Franchir les murs ou pas

Ce n’est pas un mur, mais des murs qui se présentent à nous pour le mois d’avril. Il y a le mur de la situation sanitaire, comment surpasser le choc de la charge ? Il y a les murs qu’il faudra pousser pour agrandir les services. Il y a les murs des restrictions de circulation et de liberté qui seront difficiles à supporter. À l’image du parkour, cette discipline sportive où il faut jouer avec les obstacles et les moyens du bord, le mois d’avril sera un exercice de gymnastique intense pour le personnel soignant au pied du mur. Pour les jeunes, les envies de faire le mur seront certaines. Quelle serait l’échéance qui nous permettrait de voir le haut du mur ? Les calculs du simulateur sont relancés.

Suivi des indicateurs

Recalcul de la durée moyenne de séjour hospitalier

Depuis le 18 mars 2021, les données ouvertes de Santé publique France permettent de connaître plus de détails sur les hospitalisations : ajout d’indicateur concernant le nombre de personnes actuellement en Soins de Suite et de Réadaptation (SSR) ou Unités de Soins de Longue Durée(USLD), le nombre de personnes actuellement en hospitalisation conventionnelle, le nombre actuellement de personnes hospitalisées dans un autre type de service. Avant cela le nombre de personnes en SSR était seulement estimé dans le simulateur CovidTracker. Selon Santé publique France, pour la période en cours le nombre de patients en SSR est d’environ 7200, environ un quart des hospitalisations. Cette valeur ne correspondait pas du tout à l’estimation dans nos précédents calculs. Il a fallu donc tout revoir. Ce recalcul a permis de refaire une nouvelle estimation de la durée moyenne d’hospitalisation.

Estimation de la durée moyenne du séjour des patients covid-19 France, simulateur CovidTracker, actualisation le 01/04/2021

Le nouveau calcul donne un résultat un peu moins long. La durée moyenne en cours serait de 26 jours. Mais selon le dossier de la DRESS n° 67 (lien fourni par un lecteur du blog), cette durée moyenne est globalement encore plus basse :

Extrait du dossier de la DREES n°67 mentionnant la durée du séjour à l’hôpital pour covid-19.

Pour le simulateur CovidTracker, ça ne semble pas possible de s’aligner sur cette durée, sans trouver d’explication sur le différentiel. Nous verrons en fin de vague si la durée a tendance à monter comme pendant le printemps-été 2020.

Pourcentage d’incidence des nouvelles entrées en réanimation

Cet indicateur est suivi ici depuis quelques semaines. Il montrerait la tendance des malades à développer des formes plus sévères de covid-19 pour ceux gérés à l’hôpital. Cet indicateur peut être un marqueur de la difficulté hospitalière.

Calcul de pourcentage d’incidence des nouveaux patients hospitalisés, vers les services de réanimation 4 jours plus tard, données Santé publique France, actualisation au 30/03/2021

L’indicateur se stabilise vers 24% sur la semaine passée. C’est un niveau très élevé, jamais atteint auparavant. Nous savons qu’une partie des malades sont soignés en médecine de ville, y compris avec de l’oxygène. Ces patients moins à risque ne sont pas à l’hôpital. Lorsque l’indicateur est haut, ça peut être à la fois lié à une forme des variants qui serait plus “agressive”, mais aussi lié à une gestion de l’hôpital qui prend en charge plus de cas compliqués.

Nombre de reproduction Reffectif

Pour le simulateur CovidTracker, c’est un peu comme le carburant de l’épidémie. Ce nombre qui indique combien de personnes se contaminent en chaîne est révélateur de l’entretien de la machine. Tant qu’il ne chute pas en dessous de 1, c’est impossible d’espérer une amélioration, ou alors il faudrait un traitement efficace contre la maladie.

Évolution de Reffectif sur un an, mise en valeur des périodes où R était inférieur à 1, CovidTracker Guillaume Rozier

Les périodes mises en valeur en vert, indiquent les moments où la machine ralentit, elles sont peu nombreuses depuis juillet dernier. R est estimé vers 1,2 en ce moment, c’est trop élevé. Tout scénario ayant pour objectif de se projeter sur des jours meilleurs se base sur des hypothèses de future baisse de R. Voici comment nous pouvons adapter notre réglage de R pour le simulateur CovidTracker.

Réglage de R-effectif pour le simulateur CovidTracker, trois hypothèses, stable, à la baisse et à la baisse fortement, actualisation au 02/04/2021

Pour cette fois l’hypothèse à la hausse n’est pas conservée, la situation étant déjà trop élevé. Les nouvelles restrictions annoncées par le Président le 31 mars auront pour effet d’amorcer la baisse, espérons-le.

Situation dans les hôpitaux

Le réglage du simulateur a été actualisé pour s’ajuster aux courbes en cours et les calculs ont été prolongés selon les trois hypothèse pour Reffectif évoquées à l’instant. Voici les nouveaux graphiques pour les entrées et les sorties ainsi que le niveau d’occupation des services.

Simulation CovidTracker et données Santé publique France, entrées et sorties de l’hôpital pour retour à domicile, actualisation au 02/04/2021
Simulation CovidTracker et données Santé publique France, situation hospitalière occupation des services, actualisation au 02/04/2021

Quelques remarques sur les courbes de projection :

  • Courbe des hospitalisés, difficile de trouver un autre réglage que celui qui montre une croissance rapide, même si la courbe des jours derniers semble avoir une croissance plus modérée.
  • Courbe des patients en SSR ou USLD, difficile de trouver un autre réglage que celui en progression, même si la courbe des données de Santé publique France montre une stabilité.
  • Courbe des patients en réanimation, l’hypothèse la plus optimiste conduit à un pic à 7200 vers le 18 avril.

Cette simulation inquiétante indiquerait que toutes les hypothèses dépassent le niveau de saturation des hôpitaux au moment de la première vague. Je doute moi même du résultat obtenu et pourtant ça fait maintenant un an que je m’efforce à faire ces simulations, elles n’ont que peu de fois été significativement en dehors des clous. Mais je peux encore me tromper.

Projection sur les décès

Simulation CovidTracker et données Santé publique France, évolution du cumul des décès pour covid-19 en France, actualisation au 02/04/2021

La tendance semble toujours assez bien orientée pour les EHPAD et EMS, avec peu de nouveaux cas. Par contre, en raison de Reffectif supérieur à 1 pour la période en cours, la simulation montre une légère accélération de l’incidence des décès à l’hôpital, mais celle-ci pourrait être limitée si les nouveaux patients se révèlent plus jeunes.

Les Gaussiennes par Daniel Le Breton

Cette vague de variant(s) montre une évolution qui fait penser à un phénomène de percolation, à savoir que la vague semble régresser puis rebondit fortement, comme si elle franchissait un cap. Depuis la dernière mise à jour les configurations en double pic des courbes dérivées n’ont fait que croître, et ça ne concerne pas que les données relativement incertaines, même les données hospitalières sont touchées par le phénomène.

Le scénario du 12 mars est maintenant obsolète et force est de constater que l’épidémie rebondit fortement même dans les régions que l’on croyait pouvoir être épargnées (Bretagne). Des renversements violents de tendance sont observables (PACA). Reste à essayer de deviner vers où on se dirige actuellement.

La situation en Île-de-France peut nous apporter un peu d’espoir car on voit qu’un pic est passé peu avant la fin mars. Cela conduirait à un pic d’hospitalisations (7600) et de réanimations (1650) vers le 10 avril, en croisant les doigts pour que ce ne soit pas le prélude à un nouveau rebondissement.

Au plan national le développement géographique de l’épidémie laisserait entrevoir un pic vers le 10 avril, avec en moyenne hebdomadaire 46 000 cas par jour, et un pic de l’ordre de 69 000 cas en milieu de semaine (le 7).

Nombre quotidiens de nouveaux tests positifs au SARS-CoV-2 en France, selon la méthode des Gaussiennes, Actualisation Daniel Le Breton au 01/04/2021

Comme on peut le voir sur le graphique la descente est lente et la réalité va l’être davantage. Ainsi on ne reviendra pas sous les 5 000 cas par jour avant juin. Tout cela peut dériver dans le temps, et pic plus tardif veut dire pic plus haut avec les conséquences qui vont avec. Cela va dépendre de la vitesse d’extension de la maladie à travers le pays. Dans le scénario actuel, on aurait encore 20 000 cas par jour mi mai, ça ne rend pas optimiste vis-à-vis des promesses gouvernementales.

Pour ce qui concerne les réanimations, le pic se présenterait vers le 20 avril avec un peu moins de 6000 personnes. La barre des 3000 cas par jour ne serait franchie que début juin. Là aussi ça peut dériver pour les mêmes raisons que ci-dessus.

La méthode montre ses limites même si beaucoup de monde travaille aujourd’hui sur les tendances (les dérivées en mathématiques). Les caprices de l’épidémie conduisent à des pics intermédiaires qu’on peut mal interpréter. La superposition de deux vagues masque également les points d’inflexion.

Daniel Le Breton

Vers 6 millions de cas cumulés

Si vous êtes toujours à nous lire, bravo. Pour être complet et montrer les graphiques intéressants qui soutiennent la simulation, voici la projection sur le cumul du nombre de nouveaux cas positifs.

Simulateur CovidTracker et données Santé publique France, cumul du nombre de cas positifs détectés au SARS-CoV-2 en France, actualisation au 02/04/2021

La valeur de 6 millions de cas se profile pour la fin du mois d’avril. Il faut seulement remonter au 22 janvier pour trouver le cumul de 3 millions de cas.

Un dernier bond pour prendre de la hauteur, ailleurs dans le monde

Dans le dernier bulletin Santé publique France, la carte mondiale de l’incidence de la covid-19 permet de pointer les pays qui sont mal engagés actuellement pour freiner l’épidémie.

Extrait du bulletin de Santé publique France au 01/04/2021, carte de l’incidence mondiale, page 56.

Pas de chance, la France au centre de la carte fait partie d’une minorité de pays où l’incidence dépasse 300, avec la couleur la plus foncée.

Bon courage aux soignants, il faut encore vous applaudir. Prenons soins de nous tous.

Philippe Brouard

  1. jean-dominique dit :

    Une explication de l’écart entre les prévisions pessimistes du modèle et l’évolution réelle un peu en retrait pourrait résulter d’une surestimation de Re: les tests sont de plus en plus nombreux et permettraient de détecter une plus grande proportion de cas. L’évolution des entrées en réanimation, peu sensible à la vaccination des plus âgés, semble orienter vers un Re compris entre 1,10 et 1,12 et non 1,21, à mi-chemin donc de la hausse de l’incidence et de l’effritement du taux de positivité.
    Concernant la décrue, le modèle prend-il en compte les effets de la vaccination, qui devrait perturber le système de plus en plus fortement?

    • Philippe Brouard dit :

      Bonjour Jean-Dominique. Je ne suis pas certain d’avoir compris votre remarque sur Re vis à vis des entrées en réanimation. En modèle SEIR La notion de Reff s’applique uniquement sur l’évolution des cas positifs. Le modèle du simulateur ici même ne prend pas en compte les effets de la vaccination de façon directe. C’est en émettant l’hypothèse que R pourrait baisser, y compris fortement, que l’effet de la vaccination contribuerait à cette hypothèse. Mais difficile de savoir vraiment à quel niveau.

  2. Lerat Dominique-Fulgent dit :

    En tant que médecin généraliste et aussi épris d”épidémiologie depuis très longtemps [j’ai un peu … pratiqué, fort modestement !], je suis extrêmement admiratif du travail que vous effectuez par sa concision, sa clarté, son objectivité et aussi son rôle pédagogique.
    Vous faites une œuvre d’un très grand civisme.
    Bravo +++ à toutes les personnes qui ont collaboré à la création de ce site et qui travaillent de façon très professionnelle à l’entretenir et le faire vivre.
    Toutes mes félicitations, car vous faites aussi preuve d’enthousiasme, d’humour et d’optimisme … et on en a bien besoin quand on prend en compte ce qui peut être diffusé par bien des médias !!
    Et surtout un très grand MERCI !!

    DFL

    • Philippe Brouard dit :

      Bonsoir Dominique, merci pour votre message de soutien. C’est un gros travail que celui de maintenir le site, l’actualiser et de l’enrichir avec multiples outils. Alors oui, quelques soutiens des lecteurs, ça fait plaisir!

