Ne pas baisser la garde

“On lâche rien”, ce pourrait être la phrase du moment. Le combat collectif contre le SARS-CoV-2 est intense. En France, on continue à marquer des points ces dernières semaines. La simulation permet d’y voir plus clair, voici comment.

La simulation ne se cache plus

CovidTracker s’implique depuis le mois d’avril dans l’élaboration d’un modèle épidémiologique afin de reproduire via le calcul la situation hospitalière pour la covid-19 en France. Étions-nous les seuls sur ce terrain ? Des tentatives de contact ont été lancées vers les cellules de pilotage officielles, mais jusqu’à peu de temps tout laissait à penser que la simulation n’intéressait pas le Gouvernement. Depuis quelques semaines, lors des conférences de presse du Ministre de la Santé, des graphiques prospectifs font leur apparition. Enfin, ces outils sortent des tiroirs et c’est un effort appréciable qu’ils soient partagés avec le public. Le Ministère de la Santé fait appel à l’Institut Pasteur. Le Professeur Arnaud Fontanet dirige le travail de modélisation. Jeudi dernier en conférence de presse (accessible en replay), le Ministre a invité le Professeur à présenter des résultats issus des modèles récents. Arrêtons nous un instant sur un des graphiques.

Modélisation Institut Pasteur présentée en conférence de presse le 01/10/2020, prévision du nombre de lits en réanimation pour la région Auvergne-Rhône-Alpes, à échéance d’un mois.

Parmi les indicateurs utilisés, on retrouve le nombre de reproduction R, le pourcentage de passage en réanimation, l’hypothèse de hausse ou baisse de R dans les jours à venir. Cette approche de modélisation peut faire penser à la méthode utilisée pour le simulateur CovidTracker, confortant ainsi notre travail commencé il y a 5 mois. L’Institut Pasteur a la capacité de prendre une maille régionale pour ces études. C’est essentiel, à la différence de la première vague, l’objectif est d’éviter les transferts de patients d’une région à une autre. Identifier des difficultés locales permettra d’anticiper localement.

Pour notre part, le simulateur CovidTracker travaille uniquement à l’échelle nationale (France métropolitaine plus outremer).

Hypothèse Reffectif à la baisse toujours valable

Formulée le 19 août dans l’article sur l’endiguement de la seconde vague, l’hypothèse d’un scénario avec une baisse progressive de Reffectif permettait de modéliser une reprise de l’épidémie “sous contrôle” pour la période automnale. Reffectif atteint maintenant une valeur légèrement en dessous de 1. Il faut cependant surveiller aussi le nombre de tests effectués, car il est en même temps à la baisse ces dernières semaines (voir le tableau de bord France). Tant que la valeur du nombre de reproduction baisse, on peut considérer qu’on marque des points face au coronavirus.

Évolution du nombre de reproduction R pour le simulateur CovidTracker, hypothèse R à la baisse, actualisation au 02/10/2020

La baisse est considérable depuis un maximum autour de 1,5 il y a 5 semaines. C’est une très bonne nouvelle que celle de voir passer Reffectif en dessous de 1, ça veut dire que l’épidémie probablement régresse. Poursuivre cette baisse va être difficile car elle pourrait s’accompagner de mesures potentiellement encore contraignantes pour la vie sociale. Le contexte de l’automne ne va pas être facilitant, car nos habitudes de vies nous amèneront plus à l’intérieur, dans des espaces clos, plutôt qu’au grand air.

Faut-il s’inquiéter du million de tests PCR positifs ?

Même si l’épidémie semble régresser, la dynamique en cours est forte. Pour faire une comparaison, ce n’est pas facile de faire freiner un camion lancé à pleine vitesse. Nous avons atteint le seuil des 500000 tests positifs il y a peu de temps et le seuil d’un million de tests positifs est déjà en vue !

Simulation CovidTracker de l’évolution du nombre de tests positifs PCR au SARS-CoV-2 en France, actualisation le 02/10/2020

Les dépistages sont nombreux et malgré ça le nombre de personnes positives avec des symptômes est important. Selon Santé publique France, ça concerne plus de la moitié des nouveaux cas détectés.

Extrait du bulletin de Santé publique France du 1er octobre 2020, page 7

En conséquence sur les 400000 cas à venir pour atteindre un million, il faudrait s’attendre à environ 240000 personnes avec des symptômes, ce qui n’est pas rien. Ces symptômes peuvent être plus ou moins grave, alors quelle conséquence dans les hôpitaux ?

Actualisation de la simulation pour la situation hospitalière

Prenant en considération l’évolution de Reffectif et la progression du nombre de cas positifs, les calculs du simulateur CovidTracker produisent un graphique actualisé pour la tendance à venir.

