Vert en vue !

Que penser de cet indice supplémentaire pour indiquer le cap qui mène vers la sortie de l’épidémie, c’est à dire cette pointe de verdure du côté des tranches d’âge plus majoritairement vaccinées ?

Taux d’incidence du Covid-19 en fonction de l’âge, période décembre 2020 à mai 2021, données Santé publique France, mise en forme Guillaume Rozier

L’incidence des nouveaux cas est passée sous le seuil d’alerte pour les classes d’âge les plus élevées, c’est très bon signe.

Évolution de la situation covid-19, par Daniel Le Breton

Pour faire court les estimations précédentes se sont révélées fausses car optimistes, l’épidémie certes régresse mais de moins en moins vite.

L’illustration suivante montre le résultat du remplacement de toutes courbes gaussiennes (loi statistique dite normale) par des courbes statistiques dites « log normales » donc asymétriques. On note une légère amélioration de la simulation de la descente de la vague en cours.

Nouveaux cas détectés au SARS-CoV-2 en France, méthode LogNormale, actualisation au 30/05/2021, Daniel Le Breton

Le graphique suivant donne le Reffectif moyen journalier en bleu et son lissage en rouge. La valeur officielle est représentée par les pointillés noirs.

Évaluation de l’évolution de R, moyennes lissées, actualisation au 30/05/2021, Daniel Le Breton

On peut observer une lente remontée des indicateurs vers la valeur fatidique de 1 début mai, suivie d’une redescente indiquant une amélioration à court terme de la valeur du Reff : 0,77 au 24 mai (courbe rouge). On doit peut-être cette amélioration aux ponts du mois de mai, à un effet de la vaccination, ou bien encore aux deux.

Les autres indicateurs, comme les entrées à l’hôpital et en soins intensifs suivent le même genre de tendance (loi log normale) qui fait que la descente « s’étale » dans le temps.

Voici une comparaison avec des chiffres d’admission à l’hôpital publiés par l’Institut Pasteur le 21 mai dernier (Mise à jour des scénarios de levées des mesures de freinage), avec quatre scénarios d’évolution (en couleurs) en considérant un effet du déconfinement partir du 19 mai et une vaccination moyenne de 500 000 personnes par jour (légèrement inférieure à la moyenne hebdomadaire actuelle). Ces données sont intéressantes car elles donnent un panorama de ce qui pourrait advenir dans les prochains mois avec quelques lignes directrices. Les données de SPF sont superposées en noir (il y a un petit décalage avec l’Institut Pasteur) ainsi que les estimations par loi gaussienne et log normale.

Estimation comparée des projections pour entrées en hospitalisation covid-19 France, méthodes Gauss et LogNormale, actualisation au 30/05/2021, Daniel Le Breton

Le point de bifurcation de la modélisation de l’Institut Pasteur situé fin mai indique environ 300 admissions par jour, les projections actuelles à partir des données indiquent plutôt 470 mais on ne détecte pas encore de signe sensible de bifurcation. À noter que le Reff de fin mai est actuellement estimé à 0,75 voire moins, donc la plongée le long de la courbe log normale va se poursuivre quelques temps.

Dans la publication de l’Institut Pasteur il existe d’autres jeux de scénarios suivant la date d’impact des mesures d’allègement (comme le 9 juin) ou le nombre de vaccins journaliers (700 000). On a volontairement retenu un jeu de données du coté pessimiste des choses pour l’exercice de comparaison, la courbe gaussienne et la courbe log normale en donnant des versions plus optimistes.

L’été dernier le Reff était en moyenne de 1,3 mais cette année on ne se trouve pas dans les mêmes conditions grâce aux vaccins, donc cette valeur est peu probable pour l’été 2021. Le taux de primo vaccination pourrait atteindre 50% pour début juillet, donc on ne devrait pas remonter significativement au dessus de Reff=1 sauf mauvaise surprise due à un nouveau variant réfractaire aux vaccins par exemple. Mais l’examen du cas du Royaume-Uni avec le variant indien ne montre pas d’envolée épidémique à ce jour, donc on peut rester optimiste pour l’instant.

Parmi les autres évolutions notables, il y a la proportion des admissions en réanimation qui monte assez rapidement depuis mi mai. Coté décès on s’approche de la barre des 100 par jour en moyenne mobile. Il faudra attendre la seconde quinzaine de juin pour passer la barre des 5 000 personnes hospitalisées, celle des 3 000 personnes en réanimation a été franchie durant ce dernier weekend.

Daniel Le Breton

Nous y voilà (ou presque !), par JCD

Le déconfinement du 19 mai n’a pas produit d’effets visibles, à ce stade, sur les nouveaux cas et l’incidence (il faut regarder les courbes à partir du 25 mai, à cause du délai d’incubation) ce qui est une très bonne nouvelle car on pouvait craindre un effet néfaste sur la reprise des contaminations. Ça n’est pas le cas.

Les seuils symboliques des 10 000 cas par jour et de 3 000 lits en réanimation viennent en effet d’être franchis à la baisse. La décrue se poursuit donc comme prévu et va continuer.

Simulation du niveau d’occupation des lits en réanimation pour covid-19, actualisation au 30/05/2021, JCD

La modélisation faite dans le dernier article était néanmoins un peu plus optimiste sur les dates d’atteinte de ce seuil des 3 000 lits car deux facteurs sont rentrés en jeu ces 15 derniers jours :

  • Le week-end de l’Ascension a dégradé les indicateurs 4 jours durant (le fameux taux R est bien remonté avant de redescendre)
  • L’allongement moyen de la durée de séjour réanimation. Ce phénomène est déjà visible lors du creux de janvier (moins de pression pour libérer rapidement les lits ? “malades longs” comme le suggérait Philippe Brouard ?)

