Allumer le feu… un peu

Covid-19, 19 mai, c’est étonnant ce petit rapprochement des nombres. Encore quelques jours de patience avant la réouverture des lieux où il fait bon passer un moment agréable. Cette réouverture est prévue par étapes selon les annonces du Président Emmanuel Macron, montrant ainsi la prudence qui s’impose. Ce n’est pas encore pour la semaine prochaine le retour des concerts rocks où on pouvait reprendre en cœur les refrains de Johnny. Stratégie des petits pas, on peut commencer par allumer des bougies en signe d’espoir. Les bougies sont aussi allumées pour égayer les tables des restaurants, des cafés, et de façon plus lointaine pour éclairer les scènes de théâtre. Quant aux sportifs, ils peuvent allumer une flamme ! Voyons maintenant les projections pour éclairer cet espoir.

La descente tout schuss… et après ? Par JCD

Comme attendu, ces deux dernières semaines ont permis (enfin !) de voir les différents indicateurs hospitaliers baisser. Les entrées à l’hôpital ont été divisées par deux par rapport au dernier pic. Les lits de réanimation devraient passer le seuil fatidique des 3000 lits autour du 24 mai, soit deux fois moins que le pic à 6001 lits du 26 avril.

Le bon niveau de prévisibilité sur les deux dernières semaines (écart de 8% à 15 jours) témoigne d’une certaine stabilité des évolutions du taux R. C’était donc l’occasion d’ajuster le modèle vaccinal devenu trop optimiste avec l’ouverture progressive de la vaccination au plus grand nombre. Et l’occasion aussi de remercier Daniel Le Breton qui m’a prêté main forte sur le sujet !

La baisse amorcée pourrait ainsi se poursuivre avec 2000 lits autour du 1er juin. On devrait aussi atteindre les 10 000 nouveaux cas par jour d’ici fin mai si la réouverture progressive du 19 mai reste « raisonnable » dans ses effets.

Séquence animée Simulation de la projection pour l’occupation des lits en service de réanimation, actualisation au 15/05/2021

Mais avant de regarder ce que la suite nous réserve, attardons-nous sur les variants qui sont une des clefs de compréhension de l’avenir.

Le même schéma (données Santé Publique France) que celui publié il y a deux semaines ressemble désormais à ça :

“Parts de marché” des différents variants en France

La simulation de la semaine dernière, en bleu pointillé, basée sur une suite géométrique (= croissance exponentielle) du variant UK avec un facteur multiplicatif de 1,58 tous les 6,5 jours s’éloigne désormais de la vraie trajectoire en bleu foncé. Le variant UK devient moins virulent qu’il ne l’a été, comparativement au FR, mais les autres variants prennent leur essor.

Une autre façon de voir les choses, à partir des mêmes données, est de comparer directement la force des variants entre eux :

Estimation relative de l’intensité par variants vis à vis de la contagiosité

Surprise : le variant anglais, 1,6 fois plus « virulent » mi-février, fait désormais jeu égal avec la souche historique en France. Idem pour les autres variants exotiques. Assiste-t-on à un début de remplacement du variant UK par les autres (moins sensibles aux vaccins peut-être) ? À moins qu’une fois bien installé, un variant rassasié ne se stabilise au niveau de ses confrères (stagnation des parts de marché) ? Un éclairage par un spécialiste serait le bienvenu !

Si cet état stable devait perdurer (ie si le galop de conquête de l’ouest -ou plutôt du sud- est terminé pour le variant anglais), une conclusion intéressante (mais trop hâtive à ce stade) serait que le taux de vaccination nécessaire à l’immunité collective va baisser. Et après ?

Par prudence, la modélisation qui suit prend en compte plusieurs facteurs de contagiosité des variants : de x1 à x1,6 par rapport à la source historique FR.