  3. Vincent dit :

    Merci pour l’article.

    Je trouve hasardeux le calcul avec prise d’effet au 31/03 pour l’infléchissement du R-effectif même s’il est basé sur les données de SPF. On sait que notre président guérit les écrouelles mais tout de même.
    De manière empirique, je pense qu’il ne faut rien attendre avant le mardi 6 avril et la fin du week-end de Pâques. Car les gens n’ont pas changé leurs habitudes d’un iota depuis l’allocution présidentielle. Pire, ils considèrent qu’il faut en profiter avant mardi !
    Je travaille dans une école. Et je vois : des mamans d’élèves faire leurs courses dans le village, amener du courrier à l’école, se balader sans masque alors qu’elles sont positives. Je vois des hommes cas contact car conjoint positive recevoir certains de mes élèves sans masque et aller travailler sans masque avec leur collègue. Et je peux développer à l’envie.

    Je sais que vous préférez des données chiffrées. Mais il y a trop de tests approximatifs (salivaires, antigéniques de plus en plus nombreux j’ai l’impression) – ou pire, les tests non faits par des gens pourtant symptomatiques -, pour s’appuyer sur cette donnée afin de simuler le R.
    Je sais que mes propos sont peu “scientifiques” mais ce n’est pas pire que d’évoquer des “caprices” pour une épidémie ou de lancer un “pas de chance” afin de souligner la situation de la France. Car, je ne crois pas l’épidémie capricieuse ni la France malchanceuse dans sa politique sanitaire.

    Mais encore, merci à vous.
    V.

    • Philippe Brouard dit :

      Bonjour Vincent.

      l’évaluation de R-effectif avec peu de jours de recul est peu fiable. C’est pour ça que le scénario à trois hypothèses commence à faire diverger R avec un recul de 10 jours environ sur la date en cours au moment de la simulation. Pour le réglage sur cet article, un passage de R vers 1,25 au 21 mars semble nécessaire pour adhérer à la courbe du cumul des cas positifs selon SPF. Pour autant, se caler sur R à 1,2 est un choix qui peut se tenir car une différence de 0,05 n’est pas sensible quand on est aussi proche de la date en cours.

      Merci d’apporter votre éclairage sous forme de vécu, c’est essentiel. Les analyses se complètent. Il faut essayer de multiplier les tableaux dans ce contexte compliqué.

      Pour terminer sur ma formule “pas de chance”, je voulais évoquer que pour cette fois être au centre de la carte n’est pas élogieux quand ça revient “à faire tache”.

      cordialement

  4. francis dit :

    Bonjour,
    Merci pour votre éclairage.
    Une question: pourquoi être passé de j+5 à j+4 dans le calcul de pourcentage d’incidence des nouveaux patients hospitalisés vers les services de réanimation?

    • Philippe Brouard dit :

      Bonjour Francis, bonne remarque, bonne question. C’est suite aux avis des soignants indiquant la tendance des cas graves à se dégrader plus vite, que le délai est proposé plus court d’un jour sur ce graphique. Ça répond aussi à une précédente question sur le blog: qu’est-ce que ça change si le délai est modifié? Ici, le nouveau graphique illustre que +/- 1 jour, ça ne change pas l’allure du graphique.

  5. Bardeau dit :

    Bonjour
    Vos chiffres sur la vaccination ne sont pas à jour,vous êtes toujours au 01/04 ( Sans doute un poisson d’avril longue durée) alors que la Repubblica ( journal italien) dénombre plus de 12 millions de doses administrées.
    Pouvez vous nous expliquer ce décalage, sans bien entendu accuser l’administration car comment ce journal a pu avoir des chiffres plus récents
    Merci

  6. Guillaume Maxant dit :

    Merci pour ce très beau travail et pour sa constance.
    j’aurai toutefois un commentaire. Je pense qu’en fait les épisodes de mars 2020 et l’épisode actuel sont structurellement très différents, notamment pour deux raisons.

    La première – et je ne suis pas infectiologue ou virologue, donc je ne m’étalerai pas là dessus – tient probablement à l’agressivité des variants actuels. Notamment en atteignant des populations plus jeunes, et de manière plus diffuse.

    La deuxième tient à l’extension de la vaccination chez les plus fragiles, notamment les patients âgés et les EHPAD. A son efficacité. D’où une réduction majeure de la mortalité COVID +, sachant que nous avons eu tendance à majorer cette mortalité jusqu’alors.

    Un patient âgé symptomatique allait à l’hôpital, et si une indication de réanimation était discutée, elle est toujours réservée pour les patients très âgés ou ayant beaucoup de comorbidités (COVID ou pas).
    Donc les patients âgés allait souvent à l’hôpital, y mourrait souvent, sans passer forcément par la case réa.
    Un patient jeune symptomatique ne va pas à l’hôpital. Il n’y va que si cela va très mal, et donc va proportionnellement plus en réa que les patients âgés. Il meurt moins – je l’espère en tout cas – car il présente des réserves plus importantes.

    Les critères intéressants seraient le taux d’intubation (qui est un critère assez fiable de sévérité, plus que la notion de ‘soins critiques’), la durée de réanimation et la mortalité en réanimation.

    • marion dit :

      au vu du rapport de SPF, il n’y a quasi aucune différence entre les différentes vagues. Les comorbidités sont toujours à hauteur de 90 % chez les patients en réas, l’obésité et l’hypertension étant toujours à hauteur de 50 %. L’age plus jeune est davantage lié à la vaccination et peut être à la volonté des médecins de “surveiller”. Les chiffres en IDF par rapport à cette dernière hypothèse pourrait le démontrer et poser la question sur la virulence plus sévère de cette souche, les chiffres ne vont pas vraiment dans ce sens car si on se fie aux cas positifs on peut voir qu’il faut 30 % de tests supplémentaires pour ne “même” pas atteindre les chiffres d’octobre.

      • Guillaume Maxant dit :

        Merci.
        La question centrale est celle de l indication de la réanimation.
        Est ce que ce sont toutes des réanimation lourdes (en gros patients intubés) ou des situations plus simples type soins continus (patients non intubés, oxygenothérapies haut débit)?
        Les deux modalités changent de tout au tout le pronostic et la durée de l hospitalisation (et donc les ressources engagées)
        La nouvelle dénomination officielle ‘patients en soins critiques’ est déroutante à ce titre.
        Ces réponses seraient utiles pour mettre en perspectives les propos très dissonants actuels, avec notamment un discours apocalyptiques qui n est pas une évidence.

      • Jean-Loup dit :

        Il est assez évident que la crainte des médecins, au sens générique du terme, n’a pratiquement jamais été une potentielle aggravation des signes cliniques avec cette 3e vague “variants” — il s’agit en fait du 4e pic au niveau du nombre de patients simultanés —, même si l’argument a été exploité dans un but pédagogique et préventif. Le gros problème est que la 2nde vague d’octobre n’est jamais redescendue et s’apparente davantage à une marée haute sur laquelle la moindre vaguelette supplémentaire suffit à faire envisager le débordement de la digue et la panique chez des urgentistes échaudés.

        S’ensuivent également des stratégies successives totalement contradictoires, oscillant sans cesse entre freinage d’urgence et tentation de l’immunité collective chez les -50 ans à chaque période propice à l’économie (Noël, soldes, etc.), comptant sur les congés scolaires suivants pour faire baisser la tension dans les métropoles. Être l’un des rares pays à prétendre que les enfants sont une population à part non contagieuse dans cette pandémie est assez explicite quant aux non-dits de la période. Peu/pas contagieux pour les adultes mais il faudrait pourtant vacciner en priorité les enseignants… Le sens du message est tout sauf limpide, d’autant que l’on laisse impunément des groupes importants de ces écoliers se réunir en journée dans les jardins privés depuis plusieurs semaines, les parents se regroupant à 18 h pour les reprendre avant de retourner travailler le lendemain au contact de personnes fragiles..

        Tout aussi patent est que le changement de présidence américaine a permis de désinhiber les partisans du laisser-faire chez les jeunes à partir de janvier. Malheureusement, sans être producteur de son propre vaccin; c’était voué à l’échec, compte tenu des capacités hospitalières disponibles, car des groupes à risques attendent encore la 1re dose pour une protection trois semaines après la 2nde injection elle-même espacée de 12 semaines de la 1re. La volonté de tout rouvrir est là et très populaire dans l’opinion réelle et médiatique mais c’est politiquement intenable de laisser déborder les urgences car la confiance des marchés internationaux ainsi que celle des pays voisins s’effondrerait. Les différentes mesures actuelles s’apprécient davantage à cette aune que dans un sens sanitaire proprement dit.

  7. Pedro dit :

    Il y a aussi que beaucoup plus de jeunes attrapent le virus, je pense que c’est ça qui explique qu’ils aillent en réa. Je ne crois pas une seule seconde à l’incidence donnée sur le site. La plupart des étudiant vont en soirée tous les samedis et ne se testent pas(surtout s’ils habitent seuls); tout le monde le sait. Donc sur énormément d’infectés, il y a quelques obèses/diabétiques qui finissent en réa.

    • EllaK dit :

      il ne s’agit pas de croire, mais de mesurer. Aucun statisticien ne prétendra énoncer une vérité absolue (de toute façon personne dans cette société n’est prêt à croire dans une quelconque vérité).
      Le rôle des statistiques est de mesurer le moins imparfaitement possible un phénomène.
      On ne peut bien sûr pas rendre compte de ce qui échappe à la mesure.
      Les taux d’incidence ne sont que le reflet des tests effectués, on voit bien à Noël un pic artificiellement créé par un plus grand nombre de personnes se faisant tester par précaution.
      C’est pour cela qu’il convient de prendre en compte plusieurs indicateurs, et c’est rappelé très souvent

  8. laurent BOCCON-GIBOD dit :

    merci a toute cette formidable équipe de fournir le meilleur site d’informations sur l’épidémie de Covid-19 . Bon curage pour la suite , bravo pour l’addition de “vite-ma-dose” initiative que les autorités auraient du prendre dès le début de la campagne .

  9. ferrand-bechmann dit :

    bravo des présentations claires et objectives merci

  10. EllaK dit :

    Bonjour,
    Une piste d’explications sur la décorrélation du nombre de cas avec les passages aux urgences/ médecins ?
    Les gens appelent moins le médecin ?

    • Marc B dit :

      Je penses. Si je regarde autour de moi, les gens n’ont globalement plus peur. On leur dit à 30 ans qu’ils sont positifs et beaucoup se disent bon ok, c’est pas grave je vais faire une mauvaise grippe. Comme ils savent que le médecin ne peut pas grand chose pour eux (c’est pas comme si on pouvait leur prescrire de l’hydroxychloromachin) si ce n’est prescrire un test, et bien ils n’y vont que si ils ont peur de claquer. Il y a un an c’était pas la même et les gens avaient peur même quand ils n’étaient pas à risque.

      Ca peut être dangereux, le seul cas grave (hospi pas rea) que je connais a fini par aller à l’hosto quand son taux de saturation était très bas. Il aurait surement du consulter avant.

      A voir le nombre de cas qui émergent à faible distance, on a probablement eu une grosse sous déclaration des cas au mois de Mars. Je ne serais pas surpris que beaucoup se soient dis “je reste chez moi”, mais je ne me fais pas tester car cela ne sert à rien. (Ah si seulement Boiron avait fait du Pangolinococciunum ! La les gens auraient plus vu un bénéfice au test).

      De plus en plus je constate que le monde se sépare en deux catégories :
      – Ceux qui ont peur et prennent cela très au sérieux : Ils ont déjà fait plusieurs tests PCR, et globalement respectent scrupuleusement ce que demandent les autorités sanitaires. Si ils ont des symptomes même très légers, ils se font tester.
      – Ceux qui s’en moquent : Ca fait longtemps qu’ils n’ont pas vu un test (voir les ont scrupuleusement évité) et ils font le minimum pour ne pas se choper un PV ou des remarques trop désobligeantes. Si ils ont des symptomes, tant que ca n’a pas l’air grave, ils se disent que ce n’est rien et continuent leur vie.

