La tortue Virus a une méchante longueur d’avance sur le lièvre France

Nous y voilà, un confinement n°2 pour contrer l’épidémie de covid-19 a démarré hier dans notre pays. Fallait-il s’attendre à des mesures plus contraignantes ? C’était une des questions posées dans l’article du 19 août où nous avons commencé à imaginer un scénario d’endiguement de la seconde vague. La montée en puissance des contraintes sanitaires a cependant donné l’impression d’avoir un train de retard. Il pourrait être de plus en plus dur de trouver la bonne riposte. Le couvre feu de 21h à 6h dans les grandes métropoles a été en vigueur pendant deux semaines. Son effet est-il perceptible, par exemple via un signe d’amélioration de la situation ? L’actualisation de la simulation peut-elle nous fournir un indice ?

Vers 9000 patients en réanimation à la mi-novembre

Dans son allocution le 28 octobre, le Président Emmanuel Macron a annoncé cette phrase choc :

Quoi que nous fassions, près de 9000 patients seront en réanimation à la mi-novembre.

Emmanuel Macron, 28 octobre 2020

Le maximum d’occupation en première vague était de 7000 lits. C’est en partie cette sombre perspective qui a motivé l’instauration du second confinement. Le lendemain en conférence de presse, le Ministre de la Santé Olivier Véran a dévoilé le graphique source de cette simulation. Il s’agit d’une projection effectuée par l’Institut Pasteur, comme lors de la conférence du 1er octobre.

Simulation Institut Pasteur occupation des lits de réanimation pour la covid-19 vers la mi-novembre, conférence de presse du Gouvernement le 29 octobre 2020

Une chose est frappante sur ce graphique : la projection en couleur verte ne montre pas de fléchissement y compris en fin de graphique vers la mi-novembre ! Faut-il en déduire que l’Institut Pasteur estimerait que ce pourrait être plus de 15000 lits de réanimation occupés en décembre par les patients covid-19 ?

Les indicateurs Santé publique France restent trop élevés

Les trois indicateurs de pilotage selon Santé publique France restent à un niveau d’alerte très élevé; relevés pour la semaine 43 (19 au 25 octobre) dans le bulletin hebdomadaire du 29 octobre :

  • Taux d’incidence national = 392 (50% plus élevé que la semaine précédente)
  • Taux de positivité des tests = 18,6%
  • Nombre de reproduction Reffectif = 1,42

Par ailleurs, nous surveillons les proportions de personnes asymptomatiques / symptomatiques, pour ajuster les réglages du simulateur, ces proportions sont stables :

Proportions de personnes asymptomatiques chez les sujets testés et chez les sujets positifs, donnés Santé publique France au 29/10/2020, bulletin hebdomadaire page 8

Actualisation de la simulation hospitalière

Reffectif n’a pas suffisamment baissé

Pour ajuster le simulateur sur la courbe du nombre de nouveaux cas positifs testés, le réglage s’effectue sur l’évolution de la valeur de Reffectif. C’est l’indicateur qui pilote la croissance ou le ralentissement du nombre de nouvelles contaminations. Près de 50000 nouveaux cas détectés ces dernières 24 heures ! Malheureusement la décélération ne se fait pas sentir.

Évolution de R-effectif pour le simulateur CovidTracker, hypothèse de R à la baisse dans les prochaines semaines, actualisation au 30/10/2020

On pourrait pourtant constater l’amorce d’une tendance à baisser. Prenant en compte le nouveau confinement en vigueur, nous espérons voir enfin une nette baisse de Reffectif. C’est ce qui c’était produit lors du premier confinement. À noter que le contexte est différent en ce moment. Comme il s’agit d’un confinement “moins strict”, la baisse pourrait être moins rapide. La valeur de R reste considérablement au dessus du chemin critique imaginé en août, et toujours au dessus de 1 en ce moment.

