Le drapeau vert pour les vacances annoncé il y a un mois vire à l’orange. La vitesse de propagation du variant delta s’est montrée encore plus forte qu’estimée. Ce n’est pas plaisant de se dédire et la prudence doit revenir en avant. À l’image des dangers de la baignade, ne pas sous-estimer l’aspect sournois des vagues. Que disent les modélisateurs pour CovidTracker ?

Les gaussiennes devront attendre… par Daniel Le Breton

Décidément le virus nous surprendra toujours. Au Royaume-Uni le nombre de cas est violemment reparti à la hausse comme si l’épidémie s’étendait soudain géographiquement (je n’ai pas vérifié). Voici la courbe des dérivées (en rouge le RU, en bleu la France) :

On peut y voir trois points d’inflexion (en rouge) : un premier peu marqué, puis un second qu’on pouvait penser définitif (c’est lui qui donnait 39 000 cas au pic le 21 juillet). Erreur, un troisième est en préparation qui va envoyer le nombre de cas journaliers vers les 60 000 à la fin du mois. Ça va pousser le nombre d’hospitalisés probablement au-delà de 7000 dont plus de 1000 en soins intensifs.

Le cas des décès demande encore du temps pour y voir clair, les valeurs quotidiennes sont faibles actuellement (une grosse trentaine en moyenne mobile) mais comme on n’a pas franchi le pic des cas répertoriés et qu’en général il faut encore attendre au moins deux semaines pour voir le pic des décès, il va falloir patienter. Ça pourrait remonter vers 80 par jour avec 5 000 décès pour toute la vague de delta. C’est mieux que les 60 000 victimes de l’alpha, si ça peut consoler. La rentrée scolaire/universitaire devrait relancer le nombre de cas répertoriés à la hausse car on sera dans une phase de décroissance (en principe) avant octobre.

En France la vague delta démarre et il reste encore impossible de se faire une idée précise sur son amplitude en termes de cas, idem pour sa durée. L’estimation fin juillet donne 25 000 cas par jour en moyenne mobile. La flèche bleue (graphique ci-dessus) correspond au changement de rythme des derniers jours, avec au moins +130% par semaine au lieu de +60%. On se rapproche de l’allure de la courbe du Royaume-Uni. Là aussi la rentrée scolaire et universitaire aura un impact dès octobre sans qu’on sache à quel niveau se trouvera la vague actuelle au moment du rebond. Ça rend compliqué voire impossible toute évaluation de la future situation hospitalière à ce stade mais deux facteurs sont défavorables par rapport à la situation du Royaume-Uni :

La proximité de la vague actuelle avec la rentrée qui va concentrer les évènements de contamination, donc potentiellement peser plus sur l’hôpital.

Une vaccination plus faible des adultes (80% de la population) en France surtout chez les seniors. Les chiffres observés au moment du démarrage des vagues de delta sont défavorables sachant que les populations totales sont comparables (1D = une dose, 2D = deux doses):

• 77% 1D et 53% 2D au RU (début juin)
• 64% 1D et 47% 2D en France (début juillet)

En gros les pays sont décalés dans le temps à la fois sur la vague de delta et sur le taux de vaccination. Donc le risque court surtout chez les seniors français non vaccinés qui représentent environ 3% de la population selon l’Institut Pasteur, soit 2 millions de personnes. Ça représente donc un gros réservoir mais en général, ces personnes sortent nettement moins que les jeunes. À cela s’ajoutent les personnes de tous âges avec des risques élevés. Question : ça fait combien d’hospitalisés, de réanimés et de victimes ? Nos propres chiffres hospitaliers sont un peu trompeurs, car on dispose d’un réservoir de sorties (des ex alpha) qui va masquer l’arrivée des delta qui se dessine en ce moment même. La méthode des gaussiennes ne permet pas de projection tant qu’il n’y a pas de point d’inflexion donc on reste sur notre faim. Pendant ce temps là, le Reff monte toujours (2,05 le 15 juillet pour l’estimation J+/-3) : on fera sans doute plus fort qu’avec la vague d’alpha (40 000 cas par jour au pic).

Il va falloir songer à investir dans une boule de cristal.

Daniel Le Breton

La petite bête qui monte… par JCD

Inlassablement et sans surprise, le variant delta continue sa progression par rapport au variant anglais. Environ 75% des cas le 14 juillet, bientôt 90% le 23 juillet. Le réglage du modèle n’a pas bougé avec une capacité de « sur-contagion » du delta de x1,63 comparé à la souche anglaise.

