Après un été relativement tranquille, la rentrée donne le signal de départ pour une nouvelle vague(lette ?), toujours causée par BA5 qui trace sa route à travers l’automne.

Que nous disent les chiffres ? Une grosse incertitude pour la date du prochain pic !

Omicron limite la casse, par Philippe Brouard

Après une bonne pause sur le suivi des indicateurs, il est temps de jeter un coup d’œil en arrière. Dans l’article du 24 janvier 2022, un graphique présentait l’impact de l’arrivée du variant omicron sur les entrées en services de réanimation. Il s’agissait de savoir quel est le pourcentage des nouveaux patients qui entrent en soins critiques. On peut maintenant vérifier que le variant omicron a diminué par deux la séverité du SARS-CoV-2 par rapport au variant delta, et cet effet continue encore en ce moment, voir le graphique à suivre.

Légende : pourcentage de nouvelles entrées en réanimation à trois jours des nouvelles entrées en hospitalisation, covid-19 France, données SI-VIC Santé publique France

Les capacités des services de réanimation sont donc moins surchargées même pendant les vagues en 2022. Mais d’un autre côté, le variant restant très transmissible, ça peut engendrer du monde à l’hôpital. Pour la situation en cours, étant donné les nouvelles contaminations, j’ai évalué le nombre de reproduction R à 1,4 ce qui est assez fort. Vaut mieux ne pas rester très longtemps à ce niveau, donc deux hypothèses d’évolution de R sont choisies pour être orientées à la baisse. Je garde aussi l’hypothèse de R constant comme référence.

Légende : réglage de R_effectif pour le simulateur CT avec trois hypothèses d’évolution dans les jours à venir.

Le suivi du nombre de nouveaux cas positifs donne alors le graphique à suivre.

Légende : évolution du nombre total de cas positifs détectés pour covid-19 France, données Santé publique France et simulateur CT, selon les trois scénarios.

En conséquence, à autres réglages constants, voici le calcul de prolongation des courbes pour la situation hospitalière.

Légende : Occupation des services hospitaliers pour covid-19 France, données Santé publique France et simulateur CT.

L’hypothèse du milieu pourrait être la plus plausible, elle permet de voir que l’impact resterait limité sur les services de réanimation, même si un pic de charge pourrait grimper vers 19 000 patients fin octobre. Tout ça reste assez incertain vu les écarts entre les différentes courbes. La durée moyenne de séjour pourrait aussi chambouler les calculs. Ci-dessous les dernières estimations, on remarque que la DMS n’est pas stable, elle a un impact fort sur le niveau de charge de l’hôpital.

Légende : estimation de la durée moyenne de séjour avant retour à domicile et de la létalité hospitalière pour covid-19 France, calculs issus du simulateur CT.

La létalité hospitalière affiche quant à elle une belle stabilité en 2022, vers 9 %, une caractéristique d’omicron, qui confirme aussi que ce variant est moins dangereux, ce qui reste préférable.

Philippe Brouard

BA5, le retour, par JCD

Pour la troisième fois (souche initiale ‘Wuhan’, Delta, et désormais BA5), un variant provoque ‘sa’ deuxième vague de fin d’année, avec la rentrée puis l’arrivée de l’automne.

L’effet rentrée est en particulier visible sur les enfants dès le 5 septembre.
Les autres classes d’âge étant généreusement contaminées ensuite…

Ce soubresaut ne devrait cependant pas porter de grandes conséquences, avec un mini-pic entre 40 et 50 000 cas par jour autour du 15 octobre, toujours sous réserve qu’un autre variant ne débarque pas à l’improviste (BA.2.75.2 ?).

Légende : Simulation du nombre de cas déclarés quotidiennement (moyenne lissée 7 jours)

Pas de grandes conséquences non plus pour les réanimations qui vont interrompre leur lente descente pour connaître un plateau sur octobre.

Légende : Simulation du nombre de lits en réanimation

Au delà de ces courbes/chiffres, il est intéressant de noter que l’immunité vaccinale qui nous protège contre les infections est désormais… à zéro pour Pfizer !