Ce deuxième facteur, ainsi que la réouverture plus complète du 9 juin va contribuer à perturber un peu la modélisation telle qu’elle est faite actuellement. Il est donc temps de faire évoluer le modèle qui se borne à refléter les effets de la vaccination, des variants UK-BR-ZA et aussi une perte d’immunité naturelle pour les malades les plus anciens (1 an – vrai chiffre encore inconnu). Désormais, plus que de savoir quand nous allons atteindre les 2000 lits ou 1000 lits en réanimation, il devient en effet intéressant de regarder les courbes de l’été.

Comme évoqué lors du dernier article, une autre approche (celle retenue par l’Institut Pasteur) est de se caler sur l’été dernier et de compenser les chiffres 2021 en fonction du taux de vaccination et des caractéristiques des variants UK-BR-ZA (qui sont les 2 grandes nouveautés de 2021).

Le graphique ci-dessous se base donc sur les taux de reproduction Reffectif de l’an dernier (1er Juin – 31 Août) et sur une vaccination constante de 450 k/j tout l’été :

Projection prolongée sur l’été 2021 pour la simulation du niveau d’occupation des lits en réanimation, actualisation au 30/05/2021, JCD

Vers un calme plat (aux artefacts près du modèle qui font qu’on n’atteindra jamais complètement 0 lit mais quelques dizaines) ?

Ceci repose bien entendu sur un certain nombre d’hypothèses fortes et en particulier :

  • Pas de nouveau variant
  • Un été 2021 proche de 2020 dans les comportements de tous
  • Vaccination soutenue jusqu’à mi-août au moins. Plafond à 70% de vaccinés.

Les simulations de l’Institut Pasteur revues il y a quelques jours (le 21 mai) vont désormais plutôt dans le sens la courbe ci-dessus.

Est-on tiré d’affaires pour autant ? NON, pas complètement.

Outre la possibilité de voir arriver un nouveau variant et de voir la vaccination caler autour de 2/3 des adultes, on a plusieurs phénomènes qui peuvent jouer cet été/automne. Par exemple :

  • Taux de reproduction plus élevé qu’en 2020, le tout aggravé par un allègement supplémentaire des mesures (quid du masque en entreprise par exemple ?)
  • Perte progressive de l’immunité naturelle : si environ 30% des français ont attrapé la covid, ils vont perdre progressivement leurs anticorps (on ne sait pas encore quand). Si 1/3 d’entre eux ne se fait pas vacciner, c’est 10% d’immunité qui disparaissent.

D’où la possibilité de voir aussi émerger un scénario intermédiaire : remontée des contaminations sur les populations non vaccinées (beaucoup de nouveaux cas), mais peu d’impact sur l’hôpital (car populations à risque très vaccinées).

JCD

Du côté du simulateur CT

Le gros du travail par rapport à la précédente simulation a consisté à rattraper les données SI-DEP actualisées par Santé publique France. Il y a eu une correction via dédoublonnage de certains tests positifs rapides et PCR, conduisant à un nombre total cumulé de tests positifs à revoir à la baisse depuis cette année. Au 31 mai le nombre de cas confirmés est 5 666 113 selon la dernière estimation de Santé publique France. Les réglages du simulateur ont été réajustés pour tenir compte de ces nouvelles données SI-DEP. Voici maintenant les graphiques actualisés considérant Reffectif en cours estimé à 0,9 ce qui reste une très bonne valeur pour continuer d’accompagner la décrue de l’épidémie.

Simulateur CT et données Santé publique France, niveau d’occupation des services hospitaliers pour covid-19, actualisation au 31/05/2021. Réactualisation le 01/06/2021 avec estimation de l’intervalle d’erreur, hypothèses hausse ou baisse de R-eff.
Simulateur CT et données Santé publique France, cumul des décès liés à la covid-19, actualisation au 31/05/2021

La situation est toujours favorable pour le déroulement du programme de déconfinement, prochaine étape au 9 juin avec un peu moins de contraintes sanitaires en perspective.

Restons mobilisés pour la réussite du programme

Gardons nos habitudes, pour prolonger les efforts sur les gestes barrières, vaccinons autant que possible. Le retour à une vie normale n’a jamais paru aussi proche.

Philippe Brouard

  1. Bardier dit :

    “possibilité de voir aussi émerger un scénario intermédiaire : remontée des contaminations sur les populations non vaccinées (beaucoup de nouveaux cas), mais peu d’impact sur l’hôpital (car populations à risque très vaccinées).”

    • Kiki dit :

      Maintenant que les populations les plus à risque sont vaccinées et qu’il n’y a donc plus le risque de saturation des réas, en quoi la circulation du virus chez les jeunes est elle problématique et même ne serait elle pas un moyen d’aller vers l’immunité collective encore plus durablement que le vaccin sur les jeunes adultes puisqu’on sait que le zéro covid est impossible à obtenir sans une clôture totale des frontières.

      • Pierre dit :

        Je vois au moins 2 “problèmes” potentiels à un niveau de circulation élevée du virus malgré la vaccination des populations à risque :
        – la vaccination n’est pas efficace à 100%, donc même si on a 10 à 20 fois moins de risque de finir en réa grâce au vaccin, le risque n’est pas nul pour les gens éventuellement infectés par un “jeune”.
        – plus le virus circule, plus il se multiplie, plus il y a de “chances” de voir apparaitre un nouveau variant.

        Je ne vois pas pourquoi l’immunité collective “naturelle” serait plus durable que la vaccination.
        A priori c’est même le contraire puisqu’avec le vaccin il y a une dose de rappel.
        Alors qu’en cas de maladie sans vaccination, on risque d’être infecté de nouveau au bout de 3 à 6 mois avec la chute des anticorps.

        Enfin on n’a pas besoin d’une clôture totale des frontières mais d’un réel contrôle (avec un isolement réel, efficace, surveillé, suffisamment long pour contourner le problème de l’incubation) des frontières, surtout pour les gens en provenance de zones “à risque” : forte incidence ou variant problématique.