      Le deuxième camp grossit au fur et à mesure (aucun jugement de valeur, juste un fait) et donc je serai très surpris malgrès les tests de connaitre le nombre de cas exacts en ce moment.

  11. Pedro dit :

    @EllaK Plus de tours de PCR?

    • Philippe Brouard dit :

      @Pedro et EllaK, il y a moins de tests ces derniers jours, peut-être lié à la fermeture des écoles cette semaine? Les données oscillent beaucoup, ce qui rend l’analyse compliquée.

  12. Martina dit :

    Comment s’explique le fait que le taux d’incidence soit si élevé chez les plus de 90 ans alors que cette tranche d’âge a été vaccinée dès le mois de janvier ? Et selon ce que j’en sais dans une proportion très importante.
    Toutes mes félicitations pour votre site

    • Philippe Brouard dit :

      Bonjour Martina. Bonne question, c’est surprenant en effet. Pour tenter d’y voir de plus près, j’ai fait deux captures écran de la répartition par classes d’âge des personnes hospitalisées, la première correspond au 10/04/2020 (il y a un an) et la deuxième correspondant à hier. Ça donne ça : https://covidtracker.fr/wp-content/uploads/2021/04/hospitalises_20210409_unan.jpg. La coïncidence est frappante, à un an d’écart (quasiment au jour le jour), le profil des classes d’âge hospitalisées est presque inchangé! Incroyable…

      • Martina dit :

        Merci pour votre réponse et pour les captures d’écran. C’est surprenant. À un an d’écart, presque un copié collé l’un de l’autre.
        J’avoue n’y plus rien comprendre car on s’imagine que les chiffres vont correspondre aux événements, notamment montrer l’impact de la vaccination. Et pourtant, l’impact de la vaccination n’apparaît pas dans les chiffres pour les personnes les plus âgées qui sont les plus vaccinées.
        Peut-être la vaccination est-elle trop récente ou y-a-t-il quelque autre explication?

        • JCD dit :

          C’est du au variant anglais il me semble.

          Entre mi-Février et mi-Mars, le variant anglais était dans sa phase de progression la plus intense. Il était alors “plus fort/rapide que le vaccin”. Toutes les courbes se sont mises à remonter progressivement.

          Le variant a commencé à contaminer ‘abondamment’ les plus jeunes mi Février qui eux mêmes ont contaminé les parents puis les grands parents (on voit bien sur les courbes de Mars 2020 et Novembre des pics décalés d’environ une semaine à chaque fois, au fur et à mesure qu’une génération en contamine une autre).

          Comme de la contamination à l’hôpital, il faut environ une dizaine de jours, la génération des plus de 80 ans vient grossir les rangs ‘seulement’ à partir de mi-Mars (= 15 Février + 2×7 jours + 10 jours)

          Mais on voit bien que la courbe des plus de 80 ans monte plus lentement que celle des autres classes d’âge, et ça c’est bien l’effet positif du vaccin :

          https://www.dropbox.com/s/jjze1y3gh65lrhi/Remont%C3%A9e%20Variant.jpg?dl=0

          @Philippe, j’ai vu votre autre message. Je vais essayer de décrire le modèle de manière digeste.

      • Jean-Loup dit :

        @Philippe Brouard
        Effectivement, l’histoire du rajeunissement des patients est l’argument brandi à chaque vague sans qu’il ne soit corroboré par les chiffres. Ce qui varie, un peu, c’est la tranche touchée en 1er : nettement les 0-9 ans en octobre et plutôt les 20-29 cette fois. La contamination massive des très âgés en novembre était certainement encore la conséquence du relâchement des vacances d’été et de la garde des petits-enfants à la sortie d’école depuis la rentrée.

        Concernant les effets de la vaccination, j’avais déjà évoqué ici la surreprésentation des femmes dans la population protégée, tant en volume qu’en pourcentage, tandis que les hommes représentent pourtant la majorité des cas très graves. Cela pose des questions davantage d’ordre social, voire sociétal :
        1) Le tri par les médecins est-il non pertinent, tendancieux, ou le simple reflet d’une patientèle très féminine puisque les hommes sont réputés moins suivis médicalement.

        2) Les catégories les plus aisées sont également celles qui consultes le plus fréquemment leur médecin traitant ou la pharmacie et ont, de fait, plus de chances d’être prioritaires sur les listes tout en étant moins confrontées au virus que les couches plus populaires.

        3) Les hommes sont-ils culturellement plus réfractaires à la vaccination ?

        Autre point : le variant sud-africain représente 4 % des cas répertoriés sans que l’on sache publiquement si la répartition est équitable à tous les âges. Si les personnes âgées sont touchées, cela pourrait interroger sur la protection effective du Pfizer ou Moderna sur cette souche, ce que semble confirmer une étude israélienne.

  13. tatiana dit :

    “Si vous êtes toujours à nous lire, Bravo!”

    Merci! Ca fait plaisir! 🙂

  14. Marc B dit :

    Bonjour,

    Merci pour votre site.

    D’après l’Institut Pasteur, entre 40 et 60% des 30-40 ans l’auraient déjà attrapé en IdF. La médiane étant à 50%. Sur les 20-30 ans et les 40-50 ans ce n’est guére plus brillant. On a pas de données pour les enfants, mais a voir le strike en un coup fait par le variant anglais dans la classe de ma gosse on peut imaginer que ce n’est surement pas brillant. (Surtout que vu qu’elle a passé la veille des symptomes à jouer de près et en intérieur avec un des enfants contaminé m’indique qu’elle l’a déjà eu et qu’on ne s’en est pas apperçu).

    Bref, un effet de “freinage” devrait se voir dans les départements franciliens indépendemment même des mesures de confinement car certaines tranches d’ages ne doivent pas être bien loin de l’immunité collective.

    Y a t’il eu des études / simulations la dessus, car je suppose que l’immunité collective n’est pas un interrupteur qui éteint l’épidémie quand on atteint le taux mais qu’il y a bien avant un “freinage” qui se fait sentir. Cela parait d’ailleurs logique, si le R0 est à 4 en début d’épidémie mais que 50% de mes amis l’ont eu, je ne peux plus le passer qu’à 2 d’entre eux…

    Au stade de l’épidémie ou on arrive ce facteur devrait être important et créer de grosses disparités régionales.

    En tout cas en IdF ca continue de frapper dru autour de moi. Cas peu graves (sauf un) mais jamais eu autant à proximité depuis le début de l’épidémie.

    • JCD dit :

      @Marc, il faut une immunité collective + vaccinale de plus de 80% (Pasteur dit même 90%) pour infléchir la courbe des nouvelles contaminations si on veut revivre sans masque (immunité atteinte = la courbe se met à descendre + ou – vite et Reffectif passe en dessous de 1) à cause du variant anglais dont le R0 avoisine 4,5.
      Si on prend en compte les gens qui ont peu voire plus d’anticorps (asymptomatiques + 1ère vague) alors on est encore loin du compte (20% peut-être ?).
      Mais l’immunité collective aide suffisamment le vaccin pour faire tomber les chiffres les plus critiques (hospitalisation et réanimation) dès à présent car le vaccin est ‘encore plus fort’ sur les personnes à risque.

      IdF :
      Pic entrées à l’hôpital déjà atteint le 31 Mars.
      Pic entrées en réanimation déjà atteint le 3-avr.
      Pic lits réanimation (simulation) : ce week-end, 1 700 lits ( 150% )

      France :
      Pic entrées à l’hôpital déjà atteint un pic/mini plateau le 4 Avril.
      Pic entrées en réa (simulation) : 14-avr.
      Pic lits réanimation (simulation) : autour du 21-avr, 6 200 lits ( 120% )

      Une remarque hors sujet en passant : en observant la France, on voit que la baisse des entrées hospitalières s’amorce au moment même où le “reconfinement” du 4 Avril débute. Cette baisse est donc due exclusivement à l’immunité naturelle + au vaccin. (Car il y a une dizaine de jours entre contamination et entrée à l’hôpital).
      Il en est quasiment de même pour IdF même si c’est moins visible ‘à l’oeil nu’.

      De là à dire que les reconfinements résultent purement d’un choix politique (beaucoup plus que sanitaire) influencé par :
      – d’une part le battage médiatique (auquel participe malheureusement certains médecins, le dernier épisode en date étant le communiqué APHP au moins aussi approximatif qu’apocalyptique).
      – d’autre part l’extrême prudence des modélisateurs qui ont sous-estimé le rôle anti-contagion des vaccins jusqu’à très récemment : réduction de la contagion de 0 à 30% dans les publications de Janvier/Février/Mars alors que la réalité est au delà de 80% (Pasteur, le 6 Avril !), ce qui gonfle pas mal le pic des simulations…

      Je suis un peu caricatural, car quelques dizaines de lits gagnés au pire moment, c’est une bonne nouvelle pour les malades et les soignants (les vrais, pas ceux des plateaux TV) mais au prix de la fermeture des petits commerces quand même.

      • Philippe Brouard dit :

        Bonjour JCD. Vous nous apportez régulièrement des contributions très intéressantes via les commentaires. Tout comme Daniel Le Breton, vous seriez peut-être intéressé pour montrer plus en détail votre modèle de simulation? Cordialement

        • JCD dit :

          Bonjour Philippe,

          Vaste sujet que la modélisation (‘amateur’, je précise). Il faudrait une section dédiée sur le blog ☺

          Le principe ressemble à un modèle SEIR mais (schématiquement), au lieu de considérer une période d’incubation non contagieuse de 5 jours + 3 jours de contagion avec un taux R constant dans le temps (ou disons un R pour la montée des courbes et un autre R pour la descente), j’applique les différences suivantes :

          – Les 5 jours à 0% contamination + 3 jours à 100% de contagion sont remplacés par une loi de probabilité Gamma (approximativement 0% sur les premiers jours, 17% à 6 j, 55% à 7j, 24% à 8j pour les entrées à l’hôpital).

          – R est différent pour chaque jour. R est calculé, pour les jours précédents, par la méthode de Wallinga & Lipsitch (dit comme ça, ça fait peur mais c’est très simple : R est issu d’une sorte de moyenne pondérée de l’incidence * la loi Gamma. Cf https://cloudapps.france-bioinformatique.fr/covid19-rt2/ )
          J’ai en fait 2 valeurs de R : une calculée sur les entrées en réa (Rréa) et une autre sur les entrées à l’hôpital Rhosp. Ceci a été rendu nécessaire par l’arrivée du vaccin qui casse le ratio historique ‘15% des hospitalisés entrent en réa’ donc complexifie les calculs. Ce qui fait 2 lois Gammas différentes.

          – Les paramètres (moyenne et écart-type) des lois gamma sont calculés une bonne fois pour toute par ‘entrainement’ (= solveur excel) sur une portion de courbe connue (épisodes Septembre/Octobre) des entrées en réa / à l’hôpital.

          – Le nb de lits en réa (respectivement lits à l’hôpital) sont ensuite calculés à partir des entrées en réa (respectivement à l’hôpital) et de deux autres lois gammas (entrainées au départ elles aussi sur 60 jours de données sept/octobre).

          Ca c’est pour le modèle, mais encore faut il connaitre les ‘R futurs’ pour simuler l’avenir.

          • JCD dit :

            …Et pour connaitre les R futurs, il faut sortir la boule de cristal :

            R(J+1) = R(J) * alea(J) * correctif variant anglais(J) * correctif immunité(J)

            Avec :
            – alea(J) = 1 car je n’ai pas de boule de cristal (on retrouve dans cet aléa les effets des confinements, du premier de l’an, des changements de météo, les facteurs aggravants de tel ou tel variant etc…). Cet aléa est la grosse faiblesse de toutes les projections.

            – Correctif variant anglais(J) = Rmoyen(J)/Rmoyen(J-1). Ce ratio vaut pratiquement 1 depuis fin Mars car le variant est bien installé.
            Rmoyen traduit la domination progressive du variant anglais sur le français. Il vaut 0,9 mi Janvier (variant pas là) et 0,9 x 1,6 = 1,44 fin Avril (variant installé à presque 100%). J’avais expliqué dans un post précédent comment estimer cette progression (c’est une suite géométrique. Les coeff 0,9 et 1,6 ont aussi été validés par le solveur excel sur Janvier/début Février) ce qui permet de s’affranchir des variants Sud Africain et autres.