Sur une idée empruntée à l’Institut Pasteur, j’ai repris les taux Reffectif de propagation constatés l’an dernier à la même époque (qui coïncidait aussi, d’ailleurs, avec le premier déconfinement) et je les ai modulés en intensité en prenant en compte l’avancée de la vaccination. 3 cas de figure pour la propagation du virus ont été évalués : conditions de propagations iso été 2020 (propagation faible à moyenne), un peu plus élevée (de l’ordre de 15%) et iso mars 2020 (très forte).

Les conditions de propagation, rappelons-le, sont liées à une multitude de facteurs imprévisibles : comportement des français/des touristes, mesures sanitaires en vigueur, météo etc…

Scénarios pour l’été 2021

De ce tableau il ressort que si les variants se stabilisent au même niveau que le variant FR (Première colonne. Force = 1), nous n’aurons pas de reprise de l’épidémie cet été. Le vaccin, aidé par l’immunité collective déjà acquise, sera le plus fort. Il faudra donc suivre attentivement l’évolution de la courbe ci-dessus (ie force des variants les uns par rapport aux autres) dans le temps. De même, si l’été 2021 se passe « comme l’été 2020 » (première ligne du tableau), nous devrions rester dans le vert. Les autres scénarii sont plus contrastés, avec même des reprises fortes de l’épidémie fin juillet si nous avons deux effets néfastes combinés : négligence des français + vigueur retrouvée des variants.

À noter, un nouveau scénario se fait jour, en vert clair : pas de saturation à l’hôpital, mais un pic de circulation des nouveaux cas en dizaines voire centaines de milliers / jours. Le vaccin joue alors son rôle pour stopper les entrées à l’hôpital et les décès mais pas encore pour stopper les nouveaux cas. En faisant un (gros) raccourci, on peut dire que ce scénario vert clair est proche d’un scénario « grippe légère » ou « gastro » qui contaminerait beaucoup mais tuerait peu.

Les modélisations de l’Institut Pasteur (en générale très prudentes) correspondent grosso modo à la zone encadrée en bleu.

Ce tableau est valide sous l’hypothèse d’un effort de vaccination continu (à la vitesse actuelle, ni plus, ni moins) et surtout il est conditionné par le fait qu’un nouveau variant ne vienne pas casser ce fragile équilibre. Nous verrons avec le temps vers quelle case du tableau nous nous dirigeons. Tout va se jouer sur le mois qui vient.

En synthèse, pour passer un bel été (et un bel automne), on ne peut que répéter les conseils des autorités publiques : prudence (surtout sur fin mai et juin) et vaccination massive !

JCD

Les gaussiennes par Daniel Le Breton

Une fois la régression épidémique entamée il existe un second point d’inflexion indiquant que la baisse de la vague épidémique ralentit. Elle se dirige alors vers une asymptote (à zéro). Pour les cas répertoriés, ce point est apparu le 1er mai. Au même moment le Reffectif à 6 jours s’est mis à croître lentement mais régulièrement à nouveau ce qui n’est pas bon signe. C’est peut-être l’effet de la rentrée scolaire. Le ralentissement observé est relativement brutal et laisse entrevoir la barre des 5 000 pour début juin maintenant, tout en gardant à l’esprit que ce critère n’est pas des plus précis. Rien n’a été retouché dans la définition de la gaussienne du variant depuis la dernière fois :

Modélisation avec les gaussiennes pour l’incidence quotidienne de nouveaux cas détectés au SARS-CoV-2 en France, actualisation au 15/05/2021

Le pont de l’Ascension arrive à point nommé pour casser la remontée du Ro à 6 jours, et il va falloir être attentifs à ce qui se passera à partir du 26 mai, une semaine après le début du déconfinement. Si on compare la situation actuelle à celle des vagues précédentes on observe un léger signe de reprise (cercle noir dans le graphique ci-dessous).

Modélisation de R-effectif, interprétation avec les gaussiennes, actualisation au 15/05/2021

À noter : le Reffectif officiel ne montre pas cette évolution et reste collé à la gaussienne (courbe violette) pour l’instant.