      • Philippe Brouard dit :

        Bonjour Kiki. Votre remarque est intéressante mais risquée. Rappelons-nous que chez nos voisins anglais le variant indien nous pose question, R-eff est visiblement passé au dessus de 1 de l’autre côté de la Manche. La course à la vaccination n’est pas encore gagnée.

        • marion dit :

          passer au dessus de 1 est plus facile quand le nombre de cas étaient bas mais cela ne veut pas dire que l’épidémie va flamber, il y a fort à penser que les politiques et médecins vont continuer a jouer avec la peur pour que la vaccination continue, on voit d’ailleurs bien l’utilisation de la vaccination chez les ados qui n’est ni plus ni moins que la volonté de jouer sur la corde sensible de la culpabilité des adultes. En israel, 60 % de la population est primo vacciné et on voit le résultat. Les différents variant qu’ils soient “béta” ou autres ne remettent pas en cause l’immunité quand elle est acquise mais “semblent ( et pas forcément dans les chiffres annoncés) plus contagieux.

          • Pierre dit :

            R effectif est complètement indépendant du taux d’incidence :
            il dépends de la contagiosité du virus (R zéro) et du comportement des gens.

            R ne passe donc pas “plus facilement” au dessus de 1 quand l’incidence est basse.
            Par contre le comportement des gens est plus à risque avec un moindre respect des gestes barrière quand l’incidence est basse.

            En Israel, la protection ce n’est pas grâce aux 60% de primovaccinés (taux théoriquement atteint en France dans quelques semaines) mais à leur taux de 57% de vaccination complète (en France 17% seulement …).

            Ici en général on ne “joue” pas à faire peur, on explique ce qui pourrait se passer.
            Ce n’est pas forcément ce qui va se passer, personne ne dispose d’une boule de cristal.
            Il y a des intervenants d’horizons divers, je trouve cette diversité d’ailleurs très enrichissante.
            C’est dans ce blog que plusieurs ont évoqué un risque de “flambée” de l’épidémie avec le variant anglais dès le mois de février quand le gouvernement parlait de plateau.
            Ici on a évoqué dès mars le risque de débordement hospitalier en avril, alors que notre président promettait le contraire (“tenir 4 à 6 semaines”).

            • Philippe Brouard dit :

              Bonjour Pierre

              Exact, je partage votre analyse sur la susceptibilité de variation de R-effectif que ce soit en faible incidence ou forte incidence. C’est certain qu’en cas de circulation faible des contagions, il ne faut pas beaucoup de nouveaux en plus pour constater une accélération (on pourrait penser que c’est plus facile de repasser à R>1). Mais cette accélération n’est pas évidente à générer du fait de la faible circulation (moins de personnes potentiellement contagieuses). De l’autre côté, en cas de forte incidence, donc en cas de circulation élevée, il faut qu’il y ait une génération considérable de nouveaux cas pour constater une accélération (R>1), cette accélération est facilitée par le nombre important de personnes potentiellement contagieuses.

              C’est révélateur des mécanismes de type exponentiel, en fait ils sont exponentiels à toutes les échelles.

        • JCD dit :

          Bonjour,

          Concernant les enfants, ce lien est très informatif :
          https://sante.journaldesfemmes.fr/fiches-maladies/2647025-syndrome-inflammatoire-multisystemique-pims-covid-mis-maladie-definition-symptomes-france-traitement/

          En résumé :
          34 cas de PIMS par million d’enfants (<18 ans) et près de la moitié d'entre eux vont en réanimation.

          Le bénéfice-risque du vaccin pour les enfants est donc à évaluer (quelques soupçons de myocardites avec Pfizer) mais le résultat ne fait que peu de doute au vu du chiffre ci-dessous :
          A ce jour, 230 enfants sont passés en réanimation et 143 en soins critiques à cause du PIMS.
          Age médian : 8 ans. (Sachant que le vaccin est autorisé à partir de 12 ans désormais)

      • J.G.77300 dit :

        On va devoir le dire et le répéter combien de fois ?
        Chaque contaminé de plus représente un risque de faire muter le virus, plus il mute, plus les anticorps produit par le vaccin (et plus encore par l’infection naturelle !) seront obsolètes.

        Je le répète 3 fois, peut-être qu’au bout d’un moment ça va finir par rentrer :
        Chaque contaminé de plus représente un risque de faire muter le virus, plus il mute, plus les anticorps produit par le vaccin (et plus encore par l’infection naturelle !) seront obsolètes.

        Chaque contaminé de plus représente un risque de faire muter le virus, plus il mute, plus les anticorps produit par le vaccin (et plus encore par l’infection naturelle !) seront obsolètes.

        Chaque contaminé de plus représente un risque de faire muter le virus, plus il mute, plus les anticorps produit par le vaccin (et plus encore par l’infection naturelle !) seront obsolètes.

        • cecile dit :

          Pendant ce temps-là, 30% des oiseaux disparaissent. Il faudra le répéter combien de fois ?

        • marion dit :

          bonjour
          ce n’est pas le sida (qui mute à chaque personne touché)
          donc le risque de mutation n’est pas non plus un risque planétaire, de plus chez les coronavirus, et il ne faut pas croire que les autres quand ils sont apparus étaient inoffensif, bien au contraire avec le premier des 5 actuels découvert en 1890 et qui avait fait un nombre important de victimes, les mutations ne remettent probablement pas l’immunité acquise par le fait d’avoir été touché ou bien par la vaccination. Je pense que l’on joue à se faire peur et que beaucoup de choses , ici ou ailleurs, sont dites sans se demander de quoi l’on parle vraiment.

          • J.G.77300 dit :

            Vous déformez mes propos : je n’a pas dit que le covid mutait à chaque fois, simplement que tout le monde risque à son corps défendant (c’est le cas de le dire) de devenir hôte d’un variant et même si ce risque individuel est infime, plus il y a de contaminés et plus ce risque devient important, c’est logique.

