça va être compliqué de suivre ce qui se passe en termes de diffusion et de pic…

    • Phand dit :

      d’où l’intérêt de développer un réseau national type Obépine pour identifier et suivre une épidémie de ce type et économiser beaucoup de tests.

  63. Whynot dit :

    Tiens, une autre hypothèse, concernant ceux que certains appellent « la résistance de delta » : si on peut avoir l’impression qu’en terme de nombre de cas, ça « remonte » pour delta alors qu’omicron poursuit sa hausse, n’est-ce pas encore une fois un paradoxe de Simpson (sacré lui, tiens, toujours dans les mauvais coups !) : delta générant plus de formes symptomatiques, l’incitation à se faire tester et plus forte que pour omicron : ceux qui ont des symptômes (je ne parle pas juste de nez qui coule, hein) se font tester et comme il y a plus de probabilités que ça vienne de delta que d’omicron, la balance repenche en faveur de delta ?

  64. Daniel Le Breton dit :

    Nous voilà scotchés depuis 3 jours sur un coefficient de reproduction hebdomadaire de 1,4. Ce n’est pas une situation confortable. Statistiquement il y a une sorte de règle du pouce qui fait que le lundi, on a environ un quart des cas de la moyenne hebdomadaire du mardi qui suit pour une semaine sans jours fériés. Quatre fois 94 000 ça nous emmène vers 375 000 en moyenne mobile demain avec en fin de semaine 33% de plus que cette moyenne, donc quelle que chose comme 500 000 cas ! J’espère qu’on va décrocher rapidement de cette tendance.

    • Pierre dit :

      Est-ce qu’on aurait un 2e effet kiss-cool comme j’avais évoqué le 29 décembre ?
      Et 200.000 cas/jour en moyenne mobile comme moqué par NicoM & Marion ?

      Ce qui est rassurant c’est qu’Omicron est clairement peu dangereux comparé à delta chez les moins de 50 ans.
      Reste à vérifier (et espérer) que c’est pareil pour les > 50 ans non vaccinés. L’incidence dans cette catégorie approche les 1000/100.000 aussi donc on verra dans quelques jours si la réa se stabilise vers 4000 ou si ça continue de monter.

      • Daniel Le Breton dit :

        La moyenne mobile est à 266 000 (il y a donc 3 jours). Rappelez-nous la nature de l’effet kiss cool svp, merci.

        Les données départementales sur les cas répertoriés sont à nouveau disponibles mais bonnes à jeter. Dans le cas de Paris la dérivée n’a ni queue ni tête. Heureusement que les données hospitalières sont nickel chrome.

        • Pierre dit :

          @ DLB :

          premier effet kiss-cool =
          diffusion géographique (les parisiens porteurs d’omicron partant en vacances ou fêter Noel dans le reste de la France) et intergénérationnelle (fêtes de Noel).

          2e effet kiss-cool, comme rappelé par NicoM :
          – le nouvel an (contamination surtout des 20-40 ans hors Paris suite à la diffusion géographique 7j plus tôt)
          – la rentrée des classes (contamination des 0-12 ans surtout, puis de leur fratrie et parents)

          On était à 75k contaminations/j le 24/12
          On était à 130k contaminations/j le 29/12 : quand vous disiez qu’on avait un pic de Reff mais aussi déjà le pic de cas (je n’avais pas du tout compris cette remarque)
          On était à 230k contaminations/j le 5/1

          De toute façon ça ne sert plus à rien de surveiller le nombre de cas puisque le Premier Ministre vient de casser le thermomètre pour faire disparaitre la fièvre.

          Reste à surveiller l’hôpital : on ne devrait pas du tout avoir de catastrophe type Martinique cet été avec delta.
          Mais je souhaites bon courage aux hospitaliers car les semaines à venir risquent d’être très dûres.

      • NicoM dit :

        @pierre

        J’ai recherché vos propos car je ne me souvenais plus exactement de ce débat.

        Vous parlez de : « Je pense qu’on aura un « 2e effet kiss-cool » dans 10-15 jours car 2 évènements à fort potentiel de diffusion du virus dans les jours à venir :
        – le nouvel an
        – la rentrée des classes » ?

        Ce à quoi j’ai répondu :  » Ça fait 2 ans qu’on craint au choix les vacances/la rentrée/les fêtes etc. Et ça fait 2 ans que les courbes montent et descendent indépendamment de tout calendrier social… ».

        Je maintiens cela, tant qu’on ne m’aura pas débusqué une sérieuse étude épistémologique prouvant par A+B que ces évènements sociaux ont un impact important sur l’épidémie, je ne le prendrai que comme une hypothèse et non un fait. Attention, peut-être avez-vous raison, je ne dit pas le contraire, mais j’attends des éléments sérieux et non des analyses de comptoirs sur les plateaux TV (idem pour l’efficacité réelle des confinements, ou c’est JCD qui m’a assez convaincu en m’apportant des éléments tangibles).

        Concernant le nombre de cas, j’avoue que je n’aurais jamais cru que l’on puisse monter aussi haut. Il me semble même avoir répondu à quelqu’un sur ce point mais je ne retrouve plus le post. Peut-être était-ce vous. Donc je ne me suis pas moqué de vous là, mais j’avoue que j’aurais pu. Mea culpa.

        Quand on voit la taille des 4 premières vagues par rapport à celle là sur des graphiques, elles passent pour des petites oscillations, c’est impressionnant cette vague quand même…

      • marion dit :

        reprenez ce que j’ai dit encore une fois, je moquais comme on pu le faire les discours anglais qui parlaient d’un million de cas et jusqu’à 6000 deces quotidiens et je persiste à dire qu’omicron est le « moyen » de faire perdurer une peur amenant aux prises de décisions tel qu’un pass vaccinal. La réalité est que l’on ne voit pas ailleurs d’impact fort sur le système de santé avec un niveau trés important de circulation mais nous on a des hopitaux différents qui remontent des chiffres particuliers

    • NicoM dit :

      @DLB

      Si on prends les chiffres de la semaine dernière hors jours fériés et dimanche, du 4 au 9 donc, on a 271686 332252 261481 328214 303669 296097.

      Je n’y vois ni de réelle progression, ni de réelle régression. Un plateau hyper haut donc.

      Ne peut-on pas espérer à minima des chiffres peu ou prou identiques qui vont « stabiliser » la moyenne mobile, voire des chiffres inférieurs qui vont permettre le début de la descente de cette moyenne ?

      Le chiffre de ce mardi soir sera intéressant : va-t-il être inférieur à 271 686 ? Cela vous semble-t-il possible ?

      • Daniel Le Breton dit :

        @ NicoM

        Votre jugement dépend de votre sélection de chiffres. S’il est vrai que ça ressemble à un plateau pour les données quotidiennes, il n’en va pas de même avec la moyenne mobile qui poursuit sa montée et ça va continuer puisque sa dérivée reste nettement positive. Après l’estimation de ce soir va dépendre des hypothèses que l’on peut faire.

        Si on reste dans la mauvaise tendance actuelle, je dirais 380 000. Si on retourne à la tendance de l’approche par cible, ça pourrait se contenter de 300 000 cas.

        Reste l’inconnue de la contradiction entre 272 000 et 422 000 de mardi dernier. En tant que tel le premier chiffre est cohérent avec les autres (analyse de toutes les tendances) mais pas le 422 000 qui restent à ce niveau sur la plateforme Geodes sans que l’on comprenne à quoi cette anomalie apparente est due (a-t-on même la capacité de tests?).

        On va bien finir par l’avoir ce pic plus ou moins artificiel. Le changement de protocole sanitaire à l’école (un de plus) devrait mécaniquement faire diminuer les cas, les autotests n’étant pas comptabilisés dans les statistiques.

  65. JCD dit :

    Vous êtes bien optimiste NicoM 🙂
    Le Reffectif est à 1,6 aujourd’hui.
    Si les tests suivent, les chiffres de Mercredi 12 vont battre (exploser ?) tous les records.
    Et nous devrions effectivement atteindre les 300 000 en moyenne mobile d’ici fin de semaine.

    • NicoM dit :

      @JCD

      J’avoue que votre réponse me laisse quelque peu circonspect.

      Je ne suis pour le coup ni pessimiste ni optimiste, je pose une simple question.

      Et votre réponse me surprends parce que j’ai le sentiment que vous utilisez les résultats d’un calcul (Reff, moyenne mobile) issu de données (le nombre de cas) comme prédictifs des futures données entrantes.

      Sauf erreur, le Reff est bien calculé à partir du nombre de cas n’est ce pas ? A partir de là, dire il est à « 1,6 donc le nombre de cas sera de tant » me semble bizarre, c’est comme si on disait pour la météo « la température de la mer est à 22° donc la température de l’air demain sera de 32° »… (utilisation d’un calcul (température de la mer en fonction de la température de l’air) et utilisation du résultat en guise de prédiction de la température de l’air).

      Concernant une moyenne mobile 7 jours, on est bien d’accord que si la dernière donnée entrée est supérieure à celle d’il y a 7 jours qu’elle remplace, la moyenne monte et vice versa. Donc si ce soir on annonce plus de 271 686 cas la moyenne 7 jour montera, si on annonce moins elle baissera, non ?

      Pour le moment, il me semble que ce qui a fait extrêmement monter cette moyenne c’est qu’on a remplacé un jour férié par un jour travaillé, mais c’est un phénomène ponctuel.

      L’enjeu désormais, me semble-t-il, c’est est-ce que ce mardi on aura plus ou moins de cas que mardi dernier, est-ce que ce mercredi on aura plus ou moins de cas que mercredi dernier etc. qui démontrera un pic ou non.

      A noter que les annonces de Castex hier soir risquent de perturber les calculs, j’entendais une pharmacie qui disait qu’un tiers de leurs tests concernait les enfants… Un tiers de tests en moins (si ce chiffre est réel), ça va sacrément faire baisser artificiellement les chiffres… (ce qui est une bonne chose sociétalement, une mauvaise chose épidémiologiquement).

      • marion dit :

        c’est aussi une façon de pouvoir comparer avec les tests effectués jusqu’il y a encore 10 jours avant qu’ion ne surteste les enfants

      • JCD dit :

        @NicoM

        En un mot : oui, c’est ça !

        Dans le modèle que j’utilise, Reff du jour sert à simuler celui du lendemain (en pondérant avec l’immunité quotidienne acquise/perdue d’un jour à l’autre) mais ça n’est pas forcément le point.
        Le point, c’est que Reff doit être calculé sur la base des N derniers jours (14 dans mon modèle) et des probabilités de contamination quotidienne sur ces N derniers jours si on veut capturer toutes les contaminations faites par une seule personne (qui est contagieuse plusieurs jours durant)

        Par exemple, sur le delta, une personne infectée ne va pas contaminer les autres à J+1, J+2,.. J+4 (période d’incubation) puis va être au top de la contamination à J+7j, puis son potentiel de contamination va redescendre à J+8, J+9 etc…
        (Idéalement, il faudrait re-règler ces probabilités sur le omicron mais c’est impossible à faire tant que omicron n’est pas à quasiment à 100% sur une bonne période de temps).

        Ceci implique que Reff ne peut s’effondrer du jour au lendemain (même en cas de confinement, cela prend quelques jours) de par cette inertie des contaminations sur plusieurs jours.
        Ma remarque sur R=1,6 voulait dire que R ne redescendra pas à 1 du jour au lendemain. (Si l’eau est à 22°, elle ne va pas passer à 10° demain).
        Donc nous allons augmenter les scores aujourd’hui et encore demain (si les tests supprimés par J Castex sont des tests relativement aléatoires, cela ne devrait, a priori, pas énormément bouleverser les comptages comme l’avait expliqué Pierre, je crois, dans un précédent commentaire).

  66. Pro-pro dit :

    Perso, je pense que la baudruche du nombre des cas va se dégonfler aussi rapidement qu’elle s’est gonflée et que la grenouille va pouvoir arrêter de se prendre pour le bœuf.
    Et je ne serai pas surpris que l’on repasse à 5 chiffres d’ici moins d’une semaine.

    Le chiffre représentatif à surveiller en premier lieu à mon avis, c’est celui des hospitalisations, disponible quotidiennement avec des données du jour. D’une part, il est pas mal « débiaisé » par rapport à celui des cas positifs, et en plus, les sénateurs ont demandé qu’au dessous de 10 000, ce soit la fin du pass-vaccinal. Youppeeee !!!!! Des gens raisonnables ces « dinosaures ». Ce que je ne sais pas c’est s’ils ont aussi demandé à ce que le pass-vaccinal soit obligatoires pour les députés et sénateurs. C’est pas gagné cela mais personne n’est parfait non plus.

    En tout cas, le plateau des hospitalisations commence à se voir chez les 0-39. On peut se laisser jusqu’à la fin de la semaine, pour voir si la rentrée scolaire refait partir les hospitalisations chez 0-9 mais j’y crois pas. et si cela repart pas chez les petits, cela ne repartira chez les autres..
    La seul chose que je ne vois pas encore, c’est le plateau des hospitalisations pour les tranches supérieures. Les pic et plateau se décalent toujours un peu plus on monte en âge.

    Alors qui suit ou relance ?

  67. Piotr dit :

    Bonsoir à tous,

    Les nouvelles au Royaume-Uni sont quand même encourageantes : pic confirmé au 2 janvier par date de remontée, et présomption de pic au 1er janvier par date de prélèvement. Et puis surtout, une petite présomption de pic à la même date pour les hospitalisations.

    On verra si ça n’est pas un mirage. Pendant qu’en France, on n’en finit pas d’attendre le pic.

  68. Joe dit :

    Bonjour

    Le ministre de la santé vient de reconnaître la moindre dangerosité d’Omicron. Après les études sud africaines et anglaises, il aura fallu plusieurs semaines pour prendre en compte, du bout des lèvres et après avoir généré un stress maximum, le retour d’expérience.

    Pour les simulateurs sérieux de ce blog la tâche se complique. Pour le site Covidtracker, il faudrait s’interroger sur la pertinence d’une carte de France toute noire et les annonces basées sur les cas détectés positifs ( seulles les hospitalisations et les réanimations sont significatives et nous avons connu bien pire)

    Encore une semaine avant que tout cette communication anxiogène ne se dégonfle?

  69. brice dit :

    Je ne suis spécialiste de rien, et c’est en candide que je me pose quelques questions.

    – Les allemands ont eu une vague Delta et on ne voit vraiment la vague Omicron, Est-ce le début seulement de la vague Omicron chez eux ou il se passe quelque chose de différent?

    – Les Italiens et les Espagnols sont plus vaccinés que nous, ils nous suivent de quelques jours. Vont-ils atteindre des pics de contaminations aussi hauts que les nôtres?

    – le pic de contamination en France est-il passé? Ou alors on arrive sur un plateau qui va durer quelques jours ou quelques semaines ?

    J’ai l’impression que l’on cumule, en France, plusieurs phénomènes : une vague Delta sur un plateau haut, plusieurs vagues régionales de Omicron ainsi qu’un brassage de population lié aux fêtes et que tout cela contribue à brouiller les cartes. Sans parler des remontées erratiques des chiffres de contamination.

    Bref, je suis perdu et certains commentaires très affirmatifs sur ce qu’il faut dire, faire ou pas faire me font dire que je dois être le seul à ne pas savoir ce qu’il faut penser de la situation présente et future.

    • Daniel Le Breton dit :

      @ brice

      Petit tour d’horizon européen :

      Les vagues omicron ont démarré en Autriche, Allemagne, Pays Bas (je ne suis pas la situation de tous les pays et ni l’Espagne ni la Belgique faute de données fiables). Ca ne semble pas s’envoler au ciel, pour l’instant les vagues omicrons ne sont pas énormes dans ces pays et elles ont démarré plus tard que pour les autres (ci après).

      En revanche Danemark, Royaume Uni, Italie, France sont à peu près dans le même bain en matière de grande hauteur de vague. On peut dire que le pic est passé au Danemak et probablement en UK (à vérifier). Il pourrait avoir lieu en Italie cette semaine et pourquoi pas en France, on ne sait jamais mais le dépistage systématique perturbe tout. Pour des pays à population comparable (Italie, UK, France) les gaulois pulvérisent les records car on passera la barre des 300 000 cas en moyenne contre 190 000 pour les deux autres probablement. Que je sache personne n’a fermé les écoles en Europe mais je me trompe peut-être.

      Contrairement au Danemark et au Royaume Uni, on ne voit pas distinctement l’effet des fêtes en France, mais probablement celui de la rentrée scolaire avec son protocole sanitaire ubuesque. Il n’y a de plateau nulle par, omicron a une vague typiquement pointue.

  70. Don-Pierre GIUDICELLI dit :

    Bonjour,
    Merci pour votre travail excellent.
    A-t-on une idée de l’immunité naturelle crée par une infection omicron et notamment chez les enfants?

  71. Frederic DESPREZ dit :

    Il me semble qu’avec Omicron nous changeons de paradigme. Beaucoup plus contagieux, la stratégie de test systématique n’est plus tenable. Moins virulent, mais de combien ? c’est le gros point à surveiller via les admissions à l’hopital.
    Plutôt qu’une stratégie basé sur le nombre de cas, ne faut il pas plutôt partir sur une stratégie basé sur les hospitalisation ?
    Cette dernière a pour principal inconvenient d’être une semaine en retard par rapport au cas mais en la couplant avec des tests statistiques dans la population pour estimer la tendance sur les cas et l’anticipé, elle me semblerai maintenant plus pertinente.
    Ensuite au lieu de tout faire pour réduire les contaminations, peux être faut il mieux cibler les personnes qui seront toujours à risque avec Omicron et cibler une campagne de communication vers eux leur présentant de façon direct les risques selon leur age et condition avec ou sans vaccin. Cela me semble prioritaire par rapport au pass vaccinal dont je ne perçois pas clairement son efficacité avec Omicron (contrairement au pass sanitaire qui a bien boosté les vaccinations face au variant delta bien plus dangereux) .

    Si nos analystes sur ce site on des données ou d’autres des éléments qui permettrai d’éclairer mes doutes ou mes suppositions, je suis preneur !

    • Daniel Le Breton dit :

      La stratégie gouvernementale est basée sur la situation hospitalière, c’est souvent répété par les autorités. Seulement voilà, il y a le raisonnement par lequel plus il y a de cas, plus on va en retrouver à l’hôpital, c’est ce qui explique la persistance dans le traçage et la prise de tête avec les cas contact omicron. Si delta n’était plus de la partie je crois qu’il en serait autrement. Oui mais voilà, il n’y a plus de corrélation entre les entrées en soins intensifs et les cas répertoriés. Il y a en a peut-être encore une avec les entrées à l’hôpital (à vérifier) mais là on est loin d’un manque de lits.

      Vos réflexions tombent sous le sens mais voilà des mois qu’on en parle sans que la situation ne change.