La situation hospitalière s’améliore sensiblement dans l’ensemble, avec une réduction forte des entrées à l’hôpital et en réanimation. Le second point d’inflexion des réanimations s’annonce pour la semaine qui vient. C’est donc à partir de cette période que la diminution du nombre de personnes en réanimation va ralentir et on devrait alors s’approcher de la barre des 3 000 cas. Si rien ne vient contrecarrer la régression de l’épidémie, on ne retrouvera pas les niveaux de l’an dernier avant mi juin.

Occupation des services de réanimation pour covid-19 France, méthode des gaussiennes, actualisation au 15/05/2021

La situation reste donc favorable mais toutefois incertaine à ce jour, avec un niveau de saturation des hôpitaux très élevé. Dans l’état actuel des choses, la barre des 100 décès par jour s’annonce d’ici une dizaine de jours tout comme le niveau 100 du taux d’incidence.

Daniel Le Breton

Actualisation du simulateur CT

Depuis trois semaines le chantier de la modélisation de la boucle de réhospitalisation s’est révélé un vrai casse-tête. Les calculs ont été repris sur la période de la première vague pour intégrer totalement cette branche du scénario qui remplace le mystérieux hôpital eXtrange (voir l’article Un an des calculs, faisons les comptes). Une fois un modèle d’algorithme stabilisé, il a fallu refaire tous les calculs et réglages jusqu’à la période actuelle. Une présentation complète de cette nouvelle approche pourra se faire dans un prochain article. En attendant, voici les graphiques essentiels pour projeter la situation dans les jours à venir, avec un réglage pour Reffectif constant à 0,75 = estimation de la valeur en cours.

Simulateur CT et données Santé publique France pour l’occupation des services hospitaliers covid-19, actualisation au 16/05/2021

Reffectif a une valeur suffisamment faible pour voir se prolonger cette belle descente de la charge hospitalière. C’est de bonne augure pour le commencement du retour à plus de liberté dans quelques jours !

Remarque sur les écarts entre la simulation et le réel au moment du pic de charge vers mi-avril : le simulateur CT prend en compte des variations des paramètres à intervalles réguliers de 15 jours à un mois et c’est une résolution d’ajustement temporel qui n’est pas assez resserrée en période de pic. La courbe calculée est difficile à ajuster sur le modèle, le réglage sur les durées dans les services se fait à + ou – 1 jour, la présentation choisie est la conséquence d’un choix intermédiaire autour des valeurs réelles.

Simulateur CT et données Santé publique France, cumul des décès liés à la covid-19, actualisation au 16/05/2021

Le ralentissement du nombre de décès quotidiens pourrait se poursuivre, pourvu que Reffectif ne remonte pas. On commencerait alors à voir une issue à la période éprouvante qui s’est enclenchée depuis novembre 2020.

L’espoir est permis

À vrai dire, je ne m’attendais pas à une situation qui se présente aussi favorablement pour le déconfinement. Vaccinations et efforts collectifs pour maintenir les barrière au virus, ce duo gagnant doit encore perdurer pour consolider cette belle perspective.

Philippe Brouard

  1. marion dit :

    pour info, pasteur est loin d’être prudent avec ses chiffres, les fameux 9000 patients en réa de novembre quoi que l’on fasse. Pour le ro qui est remontée il y a 8 jours c’est peut être liée aux chiffres de la période des week end du 1 et 8 mai ou le nombre des entrants et sortants à l’hopital peut se discuter.

    • JCD dit :

      Bonjour Marion,
      Par ‘modélisations Pasteur prudentes’, j’entendais ‘pessimistes’.
      Les chiffres qu’ils publient sont effet fréquemment très hauts par rapport à la réalité.