Projection CovidTracker pour la situation hospitalière face au covid-19 France, avec hypothèse de R à la baisse, actualisation au 02/10/2020

Cette tendance continue à présenter une situation très différente de celle lors de la première vague. Du point de vue nombre d’hospitalisations, la “seconde vague” semble avoir disparu ! Pourtant, ne pas croire que tout va bien. Il y a en fait un flux entrant à l’hôpital qui s’égalise avec un flux sortant (environ 650 entrées et 550 retours à domicile par jour), donc l’effectif global des patients pourrait se stabiliser. Ce fonctionnement n’est pas acceptable à long terme car il produit des passages en réanimation et des décès. C’est pour cette raison que Reffectif doit continuer à baisser.

Nous savons que par endroits des tensions existent dans les services hospitaliers des régions les plus exposées (voir en détail le graphique de saturation des services de réanimation sur le tableau de bord France).

Situation dans les EHPAD et EMS

Au mois de mai, nous avons commencé à étudier une hypothèse de relation entre le nombre de personnes faiblement touchées par la covid-19 qui guérissent à domicile et le nombre de tests positifs dans les EHPAD et EMS. Pour en savoir plus sur ce raisonnement, voir l’article dédié à cette idée : extrapolation du simulateur pour les EHPAD et EMS. Au moment de la première vague il semblait y avoir une similitude forte entre les deux courbes. Le calcul amenait à considérer qu’environ 80% du nombre de nouvelles personnes faiblement malades coïncidait avec le nombre des nouveaux tests positifs dans les établissements EHPAD et EMS. Cette hypothèse n’a pas tenu très longtemps, en raison du ralentissement très net des nouvelles contaminations en EHPAD et EMS vers la mi-juin.

L’hypothèse peut cependant être renouvelée car des nouveaux cas positifs suffisamment nombreux réapparaissent dans ces établissements. Un nouveau calcul montre qu’en passant le taux progressivement de 80% à 5% vers la fin de l’été, une estimation du nombre de nouveaux cas positifs semble être possible : les courbes coïncident à nouveau.

Simulation CovidTracker pour le nombre de tests PCR positifs en EHPAD et EMS avec l’hypothèse de lien depuis la situation hospitalière, actualisation au 02/10/2020

De façon surprenante, la létalité en EHPAD et EMS reste faible, même avec l’arrivée de nouveaux cas positifs. Faut-il y voir une application très stricte des mesures barrières ? Nous allons continuer à étudier cette hypothèse de relation.

En conclusion

Cette modélisation de la situation de la covid-19 à l’échelle nationale donne quelques signes d’espoir. Un mois après le début de la rentrée de septembre, malgré la poursuite des foyers contaminations, cette seconde vague apparaît sous contrôle. Il faut certainement considérer que c’est le résultat des efforts collectifs entrepris avec l’application autant que possible des gestes barrière. Nous marquons des points et la lutte n’est pas finie, alors ne baissons pas la garde et continuons le combat.

Philippe Brouard

  1. Lola dit :

    Merci pour votre travail.

  2. EllaK dit :

    Bonjour,
    On peut lire parfois que la prise en charge du covid est meilleure qu’au printemps, quelles sont les évolutions des paramètres liés à la létalité du virus ? A t on déjà de premières mesures d’un ratio décès/réanimations par exemple ?
    Toujours aussi intéressant de lire vos explications

    • Philippe Brouard dit :

      Bonjour,
      En mai, Santé publique France faisait remonter cet indicateur depuis un certain nombre de services du Réseau Sentinelles https://websenti.u707.jussieu.fr/sentiweb/ et le taux de mortalité en services de réanimation était alors estimé vers 24%. Mais depuis juin, cet indicateur n’est plus présent dans le bulletin hebdomadaire, dommage. Pour le simulateur, la valeur à 24% est retenue pour la période de mai. En continuant à essayer de faire correspondre l’évolution des courbes réalité & calcul, la valeur du taux de mortalité en réanimation a baissé régulièrement depuis pour le réglage du simulateur. Pour indication, la valeur retenue en ce moment est 18%. Comme ce nombre n’est basé sur aucune donnée officielle, il peut uniquement donner une idée de l’amélioration probable de la situation entre mai et septembre. On peut supposer que la mortalité dans cette situation a baissé d’un quart.
      Merci pour votre soutien

  3. […] était vraisemblablement oui. Les signaux se multiplient pour remonter le niveau d’alerte. La simulation CovidTracker au 2 octobre ne s’est pas concrétisée comme prévu. L’ajustement des paramètres redonne de […]

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