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Ceci va nous mener à une phase de stabilisation du delta et peut-être du taux R. R suivrait en effet la même tendance de forte hausse ces dernières semaines, avant de redescendre, « grignoté » par le vaccin, espérons-le :

Je rappelle les hypothèses principales derrière cette simulation et celle qui suit plus bas :

• Un été / début d’automne iso 2020 dans les comportements. (Reffectif moyen = 1,3 sur l’été 2020 et 1,25 en septembre/octobre avec la souche historique)
• Un plateau vaccinal à 70% de la population fin août, efficace à 90% à « dose 2 + 15 jours »
• Une immunité naturelle d’une quinzaine de %.
• Un variant delta qui génère autant d’hospitalisations que le variant UK.

Croissance des cas

Le taux R des cas devrait culminer à 2,3 vers le 24 juillet. Peut-être un peu plus bas (un peu au dessus de 2) car cette valeur du pic estimée à tendance à diminuer légèrement tous les jours, depuis une dizaine de jours. Cette diminution peut être liée à différents aléas mais aussi à une efficacité du vaccin plus tôt (L’Institut Pasteur prend d’ailleurs le délai 1ère dose + 15 jours pour ce qui est du risque d’infection).

Dans le meilleur des cas, on a constaté dans d’autres pays que ce taux R arrivait à un plafond à 75% de delta, ce qui donnerait le 14 juillet pour nous, mais nous n’aurons les chiffres que dans 3 ou 4 jours. Ce serait une bonne nouvelle mais ça n’est pas ce que dit le modèle, avec les réglages actuels à « 2ème dose + 15j ».

Le Rmax atteint par les autres pays occidentaux avec le variant Delta, à titre de comparaison, est de :

• Portugal : 1,4
• USA : 1,5
• UK : 1,6
• Espagne : 1,8
• Israël 2,3
• Pays Bas : 2,8
• L’Italie et l’Allemagne n’ont pas encore atteint ce point.

La France fera donc plutôt partie de la queue de peloton, essentiellement à cause d’un taux de vaccination plus bas que les autres.

Conséquence d’un scénario à Rmax=2,3 atteint le 24 juillet : 31 000 cas seraient détectés au 31 juillet (en baisse par rapport à la dernière évaluation de 40 000 cas). L’Institut Pasteur n’estime « que » 20 000 dans son scénario pessimiste. Lorsque R aura atteint son maximum, cela permettra de recalibrer le modèle et d’évaluer au mieux à quelle vitesse le taux R redescend.

En l’état, si un taux R se maintenait au-dessus de 2, nous pourrions rapidement arriver à plus de 100 000 cas, dès la mi-août. Et R ne redescendrait pas en dessous de 1 avant début septembre… À confirmer une fois le Rmax connu. Ce qui veut dire qu’un raisonnement du type « ça se passe bien en Angleterre donc ça va bien se passer pour la France » est pour le moment une erreur (trop prématuré) : une semaine d’écart entre deux pays concernant le taux de vaccination ou l’immunité naturelle ou encore la progression du delta multiplie ou divise par 2 les indicateurs : les phénomènes exponentiels comme la propagation du virus défient notre entendement humain.

À noter : le fait d’avoir une explosion des cas n’est pas en soi un signal aussi critique que lors des dernières vagues car d’une part la vaccination fait son œuvre comme on va le voir ci-dessous (un peu comme pour la grippe) et beaucoup de cas sont désormais concentrés sur les jeunes. Toutefois, les populations à risque non vaccinées vont être bien plus exposées au virus que lors de toutes les vagues précédentes, ce qui leur fait courir un danger encore plus fort.

Croissance des hospitalisations et des réanimations

Les réanimations voient leur taux de croissance augmenter aussi mais plus lentement que les cas. Rmax(réanimation) est très stable depuis plus d’une semaine à 1,6, ce qui nous conduirait à 3 000 lits au pic mi-septembre (en baisse par rapport à l’évaluation d’il y a 15 jours, à plus de 5 000 lits, en partie à cause d’un léger ajustement du modèle sur le taux de vaccination des personnes ayant déjà une immunité naturelle, y compris sans le savoir).