    • Philippe Brouard dit :

      Bonjour

      En réponse au commentaire de Marion, j’ajouterai que l’Institut Pasteur avait préparé plusieurs modélisations à l’automne dernier et c’est la plus pessimiste qui a marqué les esprits car elle a été relayée directement par le Président. Voir cette page : https://modelisation-covid19.pasteur.fr/realtime-analysis/hospital/. On constate que depuis ce moment, les projections de l’Institut, à court terme, sont réactualisée régulièrement et plus faciles à suivre.
      En réponse à Papillon, la surveillance des variants est un élément important pour l’analyse des jours à venir. J’imagine que ceux qui sont appelés indéterminés ont des variations qui ne se retrouvent pas à grande échelle, donc leur influence ne doit pas être forte. C’est un des aspects classique du virus, en définitive. C’est à partir du moment où un variant spécifique, donc identifiable en grande quantité parmi les autres, commence à prendre le dessus, que la surveillance doit se renforcer.

      Bon déconfinement, et oui, c’est aujourd’hui !

      • Papillon dit :

        Merci pour votre réponse.

        Mais aujourd’hui ce chiffre de “variants indéterminés” est déjà à près de 30% !
        Il a une croissance très rapide (augmentation de presque 10 points en 2 jours) et semble prendre la place de la souche UK.
        Pourrait-il s’agir du variant indien ?
        Faut-il s’inquiéter de cette forte croissance ?

  2. Papillon dit :

    Que penser des 20 % de “variants indéterminés” (chiffre, qui me semble-t-il, est en augmentation) présents en Moselle ?

    • Daniel LE BRETON dit :

      Tous les variants remontent en Moselle, l’épidémie semble avoir calé dans la descente. Certes le niveau global est relativement bas mais si la tendance persiste cela traduira un redémarrage: le plateau qui se dessine provient de la naissance d’une autre vague. Il est trop tôt pour juger de sa taille, mais c’est un mauvais signe. Au plan national l’épidémie a elle aussi perdu de sa dynamique favorable. Cela va se traduire dans les chiffres hospitaliers d’ici la fin du mois. Tout cela commence à ressembler à ce qui s’est passé il y a cinq mois au moment du déconfinement de décembre. Reste à espérer que la vaccination va changer les choses.

      • marion dit :

        les tests ont aussi augmenté de 6 % en moselle la semaine dernière et on a une augmentation de cas qui est de l’ordre de “pas grand chose “, la baisse de début mai est davantage liée à une baisse importante de tests et pas à une forte baisse de cas. On retrouve maintenant la “vraie “dynamique de la tendance baissière de cette épidémie.

        • Daniel LE BRETON dit :

          J’aimerais vous montrer la courbe des dérivées des cas répertoriés pour la Moselle, ce que vous appelez une “vraie dynamique de la tendance baissière” est aujourd’hui une hausse. Je ne crois pas au lien direct entre nombre de tests et nombre de cas, l’analyse des données ne l’a jamais mis en évidence pour ce que j’en sais. Espérons donc que cette mauvaise tendance ne soit que passagère.

          • marion dit :

            j’ai vérifié les chiffres jours après jour en moselle sur tout le mois de Mai et il n’y a aucune évolution à la hausse et plus encore si on compare à la dernière partie d’Avril. Le 15/05 on est à 100 puis en allant vers début mai, 226, 24, 164, 182, 275, 28, 39,193,153,178, 204, 336, 33, 57 par conséquent, il y a des fluctuations mais sans aucune hausse particulière et si l’on regarde fin avril, nous étions régulièrement à plus de 250 cas voir 300…

            • Daniel LE BRETON dit :

              La hausse concerne la dérivée et dans ce cas c’est un signe de dégradation. Les derniers chiffres sont du bon coté de la plaque, je vais continuer à suivre la Moselle pour surveiller ce qui s’y passe.

          • jean-dominique dit :

            Cela peut être dû simplement à la réouverture des écoles, qui affaiblit logiquement la tendance baissière. A vérifier au cours des prochains jours. Pour l’instant, cela ne préjuge en rien d’un plateau sans même parler d’rune nouvelle vague. Mais si le pays s’ouvre plus vite que la vaccination progresse, il est normal que le R effectif remonte.

  3. Kiki dit :

    Quel est le rôle de la vaccination dans l’apparition des variants? J’avais cru comprendre que c’etait La façon qu’avait le virus de se défendre contre l’immunité apportée par le vaccin….si c’est vrai on ne va pas s’en sortir facilement.