            La grippe Russe dont vous faites allusion a sévit durant des années avant que le coronavirus OC43 (si il est bien le responsable de la pandémie) rentre dans le rang. Je crois que personne n’a envie de subir ne serait-ce qu’une année supplémentaire de restrictions et confinements, alors vaccinons tout le monde.

      • vincent dit :

        Parce qu’il y a des populations à risque (fortes allergies, par ex.) qui ne peuvent pas se faire vacciner.

  2. Bardier dit :

    On peut essayer de calculer le pourcentage de personnes qui se vaccineront dans chaque tranche d’âge en regardant le nombre de semaines nécessaires pour atteindre une valeur donnée au rythme hebdomadaire du moment. Depuis un mois, le nombre de semaines nécessaires pour atteindre 85 % est constant aussi bien pour les + de 75 ans que pour les 65/74 ans On peut donc considérer que ce 85 % représente l’asymptote (qui ne pourra changer qu’en cas de changement significatifs du système global tel que vécu/ ressenti par la population)
    85 %, c’est déjà pas mal, comme on le voit à la nette baisse de l’incidence dans ces populations ,mais cela laisse encore du monde qui pourra succomber avec une vague de contaminations chez les plus jeunes qu’on peut craindre à l’été

    • Philippe Brouard dit :

      Bonjour Bardier, pas sûr qu’on puisse atteindre 85% de taux de vaccination dans les tranches d’âge à faible risque, auquel cas l’asymptote se situerait sur une valeur plus faible. Affaire à suivre.

  3. Pierre dit :

    Mille mercis encore une fois aux contributeurs de ces articles qui nous donnent des perspectives.

    Plusieurs hypothèses concernant la durée de séjour qui s’allonge en réa :

    – on “débranche” plus facilement/rapidement une personne de 75 ans en réa quand un jeune de 35-40 ans a besoin d’un lit et que le réa est saturée. Hors situation de saturation, on lui aurait peut-être donné “une chance” pendant une semaine ou deux supplémentaires pour voir une éventuelle amélioration de son état.

    – la population en réa n’est pas homogène : certains s’améliorent (ou meurent) en quelques jours donc avec une durée de séjour très courte, d’autres vont rester plus d’un mois.
    Plus il y a d’admissions car l’épidémie “flambe”, plus on a de séjours courts en proportion. Car quand il n’y a plus d’admission du tout, par définition ne restent que les malades qui mettent longtemps à s’améliorer (ou par finir de mourir finalement au bout de plusieurs semaines).

    PS: je ne comprends pas la courbe bleue des admissions à l’hôpital qui remonte avec un R=1. Ca ne devrait pas être une droite horizontale ?

    • Philippe Brouard dit :

      Bonjour Pierre, merci pour votre commentaire et quelques réponses.

      Sans être professionnel de santé, je ne pense pas qu’il y ait eu des “débranchements” en services de réa pour faire de la place, aux moments les plus critiques des pics de charge. Je partage plutôt votre deuxième analyse sur hétérogénéité des patients dans ces services avec des tendances à des séjours plus longs en période de décrue (les patients les plus compliqués ayant tendance à devenir plus majoritaires).

      Pour la courbe bleue issue du modèle de l’Institut Pasteur, rappel du lien de l’étude complète https://modelisation-covid19.pasteur.fr/loosening/Mise_a_jour_scenarios_de_levee_des_mesures_de_freinage_20210521.pdf cette courbe est une version en échelle log du diagramme 1A (page 7) pour lequel l’hypothèse de scénario été 2021 considère que le variant B.1.1.7 (anglais) serait 60% plus transmissible. Ce 60% est à ajouter à la valeur R0-hist (le R0 historique calculé par l’Institut Pasteur au début de l’épidémie), voir la note de bas de page : La relation entre le nombre de reproduction de base du variant B.1.1.7 et du virus historique est donc R0-B.1.1.7=1.6xR0-hist. Le graphique représente des hypothèses où R0-hist est compris entre 1.0 et 1.3, ce qui donne R0-B.1.1.7 compris entre 1.6 et 2.08. En conséquence la courbe bleue peut monter. Les courbes peuvent baisser ensuite en fonction de la projection sur l’avancée de la vaccination.

  4. Elizabeth dit :

    On va devoir le dire et le répéter combien de fois ?

    La réponse immunitaire du corps humain est multifactorielle. Elle ne repose pas que sur les anticorps mais également sur les lymphocytes T.
    Aucun variant connu à ce jour n’échappe complètement à notre réponse immunitaire.

    La réponse immunitaire du corps humain est multifactorielle. Elle ne repose pas que sur les anticorps mais également sur les lymphocytes T.
    Aucun variant connu à ce jour n’échappe complètement à notre réponse immunitaire.

    La réponse immunitaire du corps humain est multifactorielle. Elle ne repose pas que sur les anticorps mais également sur les lymphocytes T.
    Aucun variant connu à ce jour n’échappe complètement à notre réponse immunitaire.

    • jean dominique dit :

      Certains médecins eux-mêmes tiennent un discours contraire, c’est dire! Mais ce que vous écrivez ne m’étonne pas : puisque les vaccins apportent une protection au moins partielle contre tous les variants, il doit en être de même pour l’infection naturelle, du moins pour les personnes qui disposent d’un système immunitaire en bon état. Dans la réalité, les réinfections demeurent assez rares et sont le plus souvent asymptomatiques ou peu symptomatiques. Ce fait, qui énerve certains prophètes de l’apocalypse, est bien documenté partout dans le monde (y compris à Manaus, où la presse s’est emballée car il n’y a jamais eu d’immunité collective à Manaus, cf ce qu’en dit Drosten).

  5. Moi dit :

    Bonjour
    Et si on ajoute le protocole de soin precoces dans l’equation ? Les malades sont moins longtemps contagieux et vont moins à l’hopital. En inde le minstere de la santé a officialisé un protocole de soins sur twitter (ivermectine / hcq, zitromax, vitamines, etc…) autour du 25 avril, et c’est justement le point d’inflexion de la courbe de cas qui maintenant flirte avec le zero.
    Ça vous parle ? Ou c’est interdit de mentionner les traitements pas cher qui existent et fonctionnent precocemment dans la pluspart des cas ?