À ce stade, il est toujours beaucoup trop tôt pour avoir des certitudes sur ce qu’il va se passer dans deux mois. Une crainte que l’on puisse avoir serait que le delta ait surtout contaminé aujourd’hui la tranche d’âge 20-30 ans qui va peu en réanimation. Dans quelques semaines, toutes les tranches d’âges seront concernées ce qui va stabiliser le modèle. Le delta sera aussi stabilisé, Rmax connu et le taux de vaccination pour septembre aussi. La prévision deviendra donc beaucoup plus précise. Les décès obéissent à la même logique. Pour l’instant, il n’y a pas de rebond visible des décès.

L’hospitalisation pose une nouvelle question : la courbe R des hospitalisations était calquée sur celle des réanimations il y a 10 jours encore. Depuis peu elle s’en détache. Les hospitalisations progressent en effet plus vite que les réanimations. Ceci est difficile à interpréter (d’autant que l’Angleterre ne communique pas les chiffres sur les entrées en réanimations donc on ne peut pas comparer avec ce pays) :

• Suppression des cas les plus graves (réanimation) par la vaccination mais le passage à l’hôpital reste parfois de mise ?
• Variant delta plus hospitalisant ? (on avait déjà vu ce phénomène avec le variant anglais qui envoyait 1,64x plus les gens à l’hôpital).
• Artefact de quelques jours lié à la contamination progressive des différentes tranches d’âges ?

Conclusion de JCD

Les cas vont flamber (l’Angleterre est en train d’atteindre son pic de 60 000 de début janvier et le virus progresse encore de 30% toutes les semaines). Nous sommes moins bons que nos voisins (car moins vaccinés / moins immunisés). Si vous avez des amis / de la famille à risques non vaccinés, c’est le moment ou jamais de les inciter à se faire vacciner car la probabilité d’attraper le virus va être élevée dès mi-août.

Il n’y a pas de signe de saturation des réanimations mais la situation de « forte tension » peut changer très vite.

La courbe des hospitalisations est à surveiller de près, pour comprendre ce qu’il se passe.

JCD

Du côté du simulateur CT… par Philippe Brouard

C’est difficile à y croire, pour ajuster les calculs du simulateur sur les valeurs des indicateurs en cours, le nombre R_effectif a dû être remonté très sensiblement. Le virage épidémique semble radical avec le variant delta ! Afin d’être suffisamment précis, et pour illustrer sur quoi s’appuient les calculs, je propose cette fois-ci tous les graphiques. Premièrement, celui qui montre le redressement du nombre de nouveaux cas détectés :

Pour enclencher ce virage, R_effectif est estimé devant pointer vers 2,2 ce qui est du jamais vu chez-nous depuis le début de l’épidémie.

Cette valeur de R a un effet très exponentiel, ce qui veut dire qu’en considérant les autres réglages constants, la conséquence est inquiétante : la propagation très rapide du variant delta pourrait faire des dégâts rapidement.

Le graphique des entrées et sorties de l’hôpital montre que la situation pourrait être mal engagée dès la mi-août et concrètement au niveau de l’occupation des services le tableau montre une nouvelle saturation possible :

On retrouve sur ce graphique des lits occupés la conséquence potentiellement brutale du nombre de reproduction R se situant vers la valeur 2. Pour finir, la conséquence possible sur le cumul des décès hospitaliers :

Quelques choses pour ne pas tirer de conclusions trop vites

La transmission rapide du variant delta se fait actuellement sur les tranches d’âges des jeunes, l’impact sur l’hôpital pourrait être moindre car c’est une population qui est moins à risque. Mais c’est aussi une population qui est peu vaccinée, et cet effet viendrait contrecarrer la première remarque.

Le nombre R étant déjà très haut, avec l’hypothèse d’une baisse prochaine et rapide, il ne retomberait vers 1 que dans deux semaines environ. Ce n’est qu’à ce moment là que l’épidémie commencerait à ralentir de nouveau, mais c’est loin. Il se joue en ce moment à la fois la dynamique exponentielle du R élevé et l’inertie de toute la mécanique épidémiologique.

Oui, il faut continuer l’effort de vaccination des populations jeunes et moins jeunes et espérer que ce variant delta n’emmènera pas trop de monde à l’hôpital. Sur ce dernier point, un petit coup d’œil sur la situation tunisienne indiquerait que même avec une population majoritairement jeune la saturation hospitalière est possible.

On n’a pas de boule de cristal

Reprenant la remarque de Daniel en début d’article, malgré tout on aimerait bien une boule de cristal, mais… en attendant, surveillons les indicateurs et restons prudents.

Philippe Brouard