Le bon courant d’R

Le ralentissement de l’épidémie se confirme nettement. Après deux semaines où nous sommes contraints à une vie confinée, sans oublier d’ouvrir les fenêtres régulièrement, le nombre de reproduction Reffectif a chuté de façon spectaculaire, plus rapidement que prévu. C’est une bonne surprise, qui vient bousculer la précédente simulation. En quelques mots, ça va mieux que prévu, mais ce n’est pas encore gagné.

Les simulations prévoyaient R < 1

Commençons pas un petit passage par la conférence de presse du Gouvernement au 12 novembre (disponible en replay). Entre autres, il s’agissait de savoir ce que prévoyait l’Institut Pasteur.

Conférence de presse COVID-19, simulation Institut Pasteur des patients en réanimation pour R < 1, actualisée le 11 novembre

Comme la semaine dernière, avec l’hypothèse d’un confinement respecté, la courbe des patients en réanimation était prévue à la baisse après un pic, qui se trouvait imminent au moment de la conférence de presse. Remarque : la capture écran montre que le graphique mis en avant est tronqué, c’est dommage (on ne voit pas l’axe des ordonnées). Il comporte des informations qui n’ont pas été expliquées par le Premier Ministre. À quoi correspondent les seuils 7268, 8307, 10384 ? Avec une petite vérification par le calcul, on retrouve 7268 = 10384 * 70%, 8307 = 10384 * 80%. Donc 10384 correspond à la capacité maximum en lits de réanimation (et soins intensifs). Autre chose, que veut dire la barre où est indiqué “Patients COVID en réanimation au moment du 1er déconfinement” ? Elle semble se situer au tiers du seuil à 8307, ce qui ferait environ 2750. Il y avait en fait 2712 patients en réanimation le 11 mai 2020, au moment du déconfinement n°1. Ça correspond. Dans ce cas, ce graphique en présentant une projection jusqu’au 18 décembre au moment où ce seuil vers 2700 patients en réanimation serait à nouveau atteint, pourrait indiquer une date de déconfinement n°2 ? Scoop ? Est-ce la nouvelle règle pour sortir du confinement n°2 ? Le Ministre de la Santé ne s’avance sur aucune règle officielle lors de la séance des questions avec les journalistes.

Sur CovidTracker, nous avions prévu R < 1 également. Nous allons voir comment s’est concrétisée cette hypothèse.

Reffectif a baissé plus fort que prévu

Le nombre de nouveaux cas positifs depuis 7 jours a baissé nettement. Ce n’est pas dû à un problème informatique du côté des remontées des tests chez Santé publique France, il n’est plus mention de cette anomalie dans le bulletin hebdomadaire du 12 novembre. Nous avons eu des jours à +20000 alors que nous étions régulièrement confrontés à +40000. Pour ajuster le simulateur CovidTracker sur cette baisse, le réglage de Reffectif est modifié de la façon suivante, R est bien en dessous de 1.0 :

Réglage R-effectif pour le simulateur CovidTracker, actualisation au 14/11/2020

La baisse de Reffectif se révèle plus précoce que prévue. Le nombre de reproduction rejoint le chemin critique qui conduit à un meilleur contrôle de la situation. La valeur en cours serait environ 0,75 ce qui est proche de 0,7 une valeur moyenne en période de confinement. Ce réglage produit le graphique suivant pour la simulation du nombre de nouveaux cas positifs :

Simulation CovidTracker et données Santé publique France, nombre de nouveaux cas positifs au SARS-CoV-2 en France, actualisation au 14/11/2020

La bifurcation est très nette par rapport à la prévision du 06/11/2020 qui était trop pessimiste. Ce R est insaisissable pourrais-je dire ! Il bouge rapidement. Il nous a fait des frayeurs début octobre, puis il se calme d’un coup en novembre… En tout cas, le confinement a un effet puissant pour freiner l’épidémie.