            – Correctif immunité = Immunité (J)/Immunité (J-1). Ce ratio traduit ‘le bouclier anti-contamination’ qui se renforce au fil de temps (“je suis immunisé donc je ne peux pas contaminer les autres ou presque”).
            Immunité (J) = immunité naturelle (J) + immunité vaccinale (J)
            L’immunité naturelle(J) est calculée à partir des taux sérologiques communiqués de temps en temps + les nouveaux cas déclarés au fil de l’eau (implicitement, j’élimine les asymptomatiques). Elle vaut environ 12% au 31 Mars (17% pour IdF). C’est peu précis mais pas très gênant car l’immunité vaccinale est de loin le moteur qui change tout.
            L’immunité vaccinale(J) = 90% (là où les modélisations officielles prenaient 30% jusqu’à très récemment) * taux de vaccination 1ère dose population (J-14) x accélérateur d’immunité (J).
            L’accélérateur fait que quand on a vacciné 10% de la population la plus agée, alors on a environ 25% d’entrée en réa en moins (donc accélérateur d’immunité réa = 2,5) par exemple.
            Je procède de la sorte car un modèle par classe d’âge, comorbidité etc… devient très très compliqué (cf Pasteur, publication du 6 Avril. Impressionnant ce qu’ils arrivent à faire !).

            Cette ‘prévision’ marche plutôt bien pour RRéa mais mal pour RHosp pour des raisons qui m’échappent encore (bug excel ? qualité de la donnée d’entrée ?)

            • Philippe Brouard dit :

              Bonjour JCD. Impressionnant! Je comprends pourquoi vous disiez que ce serait difficile de faire une explication “digeste”. Pour ma part, j’avoue que je suis loin d’avoir tout compris 😉 mais je peux apporter une petite contribution à la question finale. Pourquoi c’est compliqué avec la courbe du nombre des patients hospitalisés? Ma proposition de réponse: que ça soit avec les chiffres officiels ou avec la simulation ici même, c’est une courbe qui est beaucoup plus irrégulière que celle des réa’ ou celle des décès. Elle dépend de tout et toutes les incertitudes s’y accumulent. Depuis ma simulation du 2 avril, je constate que la projection proposée dans cet article est significativement sortie du chemin tracé (nombre de patients hospitalisées), ça ne sera pas évident de la rattraper.

              En plus de votre “présentation résumée” de vos calculs, seriez-vous intéressé pour partager un ou deux graphiques dans un prochain article?
              cordialement

              • JCD dit :

                Bonjour Philippe,

                Désolé pour tous les lecteurs que j’ai fait fuir !

                Mais en résumé :
                – Quand on connait R, on sait dire précisément ce qui se passe.
                – Pour connaitre le R du lendemain, je prends celui du jour et je l’augmente d’une dose de variant anglais et le diminue avec une dose de vaccin. C’est modéliser R qui est compliqué (voire infaisable à plus d’une semaine ou deux. Trop d’aléas).

                Pour les hospitalisations : j’ai le même ‘décrochage’ que vous dans les courbes en Décembre (durée du séjour qui s’allonge ?) et aussi une autre difficulté sur la prévision des entrées à l’hôpital (Rhosp) depuis Février.
                Il manque une donnée cruciale pour essayer de comprendre ce qui se passe, ce sont les entrées à l’hôpital et en réanimation par classe d’âge.

                Pas de problème pour partager quelques courbes (vous m’envoyez un mail en privé ?) avec toute la prudence qui s’impose. Exemple : le Rrea France qui était à 1,1 mi Mars, a décru à 1,0 fin Mars, mais vient de repasser brutalement au dessus de 1,1 ce week-end de Pâques.
                Si c’est un artefact (ex : remontée administratives perturbées par le long week end. Je pense que c’est le cas), alors peu de conséquences. Réponse ce soir.
                Si malheureusement ceci est lié à un relâchement des français, alors nous venons de perdre plusieurs jour avant d’atteindre le pic et 600 lits de plus en réa. L’effet exponentiel est radical…

    • Philippe Brouard dit :

      Bonjour Marc B. Pour visualiser le phénomène de l’immunité collective, je fais référence à l’outil MODSIR19 développé par le Loria (Université de Lorraine). Mais, pas de chance, l’accès au simulateur semble HS en ce moment. Votre raisonnement est exact, ce mécanisme de freinage naturel est contenu dans le modèle épidémiologique SIR ou SEIR.

      D’un autre côté, j’ai entendu le Médecin Martin Blachier dire qu’avec seulement 5% de la population infectée à un instant donné c’est un volume suffisant pour provoquer l’engorgement dans le système hospitalier.

  15. Bonjour Philippe Brouard,

    R peut être vu comme un exposant d’exponentiel, lié donc à la pente d’une représentation graphique en échelle log.

    Ce serait bien que les courbes se prêtant plus ou moins à cette interprétation, soient tracées à l’échelle log (l’idéal étant que l’utilisateur puisse changer l’échelle pour la mettre en log, s’il le souhaite)

    C’est classique dans les domaines où interviennent des exponentielles (ça facilite la discussion qualitative des données et des résultats de modélisation, ainsi que la vérification de leur cohérence)… et ça a été souvent le cas depuis le début de l’épidémie (R varie peu pendant plusieurs semaines, les courbes correspondantes sont alors plus ou moins des droites)

    L’interprétation ci-dessus reste souvent intéressante y compris quand R<1, mais dès que l'immunité ("naturelle" ou venant de la vaccination) joue un rôle non négligeable ce n'est plus le cas, or il me semble que nous commençons à être dans cette situation. Ce serait donc intéressant d'extraire de la modélisation cette part de l'immunité et de la discuter par rapport à des estimations indépendantes (du modèle)

  16. Henri Gibaud dit :

    Ayant lu Pierre Vitorge, pour proposer d’abord à lui et à Philippe Brouard et à la cantonnade qui peut passer par ici.

    En effet le taux dit de reproduction R(t) est foncièrement un facteur d’avalanche dite “géométrique” (comme disaient les Anciens), ce R est Ro initial quand l’épidémie est découverte, sa valeur résulte alors des conditions de brassage social ordinaire non régulé. Les journalistes ont fait une fixette assez risible sur “R-zéro” qui en France n’a existé que vers les 24 février à 12 mars 2020.
    On trouve chez les gens un peu sérieux l’expression “R effectif” pour R(t) ce qui à mon avis mériterait en chrono-logique l’appellation “R actualisé” ou encore “R évolutif” manière de faire du littéraire avec une notion de math élem.
    Pierre Vitorge propose si j’ai compris que certaines parties de données correspondant à des accroissements suspects d’exponentialité soient figurées à titre didactique explétif en complément pour statuer visuellement sur papier semi-log du caractère exponentiel. Moyennant un petit investissement de temps en sus, cette idée pourrait contribuer à pallier à la pathétique carence des “média-pols” français quant à l’élévation scientifique de la population… tout le monde n’a pas une chancelière matheuse et bienveillante.

    Par exemple il serait possible en complément du 8ème graphe de la présente page, relativement aux relevés (“observations”) des mesures qui ont fait tracer la courbe en bleu :
    – d’une part du 26 septembre au 24 octobre => un graphe annexe chrono(t) à ordonnées log
    – d’autre part du 1er mars au récent 1er avril => autre graphe semi-log, même démarche
    Est-ce que cela correspond bien à votre effort du 10 avril, Pierre Vitorge ?

    Pour Philippe BROUARD je vous ai tourné sur la page de l’anniversaire une réponse à réponse, proposant un échange temporaire en a-parté soit en @-courriel. Merci.

  17. Henri Gibaud dit :

    2 extraits récents de mon calepin txt, motivés par deux parutions des 31 mars puis 10 avril :


    ENFIN !!!!!!!!!!!!!! le TAUX DE DEPISTAGE enfin pointé :
    https://www.lefigaro.fr/sciences/covid-19-que-cache-l-augmentation-du-taux-d-incidence-chez-les-plus-jeunes-20210331
    … cela permet de confirmer le soupçon que l’acharnement TESTUEL sur les écoliers en mars venait d’une tactique de dramatisation PRETEXTUELLE …


    BLACHIER s/ AUTOTESTS-dépistage , interv par Milhau Cnews sam matin 10 avr 21 :
    https://www.cnews.fr/emission/2021-04-10/bonjour-docteur-milhau-du-10042021-1068897

    • Jean-Loup dit :

      Malgré tout, il convient de lié tout cela avec les hospitalisations et les 0-9 ans sont de toute façon décorrélés. En comparant l’occupation journalière des lits en moyenne glissante sur sept jours :

      Âge / semaine___17-2020___46-2020___15-2021______évolution entre semaine 1 et 15 2021
      0-9 ans___________98_______106________51_____________+40.28 %
      10-19____________88________65_______101_____________+68.49
      20-29___________319_______288_______351_____________+84.34
      30-39___________788_______515_______789____________+144.49
      40-49__________1598______1032______1674____________+165.30
      50-59__________3501______2344______3472____________+122.30
      60-69__________5639______4685______5901_____________+68.43
      70-79__________6913______7077______7270_____________+24.54
      80-89__________7838______8416______7470_____________- 8.14
      >90 ___________4067______4089______3218_____________-22.37

      Il est assez évident que la fermeture anticipée des écoles visait à encourager le télétravail de leurs parents chez qui l’explosion des cas est manifeste, ainsi qu’à contrer la montée de la grogne chez les syndicats de l’enseignement et à faire baisser la pression des médecins de plateau TV.

    • @Henri Gibaud
      Vous traduisez tout à fait ma pensée.
      Je n’ai rien inventé:
      j’ai relayé il y a plus d’un an (le 9 mars 2020) sur ma page https://www.facebook.com/pierre.vitorge/posts/10222601260041818, la publication d’un collègue où la 1ère figure est en échelle log ce qui met en évidence que l’épidémie s’est propagée initialement de la même manière en France qu’en Italie et en Chine, avec un décalage de respectivement une dizaine de jours et un mois et demi.

      De même, ce type de représentation graphique est par exemple utilisé sur le blog https://allodoxia.odilefillod.fr/page-suivi-covid-19/

      Outre son caractère pédagogique, ça permet de discuter qualitativement des (principaux) facteurs qui pourraient influencer l’évolution de l’épidémie: choisir ce qu’il est prioritaire de prendre en compte dans le modèle. En ce moment, par exemple, la vaccination change la moyenne d’age des personnes contaminées, mais aussi la proportion de personnes en réanimation par rapport aux hospitalisations. Par ailleurs, il semble que la semaine dernière la baisse des contaminations est relativement plus importante chez les jeunes enfants (sans doute en raison de la fermeture des écoles). La modélisation doit donc sans doute prendre en compte des tranches d’âge ce qui pourrait être à l’origine de difficultés signalées par @JCD

      Ce genre de représentation permet de se convaincre que la 2ème vague ayant mené au confinement d’octobre 2020, a été annoncée par une croissance pas loin d’être exponentielle depuis début juillet: R (ou pente de la courbe en échelle log) légèrement supérieur à 1 (avec des “fluctuations”: R=1,2+/-0,2)
      Idem depuis les vacances de Noël annonçant le confinement actuel
      C’est juste une autre façon de dire que si on ne modifie rien, un régime exponentiel a des (mal)chances de s’installer et perdurer, mais c’est plus clair pour tout le monde (y compris ceux qui n’ont pas vraiment intégré ce qu’est une exponentielle) de traduire ça par des segments de droite.

  18. Frédéric Planchon dit :

    C’est quand même très gênant de voir les chiffres commencer à baisser avant la mise en place de nouvelles mesures. D’abord on ne sait pas ce qu’on doit aux nouvelles mesures ( leur quantification directe reste du domaine de l’hypothèse); ensuite, on ne sait pas très bien si ces mesures étaient utiles ou nécessaires, une fois mise de côté la vox populi médiatique.

    Je pense que ces mesures sont utiles, pour un terme moyen plutôt que court, mais les inversions de tendance préalables les dévalorisent un peu. La faute à pas de chance ?

