« On lâche rien », ce pourrait être la phrase du moment. Le combat collectif contre le SARS-CoV-2 est intense. En France, on continue à marquer des points ces dernières semaines. La simulation permet d’y voir plus clair, voici comment.

La simulation ne se cache plus

CovidTracker s’implique depuis le mois d’avril dans l’élaboration d’un modèle épidémiologique afin de reproduire via le calcul la situation hospitalière pour la covid-19 en France. Étions-nous les seuls sur ce terrain ? Des tentatives de contact ont été lancées vers les cellules de pilotage officielles, mais jusqu’à peu de temps tout laissait à penser que la simulation n’intéressait pas le Gouvernement. Depuis quelques semaines, lors des conférences de presse du Ministre de la Santé, des graphiques prospectifs font leur apparition. Enfin, ces outils sortent des tiroirs et c’est un effort appréciable qu’ils soient partagés avec le public. Le Ministère de la Santé fait appel à l’Institut Pasteur. Le Professeur Arnaud Fontanet dirige le travail de modélisation. Jeudi dernier en conférence de presse (accessible en replay), le Ministre a invité le Professeur à présenter des résultats issus des modèles récents. Arrêtons nous un instant sur un des graphiques.

Parmi les indicateurs utilisés, on retrouve le nombre de reproduction R, le pourcentage de passage en réanimation, l’hypothèse de hausse ou baisse de R dans les jours à venir. Cette approche de modélisation peut faire penser à la méthode utilisée pour le simulateur CovidTracker, confortant ainsi notre travail commencé il y a 5 mois. L’Institut Pasteur a la capacité de prendre une maille régionale pour ces études. C’est essentiel, à la différence de la première vague, l’objectif est d’éviter les transferts de patients d’une région à une autre. Identifier des difficultés locales permettra d’anticiper localement.

Pour notre part, le simulateur CovidTracker travaille uniquement à l’échelle nationale (France métropolitaine plus outremer).

Hypothèse R_effectif à la baisse toujours valable

Formulée le 19 août dans l’article sur l’endiguement de la seconde vague, l’hypothèse d’un scénario avec une baisse progressive de R_effectif permettait de modéliser une reprise de l’épidémie « sous contrôle » pour la période automnale. R_effectif atteint maintenant une valeur légèrement en dessous de 1. Il faut cependant surveiller aussi le nombre de tests effectués, car il est en même temps à la baisse ces dernières semaines (voir le tableau de bord France). Tant que la valeur du nombre de reproduction baisse, on peut considérer qu’on marque des points face au coronavirus.

La baisse est considérable depuis un maximum autour de 1,5 il y a 5 semaines. C’est une très bonne nouvelle que celle de voir passer R_effectif en dessous de 1, ça veut dire que l’épidémie probablement régresse. Poursuivre cette baisse va être difficile car elle pourrait s’accompagner de mesures potentiellement encore contraignantes pour la vie sociale. Le contexte de l’automne ne va pas être facilitant, car nos habitudes de vies nous amèneront plus à l’intérieur, dans des espaces clos, plutôt qu’au grand air.

Faut-il s’inquiéter du million de tests PCR positifs ?

Même si l’épidémie semble régresser, la dynamique en cours est forte. Pour faire une comparaison, ce n’est pas facile de faire freiner un camion lancé à pleine vitesse. Nous avons atteint le seuil des 500000 tests positifs il y a peu de temps et le seuil d’un million de tests positifs est déjà en vue !

Les dépistages sont nombreux et malgré ça le nombre de personnes positives avec des symptômes est important. Selon Santé publique France, ça concerne plus de la moitié des nouveaux cas détectés.

En conséquence sur les 400000 cas à venir pour atteindre un million, il faudrait s’attendre à environ 240000 personnes avec des symptômes, ce qui n’est pas rien. Ces symptômes peuvent être plus ou moins grave, alors quelle conséquence dans les hôpitaux ?

Actualisation de la simulation pour la situation hospitalière

Prenant en considération l’évolution de R_effectif et la progression du nombre de cas positifs, les calculs du simulateur CovidTracker produisent un graphique actualisé pour la tendance à venir.

Cette tendance continue à présenter une situation très différente de celle lors de la première vague. Du point de vue nombre d’hospitalisations, la « seconde vague » semble avoir disparu ! Pourtant, ne pas croire que tout va bien. Il y a en fait un flux entrant à l’hôpital qui s’égalise avec un flux sortant (environ 650 entrées et 550 retours à domicile par jour), donc l’effectif global des patients pourrait se stabiliser. Ce fonctionnement n’est pas acceptable à long terme car il produit des passages en réanimation et des décès. C’est pour cette raison que R_effectif doit continuer à baisser.

Nous savons que par endroits des tensions existent dans les services hospitaliers des régions les plus exposées (voir en détail le graphique de saturation des services de réanimation sur le tableau de bord France).

Situation dans les EHPAD et EMS

Au mois de mai, nous avons commencé à étudier une hypothèse de relation entre le nombre de personnes faiblement touchées par la covid-19 qui guérissent à domicile et le nombre de tests positifs dans les EHPAD et EMS. Pour en savoir plus sur ce raisonnement, voir l’article dédié à cette idée : extrapolation du simulateur pour les EHPAD et EMS. Au moment de la première vague il semblait y avoir une similitude forte entre les deux courbes. Le calcul amenait à considérer qu’environ 80% du nombre de nouvelles personnes faiblement malades coïncidait avec le nombre des nouveaux tests positifs dans les établissements EHPAD et EMS. Cette hypothèse n’a pas tenu très longtemps, en raison du ralentissement très net des nouvelles contaminations en EHPAD et EMS vers la mi-juin.

L’hypothèse peut cependant être renouvelée car des nouveaux cas positifs suffisamment nombreux réapparaissent dans ces établissements. Un nouveau calcul montre qu’en passant le taux progressivement de 80% à 5% vers la fin de l’été, une estimation du nombre de nouveaux cas positifs semble être possible : les courbes coïncident à nouveau.

De façon surprenante, la létalité en EHPAD et EMS reste faible, même avec l’arrivée de nouveaux cas positifs. Faut-il y voir une application très stricte des mesures barrières ? Nous allons continuer à étudier cette hypothèse de relation.

En conclusion

Cette modélisation de la situation de la covid-19 à l’échelle nationale donne quelques signes d’espoir. Un mois après le début de la rentrée de septembre, malgré la poursuite des foyers contaminations, cette seconde vague apparaît sous contrôle. Il faut certainement considérer que c’est le résultat des efforts collectifs entrepris avec l’application autant que possible des gestes barrière. Nous marquons des points et la lutte n’est pas finie, alors ne baissons pas la garde et continuons le combat.

Philippe Brouard