On y est, par JCD

Après une stabilisation du nombre cas mi-aout, on y est enfin pour les réanimations puisque le pic des entrées a été atteint le 23 aout, et le pic de lits à 2 300 lits le week-end passé.

On y est aussi, avec une semaine de décalage semble t il, pour les cas spécifiques de la Martinique et de la Guadeloupe donc c’est une bonne nouvelle même si il y a encore des jours très difficiles.

Va donc commencer la lente décroissance des chiffres.

Si on prend les hypothèses principales suivantes :

• Plafond à 75% de la population vaccinée (hypothèse conservatrice).
• Pas de nouveau variant.
• Effet vaccinal pérenne pour les semaines qui viennent (ce qui peut visiblement nécessiter une troisième dose).
• Comportement du taux de reproduction R iso 2020 sur les 2 mois qui viennent (R_moyen stable à 1,3). Cette hypothèse est assez forte/structurante.

On obtient le tracé en vert suivant :

Cette baisse à venir s’explique par le fait que l’immunité précaire acquise (vaccinale + naturelle) s’est renforcée cet été, d’une part, et que d’autre part, en 2020, le taux R moyen (donc sans vaccin, sans virus delta etc…) était à 1,3 tout l’été 2020 jusqu’à mi-octobre.

Curieusement, R s’était dégradé en Octobre, l’an dernier, donc un mois après la rentrée des classes (le climat peut-être).

Le mois qui vient devrait donc permettre de vider en partie les hôpitaux (attention, on a vu lors des dernières vagues que le temps de réanimation se rallongeait quand on était dans un creux de la vague, donc il faut s’attendre à quelques centaines de lits fin Octobre plutôt que 0).

Une façon plus mathématique de comprendre ce qui s’est passé cet été (et qui devrait continuer en Septembre) est de considérer les chiffres suivants :

R_{(Delta-cet-été)} = 1,3 x 1,6 x 1,6 = 3,33

Le Delta est environ 1,6 fois plus contagieux que le variant UK lui même 1,6 fois plus contagieux que la souche historique qui elle même avait un R_effectif de 1,3 l’été 2020.

L’immunité collective ‘estivale précaire’ est atteinte, selon la formule, à 1 – 1/R = 1 – 1/3,33 = 70% d’immunité collective. (Précaire, car le 1,3 est la valeur estivale pour la souche historique. En Mars 2020, le taux R de la souche historique était monté à R=R0=3 donc bien plus haut).

Ce taux de 70% a donc été atteint la deuxième semaine d’août.

Cette immunité de 70% est obtenue par la somme :

• Du nombre de gens contaminés symptomatiques détectés par les comptages quotidiens (les ‘nouveaux cas’) -> Chiffre connu (mais une inconnue reste la durée de cette immunité)
• Du nombre de gens contaminés symptomatiques ou asymptomatiques (mais contagieux) NON détectés par les comptages quotidiens -> Chiffre mal connu (on sait néanmoins qu’environ 50% des cas sont asymptomatiques donc échappent au comptage. Une partie de ces gens là va aussi être vacciné 2 doses ‘par erreur’, en quelque sorte. Il ne faut donc pas les compter deux fois).
• Les gens vaccinés (2 doses + 1 bonne semaine pour les vaccins à ARN) -> Chiffre en partie connu, car on connaît le nombre de vaccinés, mais on connaît encore mal le taux de réduction de transmission du virus lié au vaccin (l’effet barrière) et la persistance de l’effet du vaccin dans le temps.

Ces trois chiffres et leur pondération (durée d’efficacité, réduction de la transmission pour les vaccinés) sont cruciaux pour déterminer le facteur immunitaire dans le temps.

Une comparaison entre les pays via modélisations et via études cliniques terrains devrait permettre d’ajuster ces chiffres qui peuvent par ailleurs changer dans le temps (ex : l’efficacité vaccinale contre la retransmission).

L’enjeu est assez simple : comprendre si une 5^ème vague Delta peut arriver fin octobre et avec quelles proportions.

Du côté du simulateur CT, par Philippe Brouard

À la mi-août le réglage du simulateur conduisait à 13 % de létalité hospitalière pour la covid-19, à l’échelle nationale. J’avais évoqué une possible hausse de cette létalité, en fait elle s’est concrétisée rapidement, sans doute lié à la tension très forte des services dans les TOM. Cette situation difficile est maintenant arrivée jusqu’en Polynésie. La létalité hospitalière nationale serait en ce moment remonté à 15 %. Voici le graphique de la projection pour les décès cumulés, avec l’écart par rapport à la dernière simulation.