    Je reviens aussi à mon dada, on ne devrait plus parler de R, qui est un paramètre de modélisation mi-constaté mi-prédictif. Tout le débat est ailleurs, tant sur la collecte, l’interprétation des données (merci Henri Gibaud pour l’article du Figaro); et surtout la prévision – voire l’éclairage objectif pour ceux qui prennent les décisions. Le silence des “data scientists” et fanfarons de l’IA est… à méditer sur la société du numérique dont on nous rebat les oreilles. C’est bien mieux sur ce blog.

    • Jean-Loup dit :

      Population plus prudente et respectueuse des gestes barrière sous la menace d’un confinement à venir ?

    • Philippe Brouard dit :

      Bonjour M. Planchon et bon retour sur les commentaires. Le simulateur proposé via les articles du blog ne sait pas fonctionner sans R donc il faudra malgré tout continuer à l’évoquer. Je partage en tout cas votre avis sur les difficultés liées à cet indicateur. Quand il y a des variations importantes sur le nombre de tests effectués ou sur la modalité de ces tests (plus ou moins faciles d’accès, plus ou moins efficaces), ça perturbe les analyses. Pour caricaturer, on pourrait dire qu’il suffit d’arrêter de tester et on verra bien qu’on trouve beaucoup moins de cas positifs. D’autre part, le concept d’un R appliqué aux entrées en hospitalisation est une idée originale mais un peu perturbante. Ça demande d’imaginer comme un mécanisme de jetons d’accès à l’hôpital… obligeant de tordre un peu la réalité? La complexité résiste à la modélisation.

  19. Delbos dit :

    Bonjour et merci pour vos travaux. Questions:
    Dans les modèles de prévisions du reffectif, est-il pris en compte l’évolution naturelle de la maladie (la transmission baisserait naturellement), ou considère-t-on systématiquement que seules les mesures de restrictions ont un effet sur la transmission ?

    Si en effet seules les mesures de de restrictions sont prises en compte, on devrait être en mesure de comparer les régions entres elles….je m’autorise à penser que des mesures de distanciations sociales n’auront pas le même effet dans le 93 que dans la creuse ou en Corrèze….a-t-on comparer l’évolution de la maladie dans ces régions?

    Je ne cherche pas forcément à polémiquer sur l’utiliter du confinement. Si c’est efficace, pas de pb. En revanche, si il ne l’est pas, on sauve personne, mais on créer de la dépense publique et du chomage pour rien.

  20. Daniel Le Breton dit :

    Existe-t-il des données sur la situation des variants en Moselle, car pour suivre les données de contamination il me faut utiliser deux courbes en cloche distinctes comme s’il y avait deux variants actifs, l’un maintenant en baisse, l’autre en montée, l’africain du sud peut-être, qui aurait bousculé l’anglais. Si c’est cela ce n’est pas rassurant pour la suite.

    • Philippe Brouard dit :

      Bonjour M. Le Breton. Les données sur les variants sont disponibles sur le Dashboard Départements : https://covidtracker.fr/dashboard-departements/ les variants SA+BZ semblent ne pas progresser.

      • Daniel Le Breton dit :

        Merci pour l’information. En ce moment je broie du noir et je m’attends à la vague brésilienne pour l’hiver prochain. Les chiffres montrent que contrairement à ce qu’indiquait un spécialiste à la télévision il y a quelques temps, le variant anglais ne met pas les autres dehors.

        • marion dit :

          bonjour,
          toutefois, ce variant en étant le plus terrible de tous aurait du se propager plus vite et surtout réinfecter toute personne immunisée et il semblerait que cela ne soit pas le cas.

  21. Alain dit :

    @Delbos: Le fait que quand le variant anglais arrive, le variant classique recule montre qu’en fait, il n’y a qu’un petit nombre de personnes susceptibles à un temps donnée, et que c’est ça qui détermine l’avancée de l’épidémie. Si on s’en tenait au modèles utilisés, on dirait que la présence du variant anglais n’empêche pas un contaminé de contaminer les autres (il n’y a pas d’immunité collective à court terme). Bref, l’évolution de l’épidémie suit des déterminants naturels, le confinement ne fait qu’aplatir un tout petit peu la vague, au sacrifice nos libertés et de l’éducation de nos enfants.

  22. Henri Gibaud dit :

    A la cantonnade, motivé par Jean-Loup :
    la dernière colonne de votre tableau pour évolution depuis une semaine “1” me laisse perplexe,
    toutefois je partage votre sentiment que la “Timonerie” du palais de “l’Elisez-moi” joue au billard
    à plusieurs bandes.

    A la cantonnade et notamment @ Pierre Vitorge qui motive :
    transmettez ma sympathie aussi à votre collègue du 9 mars 2020 car ce lundi moi aussi au vu de la fusée en cours après les chiffres du dimanche 8 mars je commençais à affoler mes destinataires habitués, et fus des premiers révoltés de ce tour de c.. municipal pour l’égo-isme du grand d….. pressé de fuir vers son fauteuil havrais … comme si une démission havraise de son successeur ne pouvait pas déterminer une seule élection partielle tandis que le reste eût été ajourné à l’automne… les mandats municipaux déterminés par les scrutins de 2001 ont été carrément prorogés d’une année entière jusqu’en 2008 puisque 2007 était déjà encombré de la zidentielle et ses législatives conséquentes : alors ?
    L’exponentielle n’est qu’un régime transitoire, en milieu naturel animal un déplacement violent des observables sources dynamiques entraînerait éventuellement des oscillations, l’analyse des signaux pratiquée en électronique même bien avant les systèmes basse-tension à semi-conducteurs fournit tout un catalogue d’illustrations.

    A la cantonnade et notamment @ Frédéric Planchon qui motive :
    je vous propose de remiser votre dada à l’écurie, car vous risquer de … manquer d’R !
    Ce taux “R-évolutif” fonction-chronique R(t) n’est pas un véritable “constaté” mais le fruit d’une estimation calculatoire, vous pouvez chercher du côté de l’ENSP devenue EHESP (Rennes). Un taux d’arborescence naturel >1 on peut en voir beaucoup dans le végétal, et ne serait-ce que R=5 immuable à partir du dernier segment vers les doigts des 4 mains des singes (pauvres de nous, 2 mains seulement).
    Vous pouvez reprocher au taux R de ne pas être “sensible” voire mesurable au sens de la Métrologie, cela ne le condamne pas car connaissez-vous un appareil de mesure appelé “énergimètre” ? En tout cas pas pour sommer un bilan sous toutes formes, certes il existe bien un “wattmètre-intégrateur” pour la forme électrique notamment distribuée filaire, et à la limite un thermomètre Celsius (échelle repérable) moyennant adaptation en Kelvins absolus rend compte de U énergie interne d’agitation particulaire. Or la grandeur énergie grâce notamment à Nicolas Sadi Carnot (bicentenaires en 2022 et 2024) est d’une importance universelle immense : une très forte signification (presque une transcendance) peut procéder d’un résultat calculé.
    Le taux R a une très grande signification comme indicateur de tendance différentielle instantanée (dérivée math) pour la globalité du phénomène DE TRANSPORT ab initio ad terminum de l’entité BIOTOXIQUE SRAS-COV2 :
    Expectoration (ex agent contamineur potentiel) ======>>>>>> Installation physiologique (ad sujet contaminable)
    Si l’état (i) expectoration est évident, pour l’état (f) c’est la possibilité d’être dépisté-diagnostiqué in vivo mais pas nécessairement des symptômes et encore moins hospitalisation.
    La médecine biologiste génétique puis curative agit sur les scènes ultérieures intra-cellulaires, tandis que les techniques préventives, prophylactiques, socio-comportementales (où on peut trouver quelques bons médecins du travail, de prévention environnementale, et aussi épidémiologistes) peuvent agir sur les étapes dans le phénomène de transport (masque, gel alcoolo, espacements physiques, ventilation y compris VMC quasi personnelle à développer, aération, désinfection aéraulique intérieure à développer, mesures sanitaro-policières générales, mutations drastiques des moeurs relationelles inter-personnelles, sélection forcée de mutants-humains* au bout de plusieurs générations soumises au virus, etc).

    A la cantonnade dont en particulier M. Brouard : 3 illustres MM. Blachier (s/ âges au Brésil notamment), Pialoux et Raoult ont aujourd’hui tourné un peu autour du “pot” de ce thème bizarrement délaissé jusqu’à présent, pourtant ô combien “technique” pour une Belle Profession … cet excellent chlo-ROCK-star marseillais a même “brûlé” comme on dit dans les jeux de devinette quand il a à raison rapproché les années de vie épargnées avec les chutes des accidentologies notamment routières, de la grippe et autres viri (pluriel latin de virus) qui se sont fait littéralement “moucher” par le virus-star millésimé 2019.
    Cher M. Brouard, covidtracker peut s’illustrer davantage en anticipant l’émergence médiatique du thème que j’évoque, … pas interdit de flairer même sous masque …

    * là j’admets clin d’oeil humoristique

    __________
    promo gracieuse, pour qui ne connaît déjà :
    moyennant 5€ en kiosque vient de sortir le n° 336 de SCIENCE & PSEUDO-SCIENCES
    trimestriel de l’AFIS, afis.org, comportant encore un dossier (43 pp) sur l’actualité, cette livraison :
    “Mieux comprendre les vaccins”,
    AFIS ce sont des rationalistes revendiquant aussi appliquer “l’art du doute scientifique”
    (dite la zététique, concept issu de l’antiquité hellène),
    il y a des articles anciens sur site, bonnes lectures …

    • Pierre dit :

      @ Henri Gibaud :
      merci pour votre prose qui permet de se détendre dans ces temps obscures

      @ Daniel Le Breton :
      je compatis. Je ne sais pas quand ce sera fini mais je suis certain que ce ne sera ni mi-mai, ni le 14 juillet comme annoncé.
      Quand l’épidémie a commencé il y a un an, je me suis dit qu’on partait pour au moins 4 ans (comme la grippe Espagnole de 1917 ou l’asiatique de ’57). Comme ça je ne pouvais avoir que de bonnes nouvelles :
      – si le virus était moins contagieux ou grave que prévu
      – si un traitement efficace existait ou était découvert rapidement
      – si l’immunité collective était un concept viable rapidement acquis
      – si un vaccin efficace était trouvé rapidement et distribué rapidement aux milliard d’êtres humains sur cette terre

      @ sceptiques concernant l’utilité des confinements
      C’est un virus respiratoire : toute mesure limitant le risque qu’un sujet sain respire des gouttelettes provenant d’un sujet contagieux va permettre de limiter la propagation de l’épidémie.

      Certaines mesures prises depuis un an ont un effet immédiat et important, comme le port du masque dans des espaces clos.
      Certaines mesures ont un effet direct et un effet indirect : la fermeture des écoles c’est la fermeture des cantines (lieu de contamination puisque clos sans port du masque) mais aussi un effet indirect puisque le télétravail sera de facto plus appliqué pour pouvoir garder les enfants.
      Certaines mesures coûtent très cher pour un effet indirect théorique seulement : le confinement avec la fermeture des commerces par exemple. Ce qui marche c’est “chacun reste chez soi”, mais annoncer “vous êtes tous prisonniers dans votre propre appartement”, politiquement ça ne passe pas. Donc il y a un an c’était un confinement strict, une heure de sortie pour acheter à manger, rien d’autre. Donc les rues étaient vides, le contrôle du respect de la mesure était “facile” et facilité par la fermeture de tous les commerces..
      Le confinement actuel où tout le monde sort comme il veux, impossible de contrôler si c’est pour se balader, faire des courses ou aller boire des verres chez les copains. Du coup la fermeture de quelques commerces est complètement inutile alors que “ça coûte un pognon de dingue”.

  23. Henri Gibaud dit :

    A la cantonnade sur motivation par Pierre à qui je dis merci en retour, et sur son dernier récent paragraphe.