  72. Kiki dit :

    Je suis étonnée que vous ne parliez pas du réseau Sentinelles qui pour cette vague Omicron m’a l’air de mieux coller à la réalité en parlant de malades et non pas de tests positifs dont on commence à comprendre qu’ils sont devenus un indicateur plus toxique qu’utile. Lorsque l’on aurait 500 000 positifs par jour et 10 millions de cas contacts on peut tout de même se demander à quoi ça peut servir dans la stratégie « tester, isoler, tracer »!!!!

    • PhD dit :

      Bonjour Kiki

      Vous trouverez une présentation du réseau sentinelle sur son site :

      https://www.sentiweb.fr/france/fr/?page=presentation

      Vous constaterez qu’il est composé d’un petit échantillon de médecins généralistes et de pédiatres. Nous sommes plus dans le mode sondage qui donne effectivement une idée des maladies type IRA (entre autres) vues par les médecins de ville.

      « Le réseau Sentinelles (www.sentiweb.fr) est un réseau de recherche et de veille en soins de premier recours (médecine générale et pédiatrie) en France métropolitaine. Créé en 1984, il est développé sous la tutelle conjointe de l’Institut national de la santé et de la recherche médicale (Inserm) et de Sorbonne Université.
      Les objectifs principaux du réseau Sentinelles sont :
      – la constitution de grandes bases de données en médecine générale et en pédiatrie, à des fins de veille sanitaire et de recherche ;
      – le développement d’outils de détection et de prévision épidémique ;
      – la mise en place d’études cliniques et épidémiologiques. »

  73. A Morin dit :

    Economies porte-monnaie et santé : à vos calculs !
    Vous faites la queue pour vous faire tester, vous sortez de la pharmacie content : vous n’êtes pas contaminé. Deux jours plus tard, vous commencez à développer des signes de contamination : vous repassez à la pharmacie faire un test : zut, vous êtes bien contaminé.
    Question : vu la concentration de personnes dans les officines, l’absence de lampe UV et de filtrage d’air, on va atteindre un R de combien avec le masque chirurgical qui baille et qui n’en n’est pas à sa première sortie ? A l’extérieur, condensés en rang d’oignons, ce n’est guère mieux.
    Avec un FFP2 en milieu fermé pendant une heure, vous avez 0,14% de chance d’être contaminé (étude allemande). Pour un FFP2 avec bain cuivre sur la partie extérieure, réutilisable (lavable 60 fois), faut compter 8,90 euros pour un an (prix appel) pharmaciepolygone.com, sinon 13,90 euros (distributeur + conseils masquespro.fr). Le mieux, c’est d’en avoir 2 ou 4 : faut 6H pour élimination virus par le cuivre (test labo). Non utilisé et sec, à conserver dans sachet fermé.

  74. Daniel Le Breton dit :

    Premier essai d’estimation des décès: cette fois-ci je ne peux pas éviter les log normales. Historiquement les décès commencent assez tard après le début d’une vague mais c’est très difficile à discerner dans le bruit de fond. J’ai « recopié » la vague delta de cette été pour simuler celle de l’hiver (en proportion) et ce que je trouve c’est que pour l’instant, les décès dus à omicron sont dans l’épaisseur du trait (quelques centaines au total, pas par jour bien sûr).Ce n’est pas franchement surprenant au demeurant.

    Il sera intéressant de faire le bilan à la fin pour voir si la vague omicron (avec une vaccination moyennement efficace, comme celle de la grippe) se distinguera d’une épidémie de grippe. L’étude des données de soins intensifs disait « petite grippe » de son coté.

    • freddom dit :

      Merci pour ce premier retour.

      si c’a se confirme (encore quelques semaines pour en avoir le cœur net) , la logique serai de gérer Omicron (une fois complètement sorti de Delta) comme les épidémies saisonnières classiques (grippe, rhino, gastro) : suivi par le réseau sentinelle, campagne de sensibilisation et de vaccination récurrente auprès des populations à risque, communication sur les précautions et conseils hygiéniques et bien sûr arrêt des pass (qui a été très utile pour le Delta mais qui le sera certainement moins pour Omicron).

      Une sortie de crise en somme même si il faudra toujours surveiller de très prêt les coronavirus, nouveaux variants SARS Cov2 et d’ autres petit nouveaux qui pourrai débarquer….

      Reste aux politiques de communiquer assez rapidement sur les conditions de la sortie de crise et le mode surveillance et les moyens à terme qui seront mis en place ensuite.

  75. MR dit :

    Bonjour! Bravo pour ce travail.
    Avez vous accès aux analyse des eaux usées?
    Autre question, sait-on combien d’infection par omicron uniquement, ont tué en France?
    Merci d’avance,

  76. freddom dit :

    Il me plaisent vraiment bien nos amis et voisins espagnol(e)s !
    Apres avoir géré la vaccination de main de maitre ( population à risque vaccinée à 100% et très peu d’antivax là-bas), il semblent avoir un coup d’avance sur la suite et une communication qui donne une perspective.

    On pourra modifier le proverbe en : ‘Vérité au delà des Pyrenees, errements de ce coté’
    😉

  77. Whynot dit :

    Pour ma part, je peine un peu à rejoindre l’optimisme général affiché. Comme à mon habitude, j’ai envie de rester très prudent… On n’a encore pas vraiment passé le pic de la vague omicron, donc avant de parler de « sortie de crise » j’ai quand même envie d’attendre qu’on retouche le plancher, au moins qu’on l’approche.

    Qu’on se pose aujourd’hui les questions inhérentes à cette sortie de crise potentielle pourquoi pas, mais il me semble très prématuré d’attendre dès aujourd’hui une communication gouvernementale à ce sujet, et même de l’attendre avant le pic hospitalier lié à cette vague, voire de la « fin de vague ». Faut quand même pas mettre la charrue avant les boeufs : attendons déjà de voir si le moyen de locomotion est bien une charrue, et ensuite on verra comment on attèle… Si on s’aperçoit qu’on n’a pas besoin d’une charrue, il aura été complètement vain de décider que les boeufs étaient la bonne solution !

    Sinon bien sûr, la stratégie espagnole sera sans doute partagée un peu partout dans le monde, c’est bien vers une « gestion comme la grippe » qu’on semble se diriger mais pour le moment rien n’est certain non plus !

    • NicoM dit :

      @whynot :

      « il me semble très prématuré d’attendre dès aujourd’hui une communication gouvernementale à ce sujet, et même de l’attendre avant le pic hospitalier lié à cette vague, voire de la « fin de vague ». »

      C’est sûr, le gouvernement et les médecins des plateaux TV appellent tellement à la prudence que lorsqu’ils décident enfin de relâcher les mesures la vague suivante a déjà presque commencée…

      Boites fermées tout l’été 2020, couvre feu levé en juin 2021, etc.

      Quand à la stratégie Espagnole, c’est simple : si les gouvernements VEULENT adopter cette stratégie, ils le PEUVENT. C’est tout. Ce n’est jamais l’épidémie qui décide des mesures, jamais. Ce n’est pas le covid qui confine, donc ce n’est pas le pass qui permet d’éviter le confinement. C’est le gouvernement seul qui décide des mesures ou de l’absence de mesures.

  78. Daniel Le Breton dit :

    Des nouvelles du front en UK:
    Pic confirmé le 2/01 et le reste est bien orienté, sauf les décès. C’est comme si il y avait une vague frappant les hôpitaux, une maladie nosocomiale par exemple. De 74 par jour fin décembre (le 26) ils en sont aujourd’hui à 237 par jour (le 8/01).

    Pour le Danemark on croise les doigts, le pic est peut-être situé au 7/01, mais il faut une confirmation plus forte coté dérivée.

    Le Ministre a annoncé environ 350 000 cas ce jour, et même si ce n’est pas fameux ça nous ramène dans les bonnes eaux des coefficients de reproduction hebdomadaires. Peut-être 400 000 demain, si c’est moins ce sera une très bonne nouvelle. On va aller chercher les 300 000 en moyenne d’ici quelques jours (actuellement 280 000).

  79. Philippe dit :

    Je suis prêt à parier que le pic sera atteint le 16, le jour de l’ entrée du pass et qu ensuite on va tout entendre

  80. Fred dit :

    Bien content de voir GR réclamer des détails concernant les hospitalisés et par statut vaccinal…

  81. Fred dit :

    Pour les soins critiques et réa j’ai oublié de preciser

  82. NicoM dit :

    @JCD

    Je réponds à notre conversation d’hier soir/ce matin

    https://covidtracker.fr/belote-rebelote/#comment-6094

    OK, je comprends le principe de votre « Reff prédictif »…

    En tous cas vous aviez vu juste. Au vu des chiffres stagnants de la semaine dernière j’avais espéré le pic la semaine dernière, eh bien visiblement ce n’est pas le cas…

    Pfff… Ça s’arrêtera quand ce truc ?

  83. Daniel Le Breton dit :

    La langue du ministre a fourché. On ne parle pas de 350 000 cas aujourd’hui, mais de 368 000, et ça change les perspectives: 450 000 demain par exemple. Le Reff estimé au 8 janvier est à 1,43, et en baisse, le pic s’éloigne vers mi janvier.

    Cette reprise commence à se faire sentir sur l’hôpital, les chiffres montent, même en soins intensifs. Par hasard j’ai récupéré le pourcentage d’omicron à l’hôpital pour l’AP-HP et ça va m’obliger à recadrer mes estimations pour la capitale. Ca m’inspirera pour le reste j’espère. C’est ce genre d’information qui est important pour le suivi de la survie du delta et un potentiel changement de cap.

    Tout cela met le moral à rude épreuve, n’est-ce pas.

  84. jsp dit :

    Dans la région Auvergne-Rhône-Alpes, le taux d’incidence a atteint les 2 445 cas pour 100 000 habitants (sur 7 jours glissants) le 6 janvier, contre encore 785 le 21 décembre. La proportion de cas Omicron est passée en parallèle de 18% des cas recensés à 84%.
    Concrètement, cela signifie que le nombre de contaminations hebdomadaires par Omicron a grimpé en deux semaines et demie de 11 000 à 164 000, pendant que les cas Delta refluaient de 51 000 à 31 000. Ce sont ces derniers qui occupent dans une très grande majorité les services de soins critiques à l’heure actuelle.

    En Bourgogne-Franche-Comté, le taux d’incidence est passé de 504 le 21 décembre à 1 896 le 6 janvier, tandis que la part du nouveau variant passait de 20% des tests positifs à 80%. Omicron a donc été multiplié par 15 (de 2 800 cas hebdomadaires à 42 000), pendant que Delta stagnait (de 11 200 à 10 500).

  85. Pro-pro dit :

    Je relance de 10 fois la mise (https://covidtracker.fr/belote-rebelote/#comment-6061),
    Le plateau des hospitalisations chez les 0-39 et même 0-49, c’est pour la fin de la semaine.
    Le nombre de cas repasse à 5 chiffres avant mardi prochain. Le max absolu de cas ayant été atteint avec le chiffre de ce mardi ( dernier avant le changement de thermomètre de Castex)

    C’est de la pure spéculation instinctive mais j’assume : « Cochon qui s’en dédit ».

    Quelques raisons qui étayent cela tout de même :
    – changement de thermomètre pour les enfants à l’école
    – Le nombre de cas a été surcoté par les asymptomatiques à cause de l’effet « cas contact » Fête de fin d’année + rentrée qui a induit beaucoup de personne à devoir se faire tester même si elles n’avaient pas de symptôme. Pour les cas, on est dans l’effet NASCAR ( les jaunes appellent les jaunes) non pas tant à cause de l’épidémie mais davantage à cause de la folie du tracing hystérique mis en place depuis la rentrée.
    – la part des omicron est de plus en plus importantes dans les hospitalisations or le temps de passage est super court –>> les RAD Omicron suivent de très près les entrées en Hosp. Omicron

  86. JCD dit :

    Petite mise à jour, avec les données ‘nettoyées’ de la courbe en S (et un omicron qui commence à se stabiliser, ce qu’apprécie fortement mon modèle) :
    En préambule : cette courbe en S reste assez cabossée (contrairement aux précédentes vagues alpha et delta) et la simulation s’en éloigne à partir de 80% de omicron (vs 90/95% sur les vagues précédentes). Ceci peut traduire une donnée pas encore complètement nettoyée ou un bug dans le modèle (qui a un peu évolué pour tenir compte de la perte d’immunité vaccinale au cours du temps). Il peut s’agir aussi d’effets de lissage géographique ou bien de lissage lié à la pyramide des âges car omicron n’en est pas au même stade partout. Etc…

    Bref, avec des pincettes, plus que jamais, il ressort :
    – Que la petite bosse du delta de décembre est lié à la semaine de Noël (25/12-2/1). Il va s’éteindre lentement mais surement (encore autour de 25 000 cas delta en ce moment quand même). Ca c’est une certitude.

    – Plateau de cas omicron entre le 15 et 24 Janvier autour de 300/325 000 cas en moyenne mobile ce qui signe l’immunité collective (toujours dans un environnement donné : masques, télétravail, passe etc…). On peut même espérer un peu mieux (plus bas, plus tôt) si comme l’an dernier le Reffectif est en baisse cette semaine (on ne le saura que la semaine prochaine !) grâce aux changements de comportements post-vacances de Noël.

    – Réanimation en pic autour de 4 800 lits COVID autour du 23/1 (dont sans doute autour de 1 500 à 2 000 delta, à vue de nez), en fin de plateau des cas.

    – Pour l’hôpital au sens large, on est proche (un peu en dessous) de Novembre 2020. (On suppose que la durée d’hospitalisation/réa est la même pour omicron que pour delta).

    Un point d’attention intéressant pointé par GRZ : https://twitter.com/GuillaumeRozier/status/1480256055389134857/photo/1
    Comme constaté ailleurs (ex : UK), il semble que la réanimation soit ‘mieux lotie’ que l’hôpital mais je n’ai rien vu de tangible dans les études sur le sujet. Néanmoins, si tel est le cas, cela veut dire que les 4 800 lits sont une borne haute. Tant mieux.
    Les chiffres sont donc très impressionnants (on peut tous le constater, d’ailleurs, ‘en vrai’ : dans mes connaissances, par exemple, c’est quasiment 1 nouveau cas par jour depuis fin décembre) mais la situation hospitalière parait sous contrôle (sous réserve que la grippe ou autre ne vienne pas perturber cet équilibre fragile – je n’ai pas regardé les chiffres).

    Et pour demain mercredi, tout comme Daniel, un 450 000 me parait réaliste.
    Record absolu, même si le 19 Janvier a une petite chance de détrôner le futur record de demain.

    • marion dit :

      donc vous parleriez de 2000 à 2500 patients en réa. Si l’on se fie aux chiffres anglais voire à des médecins tels que Mégarbanne qui ne voit pas d’omicron dans son service de réa, cela me parait étonnant.

  87. Resphoina dit :

    Omicron 21L (ou BA.2) semble prendre du terrain, notamment au Danemark.

  88. Daniel Le Breton dit :

    @ JCD

    Nous arrivons avec deux approches complètement différentes à des ordres de grandeurs similaires tant en nombres qu’en dates. On peut se dire qu’on ne devrait pas être loin de la réalité, en restant optimistes. Pour l’instant je n’ai pas de nouvelle estimation pour les soins intensifs, il me faut plus de données pour y arriver. Si ça monte à 4800 ça ne va rien arranger à l’hôpital.

    On manque cruellement de données sur la situation delta versus omicron à l’hôpital pour bien situer le moment ou ce dernier sera quasiment éteint. Il me semble que la méthode de relâchement des contraintes devrait se faire localement (niveau départemental) en fonction du moment ou on pourra considérer que delta est sous un seuil à définir.

    Mais la petite chanson de la partie radicale de la médecine distille son message: on ne sait rien du covid long omicron par exemple (si jamais il y en a mais on n’en sait rien). donc on voit que les spéculations se préparent pour conserver le plus longtemps possible les contraintes sévères. Ca peut durer longtemps, car bien sûr, on ne sait pas si un autre variant ou même virus va survenir. En quelque sorte, l’exception deviendrait la règle et on peut oublier le retour à la vie normale. C’est juste terrifiant.

  89. Ga dit :

    Après la stratégie anglaise de l’été (suivie en moins bien et sans le dire par le gouvernement) va t on suivre la stratégie espagnole ? Peu de courage politique chez nous. Et un grand merci aux autres pays d’oser ces décisions !
    Il est illusoire de penser que l’on est actif sur la dynamique épidémique d’Omicron…surtout avec cette furie de testing qui n’est pas une stratégie : bref des dépenses et contraintes monstrueuses sans aucun objectif. Mieux vaudrait surveiller les chiffres hospitaliers et mettre un petit coup de frein sur les interactions sociales si ça commence à grimper. Et surtout, ne chercher le variant que pour les personnes hospitalisées.
    Ce qui m’étonne quand même ce sont les disparités de proportions delta/omicron selon les départements : 20 % Omicron dans les bouches du Rhône, 100% dans les Hautes Pyrénées… compte tenu des densités de population respectives de ces départements c’est assez surprenant.

  90. Fred dit :

    https://covidtracker.fr/dashboard-departements/

    Dans le puy de dôme on serait à 100% Delta…

    • NicoM dit :

      @Ga et Fred

      Puisque nous sommes dans les bizarreries départementales, la Guadeloupe est originale aussi : une vague typique omicron (fulgurance, aucune surmortalité pour le moment) mais officiellement c’est du delta à 88% !

      Puisque Ga vous parlez des Bouches du Rhône, ce département a été à la fois le plus touché de France métropolitaine par la vague delta estivale ET par la vague delta automnale, ce qui est un élément qui m’inquiète quand à la notion d’immunité collective précaire et sur l’extinction nationale rapide du delta. Disons que dans la balance « éléments rassurants – éléments inquiétants » ça fait partie de ce qui me conduit à douter.

    • ffrancis dit :

      C’est une anomalie que j’ai déjà constatée dans la façon de reporter les cas
      https://www.gouvernement.fr/info-coronavirus/carte-et-donnees
      Des départements changent de type de variant d’un jour sur l’autre.
      Qu’en penser?

  91. Jean-Loup dit :

    MAJ des remontées quotidiennes et par date de prélèvement depuis le 1er janvier.

    01\01\22____219126_____31148
    02\01\22_____58432_____66380
    03\01\22_____67461____427410
    04\01\22____271686____336895
    05\01\22____332252____301989
    06\01\22____261481____283752
    07\01\22____328214____268507
    08\01\22____303669____187595
    09\01\22____296097
    10\01\22_____93896
    11\01\22____368149

    Moyenne « prélèvement » de covidtracker parfaitement juste. En revanche, la moyenne mobile par date de remontée est effectivement bloquée au 05\01. Ce n’est donc plus 198200 mais 283394.