    • Philippe Brouard dit :

      Bonjour

      La situation en Inde est intéressante à analyser. Mais attention aux interprétations qui pourraient être trop rapides. L’Inde a connu des semaines certainement très angoissantes lorsque les admissions dans les services hospitaliers n’étaient plus garanties, lorsqu’il fallait avoir recours au marché noir pour se fournir en oxygène, lorsque les crémations se faisaient “à la chaîne”. Il faut considérer que le comportement de la population a évolué au moment de cette crise, à cause de la prise de conscience générale du danger lié à la covid-19.

      Petit détour côté éthologie, science des comportements animaux. Des chercheurs travaillent sur le comportement des animaux en cas d’exposition à un agent pathogène. Des études montrent qu’il y a une adaptation naturelle des interactions sociales pour sauvegarder la colonie, voir par exemple cet article qui date d’avant la pandémie covid-19 : https://www.letemps.ch/sciences/fourmis-savent-eviter-epidemies (lien vers la publication scientifique complète dans l’article) pas besoin de twitter dans cette situation (clin d’oeil).

      C’est aussi l’intérêt des modélisations de l’épidémie à l’aide de courbes en cloche (Gauss ou LogNormale), comme le propose ici même Daniel Le Breton. Ce phénomène de montée et descente est caractéristique, et pourrait-on dire naturel?

      On peut parler de toutes nos interrogations vis à vis de l’épidémie, c’est l’objectif des commentaires sur le blog. Pour ma part, je n’ai pas de commentaire sur le protocole sanitaire indien, je ne suis pas médecin. Je dirais qu’il y a certainement une coïncidence et de façon moins sûre une corrélation. En Inde, la situation s’améliore mais l’épidémie circule toujours à un niveau plus fort que pour leur première vague: plus de 132 000 nouveaux cas hier (le pic de première vague était à moins de 100 000 nouveaux cas par jour).

      Il y a peut-être un risque à penser que l’épidémie est dernière nous car ça va mieux en ce moment.

  6. G. Maxant dit :

    Il y a trois enseignements à tirer des commentaires ci dessus.
    D abord. Moins on en sait, plus on est sur de soi et polarisé. Ce qui connaissent un problème sont souvent ceux qui ont le propos le plus nuance, car ils ont conscience de leur limite.
    Ensuite. Répétition ne vaut pas démonstration. Surtout quand on annone des absurdités. Beaucoup de ces avis polarisés sont d abord et avant tout des opinions qui utilisent un sujet pour exprimer une opinion (même si in fine, c est vrai que l on mourra tous. Mais pas du covid ou encore moins des complications du vaccin).
    Enfin, je crois qu il faut considérer les chiffres pour ce qu ils sont. La surface d un problème, un aspect très parcellaire. Et les interprétations qui en sont faites comme le plus souvent extrêmement biaisée, qu elles soient statistiquement fondées ou pas. Une corrélation n est pas une explucation. Et vous noterez que les plus férus de statistiques ici sont souvent ceux qui sont les plus pondérés.

    • Kiki dit :

      Merci de votre commentaire, je trouve en effet qu’il y a beaucoup d’affirmations péremptoires sur la transmission de ce virus, sur les effets des mesures masques, confinement ….et sur les effets réels des vaccins (analyse bénéfices risques) qui me semblent être plus proches de la méthode Coué que de la science. Certains se drapent un peu trop dans une posture de supériorité pour faire taire des interrogations et des doutes légitimes.

      • G. Maxant dit :

        Vous lisez ce que vous voulez bien lire. Je suis vacciné et conseillé à la plupart des adultes de se faire vacciner.
        il y a autant de péremptoire d un côté que de l autre, que ce soit chez certains apocalyptique du covid que d autres qu sont dans un certains déni complotiste.
        J insiste surtout sur le fait que l accès à la connaissance via internet et you tube a tendance à nous enfermer dans un discours très polarisé.
        La vérité n est pas entre les deux, car il n y aura pas de fin du monde par le covid ou par la domination de big pharma. Restons dans la nuance, dans la discussion plus que dans la confrontation.

  7. Edith Cariou dit :

    Bonsoir JCD,

    Vous indiquez dans votre intéressante observation: « Comme évoqué lors du dernier article, une autre approche (celle retenue par l’Institut Pasteur) est de se caler sur l’été dernier et de compenser les chiffres 2021 en fonction du taux de vaccination et des caractéristiques des variants UK-BR-ZA (qui sont les 2 grandes nouveautés de 2021). »
    Plus loin vous soulignez que d’autres inconnues peuvent s’inviter au bal cet été.
    Il semblerait en effet que le variant indien, récemment baptisé Delta, soit déjà entré dans la danse en Angleterre et en Ecosse et ceci, à croissance exponentielle.

    L’approche retenue devrait rapidement intégrer ce nouveau venu, car comme il est précisé dans le dernier rapport du Conseil Scientifique, 10000 anglais entrent chaque jour en France
    ( Eurostars, avions, bateaux, chauffeurs routiers).

    Sommes nous aujourd’hui dans une meilleure situation qu’en janvier avec l’arrivée du variant UK?

    50% des Anglais ont reçu 2 doses d’Astrazeneca, efficace à 60% contre le Delta. Donc 30% des Anglais sont protégés des formes graves du Delta. On est loin des 70,80,90%…
    A cela il faut y ajouter les 20 à 30% d’Anglais qui ont déjà eu la Covid (dont le sérum est peu efficace contre le Delta, mais, comme le souligne Elizabeth, c’est sans compter sur la mémoire dite « cellulaire » de l’organisme, une armée qui se mobilise en renfort des anticorps).
    Tout ça réduit la circulation du virus en Angleterre.