L’épidémie a bien commencé a ralentir depuis la mi-août, Reff serait de l’ordre de 0,8 en ce moment, c’est le réglage choisi pour la nouvelle projection de l’occupation des services hospitaliers.

Dans cette situation nous serions alors sur le pic de la quatrième vague, ce qui est une bonne nouvelle. Méfiance malgré tout car la rentrée scolaire et universitaire arrive tout bientôt, le variant delta avec sa forte contagiosité pourrait à nouveau recirculer plus fortement.

Une bouteille à l’encre, par Daniel Le Breton

Avec la vaccination des choses changent, en particulier la mortalité qui baisse sensiblement dans la plupart des pays, en lien avec le niveau de vaccination, on parle ainsi d’une réduction de 75% en France (métropolitaine je suppose). Il n’y a pas hélas de règle universelle. On comprend qu’aux Antilles et en Polynésie la faible vaccination engendre une mortalité telle qu’elle obère sensiblement la performance de la métropole en la matière. Si on se tourne vers le Royaume Uni on trouve un facteur d’amélioration de 10 approximativement, il faut dire qu’ils partaient de loin. Vaccination peut vouloir dire zéro décès (Islande, 72% de doublement vaccinés) mais aussi être synonyme d’échec partiel (Israël) avec 62 % de doublement vaccinés, ce qui est somme toute modeste si on compare à d’autres pays aujourd’hui.

L’immunité collective reste un espoir déçu pour l’instant, le vaccin n’empêchant pas complètement la transmission du virus, et bien que France et Royaume Uni aient une population équivalente, un nombre de contaminés équivalent et un niveau (élevé) de vaccination similaire, leur situation diffère. Les britanniques ont beaucoup de contaminés et relativement peu d’hospitalisés et c’est l’inverse en France. Comme indiqué par l’un des participants au blog, c’est probablement lié à la structure de la vaccination des classes d’âge qui diffère entre les deux pays, les britanniques ayant réussi à vacciner une très forte proportion des plus âgés tandis que la France a une population jeune mieux protégée par le vaccin. Maintenant on a bien du mal à se projeter.

Certes les dernières estimations du nombre d’hospitalisés et de personnes en soins intensifs se sont montrées assez bien calibrées (pour une fois), mais nous ne savons pas ce qui va en advenir avec la rentrée des classes. On se souvient de la vague correspondante de 2020, brève et violente, qui avait conduit à un reconfinement jusqu’en décembre.

En fait on ne connait de scénario que dans le cas ou il n’y aurait pas de rentrée, avec une descente probablement plus lente que ce qu’indiquent les gaussiennes (pointillés noirs) ; sachant que le scénario présenté ci-dessous a environ un mois d’existence :

Du coté du positif : on ne peut pas dire qu’on n’est pas averti et la situation sanitaire au plan vaccinal est bonne même si elle n’est pas idéale. Le taux de vaccination des jeunes de plus de douze ans est déjà important.

Du coté négatif : le variant delta est ultra contagieux, les vaccinés peuvent être contaminés, et la rentrée scolaire et universitaire va conduire à une circulation accrue du virus, surtout dans le primaire en l’absence totale de vaccination. La situation hospitalière est bien moins favorable que celle de l’an dernier, c’est comme si on avait déjà subi la moitié de la vague de l’automne 2020.

Si l’on regarde l’évolution récente de Paris, on constate une dégradation malgré un taux de vaccination record (80% deux doses). Pourtant le Reff remonte depuis mi août et vient de repasser la barre du 1. On ne constate pas un tel phénomène sur la région Ile de France pour l’instant. C’est peut-être dû au retour des vacanciers et à la reprise des activités et du flux quotidien des non parisiens mais ça indique qu’on peut s’attendre à un redémarrage de la circulation épidémique même dans un contexte de très forte vaccination :

L’encre dans la bouteille est plutôt sombre: les courbes de la situation hospitalière vont remonter à un certain moment. Les mesures de prévention (masque, gel, etc.) restent donc de mise surtout pour les plus âgés dont une partie importante n’est toujours pas vaccinée. Les moins de douze ans représentent un peu plus de 7 millions de personnes. Tout ça pour dire que le réservoir des contaminables reste largement dimensionné pour nous valoir des soucis. On devrait avoir une idée assez rapidement de l’ampleur de la hausse potentielle, avant octobre, compte tenu de la diffusion rapide du variant delta. En attendant d’en savoir plus, restons très prudents. Il reste à espérer que la vaccination va être suffisante pour casser nombre des chaînes de transmission qui vont être générées par la recirculation du virus.

Daniel Le Breton