  92. JCD dit :

    @Marion : les chiffes anglais peuvent indiquer que la situation en réa est meilleure que celle de l’hôpital conventionnel pour des raisons que j’ignore, tout comme le tweet de GRZ le laisse entendre. Donc ça serait une bonne nouvelle (on est à 4 000 réa aujourd’hui, le majorant serait à 4 800).
    Mais n’oubliez pas que l’Angleterre est plus immunisée grâce à leur politique du ‘laisser courir’ cet été, leurs seniors sont aussi plus vaccinés de mémoire etc… Toujours les fameuses petites différences qui peuvent changer bien des choses dans un monde exponentiel.
    Le delta a eu un pic de cas le 19 décembre. On est passé de 50 000 cas à 25 000 delta depuis donc en gros toutes les cohortes qui font augmenter les réas depuis fin décembre sont du omicron. Je ne vois pas comment c’est possible autrement même si le delta a sans doute plus touché les personnes âgées à Noël (mais nous n’avons pas les chiffres pour vérifier, effectivement. Ca viendra, sans doute).

    @Ga, Daniel : il me semble que toute la stratégie du gouvernement est 1/ Ne pas faire exploser l’hôpital 2/ Ne pas paralyser l’économie (en reconfinant peu ou prou)
    Donc les tests / le tracking / la troisième dose sont encore fondamentaux pour casser les chaines de transmission.
    Je trouve dommage que cet aspect des choses soit peu expliqué / soit négligé voire dénigré : on entend/lit encore beaucoup ‘le vaccin n’empêche pas les contaminations’, ce qui est faux. Quand Fontanet parle de réduire les contacts de 20% (ce qui est sans doute impraticable) il a néanmoins raison : il y a une différence énorme entre 4 000 / 5 000 / 6 000 lits.
    Une fois qu’on aura cette certitude de ne pas saturer les hôpitaux (donc d’ici la fin du mois. Ca va arriver vite), les choses vont forcément s’assouplir car la situation ira mieux, les beaux jours vont revenir progressivement et bien sur… les élections arrivent (le hasard fait parfois bien les choses).
    Et si un autre variant arrive après… on verra. Mais on sent plutôt un certain optimisme chez « les savants ». Tant mieux.

    • Whynot dit :

      @JCD

      Je vous rejoins totalement : ce serait bien que les médecins, ceux qui dirigent, ceux qui commentent ici, bref, tout le monde cesse d’être aussi binaire : c’est interdit dès lors qu’on parle du vivant !
      Je reste également persuadé que le testing, la 3e dose sont encore essentiels pour, à défaut de maîtriser et ralentir, enrayer la dynamique. Si ça n’enraye que de 20 % ce sera déjà significatif à l’hôpital. Si ça enraye de plus, c’est une bonne nouvelle.

    • marion dit :

      et bien , vous n’avez pas entendu Veran ce matin sur france info, on sent que les « pincettes » sont des tenailles et que l’assouplissement n’est pas dans son vocable. Une solution et chacun d’entre nous la connait. Je vous aide quand même, les protagonistes vont tous « taper » le cul des vaches fin février.
      Sinon, je ne suis pas super convaincu par le coté, les anglais sont plus immunisés que nous parce qu’ils ont relaché la bride en été mais on ne peut pas dire que pour nous c’était « la prison » et plus de 4800 patients en réa dont près des 2/3 seraient omicron est vraiment complètement déconnecté de ce qui se passe au RU ou danemark , sans parler de l’AFSUD.

      • Whynot dit :

        @marion

        D’où sortez-vous que « plus de 4800 patients en réa dont près des 2/3 seraient omicron » ??
        Déjà, on n’a pas 4800 patients en réa, et d’après ce qui a été dit par Daniel notamment, il semblerait que la plus grande part des patients en réa soient encore des patients delta.

        • marion dit :

          à whynot allez voir du coté de JCD , 7 à 8 posts plus haut parlant de 4800 patients en réa le 21 janvier dont 1500 à 2000 delta, par conséquent 4800 – 2000 est égal à 2800 et 4800- 1500 est égal à 3300. Donc entre 2800 et 3300 patients omicron le 21 janvier en réa (ce qui me semble totalement déconnecté de ce qui se passe ailleurs). Vous voyez , je vous mache le travail.

  93. Guillaume dit :

    @whynot je pense que Marion fait reference a la projection de Daniel vue plus haut : max 4800 personnes en rea dont 1500-2000 en delta … Donc par deduction 2/3 en Omicron 🙂

  94. marion dit :

    effectivemment, je parlais bien de JCD. Perso et je préfère ne pas trop en rajouter, j’avais entendu un médecin réanimateur parler de 10 % de patients omicron pour le moment en soins intensifs

  95. Fred dit :

    Et toujours pas de détails par statut vaccinal ET tranche d’age.

  96. Whynot dit :

    Allons allons, certains commentaires commencent à prendre une tournure complotiste… Si un constat ne correspond pas à ce qu’on attendait, il y a deux possibilités : soit on nous ment (le plus facile à affirmer puisque impossible à prouver si c’est la réalité, quasi impossible à infirmer si ce n’est pas le cas), soit il existe une explication rationnelle, dont il faut parfois savoir accepter qu’elle puisse nous échapper…

    Pour ma part, je n’ose pas croire que l’ensemble des hôpitaux français qui remontent les données de façon « brute et méchante » jouent le jeu d’une éventuelle propagande mensongère menée par un gouvernement totalitaire, ni même ceux qui vérifient et traitent les données pour les rendre disponibles. Pourquoi ? Tout simplement parce que je n’arrive pas à identifier l’intérêt !! Sur le court terme on peut se dire que l’intérêt est de justifier telle ou telle assertion, décision, etc, mais à moyen terme c’est l’assurance d’un violent retour de bâton… Je penche donc en faveur d’une explication rationnelle, ou plutôt d’une somme d’explications, qu’il s’agit de trouver…

    • marion dit :

      si vous parlez de mon étonnement et bien, cela glisse, la situation de nos hopitaux si les chiffres de JCD se confirment (4800 dont seulement 1500 à 2000 delta donc à peu près 3000 omicron), il y aurait trop de disparités avec les danois, anglais et sudafricains.

      • Whynot dit :

        @marion

        Je ne visais personne en particulier, et je ne juge ni votre analyse ni votre position. Il serait effectivement étonnant de s’écarter significativement des 3 exemples que vous citez. Je dis juste que si tel était le cas, alors il ne faudra pas tenter de trouver l’explication là où ça semble le plus facile, car c’est rarement là que se cachent les explications ^^

        • marion dit :

          je veux bien mais je ne crois pas qu’un virus va cibler une nationalité plus qu’une autre et encore une fois, je persiste à dire que la france à un « melon » collectif énorme en croyant qu’elle est le nombril du monde et que tout sera différent chez nous, en sommes, comme d’hab. Toutefois, en afsud , on nous a vendu que la population était plus jeune que nous (sauf que les études sont allées chercher dans toutes les tranches d’age pour vérifier l’impact d’omicron), au RU plus de rappel (pourquoi pas), au danemark (ben là on en est à peu près dans une situation similaire sur le plan vaccinal). Bon, je vais m’éloigner du lampadaire, on ne sais jamais….

      • phand dit :

        je ne sais pas combien il y aura de delta et d’omicron en réa ou en soins critiques au pic, mais actuellement se sont les delta qui remplissent les réa et avec encore entre 15000 30 000 cas par jour, il y aura encore des entrées en soin critiques.

  97. Jean-Loup dit :

    Le gros inconvénient d’une stratégie de communication qui ne serait axée que sur le remplissage de l’hôpital tout en occultant le nombre de cas, c’est qu’il est bien trop tard pour réagir en cas de besoin, et elle n’empêcherait pas la saturation des Généralistes en amont. Le nombre de positifs a cet avantage de donner un indicateur pédagogique et simple, relativement précoce, à même de modifier des comportements à risque. Inversement, le seul argument justifiant le testing délirant des enfants est de garantir, administrativement, un environnement le plus sûr possible aux enseignants. Autotests avec déclaration sur l’honneur, ou l’éternel balancier improductif entre syndicats et associations de parents d’élèves.

    Nous aurions pu nous éviter bien des ennuis à l’hôpital avec Delta si Omicron n’avait pas accaparé le « temps de cerveau disponible » sur les chaînes d’info parce que Paris se prend pour la France. La vigilance a clairement baissé partout durant le mois écoulé à cause du « rhume19 : c’est la fin de la crise, et un passe sanitaire sans vaccin ».

    D’accord ou pas avec le principe du passe vaccinal, ce n’était pas compliqué d’être clair pourtant. À leur place, je crois que j’aurais pu dire :
    1) vaccin très efficace +/- quatre mois en fonction de l’âge concernant la réduction du risque de forme grave, mais décevant sur la transmission, même s’il y a un effet non négligeable ;

    2) nous voulons éviter le plus possible le contact entre Delta, le relativement inconnu Omicron, et les non vaccinés dans les lieux de convivialité car très faible couverture 3 doses, d’où la fermeture des boîtes de nuit, jauges, entre autres mesures ;

    3) passe vaccinal comparable à un déconfinement progressif -> les vaccinés auront plus de libertés car mieux protégés ;

    4) voici la cartographie de la distribution 3D des aérosols dans un local fermé de conception standard, un avion, un train, etc. Agissez en conséquence et respectez personnel et autres usagers/clients. Le masque chirurgical n’est pas un outil de protection individuelle mais faire l’effort collectif de le porter correctement compense pour une bonne part le point faible du vaccin.

    5) par souci de leur développement psychologique, les enfant de -12 ans sont exemptés de toute contrainte obligatoire mais il est de la responsabilité impérieuse des parents de prémunir du risque les personnes présumées fragiles situées à proximité.

    Au lieu de ça, parce que la décision de laisser courir le virus depuis le printemps 2021 n’a jamais été assumée publiquement, contrairement à ce qu’ont fait Johnson ou Trump auparavant, on tente de ménager telle ou telle catégorie économique ou sanitaire par des faux-semblants, tout en sachant que rien n’est respecté en réalité. Le corps social est déresponsabilisé et ne prend pas en compte le particularisme de sa propre zone géographique. Dans ma Région très impactée, le gel hydroalcoolique avait déserté de très nombreux centres commerciaux depuis cet été pour ne reparaitre que cette semaine. Pourquoi ? « Nous attendions une incitation de l’État/Région/Préfecture. »

    Des conseillers coréens de la santé, par exemple, ont démontré l’intérêt d’un simple ventilateur positionné à la porte d’une salle de cours et extrayant l’air en permanence. Chez nous, on en est presque à exiger un détecteur de CO2 qui bipera une fois toutes les deux heures avant de se décider à entrouvrir une fenêtre…

    Côté bonnes nouvelles, le nombre de passages aux urgences pour suspicion de Covid est en baisse depuis le pic du 3 janvier (sauf pour les 5-14 ans), de même que celui des hospitalisations à la suite de ces consultations.

    Puisque l’on parle de l’influence des tests sur les enfants dans le nombre global de positifs déclarés, les données SI-DEP du 08\01 donnent une indication.
    26797___0-9 ans
    42846__10-19
    30995__20-29
    29285__30-39
    25582__40-49
    17769__50-59
    _8066__60-69
    _4005__70-79
    _1692__80-89
    __527__+90
    [Géodes]

    • Lithium dit :

      @ Jean-Loup

      Je rejoins tout à fait votre point de vue sur la communication axée uniquement sur les hospitalisations.
      Se baser uniquement sur les hospitalisations serait se priver de plusieurs jours de délais de réaction.

      Mais vu les chiffres, il faut se rendre à l’évidence : on ne peut pas comparer ce pic de cas Omicron avec les vagues précédentes. C’est hors cadre, surtout avec un variant Omicon aux propriétés très différentes de Delta ou des variants précédents.
      On pouvait considérer Delta comme une version plus contagieuse et un peu plus agressive que Alpha. Ce n’est pas transposable à Omicron.
      Avec ce nouveau variant on navigue à vue, en pleine brume épaissie par l’impact des jours fériés (redescentes erratiques des données) et les changements de comportements induis par les vacances de fin d’année.

      Quand je vois que l’on atteint un taux de 20% de tests positifs (taux jamais atteint auparavant) sur 1,7 millions de test par jour, je pense, contrairement à beaucoup, que les cas positifs sont très largement sous évalués actuellement et qu’il y a un trou monstrueux dans le filet « testing » ; ce qui n’a plus vraiment d’importance vu l’échec total de la stratégie tester-isoler-tracer qui n’a jamais vraiment eu les moyens de ses ambitions (encore de la com’ pour faire passer des gesticulations pour des mesures efficaces).
      Le trou va devenir béant avec la généralisation des autotests (surtout pour les enfants) dont les données ne sont pas comptabilisées.

      Soyons certains que nos dirigeants seront prompts à s’attribuer le mérite de la baisse de cas « officiels » même si elle sera dans un premier temps artificielle. On casse le thermomètre pour faire croire que la « maladie » est terminée.

      Les bonnes nouvelles de cette sous estimation probable des cas positifs :
      1) Omicron serait vraiment beaucoup moins à risque pour les cas graves (merci la vaccination ARNm ?).
      2) plus de cas réels = immunité renforcée par infection pour une bonne partie de la population, ce qui devrait nous promettre un printemps assez calme (objectif officieux : des élections tranquilles ?)

      Par contre, autre biais qui apparait dans les données récentes : sur les 2 dernières semaines et même avant les vacances, du fait des protocoles à l’école, les enfants ont été énormément testés (et donc parfois testés positifs), plus que durant les vagues précédentes en proportion de la population.
      Cela fausse donc le ratio cas positifs chez les enfants/chez les adultes et donc les comparaisons avec les précédentes vagues, les enfants étant très très peu à risque de forme grave.
      Il existe donc un risque de minimiser l’impact d’Omicron si on s’en tient aux données brutes, nb de cas / nb d’hospitalisations, sans distinguer par tranche d’age et/ou statut vaccinal (coucou paradoxe de Simpson…).

      Pour comparer :
      https://covidtracker.fr/covidexplorer/
      courbe par tranche d’age ou par niveau de scolarité : diagrammes 2 et 3

  98. Julia dit :

    Merci beaucoup

  99. Whynot dit :

    @Jean-Loup
    @Lithium

    Je vous rejoins totalement, en particulier Jean-Loup sur « ce qu’il aurait fallu dire ». Il est évident qu’il est toujours très facile a posteriori de savoir ce qu’il aurait fallu faire, mais pour cet exemple c’est pertinent tant les manques dans la communication gouvernementale sont importants et soulignés depuis maintenant fort longtemps dans le cadre de la pandémie.
    Dans le contexte de l’éducation, il est affolant de voir à quel point les solutions les plus simples, les plus économiques et les plus efficaces sont systématiquement ignorée par le ministre…..

    Jean-Loup président 😀 😀

  100. Ga dit :

    @Whynot Lithium Jean Loup
    Je ne pense pas qu’abandonner le testing soit la solution mais je faisais allusion aux nouvelles recommandations en milieu scolaire : cas contacts testés à J0J2J4…. cette surenchère me semble abusive d’autant que les enseignants ne sont pas considérés comme cas contacts des élèves (dans les niveaux de classes ou ceux ci portent le masque). Donc qui essaie t on de protéger au juste ?
    Une bonne explication sur la diffusion du virus et la signification des gestes barrières(que beaucoup appliquent ou pas mais sans les comprendre) serait aussi intéressante…
    Quant à freiner lorsque les hospitalisations montent…. eh bien en fait c’est déjà le cas, ça monte régulièrement et tranquillement, et pas grand chose ne se passe (pour les adultes) finalement.

    @Fred
    Je crois que ce sont les données que vous cherchez
    https://twitter.com/GuillaumeRozier/status/1480113039328399365?s=20

    • Fred dit :

      Je vous remercie pour le lien, je l’avais effectivement loupé.
      Il a 3 semaines, difficile d’en déduire l’impact Omicron dans ces données…
      Au moins une chose apparait claire, même avec une vaccination incomplète (je suppose qu’i faut considérer deux doses ou une plus contamination) avant 60 ans les soins critiques et réa sont rares.
      Du coup plutôt qu’emmerder tout le monde sans considération de tranche d’age, il serait judicieux de faire comme les Italiens qui obligent au vaccins les + de 50 ans et ou les Espagnols qui semblent avoir réussis à vacciner tous leurs anciens.
      On fout la pais aux jeunes et aux 5 – 11 ans, en dessous de 50 ans vaccinations des personnes immunodéprimés et ou à risques.

      Sinon à la marge un ami enseignant va faire demain sa 1ére grève depuis longtemps, il était bien parti pour se « tater » encore… ?
      Une lumière venue dire : « on ne fait pas grève contre un virus » a fini de le convaincre qu’il était nécessaire de le faire contre un c…

    • Fred dit :

      Je suis à la ramasse sur les deux doses et l’orthographe, paix…

  101. Ga dit :

    @Jean Loup
    Ah la responsabilisation de chacun(individus, corps de métiers) par la pédagogie…. j’en ai rêvé.

  102. Cromorne dit :

    Je regrette que nous lâchions vite dans l’adversité de cette pandémie, pour nous mettre dans une position de moindre exigence, dans laquelle nous nous complaisons.
    On a souvent changé les référentiels existants (« casser le thermomètre »), ou annoncés, afin de pouvoir faire meilleure figure dans la crise. Depuis la pseudo norme sur les masques, sur lesquels on pourrait remplir des pages, nombre limite de cas pour renforcer les mesures, jusqu’à ces dernières heures, durant lesquelles le ministre Véran dit que les mesures traditionnelles ne servent plus. Je sens qu’il ne va pas les renforcer …

    Je regrette que n’apparaisse plus clairement une réussite française dans cette lutte contre la pandémie. J’en entends certains dire « que nous avons laissé les écoles ouvertes »; ça me fait trop penser au cancre qui se réveille à contre-temps.

    J’aurais aimé que nous renforcions le réseau Obépine, ou que nous poussions plus avant les chiens renifleurs, ou encore qu’on invente un nouveau masque alliant transparence (pour les écoles), facilité de réutilisation, et haut degré de protection, ou, ou, ou …

    Ca y est, je viens de devenir un « Yakafaukon ».

    Sinon pour le suivi des cas en auto-test, pourquoi ne pas proposer un outil dans lequel on s’enregistre avec identité, un numéro de lot de test, une date, et le résultat. Un membre de CovidTracker est il inspiré?

    • Whynot dit :

      @Cromorne

      Le problème des auto-tests c’est que c’est zéro fiabilité… J’exagère, mais vraiment elle n’est pas bonne, et surtout le nombre de « faux » (négatifs ou positifs) change radicalement selon le statut de la personne (réellement infectée ou pas, symptomatique ou non). Concernant omicron, j’ai vu passer une étude qui disait que la fiabilité des auto-tests était encore moins bonne que pour delta ou les précédents, en raison d’un « binding » évalué moins important.