En effet, les dernières campagnes massives de rappel datent de plus de 6 mois maintenant et on sait (les Anglais mesurent ça très bien) que Pfizer ne protège plus contre l’infection après un tel laps de temps. (Curieusement, Moderna apporte encore une protection à 50%, d’après ce même bulletin).

Cette rentrée est donc intéressante du point de vue des modèles car on se retrouve dans une situation où le variant BA5, avec son R₀ donné, se retrouve uniquement face à l’immunité post infection de la population française pour stopper sa propagation.

Le fait qu’on atteigne un mini pic mi-octobre signifie qu’à cette date-là, on aura, d’après le modèle SEIR :

I% = 1 – 1/R₀, avec I% = Immunité collective.

Rappelons au passage que R₀ est défini par le nombre de contaminations secondaires engendrées par une personne contaminée (ex : R₀ = 3 environ pour la souche Wuhan d’origine). R₀ est malheureusement défini de manière floue car R₀ dépend à la fois du virus mais aussi de l’environnement humain dans lequel le virus évolue (beaucoup de contacts vs peu de contacts humains. Cette donnée varie beaucoup avec la rentrée des classes, l’hiver, les vacances…). Donc, ‘techniquement’, le R₀ de BA5 n’est pas le même en été et en hiver.

Néanmoins, en supposant que ce R₀ soit à peu près stable sur les 3 semaines qui viennent (à ne pas confondre avec le R_effectif qui décroit jusqu’à 1 au pic), on peut faire le calcul suivant avec la donnée I% = 50% (puisque les compteurs officiels font état d’environ 34,5 millions de contaminations en France depuis le début de l’épidémie) :

50% = 1 – 1/R₀ ce qui nous donne R₀ = 2.

Problème : les variants sont censés être de plus en rapides depuis le début (et d’autant plus avec omicron), et la souche Wuhan est déjà à R₀ = 3. Donc impossible d’avoir R₀(BA5) = 2…

Inversement, si on considère que BA5 est très rapide, avec un R₀ > 10, on obtient I% > 90%. Autrement dit, 90% de la population a été contaminée et non pas 50%. Contradiction à nouveau.

Le degré d’incertitude est donc très élevé. Essayons d’affiner.

La série Wuhan-Alpha-Delta a grandi dans un environnement avec pas/peu de vaccinés et pas/peu de réinfections, ce qui permet d’éliminer pas mal de paramètres et d’évaluer le R₀ de Delta autour de 8 (en comparant la vitesse de remplacement d’une souche par une autre).

[EDIT : je corrige quelques chiffres et ajoute quelques précisions dans les 3 paragraphes suivants, suite à une erreur (désolé) de recopie liée à une confusion entre le R₀ de Omicron et son taux de reproduction sur une semaine -Omicron se reproduit 2 fois en une semaine donc sa vitesse propagation hebdo est de R₀²]

De la même façon, la série des omicron BA1-BA2-BA5 a eu lieu dans un laps de temps resserré (limitant ainsi les variations de l’immunité liée aux vaccin) et avec des profils de réinfection qu’on pourra considérer comme similaire, ce qui permet d’estimer que BA5 est 2 fois plus rapide que BA1.
Le R_effectif hebdomadaire de BA1 est par ailleurs monté à 2,3 début Janvier ce qui signifie que son R₀ est supérieur à 1,5 (car 2,3 = 1,5*1,5)

En (très) grossière approximation, on peut donc dire que R₀ de BA5 est compris entre 1,5×2=3 (ce qui impliquerait que les infections précédentes au Wuhan-Alpha-Delta ne donnent aucune immunité envers BA5) et 1,5x2x8 = 24 (ce qui impliquerait une immunité totale liée aux infections précédentes Wuhan-Alpha-Delta).

La vérité étant entre les deux, on peut estimer que %I se situe dans une fourchette entre 70% et près de 100% (en utilisant toujours la même formule I% = 1 – 1/R₀) au pic, ce qui nous donne du 90% à 100% en fin de vague.
Ceci est beaucoup plus élevé que les 50% des statistiques officielles (qui comptent par ailleurs deux fois les personnes victimes de réinfections !). On est environ dans un rapport x2.

