Actualisation du simulateur CovidTracker au 13 mai 2020

Après environ deux mois de confinement pour tous les français, une nouvelle période de surveillance s’ouvre avec le déconfinement partiel en vigueur depuis le 11 mai. L’actualisation du simulateur continue pour proposer l’évolution de la tendance. Dans l’objectif d’être encore plus précis, l’algorithme a été retravaillé pour être plus fidèle à une information supplémentaire : la surveillance hospitalière en réanimation.

Informations Santé publique France via le réseau sentinelle

Santé publique France publie une fois par semaine un communiqué de presse très complet sur l’évolution de l’épidémie. Parmi toutes les données détaillées, relevons ce que remonte le réseau sentinelles (un ensemble de services de réanimation) :

Extrait point hebdomadaire Santé publique France au 7 mai 2020

Les variables du simulateur ne s’ajustaient pas sur un taux de mortalité de 24%, mais sensiblement plus. Donc, en reprenant le scénario du patient covid-19, voyons comment nous avons adapté le simulateur pour se rapprocher des chiffres du réseau sentinelles.

Nouvelle sortie dans le scénario patient covid-19

Si la mortalité en service de réanimation est plus faible que dans les précédentes simulations, et s’il faut garder le même cumul du nombre de décès, c’est certainement une indication que des patients décèdent sans passer par le service de réanimation. Il faut donc ajouter une nouvelle branche de sortie du scénario avec des nouvelles variables à ajuster :

Scénario du patient covid avec situation de décès sans passage en service de réanimation

Le modèle numérique devenant plus complexe, il a fallu ajuster l’algorithme. Par exemple, pour connaître le nombre de personnes hospitalisées sortant en voie de guérison simple, nous avions présenté dans le premier article sur l’amélioration du simulateur le calcul suivant :

Nombre de sorties du jour de l’hôpital pour les personnes en voie de guérison simple
= Nombre de personnes entrées à l'hôpital au jour précédent la durée avant sortie en voie de guérison (dhe)
* quota de personnes hospitalisées qui guérissent sans passer ni par la réanimation ni par les soins SSR (1-qr-qs)

Le quota de l’effectif de ces personnes est déduit de deux autres quotas, pour que la somme fasse 1. Mais avec l’influence des délais variés pour entrer dans chaque branche du scénario, cet algorithme peut amener des erreurs où certaines personnes ne sont plus comptabilisées. Le simulateur fonctionne maintenant avec un nouvel algorithme basé sur une logique différente, pour s’assurer qu’on n’oublie personne. C’est complexe, si vous n’êtes pas familier avec l’informatique et si vous le souhaitez vous pouvez passer à la suite directement. Le code expliqué en français est :

Pour un instant t, le cumul des personnes qui pourront sortir de l'hôpital sans passage en réanimation ni passage en soin SSR est égal à :
Cumul des entrées à l'hôpital à cet instant t
- cumul des personnes entrées en service réanimation à cet instant t
- cumul des personnes entrées en soin SSR sans passage en réanimation à cet instant t
- cumul des personnes décédées sans passer par le service réanimation

Pour un instant t, le cumul des personnes qui sont sorties de l'hôpital sans passage en service de réanimation ni soins SSR est égal à :
Cumul des personnes calculé précédemment (celles qui pourront sortir) à la date antérieure selon le délai entre l'entrée et la sortie de l'hôpital (dhe)

Pour un instant t, le nombre de personnes sortant effectivement de l'hôpital ce jour, sans passage en soins SSR ni service de réanimation est égal à : 
Cumul des personnes sorties à cet intant t
- cumul des personnes sorties la veille

En appliquant un algorithme similaire à la branche des personnes qui passent du service de réanimation vers le service des soins SSR, au final la gestion des effectifs des différents groupes dans tout le scénario est plus exacte.

Recalcul de la situation au 13 mai 2020

La tendance a-t-elle évoluée depuis le dernier calcul datant de la semaine dernière? Premier constat, pour continuer à faire correspondre la courbe du cumul de tests positifs PCR selon Santé publique France et celle du simulateur, il faut légèrement relever la valeur de R sur la semaine écoulée. R passe de 0,85 à 0,88. Ce n’est pas surprenant dans un contexte de déconfinement, le principal étant que cette hausse soit modérée et surtout qu’elle reste en dessous de la valeur 1. Le graphique actualisé du simulateur donne ce résultat :

Tendance épidémiologique calculé par le simulateur CovidTracker au 13 mai 2020

La progression de R conduit à une prévision de nombre de cas positifs plus élévés en fin de graphique. Cet accroissement entraîne avec lui une légère hausse aussi du nombre de décès et du nombre de personnes guérissant seules à domicile. Vérification de la somme des effectifs pour s’assurer que l’algorithme reste exact. En fin de graphique il y aurait :

  • tests positifs PCR : environ 155 000
  • sorties de l’hôpital : environ 85 000
  • guérisons seules à domicile : environ 50 000
  • décès : environ 20 000

85 000 + 50 000 + 20 000 = 155 000, le compte est bon.

Situation du simulateur vis à vis des EHPAD et EMS

Lors du précédent article sur l’extrapolation du simulateur à la situation des EHPAD et EMS, nous avons présenté une similitude entre la courbe des personnes guérissant seules à domicile et la courbe des tests confirmés positifs en EHPAD et EMS. L’objectif est de continuer à regarder l’évolution de cette similitude. Le calcul récent donne :

Recherche pour simuler la courbe des tests confirmés positifs en EHPAD et EMS, au 13 mai 2020

Bien que le résultat de cette simulation soit approximatif, la similitude reste présente.

En conclusion

Cette nouvelle version du simulateur CovidTracker renforce sa capacité à mieux décrire l’évolution épidémiologique. L’actualisation de la tendance montrerait une légère reprise de la circulation du virus, mais qui reste suffisamment faible pour ne pas changer la perspective de baisse globale de la situation en France. Continuons à rester vigilants.

Prenez soin de vous et de vos proches

Philippe Brouard

Ingénieur en informatique à l’université de Lorraine

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