      De plus, la sensibilité de ces tests est très mauvaise. En gros, ils ne sont fiables que lorsque vous êtes infectés depuis plusieurs jours et développant des symptômes importants… Pour résumer, ils ne sont réellement efficaces que lorsqu’il s’agit de confirmer une évidence clinique, ou pour vous indiquer si vos symptômes sont liés à une infection covid ou une infection, type grippal par exemple.

      Donc de là à en faire un outil de suivi pertinent, j’ai de gros doutes !

      • Criau dit :

        Pour la fiabilité des autotests, je connais 2 personnes qui ont su grâce aux autotests qu’ils avaient le covid. Une 6e qui a fait le test en routine grâce au autotests donnés, d’ailleurs elle a eu du mal à y croire(elle avait peu ou pas de symptômes) et une autre personne qui se sentait un peu bizarre, légèrement malade et dont l’auto test s’est révélé positif également. Personnes qui ne se seraient sûrement pas fait tester si ils n’avaient pas eu d’auto tests. Alors ça ne prouve pas que c’est fiable mais il ne faut pas forcément avoir des symptômes très présents pour que l’autotest réagisse.

        • Whynot dit :

          @Criau

          Je veux bien croire que pour certains l’autotest a été utile, et je n’ai pas dit que l’autotest n’était utile QUE SI on présentait de lourds symptômes. Ce qui est certain, c’est que plus on a de symptômes, plus la fiabilité du test augmente. Cela n’implique pas qu’elle soit nulle pour les asymptomatiques !!
          Mon but n’était pas de trancher sur l’utilité individuelle des autotests, mais bien de dire que ce n’est pas suffisamment fiable pour en faire un outil de suivi lui-même fiable à grande échelle.

  103. Cromorne dit :

    Les limites des auto-tests sont connues.

    Tout en en tenant compte, ça me paraît mieux que de ne rien faire. Outre les résultats, c’est une possibilité d’étude sur la qualité des résultats de ces tests. A combiner avec d’autres informations.

    Et aussi ne pas mettre le doigt dans l’engrenage du « laisser aller ».

    • NicoM dit :

      @Cromorne

      « Et aussi ne pas mettre le doigt dans l’engrenage du « laisser aller ». »

      C’est marrant, moi je pense depuis le début qu’il ne fallait pas « mettre le doigt dans l’engrenage des « mesures » »…

      Et je pense qu’enfin nous commençons à comprendre qu’il est vain de chercher à contrôler quelque chose d’incontrôlable… Ce n’est pas une « une position de moindre exigence, dans laquelle nous nous complaisons », c’est juste de la logique et de la sérénité que nous n’avons pas eu depuis le départ.

      Car « sauver des vies », c’est bien beau, mais d’une part a-t-on vraiment réussi et d’autre part, à quel prix (social, économique, psychologique, sociétal, législatif, etc.) ?

      • Whynot dit :

        @NicoM

        Si je comprends bien ce que vous dites, c’est qu’on s’est affolés pour rien depuis le début, qu’il aurait fallu laisser courir sans prendre aucune mesure ce nouveau virus dont on ne connaissait absolument rien ??
        Quant à remettre en question le fait que de nombreuses vies ont été sauvées (ne serait-ce qu’en évitant un trop fort engorgement à l’hôpital avec les 2 premiers confinements), ça me paraît un peu cavalier… Qu’il y en ait un prix je vous l’accorde, de là à dire que ça ne sert à rien il y a tout de même un sacré gap !

        • NicoM dit :

          @whynot

          Vous grossissez trop mon propos ce qui abouti à une conclusion erronée…

          Prendre des mesures, pourquoi pas, mais alors il faut strictement les encadrer par des gardes fous temporels et situationnels stricts afin d’éviter leur empilement. Regardez le pass vaccinal, le Sénat en a imposé, on parie combien que le gouvernement les refusera ?

          J’ai senti ce risque dès le départ et je ne me suis pas trompé… On prends une mesure, on crée une nouvelle normalité, on prends une mesure supplémentaire face à un risque pourtant réduit par rapport à la situation initiale…

          On parie combien que nombre de gens continueront à porter le masque « pour éviter la grippe et le rhume » les prochains hivers ? Voilà la nouvelle normalité…

          Quand à l’effet des mesures sur la mortalité, peut-être que des morts ont été en effet évité, mais ce n’est pas strictement prouvé il me semble. « en évitant un trop fort engorgement à l’hôpital avec les 2 premiers confinements » avez-vous une preuve que les confinements ont évité l’engorgement des hôpitaux ? Une étude comparative internationale de grande ampleur par exemple ? Ou est-ce juste parce que tout le monde dit ça, et que les gens qui disent ça ils sont bardés de diplômes donc vachement intelligents ? Par ailleurs, si des morts ont été évités en avril 2020, ne sont-ils pas finalement morts en novembre 2020 ? Ce qui in fine (pour la comptabilisation globale), revient au même ? Je n’affirme rien, je n’en sais rien, et c’est justement ce « je n’en sais rien » le sens de mon propos précédent (au contraire des conséquences dont je suis quasi certain).

          • Whynot dit :

            @NicoM

            Oui bien sûr, j’ai volontairement surinterprété votre propos pour faire émerger un questionnement, mais vous commencez à me connaître désormais et je suis certain que vous le saviez 😉

            Non bien sûr, je n’ai pas de preuves à vous présenter, mais je suis à peu près certain que des précédents articles de ce blog montrent l’effet des confinements, et à peu près certain également que des études comparatives à l’international ont été menées. J’ai la flemme de chercher…. Après, il y a quand même un truc qu’il ne faut pas oublier : le « bon sens ». S’il n’oriente pas vers la vérité, il existe quand même certains contextes où l’appliquer permet toutefois de l’approcher. Il me suffit de regarder, au hasard le Brésil, pour y voir un impact non négligeable de « on laisse faire y’a rien à craindre » en terme de surmortalité comparativement au reste du monde.

            Certes, les sauvés d’avril sont peut-être morts en novembre. Tous ? Et si 1 % d’entre eux sont encore en vie aujourd’hui, cela ne justifie-t-il pas la démarche ? Aurait-il fallu sacrifier ces 1 % pour garantir le bien-être moral et social de la population générale ? Je vous renvoie à mon commentaire de 11h14 (https://covidtracker.fr/belote-rebelote/#comment-6249) qui renvoie justement à ce type de raisonnement

            « Au contraire des conséquences dont je suis quasi certain », je peux opposer à cela les mêmes limites que celles que vous soulevez sur mes propos : pouvez-vous le prouver ? Y a-t-il une étude qui le montre ?

            Par ailleurs, est-ce une mauvaise chose si, lorsque nous serons sortis de cette crise, les malades de la grippe portent le masque avec le but d’éviter de la transmettre ?

            Enfin, je vous rejoins totalement sur la nécessité de garde-fous pour empêcher à une réaction d’urgence de devenir une nouvelle norme. J’y mets quand même un bémol : aurait-il fallu mettre un garde-fou à l’obligation de porter la ceinture de sécurité en voiture ? Si le nombre de morts sur les routes diminuent au cours du temps, on assouplit la règle ? Bien sûr, les exemples ne sont pas comparables, mais vous aurez compris je n’en doute pas le questionnement de fond…

  104. Whynot dit :

    Je disais plus haut être très réticent à déjà se projeter sur la « sortie de crise » évoquée par certains, donc vous ne m’y prendrez pas 😉

    Mais justement, si les limites sont connues, et surtout, j’insiste, variables selon la réalité de la situation, ça l’exclut de fait en tant qu’outil de mesure. Si votre thermomètre n’indique une température précise qu’au-delà de 50 °C mais que l’écart à la réalité est de 10 °C pour des conditions normales, et que cet écart change selon le taux d’humidité de l’air, vous continuez à utiliser votre thermomètre pour donner la température de votre salon ? Perso, non.

    Les seuls tests fiables sont les tests PCR, et ils présentent également l’avantage de pouvoir faire du séquençage derrière. Pour moi, c’est donc sur ce type de tests qu’il faut appuyer une stratégie de dépistage, le reste n’est que gadget indicatif. Mais comme la capacité des labos n’est pas extensible à l’infini, dans un contexte comme aujourd’hui où les contaminations explosent, il faudrait mieux cibler l’utilisation de cet outil « là où ça compte vraiment ».

  105. NicoM dit :

    Allez, un peu de good news en provenance d’outre Manche pour se remonter le moral.

    Depuis 2 jours le nombre de cas descend en flèche, encore plus rapidement que la montée !

    https://coronavirus.data.gov.uk/

    Pourvu que ça dure et que ça fasse bientôt pareil chez nous !

  106. Guillaume dit :

    @NicoM, a noter également le nombre de patients sous ventilateur qui est passé en une semaine de 911 à 793 …

  107. marion dit :

    le Professeur Megarbane (aphp) parle clairement de patient comptabilisés covid en réa qui le sont alors que leurs entrée en réa n’en est pas la cause. IL parle de 30 % mais je n’ai pas compris s’il parlait du RU où de chez nous mais il confirme que c’est le cas en france

  108. NicoM dit :

    @JCD et DLB

    361 719 cas ce mercredi, c’est un très bon chiffre par rapport à vos prévisions, non ?

    Est-ce le début de l’effet de l’arrêt des tests pour les enfants ?

    • marion dit :

      depuis lundi, je vois toujours autant de famille à attendre le coton tige devant les labos

    • Daniel Le Breton dit :

      Je n’en sais rien, on peut le supputer, mais on repart sur de meilleurs bases et peut-être un pic de cas d’ici la fin de la semaine si la tendance nouvelle se poursuit.

      Le débat sur l’effet d’omicron bat son plein mais encore aujourd’hui, un médecin habitué des plateaux télé est revenu évoquer des effets long terme d’omicron qui nous sont inconnus, donc prudence, prudence. C’est le même genre d’argument qu’a un non vacciné doutant du vaccin (on n’en connait pas les effets long terme). Les effets psychiques sont indéniables, eux.

    • JCD dit :

      Décalage des comptages, moins de test, pic un peu plus tôt car cela se joue à 1 ou 2% d’immunité globale… Je ne sais pas non plus.
      La bataille omicron vs delta est très surprenante.
      J’ai par exemple un pic (puis plateau) d’entrées en réa… demain, avant le pic (puis plateau) de cas le 17 ! (et pic d’entrées à hôpital le 21).
      Donc un peu tout à l’envers (mais explicable si omicron envoie beaucoup moins en réa qu’à l’hôpital, ce que semblent montrer les infos de l’APHP et les données UK).

      Pasteur vient de publier un nouveau bulletin qui n’apprend pas grand chose de plus (pic réa entre 3 900 et 4 700 avec même un sous scénario à 6 000 !). Ils voient ça début février plutôt. Ils sont encore sur certaines hypothèses contestables (3eme dose à raison de 800 000/j, rythme de vaccination des enfants sur-évalué…).

      Bref, la bonne nouvelle est que tout le monde semble d’accord pour dire que les réanimations ne vont pas exploser et que l’hôpital va terminer vers 30 000 lits (c’est chaud quand même).

  109. Lithium dit :

    Au Royaume-Uni ça baisse, en France pas vraiment.
    En partant des chiffres de cas positifs (en gardant à l’esprit les limites de ces chiffres…) petit calcul de R eff selon la méthode simple de différence des cas quotidiens à 5 jours de décalage (pour Omicron il faudrait peut-être prendre 3 jours seulement) avec les moyennes des cas centrées sur 7 jours :
    R eff à J-3 = moyenne nb cas de (J-7 à J) / moyenne nb cas de (J-11 à J-5)

    Pour les 2 pays j’obtiens un pic de R eff autour du 29/12/2021.
    Au Royaume-Uni ça diminue vite
    En France ça stagne vers 1.4 depuis quelques jours. La limite basse avec le niveau de gestes barrières actuels ?

    Royaume-Uni :
    29/12/21 : 1.60 (pic de R eff +/- 2 jours)
    30/12/21 : 1.49
    31/12/21 : 1.39
    01/01/22 : 1.34
    02/01/22 : 1.29
    03/01/22 : 1.05
    04/01/22 : 1.09
    05/01/22 : 1.02
    06/01/22 : 0.96
    07/01/22 : 0.92
    08/01/22 : 0.86

    France :
    29/12/21 : 2.18 (pic de R eff ?)
    30/12/21 : 1.85
    31/12/21 : 1.59
    01/01/22 : 1.48
    02/01/22 : 1.40
    03/01/22 : 1.31
    04/01/22 : 1.36
    05/01/22 : 1.39
    06/01/22 : 1.47
    07/01/22 : 1.36
    08/01/22 : 1.38
    09/01/22 : 1.31
    ça fait quelques jours que ça reste à environ 1.4 mais comme nous allons perdre les chiffres sur les cas positifs pour les -12 ans, ça devrait mathématiquement diminuer ou au moins freiner la progression.

  110. Lithium dit :

    @ Chromone
    https://covidtracker.fr/belote-rebelote/#comment-6217

    Les premières données de l’APHP sur la comparaison Delta et Omicron sont rassurantes mais il ne semble y avoir aucune indication sur les tranches d’age concernées, or au mois de décembre la vague Delta était à son pic et Delta avait diffusé dans toutes les tranches d’age. Omicron était lui présent surtout chez les jeunes, toujours à l’avant-garde des contagions.

    Quand finira-t-on par comprendre que l’age est un facteur essentiel pour étudier la gravité de cette maladie et qu’il faut systématiquement raisonner par tranche d’age ???
    (on reparle du paradoxe de Simpson ou pas ?)

    Donc la conclusion de l’étude sur les cas en décembre devrait être :
    Omicon provoque beaucoup moins de cas graves dans une population plutôt jeune que Delta n’en provoque dans la population générale.
    On peut cependant relativiser le biais statistique : l’étude ne portant que sur des personnes hospitalisées ça homogénéise probablement un peu les populations étudiées.

    • phil dit :

      avec la contagiosité de ce variant, on s’est quand même rendu compte que le facteur age avait sauté rapidement et que cela fait 15 jours que les tranches d’ages plus élevées sont largement touchées

      • Lithium dit :

        @ phil

        L’étude de l’APHP porte sur la période du 01/12/2021 au 04/01/2022 donc quand même une période durant laquelle c’était encore majoritairement la population jeune (et citadine) qui était touchée par Omicron en France, alors que Delta touchait toute la population.

        De plus l’étude de l’APHP est très très succincte.
        Elle ne distingue pas les tranches d’age, ni le statut vaccinal.
        Elle arrive à la conclusion que la probabilité d’arriver en soin critique est 3 fois supérieure avec Delta qu’avec Omicron, pour les patients hospitalisés (population étudiée : 2621 hospitalisations).
        Aucun calcul d’intervalle de confiance, uniquement des graphiques joliment colorés et des pourcentages à 2 chiffre significatives, sans calcul de marge d’erreur, sans auto-critique sur les limites et biais sur les données.
        C’est globalement à la portée d’un lycéen qui maitrise Excel.

        L’étude américaine (dont je parle plus loin) me semble beaucoup beaucoup beaucoup plus solide.
        https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.01.11.22269045v1.full.pdf+html

        Elle distingue énormément de catégories : tranche d’age, statut vaccinal, sexe, IMC, niveau de revenu, fumeur/non fumeur, … et même l’ethnie (ce qui est interdit en France).
        La population étudiée n’est pas la même. Elle est plus large puisqu’il s’agit des cas positifs, pas forcément hospitalisés.
        L’échantillonnage me semble intéressant et d’un nombre statistiquement significatif (plus que l’étude anglaise similaire) avec 52 000 cas Omicron et 16 900 cas Delta, .
        Les résultats sont exprimés sous forme de pourcentage avec 4 (parfois 5) chiffres significatifs. L’intervalle de confiance utilisé est le classique 95%. Les ratio sont exprimés avec 3 chiffres significatifs, en mentionnant le résultat brut et le résultat ajusté, avec l’intervalle précisé à chaque fois.
        L’étude fait aussi son auto-critique et précise ses limites en conclusion.
        ça reste un pre-print mais ça semble très très solide comme étude.

        Pour moi, sauf problème lors de la relecture par des pairs, c’est l’étude de la confirmation après la première étude sud-africaine encourageante mais difficilement transposable à la situation française et l’étude anglaise sur un nombre de cas un peu faible.

  111. Lithium dit :

    L’étude américaine a l’air plus détaillée.
    Risque d’hospitalisation divisé par 2 avec Omicron.
    Risque d’être placé en soins intensifs réduit d’environ 75 %, et celui de mourir de plus de 90 %.

    ça confirme les tendances : pas mal d’hospitalisation, à cause du très grand nombre de cas.
    pas énormément de cas très graves.
    énormément moins de décès.
    bien sur c’est à pondérer avec la plus grande contagiosité mais c’est bon à prendre.

    https://www.ouest-france.fr/sante/virus/coronavirus/le-risque-d-hospitalisation-reduit-de-moitie-avec-omicron-compare-a-delta-f21e8bd8-73ec-11ec-adb3-e05a5ebfa4f4

  112. JCD dit :

    @Lithium
    Merci. Intéressant. Je n’avais rien vu jusqu’à présent qui différenciait soins intensifs vs hôpital.
    Sur un autre sujet, ‘le stagiaire’ est revenu de vacances. Les données bloquées au 5/1 ont l’air de revenir : https://dashboard.covid19.data.gouv.fr/vue-d-ensemble?location=FRA

    • Frédéric dit :

      Bonjour
      Les deux listes de données SPF et SIDEP ne sont comparable qu’en prenant au moins une moyenne hebdomadaire (par ex sur les 7 derniers jours on a 1.880.000 sur SIDEP et 1.887.000 sur SPF, ce qui montre une bonne cohérence.
      SPF: nombre de cas positifs arrivant sur le dernier jour (même si les prélèvements on été fait 2, 4 ou 7 jours avant), ce chiffre est fixe et ne bouge pas.
      SIDEP: résultats positifs pour une journée de prélèvement donnée, ce chiffre est régulièrement remis à jour puisque les résultats arrivent avec + ou – de retard.
      Si vous faite un prélèvement un vendredi et que vous recevez le résultat positif le lundi suivant, ça contera pour 1 le vendredi chez SIDEP et pour 1 le lundi chez SPF
      Cdl

    • phil dit :

      il me semble que les sudafricains en parlaient des début décembre, au travers de la comparaison qu’ils faisaient des différentes vagues sur les premières semaines et cela dans toutes les tranches d’ages mais comme on les a pris pour des guignols, cela a vite été zappé

  113. Pro-pro dit :

    Je reprends les chiffres donnés par Jean-Loup ici : https://covidtracker.fr/belote-rebelote/#comment-6153
    « …
    MAJ des remontées quotidiennes et par date de prélèvement depuis le 1er janvier.