    En effet, l’agent biotoxique bénéficie du PHENOMENE DE TRANSPORT possible depuis expectoration d’un contaminé vers l’interface alvéolaire (respiratoire) d’un sujet alors contaminable.
    Première remarque : les média pour grand-public ont, sauf erreur de ma part, totalement négligé de faire de la didactique accessible sur les expirations personnelles, puis la dynamique/cinétique de dispersion atmosphérique. Tout particulièrement en local clos, les journalistes peu cultivés en sciences (voire méprisants ?) n’ont même pas demandé à de bons techniciens du domaine VMC des avis avec bons schémas voire quelque vidéo bien démonstrative, chiffrant des ordres de vitesses donc des temps et distances à prendre en compte dans la problématique inter-personnelle.
    2e remarque qui va avec : parmi les épidémiologistes divers interviewés, peu de préventeurs à part peut-être le Pr Dab ancien à chaire au CNAM, et hélas encore (sauf erreur de ma part) aucun physicien spécialiste de dynamique des fluides notamment appliquée à la dispersion atmo des polluants et autres indésirables … il y a pourtant un réseau subventionné d’AASQA (air enviro extérieur, genre Airparif et toutes les autres) comportant des ingénieurs bien formés. Tout se passe comme si le corps médical exigeait (ou du moins les média lui accorderaient sans réflexion) une sorte de “chasse gardée” pour avoir droit à la parole, alors qu’aucune spécialité médicale n’a de maîtrise sur ce phénomène de transport atmosphérique. Cela ressemble à ce qui a longtemps existé à propos de la santé au travail : excellents médecins du travail mais la plupart mal formés sur l’analyse préventive des scenarii de dangers sur postes.
    3e remarque mêlée aux précédentes : je propose l’hypothèse qu’il pourrait bien y avoir une belle marge de NOUVELLES MESURES SUR LE MILIEU AERIEN TRANSPORTEUR à concevoir, tester y compris en labos comme souffleries (CSTB), écoles d’archi et d’urbanisme, etc. Ceci pour les atmos INTERIEURES en “culture” et restauration.
    Dans mon expé du 14 à 01h-nuit, je me cite : ” ventilation y compris VMC quasi personnelle à développer, aération, désinfection aéraulique intérieure à développer “, y aurait-il quelque visiteur de cette page qui aurait eu vent (jeu de mots) de certaines solutions ventilatoires originales ? Et d’autre part en guise de viru-cide non chimique quelqu’un(e) aurait quelque idée sur des méthodes biocides utilisant des flashes intenses UV dans l’air d’une salle, ou peut-être des ultra-sons susceptibles de (par exemple) mutiler en atmosphère les protéines spicules (les passe-partout du gigabiotoxique) ?

    Une hypothèse sous-jacente que je porte depuis longtemps est que le corps médical notamment français est d’élite vraie pour le curatif, vivant une relation passionnelle pour l’attelage Malade/Maladie un peu comme l’avocat qui savoure l’attelage Client/Procès : qu’en conséquence en santé la prévention est pauvrette en France. Et l’avocat français n’aime ni conciliation ni médiation ni arbitrage.
    Si une solution innovante efficace est mise au point pour sécuriser-isoler les tablées séparées de 6 mangeurs au plus dans les restos, alors ça marchera forcément pour toutes les autres circonstances intérieures statiques car comme l’indique l’étymologie l’acte de BOUFFER* est connu pour “karchériser” salement des expectorations chargées :
    – la mastication mandibulaire brasse les cavernes naso-pharyngées et autres
    – la salivation mangeatoire et le malaxage en bouche vaporise un max d’aérosols
    – convivialement une BONNE BOUFFE fait souffler des flots de paroles postillonantes (MàJ 22 avril 07h52) : ” et des molécules virales sèches isolées directement ou rapidement évaporées depuis des gouttelettes en suspension”
    – les postillons sont chargés en lipides et souvent éthanol ce qui doit conforter le biotoxique

    * preuves : un BOUFFON fait beaucoup de bruit et rires avec la bouche, d’où opéra-bouffe, bouffée de vapeur-loco, bouffée de pipe bouffarde, en langues anciennes d’oï (exemple poitevin) souffler = buffer

    • bernard galliot dit :

      très bonne analuse
      il faudrait ajouter le rôle des fumeurs…
      l’expiration de la fumée est aussi potentiellement porteuse de virus.
      Surtout quand on voit que les pause cigarettes se font à la porte des magasins, des imeubles, des centres commerciaux, etc, bref à l’endroit où passent le maximun de gens !

  24. Johnatan Ayoun-Taieb dit :

    Bonjour,

    Je sais pas si c’est que moi. Je crois discerner une divergence et une incohérence importante entre la réalité épidémique qu’on peut lire sur les courbes et le discours actuel des gouvernants.
    Sur les courbes, j’observe que les taux d’incidence sont désormais sur une pente descendante, mais de rythme assez lent (surtout si on corrige l’effet artificiel du lundi de Pâques : surtesting avant et sous testing du lundi)
    Concernant le taux de positivité, corrigé lui aussi de la variabilité du dépistage, j’observe qu’il augmente de façon lente mais assez régulière depuis janvier (de 6 à 12% en IDF) et cette tendance ne semble pas inversée par les mesures de freinage actuelles.
    À partir de ces 2 observations, j’interprète que les mesures de freinage actuelles, hors freinage vaccinal, sont faiblement efficaces. Et la tendance ne me semble pas à un renforcement de ces mesures, ou à une meilleure observance individuelle des consignes dans les prochaines semaines.
    Aussi, ma crainte est de voir un plateau de contamination élevé en pente légèrement descendante se prolonger jusqu’à l’été et donc des services hospitaliers durablement saturés.
    Dans ces conditions, les projections de réouverture partielle au 15 mai sont elles réalistes ? Comment évaluer la rapidité du freinage vaccinal au cours des prochains mois?
    Les discours de nos gouvernants sont ils désormais déconnectés des raisonnements scientifiques ? La pensée magique a t elle gagné la bataille?
    Dans l’attente de vos avis sur ces questions…

    • Anne dit :

      J’ai moi aussi du mal à comprendre ce qu’il en est. Parcourant la presse ce matin, je n’ai pas trouvé grand-chose de très éclairant. Mais le moi de mai me paraît de plus en plus sombre.

    • Nicolas Gindrier dit :

      Je suis assez d’accord. Je pense que le gouvernement français mise tout sur les vaccins. Et ça commence vraiment à vacciner avec du Pfizer à tour de bras, ce qui est encourageant. Mais en effet pour les hôpitaux se désemplissent il faudra du temps, surtout qu’il y a un gros décalage entre la vaccination et l’impact sur l’hôpital (décalage entre la vaccination et l’effet du vaccin, et décalage entre la contamination et l’hospitalisation).

      Les réouvertures partielles me semblent jouables, parce que comme vous l’avez dit les ouvertures des commerces ont peu d’influence. Pour ce qui est théâtre/cinéma/musée, je pense que c’est aussi jouable, même si le cinéma est un peu plus à risque car le masque est moins gardé. Sur les restaurants et bars, terrasses ou pas, ça me semble plus lointain, les concerts aussi…Et Roland Garros a été décalé d’une semaine (au 24 mai) pour avoir plus de public (il y a des enjeux financiers assez forts derrière), donc je pense vraiment qu’ils misent sur une évolution de la situation et des mesures au cours de mai.
      J’ai presque l’impression que fermer des choses qui ont peu d’influence est politique, pour dire “on fait quelque chose” et pour pouvoir rouvrir facilement en disant “regardez on rouvre des choses c’est bien, patientez pour le reste”, mais il faut assumer le coût économique derrière.

      Enfin je suppose que ce que font les autres pays est assez scruté. Le gouvernement sait bien que les mesures sont encore plus dures à accepter si on est le seul pays à les suivre.

      Pour répondre à Anne, je pense que ce que tout le monde espère pour l’été, c’est une vaccination bien avancée et des variants brésilien/sud africains pas encore trop présents. Mais même avec ça et les beaux jours ça me semble aussi compliqué d’avoir un été aussi insouciant que le précédent, rien que parce que les hôpitaux risquent encore d’être chargé. On peut espérer s’en tirer en juillet/août avec une réouverture totale et pas de couvre-feu, mais masque encore très présent, au moins dans les magasins, les transports. C’est ce que je souhaite.

  25. Anne dit :

    Bonjour à toute la magnifique équipe de Covid Tracker.
    Regardant vos projections “à 50 jours”, j’ai eu des sueurs froides. Les dates des 3 (réouverture du Secondaire), puis du 15 mai ( réouvertures partielles de sites culturels et surtout de lieux de convivialité) paraissent plus que risquées. On reprendrait en début mai avec du 20 000 cas/jour, ce qui augurerait d’une situation similaire ante troisième confinement ( 35 à 40 000 cas/jour). Je vois très mal comment l’été serait préservé, d’autant que la courbe de contamination, en 2020, remonte très rapidement ( contrairement à la croyance générale).
    J’en perds mon latin ( depuis longtemps) et j’ai beaucoup de mal à saisir quelle est la stratégie gouvernementale.
    Bravo et merci pour votre site, qui entrera dans l’histoire de l’épidémie en France.

  26. […] dans le temps sans signe de franche amélioration ? Le pic de charge en cours est moins fort que celui modélisé il y a deux semaines avec l’hypothèse la plus optimiste (31000 hospitalisations à la place de 35000). Cette projection CovidTracker était mal visée et […]

  27. bernard galliot dit :

    bravo et merci de ces analyses et de tous ces commentaires
    Toutefois je note une absence: l’analyse de la courbe de mortalité….
    Certes les données arrivent avec un temps de retard..
    Mais personnellement je constate qu’en 2019 il y a eu une surmortalité par rapport à 2018 et cela n’a dérangé personne……
    Il est donc plus judicieux de comparer 2020 et 2021 à 2018….
    Il y a 2 jours le Pr Raoult a dit que la covid a nettoyé ceux qui n’avaient plus que quelques mois à vivre( 85% des déces), j’adhère à cette analyse….
    Tout ça pour ça!

    A vous, spécialistes des mathématiques de confirmer( ou pas) cette analyse.

    Comme dans toutes les guerres , on a demandé aux jeunes de payer pour sauver les anciens…
    A quand l’inverse?

    • Philippe Brouard dit :

      Bonjour Bernard G. Je constate avec votre commentaire que le Pr Raoult n’a pas fini d’être subversif… C’est un sujet de débat à part entière. Pour ma part je dirais que quelque part n’importe quel individu gravement malade ou blessé n’a plus que quelques mois à vivre si on ne prend pas soin de lui, qu’il soit jeune ou vieux. Je dirais aussi que tenter de sauver des vies en toutes circonstances, ce n’est pas seulement le cas avec le covid-19, mais aussi avec tous les accidents, je pense aux médecins et infirmiers du SAMU, aux pompiers, à des héros du quotidien. Ça doit être ancré très fort en nous.

    • Pierre dit :

      Je n’ai pas eu envie d’écouter ce spécialiste pendant plus d’une heure, je me suis arrêté à sa première affirmation au bout de 2 minutes : “pas d’années de vie perdues en 2020 en région Paca.”

      On pourrait donc croire que les rares décès dû au Covid c’étaient des gens qui allaient mourir dans les jours ou semaines suivantes, Covid ou pas.
      Mais en réalité, en fermant les boites de nuit, des dixaines de jeunes de 20 ans ne se sont pas tués en voiture. Chaque vie sauvée ainsi, ce sont 65 années de vie sauvées.
      Puisque le bilan comptable des “années de vie” est nul, ça veut dire des centaines de personnes décédées en Paca, perdant chacune 10 à 15 ans de leur vie à cause du Covid.

      Le problème des manipulateurs, c’est qu’ils partent d’une affirmation vraie. Mais ensuite la conclusion dite ou sous-entendue est fausse.

  28. Henri Gibaud dit :

    Rectificatif sur mon envoi de mercredi 14 avril à 14h03,
    pour tenir compte de résultats scientifiques récents, cités hier par Dr Martin Blachier :
    (en substance) “des études viennent prouver que la transmission virale se fait exclusivement par aérosols et que l’hypothèse de gouttelettes donc aussi de gouttelettes déposées pouvant contaminer via les mains est à abandonner”.
    Notre insistance majuscule à propos de la connaissance cruciale du
    PHENOMENE DE TRANSPORT
    en ressort confortée, d’autant que l’épidémiologiste indépendant Martin Blachier a tiré cette conséquence pour ce qui concerne la gestion préventive des réunions en local intérieur :
    (en substance) ” en intérieur la prévention peut se résumer à deux mesures : le port du masque et la ventilation” , le gel hydroalcoolique pouvant être désormais archivé.
    Nous avions insisté sur le traitement systématique des atmos intérieures, je sur-cite une 2e fois : ” ” ventilation y compris VMC quasi personnelle à développer, aération, désinfection aéraulique intérieure à développer “ “.