    • Pierre dit :

      Il n’y a aucun lien entre vaccination et apparition de variants.

      De la même façon le virus n’est pas “plus malin qu’on ne l’avais pensé” comme j’ai entendu dire à la télé.

      Le virus trouve un hôte, se multiplie, puis trouve quelqu’un d’autre à infecter.
      En se multipliant (en recopiant son ARN) il fait parfois des erreurs, c’est ce qui fait apparaitre un “variant”.

      Si cette nouvelle forme trouve plus facilement quelqu’un d’autre à infecter que la version “de base”, alors il va se développer plus vite.
      C’est ce qu’on a vu avec le variant anglais, quasi inexistant en France à Noel et représentant 80% des cas 4 mois plus tard.

      Au pire la vaccination rend visible plus rapidement un variant qui résiste aux vaccins.
      Hypothèse: un variant marseillais fait son apparition, pas plus contagieux mais résistant à tous les vaccins.
      Cet été, en vaccinant tous les français, on fait disparaitre le Covid “de base” ainsi que l’anglais, le brésilien, …. alors que le variant marseillais progresse lentement mais en représentant rapidement 100% des cas en France

      • Kiki dit :

        Au 23 janvier 2021 et au niveau mondial, 4 premiers variants du virus de la COVID-19 ont été identifiés et bien documentés comme « à problèmes inquiétants » (contagiosités, prévalences, voire plus). Or :
        – Tous les 4 sont apparus dans les seuls 4 premiers pays du monde à avoir lancé des essais du vaccin d’Astra-Zeneca, sur le 2ème semestre 2020.
        – L’ordre chronologique de l’apparition de ces 4 variants est le même que celui du lancement des essais : Royaume-Uni, puis Afrique du sud et Brésil, puis USA.
        – Ces 4 variants à problèmes ont des « parentés » entre eux, dont la même variation de la protéine Spike, appelée N501Y (Asparagine remplacée par tyrosine en position 501) alors qu’ils sont apparus dans 4 continents différents.
        – Au niveau local de ces 4 pays, les rapprochements entre « régions à essais » et « régions à variant » sont extrêmement troublants :
        . Au Royaume-Uni et aux USA : les régions d’apparition du variant sont des régions où des essais ont été menés par Astra-Zeneca : Kent-Londres et Ohio-Colombus.
        . Au Brésil : les hypothèses de lien entre essais du vaccin, et variant local, reposent sur le transport, par un porteur du variant (ou une succession de porteurs) depuis l’une des 6 régions brésiliennes d’essais, vers la région d’apparition massive du variant : l’Amazonie.
        . En Afrique du Sud : il s’agirait soit du recrutement, par le centre d’essais de la ville du Cap, de volontaires dans la région voisine du Cap Oriental (hypothèse aisément vérifiable), soit des mêmes hypothèses qu’au Brésil.

        • Pierre dit :

          Je te le redis : le virus ne se “défends” pas, il ne réfléchit pas. Il compte seulement sur le hasard.

          Pour expliquer autrement l’apparition d’une mutation :
          Tu prends une recette, tu la recopie 10.000 fois à la main, sans te relire. Puis tu jettes une partie des tes copies à la poubelle, mais tu refiles une autre partie des copies à d’autres personnes. Qui chacune la recopient 10.000 fois à la main sans se relire, etc.
          Au bout d’un an tu va gouter le repas chez quelqu’un : ça peut-être pareil qu’à la maison, mais il se peut que tu ne reconnaisse pas du tout ta recette.

          Pour expliquer la pression de sélection favorisant les mutants les plus contagieux (ou résistant aux traitements ou résistant aux vaccin, etc) :
          Même principe de la recette de cuisine, sauf que les gens goûtent avant de choisir de récupérer une copie de la recette. Si une erreur de copie rend le plat moins bon, personne ne va récupérer la recette, donc les “mauvaises” copies finissent toutes à la poubelle. Si par contre l’erreur rend le plat encore meilleur, la recette va avoir du succès, donc se multiplier et diffuser plus vite dans la population.