    01\01\22____219126_____31148
    02\01\22_____58432_____66380
    03\01\22_____67461____427410
    04\01\22____271686____336895
    05\01\22____332252____301989
    06\01\22____261481____283752
    07\01\22____328214____268507
    08\01\22____303669____187595
    09\01\22____296097
    10\01\22_____93896
    11\01\22____368149
    … »

    Il n’y a que moi que cela perturbe ?
    Qu’il y ait des « petits » écarts je veux bien mais là on est face à la péninsule de Cyrano( exemple du 3/01/2021 où on a un facteur 7 d’écart)
    En tout cas j’admire la confiance que vous maintenez dans ces chiffres malgré les problèmes de mercure.

    Si on devait avoir plus confiance dans l’un que dans l’autre, du coup vous conseilleriez plutôt lequel ?

    En tout cas j’attends avec impatience les chiffres de demain :
    – qui confirmeront peut-être un peu plus que le PIC des remontées était hier (mardi 11) à 368149
    – et donneront le nombre des remontées du Lundi 10 (avant changement de thermomètre) à comparer à celui du Lundi 3( qui vaut 427958 au 12/01/2022-19h05).

    Les hospitalisations en Réa se stabilisent de plus en plus et l’incidence y est plutôt en début de baisse.
    –> Le plateau à 4000 cela reste jouable
    Par contre, pour les hospitalisations conventionnelles, le plateau c’est pas encore gagné.
    –> c’est là le paradoxe de cette vague par rapport aux précédentes : Le plateau va arriver en réa avant celui des hospitalisations conventionnelles

    • Daniel Le Breton dit :

      @ Pro-pro

      Le sujet a déjà été évoqué, il y a une différence d’un jour dans les dates (271 686 correspond à 427 410). Le décalage se voit aussi sur les weekends avec jour férié le samedi. Donc il n’y a pas de facteur 7 :), mais un autre écart significatif entre le 296 097 de SPF et le 187 595 par exemple.

      Les estimations à l’hôpital remontent à Paris et on se rapproche du taquet en soins intensifs. Au plan national le pic glisse à la fin du mois (le 27?) avec quelque chose comme 27 000 hospitalisés et 4 200 personnes en soins intensifs. Ca chauffe aussi donc, et le supposé plateau provient de la superposition des vagues delta et omicron au cours de la descente du delta.

    • NicoM dit :

      @pro-pro

      J’ai aussi, bien que ce soit très tôt et qu’il faille bien sûr le confirmer dans le temps, un pic des admissions en réanimation et des décès, pas encore des admissions à l’hôpital ce qui est cohérent avec les études concernant l’omicron d’un variant moins « hospitalisant », encore moins « réanimant » et encore encore moins « tuant » (mais les décès étant très décalés, on est encore en majorité sur les « décès delta » sans doute).

      En revanche, quand vous dites « contrairement aux autres vagues », je suis désolé mais il faut arrêter avec ce mythe du décalage des vagues hospitalisations et réanimations. Celles-ci ont toujours été peu ou prou synchrones. Le décalage concerne les cas avant les hospitalisations ET réanimations, avant les décès.

      Par exemple, le pic des entrées en réanimation a précédé de 1 jour le pic des entrées à l’hôpital lors des 3eme et 4eme vagues.

      Ce n’est pas contre vous que je dit ça, mais contre ces évidences qui passent pour des vérités non pas parce qu’elles ont été étudiées mais parce que ça parait logique et que tout le monde le répète inlassablement sans l’avoir étudié (parce que ça paraît logique justement, donc pas besoin, mais ce n’est pas une démarche scientifique cela…).

      Et pour info, j’ai analysé justement le décalage des différentes vagues, je me permet donc d’en parler.

  114. Whynot dit :

    Ce qui me plaisait dans ce blog et dans le fil des commentaires, c’était la divergence des points de vue, qui permettait bien souvent de trouver un point d’équilibre, un compromis.

    J’utilise le passé, car depuis quelques jours j’ai la sensation que chacun s’enferme dans ses certitudes, et que plus rien ne peut faire vaciller cette certitude.
    Je ne vais pas dire les choses aussi désagréablement que le pêcheur à la mouche, mais je vous avoue que lorsque j’adresse une réponse à quelqu’un, voir ce même quelqu’un ignorer ma réponse et remettre une couche sur son postulat malgré les limites que je soulève, ça me rend perplexe…

    Attention hein, je n’ai nullement la prétention d’avoir réponse à tout, bien au contraire. Mais mes tentatives pour essayer d’élargir les points de vue ou en délaisser certains pour les limites évidentes qu’ils soulèvent sont autant de coups d’épée dans l’eau, et ça me dérange.

    Non pas parce qu’on me contredit ou qu’on m’ignore, ça je m’en cogne royalement. Mais parce que ce sont les signes d’un « débat » qui n’en est plus un : j’ai le sentiment que peu à peu, les discussions passent d’un étayage constructif (on part de A pour dire que c’est peut-être A + b, puis A + b + c, et en fait peut-être a + B + c) à un étayage destructif (vous pensez A, je vous vous montrer qu’en fait il faut penser B. Et si vous n’êtes pas d’accord, c’est la preuve que vous avez tort)…

    Pardon pour ce coup de gueule matinal, mais ça me semblait important 🙂

    • marion dit :

      peut être que la lassitude fait que l’on a tous trouvé la clé pour sortir de cette période alors qu’il n’y en a pas peut être pas et que la seule chose que l’on a tous en commun est « le temps », probablement que celui ci est fixé par un tout petit organisme qui de toute façon va un moment ou un autre se mettre de notre coté

      • Whynot dit :

        @marion

        Peut-être, peut-être… En tout cas de mon côté j’avoue bien humblement ne pas avoir « la clé pour sortir de cette période », je doute même qu’il y ait une clé unique mais plutôt un trousseau bien garni ! Chacun peut apporter sa clé pour voir si elle peut contribuer à garnir ce trousseau, c’est même essentiel, mais j’ai quand même la sensation (je sais, je généralise sans doute à outrance, mais c’est pour illustrer mes propos) que dès lors que quelqu’un a trouvé « sa clé », il part du principe que c’est le passe (sans mauvais jeu de mots :D) qui permettra de se passer d’autres clés…

        En bref, on se retrouve peu à peu confrontés à des questions qui ne peuvent plus trouver une réponse simple et unique. On revient même à des questionnements presque philosophiques, que plusieurs millénaires de réflexion n’ont pas su lever définitivement.

        Pour moi, la question « que faut-il faire pour sortir de la crise ? » revient au même que de se dire « est-il juste de sacrifier une personne si on sait que ce sacrifice va en sauver 1000 ? ». Quelle que soit la réponse à cette question, il y aura forcément quelqu’un d’autre qui affirmera qu’en sacrifiant ces mêmes 1000 personnes (et donc en se passant de sacrifier la première), il est certain qu’on en sauvera 1 million. Faut-il le faire ? Doit-on le faire ? Est-il juste de le faire ? Est-ce moral de le faire ? Ces 4 questions sont indépendantes l’une de l’autre : répondre à l’une ne permet ni de s’épargner de réfléchir à une autre, ni d’y apporter des éléments de réponse…

        Après l’épidémiologie de comptoir, la philosophie de comptoir 😉

    • NicoM dit :

      @whynot

      C’est tout à votre honneur de rechercher le « compromis » mais est-ce seulement possible sur ce sujet, ou nous partons chacun d’entre nous sur des postulats totalement différents ?

      Je pense qu’à la base, ce qui change radicalement notre point de vue, c’est tout simplement la peur, ou non, de ce virus.

      Si vous avez peur d’attraper ce virus, que vous pensez que vous avez de forte chance de finir en coma artificiel intubé dans une salle de réanimation, et peut-être même pire, alors toutes les mesures sont à vos yeux nécessaires, une broutille par rapport à l’enjeu, et vous vous mettez à détester tout ceux qui s’y opposent, vous les voyez comme des criminels.

      Si vous n’avez pas peur de ce virus, que vous pensez que si vous l’attrapez ce sera au pire 4 jours de fièvre dans votre lit, et que de toute façon vous l’attraperez un jour, alors les mesures sont à vos yeux disproportionnées, inutiles, délétères, et vous vous mettez à détester tout ceux qui y sont favorables, vous les voyez comme des peureux absolument inconscients des conséquences sociétales à long terme des mesures prises.

      Ça vient de là, tout simplement, je pense sincèrement.

      Et ne me parlez pas du « penser aux autres », car ceux trouvent juste que des gamins non vaccinés soient privés de bibliothèques ou que des étudiants soient privés de faculté pendant un an ne sont pas plus altruistes que ceux qui respectent des mesures qu’ils jugent peu pertinentes depuis 2 ans…

      Je ne donne pas ici mon point de vue, j’essaye juste de dresser le portrait des 2 visions radicalement opposées qui ne peuvent donc pas tomber d’accord. C’est comme en politique : chacun son point de vue selon sa vision sociétale, et 2 visions opposées peuvent être vraies en parallèle.

      Je pense que la compréhension de cette divergence de vision de départ peut nous aider à mieux comprendre l’autre.

      • Whynot dit :

        @NicoM

        Ce que vous dites est très vrai, mais c’est justement ce que je déplore : l’existence de « 2 visions radicalement opposées ».
        Je ne comprends pas cette opposition : ça part du principe que l’une des positions est plus justifiable que l’autre.
        A titre personnel, je ne sais d’ailleurs pas où me ranger : je n’ai pas très peur à titre personnel du virus (peut-être à tord) pour plein de raisons : je suis vacciné, je ne suis plus si jeune que j’aimerais mais je ne suis pas si vieux non plus, je suis plutôt en bonne santé, et je suis vacciné. J’estime donc ne pas être le plus à risque face à une infection, en gardant toutefois à l’esprit qu’en cas de mauvaise fortune, je peux moi aussi venir garnir le contingent statistique des « contre-exemples ». Néanmoins, j’ai peur du virus pour les conséquences qu’il a eues en terme de mortalité lors des premières vagues, sur le fait qu’il nous échappe totalement d’un point de vue scientifique, sur les conséquences à long terme qu’il aura sur notre société.

        D’où ma réticence à condamner les mesures prises, ainsi que celle à ne pas en prendre…..

        • NicoM dit :

          @whynot

          « ça part du principe que l’une des positions est plus justifiable que l’autre. »

          Mais non pas du tout ! C’est le contraire de tout ce que j’ai voulu dire ! Ça veut juste dire que 2 propos opposés peuvent être tous les 2 justes en même temps (ça y est, je l’ai lâché lol).

          Et bien sûr je grossi le trait, il y a toutes les nuances entre ces 2 « extrêmes » qui viennent pondérer le trait.

          Néanmoins, je reste convaincu qu’il s’agit d’un sujet nécessairement clivant pour 2 raisons : 1 il touche notre santé, notre corps, donc notre intimité profonde et 2 ce n’est plus un sujet seulement médical mais désormais social du fait de l’importance des mesures prises.

    • Jean-Loup dit :

      @Whynot
      C’est effectivement devenu pénible par moment d’être aussi rapidement renvoyé dans une case (optimiste, pessimiste, enfermiste, rassuriste, hygiéniste…), d’avoir l’impression d’être acculé par le radicalisme de la certitude, ou de voir une discussion se poursuivre sans aucunement tenir compte d’un sujet de réflexion/pondération apporté plus tôt. Omicron exacerbe les tensions car il est certainement devenu un élément de foi pour beaucoup tant l’envie est forte de croire que cette parenthèse de deux ans va se refermer avec lui, pour revenir à « la vie normale ». En tout cas, j’apprécie beaucoup vos commentaires, et ce n’est pas juste pour le « Jean-Loup Pdt ». 😄

      Pour revenir au blocage du dashboard cette semaine, j’ai eu peine à comprendre un tel soupçon alors que les données principales des positifs J-1, J-3, décès, étaient encore majoritairement disponibles sur #tousanticovid (le fameux « stagiaire » devait travailler à l’importante maj de l’appli et oublier le reste😅), sur différents csv, en faisant un recoupement avec les données géodes, etc.

      Concernant les différentes remontées de cas et le doute qu’elles suscitent, voici l’explication officielle affichée publiquement sur l’application depuis 1.5 an :
      « Le nombre de nouveaux cas est un indicateur arrêté à J-1, donc sans le recul et la contextualisation nécessaires pour affirmer qu’il représente complètement la situation sanitaire ; il est très sensible aux variations quotidiennes des activités de dépistage qui sont remontées à SPF et ne constitue pas un bon reflet de la situation sanitaire.

      L’indicateur « Nouveaux cas prélevés J-3″ apporte plus de précision grâce au recul de 3 jrs qui permet une remontée des données plus complète. »

      https://www.data.gouv.fr/fr/datasets/synthese-des-indicateurs-de-suivi-de-lepidemie-covid-19/

  115. Cromorne dit :

    @ Whynot 13 janvier 2022 à 9 h 40 min

    Je n’ai pas réagi à votre réponse du 12 janvier 2022 à 16 h 59 min. Si j’ai contribué ainsi à ce que le site s’enlise, je le regrette beaucoup.

    Effectivement peut-être que le « feu » des premiers échanges, simulations, … nous a quitté. Ca doit être dans l’ordre des choses aussi: le bloggueurs sont plus ou moins superficiels, ou tenaces, ou, … Non?

    • Whynot dit :

      @Cromorne

      Merci pour votre réponse, constructive je trouve.
      Je ne visais personne en particulier, je faisais part d’un constat. Je ne vous juge pas sur votre position, et ne vous attribue pas particulièrement plus qu’à un autre (moi y compris) la responsabilité de ce constat.
      Peut-être que c’est « l’ordre des choses », comme vous dites, peut-être est-ce le fruit de lassitude globale et de tout ce que vous évoquez. Je ne condamne rien ni personne, ma volonté était simplement d’alerter ce constat, et aussi voir s’il était partagé.

      Je n’ai aucun doute sur le fait que les débats resteront tout de même constructifs, et que la ténacité de certains continuera à apporter des éléments de réponse. En tout cas, c’est bien tout ce que je souhaite ! Pour le collectif, avant tout, mais aussi pour une raison bien plus terre à terre et pragmatique : pour mon enrichissement personnel. Car il ne faut pas non plus ignorer que dans nos démarches à tous, forcément l’ego intervient. Le tout, c’est qu’il ne soit pas prépondérant 🙂

      Enfin, c’est ce que je crois, je n’oblige personne à me suivre !

  116. Ga dit :

    @whynot cromorne NicoM
    Peut être la lassitude s’empare t elle aussi de nous… en revanche je ne pense pas que tout vienne du binaire « peur/pas de peur » du virus. Les convictions politiques, le rapport à la vaccination, la vision du « faire société », notre propre hiérarchie de valeurs, et enfin le vécu personnel/professionnel interviennent pour créer un vaste panel de sensibilités.
    Retour aux bases de la communication non violente : exprimer son ressenti propre plutôt que d’imputer une intention/une idéologie à l’autre.
    C’est la théorie, pour moi je reconnais bien volontiers que je n’y parviens pas toujours.

    Mais j’ai toujours plaisir à parcourir ce blog et comme Whynot j’y puise souvent des ressources en ces temps complexes. Merci à tous.

    • NicoM dit :

      @Ga,

      Vous avez raison de compléter mes propos, la peur/non peur du virus est un paramètre essentiel mais non unique, j’avais trop simplifié.

      Mais l’ensemble de ces paramètres nous donnent une vision unique, personnelle de ce qu’il convient de faire / pas faire, et aucun point de vue ne peut être par conséquent jugé supérieur à un autre il me semble.

      L’essentiel est d’être bien informé, et non désinformé, car la désinformation modifie nos perceptions et donc fausse notre jugement.

      Il me semble que les lecteurs de ce blog sont plutôt bien informés et donc aptes à faire les bons choix pour eux-mêmes, ce qui n’empêche pas les perceptions différentes, et donc des débats, mais les débats respectueux sont sources d’enrichissement.

  117. Daniel Le Breton dit :

    Voilà qui pourrait nous faire réfléchir. Ceux qui ont inauguré le bal avec omicron (Danemak, UK, Italie, France) se retrouvent avec une vague des cas répertoriés qui fait en gros 5 fois la hauteur de celle de la delta.
    Pendant ce temps-là, L’Autriche, l’Allemagne, les Pays Bas voient une vague omicron faisant à peine la hauteur de la vague delta et montrant déjà des signes de faiblesse (comme par exemple l’effondrement du Reff en Autriche).
    Je suis impatient de voir ce que ça va donner quand ils vont lâcher les fauves.

    • Pierre Robert dit :

      @DLB
      L’Autriche a eu une période de reconfinement, qui continue en principe pour les non-vaccinés. Les Pays-Bas ont aussi reconfiné dans une certaine mesure. En Allemagne les règles varient d’un Land à l’autre mais chez moi à Berlin l’équivalent du passe vaccinal (+ papier d’identité) est nécessaire pour quasi-tout magasin autre qu’alimentation, etc. La vague Omicron est bien partie mais elle le fait depuis une « base » Delta plus basse qu’en France. Est-ce que ceci explique cela ?

      @ tous ceux qui débattent de la nature des discussions sur ce blog : il me semble que dans l’ensemble tout le monde fait des efforts de compréhension et de modération, cela en enrichit la lecture même si l’on n’est pas tous d’accord.

      • phand dit :

        Je confirme pour l’Allemagne en Bavière et Bade-Wurtemberg, depuis début décembre mise en place d’une forte limitations des contacts sociaux des non-vaccinés avec des règles du type 2G/3G puis 3G+/2G+. En clair les non-vaccinés n’ont plus accès qu’aux supermarché et commerces essentiel. Dans les écoles c’est autotests le matin en arrivant en salle de classe.
        En parallèle, ils ont observé une baisse plus forte des infections delta avant l’arrivée de l’omicron. Nous allons voir si cela leur permettra de mieux passer la vague.

  118. Lithium dit :

    @ tous

    Peut-être aussi un peu de lassitude face à cette pandémie en mode « un jour sans fin » avec son cycle d’arrivées de variant et de mesures sanitaires.

    Je conseille d’aller relire les commentaires d’anciens articles, il y a un 6 mois, 1 an, 1 an et demi.
    C’est instructif de voir des sujets quasi « éternels » et les divergences d’interprétation de chiffres identiques :
    – niveau de propagation d’un variant
    – dangerosité d’un variant
    – efficacité des gestes barrières
    – aspect liberticide des gestes barrières
    – efficacité des vaccins (sur les cas graves puis sur la contagion)
    – effets secondaires des vaccins, balance bénéfice/risque, par tranche d’age
    – la mise en perspective des risques sanitaires avec les autres risques : psychologiques, économiques, éducatifs, …
    – le discours « cette fois c’est la dernière vague, c’est certain »
    – crédibilité et incertitude de certaines études,
    et d’autres sujets récurrents.