    17% de Français sont complètement vaccinés et souvent avec du vaccin à ARN m, efficace à 88% contre le Delta deux semaines après la deuxième dose.
    A ces 17% il faut ajouter les 20 à 30% de Français qui ont déjà eu la Covid et qui, pour la grande majorité d’entre eux, ont reçu une dose de vaccin.

    Globalement on est donc aujourd’hui, face à l’arrivée du Delta, dans une meilleure situation qu’en Janvier face à l’arrivée du variant UK. Sauf que ce Delta est plus transmissible et plus lethal que le variant UK…C’est donc toujours la course entre la vaccination et les variants, et il nous est impossible, dans ce contexte périlleux, de se laisser aller à négliger les mesures barrières pendant l’été.

    • JCD dit :

      Bonsoir Edith,

      Vous avez tout à fait raison.
      Si les courbes de cet été font bonnes figures, c’est parce qu’il y a des hypothèses sous-jacentes importantes. La plus forte d’entre elles étant sans aucun doute « Pas de nouveau variant méchant dans l’immédiat ». Il est utile de le rappeler !
      Et cette hypothèse bat de l’aile malheureusement.

      Les anglais nous donnent petit à petit quelques informations précieuses sur le variant Indien-Delta (j’ai repéré cette source qui donne les chiffres que vous citez : https://www.gov.uk/government/news/vaccines-highly-effective-against-b-1-617-2-variant-after-2-doses ).

      De tout cela il découle plusieurs points :
      – La France étant massivement vaccinée avec Pfizer (plus efficace contre le virus Delta que Astra Zeneka), nous devrions mieux nous en tirer que le UK. Observons bien ce qui se passe là bas dans les semaines qui viennent.
      – Les vaccins sont efficaces plus tardivement (2ème dose + 15 jours vs 1ère dose + 15 jours avec le virus ‘classique’) ce qui milite pour une stratégie ‘test & isolate’ (= ‘0 COVID Indien’) afin de ralentir le plus possible sa progression pour avoir le temps de gagner en immunité vaccinale. Ceci devient possible avec la baisse globale du nombre de cas en France ce qui permet de mieux tester/séquencer (même si il est illusoire d’imaginer qu’on puisse l’empêcher de s’installer sur notre territoire).

      Rajoutons que le ministre de la santé anglais a donné hier une information précieuse : ce variant serait 40% plus transmissible (je ne connais pas la source de son info. Les infos venues d’Inde jusqu’à présent n’allaient pas forcément dans ce sens) et c’est de loin le paramètre le plus important. Si c’est confirmé, cela implique :

      – Que l’immunité collective sera atteinte à 1-1/ (3*1,6*1,4) = 85% de vaccinés/immunisés. Ce qui semble quasiment hors de portée, même en vaccinant les enfants.
      – Qu’on ne va vraiment pas être loin du seuil de ré-accélération de l’épidémie cet été (R restant légèrement inférieur à 1).

      Je n’ai pas encore essayé de rentrer cela dans le modèle mais à vue de nez (et donc avec la plus grande prudence), cela ressemble à un scénario de remplacement en 4 ou 5 mois du variant UK par le variant indien (top départ = 1 ou 2% de variant indien en France) ce qui coïncidera avec le début de l’automne et la remontée du taux R constaté l’an dernier à cause du climat, de la rentrée et des nombreux aléas énoncés par Emmanuel ci-dessous.

      Si tel est le cas, nous aurons alors 2 macros scénarii possible pour l’automne :
      – Nouveau pic des cas mais sans saturation de l’hôpital (mais avec probablement encore nos masques sur le nez…)
      – Saturation plus ou moins forte de l’hôpital.

      Il faut rentrer plus en détail dans les modèles pour regarder ce que ça donne et aussi récupérer une information supplémentaire qui est le niveau de ‘sur-hospitalisation’ induit par ce virus Indien.
      En effet, une caractéristique méconnue du variant anglais est qu’il envoie 1,64 plus les gens à l’hôpital. Ceci est cumulatif avec le fait qu’il soit 1,6 fois plus contaminant. Autrement dit, vu de l’hôpital, le VOC UK est 1,6 x 1,64 = 2,6 plus méchant que le virus traditionnel.

      Espérons qu’il n’en est pas de même pour le virus Delta-Indien.

      Dans l’immédiat, une seule chose à faire en plus des mesures barrières cet été : vaccin, vaccin, vaccin…

      • jean-dominique dit :

        Il est très difficile me semble-t-il de faire des prévisions sur le variant indien avec les données disponibles aujourd’hui, tant elles paraissent contradictoires : évolution redevenue rapidement baissière en Inde, début de baisse sans passer par la case confinement (mais seulement avec du traçage) dans les villes britanniques les plus touchées, à l’inverse montée rapide du nombre de cas ailleurs en Grande Bretagne. Le fait que les élèves britanniques ne portent apparemment pas de masques pendant les cours doit beaucoup jouer.

    • marion dit :

      concernant le delta, on en sait rien, le ministre de la santé anglaise est d’abord dans de la com face à la vaccination qui marque le pas au royaume unis et les cas si ils augmentent légèrement n’ont aucun effet sur les hospitalisations . De plus en inde, on nuance beaucoup l’impact de ce variant car il n’est pas le principal responsable de la vague en avril, en effet il ne représentait pas la moitié des cas de contaminations.