L’éclaircie va en se confirmant dans les hôpitaux

Le pic de la situation sanitaire est-il déjà là ? Hier, pour la première fois depuis le rebond épidémique de septembre, il y a eu une baisse du nombre de patients hospitalisés et en réanimation. La nouvelle simulation CovidTracker produit le graphique suivant, projection de la situation pour la seconde partie de novembre :

Simulation CovidTracker et données Santé publique France pour la situation de covid-19 dans les hôpitaux français, actualisation au 14/11/2020

Le sommet de la seconde vague reste proche, il se présenterait moins élevé que celui modélisé la semaine dernière. La courbe de prévision du nombre de décès à l’hôpital baisse légèrement. Dans une vue zoomée sur les courbes hospitalisations et réanimations, nous reproduisons la simulation de l’Institut Pasteur présentée jeudi dernier :

Simulation CovidTracker, plus simulation Institut Pasteur et données Santé publique France, zoom sur les hospitalisations et réanimations, actualisation au 14/11/2020

La simulation de l’Institut Pasteur pour le nombre de personnes en réanimation est elle aussi moins élevée que celle de la semaine dernière. Les oscillations visibles sur les courbes CovidTracker sont présentes depuis quelques mois, elle sont arrivées naturellement à cause du modèle de calcul. La période de ces oscillations semble égale à la durée E (exposé) + I (infectieux) du modèle SEIR = environ 8 jours.

Actualisation des données Santé publique France ce dimanche 15 novembre

  • Nouveaux tests positifs : + 27228
  • Nouvelles hospitalisations : +582
  • Nouvelles réanimations : +25
  • Nouveaux décès à l’hôpital : +302
  • Nouveaux retours à domicile : +669

Ces tout derniers chiffres sont en adéquation avec la simulation CovidTracker. Le pic pour l’occupation du nombre de lits en réanimation semble en cours. Le pic pour le nombre de personnes hospitalisées s’approche. Au moment de la première vague, il y avait eu environ une semaine de décalage entre les deux pics.

Dans les EHPAD la situation reste peu favorable

Il n’y a pas vraiment de franche éclaircie pour la situation dans les EHPAD et EMS. Un élément positif repose sur le fait que la dynamique de croissance des nouveaux cas positifs diminue un peu, à l’image de la situation pour toute la population française. Mais le taux de relation entre les courbes représentées ci-dessous en bleu et en jaune reste contant à 20%, alors qu’il n’était que de 5% pendant l’été.

Simulation CovidTracker et données Santé publique France pour la situation covid-19 dans les EHPAD et EMS, actualisation au 14/11/2020

Le taux d’incidence chez les personnes les plus âgées est toujours très élevé. C’est même dans ces tranches d’âge que l’incidence est la plus forte en ce moment.

Heatmap CovidTracker du taux d’incidence en fonction de l’âge, actualisation au 12/11/2020

Une autre considération sur l’impact de la seconde vague

Maintenant que nous avons une idée plus précise sur les maximums hospitaliers qui seraient atteints avec cette seconde vague de covid-19, nous pouvons reposer la question : plus grosse ou moins grosse ? Le maximum d’occupation des lits de réanimation sera sans doute plus faible qu’au printemps 2020. C’est une bonne chose en tout cas que l’annonce du Président Emmanuel Macron ne se soit pas confirmée, il n’y a pas 9000 patients en réanimation à la mi-novembre. Dans notre article du 31 octobre, la prévision CovidTracker était même pire que celle du Président. Oublions cette mauvaise prévision.

La charge de cette vague peut aussi être considérée en terme de flux. Quand on regarde au niveau des entrées et sorties, la différence est un peu plus marquée. La seconde vague semble plus importante. Un graphique du cumul des entrées et sorties de l’hôpital depuis mars 2020 permet de se faire une idée.

Cumul des entrées et sorties de l’hôpital pour la gestion covid-19 France, données Santé publique France et CovidTracker

Le premier pic sanitaire s’est situé vers la mi avril. Puis un minimum d’hospitalisations vers la fin août. À ce moment les hôpitaux avaient géré environ 110500 entrées. On pourrait dire que c’est la somme des patients de la première vague. Sur le graphique, un second seuil est positionné au double de cette valeur, donc à 221000 entrées. La seconde vague est en cours. La dynamique de la courbe en ce moment nous laisse penser que ce second seuil pourrait bientôt être atteint.