    Bien entendu chacun arrive avec ses idées, ses a priori, ses certitudes parfois, mais globalement les commentaires restent pondérés et nourrissent le débat, bien aidés par les articles qui ne sont pas péremptoires et donnent les tendances les plus probables avec un nécessaire recul pour ne pas les présenter comme des vérités absolues.

    PS : oui je suis un adepte de la pondération et un allergique à l’emballement médiatique 😉

  119. Whynot dit :

    @Lithium
    Je suis moi aussi un adepte de la pondération, je refuse de croire que seulement un ou deux éléments suffisent à expliquer la vérité d’une situation aussi complexe sur bien des points, qu’il est nécessaire de trouver un maximum d’éléments afin ensuite de chercher lesquels sont plus importants que d’autres en terme de « poids ».

    Bien sûr que je vous rejoins également sur le fait que la globalité des commentaires reste effectivement très constructive pour les débats, j’ai peut-être trop noirci le tableau lors de mon premier post du jour. Disons que (l’image devrait parler à beaucoup) j’ai eu la sensation de percevoir un petit début de décrochage de la belle gaussienne bien lisse de la constructivité des débats 😉 Les différentes réactions depuis ont plutôt tendance à me rassurer sur le fait qu’il ne s’agit que d’un soubresaut statistique non représentatif d’un changement de tendance.

    @DLB
    Je m’étais fait cette même remarque il y a quelques jours en parcourant le dashboard monde. Cela va effectivement nourrir la réflexion et les débats de voir ce qui attend ces 3 pays dans les prochaines semaines.

    @Tous
    Cela n’a pas grand-chose à voir avec les débats menés ici, mais je saute sur l’opportunité que le hasard m’a fourni ce midi sur franceinfo car cela fait grandement écho aux questionnements que j’ai soulevé aujourd’hui, tout en étant dans un contexte moins « passionné », et qui me conforte dans mon idée que si le débat ne consiste qu’à opposer deux opinions en totale opposition (et pourtant toutes les deux « justes »), il ne peut pas apporter de réponse qui fait consensus. C’est totalement impossible. Pour illustrer, voilà le sujet abordé : un projet de loi visant à obliger le port du casque aux cyclistes.
    – Arguments du « pour » : 1ère cause de mortalité pour les cyclistes (dans le cadre de la pratique), le traumatisme crânien. Les familles de victimes vous diront que sans doute cela aurait pu sauver leur proche, et donc soutiendrons cette nouvelle loi.
    Cette position est très « juste », n’est-ce-pas ?
    – Arguments du « contre » : cela provoquerait inévitablement un frein dans l’essor de la pratique, et dans le contexte de la réaction nécessaire pour limiter l’impact du changement climatique, ce n’est pas constructif, en particulier dans les villes.
    Cette position également est très « juste », n’est-ce pas ?

    Or, il me paraît totalement impossible de trouver un consensus opérationnel entre ces deux points de vue… L’explication, je crois, tiens au fait qu’on oppose deux positions qui ne peuvent pas être opposées : en effet, l’une d’elles repose sur le factuel observé, sur la causalité (ça va sauver des vies donc il faut le faire). L’autre, elle, repose sur les conséquences de « si on le fait ».
    La limite du « pour » : ignorer les autres conséquences que celle découlant de la causalité exploitée pour justifier.
    La limite du « contre » : ignorer la conséquence irréfutable tout en s’appuyant sur d’autres conséquences pour objecter.

    Vous avez 4 heures… 😉

    • Fred dit :

      Mourir d’un pet dans le front ou par les trous de nez en respirant les gaz non « économisés », cruel dilemme.

    • Daniel Le Breton dit :

      @ Whynot

      On a dû écouter la même radio. J’ai apprécié la raison exposée par un animateur (contre le casque) : puisqu’il y a autant de morts avec ou sans casque, ce dernier est inutile.

      Qu’est-ce qui protège le cycliste en cas de choc ? Coté sécurité active (celle dont on dispose avant un accident), à part son discernement et son attention à la circulation, il n’a rien. Pas de freinage d’urgence automatique, de détection d’obstacle, etc. il n’a aucune assistance. Coté sécurité passive (celle dont il dispose à partir du moment de l’accident), il lui reste le casque, les genouillères, coudières, etc. S’il n’a rien de tout ça il n’a aucune sécurité passive. On peut comprendre qu’un amateur de VTT estime que son risque d’accident inopiné est supérieur et qu’il lui faut des équipements. Le cycliste de ville se concentre plus sur la circulation et les piétons car c’est là d’où vient le danger et en cas d’accident le casque peut lui paraître superflu, ce qui me parait discutable.

      Quelle sécurité (individuelle) active avons-nous coté virus ? Les gestes barrière comme on dit : masque, gel, aération, éviter des zones peuplées et les rassemblements par exemple. Pour la sécurité passive (une fois qu’on a chopé le virus) il reste l’immunité naturelle ou vaccinale, et certains médicaments.

      Ca ne dit pas comment on gère la crise. Si on doit deviser sur la sécurité collective, alors on a un arsenal de mesures contraignantes visant à limiter les contacts : télétravail, jauges voire fermetures par exemple. Le traçage fait partie de la même catégorie. Mais il y a un gros trou dans le tricot, le domicile. La sécurité passive collective peut-être renforcée par le passe qui pousse à la vaccination, et la encore il y a un trou dans le tricot, les personnes qui ne veulent pas ou ne peuvent pas se faire vacciner. Il y a donc un compromis historique à trouver et c’est un art que de le vendre à la population. Il faut hélas reconnaître qu’en matière de communication on peut difficilement plus mal faire puisqu’on est allé de la provocation à la bêtise bureaucratique. C’est à croire que les stages de management n’existent pas dans la fonction publique, au moins on y apprend les fondamentaux.

    • NicoM dit :

      @whynot

      Eh bien voilà, vous venez de trouver un magnifique sujet pour illustrer mes propos de ce matin ! Merci.

      On peut chacun avoir raison tout en ayant des propositions radicalement différentes, c’est juste que l’on analyse pas les mêmes aspects du problème.

      Ceci dit, il me semble que la meilleure chose à faire dans ce cas, c’est d’informer les gens des risques encourus, et une fois informés, libre à eux de décider s’ils veulent ou non prendre ce risque (qu’ils évaluent notamment en fonction de la pratique ; je ne vois pas trop un vttiste de descente partir sans casque, tandis qu’une maman avec ses enfants sur une voie verte… Le seul rapport entre ces 2 activités sont les 2 roues et le guidon 😉 ).

      Alors vous allez me dire « oui mais la collectivité n’a pas à payer, via la sécu, le surisque que prennent certains ! »

      OK, pourquoi pas, mais alors ou place-t-on le curseur ? Ne pas rembourser les cancers des fumeurs ? Les cirrhoses des alcooliques ? Mais c’est à partir de combien de verre d’alcool par mois est-on considéré comme alcoolique ? Faudra-t-il instaurer un quota de consommation autorisée ? Quota qui sera sans cesse abaissé petit à petit…

      Ou alors doit-on abandonner le principe de sécurité sociale universelle ? Chacun paye en fonction de son mode de vie ? Est-ce à dire qu’un pauvre devra plus se limiter qu’un riche, ou alors ne pas être pris en charge pour certains risques non assurés ?

      Aucun choix n’est bon n’est ce pas ?

      Bref, c’est un véritable sujet de société. J’entends la petite musique qui monte sur le nom remboursement des soins des non vaccinés, ceux qui disent cela savent-ils que c’est la mort du principe de sécurité sociale ? Encore une fois, une porte de pandore que l’on ouvre sous le coup de l’émotion, de la peur, de la précipitation, sans réelle réflexion (ou alors à dessein, mais sans le dévoiler)…

      Vous avez 4 heures 😉

  120. Whynot dit :

    Un bel exemple ici, tiens : https://www.lequipe.fr/Football/Actualites/Patrice-evra-le-covid-c-est-de-la-politique/1310265

    A-t-il raison, a-t-il tort ? Rien ne pourra vraiment prouver ni infirmer ses dires. Il est libre de s’exprimer, mais dans ce cas précis, est-ce moral et utile ? User de sa célébrité pour faire valoir son avis et de fait, renforcer l’opinion de certains, est-ce juste ? Est-il légitime, en tant que footeux (attention hein, je ne dénigre pas les sportifs, je dis juste que leur domaine d’expertise, c’est le sport et pas l’épidémiologie ou la politique), qu’il fasse part publiquement de son avis ? Si ça ne l’est pas, alors qui l’est : le politique, puisque c’est lui qui décide ? Le savant, puisque c’est lui qui sait ? L’ignorant, car c’est lui qui a le regard le moins biaisé ? Le citoyen, puisqu’une démocratie, c’est le peuple qui doit parler ?

    Vous avez de nouveau 4 heures 😀

  121. Whynot dit :

    Je viens d’essayer de poster un commentaire mais il ne s’affiche pas (pas la première fois dès lors que je mets un lien URL).

    Je viens de trouver un autre bel exemple qui montre bien que la communication, c’est pas si simple, et qu’on peut aussi dans ce contexte débattre longuement. Le lien ne marchant pas, si ça vous intéresse tapez « lequipe evra covid politique » dans votre navigateur. Rassurez-vous, l’effort intellectuel de lecture ne sera pas très intense :p

    A-t-il raison, a-t-il tort ? Rien ne pourra vraiment prouver ni infirmer ses dires. Il est libre de s’exprimer, mais dans ce cas précis, est-ce moral et utile ? User de sa célébrité pour faire valoir son avis et de fait, renforcer l’opinion de certains, est-ce juste ? Est-il légitime, en tant que footeux (attention hein, je ne dénigre pas les sportifs, je dis juste que leur domaine d’expertise, c’est le sport et pas l’épidémiologie ou la politique), qu’il fasse part publiquement de son avis ? Si ça ne l’est pas, alors qui l’est : le politique, puisque c’est lui qui décide ? Le savant, puisque c’est lui qui sait ? L’ignorant, car c’est lui qui a le regard le moins biaisé ? Le citoyen, puisqu’une démocratie, c’est le peuple qui doit parler ?

    Vous avez de nouveau 4 heures 😀

  122. Cromorne dit :

    Quelqu’un sait il comment accéder aux chiffres à l’origine des graphiques de l’APHP?

  123. NicoM dit :

    Ça y est les chiffres sont tombés.

    305 322 cas, 3eme jour de baisse consécutive, la moyenne mobile 7 jours monte encore car jeudi dernier il n’y avait « que » 261 481 cas. j’ai bon espoir que la moyenne mobile commence sa descente demain car les chiffres de vendredi, samedi et dimanche dernier étaient très hauts. Qui suit ?

    La très bonne nouvelle provient des réas : baisse des admissions pour le 2eme jour consécutif (en moyenne mobile 7 jours, toujours) et nombre global de réanimés déjà en baisse !

    Autre bonne nouvelle, le taux de positivité commence aussi sa descente.

    Ça sent bon tout ça !

    • phand dit :

      les taux d’incidence baissent à paris, en île de France et en Corse. Au niveau national, le taux d’incidence baisse chez les 20-29 ans, si je ne me trompe pas.

    • Daniel Le Breton dit :

      @ NicoM

      Les données indiquent que c’est imminent, donc je maintiens pour ce weekend, on aura perdu une bonne semaine comme les britanniques avec leur crise de Noël. Le taux de positivité reste un peu chaotique, la dérivée n’est pas encore bien orientée, mais ça va forcément suivre le nombre de cas.

      Le pic se rapproche pour les entrées en réanimation (je n’ai pas encore tout scruté à cette heure), la dérivée est cette fois dans le bon sens. C’est trop tôt pour le nombre de personnes en réanimation, le pic s’annonce plutôt vers le 19.

      Ca sentira vraiment bon lorsque les dérivées seront devenues négatives.

      • JCD dit :

        Ca converge ! Pareil que Daniel :
        – Pic de lits en réa le 19 aussi à 4400 lits max (ce chiffre a pas mal baissé ces jours derniers puisque j’étais à 4800. Tant mieux.)
        – Pic d’entrées en réa atteint hier.
        – Pic de cas le 17 (> 300 000 en moyenne lissée).
        – Pic d’entrées à l’hôpital dans les jours qui viennent aussi (dimanche) et de lits une semaine après (autour de 30 000).

        On commence à voir le bout du tunnel omicron.

    • Jean-Loup dit :

      @NicoM
      Pour ma part, je ne surveille plus que le J-3 par date de prélèvement, et depuis longtemps car il y a un trop fort lissage sur les remontées quotidiennes J-1 depuis Omicron.

      Cas positifs et quantité de tests.
      20\12\21____89 449___1 081 410
      21\12\21____83 793___1 044 913
      22\12\21____93 404___1 227 050
      23\12\21___103 433___1 614 989
      24\12\21____95 332___1 424 316
      25\12\21____18 498____190 679
      26\12\21____32 715____277 484
      27\12\21___224 918___1 417 766
      28\12\21___207 967___1 344 663
      29\12\21___220 737___1 446 242
      30\12\21___230 086___1 740 193
      31\12\21___201 890___1 746 793
      01\01\22____31 220____210 899
      02\01\22____66 490____409 338
      03\01\22___428 483___2 130 911
      04\01\22___338 122___1 846 084
      05\01\22___302 815___1 896 500
      06\01\22___284 525___2 101 296
      07\01\22___274 632___2 052 008
      08\01\22___200 658___1 475 817
      09\01\22____74 258____509 904
      10\01\22___426 440___2 554 662

      Côté entrées en réa,
      01\01\22____197
      02\01\22____101
      03\01\22____352
      04\01\22____460
      05\01\22____396
      06\01\22____410
      07\01\22____358
      08\01\22____243___+23.35% par rapport à J-7
      09\01\22____151___+49.50%
      10\01\22____380___+07.95%
      11\01\22____492___+06.96%
      12\01\22____381___-03.79%
      13\01\22____334___-18.54%

      • Jean-Loup dit :

        Une rapide comparaison entre la S1 2022 et le pic de nlles hospitalisations par semaine atteint début avril 2021.

        S13-2021____S01-2022
        13 145 =_____13 420 =
        __83__________753____0-9 ans
        _110__________370___10-19
        _321_________1006___20-29
        _663_________1257___30-39
        1170__________917___40-49
        1959_________1337___50-59
        2554_________1949___60-69
        2685_________2298___70-79
        2521_________2369___80-89
        1079_________1164____+90

  124. patrick dit :

    Quelqu’un peut-il m’éclairer de ses hypothèses sur la Guadeloupe ?
    Et de ce qu’on peut en inférer sur l’immunité ?
    Ré-explosion des cas
    toujours en Delta
    pas beaucoup pus de vaccinés
    mais quasi-personne à l’hôpital et pas de décès
    l’immunité collective naturelle aurait-elle été atteinte lors des contagions de la précédente vague ?
    ou bien y -a-t’il un effet de moisson ? (tous les fragiles sont morts lors de la précédente vague ?)
    merci d’avance

    • NicoM dit :

      @patrick

      J’avais noté cette bizarrerie Guadeloupéenne. A mon avis, c’est de l’omicron et non du delta, il y a un soucis dans le séquençage…

  125. Piotr dit :

    Bonsoir à tous,

    Le pic de cas au Royaume-Uni est désormais confirmé au 1er-2 janvier, et le pic des hospitalisations semble avoir eu lieu le 1er janvier aussi mais avec une redescente encore très lente. Le pic du nombre d’hospitalisés se rapproche alors que le décompte s’arrête au 9 janvier. Les cas les plus sévères n’ont jamais décollé, mais il y a eu une augmentation du nombre de décédés moins d’un mois après un test positif. Ils ont une autre façon de compter suivant que « covid » est inscrit sur le certificat de décès, mais les données arrivent avec un retard important. Je pense qu’on est dans la distinction « avec covid » / « pour cause de covid » qui devient nécessaire avec omicron.

    En France, la présomption de pic des cas autour du 8 janvier commence à se renforcer. Il semble que la remontée des données soit délicate depuis qu’omicron flambe, et les cas par date de prélèvement sont une donnée plus précise. Les autres courbes sont aussi encourageantes. Il semble désormais clair qu’une proportion non négligeable d’hospitalisations, soins intensifs et probablement décès sont à part, car la positivité au covid ne joue pas un rôle important dans ce statut (covid incident ou contamination à l’hôpital). Le meilleur moyen de vérifier ça serait de regarder la tension hospitalière.

  126. Joe dit :

    Bonsoir,

    Merci aux animateurs du blog et aux contributeurs qui par leur analyse permettent de se projeter plus sereinement.

    J’apprécie les questions et points de vue exprimés.

    De la même manière, quelqu’un saurait-il expliquer pourquoi avec un nombre de cas par million d’habitants similaire entre la France et le Danemark, nous avons un taux de mortalité 3 fois plus important (source worldodometer)?

    La réponse à cette question nous permettrait peut-être de mieux gérer le prochain variant ou la prochaine pandémie.

    Deuxième question: alors que 2 mois sont nécessaires entre une contamination et la dose de rappel, avec tous les cas répertoriés depuis les fêtes de fin d’année, combien de centaines de milliers de personnes ne pourront pas faire cette dose de rappel avant la date couperet du 15/02 et quelle conséquence pour leur pass?

    Merci

  127. Pro-pro dit :

    @ DLB, Jean-Loup, Fredéric (https://covidtracker.fr/belote-rebelote/#comment-6227),
    merci pour les retours et explications sur les 2 types mesures des cas à J-1 et date de prélèvement J-3.
    Effectivement, le J-3 est bien plus fiable à mon avis.

    Cette semaine sera la semaine du PIC des cas en date de prélèvement J-3. :
    pic journalier atteint le lundi 3 janvier à ~428500
    pic de la moyenne sur 7 jours atteint le 6 janvier à ~272000

    Je serais étonnée que cela remonte car depuis mardi 11 janvier on prend la température au front et plus dans les fesses, donc le chiffre à J-3 de mardi 11 janvier et jours suivant devrait être significativement plus petit que celui de mardi 4

    @Nico,
    Concernant Réa et Hospit, quand je parle de plateau et pic atteint je parlais du nombre de patient (lit) dans les services et pas des entrées.
    Pour les Réa, je vois un PIC entre 4000 cette semaine et 4150 la semaine prochaine.
    Pour les Hospitalisations, je ne vois plus rien du tout : PIC entre cette semaine et dans 3 semaines.