Évolution du nombre de nouveaux cas positifs

Le contexte reste celui d’une épidémie de SARS-CoV-2 qui s’aggrave. La nouvelle projection pour l’évolution du nombre de nouveaux cas positifs s’accélère à nouveau :

Simulation CovidTracker du nombre de nouveaux cas positifs au coronavirus et données Santé publique France, actualisation au 30/10/2020

C’est assez frappant de remarquer que même avec l’hypothèse de Reffectif à la baisse de façon nette (de 1,3 à 0,8), la dynamique des contaminations en cours a une telle vitesse que l’effet souhaité de cassure de la courbe n’est pas encore visible sur ce graphique. Il faudra alors l’espérer vers la fin novembre et en décembre.

En conséquence dans les hôpitaux

Ça prend vraiment une mauvaise tournure. La nouvelle simulation CovidTracker confirmerait la tendance annoncée par l’Institut Pasteur. Les calculs ont été actualisés à réglages constants sur la situation en cours pour prolonger les courbes, sauf pour R qui est réglé avec l’hypothèse à la baisse.

Simulation CovidTracker pour la situation covid-19 France dans les hôpitaux et données Santé publique France, actualisation au 30/10/2020

Le nombre de personnes hospitalisées s’envolerait de façon très prononcée, bien au dessus du maximum de la première vague. La prévision du nombre de décès passerait de 15000 à 20000 pour la première période de cette seconde vague. Voici un zoom sur les deux courbes hospitalisations et réanimations :

Simulation CovidTracker hospitalisations et réanimations, données Santé publique France, actualisation le 30/10/2020

On remarque un palier vers 10000 patients en réanimation dans la deuxième moitié de novembre*. Une chose positive malgré tout, à la différence de la projection de l’Institut Pasteur, il s’agirait là d’un maximum pour la seconde vague, pourvu que Reffectif soit à la baisse comme imaginé.

L’hôpital va-t-il tenir ?

Actualisation de la simulation dans les EHPAD et EMS

Poursuite de notre hypothèse de lien entre la situation hospitalière et celle dans les EHPAD et EMS. Le graphique actualisé du simulateur donne cette tendance :

Simulation CovidTracker pour la situation covid-19 France dans les EHPAD et EMS, données Santé publique France, actualisation au 30/10/2020

Nous constatons une situation qui continue à se dégrader légèrement. La projection du nombre de décès est un peu plus élevée que la semaine dernière, sans prendre une allure aussi inquiétante qu’à l’hôpital.

Respecter les consignes

Pour le couvre-feu, l’effet positif sur l’épidémie n’est pas perceptible, ou alors c’est un effet noyé dans la dégradation. Le deuxième confinement, c’est la mesure extrême que tout le monde voulait éviter. Arrive-t-il trop tard ? Son efficacité peine à se montrer totalement radicale sur les graphiques de la simulation CovidTracker. Comme le disait la fable de La Fontaine, le Lièvre et la Tortue :

Rien ne sert de courir, il faut partir à point.

Il nous reste à jouer le jeu au maximum sur le respect des gestes et postures barrières. Le personnel soignant va avoir besoin de beaucoup de courage et d’énergie. Il compte sur nous tous, sans aucun doute.

Philippe Brouard


*PS, actualisé le 01/11/2020, lors de l’émission de RTL Le Grand Jury ce dimanche, le Professeur Arnaud Fontanet (Institut Pasteur) annonce une prévision où le maximum du nombre de patients en réanimation serait de 6000 vers la troisième semaine de novembre, peut-être un peu plus, et si le confinement fonctionne bien (à réécouter vers la quarantième minute). Les journalistes en présence n’ont pas réagi au fait que cette annonce est différente des indications la précédente simulation de l’Institut Pasteur déjà citée.

*PS 2, actualisé le 03/11/2020, lors de l’émission de LCI le 20H du lundi 2 novembre, un nouveau graphique source Institut Pasteur a été présenté par le Professeur Remi Salomon de l’AP-HP. Il montre trois simulations, celle qui correspond à l’annonce du Président Emmanuel Macron du 28 octobre, celle qui correspond à ce que disait le Professeur Arnaud Fontanet le 1er novembre, et une troisième simulation plus optimiste.