          Tes sources semblent plus s’y connaitre en complotisme qu’en génétique.

  4. Pierre dit :

    Selon moi il y a un vrai lien entre nombre de tests et jours fériés/ponts … : puisque quand le labo est fermé, on ne fait pas de tests.
    Mais le plupart des gens positifs se feront tester quelques jours plus tard quand le labo ouvre de nouveau.
    Donc sur la semaine en question, le nombre de tests va probablement diminuer un peu mais pas pour autant (en tout cas pas autant) le nombre de cas.

    C’est ce qu’on a vu pour le WE de Pâques avec une chute sur 3-4 jours suivi d’un pic de rattrapage des cas.

    A part pour Noël (tout le monde se teste avant de voir mamy), la plupart du temps quand il y a une tendance à la hausse des tests, c’est parce qu’il y a une hausse des cas, donc des “cas-contact” à tester.
    C’est la hausse des cas qui fait monter les tests, pas la hausse des tests qui fait monter les cas.

    J’ai l’impression que la fermeture des classes dès le premier cas permet bien d’empêcher une remontée des cas pour l’instant. J’espère que cette “politique” sera toujours d’actualité à la rentrée de septembre.

    • marion dit :

      d’accord avec vous sur le nombre de tests et cas positifs toutefois, fermer une classe pour un cas est une connerie au moment où l’on ouvre le reste , de plus en tant que professionnelle de la petite enfance, ce que je constate, c’est que les enfants sont peu positifs alors que les adultes oui. Nous avons eu des situations dans laquelle beaucoup d’enfants étaient testés avec un taux de positivité faible contrairement aux adultes. la raison est peut être physique avec des gouttelettes qui se déplacent vers le bas et des enfants asymptomatiques qui propagent peu d’aérosol car pas d’éternuement. On peut dire ce que l’on veut mais c’est bien une maladie de “grands” et non de “petits”

  5. Françoise dit :

    Je n’ai pas de compte twitter alors je mets mon message ici : comment se fait-il que le site de l’OMS et “worldometer” indiquent plus de “cas” ( cumulés depuis le début de la pandémie ) pour la France que ce qui est indiqué par santé publique france et info-coronavirus depuis le correctif effectué récemment par santé publique, avec un solde négatif d’environ 348 000 “cas” .. Le chiffre donné par ces deux organismes a été “abaissé” mais est encore supérieur au chiffre corrigé..

  6. Edith Cariou dit :

    Toutes mes félicitations Monsieur Guillaume Rozier pour cette distinction!
    Je me réjouis pour vous, et vous remercie de tout cœur de tout ce que vous avez fait pour nous aider depuis le début de cette pandémie, et tout ce que vous continuez à faire pour le bien des Français, jeunes et vieux.
    Bravo et merci.
    Edith Cariou

  7. Jean Michel dit :

    Les plateaux observés sur certaines statistiques interpellent. Effet Ascension & Pentecôte ?
    Restons vigilant et rendez-vous au 1er Juin.

  8. Naumovic dit :

    Je suis architecte, et depuis plus de trente ans je travaille sur la santé et le bâtiment, et j’ai pu tirer certains principes qui pourraient être valables pour le coronavirus comme pour les autres polluants.
    En dehors du problème de la multiplication des cas contacts, il semblerait que comme tout organisme vivant, le coronavirus répondrait à plusieurs critères d’environnement:
    1- Les taux d’humidités, comme d’autres virus il pourrait ne pas aimer la plage 40 /60% d’humidité dans l’air
    2- Les aérosols, les véhicules, plus il y a d’aérosols, plus il y a de taxis à virus, d’ou l’importance de la pollution, et pourquoi l’ouest fut moins touchée.
    3- La propagation la vitesse de l’air et le sens. Nos systèmes de ventilation ont tendance, en voulant remonter l’air dans les bouches situées au plafond, à remonter les polluants, les brasser.(10 mêtres selon une étude japonaise) Ceci bénéficie à la propagation des aérosols et virus, surtout quand l’air intérieur est en partie recyclé, et les filtres incapables de filtrer un organisme si petit. A l’extérieur, le vent est plus horizontal, et le virus est rabattu assez vite vers le bas.(1m selon les études). Donc c’est comme la météo, certaines simulations devraient regardées à l’aune de ces paramètres.
    Les paramètres vont dans le bon sens, mais attention à l’automne, à la remontée de l’humidité, et la reprise du travail, si pas assez de gens sont vaccinés.