    Effectivement, dans le cas des vagues précédentes, plateau et pic des effectifs étaient très proches ( inférieur à 1 semaine) entre Hopsitalisation et Réa

    Pour cette vague Hybride, c’est différent :
    En rea on a surtout des patients « fin de vague Delta » alors qu’en Hosp Conv on a plutôt « des Omicrons milieu de vague hospitalisation ». De ce point de vue, pour la décrue, les Réa sont donc en avance sur les Hospi. conv. Oui mais la durée des séjours Omicron en Hosp Conv est bien moins grande que celle des des séjours Delta en Réa. Ce qui contrebalance le précédent effet. Lequel des deux aura le plus d’impact, je ne sais pas

    Du coup j’observe la forme des courbes d’effectif en Réa et en Hosp Conv ( au globale et par tranche d’âge)
    Et à la vue de ces courbes, je continue de penser que pour celle-ci on va avoir un petit décalage de plusieurs jours à plusieurs semaines entre Pic de Réa et Pic d’Hospit.

    En tout cas une chose est certaine, le PIC des Réa sera atteint avant la mise en place du pass Vaccinal.
    Bien joué Veran &Co, vous êtes trop des champions.

    • Daniel Le Breton dit :

      @ Pro-pro

      Jusqu’à maintenant je n’ai pas changé de thermomètre (données SPF à J). Je privilégie le temps dans cette histoire, et aussi les données les plus connues. Je viens de faire une version « Geodes » et ce qui me gène c’est que cette-fois ci, je ne colle plus aux estimations delta/omicron en matière de pourcentage. Ca ne va pas bien loin tout ça, selon Geodes on a passé le pic et pas selon SPF. De toutes façons on y est et il n’y aura pas de plateau. Je ne sais pas d’où cette idée sort. Peut-être des chiffres d’hospitalisation avec l’effet de superposition de deux vagues pas tellement différentes en hauteur, seulement en temps, et c’est ce qui donne une allure de plateau. Et ça ne signifie pas que l’épidémie se traîne, seulement que deux variants se trouvent au même endroit au même moment.

  128. Joe dit :

    Bonjour et merci JCD, Jean-Loup et Pro-pro pour vos réponses. Quelques complément

    @JCD, voici les chiffres de Worldodometer de ce matin écrits à l’américaine comme sur le site
    France : Total cases: 13,240,304 / Tot cases per 1 M: 202,158 / Deaths per 1 M: 1,932
    Denmark: Total cases: 1,023,938 / Tot cases per 1 M: 175,830 / Deaths per 1 M: 593
    Ma question reste la même, quelle peut-être l’explication d’un tel écart?

    @Jean-Loup Pro-pro
    Pour quelqu’un qui a attrapé le virus en étant asymptomatique et qui ne s’est pas fait tester, ou quelqu’un positif et qui n’est pas dans les tablettes, quel risque prend t’il à cette dose de rappel? Ce risque sera-t-il supérieur au bénéfice le 15/2 date à laquelle il est désormais probable que la vague Omicron soit oubliée des médias?

    • Phand dit :

      Ces données indiquent le nombre de morts par million d.habitants depuis le début de la pandémie et pas la situation actuelle. Si vous souhaitez regarder les effets de la pandémie sur la mortalité pour l’Europe entre différents pays,le site euromomo est assez pertinent.

    • Whynot dit :

      @Joe

      Dès lors que le délai est suffisamment grand entre l’infection et la dose de rappel, il n’y a pas de sur-risque associé à la dose de rappel.
      On peut imaginer que cette situation a été rencontrée un grand nombre de fois, en particulier avec l’émergence de delta : quiconque aura été infecté sans le savoir avant sa première dose, entre la première dose et la seconde, ou entre la seconde et la troisième a été exposé à cette situation, et si cette donnée est a priori impossible à connaître, il y a de grandes chances que ça ait été le cas pour beaucoup, notamment chez les jeunes qui sont plus souvent asymptomatiques que les autres.

      Je dirais que le risque est d’être plus secoué par la 3e dose que par les deux premières (c’est le cas dans mon entourage, en particulier chez des jeunes adultes). De là à provoquer des effets plus graves, il y a tout de même de la marge.

      Quant au bénéfice éventuel au 15/02, je me garderai bien de toute hypothèse… Si on peut effectivement espérer que la vague omicron soit déjà bien plus faible, ce n’est pas non plus gravé dans le marbre !

  129. L. dit :

    Bonjour,

    Une information dont peut-être vous disposez déjà (désolée je n’ai pas remonté tous les posts) pour l’impact de l’arrêt systématique des tests PCR et antigénique pour les enfants scolarisés : le protocole sanitaire pour les enfants qui consistent en trois auto-tests entrent en vigueur officiellement aujourd’hui. La mise à jour des documents a été effectuée sur le site du Ministère de l’Education nationale hier ou mercredi. Le protocole entre en vigueur ce 14 janvier donc avant cette date normalement les enfants ont continué à être testé pour le premier test du moins en pharmacie/labo avec enregistrement des résultats… etc.
    Bonne journée.

    • NicoM dit :

      @L.

      Ah non, personne à ma connaissance n’a parlé de cela, merci donc pour cette info.

      Je croyais que c’était déjà le cas depuis 2/3 jours, ça sera finalement pleinement actif à mon avis à partir de lundi, le temps que les Directeurs fassent remonter l’info aux parents qui sans doute feront quand même tester leurs enfants aujourd’hui…

      Donc peut-être que les chiffres la semaine prochaine s’effondreront, entre ce changement et le reflux naturel de l’épidémie ! Cool !

      • Whynot dit :

        @NicoM

        On peut tabler d’ici une semaine à avoir effectivement environ 30 % de tests en moins en raison de ce changement de protocole (qui va peut-être encore évoluer d’ici là, aller savoir), et donc à peu près la même baisse pour le nombre de cas positifs. Peut-être un peu moins, car en cas d’auto-test positif on peut raisonnablement imaginer que certains iront chercher confirmation via PCR.

        La perspective d’un retour à 5 chiffres d’ici une semaine ou 10 jours prend du corps ^^

    • ffrancis dit :

      Il faudrait donc refaire les taux d’incidence, avant et après en excluant les enfants pour se faire une idée de l’évolution?

  130. Jean-Loup dit :

    Que le masque en extérieur soit jugé disproportionné, OK, mais dire qu’il ne sert à rien comme le font avec un grand sourire certains journalistes et politiciens… Bref : les animaux se contaminent tous dans leur 2 pièces, c’est bien connu.

    Discours dangereux si un virus plus dangereux devait arriver dans les prochaines années.
    https://www.futura-sciences.com/sante/actualites/coronavirus-covid-19-port-masque-justifie-exterieur-certaines-conditions-94170/

    • Whynot dit :

      @Jean-Loup

      J’ajouterais, et c’est sans doute pire, « certains médecins », ainsi que certains « experts »……. Seul en balade en forêt, c’est sûr que bon, voilà…
      Mais dans une rue bondée cernée d’immeubles de plus de 2 étages c’est autre chose !

      • ffrancis dit :

        Je n’ai plus l’article mais il a été signalé que des cerfs de Virginie (ou chevreuils du Québec) avaient été contaminés dans la nature par notre coronavirus. Pourtant, ils vivent en extérieur eux mais en hardes!

  131. Ga dit :

    https://elpais.com/especiales/coronavirus-covid-19/a-room-a-bar-and-a-class-how-the-coronavirus-is-spread-through-the-air/
    Une modélisation bien faite de l’automne 2020 sur la contamination en intérieur par aerosolisation…
    Toujours d’actualité.

  132. Guillaume dit :

    Moins de 100000 cas en Angleterre aujourd’hui !
    Champagne 🙂

    • NicoM dit :

      @guillaume

      Yes !

      Si ce soir on est à moins de 300 000 cas en France, ça fera baisser la moyenne mobile 7 jours et ça signifiera que le pic est dépassé.

      Un peu tôt selon les calculs de nos 2 chefs modélisateurs JCD et DLB, moi je l’espère !

      En tous cas, fini les 300 000 la semaine prochaine ! Je prends les paris. En plus on peut avoir un cercle vertueux : moins de cas, moins de cas contacts, moins de tests, moins de positifs !

      Croisons les doigts dans l’attente des chiffres de ce soir…

  133. NicoM dit :

    Ah ces médias… Je lis dans un grand quotidien : « L’épidémie poursuit sa crue en France, où 196 personnes sont mortes du Covid vendredi, selon Santé publique France. 24.511 malades étaient hospitalisés, contre 24.154 jeudi. 2486 personnes ont été admises lors des dernières 24 heures. 3895 patients étaient également hospitalisés au sein des services de soins critiques, dont 310 admis depuis hier. »

    Euh ils auraient pas oublié de dire qu’il y en avait 3939 hier soit 45 de plus ? Bizarre bizarre, pourtant d’habitude les médias aiment tellement nous présenter les chiffres sous un jour optimiste 😉.

    • Alexandre Jay dit :

      Bonsoir

      @Nico M

      Je suis entièrement d’accord avec vous.
      Ici, il est précisé qu’il y a des records de taux d’incidence en val d’oise car il n’y a qu’un vacciné francilien sur 7! Soit je comprends mal soit c’est une sacré bévue.

      L’Ile-de-France est la région où le Covid-19 circule le plus en France via 20 Minutes

  134. Guillaume dit :

    @NicoM
    Vous m’enlevez les mots de la bouche, 2ème jour de suite de baisse en soins intensifs (-100 quand même), sans qu’un média n’en parle.
    Idem concernant le UK où les médias nous balançaient les records quotidiens, mais depuis que les chiffres sont divisés par 3 et les ICU en baisse de 15-20%, c’est silence radio

    • NicoM dit :

      @guillaume

      Un grand classique des médias ça, ils ne nous parlent que du pays ou ça flambe et l’oublient dès que la vague est passée pour nous parler du pays d’à côté ou ça flambe… (enfin pour 100 articles disant que la situation est désespérée, il y en a 1 pour dire que ça va mieux…

      • Whynot dit :

        @NicoM j’aime cette parenthèse qui rend moins « tranché » le jugement 😉
        Taquinerie mise à part, le constat est « vieux comme la presse » (c’était de vous ça non ? Ou DLB peut-être).

        Espérons en tout cas que cette tendance optimiste se confirme ! La tension est palpable partout en ce moment : je suis passé dans une pharmacie ce soir pour toute autre chose que le covid, et la pharmacienne s’est exclamé « oh ! une ordonnance !!!! » avec un air ravi et surpris à la fois. A la fin, elle m’a même remercié de lui avoir donné l’occasion de faire son vrai travail :O
        On en est là, vivement que le ballon dégonfle…

  135. NicoM dit :

    Ca y est, 329 371 cas vs 328 214 vendredi dernier.

    On est encore au dessus de 300 000 grrrr mais à peine au dessus de J-7 , la moyenne mobile ne va quasiment pas monter…

    Ca se stabilise c’est sûr, mais on ne peut pas encore parler de décrue comme l’avaient prédits nos modélisateurs préférés !

  136. JCD dit :

    On y est presque… Pas de grands changements vu de ma fenêtre.
    – Pic de lits en réa le 18 à 4 350 lits max. (Un peu étonnant car les chiffres baissent depuis deux jours mais on dirait qu’il y a eu un petit rebond delta le 8 ou le 9 donc c’est peut-être ça que le modèle anticipe).
    – Pic de cas toujours le 17/1 à 300 000 en moyenne lissée.

    Au passage un tweet intéressant de GRZ : https://twitter.com/GuillaumeRozier/status/1482008492408029189
    En regardant une ‘période relativement calme’ comme fin Août, on voit enfin chez nous (tout comme ailleurs) que le delta envoyait 0,8% des cas en réanimation alors que le omicron est à 0,2% aujourd’hui (donc le fameux ‘3 ou 4 fois moins dangereux’).
    (A mettre en miroir, lors d’une actualisation, avec le graphique de Philippe B tout en haut mais qui concerne les hospitalisations cette fois)

    • NicoM dit :

      @whynot

      C’est l’article alibi qui leur permet d’affirmer la main sur le coeur « mais non on est neutre, on présente tous les avis » 😊

      Elle vous a taquiné la pharmacienne vous devriez aller la voir plus souvent 😉

    • NicoM dit :

      @JCD

      Ah non, les réas ne monteront pas aussi haut, je ne pense même pas qu’elles franchiront les 4000 (ou alors à peine) vous verrez !

      Vous m’avez eu sur les cas, vous ne m’aurez pas sur les réas !

      Je l’aurai, un jour je l’aurai 😉😊

    • Lithium dit :

      @ JCD

      Fin août 2021, la situation vaccinale n’était pas la même non plus face à Delta.
      Difficile de comparer diverses périodes car l’immunité varie.
      Même la population non vaccinée ne peut pas servir de mètre étalon car l’immunité par infection y augmente avec le temps.

      Mais je continue de penser (sans certitude chiffrée) que le nombre réel de cas Omicron est plus sous-estimé que le nombre de cas de Delta, qui n’a lui jamais saturé nos capacités de tests, donc la sévérité relative d’Omicron ramenée au nombre de cas positifs est très probablement surestimée.

      • JCD dit :

        Ah oui. Très juste. Je dis des bêtises.
        Difficile de discriminer entre l’effet 3eme dose, l’immunité naturelle et la baisse liée à omicron.
        Par contre, une autre observation (juste cette fois !) : 10x moins de personnes rentrent en réanimation vs Mars 2021.
        Quand on voit qu’on est à 4 000 lits aujourd’hui, ça laisse songeur sur la violence de ce virus…

  137. Daniel Le Breton dit :

    Pendant qu’on en est aux comparaisons (avec les chiffres du soir de SPF), voici les indications des simulations (loi normale et log normale):
    * pic de cas hier avec une moyenne mobile proche de 300 000
    * pic de réa (soins intensifs) simultané juste en dessous des 4 000

    Ca va encore croître coté hospitalisation conventionnelle, ce qui permet de justifier certaines affirmations. Il faut approfondir un peu les analyses mais ça devient intéressant. Prochain challenge: se donner une idée de la période de disparition du delta.

    La décrue va ressembler à celle des britanniques, tout schuss.

    Média: on parle du prix des carburants quand ils augmentent, jamais quand ils baissent (et pourtant ils le font, mais pas en ce moment !).

    • NicoM dit :

      Voilà Daniel ça se sont des chiffres qui me plaisent, il faut toujours donner des bons chiffres et non des chiffres désagréables, n’est ce pas JCD ? Je suis d’humeur taquine décidemment ce soir 😊

  138. Whynot dit :

    @Daniel

    « Prochain challenge: se donner une idée de la période de disparition du delta. » Disparition d’où ? Cas confirmés, soins critiques ?

  139. Whynot dit :

    Par ailleurs, le vaccin Novavax est autorisé en France. Dommage, il arrive un peu tard : je suis assez convaincu qu’avec 2 mois de moins ça aurait pu finir de convaincre un bon nombre d’hésitants car non ARNm. Et allez, savoir, ça aurait peut-être pu nous épargner la gabegie du pass vaccinal…

  140. Pro-pro dit :

    La moyenne hebdo(7jours) continue de baisser pour les cas à (Date Prélev J-3) car 338957 au 4/1 remplacé par 331229 au 11/01)
    Le plateau/pic des cas se confirme donc avec moyenne (Date Prélev J-3) à ~272000 des 7 derniers jours dispo

    Par contre grosse déception, la baudruche ne se dégonfle pas. Je croyais à la baisse à partir de mardi 11 janvier pour les DdPJ-3, suite à l’annonce de JC du lundi 10 janvier vers 18h de mémoire. Peut-être que l’éducation l’éducation à été moins prompt à mettre à jour ses procédures et n’ pas suivi « l’application à effet immédiat annoncée par JC au soir du 10 janvier » à savoir auto-test suffisant dès J0 pour les cas contacts chez les élèves des écoles, collèges et lycée.
    @DLB, c’est ce changement là que je considère comme la casse du thermomètre.

    En tout cas pour les cas DdPJ-3, ca devient de plus en plus tendu de repasser à 5 chiffres avant le 18 janvier ( en écartant le dimanche 16/1 qui lui devrait out de même tomber sous les 100000). Ceci dit il est raisonnable d’enisager de passer sous les 200000 ce samedi 15 en DdPJ-3 ( valeur qui ne sera disponible que le 15+3 =18 janvier vers 19h00)

    __________j-1 ( SPF)___Date Prélev J-3
    31/12/2021__232200____202049
    01/01/2022__219126_____31263
    02/01/2022___58432_____66558
    03/01/2022___67461____429228
    04/01/2022__271686____338957
    05/01/2022__332252____303263
    06/01/2022__261481____284907
    07/01/2022__328214____275516
    08/01/2022__303669____201546
    09/01/2022__296097_____74511
    10/01/2022___93896____427426
    11/01/2022__368149____331229
    12/01/2022__361719
    13/01/2022__305322
    14/01/2022__329371

    Concernant les Réa, on tient le bon bout : 4000 pour le PIC déjà derrière nous (PIC à grosse composante Delta); Même les médias « Panic Buzz » commence à parler de la diminution en REA :
    https://www.bfmtv.com/sante/covid-19-legere-baisse-des-hospitalisations-en-soins-critiques_AD-202201140477.html

    Pour les hospitalisations de manière globale ( surtout alimentées par Omicron), étant donné le non effondrement des cas cela risque de rester sur un faux plat légèrement montant encore la semaine prochaine surtout que les services SSR_USLD voir leur cas augmenter fort en ce moment.

    Le challenge, c’est de savoir si le pass vaccinal sera voté avant la baisse des Hospitalisations.
    En tout cas, ce sera après la baisse des Réa et après celle du nombre de cas.

    CQFD : loi complétement inutile mais pas sans coût; Alors à l’instar de ce que certains élus envisagent pour les non-vaccinés, faudra-t-il facturer l’entrée en Réa pour les membres du gouvernement et députés qui auront voté cette loi inutile ? 😉

    PS : Hervé V, i miss you.

    • NicoM dit :

      @pro pro

      Concernant les tests des scolaires vous n’avez sans doute pas vu passer cette info de L. https://covidtracker.fr/belote-rebelote/#comment-6308

      Effets sans doute semaine prochaine !

      Concernant le pass vaccinal, il n’est pas inutile, il permet la privatisation du contrôle de l’application des lois. C’est pas cool ça ? Faire faire du travail de police par des opérateurs privés gratuitement pour l’Etat avec un peuple qui en est avide parce que c’est hype de sortir son tel et qu’en plus ils se croient altruistes (beau travail de nudge des communicants) !

      Un si bel outil, ce serait dommage de s’en priver…

  141. ZouZou dit :

    Bonjour.
    Quand les choses se seront calmées concernant cette pandémie, et rapport à la simulation sur les contaminations Espagnole citée plus haut, j’espère que les architectes des immeubles de bureau n’entasserons plus les salariés dans des openspace sans fenêtre qui s’ouvrent (immeuble HQE), et arrêterons de positionner les salles de réunion au centre des bâtiments (sans fenêtre). Combien de cluster sont partis comme cela ….
    Bon, on peut rêver non ??