Ceci illustre donc une fois de plus le rôle des ‘immunisés invisibles dans les statistiques’ c’est à dire essentiellement les asymptomatiques/peu symptomatiques. Au moins égaux au contingent des symptomatiques, voire 3 ou 4 fois supérieurs si on considère que l’immunité post infection n’est pas de durée infinie.

Difficile d’avoir le fin mot de l’histoire (quelle est la contribution des asymptomatiques à l’immunité collective ?) car il n’y a aucune donnée publique quotidienne sur les réinfections (ce qui permettrait de mieux compter les primo-infections et de mieux calculer le R₀ respectifs des variants, surtout lors du passage de Delta à Omicron BA1).
Les sérologies permettent d’évaluer le niveau d’immunité collective mais il s’agit d’un minorant.

En bref, on savait déjà que tous les non-vaccinés avaient déjà été contaminés, il est désormais possible voire probable qu’on puisse faire le même constat pour les vaccinés aussi : la majorité va (ou a déjà) attrapé le virus. (Avec bien sûr, faut-il le rappeler, une différence significative : les vaccins protègent toujours contre les formes graves à près de 90% au bout d’un an).

Un dernier graphique pour finir et en revenir au sujet de la propagation du virus ces prochaines semaines : en supposant que le froid arrive en octobre selon le même timing que l’an dernier et en réinjectant cela dans le modèle, le pic pourrait être un peu plus prononcé, les gens ayant bien sur tendance à vivre plus en intérieur (100 000 cas fin octobre, peu d’impact sur l’hôpital).

Légende : Simulation du nombre de cas déclarés (moyenne lissée 7 jours) quotidiennement en prenant en compte sur octobre un effet ‘retour du froid / vie en proximité à l’intérieur des bâtiments’. (R_effectif renforcé)

Prévoir le devenir du virus n’est pas simple, mais l’est encore moins s’il faut d’abord prévoir la météo…

BA5 fait de la résistance par Daniel Le Breton

En voilà un qui s’accroche. On s’y attendait un peu avec la rentrée des classes mais ça ne prend pas le chemin d’une « huitième vague » pour l’instant, il faudrait qu’un autre variant apparaisse pour qu’il en soit ainsi.

J’utilise aujourd’hui un paramètre supplémentaire pour essayer d’y voir clair, il s’agit du ratio hebdomadaire des cas (exemple : nombre de cas du mardi divisé par celui du mardi précédent). Une fois les discontinuités dues aux jours fériés lissées, voici ce que ça donne :

Légende : historique du ratio hebdomadaire depuis mi 2021.

A l’été 2021 la vaccination de la population n’est pas encore complète et le ratio hebdomadaire grimpe très haut (3,3), puis il diminue lors de la reprise de l’automne pour delta et atteint un niveau que l’on rencontre par la suite (1,7) pour les autres vagues à l’exception du premier omicron qui atteint 2,5. On peut constater que depuis le premier omicron les ratios ont un pic semblable (attention aux interprétations car la précision d’un ratio est plutôt limitée). Actuellement nous avons passé le point d’inflexion des courbes de cas (le pic du ratio) et les chiffres redescendent de manière chaotique.

Les gaussiennes correspondantes indiquent que le pic de la moyenne mobile (33 000 cas) a lieu ce week-end, on verra bien si ça se confirme avec les données qui paraitront la semaine prochaine. Il se pourrait qu’on ait droit à un rebond double, on verra bien mais en tout cas ce n’est pas une grosse vague, même s’il est probable que la situation soit sous estimée du fait d’une accoutumance conduisant à ne plus se faire tester en cas de symptômes légers.

Et pour l’instant, c’est le calme plat en Afrique du Sud. D’autres variants se baladent mais jusquà présent les sous variants d’une lignée on montré une tendance à voir leur impact décroîte au fil du temps. Donc il n’y a pas de quoi s’affoler.