Projection Institut Pasteur sur l’évolution du nombre de patients en réanimation, actualisée le 01/11/2020
  1. Frédéric Planchon dit :

    Bonjour,
    Y aurai–il un intérêt à prendre en compte un phénomène d’immunisation des populations, étant donné ces taux de contaminations ? Ou bien cela est-il un facteur intégré dans les hypothèses de baisse du R0 ?

    • Philippe Brouard dit :

      Bonjour, merci pour cette bonne question. Le simulateur CovidTracker ne prend pas en considération le phénomène d’immunité collective qui peut arriver à la fin d’une épidémie. Le taux de personnes ayant été en contact avec le virus vis à vis de la population nationale est probablement insuffisant actuellement (il faudrait monter à 70% selon l’Institut Pasteur). Pour illustrer ce mécanisme d’immunité collective, un groupe de chercheurs et d’étudiants de l’Université de Lorraine, de l’École des Mines de Nancy et du CHRU de Nancy a développé un simulateur à usage pédagogique (bien pratique car il est interactif) : MODSIR19 https://modsir19.nancyclotep.com. Pour le moment, en ce qui concerne notre hypothèse de baisse du R0, c’est uniquement en considération des contraintes sanitaires plus fortes: moins les personnes se rencontrent, moins elles ont l’occasion de se contaminer.

      • Frédéric Planchon dit :

        Merci pour votre réponse… mais deux angles ne semblent pas abordés.
        – Le taux de 70% pour l’immunité collective est un doxa “toutes choses égales par ailleurs”. A ce que je comprends il est surtout un facteur de diminution du R0, puisqu’une personne immune ne propage pas le virus. Mais en phase de confinement ou même de distanciation, que vaut ce 70% ?
        – Le développement de l’immunité semble tout sauf blanc ou noir : présence d’anticorps ciblés, décroissant avec l’exposition, mémoire de l’immunité permettant de refabriquer rapidement ces anti-corps, enfin réponse immunitaire immédiate grâce à l’immunité sous les 3 autres formes de coronavirus.

        Dit autrement, avec le volume de gens exposés, une résistance d’ensemble va apparaitre, et il me semble que le signe précurseur pourrait être le taux de symptomatiques dans les positifs (à analyser par tranche d’âge ? ou population à risque ?).

  2. Clemens dit :

    Les 70% sont pour un R=3,5.
    Vu qu’actuellement le R est atour de 1,5., il suffit que 33% (de plus) soit immunise pour baisser R en dessous de 1. Actuellement, il y a 1% (ou 2%?) qui s’infectent chaque semaine. Immunité collective est donc encore bien loin. Faudra attendre les vaccin…

    Dailleurs, le calcul en haut faudra mieux le faire pour des subpopulation plus homogene…

    • Philippe Brouard dit :

      Bonjour, ce sujet sur l’immunité collective est intéressant et complexe. Pour ma part, le travail mené ici est essentiellement de l’analyse numérique et de l’informatique, en s’appuyant sur des données sourcées et des connaissances complémentaires glanées par ici ou par là. Je n’ai pas de formation dans le domaine de la santé, alors je dois dire que sur l’immunité collective, ça dépasse mes compétences, je ne sais pas. Le simulateur MODSIR19 a été élaboré par une équipe pluridisciplinaire en lien avec le CHRU de Nancy, ce qui lui donne suffisamment de crédit. Il permet par exemple de se rendre compte du phénomène de stabilisation d’une épidémie: immunité collective, quand il n’y a presque plus de nouvelles contaminations. J’ai fait un essai avec une valeur moyenne de R=1,3 en déconfinement ce qui correspond environ à la moyenne sur la période du 11 mai au 31 octobre 2020. Sur la capture écran du résultat obtenu, on observe que l’épidémie simulée semble se stabiliser à partir du mois de mai 2021. REMARQUE IMPORTANTE: c’est un modèle sur un échantillon isolé de 1 million de personnes, donc difficilement comparable à la population de 67 millions de Français. En manipulant ce simulateur, on peut constater aussi que plus R se rapproche de 1, plus le moment de stabilisation se retrouve projeté dans l’avenir. Enfin si R passe en dessous de 1, l’épidémie se stabilise aussi, mais alors ce n’est pas à cause de l’immunité collective. Pas simple…