  8. Emmanuel Thiébaut dit :

    Les commentaires de ce blog permettent d’avoir accès à des opinions contradictoires et de ce fait complémentaires, plus ou moins basées sur des arguments objectifs.
    Donc je pense y mettre mon grain de sel.
    Concernant l’évolution de l’épidémie et en particulier le taux de contamination, j’ai la conviction (donc non démontrée) que le facteur de comportement individuel est du 1er ordre.
    L’évolution de l’épidémie dépend de 4 facteurs principaux:
    *le comportement et l’évolution du virus (lui même dépendant de l’évolution de l’épidémie : les mutations)
    *La sensibilité de la population vis à vis du virus (facteurs de risque intrinsèques et protection immunitaire)
    *les règlements sanitaires, issus de décisions d’ordre politique inspirées des observations scientifiques.
    *le comportement des personnes, influencé par l’ambiance générale, les décisions politiques et la “peur du gendarme”
    Les règles sanitaires agissent selon plusieurs mécanismes :
    *par effet direct sur le risque de transmission du virus; par exemple : le port du masque dans les lieux clos, l’aération des locaux et par extension la fermeture des bars, cafés, restaurants, salles de sports, boîtes de nuit etc.. et dans une moindre mesure les autres gestes barrières
    *par effet global sur la probabilité de mise en présence de plusieurs personnes : le télétravail, la fermeture des commerces et des salles de spectacles, et les mesures de protection spécifiques des personnes fragiles
    *par effet indirect, en favorisant la prise de conscience du risque : port du masque en extérieur, couvre-feu, fermeture des musées
    L’actualité et les décisions politiques lues au travers de ce prisme de lecture me semblent plus facile à comprendre.
    Il est dommage que les pouvoirs publics et la majorité des commentateurs ne fassent pas plus appel à l’intelligence d’une partie du public.
    En particulier, j’ai souvent été agacé par les félicitations adressées aux “gens” pour leur implication exemplaire dans la lutte contre l’épidémie. Un discours de vérité aurait été plus nuancé en expliquant que si la majorité de la population joue effectivement le jeu, la minorité inconsciente ou coupable est, à règlementation identique, le principal responsable de la propagation du virus.

    De la même manière, je regrette le manque cruel de pédagogie sur les mécanismes de transmission de la maladie, et le rôle central du masque dans la réduction du risque de transmission du virus. Combien de personnes publiques se comportent de façon aberrante avec le masque, qu’ils tripotent avec leurs mains, puis mettent dans leur poche ou sur le pupitre, puis à nouveau sur leur nez. En voyant cela, comment peut-on espérer que ceux qui les voient se comportent correctement ?
    Merci de m’avoir lu.
    Je suis curieux de savoir si je suis le seul à ressentir les choses de cette façon

    • Kiki dit :

      Comment expliquez vous la baisse drastique des contaminations observées en mai (contrairement à ce qu’avait prédit Mme Castagliola le 19 avril) avec tous ces gens qui se comportent si mal et même de plus en plus mal avec l’allégement des contraintes?

      • Pierre dit :

        @Kiki
        Il n’y a pas “une baisse drastique” des contaminations puisque R est à peine en dessous de 1.

        Mais il y a de plus en plus d’adultes vaccinés, donc moins susceptibles d’être contaminés.
        Il fait plus beau et chaud, donc on se rencontre plus facilement à l’extérieur au lieu des rester dans des pièces mal ventilées.
        On applique enfin (au bout de 15 mois) un protocole sanitaire sensé dans les écoles : fermeture de classe dès le premier cas, donc moins d’enfants contaminant leur fratrie et parents.

        @E.Thiebaut
        Je partage votre analyse, notamment le manque de vérité et d’exemplarité de la part des politiques.

      • G. Maxant dit :

        Il y a beaucoup d’inconnues sur l écologie virale. Et il existe une saisonalite franche pour les autres infections respiratoires basses, notamment pour la grippe.
        Pour la grippe par exemple on ne sait pas pourquoi la souche de l année x à disparu l année x+1.
        Après…. Est ce qu il y a une vraie pertinence au port du masque en extérieur ? Est ce que les aérosols sont les contaminants exclusifs ? La part du manuportage est elle correctement estimée ? La part des Super-spreaders et des super spreading events est elle modelisable ?

        Personne ne sait réellement. Il y a probablement des variables cachées que nous n apprehendons pas du tout.

        • Philippe Brouard dit :

          Bonjour
          @G.Maxant @Kiki, la baisse de l’intensité des contaminations en France depuis le mois de mai et qui se prolonge en juin est étonnante et fait plaisir, tant mieux. Pour ma part, je n’aurais pas parié sur ce bon scénario, je manquais d’optimisme. Je ne partage pas totalement l’avis sur la saisonnalité, car difficile alors d’interpréter ce qui se passe dans d’autres pays aux conditions climatiques agréables à l’extérieur et qui malgré tout ne s’en sortent pas forcément mieux que les autres. Exemple, j’ai utilisé le Dashboard World pour cette sélection de R-eff : https://covidtracker.fr/wp-content/uploads/2021/06/selectedRworld_20210608.png nous avons là des grands pays = Égypte, Indonésie, Brésil, Maroc, Mexique, avec des niveaux de R-eff qui stagnent autour de 1. R-eff pour la Russie se situe au même niveau sur la même période, avec un climat bien différent.
          Donc oui, il y a toujours des inconnues, des aspects difficilement compréhensibles, une “multifactorialité”, pas évident de tirer des conclusions de tout ça.

  9. Antoine dit :

    @Kiki

    Vous faites surement référence aux images des quais et des terrasses bondés. Comment faudra-t-il faire rentrer dans la crâne des gens qu’on se contamine très peu à l’extérieur?

    Ca fait un an et on en est encore à faire chier le monde avec les masques et jauges en extérieur. C’est insupportable et ça diminue la crédibilité des autres mesures, voire pousse à des rencontres en intérieur.

    • Kiki dit :

      Tout à fait d’accord avec vous pour l’inutilité des masques en extérieur, et d’accord avec tous pour dire qu’on ne maitrise malheureusement pas ce virus (un peu d’humilité svp Me Castagliola!), alors de grâce arrêtons d’annoncer le pire et de prescrire des mesures liberticides dont on ne connaît pas le bien fondé.