    Mais dans notre dernier § qui éclairait la polysémie acquise du verbe BOUFFER doublant “manger” (familièrement) et “souffler” (en gonflant ses joues) (italien ‘buffo’ = plaisant), il faut rectifier par exemple ainsi :
    ¤ “souffler des flots de paroles postillonantes et des molécules virales sèches isolées directement ou rapidement évaporées depuis des gouttelettes en suspension”
    ¤ SUPPRIMER le dernier alinéa qui évoquait lipides et éthanol

  29. Henri Gibaud dit :

    Au lectorat général mais particulièrement à M. Bernard Galliot puisque je vais importer céans des références pour anéantir absolument cette assertion :
    ” Mais personnellement je constate qu’en 2019 il y a eu une surmortalité par rapport à 2018 et cela n’a dérangé personne…… ” ( 18 avril 2021 à 10 h 10 min ).

    Voici un court extrait d’un texte mis en-ligne le 26 mars dernier lui-même partie d’une recherche en pré-print attendant validation-par-pairs sur le site de l’institut IRSAN :
    ” L’année 2019 avait montré en revanche, un défaut de mortalité maximum de -2,92 % directement lié à l’effet de moisson des épisodes grippaux de 2015 et 2017. La surmortalité observée en 2020 au passage de l’épidémie de Covid-19 serait en partie, un rattrapage
    du défaut de mortalité de 2019. “.
    Les quatre auteurs sont :
    le Pr L. Toubiana (INSERM, université, IRSAN, Paris)
    le sociologue L. Mucchielli (CNRS, université, Aix-Marseille)
    le statisticien P. Chaillot (INSEE, Paris)
    le cadre hospitalier J. Bouaud (AP-HP, Paris).
    Dans plusieurs graphes d’évolution tantôt depuis 1998 ou depuis 2010, ces auteurs exposent les concomitances de vrais pics de mortalités associés aux syndromes grippaux ainsi qu’à la canicule de 2003, les deux pics létaux du printemps puis de l’automne 2020 n’émergeant pas dramatiquement plus que les 7 épisodes les plus marqués (depuis 1998) de : 98, 99, 2002, 2003 (canicule), 2009, 2015, 2017. En comparant les scores mensuels de mortalités des plus de 65 ans et + versus les moins de 65 ans, les auteurs montrent que pour les seniors les 2 pointes de 2020 sont en-deça de la gravité du pic de 2017 (grippe).
    A consulter ici :
    https://blogs.mediapart.fr/laurent-mucchielli/blog/260321/l-epidemie-de-covid-19-eu-un-impact-relativement-faible-sur-la-mortalite-en-france

    Plus récemment en date du 12 avril :
    https://blogs.mediapart.fr/laurent-mucchielli/blog/120421/l-esperance-de-vie-t-elle-reellement-chute-de-facon-inedite-en-2020
    où un diagramme à 10 histogrammes (2011-2020) et droite de tendance visualise le bâton plus court du nombre de décès pour l’année 2019.

    Des questions ?

    • Philippe Brouard dit :

      Merci pour ces liens, sujet d’analyse intéressant avec des explications plutôt convaincantes. cordialement

    • Nicolas Gindrier dit :

      H.Gibaud, j’ai trouvé intéressant ce que vous rapportez sur les propos de M.Blachier. Ce que je vais dire n’est pas contre vous, vous faites une analyse objective, mais plus contre les auteurs de l’article (on rappelle que Toubiana et Mucchielli sont de la doctrine Raoult : on surestime l’épidémie, il n’y aura pas de 2e vague, le confinement ne sert à rien. Et Mucchielli se vante d’être au cnrs mais il oublie qu’il est juste sociologue). Pierre Chailliot est dans son rôle de statisticien, mais il est à la limite dans ses interprétations “cette baisse d’une année sur l’autre est à replacer dans une temporalité plus large qui indique que la baisse 2019-2020 n’a rien d’exceptionnelle. Elle s’est au contraire déjà produite à deux autres reprises au cours des dix dernières années. La baisse de 2020 est seulement plus forte que les précédentes.” Du coup oui, il y a souvent des épidémies, mais celle-là est plus grave que les autres.

      Le problème de ces interprétations, c’est qu’elles seraient valables si l’épidémie serait finie sans aucune mesure de prise. On compare la mortalité d’épidémies de grippe où une des seules mesures est une vaccination partielle (avec un vaccin d’une efficacité pas si grande) avec une épidémie où on a fait deux confinements en 2020 plus un nombre incroyable de mesures (je sais que la thèse de ces gens-là est justement de dire que les mesures sont inutiles, mais on ne peut pas repartir début 2020 pour faire des expériences, et ça les arrange).

      Ce qui m’énerve avec ce genre d’analyse c’est que les détracteurs vont toujours avoir raison : si on prend des mesures “regardez, ce n’était pas si grave”, si on n’en prend pas “quelle incompétence, plein de gens meurent et on ne fait rien”.

      Et comme ça a été souligné, c’est difficile de jauger des espérances de vie quand on a enfermé les gens chez eux plusieurs mois : moins d’accidents de la route, de sports à risque (une personne qui meurt à 20 ans fait bien plus baisser l’espérance de vie qu’une personne qui meurt à 70 ans, même si elle serait morte sans covid à 85 ans)…et contrairement à la grippe, les hôpitaux ne désemplissent pas, et on va payer les déprogrammations d’opérations, les retards de diagnostic, ce qui donnera des morts qui seront hors période covid mais quand même dus au covid. Les moins de 65 ans sont impactés par la saturation des hôpitaux (d’accord c’est dû au manque de moyens dans l’hôpital, mais quand on a une épidémie exponentielle on ne peut pas la régler avec quelques lits de plus). Les pics grippaux ont été atteints par saisonnalité du virus ou immunité partielle, les pics covid l’ont été par confinement (sinon ils auraient été beaucoup plus haut).

      Tout ce qui est covid long, séquelles n’est pas pris en compte dans l’analyse de la mortalité et c’est loin d’être à négliger. Et là les moins de 65 ans sont touchés. D’ailleurs, il sera intéressant de travailler sur les chiffres de 2021 cet été, étant donné qu’on a commencé à vacciner les plus âgés, pour voir comment s’est traduit ce décalage d’immunité sur les chiffres. On le voit déjà sur les hospitalisations.

      Enfin, il faut aussi avoir un regard un peu plus local des choses, et ne pas se restreindre à la France. Prenons le cas de l’Italie : on est sur une baisse globale de 0.9 an d’espérance, de vie, et si on prend la Lombardie, très touchée, on est sur une perte de 2.5 ans. En France, aussi, des régions ont été beaucoup plus touchées que d’autres. Quand on laisse le virus faire sa vie, on a le cas du Brésil et peut-être bientôt de l’Inde, même si l’Inde commence à réagir (certains vont dire naïvement que le Brésil a à peine plus de morts par habitants que la France, mais c’est un autre débat). La Suède a aussi regretté son laisser-faire.

      L’entretien https://lejournal.cnrs.fr/articles/la-pandemie-a-montre-que-toutes-les-vies-nont-pas-la-meme-valeur , cité dans les liens, est plus contrasté de ce qui est dit. Du bon cherry-picking. Dans cet entretien le but est d’expliquer que certaines mesures vont avoir des conséquences sociales, et que les restrictions en ehpad étaient discutables. Didier Fassin dit que la rougeole était plus contagieuse et létale, c’est sûr, il y a eu des virus bien pire que le coronavirus. Rien que la grippe espagnole. Il dit aussi que les morts du covid invisibilisent les autres morts (il prend l’exemple de la crise des opiacées aux Etats-Unis, et je suis d’accord). Il parle beaucoup des inégalités, mais il ne dit en aucun cas que la pandémie n’est pas grave et que les confinements sont inutiles.

      En conclusion, que tirer de ces articles ? Le virus tue davantage les vieux ? on le sait depuis le début. Certaines années la grippe tue beaucoup ? très bien. 2019 a été une année faible en mortalité, il faut faire attention en se comparant à elle ? ça c’est déjà plus pertinent. La pandémie est semblable à un épisode de grippe ? Clairement pas. Les mesures sont inutiles ? Ben non, elles sont clairement discutables, mais les confinements (les vrais), ça fonctionne pour lutter contre une épidémie.
      Ah, et tout ce qui est variants, ils ne connaissent pas non plus, mais n’en demandons pas tant.

  30. Henri Gibaud dit :

    Bonjour M. Brouard, je salue aussi votre qualité de vigilance si diligente pour accompagner les apports comme les miens et des autres contributions en général.

    Avez-vous une bi-ligne ou une bi-colonne (vous ou M. Rozier ou tout associé) somme toute très simple qui résumerait :
    – de préférence pour la seule année civile 2020 et globalement non par sous-périodes
    – pour la totalité de la France attention METROPOLITAINE (avec Corse hors DOM), si vous avez les chiffres par départements je pourrai ensuite sélectionner les métropolitains
    – des 2 genres F et M confondus et non dissociés
    – les décès pas seulement hospitaliers mais avec ehpads et rattachés décès-domiciles officiellement imputés en tout à la malvico-covid ====>>> VARIABLE 1
    – par classe d’âge annuelle de 0 (né moins de 1 an) à 105 ans (au moins 100 ans +) et non par groupes décadaires ou demi-décadaires ====>>> VARIABLE 2
    … est-ce déjà en-ligne que j’aurais échoué à trouver ?
    Merci pour cette aide, j’ai le reste des ingrédients pour “faire parler” en regard d’une autre bi-ligne {Vivants ; Décès toutes causes} dans la version révisée INSEE du 9 avril. C’est dans le cadre de l’intérêt dont nous nous sommes entretenus en a-parté. Merci.

  31. Henri Gibaud dit :

    Nicolas Gindrier, merci pour tout le monde, heureux d’avoir stimulé, chapeau à vous pour votre texte que je viens de lire trop vite 2 fois.
    Mucchielli : je n’ignorais pas son adhésion à une idéologie “djeuniste” un peu déguisée, le support mediapart bien sûr n’est pas “neutre”… et je ne méconnais pas les dérives fréquentes en idéolo-socio-logie. A tel point que j’aime à distinguer entre une vraie science sociale qui serait surtout de la sociométrie (avec métrie évoquant la métrologie, la mesure objective alliant éthique et épistémologie).
    Je n’ai pas trouvé qu’il y ait de l’interprétation outrageuse dans leurs maniements de chiffres. Quand Raoult assène “pas plus de morts en PACA” parce que déficit d’accidents de jeunes versus décès prématurés de 90s 80s et 70s là c’est un amalgame grossier indigne d’un scientifique éthique et correspondant à un propagandiste tribunicien.
    Je n’ignore pas non plus qui est Fassin… j’imagine le malaise que doivent ressentir les biophobes-génophobes adhérant au démolitionnisme dit déconstructivisme voyant que les populations dans le siècle XXI vont découvrir que “le grand livre de la vie est écrit en langage génétique” (paraphrasant Galilée au début du siècle XVII “le grand livre de l’univers est écrit en langage mathématique”)… en octobre 2019 on avait vu cette pauvre Buzyne affabuler contre le test de paternité génétique “15% des enfants seraient bien surpris de savoir qui est leur père” … je vous renvoie à la lecture de Sullerot “pilule sexe adn” Fayard 2006… Le pire est le Pr de génétique Axel K qui susurre des “la filiation n’a rien à voir avec la génétique” … y’a bon market-adopto…
    N’étant pas biologiste de formation j’essaie de suivre grâce à afis.org et sa revue où on trouve notamment Catherine Hill.

    Malgré mediapart, Mucchielli et les proximités qu’on leur connaît je n’ai pas trouvé dans ces deux articles de slogans grossiers. Mais on ne peut pas exclure que leur teneur procède d’arrière-pensées préétablies et éloignées de l’exigence du doute scientifique (zététique). Je n’ai pas trouvé de faux biaisant évident, pour autant cela n’exclut pas une tactique d’influence, en effet la présence d’un sociologue “molitionniste” (ça c’était mon bon mot d’il y a 40 ans pour moquer par a contrario les déconstru-démolisseurs à la Foucault Derrida (géniteur à la JJ Rousseau des bébés de Agagacinsky dont le consort est Jospin) Barthes etc dont les enfants fous de l’université US tentent d’imposer leurs délires en come-back…). Donc soyez rassuré sur mon état de vigilance cognitive.