Courage aux soignants

On voit du mieux, mais ce n’est pas encore gagné. Le pic sanitaire marque la première partie de la vague. C’est un soulagement de franchir ce cap. La seconde partie est longue et le personnel soignant restera fortement mobilisé dans les semaines à venir. Bon courage à eux (applaudissements) et à nous tous, restons vigilants, ne baissons pas la garde.

Philippe Brouard

  1. guigui42 dit :

    Dans une interview de la semaine dernière à France Info, le professeur FONTANET indiquait qu’on pouvait ôter 0,1 au Rt calculé du fait qu’une partie de la population est immunisé.
    L’avez vous pris en compte dans votre simulation?
    Si on peux réduire de 0,1 le Rt, cela correspondrait à quel % de la population qui serait immunisé?

    • Philippe Brouard dit :

      Bonjour. Pour la simulation CovidTracker, R(t) est ajusté de telle sorte que la courbe des nouveaux cas détectés positifs coïncide avec les données de Santé public France. En période de ralentissement de l’épidémie, ce nombre est revu à la baisse jusqu’à une valeur qui produit une courbe calculée ressemblant le plus possible à la courbe réelle. L’avis du professeur Fontanet n’est pas pris en compte pour le moment, merci en tout cas de nous en avoir fait part. Il pourrait se vérifier de la façon suivante: nous avons indiqué que 0.7 est la valeur moyenne de R obtenue au début du confinement n°1, avec l’indication du professeur Fontanet, on pourrait s’attendre à faire descendre à R = 0.6 pour le confinement n°2. Nous pourrons voir dans les prochains jours si ça se confirme. Dans ce cas, l’épidémie ralentirait encore plus vite que prévu.

      Pour votre question sur le % de population immunisée, je ne sais pas répondre. Peut-être que le bulletin hebdomadaire de Santé publique France donnera des nouvelles indications cette semaine.
      cordialement

  2. Françoise dit :

    Bonjour,
    On voit que depuis quelques jours il y a nettement moins de cas positifs mais est-ce qu’il n’y a pas aussi nettement moins de tests ? C’est ce que je comprends en regardant le tableau avec le nombre de test journaliers, positifs et négatifs, et l’indication chiffrée à côté, qui indique environ 150 000 tests par jour, alors qu’il y a quelque temps c’était environ 200 000 .. s’il y a un quart de tests en moins , ça peut influer sur le nombre de cas ( donc sur le taux d’incidence, peut-être aussi le R0 ? ) ; on voit nettement une forme “en cloche” qui est assez impressionante pour le nombre de tests ( très rouge) et, logiquement, aussi pour les barres rouges des tests positifs et les barres grises des tests négatifs ..

    • Françoise dit :

      Oups pardon, je voulais dire “trait rouge” pour le nombre de tests …

      • Pierre dit :

        Bonjour Francoise,

        Je pense que si il y a moins de test ces temps-ci, c’est simplement parce qu’il y a moins de personnes symptomatiques et moins de personnes qui ont besoin de se faire tester, du fait du confinement.

        Aussi j’ai remarqué qu’il y avait des tentes à tests rapides avec résultat en 15-20 minutes et peu de queue, donc je doute que moins de tests soient disponibles qu’avant !

        Tout cela est donc vraiment bon signe mais il faut continuer d’appliquer les gestes barrières et les différentes règles sanitaires.

        • Françoise dit :

          Merci pour votre réponse ; j’ai vu qu’hier les résultats de santé publique france incluaient aussi un “rattrapage” pour les résultats positifs des tests antigéniques, ça a donné l’impression qu’il y avait une brusque augmentation …
          Même si plusieurs indicateurs semblent indiquer une amélioration, je suis d’accord avec vous : nous ne sommes pas sortis d’affaire et il faut continuer à appliquer les gestes barrière ….