  10. Tamtam dit :

    Bonjour,

    j’ai des interrogations sur les flux entrées-sorties en Réa.
    Je m’explique : pour le 07/06
    2472 personnes en réa soit -55
    + 66 décès à l’hôpital

    Donc,
    je suppose que les 66 décès se décomptent des personnes en moins en réa
    ce qui donnerait en réalité + 11 personnes en réa si on ne prends que les entrées et les sorties pour guérison.
    Est-ce que quelque chose cloche dans mon raisonnement, ou est-ce que malheureusement l’amélioration en réa vient d’un flux de décès supérieur au flux d’entrée ?
    Merci d’avance de vos commentaires

    • Hugo dit :

      Bonjour Tamtam,
      Il vaut mieux compter à partir des moyennes hebdomadaires, ça permet de lisser les données qui peuvent être volatiles selon les jours (moins de morts le week-end et rattrapage en début de semaine). Sur la semaine passée ça donne en moyenne par jour : 394 admissions à l’hôpital et 92 en soins critiques, 76 morts par jour et 625 retours à la maison. Les décès contribuent pour 10% environ de la baisse de “l’occupation hospitalière” (horrible formule), leur contribution est donc plutôt faible. Si on garde à l’esprit que les morts d’aujourd’hui sont les malades d’il y a deux semaines voire plus, on peut raisonnablement avancer que les décès touchent autour de 5% des hospitalisés (à la louche), ce qui reste modeste.

  11. Françoise dit :

    Bonjour,
    Est -ce qu’une des explications de la baisse des indicateurs depuis le mois de mai, ça peut être …. la fermeture des écoles pendant le mois d’avril ? Pratiquement pendant tout le mois pour les collèges et les lycées, et trois semaines pour les écoles primaires … Ca vaudrait peut être la peine de se pencher sur la question …Je ne sais pas si des spécialistes l’ont fait, mais je note que pendant le troisième “confinement”,( je mets ce mot entre guillemets justement parce que tant qu’on restait à moins de dix km de chez soi on pouvait être dehors autant qu’on le voulait ) les gens étaient beaucoup moins enfermés que pendant les deux précédents, mais … tous les indicateurs baissent fortement, ce qui n’avait pas été le cas après le deuxième, malgré le fait qu’il fallait une attestation pour aller acheter sa baguette …
    Bien sûr, il est possible qu’il y ait déjà un “effet vaccination” aussi mais je ne peux pas m’empêcher de remarquer que les deux confinements qui ont le mieux “marché”, ce sont .. le premier et le troisième, et dans les deux cas, les écoles, lycées et collèges étaient fermés, pendant toute la durée pour le premier, pendant une partie pour le troisième …

  12. Anatole dit :

    @Françoise

    La chaleur!

  13. Françoise dit :

    Pour Anatole :
    C’est possible aussi … comme l’année dernière …Il peut y avoir plusieurs facteurs combinés

    • marion dit :

      le principal facteur est , il faut appeler, un chat, un chat la vaccination. On peut tenter de croire que nous vivons une parenthèse avant un automne terrible mais le fait est que les personnes vaccinées ne se retrouvent plus en réa alors que d’autres qui ne le sont pas sont victimes du virus et sont les seuls à présent a être hospitalisés

      • JCD dit :

        Bonjour,

        Une étude INSERM de mi Mars évaluait la fermeture des écoles (vacances de février) à 20% de baisse pour Reffectif (passage de 0,95 à 0,76). Donc autant d’entrées en moins à l’hôpital/en réanimation sur la période de fermeture.
        On peut imaginer que cela soit à peu près similaire pour Pâques. Mais cela reste bien sur très ponctuel puisque l’école a réouvert ensuite.

        A contrario, au 1er Mai, on avait environ 17% des français vaccinés à “1 dose + 15 jours” (date d’effet de la première dose) ce qui équivaut à 35% de personnes en moins pour les entrées en réa et 66% de moins pour les entrées à l’hôpital versus Janvier (date de début de la vaccination).
        En effet, la vaccination par classe d’âge permet d’immuniser d’abord les principaux “candidats” à la réanimation/l’hospitalisation si je puis dire.

        Donc la descente de Mai est due un peu/très ponctuellement à la fermeture des écoles mais beaucoup/de façon pérenne à la vaccination.

    • Pierre dit :

      La météo : peut-être
      La chaleur : sûr que non !

      Sinon le Brésil avec son climat tropical n’aurait pas sa catastrophe sanitaire depuis des mois.

  14. Antoine de Londres dit :

    je vous invite a regarder ce qui se passe au UK.
    le variant indien représente maintenant plus de 90% des cas.
    le R est repasse bien au dessus de 1
    et cela dans un pays très en avance sur la France d’un point de vue vaccinal.

    dans les nouvelles du matin:
    Data from Public Health England confirms there have been 42 deaths so far in England with the Delta variant. Of this number, 23 were unvaccinated, seven were more than 21 days after their first dose of vaccine, and 12 were more than 14 days after their second dose.

    imaginez sur un pays moitié moins vaccine tel que la France

    • Daniel Le Breton dit :

      On surveille le cas UK Antoine, depuis fin mai.
      La France a grosso modo 6 semaines de retard sur la vaccination (3/4 des anglais en dose 1 et la moitié en dose 2), avec une autre différence, le fait que les vaccins majoritaires en France sont des ARN messager, pas de l’AZenaca comme en UK qui est moins efficace sur les variants apparemment.
      Le Reff redescend d’ailleurs, la vague delta a probablement passé son point d’inflexion mais en pic journalier ça va continuer de monter (10 000 peut être). Cette vague est apparue début Mai en UK, donc il y a six semaines environ, et elle n’a pas encore pris en France, donc coté vaccin nous ne sommes pas en situation plus difficile à ce jour.
      On en reparlera dans un prochain article.

  15. […] journalières moyennes suivent la courbe log normale en tirets noirs déjà présentée dans l’article précédent et si quelque chose doit se passer on ne l’attend que vers la fin de ce mois. À noter que le […]

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