Omicron, trois petits tours et puis s’en vont ? par JCD

Les variants et sous-variants sont désormais plus rapides à émerger que les articles du blog. Difficile de suivre la cadence ! En trois ou quatre mois, nous aurons en effet vu naitre et disparaître 2 vagues : Delta, puis Omicron.

Et dans la famille Omicron, le BA1.1 a supplanté dès janvier le BA1, créant ainsi une vague dans la vague, un peu plus haute et longue que ce qui avait été prévu. Le taux R₀ du BA1 se situe aux environs de 10.

Quelques enseignements (rassurants ou inquiétants) à tirer de cette vague et de son accélération en particulier : le séquençage n’arrive pas à suivre. Quasiment pas de données publiques en France (comme dans beaucoup de pays, malheureusement, d’ailleurs), sur la montée en puissance de BA2 par exemple. Le séquençage permet notamment de calculer l’avantage de transmissibilité d’un variant donné versus le variant suivant. L’illustration de cette course étant la fameuse courbe en S de remplacement d’un variant par un autre.

• Ceci est un vrai handicap pour anticiper au plus tôt (et donc au mieux) ‘le coup d’après’.

Les méthodes de lutte actuelles les plus efficaces (vaccination et confinement pour prendre les plus emblématiques) pour contenir une nouvelle vague ne peuvent plus, désormais, être utilisées en curatif mais seulement en préventif. En effet, omicron est passé en 1 mois de 0 à 500 000 cas par jour. Or le délai d’efficacité d’un confinement est d’environ 3 semaines. De même, en 1 mois, on vaccine 20% de la population (Nième dose) ce qui n’est pas suffisant pour freiner significativement et rapidement le virus.

• Il est fortement souhaitable que les prochaines souches, si elles restent encore sur des R_effectif très élevés, soient de moins en moins meurtrières car les mesures les plus efficaces deviennent trop longues à mettre en place si on ne peut pas les anticiper.

Les recontaminations par un nouveau variant ainsi que les contaminations de gens vaccinés sont en forte augmentation (x3 ou x4 pour les vaccinés par exemple) ce qui illustre la baisse d’efficacité des vaccins dans le temps.

• Au gré des vagues, nous allons, pour l’instant, d’immunité collective précaire en immunité collective précaire. Jusqu’à ce qu’un variant finisse par rester suffisamment stable ?

Une note plus positive, enfin : la virulence de omicron BA1 est plus faible (environ -70% pour ce qui est des entrées en réanimations) ce qui a créé un réel décalage entre le nombre de cas (près de 400 000 en moyenne hebdo au pic de fin janvier) et l’impact sur l’hôpital (sous tension mais pas débordé). Un scénario qui se rapproche de la fameuse grippe, donc.

• Peut-être les prémices d’un état endémique, prédit par certains, pour cette maladie ?

Où en est-on aujourd’hui ?

Le nombre de cas descend aussi vite qu’il est monté. Les 100 000 cas en moyenne mobile ont été franchis à la baisse Jeudi dernier et le R_effectif est descendu sous 0,6. Du jamais vu depuis Juin 2021, voire depuis le confinement de Novembre 2020. Cette semaine verra donc la barrière des 50 000 cas tomber. (Rappelons-nous : 50 000 cas, début décembre, nous paraissait être un plafond infranchissable !).

On gardera quand même un œil sur BA2 voire BA3, avec le peu d’informations disponibles, pour confirmer qu’il n’y aura pas de soubresaut dans les courbes dans les prochains jours (BA2 semble plus rapide et un peu plus virulent donc méfiance).

Et pendant ce temps-là, l’hôpital se vide.

De 3 000 lits aujourd’hui les réanimations devraient descendre en dessous de 1 500 lits mi-mars pour « l’anniversaire » du 1^er confinement puis arriver ensuite, (enfin !) à descendre en-dessous des 1 000 lits (chiffre plus atteint depuis l’été 2020. Attention à BA2 néanmoins).

Idem pour la barrière des 1 000 entrées/jour à l’hôpital qui devrait être atteinte d’ici fin février (vs 3 000/j au pic il y a quelques jours).

A noter aussi que la simulation des lits en réanimation (calée sur les chiffres réels d’entrée en réa) est plus pessimiste que la réalité. Ceci met en évidence une baisse d’environ 10% de la durée moyenne du séjour en réanimation avec omicron, moins virulent que delta.

Alors, à quoi s’attendre ensuite ?

Un nouveau variant, fort probablement, puisque depuis deux ans nous étrennons une nouvelle lettre grecque tous les 6 mois ! …Ou bien encore omicron ?

En janvier, la presse britannique bruissait en effet d’informations indiquant une possible reprise d’omicron cet été (sans saturation de l’hôpital). Il fallait donc en avoir le cœur net.