  9. Daniel Le Breton dit :

    Houston on a un problème.

    Quand le taux d’incidence oscille autour de 127 pendant 11 jours, retomber brutalement à 100 (99,8) comme annoncé pour le 24 mai est incohérent. Il s’agit d’une moyenne hebdomadaire donc on remplace la valeur instantanée du 16 mai par celle du 24. On peut estimer la valeur du 16 mai à 127 en première approximation, et pour arriver à 100 il faut un taux d’incidence négatif le 24. En fait on devrait au mieux retomber à 109 si le taux du 24 était nul.

    Comme aurait dit le champion de tennis John Mc Enroe, « you cannot be serious », avant d’ajouter, “it’s on the line”.

  10. Meunier dit :

    Bravo pour le site !
    J’ai deux questions relatives à l asituation en France telle que décrite dans la partie Dashboard (donc pas en lien direct avec l’article)
    1. Comment expliquer l’évolution de la carte de France en couleur selon l’incidence. Hier le 27elle était quasi totalement rouge alors que les jours précédents (je n’ai pas noté si c’était le 26, 25 ou 24) il me semblait que le vert avait assez largement progressé….aurais-je mal vu ?
    2. Comment expliquer la remontée du R effectif ? il était descendu en dessous de 0,8 ces derniers jours et se trouve hier à 0,86, donc il croît à nouveau alors que le taux de positivité au test diminue ainsi que le nombre de cas identifiés ?
    Merci de m’éclairer

  11. Pierre dit :

    Le taux d’incidence est fonction des tests réalisés : avec les jours fériés et ponts du mois de mai, la carte pouvait artificiellement virer au vert par absence de tests (et non par absence de malades), donc repasser au rouge quelques jours plus tard lorsque ces malades ont effectué leur test.
    D’autant qu’il s’agit de seuils, donc à 2-3 tests près dans certains départements, on peut changer de couleur.

    Si R remonte mais reste en dessous de 1, alors l’épidémie régresse toujours, mais moins vite.
    Ce n’est que lorsque R repasse au dessus de 1 que l’épidémie progresse (même si en pratique, à mon avis lié à la méthode de calcul de R sur le site CovidTracker, il y a un petit décalage de quelques jours, donc on a l’impression que l’épidémie repart avant que R ne repasse au dessus de 1).

  12. G. Maxant dit :

    Question aux epidemiologistes.
    qu’elle est la sensibilité et la spécificité des tests PCR ?
    En effet, on m a expliqué durant mes études que les tests diagnostiques gêneraient beaucoup de faux positifs en situation de faible incidence.
    Hors, avec moins de 5 % de positivité, ne sommes nous pas dans un situation dans laquelle la pertinence des tests est limité (génére beaucoup de faux positifs chez les 95 % de négatifs).
    J ai bien précisé par contre que je souhaitais un avis venant de vrais epidemiologistes, pas l opinion d un quidam.

    • Pierre dit :

      Un test de dépistage est très sensible mais pas forcément spécifique, donc génère des faux positifs.
      Un test diagnostic est très spécifique mais pas forcément sensible, donc génère des faux négatifs.

      Il me semble que le test PCR est un test diagnostic très spécifique donc peu de risque de faux positifs, mais avec quasi 30% de faux négatifs chez les gens porteurs du virus.