    • Pierre dit :

      J’ai survolé l’article de Mediapart. Ils parlent d’un double biais quand on compare la mortalité de 2019 avec celle de 2020 à cause de la plus faible mortalité de 2019 dû aux canicules & grippes trop sévères des années précédentes. Et du coup du “rattrapage de 2020” puisque mortalité trop basse en 2019.
      Sauf que cette mortalité “trop basse” en 2019, ce ne sont pas de gens qui avaient “oublié” de mourir en 2019 donc morts en 2020 mais des gens déjà morts avant 2019.
      Parler de rattrapage est donc une escroquerie. C’est donc le scientifique ou Mediapart qui essaie de nous biaiser.

      Sinon signaler que les pics de mortalité de 2020 sont pas pires que d’autres pics, sans dire que justement en 2020 c’est 2 pics et non un, et en plus 2e pic fin d’année alors que absence totale de mortalité dû à la grippe.

  32. Henri Gibaud dit :

    A Monsieur Pierre (prénom ? nom ?), en effet la rédaction n’est pas des plus claires dans la formulation “doublement biaisée”, et le choix du terme “rattrapage” je le trouve moi aussi inadapté mais si ces 4 auteurs (ce n’est pas mediapart l’auteur) “colorent” formellement de façon tendancieuse, il n’en reste pas moins que leur critique envers une plausible “politique émotionnelle d’Etat” relayée par des caciques institutionnels qui n’ont pas “oublié de mourir” en 2019 mais plutôt abdiqué quant à la nécessité de l’indépendance absolue de la pensée scientifique : mon opinion est que cette critique mérite d’exister. Elle le mérite tellement que ces 4 signataires eux-mêmes auraient pu commencer ou terminer par des déclarations sur leurs diverses appartenances ouvertes ou intérêts budgétaires…

    L’existence de FLUCTUATIONS ô combien multifactorielles dans des phénomènes très riches et complexes en co-facteurs de causalités est une intense imprégnation de background (arrière-plan) valable pour les relevés annuels de mortalités, évidemment. Soutenir , chiffres à l’appui, que telle livraison a sous-estimé de prendre en compte un “lissage” comme préalable à une séquence d’épisode comme nous vivons, c’est d’une banalité tout sauf “révolutionnaire au couteau entre les dents”.
    Si je n’étais pas dupe de la possible, plausible, ou probable “accointance réseautique” à partir des deux noms Mucchielli et Mediapart, en revanche face à ces ergotages mal fondés depuis mes récentes contributions, ma puce monte à l’oreille qui me souffle : “mais quelles sont donc les affiliations de certains plus ou moins anonymes habitués de cette pourtant belle initiative dite covidtracker en bon-français-éternel ? “.

    On peut se mobiliser pour que l’excellent Martin Blachier évidemment rationaliste et non “spiritiste” accepte bientôt d’arbitrer ici même, la belle initiative de M. Rozier mérite cela amplement.
    A quand une sympathique et fulgurante INTERVIEW du Dr BLACHIER par M. ROZIER (avec prise en compte de questions des contributeurs) dans une page brillante à venir ?
    Voilà une motivation-titre pour une telle prochaine rencontre, Martin Blachier est suffisamment intelligent et digne du siècle XXI pour comprendre que le bon niveau de la population générale est un facteur positif pour les vraies élites, vraies car scientifiques :
    “Le Dr Blachier se réjouit du succès d’interfaces science-population comme CovidTracker”.

    • Nicolas Gindrier dit :

      H.Gibaud : oui, j’ai bien noté que vous essayez d’être objectif et non partisan, et bien sûr il ne faut pas forcément discréditer tout ce qui vient de personnes qualifiées d’un peu “limites”, et inversement (j’apprécie beaucoup Martin Blachier, il me semble souvent pertinent, mais il a dit des choses qui me semblent assez discutables, comme quand il dit que le variant anglais n’est peut-être pas plus contagieux que la souche originelle, en parlant juste relâchement et gestes barrière mais sans rappeler que la souche originelle a été totalement éclipsé par le variant anglais. Donc on peut l’écouter avec attention, tout en gardant en tête que beaucoup de questions ne font encore pas consensus).

      Pierre : assez d’accord, ces interprétations sont assez limites. Mais on ne peut pas directement incriminer mediapart, c’est juste la partie blog qu’ils hébergent

  33. Henri Gibaud dit :

    Nicolas Gindrier, je viens d’observer une pause co-vide (!) pour me combler autrement.

    J’ai la satisfaction de constater que le martèlement récemment livré dans vos pages sur le POINT CRUCIAL de la gestion des atmos intérieures/renouvelées/traitées, évoquant que la chaîne de contamination mérite de la Haute Physique dite des PHENOMENES DE TRANSPORT : tout à trac les médiocrités timonières de l’Elysée-moi et du Casstest palatin viennent de se déniaiser partiellement, ces zélites vont finir par respecter les sciences et techniques … on peut rêver ?

    S’agissant du quarteron de suspectés d’idéologie biaisante co-signataires chez le tovariche Edwy P. dans son médiocr’appart’, il y en a quand même un qui est au moins ingénieur de recherche chez INSEE, et dont la “théologie” en conséquence doit être galiléenne (pas du procès en inquisition de 1632 …) au sens de “le grand livre de l’univers est écrit en mathématiques”.
    Ainsi dans un travail qu’il a référencé en annexe du papier dont nous parlons, les tableaux des effectifs par âges et décès annuels, et leurs conséquences, en termes de cet indicateur de cohorte virtuelle dit “espérance (mathématique) de vie (rétroprojetée) à la naissance” montre une régression due à la malvico-covid en 2020.
    Retour à 81,63 (moins 0,49) qui fait que 2020 rejoint la zone 2014 à 2016 après un optimum en 2019 (82,12)… Depuis 1962 c’est la pire baisse accidentelle “locale” après le -0,31 de 1969 due à la grippe de Hong-Kong et un -0,23 en 2015 (sur 2014, cause à élucider)… même la canicule des 4 à 15 août 2003 a vu pour cette moyenne pondérée non-biographique (ce ne sont pas des cohortes de personnes suivies) un gain de 0,01 !

    * soit environ 3 jours et demi

    • Nicolas Gindrier dit :

      C’est intéressant, voir une espérance de vie baisser localement est courant, mais pas à cette amplitude, et même si on calcule avec un pourcentage (en relatif) on devrait trouver des différences importantes.

      L’exemple de la canicule confirme bien qu’un fort épisode de mortalité court n’a pas forcément un grand impact sur la mortalité : le pic est très haut mais très étroit, c’est presque un calcul d’aire/d’intégrale. La première vague était très violente, mais finalement assez courte, alors que les 2e et 3e vagues s’étalent, ce qui apporte beaucoup de morts, même si ça paraît moins impressionnant.

  34. Henri Gibaud dit :

    Oui vous avez raison Nicolas Gindrier : les décomptes sur des “pas” chronologiques étroits peuvent être vus comme des vitesses, à surveiller car les accélérations-avalanches peuvent être tragiques. Pour le bilan des dégâts à bonne distance de considération, il faut intégrer ces relevés brefs, et ce qui permet de comparer les graves épisodes.

    Depuis une bonne semaine, je zyeute de près les données de source INSEE reposant au départ sur un doublet d’entiers par année de calendrier. Le nombre de vivants est arrêté au 1er janvier, pour chaque classe annuelle d’âge, attribué au millésime en entrée au 1er janvier. L’autre nombre est celui, par classe d’âge, de décès à partir de ce 1er janvier durant toute cette année considérée. Ainsi nous disposons au millésime 2020 du nombre de vivants ayant accompli 99 ans (nés en 1920) mais le dernier nombre de décès : 8195 parmi ces natifs de 1920 est celui durant la calendaire 2020 donc attaché aux 19067 vivants de 99 ans sous millésime 2020. Ce qui est spectaculaire c’est que le voisinage immédiatement antérieur montre encore, un siècle plus tard, un net différentiel de natalité avec 1918 (respectivement 4562 décès en 2018 parmi seulement 9308 natifs de 1918 encore en vie au 1er janvier 2018) : en effet il y avait eu un mini baby-boom en 1920 et 1921 opérant un rattrapage de naissances souvent découragées pour la mi-1915 à la fin de 1919.

    Nous disposons d’une “Quasi-Cohorte” presque entièrement “archivée” rétrospectivement à part 10872 nouveaux centenaires au 1er janvier 2021 (sur pas loin de 900.000 naissances en 1920). C’est intéressant pour obtenir ces moyennes pondérées appelées “espérances de vie résiduelle à tel âge accompli”, il suffit d’extrapoler pour quelques âges jusqu’à 106 ans sur quelques prochaines années.
    Ces estimations souffrent de toute façon d’un biais d’approximation qui nous a fait utiliser “Quasi” avant Cohorte : car l’INSEE ne dispose pas de suivis individuels complètement “tracés”. En effet si en 1965 il y a eu 2996 exports vers l’au-delà connus de INSEE parmi 699341 vivants âgés de 44 ans au 1er janvier 1965, INSEE au 1er janvier 1966 aura compté 696731 âgés de 45 ans ce qui montre qu’il y a eu un bilan de +386 comme différence entre immigrations et émigrations (de l’ordre de 0,5% des environ 700000 de début 65). Après 1962 il y a eu manifestement des entrées post-coloniales plus importantes. Par la suite au début des 70s toujours parmi cette Q-cohorte “1920”, on voit en moyenne sur 5 ans une “évaporation” aux frontières qui l’emporte (bilan -0,079%). Et même de 2011 à 2015 on doit faire intervenir -3247 (-0,41%) émigrations (de plus que des immigrations dans ces âges) pour expliquer : ce sont certainement des retraités étrangers très âgés et rapatriés dans leurs patries (on pense aux ressortissants britanniques dans l’ouest et le sud-ouest) pour y sortir de la biochronie.

    Non seulement je zyeute ces chiffres mais je les tripote.
    L’application à cette Q-cohorte “1920” de la méthode espérance-de-vie-après-âge produit par exemple sur une suite d’âges 45 , 55 , etc jusqu’à 95 ans (aux 1er janviers de 66, 76 etc jusqu’en 2016) une série décroissante des “âges espérables in fine” que l’on peut comparer avec des séries synthétiques calculables “à plat” comme INSEE en 66, 76 etc 2016 (“à plat” signifie que l’on mélange des classes annuelles de gens complètement disjoints nés durant la centaine d’années précédentes).
    Par exemple au 1er janvier 1986 les natifs de 1920 ont pu voir que INSEE leur permettait de se donner comme “moyenne pondérée espérable” 13,5 années au-delà de leurs 65 ans déjà atteints … mais avec les data de 2020 pour des 65 ans au 01-01-2021 nés en 1955, l’âge final espérable a augmenté jusqu’à 82,5 ans donc bien plus que les 78,5 ans d’espérance à cet âge en 1966. Et même si on applique cet algorithme de moyenne pondérée à la Q-cohorte “1920” quasi-accomplie (un peu extrapolée après 2020) on trouve que rétrospectivement à leurs 65 atteints au début de 1986 leur âge-horizon moyen s’élèvera à 83,6 ans (pour une espérance ajoutée de 18,6 ans soit 5 ans de gain en plus sur la projection de 1986).

    Il me semble que les suivis démographiques de cette quasi-cohorte procurent a posteriori
    – une bonne confirmation des espérances après tel âge issu de INSEE avec même un peu d’optimisme en sus (hors épidémie en cours)
    – une légitimation factuelle pour appliquer aux effectifs de sur-mortalités-covid pour chaque âge un “score” d’années-espérables-abrégées sur l’exemple du parcours statistique des Natifs-1920
    Mon objectif est de tenter de désigner un meilleur indicateur pour la perte humaine : des durées plausibles de vie, ce que la profession assurancielle ne cesse de faire en indemnisant si différemment l’accident mortel d’un trentenaire et celui d’un septuagénaire.

    Bien à vous lire, notamment Nicolas Gindrier.

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