  3. Nath dit :

    Bonjour,
    Avez-vous un élément d’explication sur le très fort décalage pour le 2/11 : 52 000 cas reportés, soit le double d’il y a une semaine et le net recul observé (que l’on voit sur vos courbes) du nombre de cas à date d’effet ?
    Il y a toujours des décalages car les méthodes de comptage sont différentes mais là le chiffre de Santé Publique (52 000) paraît presque délirant ?
    Merci et bravo encore pour votre site !

    • Philippe Brouard dit :

      Bonjour. Je m’excuse, je ne suis pas sûr de bien comprendre votre question. Concernant le nombre de 52000 nouveaux cas le 2 novembre, il n’est pas très étonnant car le 25 octobre il y avait déjà eu un nombre dépassant 52000. Un jour plus tard, le 26 octobre, c’était moitié moins. Et ensuite c’était reparti à la hausse. Ça bouge beaucoup d’un jour à l’autre. Pour atténuer cette forte variation, sur le dashboard France, un graphique propose le nombre de nouveaux cas quotidiens avec une moyenne lissée sur 7 jours. Cette moyenne est montée vers 45000 le 29 octobre, elle commence ensuite à montrer un signe de baisse. On retrouve aussi ces premiers signes de ralentissement dans l’évolution de l’incidence dans les grandes villes: elle baisse un peu depuis trois ou quatre jours. C’est bon signe, ça veut dire que R se rapproche de 1. On peut alors commencer à espérer que ça va aller mieux. Merci pour votre soutien au passage.

  4. Cédric M. dit :

    Merci pour votre superbe travail d’information et d’explication. C’est très intéressant. Je m’étonne que les médias ne nous alertent pas plus sur la situation des hôpitaux en Rhône Alpes qui doit être plus que tendue…

  5. […] sur le site CovidTracker. Le scénario avec confinement peu respecté correspondrait à la modélisation CT effectuée la semaine dernière. Le scénario avec le confinement respecté est le plus proche de la situation en […]

  6. […] ne se soit pas confirmée, il n’y a pas 9000 patients en réanimation à la mi-novembre. Dans notre article du 31 octobre, la prévision CovidTracker était même pire que celle du Président. Oublions cette mauvaise […]

  7. jean spolmayeur dit :

    Bonjour,

    Le Tx d’ incidence est ss doute le critère le plus intéressant pour suivre en quasi temps réel l’ évolution de la pandémie, on peut aussi le traiter par type de population ce qui est un gros avantage – par contre, il ne prend pas en compte aujourd’hui le nombre de tests réalisés par population qui a significativement régressé .
    J’observe que 85% des hospitalisés ont 60 ans &+, il sont ds leur grande majorité contaminés par leurs proches plus jeunes… (voir heatmap)
    En conséquence, si je devais définir un critère d’ évolution par population, le plus réactif possible: il serait le Tx d’ incidence pondéré des 59 ans & moins.

    Quel est votre avis?

    Merci encore pour le travail remarquable produit!!!!

    Jean

    • Philippe Brouard dit :

      Bonjour, merci pour votre message de soutien. Le virus se transmet de proches en proches, ça c’est certain. Donc la surveillance de l’incidence chez les populations les plus mobiles (les actifs) est sûrement une bonne chose à faire, surtout s’il s’agit de personnes pouvant être contagieuses. cordialement

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