        • Philippe Brouard dit :

          Bonjour Pierre et Françoise. Oui la réponse de Pierre correspond à mon avis également. Depuis cette semaine les tests antigéniques rapides sont pris en compte dans les données Santé publique France. On verra comment ça peut se traduire dans les courbes. cordialement

          • Françoise dit :

            Bonjour monsieur Brouard,
            je vous remercie de m’avoir répondu … mais est-ce que la baisse du nombre de tests ( quelle qu’en soit la raison ) ne peut pas aussi faire baisser artificiellement le nombre de cas ?
            Je demande ceci parce que dans le Grand Est aussi le nombre de tests) a baissé, et depuis, à chaque fois, leur site indique que vu la baisse du nombre de tests, les “incidences” sont à prendre avec prudence … cela donne l’impression qu’ils disent , en gros, que les taux d’incidence de la région baissent simplement à cause de cela, et qu’ils ne correspondent donc pas à une baisse réelle ( en tout cas totalement ) ; comme cette baisse est en fait “nationale”, j’avoue que cela m’inquiète un peu …

            • Philippe Brouard dit :

              Bonjour. C’est une question qui remonte naturellement et, si je peux me permettre, elle me fait penser à la célèbre interrogation: qu’est ce qui a préexisté, la poule ou l’œuf? Pour ce qui nous concerne en ce moment, tests et cas positifs sont une partie du processus épidémique. En regardant le processus dans son ensemble, on peut se faire une meilleure idée de la situation. Lorsque presque tous les indicateurs sont à la baisse, alors ça ne me parait pas surprenant que le nombre de tests diminue aussi. On pourrait dire qu’il y a moins de tests car moins de personnes ayant besoin d’un test. C’est bon signe. cordialement

  3. frederic leclercq dit :

    La précision importante pour hier :
    2 036 755 cas confirmés COVID-19 (Source : données issues des laboratoires partenaires et de SI-VIC jusqu’au 12/05 puis de SI-DEP depuis le 13/05), incluant :
    12 587 cas confirmés par RT-PCR, depuis le bilan publié hier (Source : données issues de la base SI-DEP),
    Par ailleurs, 32 935 cas confirmés par test antigénique depuis début octobre (Source : données issues de la base ContactCovid de l’Assurance Maladie)

    • Philippe Brouard dit :

      Bonjour Monsieur Leclercq. Merci pour cette indication précise. Oui c’est une donnée importante pour la suite de l’analyse. Pour le 17/11 c’est +45522 cas positifs, ça pourrait faire penser à une accélération par rapport aux jours précédents, mais c’est un rattrapage de données. Vous avez bien fourni le détail : 45522 c’est environ 12587+32395. On pourrait s’attendre à ce que les personnes détectées par tests rapides soient moins symptomatiques que les personnes détectées par tests PCR. Faire un test rapide est peut-être moins contraignant qu’un test PCR, donc ça pourra inciter des personnes qui ont même un petit doute à se faire dépister. On vérifiera ce qu’en dit le bulletin hebdomadaire de Santé publique France, c’est dans ce document que nous retrouvons les informations sur la présence de symptômes ou pas, chez les personnes testées et chez les personnes positives.
      cordialement

  4. Marina TRIO dit :

    https://worldhealthorg.shinyapps.io/covid/
    France
    deja il y des trou chaque semaine au mieux on dispose de 5 jour mais les lundi on trouve la totalité des case du WE dans ces condition et sans connaitre la ratio test/cas positif la valeur de Rt c’est UN ‘hypothèse en non pas un donnée. La diminution vertigineuse e 08/11 86700 contagion , le jour d’après 36800 et le 10/11 19500 désolée mais je me pose de question j’ai cherchée et j’ai rien vue de comparable ailleurs en EU

    • Philippe Brouard dit :

      Bonjour, il y a des variations importantes des indicateurs au jour le jour, depuis le début de l’épidémie. Pour être moins influencé par ces irrégularités, il faut regarder les moyennes sur les 7 derniers jours. Elles sont proposées sur le site. Cordialement

Laisser un commentaire

Votre adresse de messagerie ne sera pas publiée. Les champs obligatoires sont indiqués avec *