  142. NicoM dit :

    Ca y est la propagande a sorti l’argument massue pour « convaincre » les derniers récalcitrants à la vaccination.

    https://www.ladepeche.fr/2022/01/14/covid-19-les-hommes-contamines-ont-plus-de-chances-davoir-des-problemes-derection-et-de-retrecissement-du-penis-10045762.php

  143. Pro-pro dit :

    Heureusement ce qui marche pour booster le système immunitaire fonctionne aussi pour autre chose. Vive la vitamine D
    https://www.lanutrition.fr/les-news/la-vitamine-d-liee-a-la-fonction-sexuelle

  144. Ga dit :

    Ah, enfin des vraies problématiques. 🙂
    C’est bon signe, on allège un peu le discours.
    Espérons que la vision de sortie de crise de la ministre de la Santé espagnole fasse des émules…

  145. Ga dit :

    ZouZou je rêve avec vous. Sur les locaux, les salles de classe, les déplacements à vélo avec ou sans casque….

  146. Daniel Le Breton dit :

    @ whynot

    En réponse à votre question sur le suivi du delta : les observations nous indiquent que le pic des réanimations comme celui des entrées en réanimations sont passés en fin de semaine. Le réajustement des simulations (un peu long) indique alors que la contribution d’omicron va être faible et courte, donc que les soins intensifs seront majoritairement dévoués à delta. Il est alors intéressant de regarder l’évolution de l’entrée en soins intensifs de la partie delta pour essayer de se faire une idée sur le moment ou elle deviendra faible.

    C’est ainsi qu’on estime qu’on en sera au tiers du pic des entrées en delta (environ 90 par jour) entre fin janvier et début février selon la loi statistique utilisée pour la simulation. On tomberait à 10% du pic (soit 27 personnes par jour au plan national) fin février peut-être. Cela confirme également le faible impact d’omicron sur soins intensifs.

    Je vais un cran plus loin : en ce qui concerne les décès, la fourchette d’évaluation actuelle est de 3300 – 3800 pour le seul omicron. C’est à comparer à la moyenne basse des grippes (5000) tout en n’oubliant pas le contexte vaccinal.

    On pourrait envisager un compromis historique en supprimant le passe mi février ou fin février au plus tard : plus d’omicron, plus grand monde hospitalisé pour le delta qui aura disparu des écrans radar. Politiquement très incorrect n’est-ce pas ?

  147. Jean-Loup dit :

    « Politiquement très incorrect n’est-ce pas ? »

    En quoi ? Même si c’est sans doute un trais d’humour, je ne comprends pas trop ces pics ironiques de la part de l’un des modérateurs du blog depuis un certain temps, surtout ici et maintenant où cette envie de tout libérer est la plus prolifique et populaire.

    Ces revendications sont légitimes et souhaitables sur le plan des libertés démocratiques, mais si des personnes refusent désormais la vaccination, grâce ou à cause de la dominante (oui, dominante depuis 15 jours) et prématurée communication optimiste, que fait-on cet été ou l’hiver prochain si Omicron n’est plus si gentil sans cette protection, ou que le supposé nouveau vaccin « variants » s’avère massivement rejeté car jugé non nécessaire lorsqu’il s’agira d’anticiper une éventuelle vague.

    L’immunité naturelle conférée par omicron ? Aucune étude n’en établie la durée tant les réinfections sont nombreuses, quel que soit le variant contracté précédemment. « Les beaux jours » et une saisonnalité comparable à celle de la grippe ? Présumée dans certains pays dont le nôtre où Delta a été plutôt moins grave cet été que cet hiver, mais sérieusement invalidée dans d’autres, notamment l’Afrique du Sud.

    La disparition définitive de Delta ? Il y a chaque année 4 ou 5 souches de grippe qui se promènent simultanément, et Omicron serait le résultat d’un réservoir animal que l’on maîtrise mal depuis le début.

    Beaucoup des antivax/anti-pass français présents dans les manifs sont âgés. Ce ne sera donc pas simple à gérer dans quelques mois avec une couverture vaccinale qui pourrait devenir aussi faible que pour la grippe, et des dotations santé pour les hôpitaux qui ne seront jamais revues à la hausse malgré les promesses compte tenu de la dette accumulée en deux ans de pandémie. Plus d’impôts pour plus de lits ? Injouable politiquement tant les ménages sont sous la pression de l’inflation et le retraité moyen quant à lui essoré puisque ses ressources sont totalement décorrélées. Passe vaccinal discriminant à partir de 55-60 ans ? Obligation vaccinale des plus âgés ? Comment ?

    Le relâchement sanitaire qui se dessine est un pari sur un Omicron pérenne et insurpassable à moyen terme, tout autant qu’un choix économique (surtout économique), pas une qualité qu’il faudrait copier sans tenir compte des spécificités locales ayant conduit à ces décisions.
    https://www.france24.com/fr/vid%C3%A9o/20201229-campagne-de-vaccination-l-espagne-va-ficher-ceux-qui-refusent-le-vaccin

    Notre modernité ne pourra pas faire l’économie d’un retour aux fondamentaux de l’hygiène et de la salubrité qui ont disparu à partir des années 1980. Le retour à la « normalité » de 2019 n’est qu’un leurre tant les maladies graves hier éradiquées d’Europe sont en résurgence avec les déplacements massifs des populations et les trafics d’animaux, la prolifération des moustiques, des tiques, des puces, des rats, les très nombreux chats errants parfois au contact des renards à la frontière entre ville et campagne, etc.

    Sur le plan sociétal, cette période particulière aura parfois été très intéressante pour ses contradictions médiatiques : Une personne de 70 ans a bien vécu et doit accepter de mourir du Covid. Pourquoi je refuse le vaccin à 50 ans ? Parce que je ne veux pas tomber malade à 70 ans à cause de lui.

    • NicoM dit :

      @Jean-Loup

      Et alors l’ironie est interdite dans le nouveau monde ?

      Je vais faire court comme réponse. On faisait comment jusqu’en 2019 face à une épidemie ? On ne savait rien faire ? On n’allait pas voir son médecin qui ne nous conseillait pas de nous vacciner ? On avait besoin d’une coercition technologique pour se protéger face à un virus potentiellement dangereux ?

      Revenons juste a un peu de bon sens. Ce sont les médecins qui gèrent une épidémie avec leurs patients. Pas les politiques.

  148. Daniel Le Breton dit :

    @ Jean Loup

    Je reconnais avoir fait sciemment un peu de provocation pour tenter de raviver la flamme qui s’éteint. Maintenant il va falloir arrêter un déni vis à vis d’omicron: on a finalement trouvé ce que d’autres ont trouvé avant nous alors tâchons d’en tenir compte. On en fait un peu beaucoup peut-être parce qu’on a introduit sans réfléchir le principe de précaution partout, principe que la plupart des gens connaissent mal et y trouvent une raison pour ne plus oser. De quoi demain sera-t-il fait? Et bien à la première occasion on revient à la case médecine de base et vu les connaissances acquises ont fait confiance aux sentinelles pour sonner l’alerte en cas de besoin et repasser en mode combat si c’est nécessaire. Je comprend que le monde sanitaire soit traumatisé par l’expérience, mais les citoyens, surtout les jeunes, le sont aussi. Accepter une tutelle sanitaire permanente au nom d’un futur inconnu, franchement non, la vraie vie me semble-t-il, c’est le risque maîtrisé autant que possible et ce depuis les débuts de l’humanité. Quant à l’organisation générale de la médecine, je crois à voir quelques reportages récents qu’elle est bien enkystée et que les forces antagonistes en présence se contentent du gel de la situation, sauf les personnels de base qui sont plutôt laissés pour compte et qui vont voter avec leurs pieds. Pendant ce temps là, les citoyens voient le désert grandir à leurs dépends.

    C’était le quart d’heure philosophique. Coté chiffres ça va pas mal (on est repartis en mode zig zag pour le coefficient de reproduction hebdomadaire), mais pas d’alerte à l’horizon. C’est la partie hôpital conventionnel qui reste la plus difficile à simuler, peut-être l’effet secondaire des « covid internes ».

    • Monique Bonnet dit :

      Je suis d’accord avec la confusion entre principe de précaution et maîtrise du risque. Argumenter à partir du principe de précaution aboutit souvent à figer les choses : on ne sait pas, donc on ne fait pas, et cela pas seulement dans le domaine sanitaire.
      La maîtrise du risque suppose, quant à elle, une recherche permanente et une prise en compte de l’évolution des connaissances, autant dire une reconnaissance de la communauté scientifique. Difficile, alors que la défiance vis-à-vis du monde scientifique a dégringolé de 20% depuis le début de la pandémie, selon Etienne Klein.

  149. GM dit :

    Bonjour à tous.
    Le fait fondamental aujourd’hui hui, est la decorrelation entre infection et formes graves. Jamais autant de cas et si peu de réa. Tout le reste est du vent.
    Pourquoi ? Vaccin? Immunité collective ? Darwinisme viral qui ne veut pas tuer son hote ? On ne saura jamais. La dernière épidémie a durée trois ans environ. Celle là autant si tout continue comme ça.
    Il y a quelques chose de fondamental. Les grandes épidémies n ont pas été contrôlées par la médecine. La peste épidémique ont disparues avant les antibiotiques. La tuberculose idem.
    Une épidémie correspond à la rencontre d un mode de vie et d un germe. Si on analyse les modifications de nos comportements (se resserrer autour du noyau familial, la réduction des événements de masse, le tele travail et les diverses visio) notamment chez nos enfants, je pense que l on a une clé fondamentale de l de volition actuelle.
    L évolution actuelle est très encourageantes. Espérons que l hysterie politique se guérisse aussi bien que le covid.

  150. Ldx dit :

    @ Daniel Le Breton et GM,

    Merci beaucoup pour vos paroles de lucidité et de bon sens. Ça fait vraiment du bien au moral.

  151. Jean-Loup dit :

    @NicoM

    Peut-être suis-je insuffisamment fataliste.

    Je ne crois pas que « bon sens » ait une définition intemporelle. Est-ce celui qui consistait à mettre des quarantaines strictes à l’arrivée des navires pendant des siècles, ou davantage celui qui nous a conduit à ramener de Chine sans trop de précautions des personnes exposées à un virus inconnu.

    Le risque est inhérent à la vie, la maladie aussi, mais je suis un peu désolé que l’hygiène et la prévention aient été les parents pauvres de l’éducation depuis des années, parfois par pur laxisme. Des lycées et collèges sans savon dans les toilettes pour gagner quelques euros, c’est juste honteux. Rien à voir avec de l’hygiénisme ou un principe de précaution dévoyé.

    Notre époque a pris conscience qu’il fallait davantage aménager la ville pour des personnes à mobilité réduite. Peut-être pourrait-on tirer comme enseignement de cette pandémie qu’il ne devrait pas y avoir de fatalité à transformer la salle d’attende de la médecine de ville ou encore les pharmacies en incubateurs où l’on se présente avec une tendinite pour en ressortir avec une grippe. Les moyens techniques ne manquent pas, il suffit juste de choisir.

    Rien à voir niveau gravité mais doc intéressant.
    https://www.infectiologie.com/UserFiles/File/medias/enseignement/seminaires_desc/2014/2014-DESC-Vannes1955.pdf

    • Kiki dit :

      Un article pour ceux qui aiment l’Histoire, très intéressant et sourcé
      https://pgibertie.com/2022/01/15/les-racines-historiques-du-fascisme-sanitaire-de-lhygienisme-anti-polonais-a-limaginaire-nazi-de-la-tuberculine-a-la-tentation-du-modele-chinois/
      Avec l’utilisation d’un test vertueusement falsifié par un médecin polonais pour sauver les Juifs de quelques villages durant l’occupation Nazi

    • NicoM dit :

      @Jean-Loup

      J’ai utilisé cette expression de « bon sens » un peu ironiquement, car en général les gens qui disent que c’est « une mesure de bon sens » ont un avis totalement inverse du miens… Mais il est vraie que l’ironie était ici invisible…

      Quand vous dites « l’hygiène et la prévention aient été les parents pauvres de l’éducation » je me rends compte que si on ne partage pas le diagnostic de départ, il est clair que nous ne pouvons adopter le même traitement…

      Comme les communistes qui disent que le France est un pays ultra libéral tandis que les libéraux disent que la France est un pays quasi communiste…

      Je m’explique : je trouve au contraire que notre société est obsédée par l’hygiène et la prévention !

      Hygiène : mais combien de temps passons nous de plus que nos arrières grands parents dans la salle de bain ? 10 fois plus ? Combien de douches prenons nous par semaine par rapport à eux ? Quelle est l’évolution des ventes de savon, dentifrice, shampooing etc ?

      Prévention : mais combien de fois entendons nous ou lisons nous la phrase suivante « pour votre sécurité » ? Moi ça m’exaspère à force… Que donne l’accidentologie du travail ? La mortalité routière ? Sur la route, ça s’effondre, pour le travail, je n’ai pas les chiffres, mais je suis sûr que c’est pareil.

      Quand à attraper la grippe, je pense que la course contre les virus est perdue d’avance, on ne va pas vivre en chambre stérile que je sache, alors confrontons nous aux virus pour apprendre à nos corps à lutter contre plutôt que d’appliquer ces « gestes barrières » contre productifs à long terme.

      • Jean-Loup dit :

        Vous n’avez pas tort sur certains aspects, même plutôt raison, notamment sur la prolifération de messages infantilisants ou l’amélioration réelle de l’hygiène corporelle, mais il y en a bien d’autres aujourd’hui en retrait.

        Par exemple, les personnes nées avant-guerre lavaient bien plus le sol à l’entrée de leur logement, ne rentraient jamais avec leurs chaussures au delà du paillasson, n’auraient jamais eu l’idée de passer à table ou de plonger les mains dans la boîte de biscuits sans lavage préalable.

        Encore une fois, ne mélangeons pas tout : il y a la vie en société, ses inconvénients normaux, mais parfois des négligences un peu stupides. Aller fumer sur le trottoir public jonché de crachats et autres salissures en tout genre, puis rentrer directement dans les couloirs d’un EHPAD, ce n’est pas forcément nécessaire lorsqu’il suffirait de s’équiper en surchaussures. Laisser « bébé » se faire lécher par le chien qui rentre du jardin, ne l’est pas davantage.

        Le système immunitaire peut beaucoup, mais certainement pas tout et tout le temps. Les maladies très graves ont accompagné l’humanité durant des siècles, sans pratiquement jamais faiblir par elles-mêmes, et les gestes barrière ont contribué à en diminuer la mortalité. Leur héritage est partout autour de nous. Cela va du maquillage égyptiens qui prémunissait des infections oculaires véhiculées par les mouches, aux rituels religieux de lavement, au voile partagé par de nombreuses cultures afin d’éviter les poux, etc.

        Le fait de porter un bonnet a été moqué par la mode à la fin des années 80, mais est de retour depuis avec la reconnaissance du fait qu’il limite le risque d’infarctus par grand froid. Nos grand-mères n’avaient donc pas tort de forcer les enfants à en mettre, en plus du cache-nez, avant de les laisser partir à pied à l’école. Nombreuses étaient pourtant les réticences et parfois larmes du matin.

        Le débat de fond entre ce que vous présentez comme deux visions irréconciliables (ce que je ne pense pas), est en fait de savoir à partir de quel moment les personnes fragiles sont considérées tel un fardeau par la communauté. Sans rien faire, il y aura en effet toujours un nombre suffisant de « forts » pour passer entre les gouttes et en sortir renforcé. Mais il faut bien considérer que ce fort aurait pu être le faible pour une autre maladie.

  152. Joe dit :

    Voilà que sans passe vaccinal, l’épidémie décroît. Je suis persuadé qu’une étude scientifique démontrera rapidement que c’est grâce aux débats houleux au parlement et à l’autorité du gouvernement qu’Omicron a décidé, en France et uniquement chez nous, d’être moins virulent. Quant aux espagnols, décidément ils ne comprennent rien aux subtilités des épidémies.
    Combien de temps pour entendre ça à la télé?

    Merci encore aux contributeurs de ce blog, loin des errements médiatiques ou youtubesques.

  153. Ruff dit :

    L’omicroptimisme ne me convainc pas. A voir ces courbes au sommet tronqué sur le site en ce qui concerne les contaminations, c’est évident que le thermomètre est cassé (fait trop chaud! ou prosaïquement, on ne teste plus assez, trop de monde).
    Amélioration en vue dans les hostos? mais c’est l’effet de la fin de Delta surtout, la multiplication des cas graves Omicron est peut-être pas encore complètement arrivée.

    • Daniel Le Breton dit :

      @ Ruff

      Je peux comprendre vos réticences mais ici on analyse les données sans a priori. La surprise du chef a été la baisse des réanimations bien avant la date estimée et cela veut dire que la vague omicron dans les soins intensifs est petite. En revanche omicron se voit en hospitalisation conventionnelle, mais dans l’ensemble delta domine.

      On peut discuter de la pertinence des cas répertoriés, pas de celle des décès. Coté France on l’estime à moins de 4000 personnes pour omicron et en UK où les vagues delta et omicron sont bien séparées, on l’estime à un peu plus de 5000 cas. Il y a une bonne chance que les britanniques voient la fin de la crise delta/omicron d’ici la fin du mois de janvier. Là encore on se base sur l’analyse des données, pas sur une intuition.

      Si vous voulez une comparaison, regardez le cas de la grippe en France :
      https://www.pasteur.fr/fr/centre-medical/fiches-maladies/grippe

  154. Guillaume dit :

    @Ruff
    Le meilleur moyen de faire une comparaison est de regarder ce qui se passe au royaume uni.
    Contaminations en chute libre à tel point que le « plan B » devrait être abandonné d’ici 10 jours, autant dire retour à la vie normale, même si les restrictions étaient très limitées.
    « It all seems to be heading in the right direction, particularly, crucially, in relation to hospitalisations, which seem to be plateauing »
    Aucune raison de penser que la même chose ne se produira pas en France

  155. GM dit :

    @willwat. Oui, on est d accord. Je parlais pour le monde occidental.
    @ JeanLoup Pour ceux qui ont un peu suivi l histoire …. la grosse perte de bon sens a été lorsque la France a construit un laboratoire P4 à Wuhan (le fameux Wuhan Instituteur of Virology) puis lorsque les États Unis lui ont financé sous Obama les études de ‘gain of function’ Qi ils ne voulaient pas faire sur leur sol sous l administratio Obama (sous la responsabilité d ailleurs du bien connu Dr Fauci).
    La plus grande perte de bon sens: faire confiance à un régime communiste totalitaire.