Les données glanées ici et là permettent de voir que l’efficacité vaccinale (2 doses) contre l’infection baisse avec le temps. Cette baisse se fait de manière exponentielle :

Toutes choses égales par ailleurs (autant dire que ceci est une hypothèse très hasardeuse !), j’ai donc appliqué à omicron ce même « vieillissement » de l’effet vaccinal sur la troisième dose (sachant qu’omicron part de 75% d’efficacité vaccinale juste après la troisième dose, donc on est déjà plus bas que pour le delta au départ).

Le résultat est sur la courbe verte un peu plus haut dans cet article : reprise d’omicron autour de juin. L’immunité collective patiemment acquise va petit à petit disparaître pour laisser remonter omicron (si pas de nouveau variant d’ici là).

Bien évidemment, le calendrier et l’amplitude du mouvement sont très indécis 4 ou 5 mois à l’avance car il y a beaucoup de facteurs d’influence positive ou négative (arrivée du printemps puis de l’été, relaxation des mesures/évolutions de la politique sanitaire…). Mais la tendance est là. Difficile d’y échapper.

Ceci pose donc à nouveau la question de la stratégie sanitaire d’ici là : peut-on ‘tout ouvrir’ rapidement sans crainte. C’est par exemple la stratégie danoise, anglaise voire espagnole.

Faut-il y aller plus doucement ? C’est le choix de la France pour le moment. Avec toujours en ligne de mire un élément important : plus une vague démarre de ‘bas’ (cas, hospitalisations…), plus elle est gérable car elle permet de mieux anticiper (‘Buying time’ comme disent les Anglo-saxons).

L’évanescence de l’effet vaccinal (protection contre l’infection et contre les formes graves aussi) peut ainsi devenir critique si un redémarrage a lieu cet été, d’autant plus que la 3^ème dose des ainés/des plus fragiles date de fin 2021. Inévitablement, le sujet de la 4^ème dose va donc resurgir. Tout comme le sujet des vaccins adaptés à omicron. Comme on l’a vu plus haut, le temps de réaction ne laissera pas beaucoup de marge de manœuvre, même si un redémarrage omicron sera a priori toujours plus simple à gérer (car remontée observable via lente remontée du R_effectif) qu’un nouveau variant.

Restons vigilants après la relaxation des mesures qui ne manquera pas d’arriver !

L’envie d’une dernière descente, par Philippe Brouard

J’ai réouvert les calculs sur la période du printemps 2020 : tout a commencé un 18 février avec 12 cas officiels. On ne s’attendait pas à ça ! Je dis qu’il y a comme l’envie d’une dernière descente parce que la fatigue est partout. Fatigue des calculs, fatigue des courbes, fatigue des mesures contraignantes, fatigue des mauvaises nouvelles, … et je ne parle pas de la fatigue des soignants. Pour maintenant, c’est une bonne nouvelle ! Il n’y a pas de doute concernant la belle accalmie sur le front sanitaire. Un gros coup de frein sur la transmission du virus est survenu, c’est raisonnable de penser que ça va continuer. On enclenche le frein moteur et on redescend de la montagne.

Selon le simulateur, R_effectif est estimé vers 0,5 et c’est exceptionnellement bas. Pour les calculs à venir, je garde cette valeur, avec les trois scénarios habituel, stable, remontée ou même encore à la baisse. En cas de remontée, l’estimation pour rejoindre 1 serait vers le 1^er mars.

En conséquence, à autres réglages constants, le calcul de prolongation des courbes hospitalières permet d’apprécier la baisse de charge.

Concernant les décès, le nombre quotidien a été fort ces dernières semaines en raison du pic de charge hospitalière. L’accalmie se profile aussi de ce côté, ça va certainement baisser dans les jours à venir.

Une remarque sur les ehpad et EMS : la vague omicron a impacté ces établissements de façon un peu plus forte que prévu (selon la précédente projection, on se situe sur la trajectoire haute alors que toutes les autres courbes sont sur la trajectoire basse). Vu du côté du simulateur CT il semblerait que ça soit lié à la plus grande transmissibilité du variant omicron, car l’évolution plus forte du nombre de cas positifs détectés se retrouve presque mécaniquement dans l’évolution du nombre des décès.

Pour finir, regardons l’évolution de l’indicateur sur la durée moyenne de séjour hospitalier (avant retour à domicile) et celui de la létalité hospitalière.

On constate que la létalité a baissé avec l’arrivée du variant omicron, mais pas de façon spectaculaire, se situant vers 11 %. La covid-19 reste une maladie qui n’est pas anodine lorsqu’elle se transforme en cas sévère. La durée moyenne de séjour est comparable à celle lors du pic de la vague hivernale en novembre 2020. Cette durée devrait commencer à remonter avec le déclenchement de la fin de vague… qui sera la dernière, allez on y croit !