      • JCD dit :

        Bonjour,
        Un petit complément mathématique sur les taux d’erreur des tests (je ne retrouve plus l’article original – désolé – mais voilà l’idée).
        Tout d’abord, quand on a 5% de positivité, il faut bien comprendre que ce sont surtout les gens susceptibles d’être infectés qui vont se faire tester. Dans les faits, on a donc un pourcentage beaucoup plus bas de gens réellement infectés (= la prévalence). Nous prendrons 1% de prévalence pour faciliter les calculs mais le raisonnement reste valable pour d’autres pourcentages.

        Prenons 10 000 personnes. 100 sont donc contaminées (= 1%) et 9 900 saines (99%).
        Imaginons que le test (PCR, antigénique…) génère 3% d’erreur (faux positifs = sensibilité tout comme faux négatifs = spécificité).

        Nous aurons donc :
        Sur les 9 900 saines -> 3% * 9 900 = 297 déclarées à tort positives et le reste, 9 603, déclarée négatives à juste titre.
        Sur les 100 infectées, 97 seront testées positives et 3 saines (à tort, donc)

        Bilan des courses :
        97+297 = 394 sont testées positives là où seulement 25% (= 97/294) le sont réellement -> 75% d’erreur sur les positifs !
        9603+3 = 9606 sont testées négatives là où 99,97% (= 99603 / 9606) le sont réellement -> Pas d’erreur sur les négatifs.

        Conclusion : les tests sont excellents pour confirmer du premier coup que quelqu’un est négatif. Par contre, il faut s’y reprendre à deux voire 3 fois (je vous laisse faire le calcul avec ce nouveau panel de 394 personnes dont 97 sont réellement positives) pour poser un bon diagnostic de positivité.

        Ajoutons que les PCR ont un taux d’erreur plus faible que les antigéniques et qu’on peut complexifier un peu le calcul si le taux d’erreur de 3% n’est pas identique entre les faux positifs et faux négatifs.
        Exemple pour un auto test acheté en pharmacie qui indique une sensibilité (faux positifs) de 97,1% et une spécificité (faux négatifs) à 99,5% : Avec une prévalence actuelle autour de 0,25%, ça nous donne 67% d’erreur sur les gens détectés positifs !

        Cette dissymétrie de fonctionnement des tests n’a pas été bien comprise dans la presse et a beaucoup été retraduite sous la forme “Test antigénique/auto test = pas fiable”, ce qui n’est pas vrai. Tout dépend de ce qu’on attends comme résultat du test.

        Pour être juste, il faut aussi dire que quand un test est mal fait (de l’art de de s’enfoncer un coton tige dans le nez…), alors on va avoir tendance à moins bien prélever l’échantillon, donc à augmenter le nombre de faux négatifs et de ‘casser’ cette logique mathématique de ‘pas d’erreur sur les négatifs’. Donc la presse n’a pas complètement tort. Mais c’est plutôt le testeur qui est défaillant !

  13. Christiane Deh dit :

    Bonjour, pouvez-vous expliquer cette histoire de R: il remonte, doucement mais sûrement, alors qu’en toute logique il devrait baisser ? Comment cela se fait que cela n’inquiète personne ?
    Merci pour toutes vos analyses

    • Pierre dit :

      Pourquoi R devrait baisser “en toute logique” ?
      Les mesures de restrictions sanitaires sont de moins en moins présentes et de moins en moins bien appliquées, donc “en toute logique” R remonte.
      Tant que R reste en dessous de 1, l’épidémie continue de régresser donc ce n’est pas trop grave.

      Prenons un exemple :
      – on a 20.000 cas par jour en moyenne sur une semaine
      – la semaine suivante on a seulement 10.000 cas quotidiens en moyenne : le R est à 0.5
      – la semaine d’après, on a 9000 cas par jour en moyenne : malgré une remontée spectaculaire du R à 0.9, l’épidémie régresse toujours.

      Le R “effectif” dépends de 2 choses :
      – la contagiosité du virus (le R “zéro”)
      – le comportement des gens et les mesures sanitaires (restrictions des contacts, isolement des malades, vaccination …)

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