Le début de la fin, par Daniel Le Breton

Tout semblait bien se dérouler au début de l’hiver: une vague supposée courte, très haute et un pic attendu début janvier. Patatras, une deuxième lui a succédé, et probablement une troisième. La simulation globale donne ceci :

Les critères sanitaires utilisés pour la gestion de l’épidémie concernant l’hôpital avant tout, en voici l’évolution en y superposant les données pour les personnes hospitalisées spécifiquement pour covid (pour information) :

NB : je n’utilise que quatre gaussiennes à la fois, ce qui explique que ça ne colle pas tout à fait au début de certains graphiques (en bas à gauche). Dans mon décompte, la dernière vague porte le numéro 7 : Wuhan, puis le « vison français » selon l’IHU de Marseille, l’hivernale scélérate, la vague alpha, la delta estivale, puis la vague delta automnale et enfin celle des trois omicron.

La hauteur des pics renseigne sur la sévérité des variants et ce serait donc BA2 si c’est bien lui dont il s’agit, car j’arrive parfois à substituer deux courbes log normales en lieu et place de trois courbes normales (les gaussiennes), le plus sévère ramené à la hauteur du pic des contaminations correspondantes. On observe le même phénomène pour les présences en soins intensifs et pour les décès, BA2 serait le plus létal des trois et la progression entre les  variants correspond à une dégradation de la situation (virus de plus en plus létal, d’un facteur 3 entre les extrêmes). Comme quoi il faut se méfier des tendances générales, la létalité augmente vers la fin et il pourrait bien y avoir plusieurs causes.

A coté le variant delta serait en moyenne 3 fois moins contaminant, mais enverrait presque 8 fois plus en soins intensifs (3,5 fois plus à l’hôpital) et serait un peu plus de 4 fois plus létal qu’omicron.

Sur le papier l’épisode épidémique se termine vers le 20 mars, ce sera moins net que cela dans la réalité car les courbes vont s’étaler sur la fin (c’est la limite de la représentativité des gaussiennes). Alors disons fin mars voire début avril pour la disparition quasi complète de l’épisode épidémique en faisant une cote mal taillée et en mettant un cierge pour qu’aucun nouveau variant ne s’annonce quelque part dans le monde. Faudra-t-il donc attendre tout ce temps pour en finir avec les mesures sanitaires d’exception ? C’est là que l’intérêt politique rejoint celui de la médecine radicale : on pourra toujours trouver un critère qui permette d’attendre le plus longtemps possible. Je vous laisse deviser sur l’usage systématique du mot « lever » et non « supprimer » par les représentants du pouvoir en place en parlant des mesures d’exception.

Trois critères principaux sont évoqués aujourd’hui avant de lâcher les fauves :

• 1000 à 2000 personnes en soins intensifs,
• un taux d’incidence bas ce qui veut dire 50 quand on écoute les médecins piliers des plateaux de télévision (le fameux 5000 contaminations par jour).
• plus aucune déprogrammation nulle part en France. Voilà un joli critère pour lequel on ne dispose d’aucune information vérifiable, sans oublier le fait qu’en hiver on a toujours des déprogrammations. C’est un critère parfait pour conserver la maîtrise des horloges et pour nous prendre pour des billes.

En fait les chiffres devraient être bas dès le début du mois de mars. La barre des 1 000 personnes en réanimation, qui représente le point bas entre deux vagues hivernales (c’est la moitié moins en été), aurait lieu début mars (le 4 selon les simulations). C’est le critère retenu pour enlever le masque en intérieur. Pour mi mars, on peut donc cocher la case sans trop se risquer de se méprendre. 

En ce qui concerne le taux d’incidence de 50, taux qu’on a pu observer en octobre dernier, on notera d’abord qu’il représente moins de 2% de la valeur du pic. Ca donne une idée de la sévérité du critère qui n’avait jamais été employé jusqu’ici. A la sortie du confinement de l’automne 2020, on était à 100 de taux d’incidence. Avec les simulations actuelles on rencontrerait cette valeur de 50 début mars (3 ou 4), que ce soit avec les données SPF ou celles de Geodes. Donc même en tablant sur une descente ralentie vers la fin, on peut supposer l’avoir atteinte avant fin mars, période annoncée de son obtention par ses promoteurs. On va bien voir si l’ironie de l’histoire va prendre le dessus, malgré des critères plus que sévères on les obtiendra peut-être avant fin mars. Sauf le dernier concernant les déprogrammations qui est malléable à souhait et on peut le dire, parfaitement inique. On peut attendre la Saint Glinglin pour avoir un critère prenant en compte le poids psychique (donc médical également) des restrictions, mais c’est secondaire, ça ne fait pas de morts visibles à court terme.

Parmi les pays européens la France apparait timorée pour s’autoriser un relâchement qui pourrait nuire à la campagne électorale qui s’annonce si la situation se mettait à dériver du mauvais coté de la plaque, sait-on jamais. On nous connait bien plus hardis pour dépenser l’argent qu’on n’a pas.

Prêts pour la prochaine ? On va bien voir ce qui se passe d’abord dans l’hémisphère sud qui va entrer en saison froide, ça va être intéressant. Ce sera l’occasion de vérifier l’efficacité des vaccins adaptés à omicron.

Daniel Le Breton